Filogenetyka. Dr inż. Magdalena Święcicka, dr hab. Marcin Filipecki. Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW
|
|
- Roman Brzozowski
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Filogenetyka Dr inż. Magdalena Święcicka, dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW
2 Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów Klasyczne podejście: historia ewolucji jest odtwarzana na podstawie porównań cech morfologicznych i fizjologicznych badanych organizmów.
3 Filogenetyka Molekularne podejście: zadaniem filogenetyki molekularnej jest zrekonstruowanie związków filogenetycznych między badanymi sekwencjami Podstawowe założenie w filogenetyce molekularnej: sekwencje przodka mutują w sekwencje potomków podobne gatunki są genetycznie blisko spokrewnione
4 Mechanizmy ewolucji Mutacje w genach Mutacje są rozprzestrzeniane w populacji poprzez dryf genetyczny i/lub selekcję naturalną Duplikacja i rekombinacja genów
5 tempo mutacji zależy od regionu w genomie, genie, rodzaju genu; częściej obserwuje się podstawienia w III pozycji kodonów; CCG (prolina) zmiana G na jakikolwiek nt nie powoduje zmiany aminokwasu CTG (leucyna) zmiana C-T nie powoduje zmian zmiana SYNONIMICZNA zmiana NIESYNONIMICZNA częściej obserwuje się podstawienia typu tranzycji (purynapuryna, pirymidyna-pirymidyna) niż transwersji; częściej obserwowane są podstawienia między aminokwasami podobnymi do siebie, ze względu na swoje właściwości biochemiczne, biofizyczne, np.: izoleucyna lecyna walina izoleucyna Kwas asparaginowy kwas glutaminowy
6 OBOWIĄZUJĄCE SYMBOLE AMINOKWASÓW Symbol 3-literowy znaczenie kodony A Ala Alanina GCT, GCC, GCA, GCG B Asp, Asn Asparagina, Asparaginian GAT, GAC, AAT, AAC C Cys Cysteina TGT, TGC D Asp Asparaginian GAT, GAC E Glu Glutaminian GAA, GAG F Phe Fenyloalanina TTT, TTC G Gly Glicyna GGT, GGC, GGA, GGG H His Histydyna CAT, CAC I Ile Izoleucyna ATT, ATC, ATA K Lys Lizyna AAA, AAG L Leu Leucyna TTG, TTA, CTT, CTC, CTA, CTG M Met Metionina ATG N Asn Asparagina AAT, AAC P Pro Prolina CCT, CCC, CCA, CCG Q Gln Glutamina CAA, CAG R Arg Arginina CGT, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG S Ser Seryna TCT, TCC, TCA, TCG, AGT, AGC T Thr Treonina ACT, ACC, ACA, ACG V Val Walina GTT, GTC, GTA, GTG W Trp Tryptofan TGG X Xxx Nieznany Y Tyr Tyrozyna TAT, TAC Z Glu, Gln Glutaminian, Glutamina GAA, GAG, CAA, CAG * End Terminator TAA, TAG, TGA
7 rzadko obserwuje się podstawienia między aminokwasami bardzo różniącymi się swoimi właściwościami: tryptofan izoleucyna rzadko obserwuje się podstawienia między aminokwasami pełniącymi ważne role w białkach: tryptofan (TGG) na kodon stop (TAG) mutacje missens jeden aminokwas zastępowany innym mutacje nonsens terminacja translacji zmiana ramki odczytu
8 Wyrazem analiz filogenetycznych są drzewa filogenetyczne między cząsteczkami drzewo genów lub organizmami drzewo gatunków
9 Korzeń wspólny przodek dla wszystkich taksonów Gałąź obrazuje związki ewolucyjne między porównywanymi jednostkami taksonomicznymi Długość gałęzi zazwyczaj reprezentuje liczbę zmian, które się zdarzyły w danej linii ewolucyjnej Węzeł reprezentuje miejsce rozgałęzień jednostek taksonimicznych (populacji, organizmu, genu). Liść reprezentuje aktualnie analizowaną jednostkę taksonomiczną
10 Drzewa ukorzenione i nieukorzenione znany wspólny przodek lub istnieje hipoteza na temat wspólnego przodka / nieznany wspólny przodek Topologia drzewa Długość gałęzi (czas ewolucji, ilość zmian)
11 Przykładowe drzewa filogenetyczne
12 Po co konstruuje się drzewa filogenetyczne? Poznanie i zrozumienie historii ewolucyjnej Mapowanie różnicowania szczepów patogennych do opracowania szczepionek Wsparcie dla epidemiologów Choroby infekcyjne Defekty genetyczne Narzędzie do przewidywania funkcji nowo odkrytych genów Badania różnicowania układów biologicznych Poznanie ekologii mikroorganizmów
13 Filogenetyka zwana jest czasem kladystyką Klad zbiór potomków pochodzących od pojedynczego przodka Podstawowe założenia kladystyki: 1. każda grupa organizmów jest spokrewniona przez pochodzenie od wspólnego przodka 2. kladogeneza ma charakter bifurkacyjny (rozwidlający się) 3. zmiany w cechach pojawiają się w liniach filogenetycznych z upływem czasu Drzewo genów: bifurkacja mutacja Drzewo gatunków: bifurkacja specjacja Mutacja warunek niezbędny, ale nie zawsze wystarczający do specjacji
14
15 Często zapominamy o: I Domniemany znak równości między podobieństwem zestawu cech (np. nukleotydów), a pochodzeniem II Mutacje somatyczne mutacje genetyczne Mutacja DNA lub białka wydziela się z tkanek somatycznych, dla filogenezy istotne są tylko mutacje w gametach III Cechy używane do budowy drzewa gatunków mają się nijak do cech używanych do budowy drzewa genów
16
17 Cechy, które mogą być użyte do budowy drzewa rzędów owadów: Poruszanie się Okrycie stwardniałym oskórkiem lub kokonem, Widoczność niezupełnie rozwiniętych narządów Widoczność niecałkowicie wykształconych i nie funkcjonujących odnóży, Widoczność zawiązków skrzydeł Widoczność aparatu gębowego Zdolność do aktywnego poruszania się Pełne wykształcenie narządów lokomotorycznych Pełne wykształcenie zmysłów Obecność członowanych odnóży krocznych Liczba członowanych odnóży krocznych Obecność pseudopodiów Liczba pseudopodiów Geny, które bierze się najczęściej do budowy drzew genów: Cytochrom B NADH dehydrogenase subunit I (ND1) 18S RNA 28S RNA
18 Horyzontalny transfer genów
19 Niektóre domyślne założenia kladystyki: sekwencje są poprawne sekwencje są homologiczne Podobieństwo to wielkość obserwowalna, którą można określić np. jako % identycznych aminokwasów. Homologia określa wspólne pochodzenie porównywanych genów (to może być wniosek wyciągnięty z analizy podobieństwa) Termin homologiczne oznacza odziedziczone po wspólnym przodku
20 Niektóre domyślne założenia kladystyki (cd): każda pozycja w sekwencjach dopasowanych (alignment) jest homologiczna z każdą odpowiednią pozycją w tym dopasowaniu różnorodność sekwencji w danym zbiorze jest na tyle duża, że zawiera filogenetyczne sygnały, odpowiednie do rozwiązania postawionego problemu
21 Jakich sekwencji użyć? DNA (mt, rdna, powoli czy szybko ewoluujące) Bardzo szczegółowe, niejednolite tempo mutacji cdna/rna Użyteczne dla bardziej odległych sekwencji homologicznych Sekwencje białkowe Użyteczne do badania większości odległych sekwencji homologicznych, możliwość konstrukcji bardzo rozległych ewolucyjnie drzew, bardziej jednolite tempo zmienności mutacyjnej, więcej elementów zmienności
22 Sekwencje rybosomowego 16S RNA Występują we wszystkich organizmach Są wysoce konserwatywne Nadają się do konstruowania bardzo rozległych ewolucyjnie drzew Znane dla kilkudziesięciu tysięcy organizmów, głównie prokariotycznych Jacek Leluk Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski
23 Co jest obliczane? Topologia drzewa porządek (kolejność) odgałęzień i korzeń Długość odgałęzień (czas ewolucji) Sekwencje przodków Wartości pokrewieństwa (np. prawdopodobieństwo poszczególnych przemian) Wiarygodność drzewa
24 Dopasowywanie sekwencji (Multiple Sequence Alignment) Dopasowanie spokrewnionych sekwencji w taki sposób, żeby odpowiadające sobie pozycje znajdowały się w tej samej kolumnie Wypełnienie brakujących miejsca kreskami (delecje, insercje) Każda kolumna znaków staje się pojedynczym elementem do dalszych obliczeń filogenetycznych Jacek Leluk Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego, Uniwersytet Warszawski
25 Dopasowanie i porównanie wielu sekwencji Celem porównania wielu sekwencji jest ułożenie w kolumnach aminokwasów (nukleotydów) pochodzących od jednego aminokwasu (nukleotydu) w białku (genie) wspólnego przodka we wszystkich sekwencjach od niego pochodzących. Wstawienie przerwy
26 Porównanie parami Porównanie parami wszystkich sekwencji - seq_1 & seq_ seq_ 1 & seq_ seq_ 8 & seq_
27 Porównanie wielu sekwencji W oparciu o dendrogram przewodni zaczyna się porównywanie grup sekwencji. Drzewo przewodnie wskazuje, które sekwencje są najbliższe a więc najpierw porównuje się te łatwe, a trudniejsze zostawia się na potem.
28 Sekwencje nieułożone a mthislgslyshktaktingsdeaskmewhf b mthvslgsmyshktgrtingsdqaskkmewhy c mshisitmyshktartidgseqaskmewhy d mthipigsmyshktaravngseqasklqwhy e mthipigsmystartincseqasklewhy
29 Porównanie wielu sekwencji C D E mthipigsmyshktaravngseqasklqwhy mthipigsmys--tartincseqasklewhy A B
30 Porównanie wielu sekwencji C D E A B mthipigsmyshktaravngseqasklqwhy mthipigsmys--tartincseqasklewhy mthislgslyshktaktingsdeas-kmewhf mthvslgsmyshktgrtingsdqaskkmewhy
31 Porównanie wielu sekwencji C D E A B mshisi-tmyshktartidgseqaskmewhy mthipigsmyshktaravngseqasklqwhy mthipigsmys--tartincseqasklewhy mthislgslyshktaktingsdeas-kmewhf mthvslgsmyshktgrtingsdqaskkmewhy
32 Porównanie wielu sekwencji C D E A B mshisi-tmyshktartidgseqas-kmewhy mthipigsmyshktaravngseqas-klqwhy mthipigsmys--tartincseqas-klewhy mthislgslyshktaktingsdeas-kmewhf mthvslgsmyshktgrtingsdqaskkmewhy
33 Sekwencje ułożone a mthislgslyshktaktingsdeas-kmewhf b mthvslgsmyshktgrtingsdqaskkmewhy c mshisi-tmyshktartidgseqas-kmewhy d mthipigsmyshktaravngseqas-klqwhy e mthipigsmys--tartincseqas-klewhy
34 Metody obliczeniowe konstruowania drzew filogenetycznych Metody analizy odległościowe (distance methods) met. średnich połączeń (UPGMA; unweighted pair group method with arithmetic mean, - met. przyłączania sąsiadów (NJ; neighbor joining) - met. Fitch-Margoliash (FM) - met. minimalnych odległości (ME) Metody oparte na cechach (character based methods) - met. największej oszczędności (MP; Maximum Parsimony) - met. największej wiarygodności (ML; Maximum Likelihood) Łączenie drzew - drzewa konsensusowe, superdrzewa
35 Budowa dendrogramu przewodniego Skonstruowanie dendrogramu przewodniego w oparciu o porównania parami Metoda średnich połączeń - UPGMA unweighted pair group method with arithmetic mean (PileUp & Clustal V) Metoda przyłączania sąsiada - Neighbor-Joining (NJ) (Clustal W, Clustal X)
36 Metody odległościowe Odległość wyrażana jest w ułamkach miejsc, którymi różnią się między sobą 2 sekwencje w wielokrotnym przyrównaniu Para sekwencji różniąca się w 10% miejsc jest bliżej spokrewniona niż para różniąca się w 30%.
37 Metody odległościowe przodek linia potomna liczba zmian A C A 0 A C G 1 A C 0 C
38 Metoda nieważona grupowania parami ze średnią arytmetyczną UPGMA program znajduje najpierw parę taksonów, którą dzieli najmniejsza różnica i ustala punkt rozejścia między nimi, czyli węzeł, w połowie odległości. łączy je w klaster i wpisuje do nowej macierzy odległości dzielące ten klaster od pozostałych powtarzanie tych etapów, aż macierz zostanie zredukowana do 1 obiektu
39 A B C D E A B C D E D E A B C DE A B C DE D E A B AB C DE AB C DE C D E A B AB CDE AB CDE C D E A B
40 UPGMA Hipoteza zegara molekularnego ewolucja różnych gatunków zachodzi w takim samym tempie (FAŁSZ) Rzadko używana metoda przez filogenetyków, nadal popularna w epidemiologii drobnoustrojów
41 Metody odległościowe przyłączanie sąsiadów (NJ) umożliwia konstruowanie nieukorzenionych drzew drzewa addytywne odległość pomiędzy gatunkami reprezentowanymi przez liście drzewa są równe sumie długości łączących je gałęzi (odległości od obu taksonów do węzła nie muszą być identyczne) i n j
42 Metody oparte na cechach metoda największej oszczędności (MP) metoda największej wiarygodności (ML)
43 Metoda największej oszczędności (MP) Metoda parsymonii (oszczędności) najodpowiedniejsze jest takie drzewo, w którym potrzebujemy najmniejszej liczby zmian do wyjaśnienia danych występujących jako przyrównanie sekwencji.
44 Kryterium parsymonii Które drzewo jest najprostszym wytłumaczeniem obserwowanego zróżnicowania cechy między gatunkami? + wykształcenie się cechy * utracenie cechy + + * + + A B C D A D C B A C D B
45 Metoda największej wiarygodności Poszukiwanie drzewa, które zgodnie z określonym modelem ewolucji maksymalnie uwiarygodnia dane. Wiarygodność obliczamy dla: topologii drzewa długości gałęzi wartości wskaźników tempa podstawień (częstość występowania zasady, liczba tranzycji / liczby transwersji) Wyznaczenie wartości ML może posłużyć do utworzenia rankingu alternatywnych drzew.
46 Metoda bootstrap Pozwala oszacować wiarygodność rozgałęzień w drzewach Porównuje topologię drzewa dla losowo wygenerowanych dopasowań sekwencji ( dopasowań) Drzewo z wartościami bootstrap (odsetek wygenerowanych drzew, w których obserwowano dokładnie takie samo rozgałęzienie linii ewolucyjnych)
47 Dobór właściwego algorytmu Niedyskretny charakter zmiennych jednostek, duża ilość danych, niewielkie zasoby obliczeniowe ==> Metoda najbliższego sąsiedztwa (Neighbor joining) Dyskretny charakter zmiennych, niewielka liczba mutacji/homoplazja ==> Maximum Parsimony Dyskretny charakter zmiennych, ograniczona długość sekwencji, występowanie zjawiska homoplazji ==>Maximum Likelihood Dyskretny charakter zmiennych, wiele gatunków ==>Superdrzewo Kompletne genomy ==>Filogeneza całych genomów
Filogenetyka. Dr Marek D. Koter, dr hab. Marcin Filipecki. Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW
Filogenetyka Dr Marek D. Koter, dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW 1 Twórcy teorii ewolucji Charles Darwin Jean Baptiste de Lamarck Podróż HMS Beagle 2 i zbrodniczy
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 5 ANALIZA FILOGENETYCZNA
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 5 ANALIZA FILOGENETYCZNA ANALIZA FILOGENETYCZNA 1. Wstęp - filogenetyka 2. Struktura drzewa filogenetycznego 3. Metody konstrukcji drzewa 4. Etapy konstrukcji drzewa filogenetycznego
Bardziej szczegółowoKonstruowanie drzew filogenetycznych. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
Konstruowanie drzew filogenetycznych Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Drzewa filogenetyczne ukorzenione i nieukorzenione binarność konstrukcji topologia (sposób rozgałęziana
Bardziej szczegółowoGenomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski
Genomika Porównawcza Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski 1 Plan prezentacji 1. Rodzaje i budowa drzew filogenetycznych 2. Metody ukorzeniania drzewa
Bardziej szczegółowoEWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl
EWOLUCJA GENOMÓW Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Wykład 6 spis treści genomika mapowanie genomów początki ewolucji świat RNA świat wirusów (?) ewolucja genomów GENOMIKA
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 ANALIZA FILOGENETYCZNA
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 ANALIZA FILOGENETYCZNA ANALIZA FILOGENETYCZNA 1. Wstęp - filogenetyka 2. Struktura drzewa filogenetycznego 3. Metody konstrukcji drzewa - przykłady 4. Etapy konstrukcji drzewa
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin - SGGW Bioinformatyka to wykorzystanie technologii komputerowych w celu zrozumienia i efektywnego wykorzystania
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Filogenetyka molekularna wykorzystuje informację zawartą w sekwencjach aminokwasów lub nukleotydów do kontrukcji drzew
Bardziej szczegółowoMACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka
MAIERZE MUTAYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka Zadaniem FILOGENETYKI jest : zrekonstruowanie ewolucyjnej historii wszystkich organizmów odkrycie przodka
Bardziej szczegółowoFilogenetyka molekularna. Dr Anna Karnkowska Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji
Filogenetyka molekularna Dr Anna Karnkowska Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji Co to jest filogeneza? Filogeneza=drzewo filogenetyczne=drzewo rodowe=drzewo to rozgałęziający się diagram, który
Bardziej szczegółowoAnalizy filogenetyczne
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 6 Analizy filogenetyczne dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Cele i zastosowania 2. Podstawy ewolucyjne
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały i ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoFilogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik
Filogenetyka molekularna I Krzysztof Spalik Literatura Krzysztof Spalik, Marcin Piwczyński (2009), Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych, Kosmos 58(3-4): 485-498
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Często dopasować chcemy nie dwie sekwencje ale kilkanaście lub więcej 2 Istnieją dokładne algorytmy, lecz są one niewydajne
Bardziej szczegółowo(13) B1 PL B1. Hoechst Aktiengesellschaft, Frankfurt nad Menem, DE. Gugała Barbara, PATPOL Spółka z o. o.
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 169178 (13) B1 (2 1) Numer zgłoszenia 289953 Urząd Patentowy (22) Data zgłoszenia 19.04.1991 Rzeczypospolitej Polskiej (51) IntCl6 C12N 15/62 C12N
Bardziej szczegółowoFILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład. 8 c.d. 0)
FILOGENETYKA Bioinformatyka, wykład 8 c.d. (7.XII.2010) 0) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów. Klasyczne podejście: historia ewolucji jest
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoklasyfikacja fenetyczna (numeryczna)
Teorie klasyfikacji klasyfikacja fenetyczna (numeryczna) systematyka powinna być wolna od wszelkiej teorii (a zwłaszcza od teorii ewolucji) filogeneza jako ciąg zdarzeń jest niepoznawalna opiera się na
Bardziej szczegółowo46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów
46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2017/2018 1 21.1. Budowa ogólna -aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 H H 2 R H R R 1 H
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji (sequence alignment)
Co to jest alignment? Dopasowanie sekwencji (sequence alignment) Alignment jest sposobem dopasowania struktur pierwszorzędowych DNA, RNA lub białek do zidentyfikowanych regionów w celu określenia podobieństwa;
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowo21. Wstęp do chemii a-aminokwasów
21. Wstęp do chemii a-aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2016/2017 1 21.1. Budowa ogólna a-aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 N H kwas 2-aminooctowy
Bardziej szczegółowoFilogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji
Filogenetyka molekularna I Krzysztof Spalik Zakład Filogenetyki Molekularnej i Ewolucji 3 Literatura Krzysztof Spalik, Marcin Piwczyński (2009), Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w
Bardziej szczegółowoFILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład 7 (24.XI.200..XI.2008)
FILOGENETYKA Bioinformatyka, wykład 7 (24.XI.200.XI.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów. Klasyczne podejście: historia ewolucji jest
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowoFILOGENETYKA. Bioinformatyka,, wykład 7 (29.XI.2007)
FILOGENETYKA Bioinformatyka,, wykład 7 (29.XI.2007) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów. Klasyczne podejście: historia ewolucji jest odtwarzana
Bardziej szczegółowoInformacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Bardziej szczegółowoFilogenetyka molekularna I
2 Literatura Krzysztof Spalik, Marcin Piwczyński (2009), Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych, Kosmos 58(3-4): 485-498 Filogenetyka molekularna I John C. Avise
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?
Bardziej szczegółowoPRZYRÓWNANIE SEKWENCJI
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki III PRZYRÓWNANIE SEKWENCJI 1 Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych), które posiadają
Bardziej szczegółowoPrzyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),
Bardziej szczegółowoNowa metoda obliczeniowa porównywania sekwencji białek
Gdański Uniwersytet Medyczny Agata Czerniecka Nowa metoda obliczeniowa porównywania sekwencji białek Rozprawa doktorska Promotor: dr hab. Dorota Bielińska-Wąż Zakład Informatyki Radiologicznej i Statystyki
Bardziej szczegółowoAcknowledgement. Drzewa filogenetyczne
Wykład 8 Drzewa Filogenetyczne Lokalizacja genów Some figures from: Acknowledgement M. Zvelebil, J.O. Baum, Introduction to Bioinformatics, Garland Science 2008 Tradycyjne drzewa pokrewieństwa Drzewa oparte
Bardziej szczegółowoplezjomorfie: podobieństwa dziedziczone po dalszych przodkach (c. atawistyczna)
Podobieństwa pomiędzy organizmami - cechy homologiczne: podobieństwa wynikające z dziedziczenia - apomorfie: podobieństwa dziedziczone po najbliższym przodku lub pojawiająca się de novo (c. ewolucyjnie
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Bardziej szczegółowoEWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 4 (28.X.2008)
EWOLUCJA GENOMÓW Bioinformatyka, wykład 4 (28.X.2008) krzysztof_pawlowski@sggwaw.pl Wykład 4 spis treści początki ewolucji świat RNA świat wirusów (?) ewolucja genomów Początek życia Ok. 14 miliardów lat
Bardziej szczegółowoWstęp do Biologii Obliczeniowej
Wstęp do Biologii Obliczeniowej Zagadnienia na kolokwium Bartek Wilczyński 5. czerwca 2018 Sekwencje DNA i grafy Sekwencje w biologii, DNA, RNA, białka, alfabety, transkrypcja DNA RNA, translacja RNA białko,
Bardziej szczegółowoFilogeneza: problem konstrukcji grafu (drzewa) zależności pomiędzy gatunkami.
181 Filogeneza: problem konstrukcji grafu (drzewa) zależności pomiędzy gatunkami. 3. D T(D) poprzez algorytm łączenia sąsiadów 182 D D* : macierz łącząca sąsiadów n Niech TotDist i = k=1 D i,k Definiujemy
Bardziej szczegółowospektroskopia elektronowa (UV-vis)
spektroskopia elektronowa (UV-vis) rodzaje przejść elektronowych Energia σ* π* 3 n 3 π σ σ σ* daleki nadfiolet (λ max < 200 nm) π π* bliski nadfiolet jednostki energii atomowa jednostka energii = energia
Bardziej szczegółowoMotywy i podobieństwo
Motywy i podobieństwo Całość funkcja Modularna budowa białek Elementy składowe czyli miejsca wiązania, domeny 1 Motywy Motyw jest opisem określonej części trójwymiarowej struktury zawierającym charakterystyczny
Bardziej szczegółowoDrzewa filogenetyczne jako matematyczny model relacji pokrewieństwa. dr inż. Damian Bogdanowicz
Drzewa filogenetyczne jako matematyczny model relacji pokrewieństwa dr inż. Damian Bogdanowicz Sprawa R. Schmidt a z Lafayette Podczas rutynowych badań u pielęgniarki Janet Allen stwierdzono obecność wirusa
Bardziej szczegółowoIZOMERIA Izomery - związki o takim samym składzie lecz różniące się budową
IZMERIA Izomery - związki o takim samym składzie lecz różniące się budową TAK zy atomy są tak samo połączone? NIE izomery konstytucyjne stereoizomery zy odbicie lustrzane daje się nałożyć na cząsteczkę?
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Metoda NJ (przyłączania sąsiadów) umożliwia tworzenie drzewa addytywnego: odległości ewolucyjne między sekwencjami
Bardziej szczegółowoMSA i analizy filogenetyczne
Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański MSA i analizy filogenetyczne 1. Dopasowania wielosekwencyjne - wprowadzenie Dopasowanie wielosekwencyjne
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Ewolucja Znaczenie ogólne: zmiany zachodzące stopniowo w czasie W biologii ewolucja biologiczna W astronomii i kosmologii ewolucja gwiazd i wszechświata
Bardziej szczegółowoEwolucjonizm NEODARWINIZM. Dr Jacek Francikowski Uniwersyteckie Towarzystwo Naukowe Uniwersytet Śląski w Katowicach
Ewolucjonizm NEODARWINIZM Dr Jacek Francikowski Uniwersyteckie Towarzystwo Naukowe Uniwersytet Śląski w Katowicach Główne paradygmaty biologii Wspólne początki życia Komórka jako podstawowo jednostka funkcjonalna
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoRycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi.
Ryciny 193 Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi. Na fioletowo zaznaczone zostały populacje (nr 1 14)
Bardziej szczegółowoUrszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r.
Ćwiczenie 1 1 Wstęp Rozważając możliwe powiązania filogenetyczne gatunków, systematyka porównuje dane molekularne. Najskuteczniejszym sposobem badania i weryfikacji różnych hipotez filogenetycznych jest
Bardziej szczegółowoBadanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym
Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Podstawy ewolucji molekulanej Jak ewoluują sekwencje Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na
Bardziej szczegółowoZmienność ewolucyjna. Ewolucja molekularna
Zmienność ewolucyjna Ewolucja molekularna Mechanizmy ewolucji Generujące zmienność mutacje rearanżacje genomu horyzontalny transfer genów! Działające na warianty wytworzone przez zmienność dobór naturalny
Bardziej szczegółowoEWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 7 (29.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl
EWOLUCJA GENOMÓW Bioinformatyka, wykład 7 (29.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Wykład 7 spis treści świat wirusów (?) ewolucja genomów GENOMIKA badanie struktury i funkcjonowania genomów GENOMIKA STRUKTURALNA
Bardziej szczegółowoPL B1. MIĘDZYNARODOWY INSTYTUT BIOLOGII MOLEKULARNEJ I KOMÓRKOWEJ W WARSZAWIE, Warszawa, PL BUP 07/06. GRZEGORZ KUDŁA, Zielonka, PL
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 211426 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 370282 (22) Data zgłoszenia: 23.09.2004 (51) Int.Cl. C12N 15/11 (2006.01)
Bardziej szczegółowoMUTACJE GENOWE- SUBSTYTUCJE MUTACJE GENOWE- INSERCJE I DELECJE PRZYCZYNY POWSTAWANIA MUTACJI
MUTACJE GENOWE- SUBSTYTUCJE Substytucja- zmiana jednego nukleotydu na inny tranzycja- zmiana jednej zasady purynowej na drugą purynową (A G), lub pirymidynowej na pirymidynową (T C) transwersja- zamiana
Bardziej szczegółowoMechanizmy zmienności ewolucyjnej. Podstawy ewolucji molekularnej.
Mechanizmy zmienności ewolucyjnej Podstawy ewolucji molekularnej. Mechanizmy ewolucji } Generujące zmienność } mutacje } rearanżacje genomu } horyzontalny transfer genów } Działające na warianty wytworzone
Bardziej szczegółowoKonstrukcja drzew filogenetycznych podstawy teoretyczne.
Dorota Rogalla Urszula Rogalla Konstrukcja drzew filogenetycznych podstawy teoretyczne. Streszczenie Wśród wyzwań stojących przed genetyką wymienić można nie tylko kojarzone klasycznie poznawanie struktury
Bardziej szczegółowoEwolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz
Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Losy gatunków: specjacja i wymieranie. Podstawy ewolucji molekularnej
Teoria ewolucji. Losy gatunków: specjacja i wymieranie. Podstawy ewolucji molekularnej Specjacja } Pojawienie się bariery reprodukcyjnej między populacjami dające początek gatunkom } Specjacja allopatryczna
Bardziej szczegółowoWykład Bioinformatyka 2012-09-24. Bioinformatyka. Wykład 7. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM. Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki
Bioinformatyka Wykład 7 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Plan Bioinformatyka Ewolucyjne podstawy Bioinformatyki Filogenetyka Bioinformatyczne narzędzia
Bardziej szczegółowoTeoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie.
Teoria ewolucji. Podstawy wspólne pochodzenie. Ewolucja biologiczna } Znaczenie ogólne: } proces zmian informacji genetycznej (częstości i rodzaju alleli), } które to zmiany są przekazywane z pokolenia
Bardziej szczegółowoWALIDACJA TECHNIKI PCR dr inż. Krystyna Pappelbaum WSSE Bydgoszcz
WALIDACJA TECHNIKI PCR dr inż. Krystyna Pappelbaum WSSE Bydgoszcz ZASADY TECHNIKI PCR Technika PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) opiera się na prowadzeniu łańcuchowej reakcji polimerazy DNA (temostabilnego
Bardziej szczegółowoDopasowania par sekwencji DNA
Dopasowania par sekwencji DNA Tworzenie uliniowień (dopasowań, tzw. alignmentów ) par sekwencji PSA Pairwise Sequence Alignment Dopasowania globalne i lokalne ACTACTAGATTACTTACGGATCAGGTACTTTAGAGGCTTGCAACCA
Bardziej szczegółowoPL B1. SANOFI-AVENTIS DEUTSCHLAND GmbH, Frankfurt nad Menem,DE ,DE, BUP 26/
RZECZPOSPOLITA POLSKA Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 196626 (21) Numer zgłoszenia: 326936 (22) Data zgłoszenia: 20.06.1998 (13) B1 (51) Int.Cl. C12N 15/17 (2006.01)
Bardziej szczegółowoProgram Wieloletni Sprawozdanie za okres r.
Program Wieloletni 2015-2020 Sprawozdanie za okres 15.07-31.12.2015 r. Nazwa i nr zadania: 2.8 Poszerzanie puli genetycznej roślin z przeznaczeniem na cele nieżywnościowe Wykonawcy Bydgoszcz - Ogród Botaniczny
Bardziej szczegółowoPodstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.
Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Materiał genetyczny Materiałem genetycznym są kwasy nukleinowe Materiałem genetycznym organizmów komórkowych jest kwas deoksyrybonukleinowy
Bardziej szczegółowoAlgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce
Algorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce wykład 2: sekwencjonowanie cz. 1 prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Poznawanie sekwencji genomowej Poznawanie sekwencji
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoWszystkie wyniki w postaci ułamków należy podawać z dokładnością do czterech miejsc po przecinku!
Pracownia statystyczno-filogenetyczna Liczba punktów (wypełnia KGOB) / 30 PESEL Imię i nazwisko Grupa Nr Czas: 90 min. Łączna liczba punktów do zdobycia: 30 Czerwona Niebieska Zielona Żółta Zaznacz znakiem
Bardziej szczegółowoBudowa aminokwasów i białek
Biofizyka Ćwiczenia 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa aminokwasów i białek E.Banachowicz 1 Ogólna budowa aminokwasów α w neutralnym p α N 2 COO N
Bardziej szczegółowoGenerator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1
Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda
Bardziej szczegółowoE: Rekonstrukcja ewolucji. Algorytmy filogenetyczne
E: Rekonstrukcja ewolucji. Algorytmy filogenetyczne Przypominajka: 152 drzewo filogenetyczne to drzewo, którego liśćmi są istniejące gatunki, a węzły wewnętrzne mają stopień większy niż jeden i reprezentują
Bardziej szczegółowoNuttall przeprowadził testy precypitacyjne białek surowicy, aby wykazać związek filogenetyczny między różnymi grupami zwierząt.
1904 Nuttall przeprowadził testy precypitacyjne białek surowicy, aby wykazać związek filogenetyczny między różnymi grupami zwierząt. M. Prakash 2007.Encyclopaedia of Gene Evolution Vol. 2, Molecular Genetics,
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ
WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA
Bardziej szczegółowoDopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 2: Metody dopasowywania sekwencji Wydział Informatyki PB Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Dopasowywanie (przyrównywanie) sekwencji polega
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Jaka tam ewolucja. Zanim trafię na jednego myślącego, muszę stoczyć bitwę zdziewięcioma orangutanami Carlos Ruis Zafon Wierzbownica drobnokwiatowa Fitosterole, garbniki, flawonoidy Właściwości przeciwzapalne,
Bardziej szczegółowoRZECZPOSPOLITA ( 12) OPIS PATENTOWY (19) PL (18) POLSKA (13) B1. (86) Data i numer zgłoszenia międzynarodowego: , PCT/CA94/00144
RZECZPOSPOLITA ( 12) OPIS PATENTOWY (19) PL (18) 182236 POLSKA (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 310617 (22) Data zgłoszenia: 14.03.1994 (86) Data i numer zgłoszenia
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na chromosomach mogą uniemożliwić rekombinację
Bardziej szczegółowo(21) Numer zgłoszenia: (54)Sposób wytwarzania zasadniczo czystej nitrylazy bakteryjnej
RZECZPOSPOLITA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 156394 POLSKA (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 2 63575 (51) Int.Cl.5 : C12N 1 5 /5 2 Urząd Patentowy R zeczypospolitej Polskiej (22) Data zgłoszenia: 07.01.1987
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Ekspresja genów jest regulowana
Bardziej szczegółowoPodstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.
Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Zarys biologii molekularnej genu Podstawowe procesy genetyczne Replikacja powielanie informacji Ekspresja wyrażanie (realizowanie funkcji)
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1
Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Filogenetyka molekularna wykorzystuje informację zawartą w sekwencjach aminokwasów lub nukleotydów do kontrukcji drzew
Bardziej szczegółowoPodstawy ewolucji molekularnej. Ewolucja sekwencji DNA i białek
Podstawy ewolucji molekularnej Ewolucja sekwencji DNA i białek Zmiany genetyczne w ewolucji } Mutacje } tworzą nowe allele genów } Inwersje } zmieniają układ genów na chromosomach } mogą uniemożliwić rekombinację
Bardziej szczegółowoGenerator testów bioinformatyka wer / Strona: 1
Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę
Bardziej szczegółowoETYKIETA. Fitmax Easy GainMass proszek
ETYKIETA Fitmax Easy GainMass proszek smak waniliowy, truskawkowy, czekoladowy Środek spożywczy zaspokajający zapotrzebowanie organizmu przy intensywnym wysiłku fizycznym, zwłaszcza sportowców. FitMax
Bardziej szczegółowoNumer pytania Numer pytania
KONKURS BIOLOGICZNY ZMAGANIA Z GENETYKĄ 2016/2017 ELIMINACJE SZKOLNE I SESJA GENETYKA MOLEKULARNA KOD UCZNIA. IMIĘ i NAZWISKO. DATA... GODZINA.. Test, który otrzymałeś zawiera 20 pytań zamkniętych. W każdym
Bardziej szczegółowo46 Olimpiada Biologiczna
46 Olimpiada Biologiczna Pracownia statystyczno-filogenetyczna Łukasz Banasiak i Jakub Baczyński 22 kwietnia 2017 r. Zasady oceniania rozwiązań zadań Zadanie 1 1.1 Kodowanie cech (5 pkt) 0,5 pkt za poprawne
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowo(12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) (72) (74)
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 168597 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 2 8 6 2 0 9 (22) Data zgłoszenia: 2 5. 0 7. 1 9 9 0 (51) IntCl6: C
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka.
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2006 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii
Bardziej szczegółowoSamouczek: Konstruujemy drzewo
ROZDZIAŁ 2 Samouczek: Konstruujemy drzewo Po co nam drzewa filogenetyczne? Drzewa filogenetyczne często pojawiają się dzisiaj w pracach z dziedziny biologii molekularnej, które nie mają związku z filogenetyką
Bardziej szczegółowoAlgorytmy ewolucyjne NAZEWNICTWO
Algorytmy ewolucyjne http://zajecia.jakubw.pl/nai NAZEWNICTWO Algorytmy ewolucyjne nazwa ogólna, obejmująca metody szczegółowe, jak np.: algorytmy genetyczne programowanie genetyczne strategie ewolucyjne
Bardziej szczegółowoBioinformatyka VI. Przetwarzanie wielkich zbiorów danych
Bioinformatyka VI Przetwarzanie wielkich zbiorów danych Warszawa 08.06.2015 PLAN Źródła danych genomika proteomika *omika ekspresja genów Metody sekwencjonowania Metoda Sangera Metody nowej generacji Rekonstrukcja
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowo