Wykorzystanie metody MSSCP do analizy markerów genetycznych raka płuc w ramach projektu FP7: CURELUNG

Transkrypt

1 Wykorzystanie metody MSSCP do analizy markerów genetycznych raka płuc w ramach projektu FP7: CURELUNG Krzysztof Kucharczyk,dr Prezes Zarządu Spółki H2020 Info Day, Warszawa,

2 Prezentacja Firma: Kucharczyk Techniki Elektroforetyczne Spzoo Nasz udział w FP7: Nasza rola: odkrywanie i walidacji markerów genetycznych użytecznych w diagnostyce i terapii raka płuc Problem diagnostyczny: heterogenny materiał Nasze propozycja: Metoda genotypowania MSSCP DNAPointer System Przykłady wykorzystania metody MSSCP Genotypowanie przesiewowe Genotypowanie wariantów mniejszościowych Onkologia Wirusologia Podsumowanie Efektywność finansowanie projektów B&R z FP7 i środków krajowych Optymalizacja procesu finansowania projektów B&R z środków publicznych EU

3 Multiemperature SSCP (MSSCP) SSCP 34 C SSCP 22 C SSCP 10 C PCR products of eight SNP varaints of the human gene PAH was resolved by SSCP at three diffrent tepmeratures: 34, 22 and 10 C and them during one MSSCP run at 34/22/10 temp. MSSCP 34/22/10 C MSSCP detect all 8 variants in one run

4 DNAPointer System SNP detection level >95% reproducibility > 99,9% gel temp. control 0. 2 C

5 Zastosowania MSSCP Genotypowanie przesiewowe walidacja i odkrywanie markerów genetycznych Genotypowanie mniejszościowych wariantów Onkologia: markery gen. lekooporności, metastaza Wirusologia: markery gen. zjadliwości, lekooporności Bakteriologia: obecność mniejszościowych szczepów w materiale biologicznym i klinicznym

6 Fast genotyping of KCNE1 exon1 Prof. Leszek Kubik Wojskowy Instytut Medyczny MSSCP genotyping of exon 1 of KCNE1 gene in LQT syndrome patients; WT- wild type, M SNP Time : 2,0 h / 34 sample= 3,5 min/sample

7 Fast genotyping of SCN5A exon 28 Prof. Leszek Kubik Wojskowy Instytut Medyczny M M/WT WT MSSCP genotyping of human SCN5A exon 28 in LQT syndrome patients; WT- wild type, M SNP Total time : 2,0 h / 43 sample= 2,8 min/sample

8 Discovery of a novel SNP at TGFA Mostowska A. et al., Dept. of Biochem. and Molec. Biology, Univ. of Medical Sciences, Poznań, New SNP Screnningand Discovery of thenewsnp during one run

9 QTL genotyping: bovine MEF2C Juszczuk-Kubiak i wsp., Mol Biol Rep 2005, Inst. Genetyki Zwierząt PAN The study identified new polymorphisms in the promoter region of the bovine MEF2Cgene, and determinedtheallele distributionindifferentcattlebreeds.

10 Genotypowanie cech użytkowych Nowacka-Woszuk i wsp., Anim Sci Papers Rep Polimorfizm genu DGAT1 u bydła PubMed: MSSCP: 26 art. w tym 6 z

11 Onkologia: błąd próbkowania Heterogenna budowa guza CURELUNG

12 Heterogenna budowa guza Mniejszościowe warianty genów w próbie x n x n Genomic PCR RNA product

13 Molec. Cloning NGS

14 Szansa wybrania mniejszościowej próby do analizy

15 Sampleenrichmentmethods DNA Sequence Specific hybridization on solid support NGS nano-pcr NGS problem - efficiency depends on DNA sequence -NGS below 5% false positivedata Physico-chemical Electrophoretic MSSCP

16

17 MSSCP: genetic sample enrichment MSSCP 0,1% 95%

18 MSSCP based minor genetic variants enrichment procedure

19 KRAS wt/mt wt : mut 50:50 75:25 90:10 95:5 98:2 99:1 99,5:0,5

20 MSSCP: KRAS ex2 mt wt

21 MSSCP: FLT3 exon 14 MW A1 A2 A3 ref 3 ref

22 MSSCP: virology: influenza H1N1pdm09 Minor genetic variants discovery and detection at 0,1% A B S P s : p [%] 50:50 75:25 90:10 95:5 99: 99.5: : 0.1 s p Pająk et al, 2011, JCM

23 H1N1pdm09 andsesonalstrain detectionat4/24 patientsby MSSCP s p/s p/s p/s sesonal references Pająk et al, 2011, JCM

24 Potentialescapemutationdiscoveryat InfuenzaA/H1N1pdm09 Asia minor isolates Neutralizing antibody 2013, submitted to HV&I HA monomer

25 Genetic variability of HCV 1a MSSCP show genetic differences at the HVR1 region of 36 clinical HCV 1a isolates from one hospital in Warsaw, Poland

26 Projekt : HBV / K.Bielawski Żel nr 4 Da MSSCP: HBV drug resistant markers wt wt mt wt/mt

27 Microfluidcelectrophoresisof DNA SFORA: Politechnika Wrocławska, Prof. J.Dziuban bp 120 sek.

28 MSSCP Genotyping Service Minor genetic variants discovery and detection at 0,1% level properitary MSSCP method DNAPointer System experience in genotyping of minor variants time & cost effectivnes

29 Podsumowanie FP7 : CURELUNG Networking nowe aplik. H2020 kontakty w EU + JP Wiedza Metody rozwój testów Mol Diag Dyscyplina Onkologia, Wirusologia Finansowanie 198/3Y

30 Podsumowanie Jak nawiązać kontakty IP Udział w branżowych konferencjach naukowych (oral presentations) co najmniej 6M przed konkursem up front IP zawrzeć w Umowie Konsorcjum Nasza skuteczność: 1 grant / 7 wniosków

31 Wnioski Rodzaj projektów Pasteur type (wg D.Stokes): b.podst. ^ zastosowanie Lider wiążący skutecznie wszystkich partnerów Skład konsorcjum eksperci w swojej dziedzinie Poziom finansowania średni Czas max 3 lata (2 lepiej)

32 Dziękuję za uwagę T

33 2D : PAGE-SDS equipment Standard x6

34 LcooL: przepływowy układ chłodzący grzejący 31 cm 25 cm Temp. range: 2-85 C Temp. accuracy 0,1 C Pelletier cells 360W Full digital control (PID) Quiet Environmental friendly

35 Zasilacze cyfrowe V V Constant: P, I, V Vxh timer