BIAŁKO CACYBP/SIP I JEGO ROLA W ORGANIZACJI CYTOSZKIELETU*
|
|
- Włodzimierz Bielecki
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Tom Numer 1 (318) Strony Anna Filipek, Agnieszka Góral Pracownia Białek Wiążących Wapń Zakład Neurobiologii Molekularnej i Komórkowej Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN Pasteura 3, Warszawa a.filipek@nencki.gov.pl BIAŁKO CACYBP/SIP I JEGO ROLA W ORGANIZACJI CYTOSZKIELETU* WSTĘP CHARAKTERYSTYKA BIAŁKA CACYBP/SIP Białko CacyBP/SIP (ang. calcyclin binding protein/siah-1 interacting protein) zostało zidentyfikowane po raz pierwszy w komórkach raka wysiękowego Ehrlicha (Filipek i Wojda 1996, Filipek i Kuźnicki 1998), jako białko wiążące się z S100A6 (kalcykliną), a następnie, przez inną grupę badaczy, jako białko oddziałujące z Siah-1 (ang. seven in absentia homolog 1) (Matsuzawa i Reed 2001). CacyBP/SIP występuje w różnych komórkach i tkankach ssaków. Wysoki poziom tego białka notowany jest w mózgu i śledzionie, umiarkowany w mięśniu gładkim żołądka, wątrobie i mięśniu sercowym oraz niski w nerkach, węzłach chłonnych i odbytnicy (Filipek i Kuźnicki 1998, Zhai i współaut. 2008). Analiza immunohistochemiczna skrawków mózgu szczura wykazała, że białko to występuję głównie w neuronach móżdżku, hipokampa i kory (Jastrzębska i współaut. 2000). Badania z wykorzystaniem komórek neuroblastoma NB2a dowiodły, iż CacyBP/SIP występuje głównie w cytoplazmie, ale na skutek wzrostu stężenia jonów Ca 2+ lub na skutek stresu oksydacyjnego przemieszcza się do jądra komórkowego (Filipek i współaut. 2002a, Topolska-Woś i współaut. 2015). Zwiększony poziom CacyBP/SIP zaobserwowano też w jądrze zróżnicowanych komórek neuroblastoma (Wu i współaut. 2003, Kilańczyk i współaut. 2009) oraz w jądrze komórek nowotworowych (Zhai i współaut. 2008). CacyBP/SIP ma masę cząsteczkową około 26 kda i składa się z 228 reszt aminokwasowych (ortolog ludzki) lub z 229 reszt (ortolog mysi). Sekwencja ludzkiego CacyBP/ SIP wykazuje 93% identyczności z sekwencją mysiego białka, a różnica dotyczy reszt znajdujących się na końcu aminowym. W cząsteczce CacyBP/SIP można wyróżnić trzy główne domeny: N-końcową i środkową zwaną CS (ang. domain present in CHORD and Sgt1), obie o charakterze globularnym, oraz nieustrukturyzowaną domenę C-końcową zwaną SGS (ang. Sgt1 specific) (Ryc. 1). Sekwencja aminokwasowa domeny C-końcowej CacyBP/SIP (reszty ), wykazuje wysoki stopień podobieństwa do sekwencji domeny SGS białka Sgt1 (Kitagawa i współaut. 1999, Bhattcharya i współaut. 2005). Co ciekawe, przyłączenie do tej domeny białka S100A6 zmienia jej konformację, w wyniku czego powstają dwie α-helisy (Lee i współaut. 2008). Wyniki wcześniejszych badań sugerowały, iż ludzki ortolog białka CacyBP/SIP ma zdolność tworzenia dimeru (Matsuzawa i Reed 2001). W ostatnim czasie, stosując różne metody, wykazano, że mysie białko CacyBP/SIP również tworzy dimer (Topolska-Woś i współaut. 2015). ODDZIAŁYWANIE CacyBP/SIP Z BIAŁKAMI EFEKTOROWYMI Jak dotąd, znanych jest kilka białek, które oddziałują z CacyBP/SIP. Należą do nich białka z rodziny S100, składniki kompleksu ligazy ubikwityny E3: Skp1 i Siah-1, *Praca finansowana z projektu Narodowego Centrum Nauki, grant 2011/03/B/NZ1/00595 dla AF oraz działalności statutowej Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN. Słowa kluczowe: białka efektorowe, CacyBP/SIP, cytoszkielet; neurodegeneracja, nowotwory, proliferacja, różnicowanie
2 132 Anna Filipek, Agnieszka Góral Ryc. 1. Schemat przedstawiający domeny CacyBP/SIP: N-końcową (reszty 1-77), środkową CS (reszty ), C-końcową SGS (reszty ) oraz miejsca wiązania białek efektorowych. Miejsca wiązania tropomiozyny, białka tau i Hsp90 nie zostały do tej pory zidentyfikowane. Najnowsze badania z naszego zespołu pokazały, że CacyBP/SIP występuje w kompleksach tworzonych z udziałem białka opiekuńczego Hsp90 w cytoplazmie ludzkich komórek HEp-2 (Góral i współaut. 2016). Bardziej szczegółowe analizy dotyczące kompleksu CacyBP/SIP-Hsp90 dowiodły, że Cabiałko opiekuńcze Hsp90, białka cytoszkieletu: aktyna, tubulina, tropomiozyna, białko tau oraz kinazy z rodziny MAP: ERK1/2 i p38. Schemat obrazujący domeny CacyBP/ SIP wraz z zaznaczonymi miejscami wiązania poszczególnych ligandów przedstawia Ryc. 1. ODDZIAŁYWANIE CacyBP/SIP Z BIAŁKAMI WIĄŻĄCYMI WAPŃ Z RODZINY S100 CacyBP/SIP zostało odkryte jako białko wiążące się z jednym z białek S100, S100A6, ale wkrótce potem wykazano, że oddziałuje także z innymi białkami z rodziny S100, tj. z S100A1, S100A12, S100B i S100P (Filipek i Wojda, 1996, Filipek i współaut. 2002b). Oddziaływanie pomiędzy CacyBP/SIP a białkami S100 jest zależne od stężenia jonów Ca 2+ i zachodzi w fizjologicznych stężeniach tego kationu (Filipek i Kuźnicki 1998). Jak wspomniano wcześniej, związanie S100A6 w obrębie nieustrukturyzowanej domeny SGS białka CacyBP/SIP powoduje utworzenie w tym obszarze dwóch krótkich α-helis (Lee i współaut. 2008). Pomimo licznych badań nie udało się do tej pory jednoznacznie określić funkcji kompleksów CacyBP/SIP-S100. Sugeruje się jedynie, że S100A6, poprzez związanie CacyBP/SIP, może hamować aktywność ligazy ubikwityny Siah-1-CacyBP/SIP-Skp1- -TBL1 (SCF TBL1 ) i w ten sposób wpływać na poziom protoonkogenu β-kateniny (Ning i współaut. 2012). Wykazano również, że związanie S100A6 z C-końcową domeną CacyBP/ SIP hamuje aktywność fosfatazową CacyBP/ SIP względem białka tau (Wasik i współaut. 2013). ODDZIAŁYWANIE CacyBP/SIP ZE SKŁADNIKAMI KOMPLEKSU LIGAZY UBIKWITYNY W 2001 r. opublikowano wyniki badań wskazujących na wiązanie się CacyBP/SIP z dwoma składnikami ligazy ubikwityny SCF (ang. Skp1-cullin-1-F-box), tj. białkiem Siah- 1 i białkiem Skp1 (ang. S-phase kinase associated protein 1) (Matsuzawa i Reed 2001). Dokładniejsze analizy wykazały, że Siah-1 wiąże się w obrębie N-końcowej domeny CacyBP/SIP z sekwencją PAAVVAP (reszty 60-66) (Matsuzawa i współaut. 2003, Santelli i współaut. 2005), zaś Skp1 oddziałuje ze środkową domeną CS białka CacyBP/SIP (reszty ) (Filipek i współaut. 2002b, Bhattacharya i współaut. 2005). Wyniki przeprowadzonych badań sugerowały również, że CacyBP/SIP tworzy, wraz z Siah-1 i Skp1 oraz białkiem TBL1, nowy kompleks ligazy ubikwityny zwany SCF TBL1, rozpoznający nieufosforylowaną formę β-kateniny (Matsuzawa i Reed 2001). Jak dotąd, aktywność tego kompleksu nie została potwierdzona (Dimitrova i współaut. 2010). Można jedynie przypuszczać, że CacyBP/SIP aktywuje tę ligazę poprzez przyłączanie innych, dodatkowych białek (Bhattacharya i współaut. 2005). Z uwagi na fakt, że β-katenina jest zaangażowana w procesy związane z proliferacją i nowotworzeniem (Jiang i współaut. 2015), można przypuszczać, iż CacyBP/SIP, poprzez wpływ na ligazę ubikwityny SCF TBL1, hamuje proliferację komórek nowotworowych. Potwierdzeniem tego mogą być wyniki badań opublikowane w 2007 r., mówiące o tym, że CacyBP/SIP, prawdopodobnie poprzez obniżenie poziomu β-kateniny, hamuje proliferację komórek raka żołądka i raka nerki (Ning i współaut. 2007, Sun i współaut. 2007). Późniejsze badania wykazały, że efekt ten zależy od poziomu S100A6, liganda CacyBP/SIP (Ning i współaut. 2012). ODDZIAŁYWANIE CacyBP/SIP Z BIAŁKIEM HSP90
3 Białko cacybp/sip i jego rola w organizacji cytoszkieletu 133 cybp/sip wiąże się najprawdopodobniej w obrębie domeny środkowej Hsp90, a zahamowanie aktywności Hsp90, przy użyciu dwóch inhibitorów, radicikolu lub nowobiocyny, nie wpływa na tworzenie się kompleksów CacyBP/SIP-Hsp90. Wykazano również, że CacyBP/SIP wiąże się z Hsp90 w sposób bezpośredni. Co więcej, doświadczenia z zastosowaniem elektroforezy dwukierunkowej (2D), pokazały, że CacyBP/SIP może defosforylować Hsp90. Przeprowadzono też badania dotyczące roli białka CacyBP/SIP w odpowiedzi komórek na działanie czynników stresowych. Wykazano, iż szok cieplny i inhibitory Hsp90, radicikol i nowobiocyna, nie powodują obniżenia poziomu białka CacyBP/SIP w komórkach HEp-2. Sugeruje to, że CacyBP/SIP nie jest substratem Hsp90, ale może działać jako białko współopiekuńcze wobec Hsp90. Z uwagi na fakt, iż ekspresja białek związanych z odpowiedzią komórki na stres, w tym wielu białek opiekuńczych i współopiekuńczych, jest regulowana przez czynnik transkrypcyjny Hsf1 (ang. heat shock factor 1), sprawdzono wpływ tego czynnika na ekspresję genu CacyBP/SIP. Analiza in silico sekwencji promotora genu CacyBP/SIP oraz wyniki testu lucyferazy i analizy poziomu mrna CacyBP/ SIP po nadprodukcji Hsf1 w komórkach pokazały, że czynnik ten reguluje ekspresję CacyBP/SIP w warunkach stresu (Góral i współaut. dane niepublikowane). Co więcej, stosując test MTT, który umożliwia pomiar żywotności komórek zaobserwowano, iż komórki HEp-2 z nadprodukcją CacyBP/SIP poddane działaniu stresu cechują się zwiększoną przeżywalnością, w stosunku do komórek kontrolnych. Jest to najprawdopodobniej związane z faktem, iż CacyBP/SIP wykazuje właściwości opiekuńcze wobec innych białek. Stwierdzono bowiem, że CacyBP/SIP, podobnie jak Hsp90, hamuje indukowaną termicznie agregację syntazy cytrynianowej i chroni lucyferazę przed denaturacją. Podsumowując, wyniki dotyczące oddziaływania CacyBP/SIP-Hsp90 sugerują udział CacyBP/ SIP w ochronie komórek przed działaniem czynników stresowych. Oddziaływanie CacyBP/SIP z tubuliną, aktyną, tropomiozyną, białkiem tau, kinazą ERK1/2 i kinazą p38, z uwagi na potencjalną rolę w organizacji cytoszkieletu, omówiono poniżej w oddzielnym rozdziale. POTENCJALNA ROLA CacyBP/SIP W ORGANIZACJI CYTOSZKIELETU ODDZIAŁYWANIE Z TUBULINĄ Tubulina, będąca podstawowym składnikiem budującym mikrotubule, była pierw- szym białkiem cytoszkieletu zidentyfikowanym jako ligand CacyBP/SIP (Schneider i współaut. 2007). Wykazano, iż oba białka ko-lokalizują w komórkach mysiej linii neuroblastoma NB2a oraz, że CacyBP/SIP stymuluje tworzenie kulistych skupisk tubuliny w warunkach in vitro. Dalsze badania pokazały, iż tubulina wiąże się bezpośrednio z fragmentem CacyBP/SIP, obejmującym domeny N-końcową i środkową (CS) (reszty 1-179). Choć przedstawione wyniki badań nie wskazują na bezpośredni wpływ CacyBP/SIP na tworzenie mikrotubul, nie można jednak wykluczyć, że w komórkach takie kuliste skupiska tubuliny mogą ułatwiać syntezę i wydłużanie mikrotubul zwłaszcza, że obecność oligomerów tubuliny wydaje się być niezbędna do zapoczątkowania syntezy tych struktur (Caudron i współaut. 2002). Sugeruje się również, że frakcja tubuliny zaangażowana we wzrost neurytów może być transportowana w formie heterodimerów bądź oligomerów (Funakoshi i współaut. 1996, Miller i Joshi 1996). Tworzone w obecności CacyBP/SIP różne struktury tubuliny mogłyby więc ułatwiać transport tego białka do miejsc, w których zachodzi intensywna przebudowa cytoszkieletu mikrotubularnego. ODDZIAŁYWANIE Z AKTYNĄ Aktyna to kolejne białko cytoszkieletu oddziałujące z CacyBP/SIP (Schneider i współaut. 2010). Podobnie jak w przypadku tubuliny, wiązanie CacyBP/SIP z aktyną jest bezpośrednie i zachodzi z udziałem fragmentu CacyBP/SIP obejmującego reszty Wykorzystując metodę ko-sedymentacji i mikroskopii elektronowej wykazano, że zarówno białko CacyBP/SIP pełnej długości, jak i jego fragment pozbawiony domeny C-końcowej stymulują polimeryzację G-aktyny. Z kolei, dzięki technice immunofluorescencji wykazano współwystępowanie obu tych białek w komórkach NB2a. Warto też podkreślić, że CacyBP/SIP może wiązać się jednocześnie z tubuliną i aktyną, a zatem może pełnić funkcję łącznika pomiędzy cytoszkieletem mikrotubularnym i aktynowym. Dodatkowo, badania na komórkach fibroblastów NIH 3T3 z podwyższonym poziomem CacyBP/SIP dowiodły, że komórki te charakteryzują się zwiększoną adhezją do lamininy i fibrynogenu oraz obniżoną migracją. Dane te jednoznacznie wskazują na wpływ CacyBP/SIP w regulacji cytoszkieletu w tak ważnych procesach jak np. ruch komórek. ODDZIAŁYWANIE Z TROPOMIOZYNĄ Wyniki badań dotyczących oddziaływania CacyBP/SIP z białkami cytoszkieletu wskazują na tworzenie się kompleksu CacyBP/
4 134 Anna Filipek, Agnieszka Góral SIP z tropomiozyną, składnikiem filamentów aktynowych (Jurewicz i współaut. 2013). Białka te wiążą się bezpośrednio, ale jak dotąd miejsce wiązania się tropomiozyny w cząsteczce CacyBP/SIP nie jest znane. Zaobserwowano natomiast, że CacyBP/SIP zmienia orientację przestrzenną tropomiozyny względem filamentu aktynowego. Co więcej, obecność tropomiozyny wzmaga efekt hamowania aktywności ATPazy akto-miozynowej przez CacyBP/SIP. Wszystkie te obserwacje sugerują, iż kompleks CacyBP/SIP-tropomiozyna może hamować oddziaływanie aktyny z miozyną. ODDZIAŁYWANIE Z BIAŁKIEM TAU Badania z wykorzystaniem skrawków mózgu ssaków dostarczyły wyników sugerujących rolę CacyBP/SIP w organizacji cytoszkieletu komórek nerwowych. Wykazano bowiem, że wewnątrzkomórkowa lokalizacja CacyBP/SIP zmienia się w neuronach podczas neurodegeneracji. Ponadto, wyniki uzyskane metodą elektroforezy dwukierunkowej dowiodły, że CacyBP/SIP może działać jako fosfataza względem białka tau oraz, że defosforylacja tau przez CacyBP/SIP w komórkach NB2a jest hamowana na skutek zwiększonego poziomu białka S100A6 (Wasik i współaut. 2013). Białko tau, charakterystyczne dla komórek nerwowych, związane jest z mikrotubulami i odpowiada za ich stabilizację (Mietelska-Porowska i współaut. 2014). Nadmierna fosforylacja tau powoduje, iż dysocjuje ono od mikrotubul i, w konsekwencji, destabilizuje te struktury, prowadząc do tworzenia w mózgu splątków neurofibrylarnych, których liczba koreluje z nasileniem objawów choroby Alzheimera. Zatem CacyBP/SIP, poprzez zmianę poziomu fosforylacji tau, może regulować funkcje cytoszkieletu mikrotubularnego, a tym samym mieć swój udział w patogenezie choroby Alzheimera. ODDZIAŁYWANIE Z KINAZAMI MAP ERK1/2 I P38 Kilka lat temu opublikowano wyniki wskazujące, że kinaza ERK1/2 (ang. extracellular signal-regulated kinase 1/2), należąca do rodziny kinaz MAP (ang. mitogen activated protein kinase), jest ligandem CacyBP/SIP, a konsekwencją oddziaływania tych dwóch białek w komórkach NB2a jest spadek aktywności czynnika transkrypcyjnego Elk-1 (Kilańczyk i współaut. 2009). Dalsze badania pokazały, że obserwowane zmiany są wynikiem defosforylacji kinazy ERK1/2 przez CacyBP/SIP (Kilańczyk i współaut. 2011). Wykazano też, że miejsce wiązania ERK1/2 znajduje się w obrębie C- -końcowej domeny CacyBP/SIP i pokrywa się z miejscem wiązania S100A6, co sprawia, że S100A6 i ERK1/2 współzawodniczą o oddziaływanie z CacyBP/SIP. Ponadto pokazano, że zamiana kwasu glutaminowego w pozycji 217 CacyBP/SIP na lizynę (E217K), znacznie obniża zdolność wiązania się tego białka z ERK1/2 (nie wpływa jednak na wiązanie się z S100A6), co sugeruje elektrostatyczny charakter oddziaływania CacyBP/ SIP-ERK1/2. Ostatnie badania dowodzą, że CacyBP/SIP może też regulować aktywność czynnika transkrypcyjnego CREB i NFAT (Kilańczyk i współaut. 2015, Rosińska i współaut. 2016). Przeprowadzona analiza bioinformatyczna sekwencji CacyBP/SIP pokazała, że białko to wykazuje wysokie podobieństwo w strukturze pierwszorzędowej do niektórych fosfataz z rodziny MKP (ang. MAP kinase phosphatases). Co więcej, w sekwencji CacyBP/ SIP zidentyfikowano dwa motywy KIM (ang. kinase interaction motif) odpowiedzialne za oddziaływanie z kinazami, jeden motyw zlokalizowany w obrębie domeny C-końcowej, a drugi, w obrębie domeny N-końcowej. Jak wykazały badania przeprowadzone z wykorzystaniem poszczególnych domen CacyBP/ SIP, do pełnej aktywności fosfatazowej tego białka niezbędne są oba motywy (Topolska- -Woś i współaut. 2015). Wykazano też, że zamiana dwóch aminokwasów wchodzących w skład N-końcowego motywu KIM (lizyny w pozycji 25 i argininy w pozycji 26), powoduje całkowity zanik aktywności fosfatazowej CacyBP/SIP względem ERK1/2. Warto dodać, iż w obrębie tego samego motywu KIM znajdują się reszty odpowiedzialne za tworzenie dimeru CacyBP/SIP, co może świadczyć o współzależności między dimeryzacją tego białka a jego aktywnością fosfatazową (Topolska-Woś i współaut. 2015). Z kolei motyw KIM, znajdujący się w obrębie C-końcowej domeny CacyBP/SIP, pokrywa się z miejscem wiązania białek S100, co wyjaśnia współzawodnictwo pomiędzy białkiem S100A6 i ERK1/2 o wiązanie się z CacyBP/ SIP (Kilańczyk i współaut. 2009, 2011). Co ciekawe, nie tylko S100A6, ale też modyfikacje potranslacyjne, głównie fosforylacja, mogą pełnić ważną rolę w regulacji aktywności fosfatazowej CacyBP/SIP. I tak, fosforylacja reszt seryny w pozycji 22 i treoniny w pozycji 23 przez kinazę białkową C (PKC) ma dodatni wpływ na aktywność fosfatazową CacyBP/SIP (Kilańczyk i współaut. 2012). Odwrotny efekt ma fosforylacja reszty treoniny w pozycji 184 przez kinazę kazeinową II (CKII). Mutant CacyBP/SIP naśladujący fosforylację w tej pozycji (CacyBP/SIP-T184E) wykazywał bowiem niższą aktywność fosfatazową względem ERK1/2 niż CacyBP/SIP typu dzikiego (Wasik i współaut. 2016).
5 Białko cacybp/sip i jego rola w organizacji cytoszkieletu 135 Ryc. 2. Schemat przedstawiający wpływ CacyBP/SIP i jego ligandów (bezpośredni linia ciągła i pośredni linia przerywana) na organizację cytoszkieletu. Najnowsze dane pokazują, że również inna kinaza z rodziny MAP, kinaza p38, oddziałuje z CacyBP/SIP (Topolska-Woś i współaut. 2017). Analiza białek rekombinowanych, p38 oraz CacyBP/SIP pełnej długości i jego domen wskazała, że środkowa domena CS białka CacyBP/SIP oddziałuje i defosforyluje kinazę p38. Co więcej, defosforylacja kinazy p38 przez CacyBP/SIP w komórkach neuroblastoma NB2a poddanych działaniu stresu oksydacyjnego jest znacznie bardziej efektywna niż w komórkach kontrolnych. Wiadomo, że szlak sygnałowy ERK1/2- -Elk-1 jest zaangażowany w ekspresję genów związanych z proliferacją, m.in. ekspresję c-fos (Vickers i współaut. 2004, Demir i Kurnaz 2008), zaś zahamowanie aktywności Elk-1, poprzez jego defosforylację, prowadzi do uruchomienia procesów związanych z różnicowaniem komórek (Sharrocks 2001, Vanhoutte i współaut. 2001). Z kolei, szlak sygnałowy z udziałem p38 uczestniczy w ścieżkach przekazywania sygnału, odpowiedzialnych za przeżywalność i śmierć komórek. Zatem CacyBP/SIP, poprzez wiązanie i defosforylację kinaz ERK1/2 i p38, może regulować ścieżki przekazywania sygnału odpowiedzialne za proliferację, różnicowanie, przeżywalność bądź śmierć komórek. Ponieważ każdy z tych procesów związany jest z przebudową cytoszkieletu, można uznać, że CacyBP/SIP nie tylko poprzez bezpośrednie wiązanie z tubuliną, aktyną czy tropomizyną, ale też w sposób pośredni, poprzez regulację aktywności kinaz ERK1/2 i p38 oraz białka tau, uczestniczy w organizacji cytoszkieletu (Pullikuth i Catling 2007) (Ryc. 2). PODSUMOWANIE Przedstawione dane, dotyczące oddziaływania CacyBP/SIP z tubuliną, aktyną, tropomiozyną, białkiem tau oraz kinazami z rodziny MAP, ERK1/2 i p38, sugerują bezpośrednią bądź pośrednią rolę CacyBP/ SIP w reorganizacji cytoszkieletu, jaka ma miejsce podczas proliferacji, migracji, wzrostu i różnicowania komórek, zarówno w warunkach fizjologicznych, jak też w nowotworzeniu, starzeniu czy chorobach neurodegeneracyjnych (Au i współaut. 2006, Filipek i współaut. 2008). Jednak w celu pełniejszego poznania mechanizmu działania CacyBP/SIP w funkcjonowaniu cytoszkieletu, w warunkach prawidłowych, jak też w różnego rodzaju stanach chorobowych, niezbędne są dalsze badania. PODZIĘKOWANIA Autorki pragną podziękować Dr G. Schneider za cenne wskazówki merytoryczne.
6 136 Anna Filipek, Agnieszka Góral Streszczenie Białko CacyBP/SIP występuje w różnych komórkach i tkankach ssaków, a jego wysoki poziom notowany jest w mózgu, śledzionie, grasicy oraz w wielu nowotworach. CacyBP/SIP oddziałuje z wieloma białkami efektorowymi, w tym z białkami cytoszkieletu: aktyną, tubuliną, tropomiozyną. Wskazuje to, iż CacyBP/SIP bierze udział w procesach komórkowych, którym towarzyszą zmiany w organizacji cytoszkieletu zarówno w warunkach fizjologicznych jak też w różnych stanach chorobowych. W niniejszej pracy przedstawiono charakterystykę oddziaływania CacyBP/SIP z białkami cytoszkieletu oraz rolę tych interakcji w różnych procesach komórkowych. LITERTURA Au K. W., Kou C. Y., Woo A. Y., Chim S. S., Fung K. P., Cheng C. H., Waye M. M., Tsui S. K., Calcyclin binding protein promotes DNA synthesis and differentiation in rat neonatal cardiomyocytes. J. Cell. Biochem. 98, Bhattacharya S., Lee Y. T., Michowski W., Jastrzebska B., Filipek A., Kuznicki. J, Chazin W. J., The modular structure of SIP facilitates its role in stabilizing multiprotein assemblies. Biochemistry 44, Caudron C. N., Arnal I., Buhler E., Job D., Valiron O., Microtubule nucleation from stable tubulin oligomers. J. Biol. Chem. 277, Demir O., Kurnaz I. A., Wild type Elk- 1, but not a SUMOylation mutant, represses egr-1 expression in SH-SY5Y neuroblastomas. Neurosci. Lett. 437, Dimitrova Y.N., Li J., Lee Y.T., Rios-Esteves J., Friedman D.B., Choi H.J., Weis W.I., Wang C.Y., Chazin W.J., Direct ubiquitination of beta-catenin by Siah-1 and regulation by the exchange factor TBL1. J. Biol. Chem. 285, Filipek A., Wojda U., p30, a novel protein target of mouse calcyclin (S100A6). Biochem. J. 320, Filipek A., Kuznicki J., Molecular cloning and expression of a mouse brain cdna encoding a novel protein target of calcyclin. J. Neurochem. 70, Filipek A., Jastrzebska B., Nowotny M., Kwiatkowska K., Hetman M., Surmacz L., Wyroba E., Kuznicki J., 2002a. Ca 2+ -dependent translocation of the calcyclin-binding protein in neurons and neuroblastoma NB-2a cells. J. Biol. Chem. 277, Filipek A., Jastrzebska B., Nowotny M., Kuznicki J., 2002b. CacyBP/SIP, a calcyclin and Siah-1-interacting protein, binds EF-hand proteins of the S100 family. J. Biol. Chem. 277, Filipek A., Schneider G., Mietelska A., Figiel I., Niewiadomska G., Age-dependent changes in neuronal distribution of CacyBP/ SIP: comparison to tubulin and the tau protein. J. Neural. Transm. 115, Funakoshi T., Takeda S., Hirokawa N. J., Active transport of photoactivated tubulin molecules in growing axons revealed by a new electron microscopic analysis. J. Cell Biol. 133, Góral A., Bieganowski P., Prus W., Krzemień- -Ojak Ł., Kądziołka B., Fabczak H., Filipek A., Calcyclin binding protein/siah-1 in- teracting protein is a Hsp90 binding chaperone. PLoS ONE 11, e Jastrzebska B., Filipek A., Nowicka D., Kaczmarek L., Kuznicki J., Calcyclin (S100A6) binding protein (CacyBP) is highly expressed in brain neurons. J. Histochem. Cytochem. 48, Jiang H. L., Jiang L. M., Han W. D., Wnt/β-catenin signaling pathway in lung cancer stem cells is a potential target for the development of novel anticancer drugs. J. BUON 20, Jurewicz E., Ostrowska Z., Jozwiak J., Redowicz M. J., Lesniak W., Moraczewska J., Filipek A., CacyBP/SIP as a novel modulator of the thin filament. Biochim. Biophys. Acta 1833, Kilańczyk E., Filipek S., Jastrzebska B., Filipek A., CacyBP/SIP binds ERK1/2 and affects transcriptional activity of Elk-1. Biochem. Biophys. Res. Comm. 380, Kilańczyk E., Filipek S., Filipek A., ERK1/2 is dephosphorylated by a novel phosphatase-cacybp/sip. Biochem. Biophys. Res. Comm. 404, Kilańczyk E., Wasik U., Filipek A., CacyBP/SIP phosphatase activity in neuroblastoma NB2a and colon cancer HCT116 cells. Biochem. Cell Biol. 90, Kilanczyk E., Filipek A., Hetman M., Calcyclin-binding protein/siah-1-interacting protein as a regulator of transcriptional responses in brain cells. J. Neurosci. Res. 93, Kitagawa K., Skowyra D., Elledge S. J., Harper J. W., Hieter P., SGT1 encodes an essential component of the yeast kinetochore assembly pathway and a novel subunit of the SCF ubiquitin ligase complex. Mol. Cell 4, Lee Y. T., Dimitrova Y. N., Schneider G., Ridenour W. B., Bhattacharya S., Soss S. E., Caprioli R. M., Filipek A., Chazin W. J., Structure of the S100A6 complex with a fragment from the C-terminal domain of Siah- 1 interacting protein: a novel mode or S100 protein target recognition. Biochemistry 47, Matsuzawa S. I., Reed J. C., Siah-1, SIP, and Ebi collaborate in a novel pathway for beta-catenin degradation linked to p53 responses. Mol. Cell 7, Matsuzawa S., Li C., Ni C. Z., Takayama S., Reed J. C., Ely K. R., Structural analysis of Siah1 and its interactions with Siah-interacting protein (SIP). J. Biol. Chem. 278, Mietelska-Porowska A., Wasik U., Goras M., Filipek A., Niewiadomska G., Tau protein modifications and interactions: their role in function and dysfunction. Int. J. Mol. Sci. 15, Miller K. E., Joshi H. C., Tubulin transport in neurons. J. Cell Biol. 133, Ning X., Sun S., Hong L., Liang J., Liu L., Han S., Liu Z., Shi Y., Li Y., Gong W., Zhang S., Chen Y., Guo X., Cheng Y., Wu K., Fan D., Calcyclin-binding protein inhibits proliferation, tumorigenicity, and invasion of gastric cancer. Mol. Cancer Res. 5, Ning X., Sun S., Zhang K., Liang J., Chuai Y., Li Y., Wang X., S100A6 protein negatively regulates CacyBP/SIP-mediated inhibition of gastric cancer cell proliferation and tumorigenesis. PLoS One 7, e Pullikuth A. K., Catling A. D., Scaffold mediated regulation of MAPK signaling and
7 Białko cacybp/sip i jego rola w organizacji cytoszkieletu 137 cytoskeletal dynamics: A perspective. Cellular Signalling 19, Rosinska S., Lesniak W., Filipek A., Distinct effect of CacyBP/SIP on the ERK1/2- CREB-BDNF pathway in undifferentiated and differentiated neuroblastoma NB2a cells. Neurochem. Int. 97, 65e72. Santelli E., Leone M., Li C., Fukushima T., Preece N. E., Olson A. J., Ely K. R., Reed J. C., Pellecchia M., Liddington R. C., Matsuzawa S., Structural analysis of Siah1- Siah-interacting protein interactions and insights into the assembly of an E3 ligase multiprotein complex. J. Biol. Chem. 280, Schneider G., Nieznanski K., Kilanczyk E., Bieganowski P., Kuznicki J., Filipek A., CacyBP/SIP interacts with tubulin in neuroblastoma NB2a cells and induces formation of globular tubulin assemblies. Biochim. Biophys. Acta 1773, Schneider G., Nieznanski K., Jozwiak J., Slomnicki L. P., Redowicz M. J., Filipek A., Tubulin binding protein, CacyBP/SIP, induces actin polymerization and may link actin and tubulin cytoskeletons. Biochim. Biophys. Acta 1803, Sharrocks A. D., The ETS-domain transcription factor family. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2, Sun S., Ning X., Liu J., Liu L., Chen Y., Han S., Zhang Y., Liang J., Wu K., Fan D., Overexpressed CacyBP/SIP leads to the suppression of growth in renal cell carcinoma. Biochem. Biophys. Res. Commun. 356, Topolska-Woś A. M., Shell S. M., Kilańczyk E., Szczepanowski R. H., Chazin W. J., Filipek A., Dimerization and phosphatase activity of calcyclin-binding protein/siah-1 interacting protein: the influence of oxidative stress. FASEB J. 29, Topolska-Woś A. M., Rosińska S., Filipek A., MAP kinase p38 is a novel target of CacyBP/SIP phosphatase. Amino Acids 49, Vanhoutte P., Nissen J. L., Brugg B., Gaspera B. D., Besson M. J., Hipskind R. A, Caboche J., Opposing roles of Elk-1 and its brain-specific isoform, short Elk-1, in nerve growth factor-induced PC12 differentiation. J. Biol. Chem. 276, Vickers E. R., Kasza A., Kurnaz I. A., Seifert A., Zeef L. A., O donnell A., Hayes A., Sharrocks A. D Ternary complex factor-serum response factor complex-regulated gene activity is required for cellular proliferation and inhibition of apoptotic cell death. Mol. Cell. Biol. 4, Wasik U., Schneider G., Mietelska-Porowska A., Mazurkiewicz M., Fabczak H., Weis S., Zabke C., Harrington C. R., Filipek A, Niewiadomska G., Calcyclin binding protein and Siah-1 interacting protein in Alzheimer s disease pathology: neuronal localization and possible function. Neurobiol. Aging 34, Wasik U., Kadziolka B., Kilanczyk E., Filipek A., Influence of S100A6 on CacyBP/ SIP phosphorylation and Elk-1 transcriptional activity in neuroblastoma NB2a cells. J. Cell Biochem. 117, Wu J., Tan X., Peng X., Yuan J., Qiang B., Translocation and phosphorylation of calcyclin binding protein during retinoic acid-induced neuronal differentiation of neuroblastoma SH- SY5Y cells. J. Biochem. Mol. Biol. 36, Zhai H., Shi Y., Jin H., Li Y., Lu Y., Chen X., Wang J., Ding L., Wang X., Fan D., Expression of calcyclin-binding protein/siah- 1 interacting protein in normal and malignant human tissues: an immunohistochemical survey. J. Histochem. Cytochem. 56, KOSMOS Vol. 67, 1, , 2018 Anna Filipek, Agnieszka Góral Laboratory of Calcium Binding Proteins, Department of Molecular and Cellular Neurobiology, Nencki Institute of Experimental Biology PAS, 3 Pasteur Str., Warsaw, a.filipek@nencki.gov.pl CACYBP/SIP PROTEIN AND ITS ROLE IN CYTOSKELETON ORGANIZATION Summary The CacyBP/SIP protein is present in different mammalian cells and tissues. Its particularly high level is observed in brain, spleen, thymus and in many cancers. CacyBP/SIP interacts with different targets including cytoskeletal proteins such as tubulin, actin, tropomyosin. This indicates that CacyBP/SIP is involved in cellular processes associated with changes in cytoskeleton organization under physiology and pathology. In the present work the characteristics of complexes formed between CacyBP/SIP and cytoskeletal proteins and the role of those interactions are presented. Key words: CacyBP/SIP; cancers, cytoskeleton, differentiation, proliferation, neurodegeneration, target proteins
z Hsp90 w sposób bezpośredni. Ponadto pokazano, iż pomimo podobieństwa sekwencji CacyBP/SIP i Sgt1, białka te nie współzawodniczą ze sobą o wiązanie
Mgr Agnieszka Góral Dziedzina: nauki biologiczne Dyscyplina: biologia Otwarcie: 28.06.2013 r. Temat: Białko CacyBP/SIP: oddziaływanie z białkiem szoku cieplnego Hsp90 oraz rola w odpowiedzi komórek na
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI Michał M. Dyzma PLAN REFERATU Historia badań nad wapniem Domeny białek wiążące wapń Homeostaza wapniowa w komórce Komórkowe rezerwuary wapnia Białka buforujące Pompy wapniowe
października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
CYTOSZKIELET CYTOSZKIELET Cytoplazma podstawowa (macierz cytoplazmatyczna) Komórka eukariotyczna. cytoplazma + jądro komórkowe.
Komórka eukariotyczna cytoplazma + jądro komórkowe (układ wykonawczy) cytoplazma podstawowa (cytozol) Cytoplazma złożony koloid wodny cząsteczek i makrocząsteczek (centrum informacyjne) organelle i kompleksy
Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Artura Zajkowicza
dr hab. Beata Schlichtholz Gdańsk, 20 października 2015 r. Katedra i Zakład Biochemii Gdański Uniwersytet Medyczny ul. Dębinki 1 80-211 Gdańsk Recenzja rozprawy doktorskiej mgr inż. Artura Zajkowicza pt.
CYTOSZKIELET CYTOSZKIELET
CYTOSZKIELET Sieć włókienek białkowych; struktura wysoce dynamiczna Filamenty aktynowe Filamenty pośrednie Mikrotubule Fibroblast CYTOSZKIELET 1 CYTOSZKIELET 7nm 10nm 25nm Filamenty pośrednie ich średnica
The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN Jaka jest rola kinaz MA (generalnie)? Do czego służy roślinom (lub generalnie) fosfolipaza D? Czy u roślin występują hormony peptydowe? Wymień znane Ci rodzaje receptorów
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych. źródło: (3)
Kamila Muraszkowska Znaczenie wąskich gardeł w sieciach białkowych źródło: (3) Interakcje białko-białko Ze względu na zadanie: strukturalne lub funkcjonalne. Ze względu na właściwości fizyczne: stałe lub
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Do moich badań wybrałam przede wszystkim linię kostniakomięsaka 143B ze względu na jej wysoki potencjał przerzutowania. Do wykonania pracy
Streszczenie Choroby nowotworowe stanowią bardzo ważny problem zdrowotny na świecie. Dlatego, medycyna dąży do znalezienia nowych skutecznych leków, ale również rozwiązań do walki z nowotworami. Głównym
The Mos/mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway regulates the size and degradation of the first polar body in maturing mouse oocytes
The Mos/mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway regulates the size and degradation of the first polar body in maturing mouse oocytes TAESAENG CHOI*, KENJI FUKASAWA*, RENPING ZHOUt, LINO TESSAROLLO*,
starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg
STRESZCZENIE Przewlekła białaczka limfocytowa (PBL) jest najczęstszą białaczką ludzi starszych na półkuli zachodniej. Typową cechą choroby jest heterogenny przebieg kliniczny, zróżnicowane rokowanie. Etiologia
Grzegorz Satała, Tomasz Lenda, Beata Duszyńska, Andrzej J. Bojarski. Instytut Farmakologii Polskiej Akademii Nauk, ul.
Grzegorz Satała, Tomasz Lenda, Beata Duszyńska, Andrzej J. Bojarski Instytut Farmakologii Polskiej Akademii Nauk, ul. Smętna 12, Kraków Plan prezentacji: Cel naukowy Podstawy teoretyczne Przyjęta metodyka
Nukleotydy w układach biologicznych
Nukleotydy w układach biologicznych Schemat 1. Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy Schemat 2. Dinukleotyd NADP + Dinukleotydy NAD +, NADP + i FAD uczestniczą w procesach biochemicznych, w trakcie których
Hormony Gruczoły dokrewne
Hormony Gruczoły dokrewne Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej HORMON Przekazuje informacje między poszczególnymi organami regulują wzrost, rozwój organizmu efekt biologiczny - niewielkie
SEMINARIUM 8:
SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,
Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego
Aleksandra Sałagacka Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego Pracownia Biologii Molekularnej i Farmakogenomiki
Komórka eukariotyczna organizacja
Komórka eukariotyczna organizacja Centrum informacyjne jądro Układ wykonawczy cytoplazma cytoplazma podstawowa (cytozol) organelle cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma Komórka eukariotyczna organizacja
Komórka eukariotyczna organizacja
Komórka eukariotyczna organizacja Centrum informacyjne jądro Układ wykonawczy cytoplazma cytoplazma organelle podstawowa (cytozol) cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma Komórka eukariotyczna organizacja
Materiał i metody. Wyniki
Abstract in Polish Wprowadzenie Selen jest pierwiastkiem śladowym niezbędnym do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Selen jest wbudowywany do białek w postaci selenocysteiny tworząc selenobiałka (selenoproteiny).
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA
INICJACJA ELONGACJA TERMINACJA 2007 by National Academy of Sciences Kornberg R D PNAS 2007;104:12955-12961 Struktura chromatyny pozwala na różny sposób odczytania informacji zawartej w DNA. Możliwe staje
Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka
Profesor Jacek Otlewski Wrocław, 23 lutego 2015 r. Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka Rozprawa doktorska mgr Magdaleny Banaś dotyczy
Badanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej
Badanie dynamiki białek jądrowych w żywych komórkach metodą mikroskopii konfokalnej PRAKTIKUM Z BIOLOGII KOMÓRKI () ćwiczenie prowadzone we współpracy z Pracownią Biofizyki Komórki Badanie dynamiki białek
Wielofunkcyjne bialko CBC dynamika wiazania konca 5 mrna
Wielofunkcyjne bialko CBC dynamika wiazania konca 5 mrna Ryszard Stolarski UNIWERSYTET WARSZAWSKI Wydzial Fizyki, Instytut Fizyki Doswiadczalnej, Zaklad Biofizyki ul. Zwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa
Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji?
WYKŁAD: 4 Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji? Prof. dr hab. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej 1 Dieta niskokaloryczna (calorie restriction,cr) 2 3 4 Zdjęcie 2. Stuletnia mieszkanka
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad Takao Ishikawa Faculty of Biology, University of Warsaw, Poland Performance of Polish students at IBO Gold Silver Bronze Merit
Kosm os. PROBLEMY NAUK *BIÓI^G 1EZNY e n. Tom 46, 1997 Numer 4 (237) Strony
Kosm os PROBLEMY NAUK *BIÓI^G 1EZNY e n Tom 46, 1997 Numer 4 (237) Strony 603-608 Polskie T ow arzystw o Przyrod n ik ów im. K op ern ik a J a c e k K u ź n ic k i, A n n a F il ip e k Zakład Neurobiologii
Wykład 5. Remodeling chromatyny
Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.
Beata Talar Molekularne mechanizmy działania pentoksyfiliny w komórkach czerniaka Promotor: prof. dr hab. Małgorzata Czyż
Beata Talar Molekularne mechanizmy działania pentoksyfiliny w komórkach czerniaka Promotor: prof. dr hab. Małgorzata Czyż Rozprawa doktorska przygotowana w Zakładzie Biologii Molekularnej Nowotworów Katedry
Dywergencja/konwergencja połączeń między neuronami
OD NEURONU DO SIECI: MODELOWANIE UKŁADU NERWOWEGO Własności sieci, plastyczność synaps Stefan KASICKI SWPS, SPIK wiosna 2007 s.kasicki@nencki.gov.pl Dywergencja/konwergencja połączeń między neuronami 1
1. Lista publikacji wchodzących w skład rozprawy
1. Lista publikacji wchodzących w skład rozprawy a) Toma A, Widłak W, Vydra N (2012) Rola czynnika transkrypcyjnego HSF1 w procesie nowotworzenia. Postępy Biologii Komórki 39(2):269 288 b) Vydra N, Toma
Filamenty aktynowe ORGANIZACJA CYTOPLAZMY. komórki CHO (Chinese hamster ovary cells ) Hoechst jądra, BOPIPY TR-X phallacidin filamenty aktynowe
Filamenty aktynowe ORGANIZACJA CYTOPLAZMY komórki CHO (Chinese hamster ovary cells ) Hoechst jądra, BOPIPY TR-X phallacidin filamenty aktynowe Cytoszkielet aktynowy G-aktyna 370 aminokwasów 42 43 kda izoformy:
Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF
Agnieszka Gładysz Ocena ekspresji genów proangiogennych w komórkach nowotworowych OVP-10 oraz transfektantach OVP-10/SHH i OVP-10/VEGF Katedra i Zakład Biochemii i Chemii Klinicznej Akademia Medyczna Prof.
2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów
2014-03-26 Analiza sekwencji promotorów 1 2014-03-26 TFy tworzą zawiły układ regulacyjny, na który składają się różne oddziaływania białko białko poprzez wytworzenie PĘTLI Specyficzne TFy Ogólne TFy Benfey,
Wskaźniki włóknienia nerek
Wskaźniki włóknienia nerek u dzieci z przewlekłą chorobą nerek leczonych zachowawczo Kinga Musiał, Danuta Zwolińska Katedra i Klinika Nefrologii Pediatrycznej Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich
Białka szoku termicznego jako pozytywne i negatywne regulatory w raku piersi
Marta Klimczak Studium Medycyny Molekularnej Warszawski Uniwersytet Medyczny Białka szoku termicznego jako pozytywne i negatywne regulatory w raku piersi Praca wykonana w Zakładzie Biologii Molekularnej
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa,
Dr hab. Anna Bębenek Warszawa, 14.01. 2018 Instytut Biochemii i Biofizyki PAN Ul. Pawińskiego 5a 02-106 Warszawa Recenzja pracy doktorskiej Pana mgr Michała Płachty Pod Tytułem Regulacja funkcjonowania
Bioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Kosmos PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH. REGULACJA EKSPRESJI GENÓW PRZEZ JONY WAPNIA. Tom 46, 1997 Numer 4 (237) Strony
Kosmos PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH. Tom 46, 1997 Numer 4 (237) Strony 523-528 Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika Ir e n e u s z W. B ie d e r m a n n, L e s z e k K a c z m a r e k Zakład.
Mechanochemiczny przełącznik między wzrostem i różnicowaniem komórek
Mechanochemiczny przełącznik między wzrostem i różnicowaniem komórek Model tworzenia mikrokapilar na podłożu fibrynogenowym eksponencjalny wzrost tempa proliferacji i syntezy DNA wraz ze wzrostem stężenia
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Podział tkanki mięśniowej w zależności od budowy i lokalizacji w organizmie
Tkanka mięśniowa Podział tkanki mięśniowej w zależności od budowy i lokalizacji w organizmie Tkanka mięśniowa poprzecznie prążkowana poprzecznie prążkowana serca gładka Tkanka mięśniowa Podstawową własnością
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Terapia celowana. Część I. Mechanizmy przesyłania sygnałów przy udziale receptorów o aktywności kinazy tyrozynowej
Współczesna Onkologia (2007) vol. 11; 7 (331 336) Prawidłowe funkcjonowanie komórki jest uzależnione od ścisłej kontroli przekazywania informacji. W proces przenoszenia sygnałów zaangażowane są substancje
Tom 50, 2001 Numer 3 (252) Strony PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika
Kosm os Tom 50, 2001 Numer 3 (252) Strony 309-314 PROBLEMY NAUK BIOLOGICZNYCH Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika A n n a F il ip e k Zakład Neurobiologii Molekularnej i Komórkowej Instytut
Składniki cytoszkieletu. Szkielet komórki
Składniki cytoszkieletu. Szkielet komórki aktynowe pośrednie aktynowe pośrednie 1 Elementy cytoszkieletu aktynowe pośrednie aktynowe filamenty aktynowe inaczej mikrofilamenty filamenty utworzone z aktyny
przebiegu stanu zapalnego i procesów nowotworowych poprzez aktywację czynnika
Ocena osiągnięcia naukowego zgłoszonego do postępowania habilitacyjnego pt. Interleukina 1 i epidermalny czynnik wzrostu regulują ekspresję genów istotnych w przebiegu stanu zapalnego i procesów nowotworowych
Przekazywanie sygnałów w mechanizmach działania fitohormonów. Przekazywanie sygnałów w komórkach zwierzęcych. Stężenie kinetyny (mg/litr)
Stężenie kinetyny (mg/litr) 2015-11-03 Przekazywanie sygnałów w komórkach zwierzęcych Przekazywanie sygnałów w mechanizmach działania fitohormonów Literatura: www.umk.pl/~kesy/mechanizmy_wzrostu/ligazy_ubikwitynowo-bialkowe.pdf
WYBRANE SKŁADNIKI POKARMOWE A GENY
WYBRANE SKŁADNIKI POKARMOWE A GENY d r i n ż. Magdalena Górnicka Zakład Oceny Żywienia Katedra Żywienia Człowieka WitaminyA, E i C oraz karotenoidy Selen Flawonoidy AKRYLOAMID Powstaje podczas przetwarzania
AUTOREFERAT ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. The role of Sdf-1 in the migration and differentiation of stem cells during skeletal muscle regeneration
mgr Kamil Kowalski Zakład Cytologii Wydział Biologii UW AUTOREFERAT ROZPRAWY DOKTORSKIEJ The role of Sdf-1 in the migration and differentiation of stem cells during skeletal muscle regeneration Wpływ chemokiny
Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Grupa Białek Szoku Termicznego
Centrum Badań Translacyjnych i Biologii Molekularnej Nowotworów Centrum Onkologii Instytut im. Marii Skłodowskiej-Curie, Oddział w Gliwicach Grupa Białek Szoku Termicznego Miejsce HSPA2 pośród rodziny
TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA
DNA 28SRNA 18/16S RNA 5SRNA mrna Ilościowa analiza mrna aktywność genów w zależności od wybranych czynników: o rodzaju tkanki o rodzaju czynnika zewnętrznego o rodzaju upośledzenia szlaku metabolicznego
Rada Naukowa Centrum Badań Molekularnych i Makromolekularnych PAN w Łodzi
Prof. dr hab. Janusz Maszewski 25 kwietnia 2016 r. Katedra Cytofizjologii Instytut Fizjologii, Cytologii i Cytogenetyki Uniwersytetu Łódzkiego Pomorska 141/143, 90-236 Łódź Tel.: 48-42-6354512, E-mail:
OPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011
OPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011 DLACZEGO DOROSŁY CZŁOWIEK (O STAŁEJ MASIE BIAŁKOWEJ CIAŁA) MUSI SPOŻYWAĆ BIAŁKO? NIEUSTAJĄCA WYMIANA BIAŁEK
TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Lekarski. Udział mikrorna w procesie starzenia się ludzkich limfocytów T. Joanna Frąckowiak
Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Lekarski Udział mikrorna w procesie starzenia się ludzkich limfocytów T Joanna Frąckowiak Rozprawa doktorska Praca wykonana w Katedrze i Zakładzie Fizjopatologii Gdańskiego
DOROBEK NAUKOWY DANE BIOGRAFICZNO-NAUKOWE
DOROBEK NAUKOWY PRZEMYSŁAW JAGODZIK DANE BIOGRAFICZNO-NAUKOWE Urodziłem się 11 października 1987 roku w Lesznie. W 2006 roku ukończyłem (matura) Liceum Ogólnokształcące im. Karola Kurpińskiego we Włoszakowicach.
Onkogeneza i zjawisko przejścia nabłonkowomezenchymalnego. Gabriel Wcisło Klinika Onkologii Wojskowego Instytutu Medycznego, CSK MON, Warszawa
Onkogeneza i zjawisko przejścia nabłonkowomezenchymalnego raka jajnika Gabriel Wcisło Klinika Onkologii Wojskowego Instytutu Medycznego, CSK MON, Warszawa Sześć diabelskich mocy a komórka rakowa (Gibbs
Interakcje między abiotycznymi i biotycznymi czynnikami stresowymi: od teorii do praktyki Elżbieta Kuźniak Joanna Chojak
Katedra Fizjologii i Biochemii Roślin Uniwersytetu Łódzkiego Interakcje między abiotycznymi i biotycznymi czynnikami stresowymi: od teorii do praktyki Elżbieta Kuźniak Joanna Chojak Plan wykładu Przykłady
Recenzja rozprawy doktorskiej
Prof. n. tech. dr hab. n. fiz. inż. lek. med. Halina Podbielska Katedra Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej Wydział Podstawowych Problemów Techniki Politechnika Wrocławska 50-370 Wrocław Wybrzeże Wyspiańskiego
Prof. dr hab. Jacek Kuźnicki ur. 11.03.1952 r. w Łodzi
Prof. dr hab. Jacek Kuźnicki ur. 11.03.1952 r. w Łodzi Edukacja i stopnie naukowe Magisterium, Uniwersytet Warszawski, 1976 Doktorat, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, 1980 Habilitacja,
Mgr Dorota Przybylska
Mgr Dorota Przybylska Dziedzina: nauki biologiczne Dyscyplina: biochemia Wszczęcie: 11.12.2015 Temat: Rola oksydazy NADPH 4 oraz szlaku odpowiedzi na uszkodzenia DNA w starzeniu ludzkich komórek mięśni
SESJA 10 ODPOWIEDŹ ORGANIZMÓW NA CZYNNIKI BIOTYCZNE I ABIOTYCZNE WYKŁADY
SESJA 10 ODPOWIEDŹ ORGANIZMÓW NA CZYNNIKI BIOTYCZNE I ABIOTYCZNE WYKŁADY 238 SESJA 10 WYKŁADY W10-01 REAKTYWNE FORMY TLENU JAKO ELEMENT REAKCJI KOMÓREK NA STRES Grzegorz Bartosz Katedra Biofizyki Molekularnej
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności
linia komórkowa została wyprowadzona z nasieniaka, jednego z typów nowotworu pochodzącego z komórek germinalnych człowieka. Linia ta jest świetnym
prof. dr hab. Artur Jarmołowski Poznań, 09. 08. 2018 Uniwersytet im. Adama Mickiewicza Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii Zakład Ekspresji Genów ul. Umultowska 89 61-614 Poznań tel. 61-829-5959
Właściwości szlaku sygnalizacyjnego białka p53 ujawnione podczas analizy skutków traktowania komórek rezweratrolem.
Właściwości szlaku sygnalizacyjnego białka p53 ujawnione podczas analizy skutków traktowania komórek rezweratrolem. Streszczenie Ogólnym celem niniejszej pracy było lepsze zrozumienie funkcjonowania szlaku
Proponowane tematy prac magisterskich
Proponowane tematy prac magisterskich Analiza funkcjonalna oktopaminy w zachowaniach agresywnych mrówki ćmawej - praca wykonywana we współpracy z Pracownią IBD PAN (opiekun dr hab. Piotr Bębas/prof. dr
Dr hab. Janusz Matuszyk. Ocena rozprawy doktorskiej. Pani mgr Hanny Baurskiej
Dr hab. Janusz Matuszyk INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda P OLSKIEJ A K A D E M I I N AUK Centrum Doskonałości: IMMUNE ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław tel. (+48-71)
Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
DOROBEK NAUKOWY PRZEMYSŁAW JAGODZIK
DOROBEK NAUKOWY PRZEMYSŁAW JAGODZIK DANE BIOGRAFICZNO-NAUKOWE Urodziłem się 11 października 1987 roku w Lesznie. W 2006 roku ukończyłem (matura) Liceum Ogólnokształcące im. Karola Kurpińskiego we Włoszakowicach.
Zespół Biologii Chemicznej i Projektowania Leków
Zespół Biologii Chemicznej i Projektowania Leków Synteza związków chemicznych Struktury 3D związek-białko Aktywność związków w komórkach The group Head of the team: Postdocs: Prof. dr. Tad A. Holak Dr.
Udział jonów wapnia w regulacji oddziaływań aktyny z miozyną
Udział jonów wapnia w regulacji oddziaływań aktyny z miozyną STRESZCZENIE Skurcz komórek mięśniowych oraz różnorodne formy ruchliwości komórek niemięśniowych są uzależnione od cyklicznych oddziaływań pomiędzy
Slajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas
Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem
The Maternal Nucleolus Is Essential for Early Embryonic Development in Mammals
The Maternal Nucleolus Is Essential for Early Embryonic Development in Mammals autorstwa Sugako Ogushi Science vol 319, luty 2008 Prezentacja Kamil Kowalski Jąderko pochodzenia matczynego jest konieczne
STRESZCZENIE PRACY DOKTORSKIEJ
mgr Bartłomiej Rospond POSZUKIWANIE NEUROBIOLOGICZNEGO MECHANIZMU UZALEŻNIENIA OD POKARMU - WPŁYW CUKRÓW I TŁUSZCZÓW NA EKSPRESJĘ RECEPTORÓW DOPAMINOWYCH D 2 W GRZBIETOWYM PRĄŻKOWIU U SZCZURÓW STRESZCZENIE
wyizolowanych z roślin jadalnych i leczniczych, zarówno w chemoprewencji, jak i w terapii
STRESZCZENIE Badania ostatnich lat wskazują na możliwość wykorzystania naturalnych polifenoli wyizolowanych z roślin jadalnych i leczniczych, zarówno w chemoprewencji, jak i w terapii przeciwnowotworowej.
Komórka eukariotyczna
Komórka eukariotyczna http://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=plik:hela_cells_stained_with_hoechst_33258.jpg cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii,
Do oceny przedstawiono oprawioną rozprawę doktorską zawierającą 133 strony
Prof. dr hab. Maciej Zabel Katedra Histologii i Embriologii Uniwersytet Medyczny w Poznaniu Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Hanny Kędzierskiej pt. Wpływ czynnika splicingowego SRSF2 na regulację apoptozy
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej)
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej) Nadzieja Drela ndrela@biol.uw.edu.pl Konspekt do wykładu
Data i miejsce urodzenia: 16 marca 1968 roku, Skarżysko-Kamienna, Polska
CURRICULUM VITAE Imię i nazwisko: Katarzyna Białkowska Adres: Miejsce pracy: Center for Thrombosis and Vascular Biology, Dept. Molecular Cardiology, NB5-48 Cleveland Clinic Foundation 9500 Euclid Ave.
Odmienności podejścia terapeutycznego w rzadszych podtypach raka jajnika
Odmienności podejścia terapeutycznego w rzadszych podtypach raka jajnika Rak jajnika: nowe wyzwania diagnostyczno - terapeutyczne Warszawa, 15-16.05.2015 Dagmara Klasa-Mazurkiewicz Gdański Uniwersytet
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD
Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne http://www.umass.edu/molvis/bme3d/materials/jtat_080510/exploringdna/ch_flex/chapter.htm czynniki transkrypcyjne (aktywatory/represory)
KOŁO NAUKOWE IMMUNOLOGII. Mikrochimeryzm badania w hodowlach leukocytów in vitro
KOŁO NAUKOWE IMMUNOLOGII Mikrochimeryzm badania w hodowlach leukocytów in vitro Koło Naukowe Immunolgii kolo_immunologii@biol.uw.edu.pl kolo_immunologii.kn@uw.edu.pl CEL I PRZEDMIOT PROJEKTU Celem doświadczenia
Wykład 13. Regulacja cyklu komórkowego w odpowiedzi na uszkodzenia DNA. Mechanizmy powstawania nowotworów
Wykład 13 Regulacja cyklu komórkowego w odpowiedzi na uszkodzenia DNA Mechanizmy powstawania nowotworów Uszkodzenie DNA Wykrycie uszkodzenia Naprawa DNA Zatrzymanie cyklu kom. Apoptoza Źródła uszkodzeń
Wpływ wysiłku pływackiego na stężenie mitochondrialnego cholesterolu oraz metabolizm energetyczny w warunkach stresu oksydacyjnego
Wpływ wysiłku pływackiego na stężenie mitochondrialnego cholesterolu oraz metabolizm energetyczny w warunkach stresu oksydacyjnego mgr Damian Józef Flis Rozprawa na stopień doktora nauk o zdrowiu Promotorzy:
Multimedial Unit of Dept. of Anatomy JU
Multimedial Unit of Dept. of Anatomy JU Ośrodkowy układ nerwowy zaczyna się rozwijać na początku 3. tygodnia w postaci płytki nerwowej, położonej w pośrodkowo-grzbietowej okolicy, ku przodowi od węzła
BIOTECHNOLOGIA I BIOLOGIA EKSPERYMENTALNA ROŚLIN
BIOTECHNOLOGIA I BIOLOGIA EKSPERYMENTALNA ROŚLIN Udział w międzynarodowych projektach badawczych: Rodzaj projektu: międzynarodowy, współfinansowany Nr grantu: 2904/FAO/IAEA/2013/0 Temat: Pakiet narzędzi
Regulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Prof. dr hab. E. K. Jagusztyn-Krynicka UNIWERSYTET WARSZAWSKI WYDZIAŁ BIOLOGII INSTYTUT MIKROBIOLOGII ZAKŁAD GENETYKI BAKTERII
1 Prof. dr hab. E. K. Jagusztyn-Krynicka UNIWERSYTET WARSZAWSKI WYDZIAŁ BIOLOGII INSTYTUT MIKROBIOLOGII ZAKŁAD GENETYKI BAKTERII ul. MIECZNIKOWA 1, 02-096 WARSZAWA TEL: (+48 22) 55-41-216, FAX: (+48 22)
SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY
SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY 90 SESJA 5 WYKŁADY W05-01 ROZPOZNANIE LIGANDÓW BIAŁKOWYCH PRZEZ RECEPTORY INTEGRYNOWE Czesław Cierniewski Zaklad Biofizyki Akademii Medycznej, Łódź
Plan wykładu: Budowa chromatyny - nukleosomy. Wpływ nukleosomów na replikację i transkrypcję
Nukleosomy 1 Plan wykładu: Budowa chromatyny - nukleosomy Wpływ nukleosomów na replikację i transkrypcję Metody pozwalające na wyznaczanie miejsc wiązania nukleosomów Charakterystyka obsadzenia nukleosomów
Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane. Genetyczne podłoże nowotworzenia
Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Genetyczne podłoże nowotworzenia Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Rozmnażanie i wzrost komórek sąściśle kontrolowane Połączenia komórek
Zakład Chemii Teoretycznej i Strukturalnej
Badania struktury i aktywności nietypowego enzymu dekapującego ze Świdrowca nagany Białko TbALPH1 zostało zidentyfikowane jako enzym dekapujący w pasożytniczym pierwotniaku, świdrowcu nagany Trypasonoma