Porównywanie i dopasowywanie sekwencji
|
|
- Andrzej Witkowski
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Porównywanie i dopasowywanie sekwencji
2 Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna za przedmiot swoich badań uznaje cząsteczki DNA i białek a jej celem jest scharakteryzowanie mechanizmów mutacji i selekcji zachodzących na poziomie sekwencji. W ewolucji molekularnej nacisk kładzie się na porównywanie cząsteczek między różnymi gatunkami, co stanowi przewagę w stosunku do np. genetyki populacyjnej, która zajmuje się badaniem zróżnicowania genetycznego u osobników tego samego gatunku.
3 Filogenetyka to nauka wykorzystującą metody bioinformatyczne do analizy relacji ewolucyjnych na poziomie molekularnym Celem analizy filogenetycznej jest wysuwanie wniosków na temat tych relacji ewolucyjnych lub ich szacowanie. Filogenetyka molekularna obejmuje zestaw metod pozwalających wykorzystać informację zawartą w sekwencjach aminokwasowych lub nukleotydowych w celu odtworzenia historii ewolucyjnej, uwzględniając kolejność specjacji. Historia ewolucyjna odtwarzana dzięki analizie filogenetycznej, jest zwykle przedstawiana w postaci rozgałęziających się diagramów przypominających drzewo i odzwierciedlających przypuszczalne zależności genealogiczne między cząsteczkami lub organizmami.
4 Nic w bioinformatyce nie ma sensu, jeśli rozpatrywane jest w oderwaniu od ewolucji Za umowny początek filogenetyki - badań nad ewolucją molekularną przyjmuje się rok 1965 kiedy to ukazał się artykuł Zuckerkandala i Paulinga demonstrujący tzw. drzewo filogenetyczne skonstruowane w oparciu o sekwencje białek. T. Dobzhansky powiedział kiedyś: Nic w biologii nie ma sensu, jeśli rozpatrywane jest w oderwaniu od ewolucji
5 HOMOLOGIA kluczowe pojęcie, w odniesieniu do ewolucji molekularnej homologia - obecność podobnych własności ze względu na pochodzenie od wspólnego przodka, a rozbieżności między nimi są wynikiem ich różnicowania się w toku ewolucji homologię określamy na podstawie obserwowanych podobieństw homologia jest własnością binarną - nie ma stanów pośrednich homologia jest nieobserwowalna bezpośrednio, gdyż nie jesteśmy w stanie zaobserwować organizmów lub cząsteczek przodka
6 homologia - obecność podobnych własności ze względu na pochodzenie od wspólnego przodka, tj. jeśli związki między nimi są wynikiem ich różnicowania się w toku ewolucji
7 Sekwencje homologiczne mogą być: ortologami jeśli ich ostatni wspólny przodek istniał w momencie specjacji tzn. ortologami nazwywamy np. homologiczne geny w różnych organizmach, które kodują białka pełniące tę samą funkcję i które ewoluują bezpośrednio z pokolenia na pokolenie
8 Występowanie ortologów w różnych organizmów jest wynikiem rozdzielenia się gatunków czyli specjacji
9 Sekwencje homologiczne mogą być też: paralogami jeśli ich ostatni wspólny przodek istniał w momencie duplikacji w tym samym organizmie tzn. paralogami są homologiczne geny w organizmie, które kodują białka o pokrewnych, ale nie identycznych funkcjach Paralogami nazywamy spokrewnione ewolucyjnie sekwencje z jednego organizmu, których linie ewolucyjne rozeszły się w wyniku duplikacji genu.
10
11 Jak możemy zobaczyć ewolucję molekularną: Podstawową i najczęściej stosowana procedurą w bioinformatyce jest porównywanie sekwencji poprzez wyznaczenie dopasowań par sekwencji lub wielu sekwencji jednocześnie Homologię obserwujemy na podstawie podobieństwa sekwencji Podobieństwo sekwencji ustalamy przez ich dopasowanie czyli alignment
12 Wyznaczanie homologii nie jest jedynym celem porównywania i dopasowywania sekwencji Po co porównywać sekwencje: w celu wyznaczenia homologii czyli określenia jak przebiegała ewolucja naszej cząsteczki z ciekawości - by dowiedzieć się czym jest nasza sekwencja i co zawiera w celu określenia jej przypuszczalnej funkcji poznać przybliżoną strukturę (białka) poznać położenie eksonów (DNA), lokalizacja domen funkcyjnych (białka)
13 Rodzaje dopasowań (alignmentów) Pokrycie sekwencji : globalny (wszystkie elementy sekwencji są dopasowane) lokalny (tylko fragmenty sekwencji są dopasowane) Liczba dopasowywanych sekwencji : dwie (Pairwise Sequence Alignment) więcej niż dwie (Multiple Sequence Alignment) Możemy dopasowywać oczywiście sekwencje nukleotydowe aminokwasowe
14 Żeby móc pokazać np. ewolucję molekularną lub określić funkcję nowo poznanego odcinka DNA musimy dopasować sekwencje w dość wysublimowany sposób dopasowanie (alignment) powinno być: liniowym przedstawieniem relacji pomiędzy sekwencjami z uwzględnieniem układu jeden-do-jednego pomiędzy resztami aminokwasowymi lub nukleotydami Specyfika dopasowania umieszczenie insercji i delecji (gaps) tak aby odzwierciedlały prawdziwe wydarzenia ewolucyjne największe wyzwanie algorytmów
15 Algorytmy używane do porównywania i dopasowywania sekwencji dot matrix metoda okienkowa programowanie dynamiczne BLAST FASTA metody hierarchiczne wykorzystywane przede wszystkim dla dopasowań wielokrotnych w filogenetyce
16 Zasada algorytmów dynamicznych, które stały się podstawą narzędzi do poszukiwania podobieństwa w bazach danych polega na przesuwaniu jednej sekwencji nad drugą i obliczaniu najlepszego wyniku dopasowania Co jest składową wyniku podobieństwa? Do ogólnego wyniku (współczynnika podobieństwa sekwencji) dodawane są 1. współczynniki podobieństwa poszczególnych punktów porównania sekwencji (czyli np. pary nukleotydów lub aminokwasów) odczytywane z tzw. tablic podobieństwa 2. punktów (zwykle ujemne) wynikających z wstawienia przerwy i jej wydłużania (w jednej lub drugiej sekwencji), które obniżają końcowy wynik
17 Tablice podobieństwa Punktacja podobieństwa na przykładzie porównywania i dopasowywania sekwencji białkowych Wszystkie algorytmy porównujące sekwencje białkowe opierają się na współczynnikach podobieństwa dla wszystkich 210 możliwych par aminokwasów (190 par różnych aminokwasów i 20 identycznych). Pierwsze tablice opierały się właśnie na takim podobieństwie fizykochemicznych właściwości danych aminokwasów. tablice podobieństwa uwzględniają podobny charakter aminokwasów (np. I - L) i te pary mają wyższy współczynnik niż aminokwasy o różnym charakterze.
18 Nowsze generacje tablic podobieństwa (obecnie w powszechnym użyciu) opierają się na obserwowanej częstości substytucji (zmiany jednego aminokwasu na drugi), w zależności od stopnia pokrewieństwa. Oczywiście częstość obserwowanych substytucji odzwierciedla najczęściej podobieństwo właściwości fizyko-chemicznych, ale także bierze pod uwagę mechanizmy ewolucji molekularnej. Najpopularniejszym schematem punktowania jest tablica opracowana przez Margaret O. Dayhoff i współpracowników (1978)
19 Tablice podobieństwa Dayhoff Oparta jest ona na modelu ewolucji białek blisko spokrewnionych - substytucje aminokwasów są wynikiem kolejnych mutacji w obrębie odpowiednich kodonów. Częstość zmian jednego aminokwasu na drugi, obserwowanych w obrębie porównania wielu sekwencji, była dla każdego aminokwasu standaryzowana (przeliczana tak aby była uwzględniona częstość występowania tego aminokwasu we wszystkich sekwencjach bazy danych). Tak otrzymane dane zostały jeszcze skorygowane o prawdopodobieństwo wystąpienia akceptowalnej mutacji w określonym czasie ewolucji - PAM (Percentage of Acceptable point Mutations per 10 8 years) czyli są specyficzne dla określonego dystansu filogenetycznego Co to znaczy? Przy dystansie filogenetycznym określanym jako 256 PAM, podobieństwo sekwencji leży blisko granicy jego wykrycia (ok. 80% aminokwasów zmienionych) Jones i inni (1992), opierając się o dużo nowsze dane uaktualnili tablice Dayhoff i stworzyli tablice PET91. Jako że tablice PET91 obliczane są w podobny sposób jak tablice Dayhoff to analogicznie można je stosować przy różnych dystansach filogenetycznych PAM
20 Zasady poszukiwania podobieństwa sekwencji w bazach danych za pomocą algorytmów dynamicznych Pierwsza podstawowa zasada: Przy przeszukiwaniu baz danych stworzenie precyzyjnego dopasowania dwu sekwencji i wyznaczenie homologii nie jest celem samym w sobie (choć efekt przeszukiwania obserwujemy w postaci serii dopasowań dwu sekwencji pokazanych jako rankigowa lista trafień) - celem jest znalezienie sekwencji podobnych, które mogą (ale nie muszą) być homologiczne, spokrewnione z naszą - badaną,
21 Zasady poszukiwania podobieństwa sekwencji w bazach danych c.d. Drugą podstawową zasadą przeszukiwania bazy danych jest porównanie sekwencji sprawdzanej (kwerendy, zapytania - query sequence) do każdej sekwencji w bazie danych (których jest baaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaardzo duuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuużo Trzecie założenie - większość z sekwencji w bazie jest niepodobnych do sekwencji porównywanej należy więc znaleźć sposób na odrzucenie tych sekwencji Czwarte założenie - przy dopasowywaniu sekwencji nie muszą one być podobnej długości (to jest zaleta programowania dynamicznego)
22 Rodzaje przeszukiwań baz danych w celu znalezienia podobnych sekwencji nukleotydy do nukleotydów- niska czułość ze względu na 4-literowy alfabet i zazwyczaj jest używana jedynie matryca identyczności dobra przy porównywaniu dużych sekwencji genomowych oraz porównaniach wstępnych białko do białek- najlepiej dopracowane duża czułość nukleotydy do białek- zamienia nukleotydy na białko we wszystkich sześciu ramkach odczytu, służy do znajdowania homologicznych białek, dobrze spisuje się w przypadku genomów eukariotycznych Terminologia przy poszukiwaniu podobieństwa w bazach danych query (kwerenda, zapytanie)- sekwencja dla której chcemy znaleźć podobne sekwencje w bazie danych subject - sekwencja znaleziona w bazie (dopasowana do kwerendy, zwykle jest ich wiele)
23 Algorytmy do przeszukiwania baz danych: Jednym z pierwszych był algorytm Smith a i Waterman a (1981) w programie BLITZ, który dołączał do wyniku statystyczną istotność porównania. Dziś w powszechnym użyciu są dwa podstawowe narzędzia (algorytmy): FASTA BLAST Ich wspólnym mianownikiem jest rozpoczęcie wyszukiwania podobieństwa od krótkich odcinków zadanej sekwencji nt lub aa
24 Przybliżenia - algorytm FASTA Pierwszym powszechnie stosowanym programem do przeszukiwania baz stało się narzędzie oparte na algorytmie FASTA, stworzonym przez Pearsona i Lipmana (1985) a jego zasada polega na wyszukiwaniu najistotniejszych przekątnych analizy dot-plot.
25 Poszczególne etapy porównywania sekwencji programem FASTA. Początkowy etap polega na identyfikacji wszystkich identycznych odcinków dwóch sekwencji o długości k (k-tuples) i poszukiwaniu tych, które leżą na tej samej przekątnej.
26 FASTA - podsumowanie Oszacowuje istotność statystyczną otrzymanego alignmentu poprzez porównanie dystrybucji punktacji z białkami prawdziwie niehomologicznymi Co może być mylące dla tego algorytmu? niezwykła kompozycja sekwencji sekwencje transbłonowe sekwencje powtarzalne FASTA jest uważany za nieco wolniejszy od drugiego powszechnie używanego programu jakim jest BLAST, ale za to bardziej czuły i bardziej specyficzny (w zależności od ustawionych parametrów).
27 Program sugeruje wybór najlepszej bazy danych oraz formę uzyskania wyniku w zależności od wybranego algorytmu
28 Trafienia uszeregowane w rankig wyników
29
30
31
32 Drugi szeroko używany program do wyszukiwania podobieństw - BLAST Basic Local Alignment Search Tool Znajduje najlepsze lokalne podobieństwa z sekwencją porównywaną
33 Algorytm BLAST BLAST zwiększył znacząco szybkość przeszukiwania baz danych nie zmniejszając jednocześnie w sposób istotny jego czułości poprzez podział query i sekwencji w bazie danych na fragmenty - słowa ("words"), i początkowym wyszukiwaniu podobieństw pomiędzy tymi fragmentami przy zastosowaniu określonej matrycy podstawień. Takie słowa są następnie wydłużane w obie strony i tworzony jest alignment jeśli wynik przekracza określoną wartość progową (threshold)
34 Poszczególne etapy poszukiwania podobieństwa bez przerw programem BLAST. 1. podzielenie query na nakładające się słowa 2. przeszukanie bazy w celu znalezienia słów pokrewnych 3. wydłużenie alignmentu zaczynając od słowa pokrewnego 4. wykonanie lokalnego programowania dynamicznego 5. obliczenie statystyczne wartości wyniku tzw. E-value
35 Wydłużenie zgodnego słowa "najdroższy" obliczeniowo etap BLASTa wydłużenie nie jest prowadzone do momentu gdy wyniki punktacji (score) spadnie do zera lecz do osiągnięcia pewnego minimalnego progu punktacji poniżej którego lepiej (dla BLASTA) jest przerwać dopasowanie (...i np. zacząć w innym miejscu)
36
37
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji (sequence alignment)
Co to jest alignment? Dopasowanie sekwencji (sequence alignment) Alignment jest sposobem dopasowania struktur pierwszorzędowych DNA, RNA lub białek do zidentyfikowanych regionów w celu określenia podobieństwa;
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowoDopasowania par sekwencji DNA
Dopasowania par sekwencji DNA Tworzenie uliniowień (dopasowań, tzw. alignmentów ) par sekwencji PSA Pairwise Sequence Alignment Dopasowania globalne i lokalne ACTACTAGATTACTTACGGATCAGGTACTTTAGAGGCTTGCAACCA
Bardziej szczegółowoPrzyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),
Bardziej szczegółowoPRZYRÓWNANIE SEKWENCJI
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki III PRZYRÓWNANIE SEKWENCJI 1 Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych), które posiadają
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoDopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 2: Metody dopasowywania sekwencji Wydział Informatyki PB Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Dopasowywanie (przyrównywanie) sekwencji polega
Bardziej szczegółowoWykład 5 Dopasowywanie lokalne
Wykład 5 Dopasowywanie lokalne Dopasowanie par (sekwencji) Dopasowanie globalne C A T W A L K C A T W A L K C O W A R D C X X O X W X A X R X D X Globalne dopasowanie Schemat punktowania (uproszczony)
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Wyszukiwanie sekwencji Jak wyszukad z baz danych bioinformatycznych sekwencje podobne do sekwencji zadanej (ang. query
Bardziej szczegółowoPolitechnika Wrocławska. Dopasowywanie sekwencji Sequence alignment
Dopasowywanie sekwencji Sequence alignment Drzewo filogenetyczne Kserokopiarka zadanie: skopiować 300 stron. Co może pójść źle? 2x ta sama strona Opuszczona strona Nadmiarowa pusta strona Strona do góry
Bardziej szczegółowoGenerator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1
Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Często dopasować chcemy nie dwie sekwencje ale kilkanaście lub więcej 2 Istnieją dokładne algorytmy, lecz są one niewydajne
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UM http://www.amu.edu.pl/~ewas lgorytmy macierze punktowe (DotPlot) programowanie dynamiczne metody heurystyczne
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010)
Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie
Bardziej szczegółowoWstęp do Biologii Obliczeniowej
Wstęp do Biologii Obliczeniowej Zagadnienia na kolokwium Bartek Wilczyński 5. czerwca 2018 Sekwencje DNA i grafy Sekwencje w biologii, DNA, RNA, białka, alfabety, transkrypcja DNA RNA, translacja RNA białko,
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 5 ANALIZA FILOGENETYCZNA
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 5 ANALIZA FILOGENETYCZNA ANALIZA FILOGENETYCZNA 1. Wstęp - filogenetyka 2. Struktura drzewa filogenetycznego 3. Metody konstrukcji drzewa 4. Etapy konstrukcji drzewa filogenetycznego
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1
Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (16, 23.X.2012)
Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (16, 23.X.2012) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda
Bardziej szczegółowoPrzyrównywanie sekwencji
Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Przyrównywanie sekwencji 1. Porównywanie sekwencji wprowadzenie Sekwencje porównujemy po to, aby
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoWykład Bioinformatyka 2012-09-24. Bioinformatyka. Wykład 7. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM. Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki
Bioinformatyka Wykład 7 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Plan Bioinformatyka Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki Filogenetyka Bioinformatyczne narzędzia
Bardziej szczegółowoKonstruowanie drzew filogenetycznych. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
Konstruowanie drzew filogenetycznych Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Drzewa filogenetyczne ukorzenione i nieukorzenione binarność konstrukcji topologia (sposób rozgałęziana
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Bardziej szczegółowoprof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Dopasowanie sekwencji
Bioinformatyka wykład 5: dopasowanie sekwencji prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyk Politechnika Poznańska Dopasowanie sekwencji Badanie podobieństwa sekwencji stanowi podstawę wielu gałęzi
Bardziej szczegółowoAnalizy filogenetyczne
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 6 Analizy filogenetyczne dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Cele i zastosowania 2. Podstawy ewolucyjne
Bardziej szczegółowoGenomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski
Genomika Porównawcza Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski 1 Plan prezentacji 1. Rodzaje i budowa drzew filogenetycznych 2. Metody ukorzeniania drzewa
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Ewolucja Znaczenie ogólne: zmiany zachodzące stopniowo w czasie W biologii ewolucja biologiczna W astronomii i kosmologii ewolucja gwiazd i wszechświata
Bardziej szczegółowoplezjomorfie: podobieństwa dziedziczone po dalszych przodkach (c. atawistyczna)
Podobieństwa pomiędzy organizmami - cechy homologiczne: podobieństwa wynikające z dziedziczenia - apomorfie: podobieństwa dziedziczone po najbliższym przodku lub pojawiająca się de novo (c. ewolucyjnie
Bardziej szczegółowodopasowanie sekwencji Porównywanie sekwencji Etapy dopasowywania sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia
Porównywanie sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia dopasowanie sekwencji Dopasowanie/porównywanie Uliniowienie Alignment W bioinformatyce, dopasowanie sekwencji jest sposobem dopasowania struktur
Bardziej szczegółowoPodstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.
Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Materiał genetyczny Materiałem genetycznym są kwasy nukleinowe Materiałem genetycznym organizmów komórkowych jest kwas deoksyrybonukleinowy
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały i ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoSamouczek: Konstruujemy drzewo
ROZDZIAŁ 2 Samouczek: Konstruujemy drzewo Po co nam drzewa filogenetyczne? Drzewa filogenetyczne często pojawiają się dzisiaj w pracach z dziedziny biologii molekularnej, które nie mają związku z filogenetyką
Bardziej szczegółowoPorównywanie sekwencji białkowych
Bioinformatyka -9 Bioinformatyka Wykład 4. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej http://www.amu.edu.pl/~ewas Porównywanie sekwencji białkowych Wykład 4, Bioinformatyka -9 Porównywanie sekwencji
Bardziej szczegółowoEwolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz
Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,
Bardziej szczegółowoDopasowanie par sekwencji
BIOINFORMTYK edycja 2016 / 2017 wykład 3 Dopasowanie par sekwencji dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Idea i cele dopasowania sekwencji 2. Definicje
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje
Bardziej szczegółowoStatystyczna analiza danych
Statystyczna analiza danych ukryte modele Markowa, zastosowania Anna Gambin Instytut Informatyki Uniwersytet Warszawski plan na dziś Ukryte modele Markowa w praktyce modelowania rodzin białek multiuliniowienia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowo3 Przeszukiwanie baz danych
Spis treści 3 Przeszukiwanie baz danych 1 3.1 Heurystyczne algorytmy...................... 1 3.1.1 FASTA........................... 1 3.1.2 BLAST........................... 3 3.2 Macierze substytucyjne.......................
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji c.d. Sequence alignment. Bioinformatyka, wykład 5 (16.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl
Dopasowanie sekwencji c.d. Sequence alignment Bioinformatyka, wykład 5 (16.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl dopasowanie - metody dopasowanie par sekwencji: Macierz punktów - dot matrix, dotplot Programowanie
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoAlgorytmika dla bioinformatyki
Algorytmika dla bioinformatyki kurs 2018/2019 Prof. Danuta Makowiec Instytut Fizyki Teoretycznej i Astrofizyki pok. 353, danuta.makowiec@gmail.com Cele kursu 2 Treści wykładu będą skoncentrowane wokół
Bardziej szczegółowoZmienność ewolucyjna. Ewolucja molekularna
Zmienność ewolucyjna Ewolucja molekularna Mechanizmy ewolucji Generujące zmienność mutacje rearanżacje genomu horyzontalny transfer genów! Działające na warianty wytworzone przez zmienność dobór naturalny
Bardziej szczegółowoĆwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online
Techniki molekularne ćw. 5 1 z 13 Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online I. Zasoby NCBI Strona: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ stanowi punkt startowy dla eksploracji
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Jaka tam ewolucja. Zanim trafię na jednego myślącego, muszę stoczyć bitwę zdziewięcioma orangutanami Carlos Ruis Zafon Wierzbownica drobnokwiatowa Fitosterole, garbniki, flawonoidy Właściwości przeciwzapalne,
Bardziej szczegółowoWSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19
WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19 Witold Dyrka 14 marca 2019 1 Wprowadzenie 1.1 Definicje bioinformatyki Według polskiej Wikipedii [1], Bioinformatyka interdyscyplinarna dziedzina
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5/6. Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST.
Ćwiczenie 5/6 Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST. Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Informacja genetyczna u
Bardziej szczegółowoGenerator testów bioinformatyka wer / Strona: 1
Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę
Bardziej szczegółowoAlgorytmy genetyczne w optymalizacji
Algorytmy genetyczne w optymalizacji Literatura 1. David E. Goldberg, Algorytmy genetyczne i ich zastosowania, WNT, Warszawa 1998; 2. Zbigniew Michalewicz, Algorytmy genetyczne + struktury danych = programy
Bardziej szczegółowoUrszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r.
Ćwiczenie 1 1 Wstęp Rozważając możliwe powiązania filogenetyczne gatunków, systematyka porównuje dane molekularne. Najskuteczniejszym sposobem badania i weryfikacji różnych hipotez filogenetycznych jest
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 ANALIZA FILOGENETYCZNA
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 ANALIZA FILOGENETYCZNA ANALIZA FILOGENETYCZNA 1. Wstęp - filogenetyka 2. Struktura drzewa filogenetycznego 3. Metody konstrukcji drzewa - przykłady 4. Etapy konstrukcji drzewa
Bardziej szczegółowoKonspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej
Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka
Bardziej szczegółowoMechanizmy zmienności ewolucyjnej. Podstawy ewolucji molekularnej.
Mechanizmy zmienności ewolucyjnej Podstawy ewolucji molekularnej. Mechanizmy ewolucji } Generujące zmienność } mutacje } rearanżacje genomu } horyzontalny transfer genów } Działające na warianty wytworzone
Bardziej szczegółowoWyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność
Wersja 1.05 Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 3: Wyszukiwanie w bazach sekwencji Przewidywanie genów Wydział Informatyki PB Marek Krętowski pokój 206 e-mail: m.kretowski@pb.edu.pl http://aragorn.pb.bialystok.pl/~mkret
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Losy gatunków: specjacja i wymieranie. Podstawy ewolucji molekularnej
Teoria ewolucji. Losy gatunków: specjacja i wymieranie. Podstawy ewolucji molekularnej Specjacja } Pojawienie się bariery reprodukcyjnej między populacjami dające początek gatunkom } Specjacja allopatryczna
Bardziej szczegółowoAlgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce
lgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce wykład 4: dopasowanie sekwencj poszukiwanie motywów prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyk Politechnika Poznańska Dopasowanie sekwencji Badanie
Bardziej szczegółowoAcknowledgement. Drzewa filogenetyczne
Wykład 8 Drzewa Filogenetyczne Lokalizacja genów Some figures from: Acknowledgement M. Zvelebil, J.O. Baum, Introduction to Bioinformatics, Garland Science 2008 Tradycyjne drzewa pokrewieństwa Drzewa oparte
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Zmiany genetyczne w ewolucji } Mutacje } tworzą nowe allele genów } Inwersje } zmieniają układ genów na chromosomach } mogą uniemożliwić rekombinację
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji.
Bioinformatyka Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji www.michalbereta.pl Załóżmy, że mamy dwie sekwencje, które chcemy dopasować i dodatkowo ocenić wiarygodność tego dopasowania. Interesujące nas pytanie
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie. Ewolucja biologiczna } Znaczenie ogólne: } proces zmian informacji genetycznej (częstości i rodzaju alleli), } które to zmiany są przekazywane z pokolenia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka 2 (BT172) Progresywne metody wyznaczania MSA: T-coffee
Bioinformatyka 2 (BT172) Wykład 5 Progresywne metody wyznaczania MSA: T-coffee Krzysztof Murzyn 14.XI.2005 PLAN WYKŁADU Ostatnio : definicje, zastosowania MSA, złożoność obliczeniowa algorytmu wyznaczania
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoHistoria informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej
Bardziej szczegółowoNuttall przeprowadził testy precypitacyjne białek surowicy, aby wykazać związek filogenetyczny między różnymi grupami zwierząt.
1904 Nuttall przeprowadził testy precypitacyjne białek surowicy, aby wykazać związek filogenetyczny między różnymi grupami zwierząt. M. Prakash 2007.Encyclopaedia of Gene Evolution Vol. 2, Molecular Genetics,
Bardziej szczegółowoAlgorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia niestacjonarne
Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki, pojęć
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowoPodstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.
Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Zarys biologii molekularnej genu Podstawowe procesy genetyczne Replikacja powielanie informacji Ekspresja wyrażanie (realizowanie funkcji)
Bardziej szczegółowoMotywy i podobieństwo
Motywy i podobieństwo Całość funkcja Modularna budowa białek Elementy składowe czyli miejsca wiązania, domeny 1 Motywy Motyw jest opisem określonej części trójwymiarowej struktury zawierającym charakterystyczny
Bardziej szczegółowoWzorcowe efekty kształcenia dla kierunku studiów biotechnologia studia pierwszego stopnia profil ogólnoakademicki
Załącznik nr 2 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19 czerwca 2018 r. w sprawie programu i planu studiów na kierunku BIOTECHNOLOGIA na poziomie studiów pierwszego stopnia
Bardziej szczegółowoMACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka
MAIERZE MUTAYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka Zadaniem FILOGENETYKI jest : zrekonstruowanie ewolucyjnej historii wszystkich organizmów odkrycie przodka
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoBadanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym
Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Podstawy ewolucji molekulanej Jak ewoluują sekwencje Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na chromosomach mogą uniemożliwić rekombinację
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Porównywanie sekwencji
Bioinformatyka Wykład 5 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UM 1 http://www.amu.edu.pl/~ewas Porównywanie sekwencji Pierwsze pytanie biologa molekularnego, kiedy odkryje nową sekwencję: zy
Bardziej szczegółowoAlgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce
lgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce wykład 4: dopasowanie sekwencj poszukiwanie motywów prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyk Politechnika Poznańska Dopasowanie sekwencji Badanie
Bardziej szczegółowoAlgorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia stacjonarne i niestacjonarne
Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia stacjonarne i niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki,
Bardziej szczegółowoFilogenetyka molekularna. Dr Anna Karnkowska Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji
Filogenetyka molekularna Dr Anna Karnkowska Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji Co to jest filogeneza? Filogeneza=drzewo filogenetyczne=drzewo rodowe=drzewo to rozgałęziający się diagram, który
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka
Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji c.d. Sequence alignment. Bioinformatyka, wykład 5 (6.XI.2012) krzysztof_pawlowski@sggw.pl
Dopasowanie sekwencji c.d. Sequence alignment Bioinformatyka, wykład 5 (6.XI.2012) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Dopasowanie sekwencji - znaczenie Podobieństwo porównywanych sekwencji (similarity) może świadczyć
Bardziej szczegółowoMSA i analizy filogenetyczne
Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański MSA i analizy filogenetyczne 1. Dopasowania wielosekwencyjne - wprowadzenie Dopasowanie wielosekwencyjne
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) http://bioinformaticsonline.com/file/view/4482/bioinformatics-definitions-and-applications
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Filogenetyka molekularna wykorzystuje informację zawartą w sekwencjach aminokwasów lub nukleotydów do kontrukcji drzew
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna
Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Przedmowa...................................................... 1 1. Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych...........................
Bardziej szczegółowoPodstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,
Bardziej szczegółowoEwolucja informacji genetycznej
1 Ewolucja informacji genetycznej Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej Ziemi Oparin, Haldane Miller, 1953 Co by o najpierw?
Bardziej szczegółowoOcena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO
Ocena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO Bogumil Konopka 1, Jean-Christophe Nebel 2, Malgorzata Kotulska 1 * 1 Politechnika
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Egzamin: 29.01.2018 16:00, sala 9B Pierwsza synteza Ewolucja jako zmiany częstości alleli w populacji Mutacje jako źródło nowych alleli Dobór
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowoPodstawy teorii ewolucji. Informacja i ewolucja
Podstawy teorii ewolucji Informacja i ewolucja Podręczniki 2 Dla zainteresowanych http://wps.prenhall.com/esm_freeman_evol_4/ 3 Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego
Bardziej szczegółowoPorównywanie sekwencji białek i kwasów nukleinowych
Porównywanie sekwencji białek i kwasów nukleinowych Krzysztof Lewiński 1. Podobieństwo i jego miara Wprawdzie podobieństwo jest pojęciem często używanym w życiu codziennym ale nie oznacza to, że możemy
Bardziej szczegółowo