Projekt OPERACJA SUKCES unikatowy model kształcenia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Medycznego w Łodzi odpowiedzią na potrzeby gospodarki opartej na wiedzy współfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego, w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu BIOSTATYSTYKA 2. Numer kodowy COM03c 3. Język, w którym prowadzone są zajęcia polski 4. Typ kursu obowiązkowy 5. Grupa treści kształcenia nauki podstawowe 6. Poziom studiów według klasyfikacji bolońskiej studia magisterskie 7. Rok studiów/semestr II rok/semestr 3 8. Formuła przedmiotu ćwiczenia 9. Liczba godzin zajęć 16 10. Rodzaj zajęć z uwzględnieniem podziału godzin ćwiczenia w wymiarze 16 godzin 11. Liczba kredytów ECTS 1
12. Jednostka dydaktyczna prowadząca przedmiot Klinika Pediatrii, Onkologii, Hematologii i Diabetologii I Katedra Pediatrii 13. Imię i nazwisko osoby egzaminującej lub zaliczającej przedmiot prof. dr hab. n. med. Wojciech Młynarski 14. Osoby prowadzące zajęcia prof. dr hab. med. Wojciech Młynarski, dr med. Wojciech Fendler, mgr inż. Łukasz Walenciak, dr hab. med. Agnieszka Szadkowska, mgr inż. Dorota Czerwoniuk, mgr Patryk Górniak 15. Wymagania wstępne i wymagania równoległe informatyka medyczna, język angielski, przysposobienie biblioteczne 16. Zaliczenie przedmiotu jest wymagane przed rozpoczęciem zajęć: klinicznych 17. Cele i założenia nauczania przedmiotu Poznanie roli epidemiologii i metod gromadzenia danych biomedycznych oraz znaczenia wskaźników epidemiologicznych służących opisywaniu zdrowotności populacji. Zrozumienie założeń i tematyki Evidence Based Medicine medycyny opartej na wiarygodnych i aktualnych danych. Omówienie pojęć, metod klasyfikacji badań naukowych według jakości i wiarygodności. Poznanie podstaw metod poszukiwania i uzyskiwania dostępu do publikacji naukowych ze szczególnym uwzględnieniem meta-analizy. Omówienie interpretacji wyników badań naukowych w tym wyjaśnienie znaczenia poszczególnych miar efektów wykorzystywanych w badaniach biomedycznych (np. iloraz szans, ryzyko względne, hazard względny). Poznanie i zastosowanie podstawowych metod analizy danych omówienie rodzajów zmiennych, przedstawienie zasad weryfikacji hipotez badawczych, praktyczne przeprowadzenie podstawowych analiz statystycznych. Poznanie założeń i możliwości wykorzystania bardziej zaawansowanych metod analizy danych omówienie wskaźników przydatności diagnostycznej testów (np. czułości, swoistości, wartości predykcyjnych dodatniej i ujemnej) i metod ustalania wartości odcięcia dla zmiennych ciągłych. Omówienie zasad analizy przeżycia oraz praktyczne przeprowadzenie analizy prawdopodobieństwa przeżycia za pomocą krzywych Kaplana-Meiera.
18. Metody dydaktyczne zajęcia multimedialne z omówieniem problemów medycznych; zajęcia praktyczne w oddziale klinicznym; zajęcia praktyczne w pracowni komputerowej z wykorzystaniem oprogramowania STATISTICA PL 19. Wykaz literatury podstawowej i uzupełniającej Literatura podstawowa: Przystępny kurs statystyki Tom 1. Stanisz A, Statsoft Polska, Kraków, 2003; Materiały multimedialne w formie PDF dostępne na stronie internetowej przedmiotu o ograniczonym dostępie dla poszczególnych grup. Literatura uzupełniająca: Przystępny kurs statystyki Tom 2. Stanisz A, Statsoft Polska, Kraków, 2003; Biostatystyka wykorzystanie metod statystycznych w pracy badawczej w naukach biomedycznych. Watała C, Alfa-Medica Press, Bielsko-Biała, 2002; Podstawy EBM czyli medycyny opartej na danych naukowych dla lekarzy i studentów medycyny. Gajewski P, Jaeschke R, Brożek J, Wyd. Medycyna Praktyczna, 2008. 20. Forma i warunki zaliczenia przedmiotu, w tym zasady dopuszczenia do egzaminu Warunki zaliczenia przedmiotu: obecność na wszystkich zajęciach oraz poprawne wykonanie zadań i ćwiczeń w trakcie zajęć. W przypadku nieobecności student zobowiązany jest odrobić zajęcia z inną grupą; liczba osób na ćwiczeniach w pracowni ograniczona jest ilością stanowisk komputerowych; zajęcia należy odrobić w czasie zajęć programowych - dodatkowe zajęcia nie będą organizowane. Forma zaliczenia: sprawdzian testowy (30 pytań z jedną poprawną odpowiedzią). Ocena końcowa zależy od liczby punktów uzyskanych z testu oraz punktów dodatkowych za realizację samodzielnych zadań domowych, wykonywanych na komputerze. 21. Treści merytoryczne budujące wiedzę Bazy danych medycznych Statystyka: podstawowe pojęcia; struktura baz danych, rodzaje zmiennych, parametry przydatności diagnostycznej testów, prezentacja i interpretacja wyników badań naukowych. Interpretacja wskaźników w publikacjach naukowych. Oprogramowanie statystyczne.
Podstawowa analiza rozkładu i formułowanie hipotez. Testy parametryczne i nieparametryczne, analiza korelacji, założenia testów. Analiza porównawcza zmiennych nominalnych i ciągłych. Dobór odpowiednich testów i metod przedstawiania wyniku do typów zmiennych. Analiza przykładowych zbiorów danych. Metody analizy danych w układzie par zależnych oraz w większej liczbie grup analiza wariancji, analiza przeżycia, ocena siły efektu, ocena opłacalności interwencji, omówienie założeń regresji liniowej i logistycznej. Ocena siły efektu (iloraz szans, relatywne ryzyko, NNT i NNH). Analiza przeżycia: baza danych; genetyczne czynniki ryzyka zgonu z powodu raka krtani. Analiza wariancji. Analiza wieloczynnikowa metodą regresji logistycznej. Wykorzystanie statystyki w epidemiologii: podstawowe pojęcia z epidemiologii, gromadzenie danych epidemiologicznych, źródła danych epidemiologicznych, rodzaje badań epidemiologicznych; dane epidemiologiczne GUS, IDF i WHO. 22. Efekty kształcenia umiejętności i kompetencje Student po zakończeniu kursu biostatystyki powinien potrafić: znaleźć dane epidemiologiczne w bazach danych GUS, WHO; wyszukać w bazie danych PubMed i Cochrane publikacje naukowe na dany temat używając słów kluczowych i je przeanalizować; uzyskać pełne wersje meta-analiz z bazy danych Cochrane; wyjaśnić różnice i zidentyfikować wskaźniki epidemiologiczne: umieralności, śmiertelności, chorobowości i zachorowalności; uzasadnić stosowanie współczynników standaryzowanych i przedstawić algorytm postępowania podczas standaryzacji wskaźników epidemiologicznych; zinterpretować, wyliczyć i porównać wskaźniki przydatności diagnostycznej testów i objawów (czułość, swoistość, wartości predykcyjne dodatnia i ujemna); zinterpretować wykres obrazujący krzywą ROC i uzasadnić dobór punktu odcięcia w dychotomizacji zmiennej ciągłej będącej parametrem diagnostycznym; wyjaśnić różnice pomiędzy badaniami prospektywnymi i retrospektywnymi, randomizowanymi i kliniczno-kontrolnymi, opisami przypadków i badaniami eksperymentalnymi oraz uszeregować je według wiarygodności i jakości dowodów naukowych; zinterpretować wyniki meta-analizy określając kierunek, wielkość, wiarygodność i homogenność efektu;
oczyścić bazę danych z błędów formatowania i edycji; przeprowadzić dychotomizację zmiennych za pomocą formuł; przeprowadzić transformację przestrzeni wartości zmiennej za pomocą formuł; dobrać odpowiedni test do problemu badawczego; przeprowadzić weryfikację hipotez badawczych dla zmiennych nominalnych za pomocą testów Chi2, Chi2 z poprawką Yatesa oraz dokładnego testu Fishera; przeprowadzić analizę korelacji zmiennych ciągłych testami Pearsona i Spearmana; przeprowadzić analizę porównawczą zmiennych ciągłych pomiędzy dwiema grupami - testem t-studenta oraz Manna-Whitney a; przeprowadzić analizę porównawczą zmiennych ciągłych pomiędzy większą liczbą grup analiza wariancji oraz nieparametryczna analiza wariancji Kruskala-Wallisa wraz ze stosownymi testami post-hoc; przedstawić graficznie wyniki wykonanych analiz za pomocą wykresów median i kwartyli, wykresów rozrzutu oraz histogramów; przeprowadzić estymację populacyjnej wartości badanej zmiennej z 95% przedziałem ufności; wyznaczyć iloraz szans, relatywne ryzyko z 95% przedziałami ufności za pomocą stosownego kalkulatora online lub.xls.; obsługiwać program komputerowy STATISTICA PL w zakresie powyższych analiz; wyszukać publikacje i informacje na temat struktury zgonów, zachorowalności na choroby układu krążenia oraz nowotwory. 23. Kontynuacja przedmiotu przewidziana na zajęciach: klinicznych oraz w trakcie studiów doktoranckich 24. Zalecane kursy fakultatywne i zajęcia uzupełniające: Zajęcia fakultatywne: Wykorzystanie podstawowych i zaawansowanych analiz statystycznych w praktyce klinicznej i naukowej 25. Informacje dodatkowe dostępne są pod adresem http://www.pediatria.umed.pl/klinika-pediatrii/dla-studentow/biostatystyka