INAKTYWACJA PTASIEJ GRYPY ZA POMOCĄ RCI

Podobne dokumenty
Wprowadzenie. Obliczanie miana wirusa i redukcja wirusa

Tymczasowy raport postępu

Raport z badania Działanie wirusobójcze środka dezynfekującego wobec Feline calicivirus. 25 października 2006

Diagnostyka wirusologiczna w praktyce klinicznej

AmpliTest BVDV (Real Time PCR)

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ

Zestawy do izolacji DNA i RNA

Informacje ogólne o grypie

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

Załącznik nr 1A do siwz Część I - Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)

AmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR)

Kwestionariusz wiedzy dla pracowników programów i placówek narkotykowych

OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA ARKUSZ KALKULACYJNY OKREŚLAJĄCY CENĘ OFERTY. zestaw 4

Technika hodowli komórek leukemicznych

AmpliTest TBEV (Real Time PCR)

SZCZEGÓŁOWY OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA Część I

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

RAPORT Z BADAŃ 01369/2015/D/AGST. Blirt S.A Gdańsk, ul. Trzy Lipy 3/1.38. Dział DNA-Gdańsk. Nr zlecenia

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)

Zasady bioasekuracji przy wysoce zjadliwej grypie ptaków

XXV. Grzyby cz I. Ćwiczenie 1. Wykonanie i obserwacja preparatów mikroskopowych. a. Candida albicans preparat z hodowli barwiony metoda Grama

Ampli-LAMP Goose Parvovirus

AmpliTest Babesia spp. (PCR)

adaptacji oraz mutacji uzyskały zdolność infekowania innych organizmów. Zakażenia ptaków dzikich następują najczęściej bezobjawowo na drodze kontaktu

E.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli

fix RNA Roztwór do przechowywania i ochrony przed degradacją próbek przeznaczonych do izolacji RNA kat. nr. E0280 Sierpień 2018

Dziennik Urzędowy Unii Europejskiej L 8/29

Część I Zakup zestawów diagnostycznych do GMO.

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

DECYZJE. (Tekst mający znaczenie dla EOG)

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

Metody badania ekspresji genów

Podstawy mikrobiologii. Wirusy bezkomórkowe formy materii oŝywionej

Laboratorium 8. Badanie stresu oksydacyjnego jako efektu działania czynników toksycznych

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych

PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika

RT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6

RAPORT Z BADAŃ 164/Z/ /D/JOGA. Dostarczony materiał: próbki tworzyw sztucznych. Ilość próbek: 1. Rodzaj próbek: tworzywo

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

Zestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

GAMA Healthcare Ltd.

RSV RHINO CMV. HCoV. Panel oddechowy Multi Well System (MWS) r-gene. hmpv EBV. AdV HPIV HSV VZV. HBoV. Bordetella pertussis

Dane mikromacierzowe. Mateusz Markowicz Marta Stańska

Laboratorium Wirusologiczne

WYSOCE ZJADLIWA GRYPA PTAKÓW D. POMÓR DROBIU

ABY ZMNIEJSZYĆ RYZYKO ZACHOROWANIA NA PTASIĄ GRYPĘ

Grypa, grypa ptasia i pandemia grypy Ważne informacje dla Ciebie i Twojej rodziny

WNIOSEK O WYDANIE ZGODY NA ZAMKNIĘTE UŻYCIE GMO

WYKAZ METODYK BADAWCZYCH STOSOWANYCH DO BADAŃ MATERIAŁU BIOLOGICZNEGO WYKONYWANYCH W ODDZIALE LABORATORYJNYM MIKROBIOLOGII KLINICZNEJ

AE/ZP-27-74/16 Załącznik Nr 6

SPROSTOWANIA. (Tekst mający znaczenie dla EOG) (2005/759/WE)

lutego 2012

Prof. dr hab. Wojciech Szweda Olsztyn, r. Katedra Epizootiologii Wydział Medycyny Weterynaryjnej Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie

do zastosowania wraz z mikropłytkami MUG/EC do wykrywania Escherichia coli w kąpieliskach.

PathogenFree RNA Isolation Kit Zestaw do izolacji RNA

Inżynieria Genetyczna ćw. 3

5-ETAPOWY-Proces ABCD

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

BIOLOGIA MOLEKULARNA

ĆWICZENIA Z MECHANIZMÓW DZIAŁANIA WYBRANYCH GRUP LEKÓW

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH Nr 20006/11859/09

Applied Biosystems 7500 Fast Real Time PCR System, czyli Mercedes wśród termocyklerów do analizy PCR w czasie rzeczywistym

Zestaw virotype BTV pan/4 RT-PCR - Instrukcja obsługi

Oferta firmy Argenta Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Sp.k. plastikowe materiały zużywalne do laboratorium PCR:

VZV EBV. AdV CMV HHV7 HHV8. BK virus HSV1 HSV2. Zestawy R-gene real-time PCR HHV6

E.coli Transformer Kit

WZW TYPU B CO POWINIENEŚ WIEDZIEĆ? CZY WYKORZYSTAŁEŚ WSZYSTKIE DOSTĘPNE ŚRODKI ABY USTRZEC SIĘ PRZED WIRUSOWYM ZAPALENIEM WĄTROBY TYPU B?

Parametr Wymagany parametr Oferowany parametr a) z wbudowaną pompą membranową PTEE, b) kondensorem par, System

Odczynnik do izolacji RNA z tkanek zwierzęcych, roślinnych oraz linii komórkowych

Marek Matras 1, Jerzy Antychowicz 1, Ewa Borzym 1, Michał ł Reichert Rih 2 Zakład Chorób Ryb 1,Zakład Anatomii Patologicznej 2 PIWet PIB

Interpretacja wyników analiz ilości i obecności drobnoustrojów zgodnie z zasadami badań mikrobiologicznych żywności i pasz?

Anna Pikuła, Krzysztof Śmietanka, Katarzyna Domańska-Blicharz, Zenon Minta

THAMNOTOXKIT F Procedura testu

GRYPA JAK ZAPOBIEC ZAKAŻENIOM GRYPY?

Warszawa, dnia 3 sierpnia 2016 r. Poz. 1173

Laboratorium 5. Wpływ temperatury na aktywność enzymów. Inaktywacja termiczna

Wibracyjny młynek kulowy

PROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7

OSTRACODTOXKIT F Procedura testu

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów

Ampli-LAMP Babesia canis

Genomic Mini AX Bacteria+ Spin

FOCUS Plus - Silniejsza ryba radzi sobie lepiej w trudnych warunkach

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Mikrobiologia na kierunku chemia kosmetyczna

DZIAŁANIA PAŃSTWOWEJ INSPEKCJI SANITARNEJ NA WYPADEK WYSTĄPIENIA EPIDEMII LUB PANDEMII GRYPY

StayRNA bufor zabezpieczający RNA przed degradacją wersja 0215

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia

Utylizacja drobiu na fermie elementem skutecznej Bioasekuracji!

Grypa groźna choroba zakaźna

II. Badanie lekowrażliwości drobnoustrojów ćwiczenia praktyczne. Ćwiczenie 1. Oznaczanie lekowrażliwości metodą dyfuzyjno-krążkową

PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific

Wirusowe zakażenia układu pokarmowego. Problemy związane z grypą pochodzenia zwierzęcego

Syngen Viral Mini Kit. Syngen Viral

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

SPRAWOZDANIE Z BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH Nr 20005/11858/09

Izolowanie DNA i RNA z komórek hodowlanych. Ocena jakości uzyskanego materiału

Transkrypt:

Wprowadzenie INAKTYWACJA PTASIEJ GRYPY ZA POMOCĄ RCI Wirus grypy, członek rodziny wirusowej Orthomyxoviridae, jest scharakteryzowany jako wyizolowany wirus jednoniciowy o ujemnym sensie RNA (6), który może powodować coroczne epidemie endemiczne i bardziej poważne ogólnoświatowe epidemie pandemiczne. Grypa A często zakaża izolaty ludzkie, świńskie, koniowate i ptasie. W przypadku wybuchu pandemii, wysoce zjadliwa grypa ptaków (H5N1) jest obecnie największym zagrożeniem ze względu na obecny stan epidemii w Azji, Europie i Afryce oraz ciągłe zagrożenie rozprzestrzenianiem pandemii. Reasortacja informacji genomowych wirusa grypy może spowodować zwiększenie liczby patogennych i zakaźnych izolatów podczas trwających wybuchów epidemii, co może doprowadzić do niszczącej zarażalności między człowiekiem, a człowiekiem. Wirus grypy zazwyczaj rozprzestrzenia się drogą kropelkową, duże kropelki lub kontakt z zakaźnymi wydzielinami lub fomitami (4). Szybkie zapobieganie epidemii jest ważne, aby zapobiec dalszemu rozprzestrzenianiu się choroby i zminimalizować możliwość reorganizacji. Okazało się, że grypa potrafi przetrwać na nieporowatych powierzchniach przez okres do 48 godzin, a na powierzchniach materiałowych, takich jak tkanina, papier lub tkanka, przez okres do 12 godzin po odłożeniu na poziomie około 105 TCID 50 /ml (1). Oprócz sanitacji powierzchni i schematów dezynfekcji, inaktywacja powietrzna wirusa grypy ma również kluczowe znaczenie dla rozwiązania dominujących sposobów przenoszenia, takich jak aerozol i duża kropla (4). Zanieczyszczenie środowiska aerozolowanymi kroplami zawierającymi ten patogen może służyć jako źródło infekcji i musi być kontrolowane przez skuteczne protokoły sanitarne i dezynfekujące. Zminimalizowanie stopnia zanieczyszczenia środowiska wysoce skutecznymi środkami odkażającymi pomogłoby w ogólnych ograniczeniach wybuchu epidemii. Celem tego badania jest walidacja całkowitej inaktywacji wirusów grypy A przy użyciu grypy ptasiej o niskiej zjadliwości (H5N8) jako zastępczego wirusa wysoce zjadliwej grypy ptasiej (H5N1) po ekspozycji na Promieniotwórczą Komórkę Jonizacyjną (RCI- Cell ). System RCI-Cell jest zaawansowanym narzędziem do utleniania, które łączy inaktywację UV w obecności rodników hydroksylowych, dzięki czemu zachodzi synergia między dwiema wysoce skutecznymi technologiami inaktywacji. Skuteczność zostanie określona dla wysuszonego inokulum na powierzchniach stałych, w inokulum namnażanym w kulturze komórkowej i nebulizowana w kontrolowanej komorze. Skuteczność będzie określona przez zmniejszoną lub całkowitą utratę infekcyjności w systemie hodowli komórkowej dla traktowanych próbek w porównaniu z nietraktowanymi dodatnimi próbkami kontrolnymi. MATERIAŁY I METODY

Wirus i komórki. Nisko zjadliwa grypa ptasia H5N8 (H5N8, udostępniona przez Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA) była rozmnażana w 10- dniowym zarodkowym jaju kurzym (Kansas State University Department of Poultry Science, Manhattan, KS) do około 107 log 10 TCID 50 (jak określono w Madin Darby Canine Kidney, komórki MDCK). Komórki utrzymywano w Minimal Essential Medium z solami Earle'a i L-glutaminą (Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA) i 2,2 g/l wodorowęglanu sodu (Fisher Scientific, Hampton, NH) zbiorczo określane jako MEM zawierające 10% płodowej surowicy bydlęcej (FBS Hyclone Laboratories, Logan, UT) suplementowane antybiotykami [2,5 mg/l amfoterycyny B; 0,67 g/l streptomycyny; i 0,3 g/l penicyliny G (wszystkie z Fisher Scientific). Nośniki infekcyjne wytworzono przez dodanie MEM z dodatkiem trypsyny poddanej obróbce 0,1% TPCK (Fisher Scientific) i suplementowanej antybiotykami (2,5 mg/l amfoterycyny B, 0,67 g/l streptomycyny i 0,3 g/l penicyliny G). Inaktywacja H5N8. Płytki ze stali nierdzewnej typu 302 (McMasterCarr, Altanta, GA) (2 x 10 cm2, grubość 0,8 mm) sterylizowano w autoklawie przez 15 minut w temperaturze 121 C. W szafce bezpieczeństwa biologicznego II dodano 100 μl H5N8 propagowanego przez komórki jajowe. Przetestowano płytki i ułożono, aby pokryć całą powierzchnię za pomocą końcówki pipety i pozostawiono do całkowitego wyschnięcia na około 10-15 minut. Następnie zaszczepione płytki umieszczono w sterylnym pojemniku transportowym i przetransportowano do komory testowej. Testowe płytki następnie przymocowano do klipsów w komorze testowej, tak aby wszystkie strony płytki były wystawione na działanie RCI-Cell. Jedna płytka została usunięta przed rozpoczęciem leczenia RCI-Cell do zastosowania jako początkowa próbka kontrolna. Następnie włączono urządzenie RCI-Cell i pobrano próbki w różnych odstępach czasu (2, 4, 8, 12, 24 godziny) po usunięciu próbnej płytki i przygotowanie jej do odzyskiwania wirusa, jak opisano poniżej. Odzyskiwanie wirusa. Wirus H5N8 odzyskano z powierzchni stali nierdzewnej przez dodanie testowej płytki do sterylnej 50 ml stożkowej fiolki (Fisher Scientific) zawierającej 5 ml podłoża zakaźnego. Następnie probówki wirowano przez 1 min. Miareczkowanie rozcieńczeniem punktu końcowego przeprowadzono w komórkach MDCK przez dodanie 220 μl z pożywki infekcyjnej o pojemności 5 ml zawierającej dowolny zawieszony wirus do pierwszego dołka rozcieńczenia w co najmniej 6 dołkach 96-dołkowej płytki do mikromiareczkowania zawierającej konfluentne komórki MDCK. Następnie przygotowano seryjne rozcieńczenia 1:10 przez dodanie 20 μl z pierwszego dołka do kolejnych 6 dołków, z których każdy zawierał 180 μl podłoża zakaźnego. Końcowy dołek zawierał jedynie 200 μl medium infekcyjności służącego jako negatywna kontrola komórkowa. Płytki inkubowano w 37 C, 5% CO 2 przez 48 godzin. Efekt cytopatyczny (CPE) został określony dla każdego dołka, a liczbę wirusów podano jako TCID 50 /ml, jak obliczono przez Reed i Muench (3).

Reakcja łańcuchowa polimerazy w czasie rzeczywistym (rrt-pcr). Wirusowe RNA odzyskano przy użyciu zestawu QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA). Ilościową detekcję wyekstrahowanego RNA wirusa grypy przeprowadzono za pomocą rrt-pcr przy użyciu fluorescencyjnie znakowanej sondy TaqMan. Primer i sekwencje sond rrt-pcr zostały dostarczone przez Molecular Genetics Influenza Branch, Centers for Disease Control and Prevention w Atlancie, GA. Próg wykrywania skutecznie wykrywający RNA wirusa grypy był sygnalizowany fluorescencyjnie FAM 3 przy użyciu SmartCycler. WYNIKI Średnia ilość H5N8 odzyskanego z płytek ze stali nierdzewnej we wszystkich doświadczeniach wyniosła 5,35 log10 TCID 50 /ml. Po leczeniu RCI-Cell, średnia log redukcji wirusa H5N8 wynosiła 1,85, 2,79, 4,16, 5,35 i 5,35 log10 TCID 50 /ml po 2, 4, 8, 12 i 24-godzinnej obróbce (Figura 1) w celu odzyskania zakaźnego wirusa. 6 5 H5N8 4 3 2 1 0 Próbka kontrolna 2 h 4 h 8 h 12 h 24 h Figura 1: Odzyskanie H5N8 po leczeniu za pomocą RCI-Cell opartego na TCID 50 /ml w komórkach MDCK. Średnia ilość wirusowego RNA H5N8 odzyskanego z płytek ze stali nierdzewnej we wszystkich doświadczeniach wynosiła 4,00 log10 w oparciu o ilościowy RT-PCR dostępny dla wirusów grypy A. Po leczeniu RCI-Cell, średnia log redukcji wirusa H5N8 w oparciu o ilość odzyskanego RNA wahała się od 0,23 do 0,54 log10 po wszystkich czasach ekspozycji (2, 4, 8, 12 i 24 godziny) wskazując, że mechanizm działania na rzecz utraty infekcyjności był bardziej prawdopodobny w wyniku przerwania otoczki lipidowej lub białek strukturalnych niż w przypadku degradacji wirusowego kwasu nukleinowego (Figura 2).

4.1 4 3.9 3.8 3.7 3.6 3.5 3.4 3.3 3.2 3.1 Próbka kontrolna H5N8 RNA 2 h 4 h 8 h 12 h 24 h Figura 2: Odzyskanie RNA po traktowaniu H5N8 za pomocą RCI-Cell na podstawie ilościowego RT-PCR. OMÓWIENIE Aby lepiej zrozumieć inaktywację wirusa grypy przy użyciu RCICell, oceniano skuteczność przy użyciu izolatu o niskiej chorobotwórczej ptasiej grypie, H5N8 zaszczepionego na powierzchniach ze stali nierdzewnej. Skuteczność inaktywacji określono zgodnie z aktualnymi wytycznymi EPA dotyczącymi określania dezynfekcji wirusowej (2), która umożliwia odzysk obrabianego wirusa jako rozcieńczenia punktu końcowego, w tym test odzysku TCID 50 zakaźnego wirusa. Oprócz odzyskiwania zakaźnego wirusa, chcieliśmy ustalić, czy wystąpiło jakiekolwiek zakłócenie wirusowego RNA, stosując ilościowy test RT-PCR specyficzny dla wirusów grypy A w naszych doświadczeniach. W oparciu o aktualne wytyczne EPA mające na celu obniżenie wyjściowego miana wirusa o> 4,0 log10 (2), leczenie RCI-Cell przez 8 godzin lub dłużej spowodowało pomyślną inaktywację izolatu H5N8 (Figura 1) dla początkowego poziomu zanieczyszczenia 5,35 log10 TCID 50 /ml. Wymagane będą dodatkowe badania w celu ustalenia, czy krótsze czasy narażenia spowodują całkowitą inaktywację w przypadku poziomów zanieczyszczeń niższych niż 5,35 log10 TCID 50 /ml, co może być bardziej reprezentatywne w prawdziwym wybuchu choroby (1, 5). Ilościowe wyniki RT-PCR wskazują, że degradacja wirusowego RNA (Figura 2) nie była głównym mechanizmem inaktywacji wirusów, ponieważ poziomy RNA odzyskanego po każdym czasie leczenia nie różniły się znacząco od siebie, P> 0,05. Inne możliwe cele wirusowe obejmują otoczkę lipidową i białka strukturalne, na które prawdopodobnie wpłynęła obróbka RCI-Cell. Mechanizm oksydacyjny tego leczenia prawdopodobnie zakłócił względnie podatną otoczkę i mógł doprowadzić do denaturacji białek

strukturalnych powierzchni wirusa grypy, niezbędnych do skutecznego mechanizmu przywiązania i wejścia istotnego dla infekcyjności. Wyniki uzyskane w tym doświadczeniu badawczym pokazują, że ekspozycja na system RCI-Cell przez 8 godzin skutkuje wymaganym poziomem inaktywacji izolatu ptasiej grypy, H5N8, który został użyty jako bezpieczny surogat dla wysoce zjadliwego izolatu H5N1. Mechanizm działania tej technologii prawdopodobnie wynika z chemii oksydacyjnej, która powoduje zarówno przerwanie otoczki lipidowej, jak i efekt denaturujący na strukturalne białka wirusowe niezbędne do replikacji wirusa. ODNOŚNIKI: 1. Bean, B., B. M. Moore, B. Sterner, L. R. Peterson, D. N. Gerding, and H. H. J. Balfour. 1982. Survival of Influenza Viruses on Environmental Surfaces. The Journal of Infectious Diseases 146:47-51. 2. EPA 2005, posting date. Antimicrobial Science Policies Disinfectant Technical Science Section. [Online.] 3. Reed, L. J., and H. Muench. 1932. A simple method for estimating 50% endpoints. American Journal of Hygiene 27:493-497. 4. Tellier, R. 2006. Review of Aerosol Transmission of Influenza A Virus. Emerging Infectious Disease 12. 5. WHO. 2006. Nonpharmaceutical Interventions for Pandemic Influenza, International Measures. Emerging Infectious Disease 12:81-87. 6. Wright, P. F., and R. G. Webster. 2001. Orthomyxoviruses, Fourth ed, vol. 1. Lippincott Williams & Wilkins, Philadelphia.