Proteomika. Proteomika ilościowa
|
|
- Jacek Paluch
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Proteomika Proteomika ilościowa
2 Oznaczanie ilości białka Bezwzględna ocena ilości konkretnego białka oczyszczenie i pomiar ilości trudne do oceny straty podczas oczyszczania metody pół ilościowe np. western blot ze standardem dodanym LC-MS ze standardem dodanym Bezwzględne oznaczenie ilości setek białek w jednym doświadczeniu? 2DE + densytometria
3 Liczenie widm (spectral counting) Najprostszy sposób oceny ilości białka w badaniach LC-MS Liczenie współczynnika biorącego pod uwagę liczbę peptydów zidentyfikowanych i możliwych do zidentyfikowania PAI Protein Abundance Index empai Exponentially Modified PAI Wyniki skrajnie szacunkowe Współczynniki używające intensywności ibaq, TOP3, MeanInt Ishihama i inni, 2005
4 Proteomika różnicowa Biologów najbardziej interesują różnice w ilości konkretnych białek pomiędzy próbami mutant dziki szczep chorobotwórczy sczep niegroźny reakcja na stres, itp. Różnice odzwierciedlają zmiany zachodzące w komórce Łatwiej badać różnice kontrola jest standardem
5 Elektroforeza dwukierunkowa metoda klasyczna Plamki różnicowe wycięte białka strawione w żelu peptydy poddane analizie spektrometrycznej i zidentyfikowane
6 Elektroforeza 2D Prosta koncepcyjnie różnice widoczne na oko Prosty sprzęt Łatwo oszacować ilość białka w preparacie Pracochłonna i czasochłonna Nie nadaje się do białek hydrofobowych i o skrajnym pi Mała czułość zasłanianie jednych białek przez inne ograniczona liczba białek Kiepska powtarzalność Wysokie koszty (dodatkowo wiele analiz MS)
7 DIGE Difference gel electrophoresis Znakowanie białek z różnych prób rozróżnialnymi fluoroforami, wspólny rozdział 2D-PAGE
8 Użycie metod typu shotgun Spektrometr mas rejestruje intensywność sygnału Intensywność zależy od stężenia peptydu ale wydajność jonizacji ciężka do przewidzenia właściwości peptydu, obecność innych substancji w próbie, parametry źródła jonów można założyć, że w dwóch porównywalnych próbach wydajność jonizacji będzie zbliżona porównanie sygnałów pozwoli na stwierdzenie różnic w stężeniu określonych peptydów (i białek)
9
10 Rozdział 2D typowa metoda MudPIT
11 Analizy bez znakowania peptydów Labelfree Kolejne porównywane próby peptydów są poddawane analizie w układzie LC-MS lub 2D-LC-MS, IEF LC-MS, itp. Dane o intensywności z widm MS są używane do porównania ilości peptydów/białek widma MS/MS są używane do identyfikacji
12 Rozdzielenie rejestracji danych MS i MS/MS Metody Accurate Mass Tags Spektrometr rejestruje widma wielkiej liczby peptydów w czasie jednego przebiegu tylko nieliczne są fragmentowane Czas retencji peptydów z kolumny HPLC jest powtarzalny należy zapewnić powtarzalne warunki rozdziału i skład badanej próby (porównywanie podobnych preparatów) możliwa identyfikacja peptydów na podstawie dokładnego pomiaru masy i czasu retencji Jeśli peptyd został zsekwencjonowany tylko w jednym przebiegu, można zidentyfikować jego pik w innym przebiegu porównanie ilości można zwiększyć liczbę identyfikacji i porównań ilości budowa bazy danych pozwalającej przypisać peptydy na podstawie m/z i czasu retencji
13 Metody label free Możliwe badanie wielkiej liczby białek Badanie podobnych próbek wpływ mutacji, warunków, choroby, itp. słabiej spisuje się przy badaniu różnych proteomów Duża czułość Białka hydrofobowe i o skrajnym pi Łatwa i stosunkowo tania obróbka prób mało etapów małe straty mało materiału Skomplikowane przetwarzanie danych Wrażliwe na zakłócenia rozdziału i zmiany czułości spektrometru mas
14 Użycie standardów znakowanych izotopowo Możliwe rozróżnienie sygnałów od różnych izotopów przy pomocy spektrometrii mas porównywane próby można wyznakować różnymi izotopami i zmieszać przed analizą różnice w składzie izotopowym nie zmieniają istotnie właściwości peptydów czas retencji ten sam Znakowanie metaboliczne Znakowanie in-vitro
15 Znakowanie metaboliczne Cięższe izotopy dodawane do składników pożywki SILAC (Stable Isotope Labeling by Amino acids in cell Culture) Aminokwasy najczęściej Lizyna i Arginina, rzadziej tyrozyna i metionina Izotopy 13C, 15N rzadziej 2H Po kilka atomów w aminokwasie zmienionych (+masa kilka Da) Możliwe kombinacje atomów o różnej masie Kultury komórkowe Organizmy modelowe np. Muszka owocowa, Mysz Potrzeba kilku pokoleń
16 SILAC Ong & Mann, 2007
17 SILAC dobra jakość wyników eliminuje błędy na wszystkich etapach izolacji białek większość peptydów znakowana działa na wszystkich spektrometrach ograniczone zastosowanie (zwykle in-vitro) dość duże zużycie znakowanych aminokwasów koszty
18 Znakowanie metaboliczne i organizmy samożywne Rośliny syntetyzują wszystkie aminokwasy można dostarczyć nadmiaru aminokwasów do pożywki mała wydajność inkorporacji (~80%) Zastąpienie 14N przez 15N w pożywce możliwe in-vitro i np. w szklarni (hydroponika)
19 Znakowanie in-vitro Znakowane są wyizolowane białka lub peptydy Dodanie 18O podczas trawienia trypsyną ICAT (Isotopically coded affinity tags) itraq znaczniki izobaryczne
20 Znakowanie 18O Trypsyna podczas trawienia przyłącza dwa atomy tlenu do odtwarzanej grupy -COOH Trypsyna wymienia atomy tlenu grup COOH lizyn i arginin na C-końcach peptydów.
21 18 znakowane prawie wszystkie peptydy znakowanie podczas trawienia białek lub znakowanie peptydów po trawieniu dobre porównanie ilości O wymiana 18O na 16O należy wymienić całość wody w próbce przed znakowaniem trypsyna w roztworze np. liofilizacja H218O dość drogie
22 ICAT Isotopically coded affinity tag Przyłącza się do zredukowanej cysteiny Oczyszczanie Niewiele peptydów wyznakowanych i wzbogaconych Zmienia się m/z i czas retencji
23 Znaczniki izobaryczne itraq Isobaric tag for relative and absolute quantitation Znacznik przyłącza się do grup aminowych Wiele wersji znacznika np. 4 lub 8 masy poszczególnych wersji równe! przy fragmentacji powstaje jon reporterowy z każdego znacznika powstaje jon o innej masie porównanie intensywności sygnałów jonów reporterowych na widmach MS/MS
24 A, diagram showing the components of the multiplexed isobaric tagging chemistry. Ross P L et al. Mol Cell Proteomics 2004;3: by American Society for Biochemistry and Molecular Biology
25 itraq dobra ocena ilości wiele prób na raz prostsze przetwarzanie danych niż w 18O i SILAC znakowanie dość proste nie działa z fragmentacją w pułapce jonowej możliwa mniejsza czułość dużo prób na raz wysoka cena
26 Oprogramowanie Przy metodach label-free i znakowaniu izotopowym Potrzebna analiza widm MS Znajdowanie pików i ocena objętości Nakładanie i porównywanie map z HPLC-MS w metodach typu AMT (eliminacja zakłóceń rozdziału HPLC) Większa objętość danych (np. ~1GB na przebieg) przy identyfikacji używane tylko na początku analiz itraq podobnie, jak przy identyfikacji dokładniejsza analiza tylko widm MS/MS
27 Podsumowanie Metody klasyczne 2DPAGE Metody opierające się na LC-MS bez znakowania ( labelfree ) znakowanie metaboliczne znakowanie wyizolowanych białek lub strawionych peptydów Optymalny wybór motody
Proteomika. 1. Oprogramowanie do analiz proteomicznych i praktyczna ocena wyników identyfikacji białek
Proteomika 1. Oprogramowanie do analiz proteomicznych i praktyczna ocena wyników identyfikacji białek Najczęstszy typ doświadczenia Preparat białek trawiony trypsyną Rozdział peptydów nanohplc odwróconej
Proteomika. Złożoność proteomów
Proteomika Złożoność proteomów Źródła złożoności Złożoność jakościowa pojedynczych białek geny alternatywnie złożone transkrypty, modyfikacje potranslacyjne przycinanie, itp. struktura Oddziaływania z
Proteomika. Spektrometria mas. i jej zastosowanie do badań białek
Proteomika Spektrometria mas i jej zastosowanie do badań białek Spektrometria mas (MS) Metoda pozwalająca na pomiar stosunku masy do ładunku jonów (m/z) m/z można przeliczyć na masę jednostką m/z jest
TECHNIKA SPEKTROMETRII MAS ROZCIEŃCZENIA IZOTOPOWEGO (IDMS)-
TECHNIKA SPEKTROMETRII MAS ROZCIEŃCZENIA IZOTOPOWEGO (IDMS)- - narzędzie dla poprawy jakości wyników analitycznych Jacek NAMIEŚNIK i Piotr KONIECZKA 1 Wprowadzenie Wyniki analityczne uzyskane w trakcie
Proteomika. 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice
Proteomika 1. Definicja proteomiki i techniki stosowane w proteomice Przepływ informacji, złożoność, *mika DNA RNA Białko Funkcja Genomika Transkryptomika Proteomika Metabolomika Liczba obiektów ~+ ++
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Proteomika. Spektrometria mas. i jej zastosowanie do badań białek
Proteomika Spektrometria mas i jej zastosowanie do badań białek Spektrometria mas (MS) Metoda pozwalająca na pomiar stosunku masy do ładunku jonów (m/z) m/z można przeliczyć na masę jednostką m/z jest
OZNACZENIE JAKOŚCIOWE I ILOŚCIOWE w HPLC
OZNACZENIE JAKOŚCIOWE I ILOŚCIOWE w HPLC prof. Marian Kamiński Wydział Chemiczny, Politechnika Gdańska CEL Celem rozdzielania mieszaniny substancji na poszczególne składniki, bądź rozdzielenia tylko wybranych
Opis przedmiotu zamówienia
1 Załącznik nr 1 do Specyfikacji Istotnych Warunków Zamówienia Opis przedmiotu zamówienia Przedstawione niżej szczegółowe parametry zamawianej aparatury są parametrami minimalnymi. Wykonawca może zaproponować
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Krzywe energii potencjalnej dla molekuły dwuatomowej ilustracja przejść dysocjacyjnych IDENTYFIKACJA ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH
SPEKTRMETRIA MAS Krzywe energii potencjalnej dla molekuły dwuatomowej ilustracja przejść dysocjacyjnych Analiza ścieżek fragmentacji Metody termochemiczne Pomiar energii jonizacji, entalpii tworzenia jonów
Projekt współfinansowany przez Unię Europejską w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego O O
Zastosowanie spektrometrii mas do określania struktury związków organicznych (opracowała Anna Kolasa) Uwaga: Informacje na temat nowych technik jonizacji, budowy analizatorów, nowych metod detekcji jonów
IDENTYFIKACJA SUBSTANCJI W CHROMATOGRAFII CIECZOWEJ
IDENTYFIKACJA SUBSTANCJI W CHROMATOGRAFII CIECZOWEJ Prof. dr hab. inż. Agata Kot-Wasik, prof. zw. PG agawasik@pg.gda.pl 11 Rozdzielenie + detekcja 22 Anality ZNANE Co oznaczamy? Anality NOWE NIEZNANE WWA
Proteomika z wykorzystaniem spektrometrii mas. Pedro Domingues Rosário Domingues Rita Ferreira Tânia Melo Eliana Alves
Proteomika z wykorzystaniem spektrometrii mas Pedro Domingues Rosário Domingues Rita Ferreira Tânia Melo Eliana Alves Proteom S. Serevisiae Ilość białek (proteom): 5858 Całkowita ilość białek/komórkę:
Streszczenie wykładu: Proteomika wielkoskalowa w badaniach układu pokarmowego
1 Jacek R. Wiśniewski: Proteomika wielkoskalowa w badaniach układu pokarmowego Streszczenie wykładu: Proteomika wielkoskalowa w badaniach układu pokarmowego Podstawy proteomiki W latach dziewięćdziesiątych
SPEKTROMETRIA IRMS. (Isotope Ratio Mass Spectrometry) Pomiar stosunków izotopowych (R) pierwiastków lekkich (H, C, O, N, S)
SPEKTROMETRIA IRMS (Isotope Ratio Mass Spectrometry) Pomiar stosunków izotopowych (R) pierwiastków lekkich (H, C, O, N, S) R = 2 H/ 1 H; 13 C/ 12 C; 15 N/ 14 N; 18 O/ 16 O ( 17 O/ 16 O), 34 S/ 32 S Konstrukcja
METODY PRZYGOTOWANIA PRÓBEK DO POMIARU STOSUNKÓW IZOTOPOWYCH PIERWIASTKÓW LEKKICH. Spektrometry IRMS akceptują tylko próbki w postaci gazowej!
METODY PRZYGOTOWANIA PRÓBEK DO POMIARU STOSUNKÓW IZOTOPOWYCH PIERWIASTKÓW LEKKICH Spektrometry IRMS akceptują tylko próbki w postaci gazowej! Stąd konieczność opracowania metod przeprowadzania próbek innych
Spektrometria mas (1)
pracował: Wojciech Augustyniak Spektrometria mas (1) Spektrometr masowy ma źródło jonów, które jonizuje próbkę Jony wędrują w polu elektromagnetycznym do detektora Metody jonizacji: - elektronowa (EI)
dobry punkt wyjściowy do analizy nieznanego związku
spektrometria mas dobry punkt wyjściowy do analizy nieznanego związku cele: wyznaczenie masy cząsteczkowej związku wyznaczenie wzoru empirycznego określenie fragmentów cząsteczki określenie niedoboru wodoru
Metody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
TECHNIKI SEPARACYJNE ĆWICZENIE. Temat: Problemy identyfikacji lotnych kwasów tłuszczowych przy zastosowaniu układu GC-MS (SCAN, SIM, indeksy retencji)
TECHNIKI SEPARACYJNE ĆWICZENIE Temat: Problemy identyfikacji lotnych kwasów tłuszczowych przy zastosowaniu układu GC-MS (SCAN, SIM, indeksy retencji) Prowadzący: mgr inż. Anna Banel 1 1. Charakterystyka
ZASTOSOWANIA TECHNIK SPEKTROMETRII MAS DO IDENTYFIKACJI I USTALANIA BUDOWY ZWIĄZKÓW ORGANICZNYCH
WARSZTATY SPEKTROMETRII MAS Udostępniliśmy dla Państwa slajdy wykładów, które będą prezentowane podczas Kursu. Można je pobrać za pomocą poniższego linku i jeśli jest taka potrzeba wydrukować (nie będziemy
Cz. 5. Podstawy instrumentalizacji chromatografii. aparatura chromatograficzna w skali analitycznej i modelowej - -- w części przypomnienie -
Chromatografia cieczowa jako technika analityki, przygotowania próbek, wsadów do rozdzielania, technika otrzymywania grup i czystych substancji Cz. 5. Podstawy instrumentalizacji chromatografii aparatura
LEKI CHEMICZNE A LEKI BIOLOGICZNE
LEKI CHEMICZNE A LEKI BIOLOGICZNE PRODUKT LECZNICZY - DEFINICJA Art. 2 pkt.32 Ustawy - Prawo farmaceutyczne Substancja lub mieszanina substancji, przedstawiana jako posiadająca właściwości: zapobiegania
METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII
METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII 1. Wykład wstępny 2. Populacje i próby danych 3. Testowanie hipotez i estymacja parametrów 4. Planowanie eksperymentów biologicznych 5. Najczęściej wykorzystywane testy statystyczne
3. Analiza metabolomu zróżnicowanej chemicznie matrycy (Agnieszka Kraj)... 15
Części oznaczone ikonką dysku CD. znajdują się na dołączonym do książki. Autorzy...XVII. Słowo wstępne...xxi 1. Omika i biologia systemów (Jerzy Silberring, Anna Drabik)... 1 2. Wprowadzenie do proteomiki
Kreacja aromatów. Techniki przygotowania próbek. Identyfikacja składników. Wybór składników. Kreacja aromatu
Kreacja aromatów Techniki przygotowania próbek Identyfikacja składników Wybór składników Kreacja aromatu Techniki przygotowania próbek Ekstrakcja do fazy ciekłej Ekstrakcja do fazy stałej Desorpcja termiczna
Spektrometria Mas. Możesz skorzystać z gotowego programu sprawdzając powyższe parametry.
Spektrometria Mas Analiza jakościowa i ilościowa benzokainy za pomocą wysokorozdzielczego chromatografu gazowego sprzęgniętego ze spektrometrem mas z jonizacją elektronami (EI) Celem ćwiczenia jest zapoznanie
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników
METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII
METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII 1. Wykład wstępny 2. Populacje i próby danych 3. Testowanie hipotez i estymacja parametrów 4. Planowanie eksperymentów biologicznych 5. Najczęściej wykorzystywane testy statystyczne
- oznaczenia naukowo-badawcze. - jedna z podstawowych technik. - oznaczenia laboratoryjnodiagnostyczne. Elektroforeza. badawczych.
Elektroforeza - jedna z podstawowych technik badawczych - oznaczenia naukowo-badawcze - oznaczenia laboratoryjnodiagnostyczne Annals of the New York Academy of Sciences 928:54-64 (2001) 2001 New York
Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym
Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym Dr inż. Bożena Wnuk Mgr inż. Anna Wysocka Seminarium Aktualne zagadnienia dotyczące jakości w przemyśle cukrowniczym Łódź 10 11 czerwca
Przegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Techniki immunochemiczne. opierają się na specyficznych oddziaływaniach między antygenami a przeciwciałami
Techniki immunochemiczne opierają się na specyficznych oddziaływaniach między antygenami a przeciwciałami Oznaczanie immunochemiczne RIA - ( ang. Radio Immuno Assay) techniki radioimmunologiczne EIA -
Materiał obowiązujący do ćwiczeń z analizy instrumentalnej II rok OAM
Materiał obowiązujący do ćwiczeń z analizy instrumentalnej II rok OAM Ćwiczenie 1 Zastosowanie statystyki do oceny metod ilościowych Błąd gruby, systematyczny, przypadkowy, dokładność, precyzja, przedział
Recenzja rozprawy doktorskiej mgra Bartosza Setnera pt.: Derywatyzacja peptydów pochodnymi betainy. Zastosowanie w proteomice
Prof. dr hab. Aleksandra Misicka-Kęsik Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego Warszawa, dnia 28.12.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgra Bartosza Setnera pt.: Derywatyzacja peptydów pochodnymi
Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia.
Laboratorium Pomorskiego Parku Naukowo-Technologicznego Gdynia www.ppnt.pl/laboratorium Laboratorium jest częścią modułu biotechnologicznego Pomorskiego Parku Naukowo Technologicznego Gdynia. poprzez:
Spektroskopia. Spotkanie pierwsze. Prowadzący: Dr Barbara Gil
Spektroskopia Spotkanie pierwsze Prowadzący: Dr Barbara Gil Temat rozwaŝań Spektroskopia nauka o powstawaniu i interpretacji widm powstających w wyniku oddziaływań wszelkich rodzajów promieniowania na
Kryteria oceniania z chemii kl VII
Kryteria oceniania z chemii kl VII Ocena dopuszczająca -stosuje zasady BHP w pracowni -nazywa sprzęt laboratoryjny i szkło oraz określa ich przeznaczenie -opisuje właściwości substancji używanych na co
Chemia kryminalistyczna
Chemia kryminalistyczna Wykład 2 Metody fizykochemiczne 21.10.2014 Pytania i pomiary wykrycie obecności substancji wykazanie braku substancji identyfikacja substancji określenie stężenia substancji określenie
Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne
Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie
Spis treści. Aparatura
Spis treści Aparatura I. Podstawowe wyposażenie laboratoryjne... 13 I.I. Probówki i naczynia laboratoryjne... 13 I.II. Pipety... 17 I.II.I. Rodzaje pipet automatycznych... 17 I.II.II. Techniki pipetowania...
Wysokosprawna chromatografia cieczowa dobór warunków separacji wybranych związków
Wysokosprawna chromatografia cieczowa dobór warunków separacji wybranych związków Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego Opis programu do ćwiczeń Po włączeniu
Ćwiczenie 3++ Spektrometria promieniowania gamma z licznikiem półprzewodnikowym Ge(Li) kalibracja energetyczna i wydajnościowa
Ćwiczenie 3++ Spektrometria promieniowania gamma z licznikiem półprzewodnikowym Ge(Li) kalibracja energetyczna i wydajnościowa Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest zapoznanie się - z metodyką pomiaru aktywności
Automatyczne sterowanie gotowaniem cukrzycy z zastosowaniem pomiaru masy kryształów metodą spektrometrii w bliskiej podczerwieni
Automatyczne sterowanie gotowaniem cukrzycy z zastosowaniem pomiaru masy kryształów metodą spektrometrii w bliskiej podczerwieni Krajowa Spółka Cukrowa S.A. POLIMEX-CEKOP-MODER Sp. z o.o. Dr inż. Maciej
TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
CHEMIA. Wymagania szczegółowe. Wymagania ogólne
CHEMIA Wymagania ogólne Wymagania szczegółowe Uczeń: zapisuje konfiguracje elektronowe atomów pierwiastków do Z = 36 i jonów o podanym ładunku, uwzględniając rozmieszczenie elektronów na podpowłokach [
Ill PL9801007 BADANIE ODDZIAŁYWAŃ DIPOLOWO- DIPOLOWYCH POMIĘDZY ŻELAZEM A ZNACZNIKIEM SPINOWYM W CYTOCHROMIE C METODĄ SR EPR
Ill PL9801007 BADANIE ODDZIAŁYWAŃ DIPOLOWO DIPOLOWYCH POMIĘDZY ŻELAZEM A ZNACZNIKIEM SPINOWYM W CYTOCHROMIE C METODĄ SR EPR W. BUCHARSKI, W. FRONCISZ, A. KOSTRZEWA, A. OSYCZKA, B. TURYNA Instytut Biologii
Analiza Organiczna. Jan Kowalski grupa B dwójka 7(A) Własności fizykochemiczne badanego związku. Zmierzona temperatura topnienia (1)
Przykład sprawozdania z analizy w nawiasach (czerwonym kolorem) podano numery odnośników zawierających uwagi dotyczące kolejnych podpunktów sprawozdania Jan Kowalski grupa B dwójka 7(A) analiza Wynik przeprowadzonej
relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
1 STECHIOMETRIA INTERPRETACJA ILOŚCIOWA ZJAWISK CHEMICZNYCH relacje ilościowe ( masowe,objętościowe i molowe ) dotyczące połączeń 1. pierwiastków w związkach chemicznych 2. związków chemicznych w reakcjach
Metody badań składu chemicznego
Wydział Inżynierii Materiałowej i Ceramiki Kierunek: Inżynieria Materiałowa Metody badań składu chemicznego Ćwiczenie : Elektrochemiczna analiza śladów (woltamperometria) (Sprawozdanie drukować dwustronnie
Sprawdzian 2. CHEMIA. Przed próbną maturą. (poziom rozszerzony) Czas pracy: 90 minut Maksymalna liczba punktów: 34. Imię i nazwisko ...
CHEMIA Przed próbną maturą Sprawdzian 2. (poziom rozszerzony) Czas pracy: 90 minut Maksymalna liczba punktów: 34 Imię i nazwisko... Liczba punktów Procent 2 Informacja do zadań 1 i 2. Naturalny chlor występuje
Gel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617
Gel-Out Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 023-50, 023-250 Pojemność kolumny do izolacji DNA - do 20 µg DNA, minimalna pojemność - 2 µg DNA (przy zawartości
IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO
IDENTYFIKACJA JAKOŚCIOWA NIEZNANEGO ZWIĄZKU ORGANICZNEGO Schemat raportu końcowego w ramach ćwiczeń laboratoryjnych z przedmiotu Badanie struktury związków organicznych 1. Symbol kodujący identyfikowaną
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2014/2015
EGZAMIN W KLASIE TRZECIEJ GIMNAZJUM W ROKU SZKOLNYM 2014/2015 CZĘŚĆ 2. PRZEDMIOTY PRZYRODNICZE ZASADY OCENIANIA ROZWIĄZAŃ ZADAŃ ARKUSZE: GM-P1X, GM-P2, GM-P4, GM-P5, GM-P7, GM-P1L, GM-P1U KWIECIEŃ 2015
Slajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas
Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem
ANALIZA WIDM MASOWYCH OBSŁUGA PROGRAMU DATA ANALYSIS
ANALIZA WIDM MASOWYCH OBSŁUGA PROGRAMU DATA ANALYSIS (Bruker Daltonics) W ramach przedmiotu: Metody fizykochemiczne (L) I rok Mgr Chemia biologiczna Prowadzący: mgr Karolina Radziszewska 1 DATA ANALYSIS
spektropolarymetrami;
Ćwiczenie 12 Badanie własności uzyskanych białek: pomiary dichroizmu kołowego Niejednakowa absorpcja prawego i lewego, kołowo spolaryzowanego promieniowania nazywa się dichroizmem kołowym (ang. circular
WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III
WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III Nr lekcji Temat lekcji Treści nauczania (pismem pogrubionym zostały zaznaczone treści Podstawy Programowej) Węgiel i jego związki z wodorem Wymagania i kryteria ocen Uczeń:
Selen, Se ŚLESIN. Toksyczność. Se 78.96. Konieczność. Niedobór
Opracowanie metod analitycznych przeznaczonych do charakterystyki dodatków żywnościowych i pasz przygotowanych na bazie drożdży wzbogaconych w selen 2006 dr inż. Aleksandra Polatajko 1 15.05.06 Selen,
46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów
46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2017/2018 1 21.1. Budowa ogólna -aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 H H 2 R H R R 1 H
Metody analizy genomu
Metody analizy genomu 1. Mapowanie restrykcyjne. 2. Sondy do rozpoznawania DNA 3. FISH 4. Odczytanie sekwencji DNA 5. Interpretacja sekwencji DNA genomu 6. Transkryptom 7. Proteom 1. Mapy restrykcyjne
XXIII KONKURS CHEMICZNY DLA GIMNAZJALISTÓW ROK SZKOLNY 2015/2016
IMIĘ I NAZWISKO PUNKTACJA SZKOŁA KLASA NAZWISKO NAUCZYCIELA CHEMII I LICEUM OGÓLNOKSZTAŁCĄCE Inowrocław 21 maja 2016 Im. Jana Kasprowicza INOWROCŁAW XXIII KONKURS CHEMICZNY DLA GIMNAZJALISTÓW ROK SZKOLNY
21. Wstęp do chemii a-aminokwasów
21. Wstęp do chemii a-aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2016/2017 1 21.1. Budowa ogólna a-aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 N H kwas 2-aminooctowy
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad Takao Ishikawa Faculty of Biology, University of Warsaw, Poland Performance of Polish students at IBO Gold Silver Bronze Merit
Wpływ ilości modyfikatora na współczynnik retencji w technice wysokosprawnej chromatografii cieczowej
Wpływ ilości modyfikatora na współczynnik retencji w technice wysokosprawnej chromatografii cieczowej WPROWADZENIE Wysokosprawna chromatografia cieczowa (HPLC) jest uniwersalną techniką analityczną, stosowaną
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI Wydajność izolacji- ilość otrzymanego kwasu nukleinowego Efektywność izolacji- jakość otrzymanego kwasu nukleinowego w stosunku do ilości Powtarzalność izolacji- zoptymalizowanie procedury
SPEKTROMETRIA CIEKŁOSCYNTYLACYJNA
SPEKTROMETRIA CIEKŁOSCYNTYLACYJNA Metoda detekcji promieniowania jądrowego (α, β, γ) Konwersja energii promieniowania jądrowego na promieniowanie w zakresie widzialnym. Zalety metody: Geometria 4π Duża
Metody chromatograficzne w chemii i biotechnologii, wykład 5. Łukasz Berlicki
Metody chromatograficzne w chemii i biotechnologii, wykład 5 Łukasz Berlicki Chromatografia cieczowa adsorbcyjna Faza stacjonarna: Ciało stałe -> chromatografia adsorbcyjna Faza ruchoma: Ciecz -> chromatografia
Whey C6-1000g (Whey C-6) + Creatine Powder - 250g + Tribulus Terrestris Professional kaps.
Utworzono: 2017-02-02 01:56:17 Whey C6-1000g (Whey C-6) + Creatine Powder - 250g + Tribulus Terrestris Professional - 100 kaps. Cena produktu: 107,50 PLN 99,00 PLN Whey C-6 to megaanaboliczny, wysokobiałkowy
Rozdział 3 Inwentaryzacja procesów i zasobów biorących udział w procesach
3. Inwentaryzacja procesów i zasobów biorących udział w procesach Rozdział 3 Inwentaryzacja procesów i zasobów biorących udział w procesach Inwentaryzacja procesów Po przeprowadzonej ocenie skutków przetwarzania
ANALIZA ŚLADOWYCH ZANIECZYSZCZEŃ ŚRODOWISKA I ROK OŚ II. OznaczanieBTEX i n-alkanów w wodzie zanieczyszczonej benzyną metodą GC/FID oraz GC/MS 1
OznaczanieBTEX i n-alkanów w wodzie zanieczyszczonej benzyną metodą GC/FID oraz GC/MS 1 ANALIZA ŚLADOWYCH ZANIECZYSZCZEŃ ŚRODOWISKA I ROK OŚ II Ćwiczenie 5 Oznaczanie BTEX oraz n-alkanów w wodzie zanieczyszczonej
Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Szczegółowy opis treści programowych obowiązujących na etapie szkolnym konkursu przedmiotowego z chemii 2018/2019
Szczegółowy opis treści programowych obowiązujących na etapie szkolnym konkursu przedmiotowego z chemii 2018/2019 I. Eliminacje szkolne (60 minut, liczba punktów: 30). Wymagania szczegółowe. Cele kształcenia
Obliczenia stechiometryczne, bilansowanie równań reakcji redoks
Obliczenia stechiometryczne, bilansowanie równań reakcji redoks Materiały pomocnicze do zajęć wspomagających z chemii opracował: dr Błażej Gierczyk Wydział Chemii UAM Obliczenia stechiometryczne Podstawą
Mol, masa molowa, objętość molowa gazu
Mol, masa molowa, objętość molowa gazu Materiały pomocnicze do zajęć wspomagających z chemii opracował: Błażej Gierczyk Wydział Chemii UAM Mol Mol jest miarą liczności materii. 1 mol dowolnych indywiduów
Co to jest spektrometria mas?
Co to jest spektrometria mas? Jest to nowoczesna technika analityczna pozwalająca na dokładne wyznaczenie masy analizowanej substancji Dokładność pomiaru może się wahać od jednego miejsca dziesiętnego
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Metody analizy fosforylacji białek
Metody analizy fosforylacji białek STRESZCZENIE Fosforylacja i defosforylacja pełnią fundamentalną rolę w większości ścieżek sygnałowych, mogąc bezpośrednio regulować różne aspekty funkcji białka. Szacuje
Znakowanie kosmetyku nowe przepisy. mgr Katarzyna Kobza - Sindlewska
Znakowanie kosmetyku nowe przepisy. mgr Katarzyna Kobza - Sindlewska Rozporządzenie parlamentu Europejskiego i Rady (WE) NR 1223/2009 z dnia 30 listopada 2009 r. rozdział VI Informacje dla konsumenta art.
KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ
Sylwia Rodziewicz-Motowidło KATEDRA CHEMII BIOMEDYCZNEJ Katedra Chemii Biomedycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło budynek A, piętro I i parter Pracownia Chemii Medycznej dr hab. Sylwia Rodziewicz-Motowidło
I. Preparatyka próbek wody metodą równowagi izotopowej do pomiaru δ 18 O w wodzie.
I. Preparatyka próbek wody metodą równowai izotopowej do pomiaru 18 O w wodzie. opisanej procedurze stosuje się próbki wody o objętości 3 ml. Przy pomocy szlifowaneo zaworu badaną próbkę wodną, w której
WHEY CORE BCAA Amino Mega Strong - 2,3kg + 500ml
Utworzono: 2017-01-20 19:50:01 WHEY CORE 100 + BCAA Amino Mega Strong - 2,3kg + 500ml Cena produktu: 198,90 PLN 157,00 PLN Wyjątkowy w smaku koktajl proteinowy ze 100% białkiem serwatkowym (WPC, WPI) o
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Metody chromatograficzne (rozdzielcze) w analizie materiału biologicznego (GC, HPLC)
Metody chromatograficzne (rozdzielcze) w analizie materiału biologicznego (GC, HPLC) Chromatografia jest fizykochemiczną metodą rozdzielania składników jednorodnych mieszanin w wyniku ich różnego podziału
Energetyka konwencjonalna odnawialna i jądrowa
Energetyka konwencjonalna odnawialna i jądrowa Wykład 8-27.XI.2018 Zygmunt Szefliński Środowiskowe Laboratorium Ciężkich Jonów szef@fuw.edu.pl http://www.fuw.edu.pl/~szef/ Wykład 8 Energia atomowa i jądrowa
KONKURS CHEMICZNY DLA UCZNIÓW GIMNAZJUM ROK SZKOLNY 2013/2014 ETAP SZKOLNY
Imię Nazwisko Czas pracy: 60 minut KONKURS CHEMICZNY DLA UCZNIÓW GIMNAZJUM ROK SZKOLNY 2013/2014 ETAP SZKOLNY Informacje: Uzyskane punkty 1. Sprawdź, czy otrzymałeś/aś łącznie 7 stron. Ewentualny brak
KARTA KURSU. Metody biologii molekularnej w ochronie środowiska. Molecular biological methods in environmental protection. Kod Punktacja ECTS* 2
KARTA KURSU Nazwa Nazwa w j. ang. Metody biologii molekularnej w ochronie środowiska Molecular biological methods in environmental protection Kod Punktacja ECTS* 2 Koordynator Dr Gabriela Gołębiowska-Pikania
Fizyko-chemiczne badania. w zabytkach rękopiśmiennych
Fizyko-chemiczne badania atramentów metalo-garbnikowych w zabytkach rękopiśmiennych Atrament żelazowo-galusowy FeSO 4 [vitrol] ekstrakt z galusówek guma Arabska Brannahl i Gramse stwierdzili, że stosowane
47 Olimpiada Biologiczna
47 Olimpiada Biologiczna Pracownia biochemiczna zasady oceniania rozwia zan zadan Część A. Identyfikacja zawartości trzech probówek zawierających cukry (0 21 pkt) Zadanie A.1 (0 13 pkt) Tabela 1 (0 7 pkt)
Sporządzanie roztworów buforowych i badanie ich właściwości
Sporządzanie roztworów buforowych i badanie ich właściwości (opracowanie: Barbara Krajewska) Celem ćwiczenia jest zbadanie właściwości roztworów buforowych. Przygotujemy dwa roztwory buforowe: octanowy
Zadanie 2. (1 pkt) Uzupełnij tabelę, wpisując wzory sumaryczne tlenków w odpowiednie kolumny. CrO CO 2 Fe 2 O 3 BaO SO 3 NO Cu 2 O
Test maturalny Chemia ogólna i nieorganiczna Zadanie 1. (1 pkt) Uzupełnij zdania. Pierwiastek chemiczny o liczbie atomowej 16 znajduje się w.... grupie i. okresie układu okresowego pierwiastków chemicznych,
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych
Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy
KONKURS CHEMICZNY DLA UCZNIÓW GIMNAZJÓW. Eliminacje wojewódzkie III stopień
POUFNE Pieczątka szkoły 15 marca 2017 r. Kod ucznia (wypełnia uczeń) Imię i nazwisko Szkoła (wypełnia komisja) Czas pracy 90 minut KONKURS CHEMICZNY DLA UCZNIÓW GIMNAZJÓW ROK SZKOLNY 2016/2017 Eliminacje
Jonizacja plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP)
Jonizacja plazmą wzbudzaną indukcyjnie (ICP) Inductively Coupled Plasma Ionization Opracowane z wykorzystaniem materiałów dr Katarzyny Pawlak z Wydziału Chemicznego PW Schemat spektrometru ICP MS Rozpylacz
Zaawansowane rozwiązania szpitalne. Eksperci w automatyzacji opieki zdrowotnej
Zaawansowane rozwiązania szpitalne Eksperci w automatyzacji opieki zdrowotnej OPIEKA NAD PACJENTEM OSZCZĘDNOŚCI Wielkie wyzwania współczesnej służby zdrowia Opieka zdrowotna w przystępnej cenie Stały inwentarz
Teoria błędów. Wszystkie wartości wielkości fizycznych obarczone są pewnym błędem.
Teoria błędów Wskutek niedoskonałości przyrządów, jak również niedoskonałości organów zmysłów wszystkie pomiary są dokonywane z określonym stopniem dokładności. Nie otrzymujemy prawidłowych wartości mierzonej