Do stosowania w diagnostyce in vitro. P0208(02) Do stosowania z systemem BD MAX Polski

Transkrypt

1 MAX GC rt PCR Do stosowania w diagnostyce in vitro P0208(02) Do stosowania z systemem BD MAX Polski PRZEZNACZEE Test BD MAX GC rt PCR to oznaczenie wykorzystujące reakcję łańcuchową polimerazy (PCR) w czasie rzeczywistym (real-time, rt) oraz test diagnostyczny in vitro przeznaczony do badania próbek dodatnich względem Neisseria gonorrhoeae (GC) testowanych przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay w systemie BD Viper wyposażonym w technologię XTR. Oznaczenie można stosować do wykrywania DNA GC w resztkowych próbkach moczu mężczyzn lub kobiet lub resztkowych wymazach z szyjki macicy, pochwy lub męskiej cewki moczowej, dla których stwierdzono wynik dodatni względem GC przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay. STRESZCZEE I OBJAŚEE PROCEDURY Rzeżączka (gonorrhoea) jest na drugim, po zakażeniach chlamydią, miejscu pośród najczęściej występujących w Europie infekcji bakteryjnych przenoszonych drogą płciową. W 2011 r. zgodnie z raportami z większości krajów UE odnotowano przypadków rzeżączki i oszacowano, że występuje ona u 12,6 na osób. Odnotowano trzykrotnie częstsze zakażenia wśród mężczyzn niż u kobiet, przy czym u mężczyzn odsetek zakażeń wynosił 21,2 na , a u kobiet 7,6 na Czterdzieści dwa procent przypadków wystąpiło u młodych dorosłych. 1 Testy amplifikacji kwasów nukleinowych (Nucleic Acid Amplification, NAAT) mają większą czułość od hodowli, umożliwiają testowanie wielu rodzajów próbek i nadają się do stosowania przy przedłużonym transporcie i przechowywaniu. 2 Czułość metody pozostaje wysoka przy zakażeniach z objawami i bezobjawowych, zarówno dla próbek pobranych przez lekarza, jak i pobranych samodzielnie. Zgodnie z wytycznymi europejskimi (IUSTI) i brytyjskimi (PHE) dotyczącymi wykrywania Neisseria gonorrhoeae, przy użyciu NAAT do wykrywania Neisseria gonorrhoeae wartość predykcyjna dodatnia (positive predictive value, PPV) protokołu badania powinna przekraczać 90%. Na PPV wpływa swoistość użytej metody NAAT i częstość występowania badanej populacji. Jeśli PPV nie przekracza 90%, zaleca się, aby próbki dodatnie poddać testom potwierdzającym, powtarzając NAAT z inną sekwencją docelową. 3 ZASADY PROCEDURY Oznaczenie BD MAX GC rt PCR przeznaczone jest do stosowania z następującymi próbkami resztkowymi, dla których stwierdzono wynik dodatni względem GC przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay: próbki moczu czyste bez konserwantów lub w zestawie do konserwacji i transportu moczu (Urine Preservative Transport, UPT) lub resztkowe wymazy z szyjki macicy, pochwy lub męskiej cewki moczowej. Próbki pobiera się i transportuje go laboratorium przeprowadzającego badanie przy użyciu wyrobów do pobierania i transportu opracowanych dla testu BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay, w czasie i temperaturze określonych w taki sposób, aby zachowana została integralność docelowych kwasów nukleinowych. Warunki te podano w ulotce produktowej oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay. 1

2 Po uzyskaniu wyniku dodatniego dla próbki przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay podpróbkę przenosi się z odpowiedniej probówki na próbkę BD ProbeTec GC Q x przeznaczonej do systemu BD Viper do BD MAX UVE Sample Buffer Tube (probówki na bufor próbki). Probówkę na bufor próbki BD MAX UVE następnie zamyka się korkiem do przebijania z przegrodą. Po utworzeniu listy roboczej probówki na bufor próbki BD MAX UVE scalone paski z odczynnikami oraz BD MAX PCR Cartridge (kaseta do PCR) są ładowane do systemu BD MAX. Ponadto użytkownik wciska Extraction Tubes (probówki ekstrakcyjne) i Master Mix Tubes (probówki z mieszaniną wzorcową) z zestawu BD MAX GC rt PCR na odpowiednie miejsca w scalonym pasku z odczynnikami. Statywy BD MAX Rack wkłada się do systemu BD MAX i rozpoczyna się cykl. Oznaczenie BD MAX GC rt PCR zawiera również próbkę kontrolną jako jeden z elementów probówki ekstrakcyjnej. Próbka kontrolna służy do monitorowania prawidłowego działania odczynników, jak również kroków procesu ekstrakcji, amplifikacji i wykrywania DNA, a także do sprawdzania obecności potencjalnych inhibitorów oznaczenia. Kwasy nukleinowe uwolnione z organizmów docelowych są wychwytywane na koralikach magnetycznych z powinowactwem do nich. Koraliki wraz z przyczepionymi do nich kwasami nukleinowymi są płukane, a kwasy nukleinowe ulegają wymywaniu pod wpływem kombinacji ciepła i ph. Wymyte cząsteczki DNA neutralizuje się i przenosi do probówki z mieszaniną wzorcową w celu nawodnienia odczynników do PCR. Po rekonstytucji system BD MAX przenosi stałą objętość gotowej do analizy PCR próbki zawierającej wyekstrahowane kwasy nukleinowe do kasety do PCR BD MAX. Mikrozastawki w kasecie do PCR BD MAX są zamykane przed rozpoczęciem PCR, aby zabezpieczyć mieszaninę amplifikacyjną przed parowaniem i skażeniem. Docelowe sekwencje DNA po amplifikacji wykrywane są przy pomocy sond hydrolitycznych (TaqMan) znakowanych z jednej strony fluorescencyjnym barwnikiem sygnałowym (fluoroforem), a z drugiej grupą wygaszającą. Do wykrywania analitu docelowego i próbki kontrolnej w różnych kanałach optycznych systemu BD MAX wykorzystywane są sondy znakowane różnymi fluoroforami. Gdy sondy są w stanie natywnym, fluorofor jest wygaszony wskutek bliskości grupy wygaszającej. Jednak w obecności docelowego DNA sondy hybrydyzują do swoich sekwencji komplementarnych i ulegają hydrolizie w wyniku aktywności egzonukleazy 5' 3', jaką wykazuje polimeraza DNA, gdy syntetyzuje powstającą nić wzdłuż istniejącej nici cdna. W efekcie fluorofory pozostają odseparowane od cząsteczek wygaszających i emitowana jest fluorescencja. Intensywność rejestrowanej fluorescencji jest wprost proporcjonalna do ilości cząsteczek odpowiedniej sondy ulegających hydrolizie. System BD MAX monitoruje te sygnały w każdym cyklu PCR i interpretuje dane pod koniec reakcji, dostarczając wyniki jakościowe testu (tj. dodatnie lub ujemne). ODCZYNKI I MATERIAŁY NR KAT. Zawartość Ilość BD MAX GC rt PCR Master Mix (B1) (mieszanina wzorcowa) Sucha mieszanina wzorcowa do PCR zawierająca polimerazę DNA, nukleotydy oraz primery i sondy swoiste dla próbek kontrolnych do badania w kierunku GC. BD MAX GC rt PCR Scalone paski z odczynnikami zawierające wszystkie ciekłe odczynniki oraz jednorazowe końcówki pipet potrzebne do przetwarzania próbki i ekstrakcji DNA. BD MAX GC rt PCR Extraction Tubes (B2) (probówki ekstrakcyjne) Suche koraliki magnetyczne z powinowactwem Sucha proteinaza K Sucha próbka kontrolna BD MAX UVE Sample Buffer Tubes (probówki na bufor próbki) 24 testy (2 x 12 probówek) 24 testy 24 testy (2 x 12 probówek) 24 probówki Korki z przegrodą 25 SPRZĘT I MATERIAŁY WYMAGANE, ALE EZNAJDUJĄCE SIĘ W ZESTAWIE BD MAX System (BD, nr kat ) BD MAX PCR Cartridges (kasety do PCR) (BD, nr kat ) Vortex Genie 2 (mieszadło) (VWR, nr kat ) lub równoważne Pipeta miarowa Sterylne, jednorazowe końcówki pipet Odpowiednie środki ochrony indywidualnej do pracy z próbkami mikrobiologicznymi, w tym fartuch laboratoryjny, okulary ochronne i rękawiczki jednorazowe OSTRZEŻEA I ŚRODKI OSTROŻNOŚCI Oznaczenie BD MAX GC rt PCR przeznaczone jest do stosowania w diagnostyce in vitro. Po uzyskaniu wyniku dodatniego w teście BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay próbkę przenosi się do probówki na bufor próbki BD MAX UVE i wszystkie testy w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR muszą zostać wykonane w ciągu pięciu dni. Nie stosować przeterminowanych odczynników ani materiałów. Nie używać zestawu, jeśli w chwili dostarczenia etykieta stanowiąca zamknięcie zewnętrznego pudełka jest uszkodzona. Nie używać odczynników, jeśli w chwili dostarczenia woreczki ochronne są otwarte lub uszkodzone. Nie używać odczynników, jeśli brak środka osuszającego lub jeśli jest on otwarty wewnątrz woreczka z odczynnikiem. Nie wyjmować środka osuszającego z woreczka z odczynnikiem. Po każdym użyciu niezwłocznie szczelnie zamykać woreczki ochronne. Przed zamknięciem woreczka usunąć nadmiar powietrza. 2

3 Chronić odczynniki przed wysoką temperaturą i wilgotnością. Przedłużone narażenie na działanie wilgotnego środowiska może wpłynąć na działanie produktu. Nie używać odczynników, jeśli folia jest przerwana lub uszkodzona. Nie mieszać odczynników z różnych woreczków, zestawów lub serii. Nie należy zamieniać ani ponownie używać korków, gdyż może to spowodować ich zanieczyszczenie i negatywnie wpłynąć na wyniki testu. Odpowiednie napełnienie płynami można sprawdzić na scalonych paskach z odczynnikami (należy dopilnować, by płyny znajdowały się na dnie probówek [patrz Rysunek 1]). Sprawdzić na scalonych paskach z odczynnikami, czy wszystkie końcówki pipet są obecne (patrz Rysunek 1). Zachować ostrożność przy używaniu roztworów chemicznych, ponieważ kody kreskowe dla mieszaniny wzorcowej i probówki ekstrakcyjnej mogą stać się nieczytelne. Dla odpowiedniego działania tego testu zasadnicze znaczenie ma zachowanie dobrych praktyk laboratoryjnych. Z uwagi na wysoką czułość analityczną tego testu należy dołożyć szczególnych starań w kierunku zachowania czystości wszystkich materiałów i odczynników. Jeśli w tych samych obszarach laboratorium wykonywane są inne testy PCR, należy dopilnować, aby zestaw BD MAX GC rt PCR, wszelkie dodatkowe odczynniki potrzebne do badania oraz system BD MAX nie uległy skażeniu. Należy bezwzględnie unikać skażenia odczynników mikroorganizmami i deoksyrybonukleazą (DNazą). Przed manipulacjami odczynnikami i kasetami konieczna jest zmiana rękawiczek. Aby uniknąć skażenia otoczenia amplikonami, nie otwierać kaset do PCR BD MAX po ich użyciu. Uszczelnienia kaset do PCR BD MAX zaprojektowane są tak, by zapobiegać skażeniu. W laboratorium należy rutynowo przeprowadzać monitorowanie środowiska w celu zminimalizowania ryzyka skażenia krzyżowego. Wykonanie badania przy użyciu testu BD MAX GC rt PCR poza zalecanymi ramami czasowymi może dać nieprawidłowe wyniki. Oznaczenia wykonane w warunkach wykraczających poza określone ramy czasowe i zakres temperatury należy powtórzyć. W zależności od wytycznych lub wymogów wynikających z przepisów lokalnych, stanowych, wojewódzkich lub federalnych lub zaleceń organizacji akredytujących można zbadać dodatkowe próbki kontrolne. Należy zawsze postępować z próbkami jak z materiałem zakaźnym, zgodnie z wytycznymi dotyczącymi bezpiecznych procedur laboratoryjnych, takimi jak opisane w dokumentach CLSI M29 4 oraz Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories. 5 Pracując z odczynnikami, zawsze nosić odzież ochronną i rękawiczki jednorazowe. Po wykonaniu oznaczenia dokładnie umyć ręce. Nie pipetować ustami. Nie palić papierosów, nie spożywać płynów, nie jeść ani nie żuć w strefach pracy z próbkami lub odczynnikami zestawu. Niewykorzystane odczynniki i odpady zutylizować zgodnie z przepisami miejscowymi, stanowymi, wojewódzkimi lub ogólnokrajowymi. Dodatkowe ostrzeżenia, środki ostrożności i procedury można znaleźć w podręczniku użytkownika systemu BD MAX. 6 PRZECHOWYWAE I STABILNOŚĆ Odczynniki i składniki testu BD MAX GC rt PCR są stabilne w temperaturze 2 25 C do upływu podanego terminu ważności. Nie należy używać odczynników i elementów, których termin ważności upłynął. Probówki z mieszaniną wzorcową BD MAX GC rt PCR oraz probówki ekstrakcyjne dostarczane są w zamkniętych woreczkach ze środkiem osuszającym. Aby chronić elementy produktu, należy niezwłocznie zamknąć woreczek ponownie po jego otwarciu. Probówki z odczynnikami są stabilne przez okres do 7 dni w temperaturze 2 25 C po otwarciu i ponownym zamknięciu woreczka. Elementy zestawu Temperatura Stabilność Mieszanina wzorcowa Woreczek szczelnie zamknięty (nieotwierany) 2 25 C do upływu daty ważności Woreczek po otwarciu (ponownie zamknięty) 2 25 C 7 dni a Probówka ekstrakcyjna Woreczek szczelnie zamknięty (nieotwierany) 2 25 C do upływu daty ważności Woreczek po otwarciu (ponownie zamknięty) 2 25 C 7 dni a Pasek 2 25 C do upływu daty ważności Próbówka na bufor próbki 2 25 C do upływu daty ważności a Po naruszeniu oryginalnego zamknięcia woreczka należy po każdorazowym użyciu dokładnie zamknąć strunę woreczka zawierającego środek osuszający i przechowywać go we właściwej temperaturze. 3

4 INSTRUKCJE STOSOWAA Pobieranie, transport i przechowywanie próbek Test BD MAX GC rt PCR przeznaczony jest do badania resztkowych wymazów i próbek moczu dodatnich względem GC, które pobrano, transportowano, przechowywano i badano zgodnie z instrukcją w ulotce produktowej oznaczenia BD ProbeTec Q x Amplified DNA. Oznaczenie BD MAX GC rt PCR można wykorzystać do badania resztkowych próbek dodatnich względem GC następujących typów, pobieranych i transportowanych w następujący sposób: Wymazy 1. Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec Q x Amplified DNA Assays (zestaw do transportu próbek z pochwy) (nr kat ) 2. BD ProbeTec Collection Kit for Endocervical or Lesion Specimens (zestaw do pobierania próbek z szyjki macicy lub zmian chorobowych) (nr kat ) UWAGA: próbki pochodzące ze zmian chorobowych nie zostały poddane ocenie w teście BD MAX GC rt PCR. Nie określono charakterystyki działania. 3. Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec Q x Amplified DNA Assays (zestaw do pobierania próbek z cewki moczowej męskiej) (nr kat ) Mocz 1. Urine Preservative Transport for the BD ProbeTec Q x Amplified DNA Assays (UPT) (zestaw do konserwacji i transportu moczu) (nr kat ) 2. Mocz czysty (bez konserwantów) Do badania przy użyciu testu BD MAX GC rt PCR należy używać tylko resztkowych wymazów i podpróbek moczu z probówek BD Viper, dla których uzyskano wynik dodatni w oznaczeniu BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay wykonywanym przy użyciu systemu BD Viper. Używać czystych rękawiczek podczas manipulacji próbkami resztkowymi dodatnimi względem GC i probówkami na bufor próbki BD MAX UVE. Jeśli rękawiczki zetkną się z próbką, należy niezwłocznie je zmienić, by uniknąć skażenia. UWAGA: jedna (1) probówka na bufor próbki BD MAX UVE, jeden (1) korek z przegrodą, jedna (1) probówka z mieszaniną wzorcową, jedna (1) probówka ekstrakcyjna oraz jeden (1) scalony pasek z odczynnikami to materiały wymagane do przetestowania każdej próbki lub każdej zewnętrznej próbki kontrolnej. Przenoszenie resztkowych próbek z BD ProbeTec Q x Swab Diluent (rozcieńczalnikiem do wymazów) do probówki na bufor próbki BD MAX UVE. UWAGA: po uzyskaniu wyniku dodatniego w teście BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay wykonanym w systemie BD Viper próbki resztkowe w rozcieńczalniku do wymazów Q x Swab Diluent należy przechowywać w 2 30 C i przenieść do probówek na bufor próbki BD MAX UVE w ciągu pięciu dni. 1. Doprowadzić resztkową próbkę dodatnią względem GC w rozcieńczalniku Q x do temperatury otoczenia. Zdjąć korki z obu probówek: probówki na bufor próbki BD MAX UVE oraz z probówki zawierającej próbkę dodatnią względem GC w rozcieńczalniku Q x. Przy użyciu skalibrowanej pipety ze sterylną, jednorazową końcówką delikatnie wymieszać próbkę z wymazu i przenieść 500 µl do probówki na bufor próbki BD MAX UVE. E PRZEPEŁAĆ PROBÓWKI A E WLEWAĆ ZBYT MAŁEJ ILOŚCI MATERIAŁU. 2. Wyrzucić końcówkę pipety do pojemnika na niebezpieczne odpady biologiczne. Nie używać tej samej końcówki pipety do więcej niż jednej próbki. 3. Zamknąć szczelnie probówkę na bufor próbki BD MAX UVE niebieskim korkiem do przebijania z przegrodą. 4. Oznakować probówkę na bufor próbki BD MAX UVE danymi pacjenta i datą przygotowania. UWAGA: nie zasłaniać kodów kreskowych na probówce. 5. Krótko worteksować probówkę na bufor próbki BD MAX UVE, aby zapewnić dobre wymieszanie próbki i odczynnika. 6. Próbka jest teraz gotowa do testów w systemie BD MAX. Przenoszenie resztkowych próbek moczu do probówki na bufor próbki BD MAX UVE UWAGA: po uzyskaniu wyniku dodatniego w kierunku GC w teście BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay wykonanym w systemie BD Viper próbki resztkowe moczu w probówkach na próbki Q x UPT lub BD Viper należy przechowywać w 2 30 C i przenieść do probówek na bufor próbki BD MAX UVE w ciągu pięciu dni. 1. Doprowadzić resztkową próbkę w UPT lub probówce na próbkę BD Viper do temperatury otoczenia. Zdjąć korki z obu probówek: probówki na bufor próbki BD MAX UVE oraz z probówki UPT lub probówki na próbkę BD Viper. Przy użyciu skalibrowanej pipety ze sterylną, jednorazową końcówką delikatnie wymieszać próbkę moczu i przenieść 1 ml do probówki na bufor próbki BD MAX UVE. E PRZEPEŁAĆ PROBÓWKI A E WLEWAĆ ZBYT MAŁEJ ILOŚCI MATERIAŁU. 2. Wyrzucić końcówkę pipety do pojemnika na niebezpieczne odpady biologiczne. Nie używać tej samej końcówki pipety do więcej niż jednej próbki. 3. Zamknąć szczelnie probówkę na bufor próbki BD MAX UVE niebieskim korkiem do przebijania z przegrodą. 4. Oznakować probówkę na bufor próbki BD MAX UVE danymi pacjenta i datą przygotowania. UWAGA: nie zasłaniać kodów kreskowych na probówce. 5. Krótko worteksować probówkę na bufor próbki BD MAX UVE, aby zapewnić dobre wymieszanie próbki i odczynnika. 6. Próbka jest teraz gotowa do testów w systemie BD MAX. 4

5 UWAGA: wymazy i próbki moczu w probówkach na bufor próbki BD MAX UVE można przed badaniem przechowywać do pięciu dni w temperaturze 2 30 C. UWAGA: jeśli konieczny jest transport próbek, należy kontrolować temperaturę we wskazanym zakresie, aby zapewnić stabilność próbki. W przypadku wysyłek międzynarodowych próbki należy oznakować zgodnie z mającymi zastosowanie przepisami lokalnymi, wojewódzkimi, stanowymi, krajowymi i międzynarodowymi dotyczącymi transportu próbek klinicznych oraz czynników etiologicznych/substancji zakaźnych. OBSŁUGA SYSTEMU BD MAX UWAGA: szczegółowe instrukcje znajdują się w podręczniku użytkownika systemu BD MAX 6 (patrz część Obsługa ). 1. Włączyć system BD MAX (jeśli nie jest już włączony) i zalogować się, wprowadzając <user name> (nazwę użytkownika) i <password> (hasło). 2. Przed manipulacjami odczynnikami i kasetami konieczna jest zmiana rękawiczek. 3. Wyjąć pożądaną liczbę scalonych pasków z odczynnikami z zestawu BD MAX GC rt PCR. Delikatnie postukać każdym scalonym paskiem z odczynnikami o twardą powierzchnię, tak aby wszystkie porcje płynu znalazły się na dnie probówek. 4. Wyjąć pożądaną liczbę probówek ekstrakcyjnych i probówek z mieszaniną wzorcową z woreczków zabezpieczających. Usunąć nadmiar powietrza i zamknąć szczelnie woreczki. 5. Dla każdej badanej próbki umieścić 1 (jeden) scalony pasek z odczynnikami w statywie systemu BD MAX, zaczynając od pozycji 1 na statywie A. 6. Wcisnąć 1 (jedną) probówkę ekstrakcyjną (biała folia) do każdego scalonego paska z odczynnikami w pozycję 1, jak pokazano na Rysunku Wcisnąć 1 (jedną) probówkę z mieszaniną wzorcową (zielona folia) do każdego scalonego paska z odczynnikami w pozycję 2, jak pokazano na Rysunku 1. Rysunek 1: Wcisnąć probówki ekstrakcyjne i probówki z mieszaniną wzorcową z zestawu BD MAX GC rt PCR do scalonych pasków z odczynnikami 8. Kliknąć ikonę Run (Uruchom) i wprowadzić numer serii zestawu BD MAX GC rt PCR (do celów śledzenia serii), skanując kod kreskowy skanerem. UWAGA: krok 8 powtarzać za każdym razem, gdy używana jest nowa partia zestawów. 9. Przejść do Worklist (Listy roboczej). Z menu rozwijanego wybrać <BD MAX GC RT PCR 60 >. 10. Wprowadzić identyfikator probówki na bufor próbki panelu enterowirusów BD MAX, identyfikator pacjenta i numer badania (jeśli ma zastosowanie) do Worklist (Listy roboczej), odczytując kod kreskowy skanerem. 11. Wybrać odpowiedni numer serii zestawu (znajdujący się na zewnętrznym pudełku) z menu rozwijanego. 12. Powtórzyć kroki 9 11 dla wszystkich pozostałych probówek na bufor próbki. 13. Umieścić probówki na bufor próbki BD MAX UVE w statywach systemu BD MAX odpowiadających scalonym paskom z odczynnikami zebranym w krokach 5 do 7. UWAGA: próbki można przechowywać do pięciu dni w temperaturze 2 30 C. Doprowadzić próbki do temperatury otoczenia przed badaniem. 14. Umieścić wymaganą liczbę kaset do PCR BD MAX w systemie BD MAX (patrz Rysunek 2): Każda kaseta do mieści maksymalnie 24 próbki. System BD MAX automatycznie wybierze pozycję i rząd na kasecie do PCR BD MAX dla każdego cyklu. Kaset do PCR BD MAX można używać wielokrotnie, do wykorzystania wszystkich ścieżek. Aby zmaksymalizować wykorzystanie kaset do PCR BD MAX przy użyciu trybu 2000 Sample Mode, wybrać Run Wizard (Uruchom kreator) z karty Worklist (Lista robocza) do zadań dla ścieżki. Więcej informacji można znaleźć w podręczniku użytkownika systemu BD MAX. 6 5

6 15. Wkładanie statywów do systemu BD MAX (Rysunek 3). Rysunek 2: Wkładanie kaset do PCR Strona A Strona B Rysunek 3: Wkładanie statywów do systemu BD MAX 16. Zamknąć pokrywę systemu BD MAX i kliknąć < Start >, aby rozpocząć przetwarzanie. 17. Pod koniec cyklu można sprawdzić wyniki od razu lub przechowywać probówki na bufor próbki BD MAX UVE w temperaturze 2 30 C do pięciu dni, do sprawdzenia wyników. UWAGA: w razie uszkodzenia korka z przegrodą podczas cyklu należy wymienić go na nowy przed odłożeniem próbki do przechowywania. UWAGA: przygotowane probówki na bufor próbki BD MAX UVE można przechowywać do pięciu dni w temperaturze 2 30 C. W razie uzyskania wyniku nieokreślonego (IND), nierozstrzygającego (UNR) lub niepełnego (INC) należy powtórzyć test dla materiału z tej samej probówki na bufor próbki BD MAX UVE (patrz część Procedura powtarzania testu ). Jeśli test dla zewnętrznej próbki kontrolnej nie powiedzie się, należy powtórzyć test dla wszystkich próbek przy użyciu świeżo przygotowanych zewnętrznych próbek kontrolnych (patrz część Kontrola jakości ). KONTROLA JAKOŚCI Procedury kontroli jakości służą do monitorowania działania oznaczenia. Laboratoria ustalają liczbę, rodzaj i częstotliwość wykonywania testów materiałów kontrolnych zgodnie z wytycznymi lub wymogami przepisów lokalnych, wojewódzkich, stanowych, federalnych lub krajowych lub organizacji akredytujących. W zakresie ogólnych wytycznych dotyczących kontroli jakości użytkownik może odnieść się do dokumentów CLSI MM03 7 i EP Materiały do zewnętrznych próbek kontrolnych nie są dostarczane przez BD. Zewnętrzne próbki kontrolne dodatnie i ujemne nie są wykorzystywane przez oprogramowanie systemu BD MAX do celów interpretacji wyniku badania próbki. Zewnętrzne próbki kontrolne traktowane są tak, jak próbki pochodzące od pacjentów. (W kwestii interpretacji wyników badania zewnętrznych próbek kontrolnych należy odnieść się do tabeli w części Interpretacja wyników). 2. W każdym laboratorium należy co najmniej raz dziennie wykonywać badanie 1 (jednej) zewnętrznej próbki kontrolnej dodatniej i 1 (jednej) zewnętrznej próbki kontrolnej ujemnej, do momentu uzyskania odpowiedniej walidacji procesu wykonywanego przy użyciu systemu BD MAX. Częstotliwość testów kontrolnych można zmniejszyć zgodnie z mającymi zastosowanie przepisami. 3. Celem badania zewnętrznych próbek kontrolnych dodatnich jest monitorowanie pod kątem znacząco nieprawidłowego działania odczynników. Celem badania zewnętrznych próbek kontrolnych ujemnych jest wykrywanie skażenia odczynników lub otoczenia docelowymi kwasami nukleinowymi (lub ich przeniesienia na próbkę). 6

7 4. Szczepy kontrolne należy badać zgodnie z wytycznymi lub wymogami przepisów lokalnych, stanowych lub federalnych lub organizacji akredytujących, w celu monitorowania skuteczności całej procedury analitycznej. 5. Zaleca się stosowanie różnych rodzajów zewnętrznych próbek kontrolnych, aby umożliwić użytkownikowi wybranie najbardziej odpowiednich dla programu kontroli jakości w danym laboratorium. a. Materiał kontrolny dostępny w sprzedaży (np. szczep Neisseria inny niż gonokoki) lub uprzednio scharakteryzowana próbka ujemna. Firma BD zaleca przygotowanie zewnętrznej próbki kontrolnej ujemnej przed zewnętrzną próbką kontrolną dodatnią, aby zmniejszyć ryzyko skażenia podczas przygotowywania próbki kontrolnej. b. Zewnętrzna kontrola dodatnia: materiał kontrolny dostępny w sprzedaży [np. szczep referencyjny Neisseria gonorrhoeae (ATCC 19424)] lub uprzednio scharakteryzowana próbka dodatnia. W celu przygotowania zawiesiny zewnętrznej próbki kontrolnej zaleca się pozyskać kolekcję liofilizowanych Neisseria gonorrhoeae z kolekcji American Type Culture Collection (ATCC) i ponownie je nawodnić w soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS) do uzyskania ostatecznego rozcieńczenia kolekcji komórek wyjściowych wynoszącego Następnie roztwór o stężeniu 10-6 należy rozcieńczyć, przenosząc 150 µl do probówki na bufor próbki BD MAX UVE w celu uzyskania ostatecznego rozcieńczenia wynoszącego Wszystkie zewnętrzne próbki kontrolne powinny dawać oczekiwane wyniki (dodatnie dla zewnętrznej kontroli dodatniej, ujemne dla zewnętrznej kontroli ujemnej) i nie powinny wystąpić niepowodzenia kontroli zewnętrznej (wyniki nierozstrzygające lub nieokreślone). 7. Jeśli dla zewnętrznej kontroli ujemnej wynik testu okaże się dodatni, oznacza to nieprawidłowości lub skażenie przy przygotowywaniu próbki. Jeśli dla zewnętrznej kontroli dodatniej wynik testu okaże się ujemny, oznacza to nieprawidłowości przy manipulacji lub przygotowaniu próbki. Należy sprawdzić technikę manipulacji próbką i jej przygotowania. 8. Nierozstrzygający, nieokreślony lub niepełny wynik testu dla zewnętrznej próbki kontrolnej wskazuje na nieprawidłowości w odczynnikach lub w działaniu systemu BD MAX. Sprawdzić, czy na monitorze systemu BD MAX nie ma komunikatów o błędach. Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w części Podsumowanie błędów systemowych podręcznika użytkownika systemu BD MAX. 6 Jeśli problem powtarza się, należy użyć odczynników z nieotwartego woreczka lub nowego zestawu testowego. 9. Każda probówka ekstrakcyjna zawiera próbkę kontrolną będącą plazmidem zawierającym syntetyczną sekwencję DNA docelowego. Próbka kontrolna służy do monitorowania skuteczności wychwytywania DNA, jego płukania i wymywania podczas przetwarzania próbki, jak również skuteczności amplifikacji i wykrywania DNA podczas analizy PCR. Jeśli wynik badania dla próbki kontrolnej nie spełni kryteriów dopuszczalności, dla danej próbki zostanie podany jako nierozstrzygający. Wynik nierozstrzygający wskazuje na obecność inhibitorów w próbce lub nieprawidłowe działanie odczynnika. Testy dla wszelkich próbek, dla których podano wyniki nierozstrzygające, należy powtórzyć zgodnie z Procedurą powtarzania testu podaną poniżej. INTERPRETACJA WYKÓW Wyniki są dostępne na karcie Results (Wyniki) w okienku Results na monitorze systemu BD MAX. Oprogramowanie systemu BD MAX automatycznie interpretuje wyniki testu. Wynik testu może być NEG (negative ujemny), POS (positive dodatni) lub UNR (unresolved nierozstrzygający) w zależności od statusu substancji docelowej po amplifikacji i próbki kontrolnej. Wyniki IND (indeterminate - nieokreślony) lub INC (incomplete - niepełny) związane są z nieprawidłowym działaniem systemu BD MAX. Interpretację wyników przedstawiono w Tabeli 1. WYK BD VIPER PODANY WYK BD MAX Tabela 1: Interpretacja wyników testu BD MAX GC rt PCR INTERPRETACJA WYKU BD MAX POS GC POS Wykryto DNA GC POS GC NEG Nie wykryto DNA GC POS GC UNR WYK EROZSTRZYGAJĄCY Brak amplifikacji substancji docelowych; brak amplifikacji próbki kontrolnej POS IND Wynik nieokreślony ze względu na błąd systemu BD MAX (z kodami ostrzeżeń lub błędów) a POS INC Niepełny cykl (z kodami ostrzeżeń lub błędów) a a Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w części Troubleshooting (Rozwiązywanie problemów) podręcznika użytkownika systemu BD MAX. 6 GC POS (wykryto DNA GC) Wykryto sygnał fluorescencji dla GC oraz próbka kontrolna jest ignorowana, ponieważ amplifikacja docelowego GC jest nadrzędna wobec tej procedury kontrolnej. GC NEG (nie wykryto DNA GC) Nie wykryto sygnału fluorescencji w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR dla organizmu docelowego oraz wykryto sygnał fluorescencji dla próbki kontrolnej. GC UNR (wynik nierozstrzygający) Nie wykryto sygnału fluorescencji dla docelowego GC; nie wykryto sygnału fluorescencji dla próbki kontrolnej (obecność inhibitorów lub nieprawidłowe działanie odczynnika). 7

8 IND (wynik nieokreślony) Błąd systemu BD MAX z kodami ostrzeżeń lub błędów. Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w części Rozwiązywanie problemów podręcznika użytkownika systemu BD MAX 6. INC (niepełny cykl) Błąd systemu BD MAX z kodami ostrzeżeń lub błędów. Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w części Rozwiązywanie problemów podręcznika użytkownika systemu BD MAX 6. PROCEDURA POWTARZAA TESTU UWAGA: w probówce na bufor próbki BD MAX UVE znajduje się objętość wystarczająca na wykonanie jednego powtórzenia testu. Jeśli probówki na bufor próbki BD MAX UVE przechowywano w 2 30 C, należy wykonać ponowne badanie w ciągu pięciu dni od przeniesienia resztkowej próbki dodatniej względem GC w rozcieńczalniku Q x do probówki na bufor próbki BD MAX UVE. Doprowadzić próbki do temperatury otoczenia przed badaniem. Wykonać test ponownie, zaczynając od części Obsługa systemu BD MAX. WYK EROZSTRZYGAJĄCY Wynik nierozstrzygający uzyskuje się w przypadku, gdy obecność inhibitora w próbce uniemożliwia odpowiednią amplifikację substancji docelowej lub próbki kontrolnej. Testy dla próbek można powtórzyć przy użyciu materiału pozostałego w odpowiednich probówkach na bufor próbki BD MAX UVE w czasie określonym powyżej. Wykonać test ponownie, zaczynając od części Obsługa systemu BD MAX. WYK EOKREŚLONY Wynik nieokreślony można uzyskać w przypadku nieprawidłowego działania systemu. Testy dla próbek można powtórzyć przy użyciu materiału pozostałego w odpowiednich probówkach na bufor próbki BD MAX UVE w czasie określonym powyżej. Wykonać test ponownie zgodnie z częścią Obsługa systemu BD MAX. Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w podręczniku użytkownika systemu BD MAX, 6 w części Rozwiązywanie problemów. WYK EPEŁNY Wynik niepełny może wystąpić w przypadku, gdy procedura przygotowania próbki lub PCR nie zakończy się. Testy dla próbek można powtórzyć przy użyciu materiału pozostałego w odpowiednich probówkach na bufor próbki BD MAX UVE w czasie określonym powyżej. Wykonać test ponownie zgodnie z częścią Obsługa systemu BD MAX. Informacje dotyczące interpretacji kodów ostrzeżeń i błędów można znaleźć w podręczniku użytkownika systemu BD MAX, 6 w części Rozwiązywanie problemów. EPOWODZEE TESTU ZEWNĘTRZNEJ PRÓBKI KONTROLNEJ Wyniki testu dla zewnętrznej próbki kontrolnej powinny być zgodne z oczekiwanymi. Jeśli badanie dla próbek należy powtórzyć z powodu nieprawidłowego wyniku testu zewnętrznych próbek kontrolnych, należy wykonać ponowne testy próbek, korzystając z materiału w probówkach na bufor próbki BD MAX UVE oraz świeżo przygotowanych zewnętrznych próbek kontrolnych w wyżej zdefiniowanych ramach czasowych. Wykonać test ponownie zgodnie z częścią Obsługa systemu BD MAX. OGRACZEA PROCEDURY 1. Test BD MAX GC rt PCR można stosować tylko do badania próbek, dla których uzyskano wynik dodatni przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay w systemie BD Viper wyposażonym w technologię XTR. Oznaczenia nie należy używać do próbek, dla których w oznaczeniu BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay uzyskano wynik ujemny, ani też do innego rodzaju próbek klinicznych. 2. Testu BD MAX GC rt PCR nie poddano ocenie w połączeniu z innymi metodami badań molekularnych. 3. Oznaczenie przy użyciu testu BD MAX GC rt PCR może być przeprowadzane wyłącznie w systemie BD MAX i tylko przez odpowiednio przeszkolony personel. 4. Test BD MAX GC rt PCR przeznaczony jest tylko do badania próbek moczu mężczyzn i kobiet, wymazów z męskiej cewki moczowej oraz wymazów z szyjki macicy i pochwy, które transportowano i przechowywano zgodnie z instrukcją w ulotce produktowej oznaczenia BD ProbeTec Q x Amplified DNA i dla których stwierdzono wynik dodatni w systemie BD Viper. 5. W razie uzyskania wyniku dodatniego w systemie BD Viper i ujemnego w oznaczeniu BD MAX GC należy interpretować te wyniki w powiązaniu z innymi danymi laboratoryjnymi i klinicznymi dostępnymi lekarzowi. 6. Przyczyną uzyskania błędnych wyników testu może być nieodpowiednia technika pobrania próbki lub manipulacji nią, nieprawidłowe przechowywanie, błąd techniczny, pomylenie próbek lub liczba organizmów w próbce poniżej czułości analitycznej testu. Aby uniknąć uzyskania błędnych wyników, należy przestrzegać instrukcji podanych na ulotce dołączonej do opakowania oraz w podręczniku użytkownika systemu BD MAX Dla odpowiedniego działania tego testu zasadnicze znaczenie ma zachowanie dobrych praktyk laboratoryjnych. Z uwagi na wysoką czułość analityczną tego testu należy dołożyć szczególnych starań w kierunku zachowania czystości wszystkich materiałów i odczynników. 8. Dodatni wynik oznaczenia BD MAX GC rt PCR nie musi oznaczać obecności organizmów żywych. Wynik dodatni wskazuje na obecność DNA GC. 9. Podobnie jak w przypadku wszystkich testów diagnostycznych in vitro opartych na PCR, przy bardzo niskim stężeniu substancji docelowej poniżej LoD (granicy wykrywalności) oznaczenia substancja może być wykryta, ale wyniki mogą nie być powtarzalne. 8

9 10. Fałszywie ujemne wyniki mogą wystąpić z powodu utraty kwasów nukleinowych wskutek transportu, przenoszenia lub przechowywania próbek lub niewystarczającej lizy komórek bakterii. Test zawiera próbkę kontrolną mającą na celu wspomaganie identyfikacji próbek zawierających inhibitory amplifikacji PCR oraz kontrolę prawidłowego składu odczynników i działania systemu oznaczenia jako całości. Badanie próbki kontrolnej nie pozwala na ustalenie, czy doszło do utraty kwasów nukleinowych wskutek nieodpowiedniej techniki transportu, przenoszenia lub przechowywania próbek, czy też komórki bakterii nie uległy lizie w odpowiednim stopniu. 11. Wyniki oznaczenia BD MAX GC rt PCR mogą czasami być nierozstrzygające z powodu nieprawidłowego wyniku dla próbki kontrolnej, lub też nieokreślone albo niepełne z powodu usterki aparatu; wymaga to ponownego przeprowadzenia testu, co może spowodować opóźnienie uzyskania ostatecznych wyników. 12. Podobnie jak w przypadku wszystkich testów diagnostycznych in vitro, przewidywalne wartości dodatnie i ujemne zależą w dużym stopniu od częstości występowania. Skuteczność stosowania oznaczenia BD MAX GC rt PCR może być różna w zależności od częstości występowania zakażenia i badanej populacji. 13. Oznaczenie BD MAX GC rt PCR wymaga użycia 2 (dwóch) kanałów optycznych systemu BD MAX; kanału VIC (530/565 nm) oraz kanału ROX (585/630 nm). Działania pozostałych kanałów optycznych nie określono w tym oznaczeniu. 14. Test BD MAX GC rt PCR daje wyniki jakościowe. Nie stwierdzono korelacji pomiędzy kształtem krzywych amplifikacji a ilością organizmów docelowych. 15. Przy stężeniu 0,4% v/v w krwi pełnej (we wzorcowej próbce moczu) 6,5 µl/ml żelu dopochwowego RepHresh * i 12,5 µl/ml żelu przeciwpierwotniakowego z metronidazolem (w wymazie wzorcowym) zakłócało działanie testu BD MAX GC rt PCR (patrz Tabele 8 i 9). WARTOŚCI OCZEKIWANE Odsetek próbek, dla których uzyskano wynik dodatni na obecność Neisseria gonorrhoeae, zależy od populacji pacjentów. Czynniki obejmują rodzaj ośrodka, wiek pacjenta, czynniki ryzyka i płeć. W Tabeli 2 podano hipotetyczne wartości predykcyjne: ujemną (negative predictive value, NPV) i dodatnią (positive predictive value, PPV) wyliczone przy użyciu łącznej złożonej czułości i swoistości obliczonych z charakterystyki działania podanej w części poniżej. Tabela 2: Hipotetyczna wartość predykcyjna ujemna (NPV) i wartość predykcyjna dodatnia (PPV) Częstość występowania Czułość złożona Swoistość złożona PPV złożona NPV złożona 0,25% 97,5% 100% 100% 100% 0,50% 97,5% 100% 100% 100% 1,0% 97,5% 100% 100% 100% 2,0% 97,5% 100% 100% 99,9% 5,0% 97,5% 100% 100% 99,9% 10,0% 97,5% 100% 100% 99,7% 15,0% 97,5% 100% 100% 99,6% 20,0% 97,5% 100% 100% 99,4% 30,0% 97,5% 100% 100% 99,0% 40,0% 97,5% 100% 100% 98,4% 50,0% 97,5% 100% 100% 97,6% CHARAKTERYSTYKA WYDAJNOŚCIOWA Charakterystykę działania dla wyników złożonych określono w teście BD MAX GC rt PCR dla próbek dodatnich względem GC na podstawie wyników uzyskanych w systemie BD Viper przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay. Dla próbek, którym po badaniu w systemie BD Viper przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Assay przypisano odczyn ujemny względem GC, wynik określono jako złożony ujemny. Przeprowadzono badanie kliniczne przy użyciu resztkowych próbek od mężczyzn i kobiet oraz próbek spreparowanych zebranych z wielu ośrodków. Próbki pobrano przy użyciu następujących wyrobów do pobierania BD Viper: BD ProbeTec Q x Collection Kit for Endocervical and Lesion Specimens (zestaw do pobierania próbek z szyjki macicy oraz zmian chorobowych), Vaginal Specimen Transport for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays (zestaw do transportu wymazów z pochwy), Male Urethral Specimen Collection Kit for the BD ProbeTec CT/GC Q x Amplified DNA Assays (zestaw do pobierania próbek z cewki moczowej męskiej) lub Urine Preservative Transport for the BD ProbeTec Q x Amplified DNA Assays (zestaw do konserwacji i transportu moczu). Badano również niekonserwowany, czysty mocz. Wszystkie testowane próbki kliniczne były mrożone, zaś próbki preparowane stanowiły połączenie próbek świeżych i mrożonych. Ocenie poddano łącznie 420 wyników dla próbek (patrz Tabele 3 i 4). Spośród nich 210 były to próbki kliniczne, a 210 próbki spreparowane. Zarówno dla próbek klinicznych, jak i dla spreparowanych uzyskano 105 wyników dodatnich i 105 wyników ujemnych w systemie BD Viper przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay. 210 próbek spreparowanych przygotowano albo z klinicznych próbek ujemnych (wymazów z szyjki macicy oraz moczu kobiet konserwowanego w UPT), albo z próbek pochodzących od osób zdrowych (mocz czysty oraz samodzielnie pobrane wymazy z pochwy). 9

10 Próbki spreparowane dodatnie przygotowano poprzez inokulację Neisseria gonorrhoeae (szczep ATCC 19424) w stężeniu 3x analityczna LoD. Wszystkie spreparowane próbki dodatnie i ujemne przebadano w systemie BD Viper System przy użyciu oznaczenia BD ProbeTec GC Q x Amplified DNA Assay. Po przebadaniu w systemie BD Viper wszystkie próbki poddano przetwarzaniu w laboratorium i przetestowano w systemach BD MAX. Obliczono złożoną czułość i swoistość wobec statusu zakażenia pacjenta (Patient Infected Status, PIS) dla próbek klinicznych oraz wobec oczekiwanego wyniku dla próbek spreparowanych. Porównawcze metody referencyjne, zgodnie z którymi określono PIS, obejmowały trzy badania przy użyciu dwóch różnych dostępnych w sprzedaży testów NAAT przeprowadzone na co najmniej dwóch różnych rodzajach próbek. Złożoną czułość i swoistość dla każdego rodzaju próbki wraz z 95% przedziałami ufności podano w Tabeli 3. Łączne złożone czułość i swoistość wynosiły odpowiednio 97,5% (94,3% 98,9%) i 100% (98,3%-100%). Tabela 3: Czułość i swoistość złożona Płeć Typ próbki Czułość 95% CI Swoistość 95% CI Wymaz z szyjki macicy a 92,6% (25/27) (76,6%, 97,9%) 100% (33/33) (89,6%, 100%) Kobiety Mocz czysty b 100% (30/30) (88,6%, 100%) 100% (30/30) (88,6%, 100%) Mocz UPT c 89,3% (25/28) (72,8%, 96,3%) 100% (32/32) (89,3%, 100%) Wymaz z pochwy d 100% (30/30) (88,6%, 100%) 100% (30/30) (88,6%, 100%) Mocz czysty e 100% (30/30) (88,6%, 100%) 100% (30/30) (88,6%, 100%) Mężczyźni Wymaz z cewki moczowej f 100% (30/30) (88,6%, 100%) 100% (30/30) (88,6%, 100%) Mocz UPT g 100% (27/27) (87,5%, 100%) 100% (33/33) (89,6%, 100%) Łącznie Ogółem 97,5% (197/202) (94,3%, 98,9%) 100% (218/218) (98,3%, 100%) Próbki w Tabeli 3 stanowią kombinację próbek klinicznych i spreparowanych, zarówno dodatnich, jak i ujemnych: a) Wymazy z szyjki macicy 48 próbek klinicznych i 12 spreparowanych b) Mocz czysty kobiecy 60 próbek spreparowanych c) Mocz kobiecy UPT 42 próbek klinicznych i 18 spreparowanych d) Wymazy z pochwy pobrane samodzielnie 60 próbek spreparowanych e) Mocz czysty męski 60 próbek spreparowanych f) Wymazy z cewki moczowej męskiej 60 próbek klinicznych g) Mocz męski UPT 60 próbek klinicznych Poszczególne wyniki NAAT, wynik PIS i wynik BD MAX GC rt PCR są przedstawione w Tabeli 4, przedstawiającej rozbieżne wyniki. NAAT 1 szyjka macicy NAAT 1 mocz Tabela 4: Rozbieżne wyniki NAAT 2 szyjka macicy NAAT 2 mocz PIS BD MAX GCrtPCR Mocz kobiecy Rozbieżny N/D + - Rozbieżny N/D + - Rozbieżny N/D + - Wymaz z szyjki macicy a Rozbieżny N/D a Druga rozbieżna próbka z szyjki macicy była spreparowana, więc brak dostępnego porównania NAAT i PIS. Z 420 próbek moczu i wymazów badanych oznaczeniem BD MAX GC rt PCR odsetek wyników nierozstrzygających, nieokreślonych i niepełnych podczas wstępnych i powtarzanych badań był następujący: Po wstępnym badaniu dwie próbki (2/420) (0,5%) dały wynik nierozstrzygający. Odsetek wyników nierozstrzygających po powtórzeniu badania wynosił 0% (0/420). Po wstępnym badaniu żadna próbka (0%) nie dała wyniku nieokreślonego. Po wstępnym badaniu osiemnaście próbek (18/420) (4,3%) dało wynik niepełny. Odsetek wyników niepełnych po powtórzeniu badania wynosił 0% (0/420). 10

11 Czułość analityczna Czułość analityczną (granicę wykrywalności, LoD) oznaczenia BD MAX GC rt PCR we wzorcowych próbkach moczu i wymazach z pochwy oceniano w następujący sposób: próbki dodatnie przygotowano poprzez dodawanie do połączonych próbek wzorcowych moczu oraz połączonych wzorcowych wymazów z pochwy wielu różnych stężeń zawiesiny Neisseria gonorrhoeae (ATCC 19424) z hodowli. Porcje o objętości 1 (jednego) ml tak spreparowanych wzorcowych próbek moczu i 0,5 ml tak spreparowanych wzorcowych próbek wymazów z pochwy przeniesiono do probówki na bufor próbki BD MAX UVE. Każda zawiesina wzorcowa była testowana przy 24 powtórzeniach na jedno stężenie LoD z wykorzystaniem trzech systemów BD MAX i trzech różnych serii produkcyjnych oznaczenia BD MAX GC rt PCR. Czułość analityczna (Limit of Detection, LoD granica wykrywalności), zdefiniowana jako najniższe stężenie, przy którym oczekuje się, że dla nie mniej niż 95% wszystkich powtórzeń testu uzyskany zostanie wynik dodatni, mieściła się w zakresie od 66,2 do 109,5 komórek/ml (Tabela 5). Tabela 5: Granica wykrywalności dla testu BD MAX GC rt PCR Szczep GC Próbka Stężenie LoD (komórek/ml) 95% CI Mocz 66,2 (45,7%, 95,5%) ATCC Wymaz z pochwy 109,5 (81,0%, 147,9%) Zakres analityczny Badanie zakresu analitycznego przeprowadzono przy użyciu różnych szczepów Neisseria gonorrhoeae często występujących w próbkach pobranych z układu moczowo-płciowego, biorąc pod uwagę pochodzenie geograficzne, genotyp (typ dziki i mutacje) oraz pochodzenie z różnych okresów. Przebadano 30 (trzydzieści) szczepów, w tym pochodzące ze zbiorów publicznych oraz dobrze scharakteryzowane szczepy wyizolowane w praktyce klinicznej. Te 30 szczepów testowano przy 3x LoD we wzorcowych próbkach moczu czystego lub wymazów pochwy. Przy użyciu oznaczenia BD MAX GC rt PCR poprawnie zidentyfikowano wszystkie 30 szczepów Neisseria gonorrhoeae. Swoistość analityczna/reaktywność krzyżowa Oznaczenie BD MAX GC rt PCR wykonano na próbkach zawierających gatunki Neisseria spokrewnione filogenetycznie oraz inne organizmy (bakterie, wirusy), jakie mogą się znajdować w próbkach z narządów moczowo-płciowych, w których występują infekcje Neisseria gonorrhoeae. Komórki bakterii, drożdży oraz pasożytów zbadano w probówce na bufor próbki BD MAX UVE w stężeniu 1x10 6 komórek/ml, a wirusy zbadano w stężeniu 1x10 5 cząstek wirusów lub odpowiedników genomowych/ml. Dla 100% (102/102) badanych szczepów bakterii, drożdży i pasożytów w probówce na bufor próbki BD MAX UVE w stężeniu 1 x10 6 CFU/mL, komórek/ml, DNA genomicznego cp/ml lub ciałek elementarnych/ml uzyskano w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR wyniki ujemne (patrz Tabela 6). Dla 100% (6/6) badanych wirusów w stężeniu 1 x 10 5 cząstek wirusów lub ekwiwalentów genomicznych/ml uzyskano w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR wyniki ujemne (patrz Tabela 6). Dla 100% (59/59) badanych szczepów Neisseria gonorrhoeae w probówce na bufor próbki BD MAX UVE w stężeniu 1 x10 6 komórek/ml uzyskano w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR wyniki ujemne (patrz Tabela 7). 11

12 Tabela 6: Wyniki dotyczące swoistości oznaczenia BD MAX GC rt PCR (bakterie, drożdże i wirusy) Organizm Wynik a Organizm Wynik a Achromobacter xerosis - HPV11 - Acinetobacter calcoaceticus - Kingella kingae - Acinetobacter lwoffi - Klebsiella oxytoca - Actinomyces israelii - Klebsiella pneumoniae - Actinomyces pyogenes - Lactobacillus acidophilus - Aerococcus viridans - Lactobacillus brevis - Aeromonas hydrophilia - Lactobacillus jensenii - Agrobacterium radiobacter - Lactobacillus lactis - Alcaligenes faecalis - Legionella pneumophilia - Bacillus subtilis - Leuconostoc paramensenteroides - Bacteriodes ureolyticum - Listeria monocytogenes - Bacteroides fragilis - Micrococcus leutus - Bifidobacterium adolescentis - Moraxella lacunata - Bifidobacterium brevis - Moraxella osloensis - Branhamella catarrhalis - Morganella morganii - Brevibacterium linens - Mycobacterium smegmatis - Campylobacter jejuni - Mycoplasma genitalium - Candida albicans - Mycoplasma hominis - Candida glabrata - Pentatrichomonas hominis - Candida parapsilosis - Peptostreptococcus anaerobius - Candida tropicalis - Peptostreptococcus productus - Chlamydia pneumoniae - Plesiomonas shigelloides - Chlamydia psittaci (2) - Propionibacterium acnes - Chlamydia trachomatis Serowar H - Proteus mirabilis - Chromobacterium violaceum - Proteus vulgaris - Citrobacter freudii - Providencia stuartii - Clostridium perfringens - Pseudomonas aeruginosa - Corynebacterium genitalium biowar1 - Pseudomonas fluorescens - Corynebacterium xerosis - Pseudomonas putida - Cryptococcus neoformans - Rahnella aquatilis - Cytomegalowirus - Rhodospirilium rubrum - Deinococcus radiodurans - Saccharomyces cerevisiae - Derxia gummosa - Salmonella minnesota - Eikenella corrodens - Salmonella typhimurium - Enterobacter aerogenes - Serratia marcescens - Enterobacter cloacae - Staphylococcus aureus, bez białka A - Enterococcus avium - Staphylococcus aureus, białko A - Enterococcus faecalis - Staphylococcus epidermidis - Enterococcus faecium - Staphylococcus saprophyticus - Erwinia herbicola (Escherichia vulneris) - Streptococcus agalactiae (Grupa B) - Erysipelothrix rhusiopathiae - Streptococcus bovis - Escherichia coli - Streptococcus mitis - Fuseobacterium meningosepticum - Streptococcus mutans - Fuseobacterium nucleatum - Streptococcus pneumoniae - Gamella haemolysans - Streptococcus pyogenes (Grupa A) - Gardnerella vaginalis - Streptococcus salivarius - Haemophilus ducreyi - Streptococcus sanguis - Haemophilus influenzae - Streptomyces griseus - Herpes Simplex Virus 1 - Trichomonas tenax - Herpes Simplex Virus 2 - Trichomonas vaginalis - HPV 16 - Ureaplasma urealyticum - HPV 18 - Vibrio parahaemolyticus - HPV 6 - Yersinia enterocolitica - a - oznacza wynik ujemny oznaczenia BD MAX GC rt PCR 12

13 Tabela 7: Wyniki dotyczące swoistości oznaczenia BD MAX GC rt PCR (gatunki Neisseria) Organizm Wynik a Organizm Wynik a Neisseria cinerea (3) b - Neisseria meningitidis D (1) b - Neisseria denitrificans (1) b - Neisseria meningitidis W135 (1) b - Neisseria elongate (3) b - Neisseria meningitidis Y (1) b - Neisseria flava (1) b - Neisseria mucosa (3) b - Neisseria flavescens (2) b - Neisseria perflava (3) b - Neisseria lactamica (9) b - Neisseria polysaccharea (1) b - Neisseria meningitidis A (4) b - Neisseria sicca (4) b - Neisseria meningitidis B (2) b - Neisseria subflava (15) b - Neisseria meningitidis C (5) b - a - oznacza wynik ujemny oznaczenia BD MAX GC rt PCR b Liczba w nawiasie oznacza liczbę testowanych szczepów. Substancje zakłócające 45 (czterdzieści pięć) substancji biologicznych i chemicznych, które mogą znajdować się w próbkach pobranych z układu moczowo-płciowego, zbadano pod kątem potencjalnego zakłócania działania oznaczenia BD MAX GC rt PCR (patrz Tabele 8 i 9). 5 (pięć) organizmów (Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Escherichia coli, Gardnerella vaginalis i Candida albicans) również zbadano przy dużym stężeniu w celu oceny zakłóceń bakteryjnych. W badaniu wykorzystano połączone antybiotyki, leki przeciwbólowe, przeciwgrzybicze, hormonalne i antykoncepcyjne zawierające skojarzenia różnych substancji chemicznych i biologicznych badanych w stężeniach spotykanych w próbkach z układu moczowo-płciowego. Połączone ujemne pod względem Neisseria gonorrhoeae próbki moczu czystego lub wymazy wzorcowe z pochwy oraz połączone próbki moczu czystego lub wymazy z pochwy dodatnie względem Neisseria gonorrhoeae w stężeniu 3x LoD zbadano z największą ilością każdego związku, którą można znaleźć w próbkach, lub z organizmami zakłócającymi (1 x 10 5 CFU lub organizmów/ml każdego szczepu). Wyniki testów substancji zakłócających w oznaczeniu BD MAX GC rt PCR przedstawiono w Tabelach 8 i 9. UWAGA: stężenia podane w Tabelach 8 i 9 są końcowymi stężeniami testowanymi w probówce na bufor próbki UVE i odzwierciedlają one różne objętości próbek moczu i wymazów z pochwy. 13

14 Tabela 8: Substancje egzogenne i endogenne badane pod kątem powodowania zakłóceń przy badaniu moczu z wykorzystaniem oznaczenia BD MAX GC rt PCR Substancja (końcowe stężenie w probówce na bufor próbki UVE) Noretyndron (8 ng/ml) 17-α-etynyloestradiol (0,48 ng/ml) 4-acetamidofenol (80 µg/ml) Kwas acetylosalicylowy (260,8 µg/ml) Naproksen (200 µg/ml) Ibuprofen (200 µg/ml) Albumina surowicy ludzkiej (0,4 mg/ml) Glukoza (0,48 mg/ml) Trójwodzian amoksycyliny (30,08 µg/ml) Metronidazol (48 µg/ml) Chlorowodorek tetracykliny (6 μg/ml) Azytromycyna (4,8 µg/ml) Ceftriakson (324,4 µg/ml) Sulfametoksazol (160 µg/ml) Trimetoprim (16 µg/ml) Erytromycyna (24 µg/ml) Escherichia coli (1,44 x 10 6 organizmów/ml) Gardneralla vaginalis (1,44 x 10 6 organizmów/ml) Candida albicans (1,44 x 10 6 organizmów/ml) Chlamydia trachomatis (4 x 10 5 EB/mL) Trichomonas vaginalis (4 x 10 5 komórek/ml) Śluz (z szyjki macicy krów) 2% v/v Krew pełna (0,4% v/v) Nasienie (2% v/v) Leukocyty (1 x 10 6 komórek/ml) Chlorowodorek fenazopirydyny (80 μg/ml) Wysokie ph (ph9, NaOH) Niskie ph (ph 4, HCl) Bilirubina (0,08 mg/ml) Dezodorant do higieny intymnej dla kobiet (0,68% v/v) Talk (1,32% v/v) Wynik a,b I [0,1% v/v] c a : Nie odnotowano zakłócania działania testu BD MAX GC rt PCR. b I: Odnotowano zakłócanie działania testu BD MAX GC rt PCR. c [ ] Maksymalne stężenie, przy którym nie odnotowano zakłócenia działania testu BD MAX GC rt PCR. 14