Informacje dotyczące AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 zamówienia Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315

COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO. Informacje dotyczące AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 Tests P/N: 20759414 122 zamówienia Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 US: 83319 COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR DK 100 Tests P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 US: 83276 COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 US: 83314 Poniższy zestaw stosować można do detekcji Neisseria gonorrhoeae w próbkach amplifikowanych przy użyciu AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detekcja Neisseria gonorrhoeae jest opcjonalna dla użytkownika. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: 20757535 122 Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 Poniższy zestaw stosować można do detekcji kontroli wewnętrznej CT/NG amplifikowanej przy użyciu zestawu AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detekcja kontroli wewnętrznej CT/NG jest opcjonalna dla użytkownika przy badaniu próbek moczu lub wymazów pobranych na transportowe podłoże hodowlane dla chlamydii. Detekcja kontroli wewnętrznej jest obowiązkowa przy badaniu wymazów pobranych i transportowanych przy użyciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: 20757608 122 Internal Control Detection Kit ART: 07 5760 8 US: 83281 Następującego zestawu można użyć do pobierania i transportu wymazów z kanału szyjki macicy i cewki moczowej. AMPLICOR STD STD SWAB 50 Tests P/N: 20753920 122 Swab Specimen Collection ART: 07 5392 0 and Transport Kit US: 83075 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/36 P/N: 04497309 190

Przeznaczenie COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT) Test jest testem do jakościowej detekcji in vitro DNA C. trachomatis w próbkach klinicznych przy użyciu analizatora COBAS AMPLICOR. Do detekcji C. trachomatis w próbkach z dróg moczowo-płciowych test ten wykorzystuje reakcję łańcuchowej polimerazy (PCR), oraz technikę amplifikacji i hybrydyzacji kwasów nukleinowych. Podsumowanie i objaśnienie testu Zasady procedury Chlamydie są to Gram-ujemne, nieruchome bakterie, występujące jako obligatoryjny wewnątrzkomórkowy pasożyt komórek eukariotycznych z uwagi na swą niezdolność do syntezy ATP. Rodzaj Chlamydia obejmuje cztery opisane dotychczas gatunki: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum oraz C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci i C. pecorum są patogenami spotykanymi głównie u zwierząt 1-3. Zakażenia C. trachomatis są obecnie drugą co do częstości przyczyną schorzeń przenoszonych drogą płciową (STD, sexually transmitted diseases) w populacji ogólnoświatowej przy zapadalności wynoszącej około 89,1 miliona przypadków rocznie 4. Częstość występowania w Stanach Zjednoczonych wynosi około 3 milionów przypadków rocznie 5. C. trachomatis powoduje zapalenie szyjki macicy, zapalenie narządów miednicy mniejszej (Pelvic Inflammatory Disease, PID), niemowlęce zapalenie spojówek, niemowlęce zapalenie płuc, zapalenie cewki moczowej, zapalenie najądrza oraz zapalenie odbytu 1,6. C. trachomatis jest też najczęstszą przyczyną (około 25-55% przypadków) niegonokokowego zapalenia cewki moczowej (NGU, non-gonococcal urethritis) u mężczyzn. U kobiet konsekwencje zakażenia chlamydiami są poważne w przypadku braku leczenia. Około 3 czwartych zakażeń jest bezobjawowych, dlatego też wiele przypadków pozostaje nierozpoznanych i nieleczonych, co prowadzi do dodatkowych problemów, szczególnie u kobiet ciężarnych. U dzieci urodzonych przez kobiety z zakażeniem chlamydiami występuje wysokie ryzyko rozwoju wtrętowego zapalenia spojówek i zapalenia płuc. Dostępnych jest kilka metod wykrywania C. trachomatis w próbkach klinicznych. Metody te obejmują bezpośrednie barwienie zakażonych tkanek metodą Giemsy, wykrywanie chlamydiowych ciał wtrętowych w hodowlach zakażonych komórek przy użyciu barwienia z użyciem testów immunofluorescencyjnych, metody immunofluorescencji bezpośredniej oraz sondy kwasów nukleinowych 1,7-9. Hodowla komórkowa wykazuje dużą swoistość, ale jej czułość w rutynowej praktyce klinicznej wynosi poniżej 100%. Ponieważ hodowla chlamydii nie ma 100% czułości zaproponowano, aby w celu identyfikacji zakażonych próbek, których nie rozpoznano przy użyciu hodowli, stosować kilka testów niehodowlanych 10. Metody badania nieoparte na hodowlach komórkowych stosuje się celem identyfikacji składników mikroorganizmu (białka lub kwasy nukleinowe) uważanych za swoiste dla drobnoustrojów zakaźnych. Metody te mogą wykryć dodatkowe zakażenia w próbkach, których nie wykryto w hodowli komórkowej. Ponieważ swoistość tych metod wynosi poniżej 100%, zalecono weryfikację antygenów lub kwasów nukleinowych C. trachomatis metodą alternatywną (działanie zalecone przez CDC w roku 1993) 4. COBAS AMPLICOR CT Test oparty jest na czterech głównych procesach: przygotowanie próbki; amplifikacja PCR 11,12 docelowego DNA przy użyciu komplementarnych primerów swoistych dla CT; hybrydyzacja produktów amplifikacji z sondami oligonukleotydowymi swoistymi dla elementu (elementów) docelowego; oraz detekcja produktów amplifikacji związanych z sondami na drodze reakcji barwnej. 2/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Przygotowanie próbki Amplifikacja PCR Opracowanie testu PCR obejmuje identyfikację określonego regionu docelowego DNA, który ma być poddany amplifikacji oraz syntezę dwóch krótkich, biotynylowanych, oligonukleotydowych primerów, komplementarnych do fragmentów DNA otaczających sekwencję docelową. Biotynylowane primery wiążą się z komplementarnym fragmentem DNA otaczającym sekwencję docelową, a polimeraza DNA wydłuża ich sekwencję w kierunku 5' do 3', używając nadmiaru trójfosforanów dezoksynukleotydów (dntps) w mieszaninie reakcyjnej, tworząc biotynylowaną, komplementarną sekwencję DNA określaną jako amplikon. Swoista dla amplikonu oligonukleotydowa sonda, związana z trwałym podłożem (mikrocząsteczki) wykorzystywana jest do hybrydyzacji (związania) amplikonu. Układ detekcji w omawianym teście wykorzystuje koniugat awidyny z peroksydazą chrzanową (HRP, horseradish peroxidase), który łączy się z biotynylowanym amplikonem związanym na powierzchni mikrocząsteczek. Do reakcji barwnej stosuje się substrat, jakim jest nadtlenek wodoru oraz chromofor w postaci tetrametylobenzydyny (TMB). COBAS AMPLICOR CT Test jest testem złożonym pozwalającym na równoczesną amplifikację docelowego DNA C. trachomatis, docelowego DNA N. gonorrhoeae oraz DNA kontroli wewnętrznej CT/NG (CT/NG IC). Odczynnik Master Mix zawiera pary biotynylowanych primerów swoistych dla C. trachomatis, N. gonorrhoeae oraz CT/NG IC. Detekcja zamplifikowanego DNA N. gonorrhoeae jest opcjonalna i zależna od użytkownika. Przy badaniu próbek wymazów pobranych i transportowanych przy użyciu zestawu do pobierania i transportu wymazów AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit musi być wykonywana detekcja kontroli wewnętrznej CT/NG IC. Detekcję kontroli wewnętrznej CT/NG IC można wykonać według opcji użytkownika przy badaniu próbek lub wymazów pobranych i transportowanych na pożywkach transportowych dla Chlamydii. Komórki nabłonka dróg moczowo-płciowych pobrane w trakcie wymazu lub odwirowane z moczu poddaje się działaniu roztworu detergentu w celu uwolnienia DNA chlamydii zawartego w ciałkach siateczkowatych. Kolejny roztwór detergentu dodaje się w celu przygotowania lizatu próbki do amplifikacji. Wybór sekwencji docelowej Poza chromosomalnym DNA, C. trachomatis zawiera dodatkowo plazmid utajony o wielkości około 7500 par zasad wspólny dla wszystkich typów serologicznych C. trachomatis 13,14. W COBAS AMPLICOR CT Test wykorzystano primery CP24 i CP27 w celu określenia sekwencji DNA o długości około 208 nukleotydów wewnątrz plazmidu utajonego C. trachomatis. Amplifikacja sekwencji docelowej Poddane obróbce próbki dodaje się do mieszaniny amplifikacyjnej w probówkach do amplifikacji (A-tubes), gdzie zachodzi amplifikacja PCR. Mieszaninę reakcyjną podgrzewa się w celu denaturacji dwuniciowej helisy DNA i odsłonięcia swoistych sekwencji docelowych primerów w obrębie plazmidu utajonego C. trachomatis. Po ochłodzeniu się mieszaniny, biotynylowane primery CP24 i CP27 wtapiają się do docelowej nici DNA. Termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus (Taq pol) w obecności nadmiaru trójfosforanów dezoksynukleotydów (dntp), w tym trójfosforanu dezoksyadenozyny, dezoksyguanozyny, dezoksycytydyny i dezoksyurydyny (zamiast dezoksytymidyny), wydłuża wtopione primery wzdłuż wzorcowych nici docelowego DNA tworząc cząsteczkę dwuniciowego DNA składającą się z 208 par zasad, określaną jako amplikon. Analizator COBAS AMPLICOR automatycznie powtarza powyższy proces przez określoną liczbę cykli, w każdym z nich podwajając teoretycznie ilość DNA amplikonu. Amplifikacja kontroli wewnętrznej W procesach amplifikacji wykorzystujących enzymy, takich jak PCR, zawartość w próbce klinicznej inhibitorów może skutkować zmniejszoną wydajnością amplifikacji. Kontrola wewnętrzna CT/NG umożliwia identyfikację poddanych obróbce próbek zawierających substancje, które mogą zakłócać amplifikację 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/36

PCR. Kontrola wewnętrzna CT/NG jest to niezakaźny, rekombinowany plazmid DNA z regionami wiążącymi primery identycznymi jak te w sekwencji docelowej C. trachomatis, losową sekwencją wewnętrzną o podobnej długości i składzie zasad jak sekwencja docelowa C. trachomatis, oraz unikalnym regionem wiążącym sondy różnicującym amplikon kontroli wewnętrznej CT/NG od amplikonu docelowego. Powyższe cechy wybrano, aby zapewnić równoważną amplifikację DNA kontroli wewnętrznej CT/NG i C. trachomatis. AMPLICOR CT/NG Amplification Kit zawiera odczynnik kontroli wewnętrznej CT/NG, który wprowadza się do każdej reakcji amplifikacji celem równoczesnej amplifikacji z docelowym DNA z próbki klinicznej. Opcjonalny zestaw COBAS AMPLICOR Internal Control Detection Kit zawiera oligonukleotydową sondę wychwytującą swoistą dla kontroli wewnętrznej, której można użyć do identyfikacji dodatniego sygnału w mieszaninie reakcyjnej pochodzącego od kontroli wewnętrznej. Kontrola wewnętrzna CT/NG ma za zadanie identyfikację próbek zawierających substancje hamujące, które w oparciu o analizę Poissona zakłócają amplifikację i detekcję 20 lub więcej kopii docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis. Detekcja CT/NG IC jest opcjonalna dla użytkownika przy badaniu próbek moczu lub wymazów pobranych i transportowanych na transportowych podłożach hodowlanych dla Chlamydii. Przy badaniu wymazów pobranych i transportowanych przy użyciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit konieczne jest wykonywanie detekcji CT/NG IC. Amplifikacja wybiórcza Amplifikację wybiórczą badanego kwasu nukleinowego z próbki klinicznej przy użyciu COBAS AMPLICOR CT Test uzyskuje się dzięki zastosowaniu enzymu AmpErase (uracylo-n-glikozylaza) i trójfosforanu dezoksyurydyny (dutp). Enzym AmpErase rozpoznaje i katalizuje rozkład nici DNA zawierających dezoksyurydynę 15, nie wpływając na nici DNA zawierające dezoksytymidynę. Dezoksyurydyna nie wchodzi w skład występującego w naturze DNA, jest natomiast zawsze obecna w amplikonie z uwagi na użycie trójfosforanu dezoksyurydyny w miejsce trójfosforanu dezoksytymidyny jako jednego z dntps w odczynniku Master Mix; dlatego też wyłącznie amplikon zawiera dezoksyurydynę. Dezoksyurydyna powoduje wrażliwość zanieczyszczającego amplikonu na rozkład przez enzym AmpErase przed amplifikacją docelowego DNA. Enzym AmpErase zawarty w odczynniku Master Mix katalizuje rozkład DNA zawierającego dezoksyurydynę w miejscu reszt dezoksyurydynowych przez otwarcie pierścienia dezoksyrybozy w pozycji C1. Podczas ogrzewania w pierwszym cyklu termicznym w ph zasadowym odczynnika Master Mix, łańcuch amplikonu DNA pęka w pozycji dezoksyurydyny, w ten sposób wykluczając dalszą amplifikację DNA. Enzym AmpErase jest nieczynny w temperaturach powyżej 55 C, tj. w czasie trwania całego cyklu termicznego, dlatego też nie niszczy on amplikonu docelowego. Po amplifikacji całość pozostałego enzymu ulega denaturacji poprzez dodanie roztworu denaturującego, zapobiegając w ten sposób degradacji dowolnego amplikonu docelowego. Wykazano, że enzym AmpErase w COBAS AMPLICOR CT Test inaktywuje w czasie jednej reakcji PCR przynajmniej 10 3 kopii amplikonu C. trachomatis zawierającego dezoksyurydynę. Reakcja hybrydyzacji Po amplifikacji PCR analizator COBAS AMPLICOR automatycznie dodaje roztwór denaturujący do probówek A-tube w celu chemicznej denaturacji amplikonu CT oraz amplikonu kontroli wewnętrznej CT/NG i uzyskania jednoniciowego DNA. Próbki zdenaturowanego amplikonu przenosi się następnie do naczyniek używanych do oznaczeń (D-cups). Do poszczególnych naczyniek D-cup dodaje się zawiesiny magnetycznych cząsteczek pokrytych sondą oligonukleotydową swoistą dla C. trachomatis (lub kontroli wewnętrznej, w zależności od opcji wybranej przez użytkownika). Znakowane biotyną amplikony CT i kontroli wewnętrznej CT/NG ulegają hybrydyzacji ze swoistymi dla badanego materiału sondami oligonukleotydowymi związanymi z cząsteczkami magnetycznymi. Hybrydyzacja amplikonu ze swoistą dla badanego materiału sondą zwiększa ogólną swoistość testu. 4/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Reakcja detekcji Po reakcji hybrydyzacji analizator COBAS AMPLICOR przemywa cząsteczki magnetyczne w naczyńkach D-cup w celu usunięcia niezwiązanego materiału, a następnie dodaje koniugat peroksydazy chrzanowej z awidyną. Koniugat peroksydazy chrzanowej z awidyną wiąże się ze znakowanymi biotyną amplikonami, które uległy hybrydyzacji ze swoistymi dla badanego materiału sondami oligonukleotydowymi związanymi z cząsteczkami magnetycznymi. Analizator COBAS AMPLICOR usuwa niezwiązany kompleks, płucząc cząsteczki magnetyczne, a następnie do każdego naczyńka D-cup dodaje roztwór substratów zawierający nadtlenek wodoru oraz 3,3',5,5'-tetrametylobenzydynę (TMB). W obecności nadtlenku wodoru peroksydaza chrzanowa związana z cząsteczkami katalizuje utlenianie TMB, tworząc barwny kompleks, którego absorbancję mierzy analizator COBAS AMPLICOR przy długości fali 660 nm. Odczynniki AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 testów P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 Zestaw do przygotowywanie próbek US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG URINE WASH (CT/NG bufor płuczący do próbek moczu) Bufor Tris-HCl 300 mm chlorek sodu < 0,1% detergent 0,09% azydek sodu CT/NG LYS (CT/NG odczynnik lizujący) Bufor Tris-HCl < 1% środek zwiększający rozpuszczalność 0,09% azydek sodu CT/NG DIL (CT/NG rozcieńczalnik do próbek) Bufor Tris-HCl 6 mm chlorek magnezu < 25% detergent 0,05% azydek sodu 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 testów P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG zestaw do amplifikacji US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) Bufor Tris-HCl EDTA 100 mm chlorek potasu Glicerol < 0,016% dutp < 0,01% AmpliTaq (Taq polimeraza DNA, bakteryjna) < 0,005% datp, dctp, dgtp < 0,01% enzym AmpErase (uracylo-n-glikozylaza) (bakteryjny) < 0,0004% primery SS01, SS02, CP24 i CP27, biotynylowane 0,05% azydek sodu 3 x 1,8 ml 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/36

CT/NG IC 3 x 0,1 ml (CT/NG kontrola wewnętrzna) Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaźny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawierający sekwencje wiążące primer CT oraz unikalny region wiążący sondę < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) EDTA Barwnik amarantowy 0,05% azydek sodu CT (+) C 1 x 0,8 ml [C. trachomatis kontrola (+)] Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaźny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawierający sekwencje C. trachomatis < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) < 0,5% detergent EDTA 0,05% azydek sodu NG (+) C 1 x 0,8 ml [C. trachomatis kontrola ( )] Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaźny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawierający sekwencje N. gonorrhoeae < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) < 0,5% detergent EDTA 0,05% azydek sodu COBAS AMPLICOR CT DK 100 testów P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR zestaw do detekcji Chlamydia trachomatis CT PS1 1 x 100 testów (Zawiesina sondy CT nr 1) Bufor MES < 0,3% zawiesina Dynabeads (cząsteczek paramagnetycznych) pokrytych oligonukleotydową sondą wychwytującą CP35 swoistą dla C. trachomatis 0,9% azydek sodu CT4 (Zawiesina sondy CT nr 2) Bufor fosforanu sodu 25% tiocyjanian sodu < 0,2% środek zwiększający rozpuszczalność + Xn 25% (udział wagowy) tiocyjanian sodu 1 x 100 testów Produkt szkodliwy 6/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 testów P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR zestaw odczynników do detekcji US: 83276 DN4 (Roztwór denaturujący) 1,6% wodorotlenek sodu EDTA Błękit tymolowy + Xi 1,6% (udział wagowy) wodorotlenek sodu 1 x 100 testów Produkt drażniący CN4 (Koniugat awidyny i peroksydazy chrzanowej) Bufor Tris-HCl < 0,001% koniugat awidyny i peroksydazy Chrzanowej albumina surowicy wołowej (ssacza) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1% fenol 1% substancja konserwująca ProClin 150 SB3 (Substrat A) Roztwór kwasu cytrynowego 0,01% nadtlenek wodoru 0,1% substancja konserwująca ProClin 150 1 x 100 testów 5 x 75 testów SB (Substrat B) 0,1% 3,3',5,5'-tetrametylobenzydyna (TMB) 40% dimetyloformamid (DMF) T 40% (udział wagowy) dimetyloformamid (DMF) 5 x 5 ml Produkt toksyczny R: 61-20/21-36 Może działać szkodliwie na dziecko w łonie matki. Działa szkodliwie przez drogi oddechowe i w kontakcie ze skórą. Działa drażniąco na oczy. S: 53-45 Unikać narażenia - przed użyciem zapoznać się z instrukcją. W przypadku awarii lub jeżeli źle się poczujesz, niezwłocznie zasięgnij porady lekarza - jeżeli to możliwe, pokaż etykietę. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/36

COBAS AMPLICOR WB 500 testów P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR Bufor płuczący US: 83314 WB (10X koncentrat płuczący) < 2% bufor fosforanowy < 9% chlorek sodu EDTA < 2% detergent 0,5% substancja konserwująca ProClin 300 2 x 250 testów Ostrzeżenia i środki ostrożności Do stosowania w diagnostyce in vitro. Używany w niniejszej instrukcji użytkowania termin kopia odnosi się do 1 kopii docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis. Jedna (1) kopia jest równoważna najmniejszej ilości docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis, która daje dodatni wynik testu PCR. Test ten używany jest wyłącznie z próbkami pobranymi z kanału szyjki macicy, cewki moczowej oraz próbkami moczu. Test nie jest przeznaczony do stosowania z próbkami pobranymi z gardła, odbytnicy ani próbkami innymi niż wymienione. Nie pipetować za pomocą ust. Nie jeść, nie pić oraz nie palić w laboratorium, w obszarach roboczych. W czasie pracy w próbkami i odczynnikami z zestawów należy stosować jednorazowe rękawice bezpudrowe, fartuchy laboratoryjne oraz odpowiednią ochronę oczu. Dokładnie umyć ręce po obchodzeniu się z próbkami i odczynnikami testowymi. Unikać skażenia odczynników bakteriami podczas pobierania równych objętości z butelek z odczynnikami. Zaleca się stosowanie jałowych, jednorazowych pipet oraz końcówek pipet. Nie mieszać odczynników pochodzących z różnych serii lub różnych butelek tej samej serii. Wyrzucić wszystkie nieużyte odczynniki, postępując zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi. Nie używać zestawu po upływie daty przydatności. Karty charakterystyki bezpieczeństwa materiału (MSDS, Material Safety Data Sheets) dostępne są na żądanie w lokalnym przedstawicielstwie firmy Roche. Praca w laboratorium musi zachodzić w sposób jednokierunkowy, z początkiem w obszarze przedamplifikacyjnym i z jednokierunkowym ruchem w stronę obszaru poamplifikacyjnego (amplifikacji/detekcji). Czynności przed procesem amplifikacji muszą zaczynać się od przygotowania odczynników, a następnie przygotowania próbki. Materiały i wyposażenie muszą być przeznaczone wyłącznie do określonej czynności przed procesem amplifikacji i nie wolno używać ich do innych czynności ani przemieszczać między obszarami. W każdym z obszarów konieczne jest używanie rękawiczek, które należy zmienić przed opuszczeniem danego obszaru. Wyposażenie i materiały zastosowane do przygotowania odczynnika nie mogą być używane podczas czynności związanych z przygotowywaniem próbki lub pipetowaniem albo obróbką zamplifikowanego DNA lub innych źródeł docelowego DNA. Materiały i urządzenia używane w czynnościach po amplifikacji muszą pozostawać zawsze w obszarze poamplifikacyjnym. 8/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Uwaga Z próbkami należy obchodzić się tak jak z materiałem zakaźnym, stosując laboratoryjne procedury bezpieczeństwa, takie jak określone w Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 oraz w CLSI Document M29-A3 17. Dokładnie oczyścić i odkazić wszystkie powierzchnie robocze świeżo przygotowanym roztworem 0,5% podchlorynu sodu w wodzie dejonizowanej lub destylowanej. Dostępny w handlu płynny domowy wybielacz zawiera zazwyczaj podchloryn sodu w stężeniu 5,25%. Rozcieńczenie domowego wybielacza w stosunku 1:10 przyniesie 0,5% roztwór podchlorynu sodu. Badanie próbek otrzymanych przez laboratorium z wacikiem pozostawionym w AMPLICOR STM jest niedopuszczalne. Próbki te należy wyrzucić i pobrać nowe. Próbki pobrane i transportowane w wymazie w zestawie do pobierania i transportu próbek AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit mogą hamować reakcję PCR. Przy badaniu tych próbek musi być przeprowadzana detekcja kontroli wewnętrznej CT/NG IC. W przypadku próbek transportowanych na transportowym podłożu hodowlanym dla chlamydii, waciki należy pozostawić w probówce z podłożem transportowy, aby zapewnić wizualne potwierdzenie inokulacji próbki. COBAS AMPLICOR CT/NG Test dla Chlamydia trachomatis badano przy użyciu próbek transportowanych w postaci wacika umieszczonego w probówce transportowego podłoża hodowlanego dla chlamydii (CTM, culture transport medium). Nie oceniano próbek CTM transportowanych bez wacików i nie zaleca się stosowania tego rodzaju próbek z niniejszym testem. Przechowywanie próbek moczu w temperaturze pokojowej przez ponad 24 godziny może spowodować degradację próbki. Próbek moczu przechowywanych przez ponad 24 godziny w temperaturze pokojowej nie należy używać do testów. CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 oraz IC PS1 zawierają azydek sodu. Azydek sodu może wchodzić w reakcje z instalacjami wodno-kanalizacyjnymi wykonanymi z ołowiu lub miedzi, tworząc silnie wybuchowe azydki metali. Usuwając roztwory zawierające azydek sodu do zlewów laboratoryjnych, należy spłukać rury dużą objętością wody, aby zapobiec nagromadzeniu azydków. W czasie pracy z DN4, CN4, SB3, SB oraz substratem roboczym (mieszanina odczynników SB3 i SB) należy nosić okulary ochronne, fartuchy laboratoryjne i jednorazowe rękawice bezpudrowe. Unikać kontaktu wymienionych materiałów ze skórą, oczami i błonami śluzowymi. Jeżeli dojdzie do kontaktu, natychmiast spłukać dużą objętością wody. Jeżeli nie zostaną podjęte odpowiednie środki może dojść do oparzeń. W razie rozlania powyższych odczynników, przed wytarciem plam należy rozcieńczyć je wodą. Należy unikać kontaktu SB i substratu roboczego ze skórą i błonami śluzowymi. Jeżeli dojdzie do kontaktu ze skórą, natychmiast spłukać dużą objętością wody. Dimetyloformamid zawarty w SB i substracie roboczym może działać szkodliwe na płód w łonie matki; opisywano ponadto działania toksyczne po doustnym przyjęciu dużych dawek. Należy unikać kontaktu ze skórą, wdychania oparów oraz spożycia. Jeżeli dojdzie do kontaktu ze skórą, dokładnie spłukać za pomocą mydła i wody oraz natychmiast zwrócić się o pomoc medyczną. Do przygotowywania próbek oraz kontroli należy używać probówek z zakręcanym korkiem, aby zapobiegać rozlaniu i możliwości skażenia krzyżowego próbek. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/36

Wymagania dotyczące przechowywania i obchodzenia się Nie zamrażać odczynników. Przechowywać CT/NG LYS w temperaturze 2-25 C. Przechowywać CT/NG URINE WASH i CT/NG DIL w temperaturze 2-8 C. W przypadku powstania osadu podczas przechowywania powyższych odczynników, należy je ogrzać do temperatury otoczenia i dokładnie wymieszać przed użyciem. Odczynniki te zachowują stabilność do podanej daty przydatności. Przechowywać CT/NG MMX i CT/NG IC w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowują stabilność do podanej daty przydatności. Roboczy odczynnik Master Mix (przygotowany przez dodanie CT/NG IC do CT/NG MMX) musi być przechowywany w temperaturze 2-8 C; zachowuje stabilność przez 4 tygodnie. Przechowywać CT (+) C i NG (+) C w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowują stabilność do podanej daty przydatności. Przechowywać CT PS1 i CT4 w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowują stabilność do podanej daty przydatności. Po zmieszaniu CT PS1 i CT4 odczynnik roboczy zachowuje stabilność przez 30 dni w temperaturze 2-8 C. Odczynnik roboczy może być używany maksymalnie przez 6 cykli pracy urządzenia (12 godzin na cykl) i pomiędzy poszczególnymi cyklami musi być przechowywany w temperaturze 2-8 C. DN4 należy przechowywać w temperaturze 2-25 C. DN4 zachowuje stabilność do podanej daty przydatności. Po otwarciu DN4 zachowuje stabilność przez 30 dni w temperaturze 2-8 C lub do daty przydatności (zależnie od tego, która data jest wcześniejsza). DN4 może być stosowany maksymalnie przez 6 cykli pracy analizatora (12 godzin na cykl), a pomiędzy poszczególnymi cyklami musi być przechowywany w temperaturze 2-8 C. CN4 należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. CN4 zachowuje stabilność do podanej daty przydatności. Po otwarciu odczynnik CN4 zachowuje stabilność przez 30 dni w temperaturze 2-8 C lub do daty przydatności (zależnie od tego, która data jest wcześniejsza). CN4 może być stosowany maksymalnie przez 6 cykli pracy analizatora (12 godzin na cykl), a pomiędzy poszczególnymi cyklami musi być przechowywany w temperaturze 2-8 C. SB3 i SB należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. Jeżeli nie zostały otwarte, odczynniki te zachowują stabilność do podanej daty przydatności. Substrat roboczy musi być przygotowywany codziennie poprzez zmieszanie SB3 z SB. Substrat roboczy zachowuje trwałość w analizatorze COBAS AMPLICOR przez 16 godzin. SB3, SB ani substratu roboczego nie należy poddawać działaniu metali, środków utleniających lub bezpośredniego światła. Przechowywać WB w temperaturze 2-30 C. WB zachowuje stabilność do podanej daty przydatności. Zbadać WB oraz, jeżeli jest to konieczne, ogrzać w temperaturze 30-37 C w celu ponownego rozpuszczenia ewentualnego osadu. Roboczy bufor płuczący (1X), przygotowany przez rozcieńczenie WB wodą destylowaną lub dejonizowaną w stosunku 1:10, musi być przechowywany w pojemniku na bufor płuczący analizatora COBAS AMPLICOR w temperaturze 2-25 C; bufor zachowuje stabilność przez 2 tygodnie od daty przygotowania. Pomiędzy cyklami pracy urządzenia częściowo zużyte odczynniki służące do detekcji należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. Przed wprowadzeniem do analizatora COBAS AMPLICOR odczynników z otwartych opakowań lub odczynników roboczych należy sprawdzić ich datę przydatności. 10/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Dostarczane materiały AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 Zestaw do przygotowywania próbek AMPLICOR CT/NG US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG bufor płuczący do próbek moczu) CT/NG LYS (CT/NG odczynnik lizujący) CT/NG DIL (CT/NG rozcieńczalnik do próbek) AMPLICOR CT/NG P/N: 20759902 122 CT/NG AMP Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG zestaw do amplifikacji US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) CT/NG IC (CT/NG kontrola wewnętrzna) CT (+) C [C. trachomatis kontrola (+)] NG (+) C [C. trachomatis kontrola ( )] COBAS AMPLICOR CT DK P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis zestaw do detekcji CT PS1 (Zawiesina sondy CT nr 1) CT4 (Zawiesina sondy CT nr 2) COBAS AMPLICOR P/N: 20757470 122 DK Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR zestaw odczynników do detekcji US: 83276 DN4 (Roztwór denaturujący) CN4 (Koniugat awidyny i peroksydazy chrzanowej) SB3 (Substrat A) SB (Substrat B) 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/36

COBAS AMPLICOR WB P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR Bufor płuczący US: 83314 WB (10X-koncentrat płuczący) Materiały wymagane, lecz niedostarczane Pobieranie próbek Waciki do pobierania próbek z kanału szyjki macicy i cewki moczowej: do pobierania próbek używać wyłącznie wacików pokrytych dakronem, rayonem lub alginianem wapnia z uchwytem wykonanym z tworzywa sztucznego lub drutu innego niż aluminium Należy stosować wyłącznie transportowe podłoże hodowlane 2SP lub SPG, podłoże transportowe dla Chlamydii Bartels ChlamTrans (Trinity Biotech Plc.), transportowy system hodowlany M4 MicroTest lub transportowy system hodowlany M4RT MicroTest (Remel, Inc.). Polipropylenowe kubeczki do pobierania próbek moczu pozbawione substancji konserwujących Transportowy system hodowlany M4RT MicroTest dla kobiet (100 szt.) (Remel, Inc.) Transportowy system hodowlany M4RT MicroTest dla mężczyzn (100 szt.) (Remel, Inc.) Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania odczynników Pierścień A-ring przeznaczony do aparatu COBAS AMPLICOR z wbudowanymi 12 probówkami A-tube Statyw pierścienia A-ring przeznaczony do aparatu COBAS AMPLICOR Pipeta Eppendorf Multipette z pojemnikiem 1,25 ml Combitip (jałowa, pojedynczo pakowana) Pipetory (pojemność 100 µl)* z barierą aerozolową lub z końcówkami z wyrzutnikiem Mieszadło wibracyjne Rękawice jednorazowe bezpudrowe Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania próbek i kontroli Probówki polipropylenowe o pojemności 2,0 ml z zakrętką, jałowe, niesilikonizowane, stożkowe (Sarstedt 72.693.005 lub odpowiednik)** Statywy na probówki (Sarstedt 93.1428 lub odpowiednik) Jałowe kalibrowane pipety transferowe Pipetory (pojemność 50 µl, 100 µl, 200 µl, 250 µl, 500 µl i 1000 µl)* z barierą aerozolową lub końcówkami z wyrzutnikiem Mikrowirówka (maks. RCF 16 000 x g, min. RCF 12 500 x g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M, lub odpowiednik Końcówki z przedłużoną osłoną aerozolową (Matrix 7055 lub odpowiednik) do stosowania z próbkami transportowanymi na podłożu transportowym dla 12/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Chlamydii Bartels ChlamTrans (Trinity Biotech Plc.), transportowym systemie hodowlanym M4 MicroTest lub transportowym systemie hodowlanym M4RT MicroTest (Remel, Inc.). Blok grzejny 37 C ± 2 C Mieszadło wibracyjne Papier chłonny Rękawice jednorazowe bezpudrowe Obszarze obróbki poamplifikacyjnej obszar amplifikacji/detekcji Analizator COBAS AMPLICOR z drukarką Instrukcja obsługi analizatora COBAS AMPLICOR Opcjonalnie: Oprogramowanie AMPLILINK obejmujące: Stację danych z oprogramowaniem AMPLILINK, wyposażoną w drukarkę Podręcznik obsługi programu AMPLILINK w wersji 3.2 Series do użytku z aparatem COBAS AmpliPrep, analizatorem COBAS TaqMan, analizatorem COBAS TaqMan 48 i analizatorem COBAS AMPLICOR (współpracujący z programem AMPLILINK w wersji 3.2 Series) lub podręcznik obsługi programu AMPLILINK w wersji 3.3 Series do użytku z aparatem COBAS AmpliPrep, analizatorem COBAS TaqMan, analizatorem COBAS TaqMan 48, analizatorem COBAS AMPLICOR oraz aparatem cobas p 630 (współpracujący z programem AMPLILINK w wersji 3.3 Series) Stojaki na naczyńka D-cups Woda destylowana lub dejonizowana Pipety serologiczne 5 ml Cylinder miarowy (o pojemności co najmniej 1 litra) Mieszadło wibracyjne Rękawice jednorazowe bezpudrowe * Dokładność pipetorów musi wahać się w zakresie 3% podanej objętości. Tam, gdzie jest to wskazane, konieczne jest stosowanie końcówek z barierą aerozolową lub wyrzutnikiem, aby zapobiec krzyżowemu skażeniu próbki i amplikonu. ** Do przygotowania próbek i kontroli należy bezwzględnie używać probówek zakręcanych, aby uniknąć rozpryśnięcia i możliwości krzyżowego skażenia próbek i kontroli. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym. Pobieranie, transport i przechowywanie próbek Uwaga Ze wszystkimi próbkami należy obchodzić się jak z materiałem zdolnym do przenoszenia czynników zakaźnych. Jedynie akceptowalne próbki to: 1. Próbki moczu (mężczyzn i kobiet) transportowane w czystych pojemnikach polipropylenowych. Nie używać próbek moczu pobranych do pojemników zawierających konserwanty. 2. Wymazy z kanału szyjki macicy i cewki moczowej pobrane i transportowane przy użyciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/36

Przy badaniu tych próbek konieczna jest detekcja CT/NG IC. 3. Wymazy z kanału szyjki macicy i cewki moczowej pobrane i transportowane na: transportowym podłożu hodowlanym 2SP lub SPG, transportowym podłożu dla Chlamydii Bartels ChlamTrans (Trinity Biotech Plc.), transportowym systemie hodowlanym M4 MicroTest (Remel, Inc.), transportowym systemie hodowlanym M4RT MicroTest (Remel, Inc.). Serie produkcyjne podłoży muszą posiadać kwalifikację do stosowania w danym laboratorium (szczegółowe dane patrz punkt Kontrola jakości). Dla uzyskania wiarygodnych wyników testu przestrzegać podanych poniżej instrukcji właściwego pobierania próbek. Test nie jest przeznaczony do stosowania z próbkami pobranymi z gardła, odbytnicy ani próbkami innymi niż wskazane. Aby zapewnić dostarczenie wysokiej jakości próbek do badań w laboratorium, próbki moczu i wymazy z dróg moczowo-płciowych należy transportować do laboratorium w praktycznie najkrótszym czasie. Nie wolno dopuścić, aby próbki transportowano w warunkach uniemożliwiających kontrolę temperatury. Pobieranie próbek Uwaga Próbki moczu Pacjenci muszą powstrzymywać się od oddawania moczu przez okres 2 godzin poprzedzających badanie. 1. Pobrać 10 do 50 ml pierwszej porcji moczu (pierwszą część strumienia) do czystego polipropylenowego pojemnika bez środków konserwujących. 2. Zamknąć pojemnik z próbką i oznaczyć odpowiednio etykietę. Postępować zgodnie z laboratoryjną procedurą pobierania i transportu próbek. Próbkę można transportować do miejsca badania w temperaturze pokojowej 18-25 C. Wymazy pobrane przy użyciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Usunąć śluz z części pochwowej szyjki macicy jednym z dostarczonych dużych wacików i wyrzucić go. 2. Włożyć drugi duży wacik do kanału szyjki macicy do głębokości, przy której niewidoczny jest koniec wacika. 3. Obracać wacik przez 3 5 sekund i wyjąć, unikając kontaktu ze ścianami pochwy. Uwaga 4. Umieścić wacik w probówce AMPLICOR STM, energicznie obracać lub poruszać wacikiem w płynie przez 15 sekund. Pozostawienie wacika w STM przez okres dłuższy niż 15 sekund może prowadzić do zahamowania PCR. 5. Wycisnąć płyn uciskając wacik o ścianę probówki. Wszelki nadmiar śluzu w próbce należy w tym momencie usunąć, zbierając go na waciku. Wycisnąć wszelkie pozostałości płynu ze śluzu, uciskając wacik o ścianę probówki. Wyjąć i wyrzucić wacik wraz z zebranym na nim ewentualnym nadmiarem śluzu. Zamknąć probówkę. 6. Zamknąć pojemnik z próbką i oznaczyć odpowiednio etykietę. Postępować zgodnie z laboratoryjną procedurą transportu próbek. Przechowywać próbki w temperaturze pokojowej do chwili przetransportowania ich do laboratorium. 14/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Próbki z wymazów pobrane na transportowe podłoże hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Wymazy z kanału szyjki macicy i cewki moczowej można pobierać i transportować na 1 do 3 ml transportowego podłoża hodowlanego 2SP lub SPG, transportowego podłoża dla Chlamydii Bartels ChlamTrans (Trinity Biotech Plc.), transportowego systemu hodowlanego M4 MicroTest lub transportowego systemu hodowlanego M4RT MicroTest (Remel, Inc.). Po usunięciu śluzu szyjkowego należy stosować zalecane metody w celu pobrania komórek nabłonka walcowatego oraz komórek okolicy połączenia nabłonka płaskiego i walcowatego 16. 2. Do pobierania próbek używać wyłącznie wacików pokrytych dakronem, rayonem lub alginianem wapnia z uchwytem wykonanym z tworzywa sztucznego lub drutu innego niż aluminium. Nie używać wacików z drewnianą lub aluminiową rękojeścią. Transport próbki 3. Pozostawić waciki w transportowym podłożu hodowlanym. Zamknąć pojemnik z próbką i oznaczyć odpowiednio etykietę. Postępować zgodnie z laboratoryjną procedurą pobierania i transportu próbek. Jeżeli transport do laboratorium opóźnia się powyżej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy należy przechowywać w niskiej temperaturze. Próbki moczu 1. Próbki moczu transportować można do miejsca wykonania testu w temperaturze 18-25 C. Próbki moczu zachowują trwałość przez 24 godziny w temperaturze 18-25 C. Jeżeli próbki moczu nie zostaną poddane obróbce w ciągu 24 godzin od pobrania, konieczne jest ich przechowywanie w temperaturze 2-8 C i poddanie obróbce w ciągu 7 dni od pobrania. Próbki moczu, które nie mogą być poddane obróbce w ciągu 7 dni od pobrania można przechowywać w temperaturze -20 C lub niższej, a następnie poddać badaniu w ciągu 30 dni od daty pobrania. 2. Próbki moczu wymagające transportu do ośrodków wykonujących oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania muszą być transportowane w ciągu jednej nocy z zagwarantowanym terminem dostawy w ciągu 24 godzin; próbki można transportować w temperaturze 18-25 C. W przypadku transportu próbek moczu w temperaturze 18-25 C, do czasu transportu należy je przechowywać w temperaturze 2-8 C, aby upewnić się, że czas przechowywania w temperaturze 18-25 C nie przekroczy 24 godzin. Próbki należy przesyłać zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotyczącymi transportu czynników etiologicznych 18. Wymazy pobrane przy użyciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Wymazy zachowują stabilność przez 10 dni w temperaturze 18-25 C. Wymazy należy przechowywać w temperaturze pokojowej, a następnie poddać obróbce w ciągu 10 dni od pobrania. 2. Wymazy wymagające transportu do ośrodków wykonujących oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania należy przechowywać w temperaturze pokojowej do chwili wysyłki. Należy je przesyłać w temperaturze pokojowej; próbki muszą dotrzeć na miejsce tak, by możliwa była ich obróbka w ciągu 10 dni od pobrania. Próbki należy przesyłać zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotyczącymi transportu czynników etiologicznych 18. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/36

Wymazy pobrane na transportowe podłoże hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Wymazy transportować można do miejsca wykonania testu w temperaturze 18-25 C pod warunkiem, że całkowity czas przechowywania i transportu w temperaturze 18-25 C wynosi poniżej 1 godziny. Jeżeli transport do laboratorium opóźnia się powyżej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy należy przechowywać w niskiej temperaturze. Przechowywanie próbek Uwaga 2. Wymazy wymagające transportu do ośrodków wykonujących oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania należy przesłać w niskiej temperaturze możliwie najszybciej po pobraniu zgodnie z laboratoryjnymi procedurami transportu próbek hodowli chlamydii. Próbki należy przesyłać zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotyczącymi transportu czynników etiologicznych 18. Rutynowe zamrażanie lub przedłużone przechowywanie próbek może wpływać na skuteczność testu. Próbki moczu 1. Próbki moczu, które nie zostaną poddane obróbce w ciągu 24 godzin od pobrania należy przechowywać w temperaturze 2-8 C i poddać obróbce w ciągu 7 dni od pobrania. Próbki moczu, których nie można poddać obróbce w ciągu 7 dni od pobrania można przechowywać w temperaturze -20 C lub niższej przez okres do 30 dni. Wymazy pobrane przy użyciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Wymazy zachowują trwałość przez 10 dni w temperaturze 18-25 C. Wymazy należy przechowywać w temperaturze 18-25 C, a następnie poddać obróbce w ciągu 10 dni od pobrania. 2. Wymazy należy przechowywać w temperaturze pokojowej do czasu wysyłki. Należy je przesyłać w temperaturze 18-25 C; próbki muszą dotrzeć na miejsce tak, by możliwa była ich obróbka w ciągu 10 dni od pobrania. Wymazy pobrane na transportowe podłoże hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Jeżeli transport do laboratorium lub obróbka wymazów opóźnia się powyżej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy należy przechowywać w niskiej temperaturze. Wymazy wymagające transportu do ośrodków wykonujących oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania należy przesłać możliwie najszybciej po pobraniu zgodnie z laboratoryjnymi procedurami transportu próbek hodowli chlamydii. 2. Wymazy, które nie są badane z chwilą dostarczenia do laboratorium wykonującego oznaczenie należy przechowywać w temperaturze 2-8 C i poddać obróbce w ciągu 7 dni. Wymazy, które nie mogą być poddane obróbce w ciągu 7 dni od pobrania należy przechowywać w temperaturze -20 C lub niższej, a następnie poddać badaniu w ciągu 30 dni od daty pobrania. 16/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Instrukcje użytkowania Uwaga Uwaga Uwaga Uwaga Uwaga Wielkość przebiegu Uwaga Przebieg pracy Szczegółowe informacje na temat obsługi, drukowania wyników i interpretacji sygnałów oraz komentarzy przedstawiono w (1) podręczniku obsługi analizatora COBAS AMPLICOR lub (2) w przypadku używania programu AMPLILINK w wersji 3.2 Series w podręczniku obsługi programu AMPLILINK w wersji 3.2 Series współpracującego z aparatem COBAS AmpliPrep, analizatorem COBAS TaqMan, analizatorem COBAS TaqMan 48 i analizatorem COBAS AMPLICOR, bądź w przypadku używania programu AMPLILINK w wersji 3.3 Series w podręczniku obsługi programu AMPLILINK w wersji 3.3 Series współpracującego z aparatem COBAS AmpliPrep, analizatorem COBAS TaqMan, analizatorem COBAS TaqMan 48, analizatorem COBAS AMPLICOR oraz aparatem cobas p 630. Wszystkie odczynniki muszą mieć temperaturę otoczenia przed użyciem. Tam, gdzie jest to wskazane, używać pipetorów z końcówkami z barierą aerozolową lub wyrzutnikiem. Należy dołożyć wszelkich starań, aby zapewnić selektywną amplifikację. Próbki moczu i wymazy muszą mieć temperaturę otoczenia przed użyciem. Tam, gdzie jest to wskazane, używać pipetorów z końcówkami z barierą aerozolową lub wyrzutnikiem. Należy dołożyć wszelkich starań, aby zapewnić selektywną amplifikację. Można zredukować zahamowanie PCR, przechowując poddane obróbce próbki przez noc w temperaturze 2-8 C przed dodaniem próbki do roboczego odczynnika Master Mix 21. Do przygotowania próbek oraz kontroli należy używać probówek z zakręcanym korkiem, aby zapobiegać rozlaniu i możliwości skażenia krzyżowego próbek. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym. Każdy z zestawów zawiera ilość odczynników wystarczającą na osiem przebiegów z 12 próbkami każdy, które można wykonać oddzielnie lub równocześnie. W każdym przebiegu oznaczeń konieczne jest umieszczenie co najmniej jednego powtórzenia kontroli (+) C. trachomatis oraz jednego powtórzenia kontroli ( ) C. trachomatis (patrz punkt Kontrola jakości). Kontrola (+) NG służy jako kontrola ( ) CT dla COBAS AMPLICOR CT Test. Odczynniki do przygotowywania próbek pakowane są w zestawy umożliwiające wykonanie 100 testów. Kontrola (+) CT oraz kontrola (+) NG dostarczane są w pojedynczych butelkach zawierających wystarczającą ilość materiału do przygotowania 8 zestawów przygotowanych kontroli. Odczynnik CT/NG Master Mix i kontrola wewnętrzna CT/NG dostarczane są w trzech butelkach, z których każda zawiera ilość materiału wystarczającą do wykonania cyklu oznaczeń składającego się z maksymalnie 32 testów, włączając próbki i kontrole. Aby najwydajniej wykorzystać odczynniki, próbki badane i kontrolne należy poddawać obróbce w seriach będących wielokrotnością 12. COBAS AMPLICOR CT Test można wykonać w czasie jednego lub dwóch dni. Jeżeli test ma być zakończony w czasie jednego dnia, należy stosować się kolejno do instrukcji zawartych w rozdziałach Przygotowanie odczynników, przygotowanie próbek, przygotowanie kontroli, amplifikacja i detekcja. Test można przeprowadzić w ciągu 2 dni: w 1 dniu należy przygotować próbki, a w 2 dniu odczynniki i kontrolę oraz wykonać amplifikację i detekcję. Ewentualnie można przygotować odczynniki, próbki i kontrolę oraz dodać przygotowane próbki i kontrole do odczynnika Master Mix w 1 dniu, a następnie, w 2 dniu, wykonać amplifikację i detekcję. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/36

Przygotowanie odczynników Uwaga Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania odczynników 1. Ustalić odpowiednią liczbę pierścieni A-ring potrzebnych do oznaczenia próbek pacjentów i kontrolnych. Umieścić pierścień (pierścienie) A-ring w odpowiednim statywie (statywach). Nawet jeżeli nie będzie wykonywana detekcja CT/NG IC, konieczne jest dodanie CT/NG IC do odczynnika Master Mix. 2. Przygotować roboczy odczynnik Master Mix dodając 100 µl CT/NG IC do jednej probówki CT/NG MMX. Nie jest konieczny pomiar objętości odczynnika Master Mix. Dodać 100 µl CT/NG IC do całej probówki CT/NG MMX. Zamknąć ponownie probówkę i dokładnie wymieszać zawartość, odwracając 10-15 razy. Nie mieszać roboczego odczynnika Master Mix na mieszadle wibracyjnym. Różowy barwnik w CT/NG IC używany jest do wizualnego potwierdzenia, że CT/NG IC dodano do CT/NG MMX. Usunąć pozostały CT/NG IC. Dokładnie wymieszać zawartość, odwracając 10-15 razy. Odczynnik roboczy Master Mix musi być przechowywany w temperaturze 2-8 C i zużyty w przeciągu 4 tygodni od przygotowania. 3. Dodać 50 µl roboczego odczynnika Master Mix do każdej z probówek A-tube, używając pipetora powtarzalnego lub pipetora wyposażonego w końcówkę z barierą aerozolową lub końcówkę z wyrzutnikiem. W tym czasie nie należy zamykać korków probówek A-tube. 4. Umieścić pierścień (pierścienie) A-ring zawierające roboczy odczynnik Master Mix w plastikowej torebce przeznaczonej do wielokrotnego zamykania i zamknąć szczelnie torebkę. Przenieść pierścień (pierścienie) A-ring do przedamplifikacyjnego obszaru przygotowania próbek. Pierścień (pierścienie) A-ring zawierające roboczy odczynnik Master Mix należy przechowywać w temperaturze 2-8 C w obszarze przedamplifikacyjnym obszar przygotowania próbek do czasu zakończenia przygotowywania próbek i kontroli. Odczynnik roboczy Master Mix zachowuje stabilność przez 48 godziny w temperaturze 2-8 C w probówkach A-tube umieszczonych w szczelnie zamkniętej torebce z tworzywa. Przygotowanie próbki Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania próbek Próbki moczu 1. Dla każdej próbki chorego oznaczyć jedną probówkę o pojemności 2,0 ml z zakręcanym korkiem. Nie należy stosować probówek z korkiem zatrzaskowym. 2. Dodać 500 µl CT/NG URINE WASH do każdej z oznaczonych probówek. 3. Dokładnie wymieszać mocz na mieszadle wibracyjnym (3-10 sekund). W przypadku zamrożonych próbek, przed mieszaniem na mieszadle wibracyjnym należy je rozmrozić w temperaturze pokojowej (próbki o objętości powyżej 2 ml muszą być rozmrażane w temperaturze 2-8 C przez okres nocy); kontynuować obróbkę nawet w przypadku obecności precypitatu. Ostrożnie zdjąć korki z pojemników z moczem. Zachować ostrożność, aby uniknąć skażenia rękawic moczem obecnym na korku. W przypadku zanieczyszczenia rękawic, zmienić rękawice na czystą parę przed przystąpieniem do otwarcia następnej próbki. 4. Dodać 500 µl każdej z dokładnie wymieszanych próbek moczu chorych do odpowiednio oznaczonej probówki z CT/NG URINE WASH. Użyć nowej końcówki z osłoną aerozolową dla każdej próbki. Zamknąć ponownie probówki i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym. 18/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0

Chlamydia trachomatis Uwaga 5. Inkubować przez 15 minut w temperaturze 37 C. 6. Odwirować przy prędkości ł 12 500 x g przez 5 minut. 7. Odlać supernatant i osuszyć każdą probówkę oddzielnym arkuszem papieru chłonnego. 8. Używając pipety z nową końcówką z osłoną aerozolową dla każdej z próbek, dodać 250 µl CT/NG LYS do każdej probówki. Zamknąć ponownie probówki i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym. 9. Inkubować probówki przez 15 minut w temperaturze pokojowej. 10. Używając pipety z nową końcówką z osłoną aerozolową dla każdej z próbek, dodać 250 µl CT/NG DIL do każdej probówki. Zamknąć ponownie probówki i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym. 11. Odwirować probówki przez 10 minut przy prędkości 12 500 x g. 12. Przygotowane próbki można przechowywać w temperaturze pokojowej przez najwyżej 2 godziny przed przeniesieniem równych objętości do probówek A-tube zawierających odczynnik roboczy Master Mix. Jeżeli próbki nie będą dodane do probówek A-tube w ciągu 2 godzin, przygotowane próbki należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C muszą być poddane badaniu w ciągu 7 dni. 13. Jeśli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, należy je ogrzać do temperatury pokojowej i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacją. Po wymieszaniu na mieszadle wibracyjnym odwirować przygotowane próbki przez 10 minut przy prędkości 12 500 x g. 14. Używając pipetora z końcówką z osłoną aerozolową, przenieść 50 µl supernatantu do odpowiedniej probówki A. Użyć nowej końcówki z osłoną aerozolową dla każdej próbki. Zachować ostrożność, aby nie uszkodzić peletki (peletka może nie być dobrze widoczna). Zanotować pozycję poszczególnych próbek chorych na mapie pierścienia A-ring. Zamknąć probówki A-tube. 15. Przechowywać pozostałości każdej z przygotowanych próbek w temperaturze 2-8 C na wypadek konieczności ponownego wykonania testu. Wszelkie ponowne testy należy wykonać w ciągu 7 dni od przygotowania próbek. Próbki z wymazów Wymazy transportowane przy użyciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) Przy badaniu tych próbek konieczna jest detekcja CT/NG IC. 1. Sprawdzić probówkę transportową AMPLICOR STM. Jeśli próbkę transportowano w probówce z wacikiem, próbkę tę należy wyrzucić i pobrać nową próbkę. 2. Pipetować 1 ml CT/NG DIL do każdej probówki transportowej, używając nowej jałowej pipety dla każdej z probówek. 3. Ponownie zamknąć probówkę. Wymieszać na mieszadle wibracyjnym przez 5 10 sekund. 4. Inkubować w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 5. Przygotowane próbki można przechowywać w temperaturze pokojowej przez najwyżej 2 godziny przed przeniesieniem równych objętości do probówek A-tube zawierających odczynnik roboczy Master Mix. Jeżeli próbki nie będą dodane do probówek A-tube w ciągu 2 godzin, przygotowane próbki należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C powinny być poddane badaniu w ciągu 4 dni. 8/2009, Revision 8.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/36

Uwaga 6. Jeśli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, należy je ogrzać do temperatury pokojowej i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacją. 7. Używając pipetora z końcówką z osłoną aerozolową przenieść 50 µl każdej z przygotowanych próbek do odpowiedniej probówki A-tube. Zanotować pozycję poszczególnych próbek chorych na mapie pierścienia A-ring. Zamknąć probówki. 8. Przechowywać pozostałości każdej z przygotowanych próbek w temperaturze 2-8 C na wypadek konieczności ponownego wykonania testu. Wszelkie ponowne testy należy wykonać w ciągu 4 dni od przygotowania próbek. Wymazy transportowane w transportowym podłożu hodowlanym (CTM, Culture Transport Media) Test COBAS AMPLICOR CT poddano ocenie z użyciem transportowego podłoża hodowlanego 2SP lub SPG, podłoża transportowego dla Chlamydii Bartels ChlamTrans (Trinity Biotech Plc.), transportowego systemu hodowlanego M4 MicroTest lub transportowego systemu hodowlanego M4RT MicroTest (Remel, Inc.). Stosowanie alternatywnych podłoży transportowych musi zostać poddane walidacji przez laboratorium. 1. Sprawdzić, czy probówka z podłożem transportowym zawiera wacik. Nie opracowano specyfikacji skuteczności niniejszego testu dla próbek, które nie zawierają wacików. 2. Dla każdej próbki chorego oznaczyć jedną probówkę o pojemności 2,0 ml z zakręcanym korkiem. Nie używać probówek z zatrzaskowym korkiem. 3. Dodać 100 µl CT/NG LYS do odpowiednio oznakowanych polipropylenowych probówek o pojemności 2 ml. 4. Wymieszać próbki na mieszadle wibracyjnym. Jeśli próbki były przechowywane w stanie zamrożonym, rozmrozić w temperaturze pokojowej przed mieszaniem na mieszadle wibracyjnym. Ostrożnie zdjąć korki z probówek z próbkami. Zachować ostrożność, aby uniknąć skażenia rękawic. W przypadku zanieczyszczenia rękawic, zmienić rękawice na czystą parę przed przystąpieniem do otwarcia następnej próbki. 5. Używając pipetora z nową końcówką z osłoną aerozolową, dodać 100 µl dobrze wymieszanej próbki do odpowiedniej probówki z CT/NG LYS. Użyć nowej końcówki z osłoną aerozolową dla każdej próbki. Zamknąć ponownie probówkę i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym. 6. Inkubować w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 7. Używając nowej końcówki pipety z osłoną aerozolową dla każdej z próbek, dodać 200 µl CT/NG DIL do każdej probówki. Zamknąć ponownie probówkę i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym. 8. Inkubować w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 9. Przygotowane próbki można przechowywać w temperaturze pokojowej przez najwyżej 2 godziny przed przeniesieniem równych objętości do probówek A-tube zawierających odczynnik roboczy Master Mix. Jeżeli próbki nie będą dodane do probówek A-tube w ciągu 2 godzin, przygotowane próbki należy przechowywać w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C muszą być poddane badaniu w ciągu 7 dni. 10. Jeśli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, należy je ogrzać do temperatury pokojowej i dokładnie wymieszać na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacją. 20/36 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 8/2009, Revision 8.0