Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk

Transkrypt

1 Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk

2 NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych wspierających biologię molekularną

3

4 ftp.ncbi.nlm.nih.gov

5 System Entrez - kategorie Literatura Zdrowie Genomy Białka Analiza sekwencji BLAST Związki chemiczne

6 System Entrez - bazy

7 E-Utilities EInfo ESearch EFetch ESummary Elink eutils.ncbi.nlm.nih.gov

8 Entrez Direkt E-Utilities w linii poleceń UNIXa Użycie potoków Łączenie ze standardowymi poleceniami UNIX

9 Literatura PubMed PubMed Commons PubMed Central (PMC) National Library of Medicine Catalog (NLM) Medical Subject Headings (MeSH) NCBI Bookshelf

10 ClinVar

11 MedGen

12 Database of Genotypes and Phenotypes (dbgap)

13 dbmhc, dblrc, dbrbc DbMHC przeszczep szpiku kostnego DbLRC receptory leukocytów DbRBC antygeny czerownych krwinek

14 PubMed Health Nie tylko dla profesjonalistów Encyklopedia chorób i ich leczenia Skupienie na efektywności klinicznej Na przykład: HT /

15 Genomy BioProject metadane na temat projektów badawczych Assembly składanie sekwencji Genome projekty sekwencjonowania genomu RefSeq niereduntantny zbiór sekwencji RefSeq pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów

16 Genomy PopSet sekwencje pochodzące z badań nad populacjami i filogenetyką Sequence Read Archive (SRA) highthoroughput sequencers Trace Archive dane z elektroforezy Clone database (CloneDb) klony i biblioteki Probe sondy genowe

17 Genomy BioSample annotacja próbek biologicznych Taxonomy Genome reference consortium (GRC) genom złożonych eukariotów DbSNP polimorfizm pojedynczego nukleotydu DbVar wariancje DNA na większa skalę

18 Variation Viewer

19 Genomy Virus variation resource np. West Nile, Ebola Epigenomics

20 Geny Gene udokumentowane geny, narzędzie gene2xml RefSeqGene dobrze opisane sekwencje, kwerenda refseqgene Conserved CDS database (CCDS) konserwowane sekwencje myszy i ludzi Gene expression omnibus (GEO) highthoroughput sequencing

21 Geny UniGene zamiana zbioru sekwencji na zbiór klastrów genów HomoloGene automatyczne wykrywanie homologów

22 Białka RefSeq zawiera także dobrze opisane sekwencje białek GenBank symulowane translacje Molecular modeling database (MMDB) szuka położenia domen w obrębie białka algorytm VAST

23 Białka Conserved Domain Database (CDD) na podstawie algorytmu PSI-BLAST i znanych już konserwowanych domen Protein Clusters Database zbiory niemal identycznych białek HIV-1/Human Protein Interaction Database

24 BLAST software

25 BLAST na chmurze Eksperymentalny Host: Amazon Web Services Ściąga bazy BLAST w razie potrzeby Można dodać własną bazę

26 Bazy danych BLAST Domyślnie: RefSeq RNA + GenBank Dla białek: niereduntantne translacje z Genbank, sekwencje z RefSeq, UniProt Możliwość rozszerzenia lub zawężenia zasobów

27 Genomic BLAST Analogiczny do standardowego BLAST MegaBLAST dla niemal identycznych sekwencji Discontigous MegaBlast dla porównywania międzygatunkowego

28 Primer-BLAST Narzędzie do projektowania PCR Na podstawie programu Primer3 Za pomoca BLAST można wyszukać odpowiednie primery

29 Inne IgBLAST - Analiza sekwencji domen immunoglobulin COBALT multiple alignment dla białek

30 Związki chemiczne PubChem właściwości związków w konktekście diagnostyki i terapeutyki Biosystems udział białek w ścieżkach metabolicznych i chorobach

31 Ostatnie zmiany PubMed labs eksperymentalne projekty z wykorzystaniem społeczeństwa użytkowników Projekt Pathogen Detection patogeny przenoszone droga powietrzną i przez pożywienie Trwa rewizja danych z kategorii Genomy, Geny i Białka MOLE-BLAST

32 Dalsze informacje NCBI Help Manual NCBI Handbook NCBI Learn NCBI Youtube NCBI News

33 Źródła Artykuł: "Database Resources fo the National Center for Biotechnology Information" Strona National Center for Biotechnology Information