Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 1

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1"

Transkrypt

1 Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada... A) niezależność prawdopodobieństwa wystąpienia tych substytucji od historii przemian zachodzących w danej pozycji B) ścisły związek między częstością występowania aminokwasu, a liczbą różnych kodonów dla tego aminokwasu C) takie samo prawdopodobieństwo dla wszystkich substytucji między dowolnymi dwoma aminokwasami D) istotną rolę aminokwasów sześciokodonowych w pozycjach wykazujących szczególnie wysoki stopień zmienności mutacyjnej E) zależność prawdopodobieństwa substytucji od właściwości fizyko-chemicznych i występowania białka F) istotne znaczenie aminokwasów wystepujących w danej pozycji w przeszłości na prawdopodobieństwo wystąpienia nowych aminokwasów w wyniku kolejnych mutacji 2. W macierzy PAM250 opisującej obserwowane częstości substytucji aminokwasowych najbardziej konserwatywnym aminokwasem jest A) Prolina B) Tryptofan C) Glicyna D) Seryna E) Cystyna F) Cysteina 3. Termin "homologiczny" odnosi się np. do dwóch sekwencji aminokwasowych, które A) są identyczne przynajmniej w 50% B) są identyczne przynajmniej w 25% C) wywodzą się od wspólnego przodka D) kodowane są przez ten sam gen E) są sekwencjami białek o tej samej funkcji biologicznej F) wykazują istotne podobieństwo na poziomie struktury pierwszorzędowej i przestrzennej 4. Macierz kodu genetycznego (GCM) stosuje A) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w której występuje. B) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3. C) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0) F) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami 5. PDB jest A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji B) bazą sekwencji białkowych C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji F) bazą białkowych struktur przestrzennych 6. Macierz GCM (Genetic Code Matrix) określa stopień identyczności porównywanych kodonów stosując skalę wartości A) 0 lub 1 B) od 0 do +3 C) ujemnych, dodatnich oraz wartość 0 D) od 0 do +2 E) odpowiadającą częstości podobieństwa występującej dla danej pary kodonów F) od 1 do ClustalX jest A) programem dopasowującym sekwencje homologiczne B) bazą sekwencji białkowych D) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji F) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji 8. W porównaniu do rodziny sekwencji o długości 400 nukleotydów, rodzina sekwencji o długości 1000 nukleotydów o tym samym procentowym udziale identyczności jest A) prawdopodobnie sekwencją kodującą B) mniej zróżnicowana (bardziej konserwatywna) C) prawdopodobnie sekwencją niekodującą D) zróżnicowana w tym samym stopniu E) nie można określić, która rodzina jest bardziej zróżnicowana, a która mniej F) bardziej zróżnicowana (mniej konserwatywna) Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 1

2 9. HCA Plot jest A) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone B) bazą sekwencji białkowych D) programem wyszukującym klastry hydrofobowe w strukturze białek E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne F) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji 10. WebLab Viewer (Viewer Lite) jest A) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji F) bazą sekwencji białkowych 11. Zakres potencjalnie możliwej zmienności mutacyjnej danego aminokwasu A) nie jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu B) może być różny jedynie dla aminokwasów sześciokodonowych C) podlega markowowskim regułom ujętym w macierzach stochastycznych PAM i BLOSUM D) jest zależny od sekwencji wcześniej występującego w tej pozycji kodonu, z którego powstał kodon tego aminokwasu E) może być różny jedynie dla aminokwasów jednokodonowych F) nigdy nie prowadzi do powstania kodonu nonsensownego 12. Oryginalny serwer zawierający pakiet BLAST znajduje się w centrum serwisowym: A) GenomeNet B) EMBNet C) NCBI D) HGC (Human Genome Center) E) EBI F) RCSB 13. Trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami odwołuje się do A) podobieństwa i różnicy we własnościach fizykochemicznych aminokwasów podlegających wzajemnej substytucji w procesie zmienności mutacyjnej B) przemian mutacyjnych w odniesieniu do struktury trzeciorzędowej białka C) statystycznej analizy przemian mutacyjnych kodonów kodujących różne aminokwasy D) kodonów tych aminokwasów E) podobieństwa i różnicy w długości łańcucha i włąściwościach strukturalnych aminokwasów podlegających wzajemnej substytucji w procesie zmienności mutacyjnej F) częstości wzajemnej substytucji aminokwasów opisywanych przez macierze PAM i BLOSUM 14. Podstawowe założenia algorytmu semihomologii genetycznej sprowadzają się do A) zastosowania macierzy kodu genetycznego (GCM) B) macierzy stochastycznych substytucji aminokwasów w pozycjach C) markowowskiego charakteru przemian mutacyjnych w sekwencjach kodujących D) uniwersalnego charakteru kodu genetycznego dla wszystkich organizmów oraz przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest najpowszechniejszym i najczęściej występującym mechanizmem zmienności mutacyjnej E) zastosowania macierzy unitarnej (UM) dla określenia stopnia identyczności między sekwencjami białek F) przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest jedynym istotnym mechanizmem zmienności mutacyjnej w białkach 15. Wartości zerowe występujące w macierzach typu PAM i BLOSUM odnoszą się do A) aminokwasów sześciokodonowych B) zmienności mutacyjnych, które w naturze praktycznie nie występują C) aminokwasów jednokodonowych D) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą z takim samym prawdopodobieństwem niezależnie od kierunku przemiany E) tylko tych zmienności mutacyjnych, które zachodzą zgodnie z modelem przemian markowowskich F) zmienności mutacyjnych zachodzących z częstością odpowiadającą losowemu prawdopodobieństwu ich wystąpienia 16. TrEMBL jest A) bazą białkowych struktur przestrzennych B) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania D) bazą sekwencji białkowych E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji 17. Istotność podobieństwa sekwencji aminokwasowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) identyczne w 50% B) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. C) identyczne w 40% D) identyczne w 25% E) identyczne w 5% F) identyczne w 100% Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 2

3 18. PREDICT7 jest A) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania C) programem służącym do analizy właściwości fizykochemicznych białka oraz przewidywania struktury drugorzędowej D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne E) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji F) bazą sekwencji białkowych 19. Do aminokwasów sześciokodonowych należą A) E i D B) M i W C) G, R i K D) L, I i V E) C, W i P F) L, R i S 20. TreeView jest A) bazą białkowych struktur przestrzennych B) bazą sekwencji białkowych C) programem dopasowującym sekwencje homologiczne D) programem służącym do wizualizacji molekularnych drzew filogenetycznych E) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji F) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania 21. Algorytm semihomologii genetycznej A) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do ich właściwości fizykochemicznych B) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do struktury przestrzennej cząsteczki białkowej C) dokonuje porównania sekwencji nukleotydowych dla fragmentów kodujących w genomie D) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie aminokwasowym E) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym i nukleotydowym (ich genów) jednocześnie F) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie nukleotydowym (ich genów) 22. Dodatkowymi kryteriami oszacowania istotności podobieństwa wyłącznie dla sekwencji aminokwasowych są A) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych B) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji C) długość porównywanych sekwencji oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych D) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz długość porównywanych sekwencji E) relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji F) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych 23. Podstawę algorytmu semihomologii genetycznej stanowi A) macierz BLOSUM B) macierz kodu genetycznego GCM C) macierz unitarna UM D) markowowski model mutacyjnej substytucji aminowkasów w pozycjach E) macierz PAM F) trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami kodowanymi genetycznie 24. DBTSS jest A) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji B) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania D) programem dopasowującym sekwencje homologiczne E) bazą sekwencji białkowych F) bazą białkowych struktur przestrzennych 25. Pierwsza (najprostsza) wersja programu SSSS uwzględnia w obliczeniach następujące kryteria oszacowania istotności podobieństwa: A) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne między pozycjami nieidentycznymi. B) procentowy udział identyczności oraz dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji C) dystrybucję pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji oraz długość porównywanych sekwencji D) wyłącznie procentowy udział identyczności E) wyłącznie dystrybucję identycznych pozycji wzdłuż porównywanych sekwencji F) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji 26. SSSS jest A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji B) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji D) programem służącym do oszacowania istotności obserwowanego stopnia podobieństwa porównywanych sekwencji E) bazą sekwencji białkowych 27. Pedro's Biomolecular Research Tools, to Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 3

4 A) Internetowy zbiór darmowych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki B) Serwis gromadzący najważniejsze biologiczne bazy danych C) Serwis konsultacyjny prowadzony przez zespół specjalistów z zakresu nauk biologicznych D) Międzynarodowe Centrum Badań Genomu Człowieka E) Internetowy zbiór komercyjnych narzędzi z zakresu bioinformatyki, genomiki i proteomiki F) Serwis gromadzący najważniejsze literaturowe bazy danych z zakresu nauk biologicznych 28. Algorytm semihomologii genetycznej korzysta z A) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia B) wartościowania wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach C) wartościowania powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w której występuje. D) wartościowania stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3. E) trójwymiarowego diagramu wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami F) odrębnego wartościowania pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0) 29. Sekwencja konsensusowa jest to A) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie niespokrewnionych ze sobą B) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji C) wynik graficznej interpretacji dot matrix D) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych E) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny F) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę 30. Swiss-Prot jest A) bazą białkowych struktur przestrzennych B) programem dopasowującym sekwencje homologiczne C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji E) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania F) bazą sekwencji białkowych 31. Białka homologiczne, są to: A) Białka o podobnej funkcji biologicznej B) Białka o identycznej sekwencji aminokwasowej C) Białka o podobnej strukturze i funkcji biologicznej D) Różne białka kodowane przez ten sam gen E) Białka wywodzące się filogenetycznie od wspólnego przodka F) Białka o podobnej strukturze 32. Do podstawowych kryteriów oszacowania istotności podobieństwa sekwencji biologicznych należą A) procentowy udział identyczności, długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji B) procentowy udział identyczności oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji C) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji D) procentowy udział identyczności, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji E) długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji F) długość porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji 33. Istotność podobieństwa sekwencji nukleotydowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. B) identyczne w 100% C) identyczne w 40% D) identyczne w 25% E) identyczne w 50% F) identyczne w 5% 34. BLAST jest A) programem dopasowującym sekwencje homologiczne B) bazą białkowych struktur przestrzennych C) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji E) bazą sekwencji białkowych F) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania 35. Największy stopień zróżnicowania w obrębie kodonów synonimowych obserwuje się w przypadku kodonów A) metioniny B) tryptofanu C) seryny D) cysteiny E) leucyny F) argininy Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 4

5 36. Analiza istotności podobieństwa sekwencji uwzględniająca trzy podstawowe kryteria oszacowania pozwala na A) kompletne projektowanie molekuł o zadeklarowanej funkcji biologicznej i specyficzności działania B) przeprowadzenie wirtualnej odwrotnej translacji C) obliczenie dystansów ewolucyjnych miedzy sekwencjami i konstrukcję molekularnych drzew filogenetycznych D) bezpośrednie przewidywanie struktury trzeciorzędowej E) przewidywanie nieodkrytych jeszcze sekwencji, należących do danej rodziny F) bezpośrednie wyjaśnienie mechanizmów różnicowania ewolucyjnego fragmentów nieidentycznych 37. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach porównawczych A) spsobu zwinięcia łańcuchów białkowych na poziomie struktury drugorzędowej B) struktur przestrzennych C) funkcji biologicznych białek D) tempa i zakresu zmienności analizowanych na wielu poziomach organizacji cząsteczki E) chromosomowej lokalizacji genów kodujących porównywane białka F) sekwencji aminokwasowych łańcuchów białkowych 38. Relacje genetyczne porównywanych pozycji nieidentycznych stanowią kryterium oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji aminokwasowych B) sekwencji nukleotydowych C) sekwencji nukleotydowych RNA D) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych E) sekwencji nukleotydowych DNA F) sekwencji nukleotydowych mrna i białek 39. Ponadprzeciętny, wybujały stopień zmienności mutacyjnej obserwowany w niektórych pozycjach białek może być osiągnięty przy udziale A) kodonów aminokwasów sześciokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego B) intensywnego nagromadzenia czynników mutagennych C) procesów pozatranslacyjnych (zachodzących poza rybosomami) D) procesów posttranslacyjnych E) plazmidów F) kodonów aminokwasów jednokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego 40. Algorytm semihomologii genetycznej oparty jest na... A) markowowskim modelu przemian mutacyjnych aminokwasów w białkach B) macierzy stochastycznej PAM substytucji aminokwasów C) trójwymiarowym diagramie relacji genetycznych między aminokwasami D) macierzy stochastycznej BLOSUM substytucji aminokwasów E) danych na temat własności fizyko-chemicznych aminokwasów F) danych statystycznych występowania aminokwasów w poszczególnych typach struktur drugorzędowych 41. Analiza porównawcza nieidentycznych fragmentów jest jednym z kryteriów oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji nukleotydowych DNA B) wyłącznie struktury drugorzędowej kwasów nukleinowych C) sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych D) wyłącznie struktury trzeciorzędowej białek E) sekwencji aminokwasowych F) sekwencji nukleotydowych RNA 42. Wynik analizy porównawczej podobieństwa sekwencji tym bardziej może świadczyć o ich pokrewieństwie, im prawdopodobieństwo uzyskania takiego wyniku jest A) bardziej zróżnicowane w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji B) bardziej jednolite w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji C) wyższe D) to kryterium jest nieistotne w aspekcie oceny istotności podobieństwa sekwencji E) niższe F) bardziej potwierdzane przez wartości zawarte w macierzach PAM lub BLOSUM 43. Metody optymalnego wzajemnego dopasowania dwóch sekwencji w celu dokonania analizy porównawczej kojarzą się z nazwiskami A) Garnier i Robson B) Watson i Crick C) Needleman i Wunsch D) Dayhoff i Eck E) Chou i Fasman F) Michaelis i Menten 44. Mutacje punktowe prowadzące do zmiany aminokwasu w danej pozycji białka na inny... A) są procesem markowowskim z wyjątkiem białek B) są procesem markowowskim tylko dla aminokwasów sześciokodonowych C) są procesem markowowskim z wyjątkiem aminokwasów sześciokodonowych D) są procesem markowowskim tylko w przypadku białek E) nie są procesem markowowskim F) są procesem markowowskim 45. Algorytm MDM opracowany został w celu A) rozpatrywania częstości mutacyjnej zamiany jednego aminokwasu w inny w procesie ewolucji akceptowanym przez dobór naturalny Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 5

6 B) tworzenia bazy struktur białkowych C) przewidywania struktury drugorzędowej białek D) przeprowadzenia wirtualnej odwrotnej translacji na podstawie dopasownych sekwencji aminokwasowych E) analizy interakcji białko-białko F) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową białka kodowanego przez dany gen 46. W macierzach typu PAM i BLOSUM kierunek przemian mutacyjnych prowadzących do substytucji jednego aminokwasu w inny jest A) określony tylko dla aminokwasów sześciokodonowych B) nieokreślony dla wszystkich par aminokwasów C) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem sześciokodonowych D) określony dla wszystkich aminokwasów z wyjątkiem jednokodonowych E) określony dla wszystkich par aminokwasów F) określony tylko dla aminokwasów jednokodonowych 47. Tranzycja jest to... A) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2) B) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną C) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie D) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-pirymidyna) E) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-puryna) F) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden 48. Macierz unitarna (UM - unitary matrix) pozwala oszacować A) częstość akceptowanych mutacji w białkach w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji aminokwasowych B) relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji C) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek D) stopień identyczności optymalnie dopasowanych sekwencji E) parametry struktury drugorzędowej porównywanych białek F) mutacje sprzężone występujące w obrębie białek 49. Liczba elementów (węzłów) w uproszczonym planarnym diagramie relacji genetycznych aminokwasów wynosi A) 12 B) 61 C) 64 D) 10 E) 16 F) Białko uważa się za przynależne do danej rodziny białek jeśli A) wykazuje istotny stopień identyczności przynajmniej z połową białek należących do tej rodziny B) wykazuje istotne podobieństwa w strukturze przestrzennej z innymi białkami tej rodziny C) wykazuje ono co najmniej 80% identyczność z innymi członkami tej rodziny D) wykazuje ono co najmniej 20% identyczność z innymi członkami tej rodziny E) jest ono homologiczne do wszystkich członków tworzących tę grupę F) wykazuje ono co najmniej 50% identyczność z innymi członkami tej rodziny 51. Stopień identyczności porównywanych sekwencji jest to A) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby pozycji nieidentycznych B) parametr określający zbieżność cech fizykochemicznych porównywanych cząsteczek C) parametr określający zbieżność w budowie przestrzennej porównywanych cząsteczek D) względny udział identycznych fragmentów struktury przestrzennej porównywanych cząsteczek E) parametr określajacy podobieństwo funkcjonalne porównywanych biomolekuł F) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby wszystkich porównywanych pozycji 52. Macierze typu BLOSUM stosują A) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach B) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3. C) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0) F) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w której występuje. 53. Macierze z grupy PAM A) opisują relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji B) opisują odległości między kontaktującymi się pozycjami w cząsteczce białkowej C) opisują procentowy udział pozycji identycznych w porównywanych białkach D) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek E) opisują mutacje sprzężone występujące w obrębie białek F) opisują częstość akceptowanych mutacji w białkach w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji aminokwasowych Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 6

7 54. Dot matrix jest to określenie A) graficznej interpretacji wyniku porównania najwyżej dwóch różnych sekwencji B) graficznej interpretacji wyniku porównania wyłącznie dwóch różnych sekwencji C) narzędzia tłumaczącego "język kodu genetycznego" na "język aminokwasowy" D) sposobu określania relacji genetycznych między różnymi aminokwasami występującymi w odpowiadających sobie pozycjach białek E) macierzy o charakterze i przeznaczeniu podobnym do macierzy PAM i BLOSUM F) macierzy opisującej odległości między poszczególnymi aminokwasami w strukturze przestrzennej cząsteczki białkowej 55. Kryterium dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji uwzględniane jest poprzez szczegółową analizę A) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne B) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne C) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne D) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne E) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne F) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne 56. William Pearson jest twórcą A) bazy sekwencji aminokwasowych białek Swiss-Prot występujących w naturze B) pakietu programów BLAST C) serwisu bioinformatycznego NCBI D) bazy struktur białkowych PDB E) programów z grupy FASTA służących do analizy porównawczej sekwencji F) bazy danych genomu człowieka 57. Dwie sekwencje składające się z x i y elementów można wzajemnie dopasować na A) (x+y)! sposobów B) (x+y)*(x-y) sposobów C) x*y sposobów D) x+y-1 sposobów E) x+y sposobów F) x-y sposobów 58. ExPASy jest A) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania C) bazą sekwencji białkowych D) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne F) bazą białkowych struktur przestrzennych 59. Program FASTA służy do A) wykrywania lokalnego podobieństwa porównywanych sekwencji B) przewidywania struktury trzeciorzędowej białek C) przewidywania struktury drugorzędowej białek D) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową E) przeszukiwania strukturalnej bazy danych białek (PDB) F) analizy interakcji białko-białko 60. GEISHA jest A) bazą sekwencji białkowych B) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji D) genomową bazą danych miejsc startowych transkrypcji E) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania 61. Obserwowane podobieństwo porównywanych sekwencji jest tym istotniejsze (mniej przypadkowe) im A) więcej sekwencji wykazuje podobieństwo na podobnym poziomie B) wartość E-value (expect value) jest większa C) wartość E-value (expect value) jest bardziej ujemna D) wyniki zastosowania macierzy PAM bardziej różnią się od wyników zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie porównawczej E) wartość E-value (expect value) jest mniejsza F) wyniki zastosowania macierzy PAM są bliższe wynikom zastosowania macierzy BLOSUM w takiej analizie porównawczej 62. W uproszczonym (planarnym) diagramie relacji genetycznych między aminokwasami A) pomija się znaczenie transwersji w przemianach mutacyjnych na poziomie aminokwasów B) zakłada się kodowanie każdego aminokwasu przez tylko jeden rodzaj kodonu C) zakłada się jednołańcuchową strukturę białek D) zakłada się, że istotne znaczenie w kodowaniu aminokwasów i procesach zmienności mutacyjnej ma tylko druga pozycja kodonu E) ignorowane są aminokwasy jednokodonowe F) pominięte jest znaczenie trzeciej pozycji kodonu w kodowaniu aminokwasu 63. Programy pozwalające na wzajemne dopasowanie sekwencji, to: A) Rasmol i Swiss-Prot Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 7

8 B) Corm i PDB C) Rasmol i WebLab Viewer D) ClustalX i GEISHA E) GEISHA i HCA F) Swiss-Prot I ClustalX 64. Programy z grupy SSSS obliczają stopień istotności podobieństwa porównywanych sekwencji w odniesieniu do A) wartości zawartych w macierzach PAM i BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów B) wartości zawartych w macierzach BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów C) nielosowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji D) relacji genetycznych między pozycjami nieidentycznymi E) wartości zawartych w macierzach PAM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów F) losowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji 65. Programy służące do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł, to: A) Corm i TrEMBL B) GEISHA i HCA C) Rasmol i Swiss-Prot D) ClustalX i GEISHA E) Swiss-Prot i ClustalX F) Rasmol i WebLab Viewer 66. Do biologicznych baz danych należą: A) Corm, PDB i TrEMBL B) Rasmol, Swiss-Prot i PDB C) PDB, Swiss-Prot i DBTSS D) TrEMBL, BLAST i Swiss-Prot E) BLAST, ExPASy i PDB F) DBTSS, TrEMBL i ExPASy 67. Prawdopodobieństwo losowego wystąpienia danego stopnia identyczności (Pan) w funkcji długości porównywanych sekwencji (n) jest A) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji aminokwasowych B) liniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) C) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji nukleotydowych D) nieliniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) E) liniowo zależne w normalnej skali (Pan; n) F) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) 68. Accelrys i Tripos to nazwy A) strukturalnych baz danych B) komercyjnych firm oferujących oprogramowanie do analizy strukturalnej i modelowania struktur białkowych C) genomowych baz danych D) serwisów darmowego oprogramowania bioinformatycznego E) baz danych sekwencji białkowych F) programów służących do analizy teoretycznej biomolekuł 69. Macierze typu PAM stosują A) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami B) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3. C) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach D) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia E) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0) F) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w której występuje. 70. Informacja genetyczna o obsadzeniu danej pozycji sekwencji białkowej w przeszłości A) może dotyczyć nawet 2/3 całej informacji zawartej w kodonie B) jest całkowicie usuwana po 3 przemianach mutacyjnych typu tranzycji/transwersji C) nie ma znaczenia dla prawdopodobieństwa wystąpienia dalszych przemian mutacyjnych D) jest całkowicie usuwana po 1 przemianie mutacyjnej typu tranzycji/transwersji E) dotyczy najwyżej 1/3 całej informacji zawartej w kodonie F) opisana jest w macierzach stochastycznych typu PAM i BLOSUM 71. Algorytm semihomologii genetycznej A) stosuje model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek B) opiera się na macierzy unitarnej (UM) w ocenie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji C) jest typowym algorytmem statystycznym D) pomija model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek E) odwołuje się do struktury przestrzennej białek w analizie ich przemian ewolucyjnych F) stosuje macierz PAM do interpretowania ewolucyjnych przemian białek 72. Dany stopień (procent) identyczności porównywanych sekwencji jest tym istotniejszy im sekwencje są A) liczniejsze B) dłuższe C) krótsze Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 8

9 D) mniej zróżnicowane E) mniej liczne F) bardziej zróżnicowane 73. Rasmol jest A) bazą sekwencji białkowych B) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji D) programem do wizualizacji struktur przestrzennych biomolekuł E) programem dopasowującym sekwencje homologiczne F) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania 74. Antheprot jest A) bazą białkowych struktur przestrzennych B) programem służącym m.in. do przewidywania struktury drugorzędowej białek C) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania D) bazą sekwencji białkowych E) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone 75. Wirtualna odwrotna translacja jest to A) teoretyczne przewidywanie biosyntezy białka, w którym aminokwasy sześciokodonowe zastąpione są przez aminokwasy jednokodonowe B) teoretyczny model innego sposobu odczytywania kodu genetycznego polegający na odwróceniu kolejności pozycji w kodonie C) teoretyczny model translacji przebiegającej w kierunku od C-końca do N-końca łańcucha białkowego D) proces odtwarzania właściwej sekwencji nukleotydowej genu oparty na analizie relacji genetycznych między aminokwasami zajmujacymi odpowiadające sobie pozycje w sekwencjach białek E) nieistniejący w naturze proces translacji oparty odczytywaniu informacji genetycznej poza otwartą ramką odczytu F) teoretyczny opis procesu pozarybosomowych przemian sekwencji białkowych 76. Macierz unitarna (UM) stosuje A) wartościowanie stopnia identyczności porównywanych kodonów w skali od 0 do 3. B) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do stopnia C) wartościowanie powtarzalności występowania danego aminokwasu w odniesieniu do rodzaju struktury drugorzędowej, w której występuje. D) trójwymiarowy diagram wszystkich możliwych relacji genetycznych między aminokwasami E) wartościowanie wzajemnej substytucji aminokwasów w oparciu o obserwowaną częstość takiej substytucji w pozycjach F) odrębne wartościowanie pozycji identycznych (1) i nieidentycznych (0) 77. Algorytm semihomologii genetycznej uwzględnia A) rozmiary łańcucha bocznego aminokwasów B) udział aminokwasów w stabilizacji struktury trzeciorzędowej C) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej i trzeciorzędowej D) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej E) właściwości fizykochemiczne aminokwasów F) przemiany kodonów aminokwasowych na drodze pojednynczej tranzycji lyb transwersji 78. Corm jest A) pakietem programów dostępnych on-line, służących do wyszukiwania i analizy porównawczej sekwencji B) internetowym serwisem bioinformatycznych zasobów, baz danych i oprogramowania C) programem wyszukującym i analizującym mutacje sprzężone D) bazą białkowych struktur przestrzennych E) bazą sekwencji białkowych Generator testów Bioinformatyka_zdalne wer / 0 Strona: 9

Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1

Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1 Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach

Bardziej szczegółowo

Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1

Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1 Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),

Bardziej szczegółowo

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 2: Metody dopasowywania sekwencji Wydział Informatyki PB Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Dopasowywanie (przyrównywanie) sekwencji polega

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury

Bardziej szczegółowo

Geny i działania na nich

Geny i działania na nich Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UM http://www.amu.edu.pl/~ewas lgorytmy macierze punktowe (DotPlot) programowanie dynamiczne metody heurystyczne

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem

Bardziej szczegółowo

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:

Bardziej szczegółowo

Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej

Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej Zajęcia terenowe: Zajęcia w klasie: Poziom nauczania oraz odniesienie do podstawy programowej: Liceum IV etap edukacyjny zakres rozszerzony: Różnorodność

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski Genomika Porównawcza Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski 1 Plan prezentacji 1. Rodzaje i budowa drzew filogenetycznych 2. Metody ukorzeniania drzewa

Bardziej szczegółowo

Przyrównywanie sekwencji

Przyrównywanie sekwencji Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Przyrównywanie sekwencji 1. Porównywanie sekwencji wprowadzenie Sekwencje porównujemy po to, aby

Bardziej szczegółowo

WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ

WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?

Bardziej szczegółowo

MACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka

MACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka MAIERZE MUTAYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka Zadaniem FILOGENETYKI jest : zrekonstruowanie ewolucyjnej historii wszystkich organizmów odkrycie przodka

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Materiał genetyczny Materiałem genetycznym są kwasy nukleinowe Materiałem genetycznym organizmów komórkowych jest kwas deoksyrybonukleinowy

Bardziej szczegółowo

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do bioinformatyki

Wprowadzenie do bioinformatyki Metody bioinformatyki Wprowadzenie do bioinformatyki prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest bioinformatyka Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych

Bardziej szczegółowo

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność Wersja 1.05 Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 3: Wyszukiwanie w bazach sekwencji Przewidywanie genów Wydział Informatyki PB Marek Krętowski pokój 206 e-mail: m.kretowski@pb.edu.pl http://aragorn.pb.bialystok.pl/~mkret

Bardziej szczegółowo

Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym

Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Podstawy ewolucji molekulanej Jak ewoluują sekwencje Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na

Bardziej szczegółowo

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,

Bardziej szczegółowo

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia

Bardziej szczegółowo

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr

Bardziej szczegółowo

Statystyczna analiza danych

Statystyczna analiza danych Statystyczna analiza danych ukryte modele Markowa, zastosowania Anna Gambin Instytut Informatyki Uniwersytet Warszawski plan na dziś Ukryte modele Markowa w praktyce modelowania rodzin białek multiuliniowienia

Bardziej szczegółowo

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne)

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Joanna Wieczorek Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Strona 1 Temat: Budowa i funkcje kwasów nukleinowych Cel ogólny lekcji: Poznanie budowy i funkcji: DNA i RNA Cele szczegółowe:

Bardziej szczegółowo

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii

Bardziej szczegółowo

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność

Bardziej szczegółowo

Motywy i podobieństwo

Motywy i podobieństwo Motywy i podobieństwo Całość funkcja Modularna budowa białek Elementy składowe czyli miejsca wiązania, domeny 1 Motywy Motyw jest opisem określonej części trójwymiarowej struktury zawierającym charakterystyczny

Bardziej szczegółowo

Generator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1

Generator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1 Przedmiot: Biochemia Nazwa testu: Biochemia wer. 1.0.5 Nr testu 14883078 Klasa: zaoczni_2007 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) G, P oraz S B) L,

Bardziej szczegółowo

Analizy filogenetyczne

Analizy filogenetyczne BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 6 Analizy filogenetyczne dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Cele i zastosowania 2. Podstawy ewolucyjne

Bardziej szczegółowo

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka

Bardziej szczegółowo

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA AMFETAMINY Waldemar S. Krawczyk Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Komendy Głównej Policji, Warszawa (praca obroniona na Wydziale Chemii Uniwersytetu

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Wykład 14 Biosynteza białek

Wykład 14 Biosynteza białek BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH

Bardziej szczegółowo

Dopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010)

Dopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Przedmowa...................................................... 1 1. Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych...........................

Bardziej szczegółowo

Metodologia badań psychologicznych. Wykład 12. Korelacje

Metodologia badań psychologicznych. Wykład 12. Korelacje Metodologia badań psychologicznych Lucyna Golińska SPOŁECZNA AKADEMIA NAUK Wykład 12. Korelacje Korelacja Korelacja występuje wtedy gdy dwie różne miary dotyczące tych samych osób, zdarzeń lub obiektów

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej.

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Wprowadzenie DNA i białka W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Białka: łańcuchy złożone z aminokwasów (kilkadziesiąt kilkadziesiąt

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia

Bardziej szczegółowo

Zadania maturalne z biologii - 2

Zadania maturalne z biologii - 2 Koło Biologiczne Liceum Ogólnokształcące nr II w Gliwicach 2015-2016 Zadania maturalne z biologii - 2 Zadania: Zad. 1(M. Borowiecki, J. Błaszczak 3BL) Na podstawie podanych schematów określ sposób w jaki

Bardziej szczegółowo

Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności. dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl

Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności. dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl Statystyczna teoria korelacji i regresji (1) Jest to dział statystyki zajmujący

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyczne bazy danych

Bioinformatyczne bazy danych Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa

Bardziej szczegółowo

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników

Bardziej szczegółowo

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier. ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie

Bardziej szczegółowo

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania

Bardziej szczegółowo

Urszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r.

Urszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r. Ćwiczenie 1 1 Wstęp Rozważając możliwe powiązania filogenetyczne gatunków, systematyka porównuje dane molekularne. Najskuteczniejszym sposobem badania i weryfikacji różnych hipotez filogenetycznych jest

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Zarys biologii molekularnej genu Podstawowe procesy genetyczne Replikacja powielanie informacji Ekspresja wyrażanie (realizowanie funkcji)

Bardziej szczegółowo

dopasowanie sekwencji Porównywanie sekwencji Etapy dopasowywania sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia

dopasowanie sekwencji Porównywanie sekwencji Etapy dopasowywania sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia Porównywanie sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia dopasowanie sekwencji Dopasowanie/porównywanie Uliniowienie Alignment W bioinformatyce, dopasowanie sekwencji jest sposobem dopasowania struktur

Bardziej szczegółowo

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67

Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67 Spis treści 5 Budowa kwasów nukleinowych... 68 5.1 Nukleotydy... 68 5.2 Łaocuch polinukleotydowy... 71 5.3 Nić komplementarna... 71 6 Centralny dogmat Biologii Molekularnej... 74 7 Przepływ informacji

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania

Bardziej szczegółowo

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A... 1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia niestacjonarne

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia niestacjonarne Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki, pojęć

Bardziej szczegółowo

Dopasowanie par sekwencji

Dopasowanie par sekwencji BIOINFORMTYK edycja 2016 / 2017 wykład 3 Dopasowanie par sekwencji dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Idea i cele dopasowania sekwencji 2. Definicje

Bardziej szczegółowo

SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO

SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO. Rzeczywistość (istniejąca lub projektowana).. Model fizyczny. 3. Model matematyczny (optymalizacyjny): a. Zmienne projektowania

Bardziej szczegółowo

Wyróżniamy dwa typy zadań projektowych.

Wyróżniamy dwa typy zadań projektowych. Obowiązkowymi do zaliczenia projektu jest realizacja 2-3 zadań programistycznych. Zadania realizowane są w grupach 2-3 osobowych (zależnie od stopnia trudności zadania i liczebności całej klasy laboratoryjnej).

Bardziej szczegółowo

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka Wykład 9 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Konsekwencje zestawieo wielu sekwencji - rodziny białkowe, domeny, motywy i wzorce 2 Bioinformatyka,

Bardziej szczegółowo

Teoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.

Teoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Ewolucja Znaczenie ogólne: zmiany zachodzące stopniowo w czasie W biologii ewolucja biologiczna W astronomii i kosmologii ewolucja gwiazd i wszechświata

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu

Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu Bioinformatyka 2 (BT172) Wykład 1 Struktura i organizacja kursu dr Krzysztof Murzyn adiunkt w Zakładzie Biofizyki WBtUJ pok. B028, tel. 664-6379 10.X.2005 PODSTAWOWE INFORMACJE 9 godz. wykładów (45 min,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 9

Bioinformatyka wykład 9 Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN

Bardziej szczegółowo

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia stacjonarne i niestacjonarne

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia stacjonarne i niestacjonarne Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia stacjonarne i niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki,

Bardziej szczegółowo

... Zadanie 7 (2 pkt.). Antykodon wskazuje strzałka oznaczona literą... Opisz funkcję pełnioną przez antykodon w trna.

... Zadanie 7 (2 pkt.). Antykodon wskazuje strzałka oznaczona literą... Opisz funkcję pełnioną przez antykodon w trna. Zadanie 1. (2 pkt.) W tabeli przedstawiono kodony kodu genetycznego. Poniżej przedstawiono dwie sekwencje nukleotydów w mrna. Ustal czy koduja takie same czy inne odcinki polipeptydów. Uzasadnij jednym

Bardziej szczegółowo

Filogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik

Filogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik Filogenetyka molekularna I Krzysztof Spalik Literatura Krzysztof Spalik, Marcin Piwczyński (2009), Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych, Kosmos 58(3-4): 485-498

Bardziej szczegółowo

Przedmiotowe zasady oceniania:

Przedmiotowe zasady oceniania: Przedmiotowe zasady oceniania: Przedmiotowe Zasady Oceniania z biologii obowiązujący w roku szkolnym 2012/13 r. w VIII LO realizowany przez nauczycieli przedmiotu Justynę Baranowską, Mirosławę Drażniuk,

Bardziej szczegółowo

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego

Bardziej szczegółowo

Geny, a funkcjonowanie organizmu

Geny, a funkcjonowanie organizmu Geny, a funkcjonowanie organizmu Wprowadzenie do genów letalnych Geny kodują Białka Kwasy rybonukleinowe 1 Geny Występują zwykle w 2 kopiach Kopia pochodząca od matki Kopia pochodząca od ojca Ekspresji

Bardziej szczegółowo

Testy nieparametryczne

Testy nieparametryczne Testy nieparametryczne Testy nieparametryczne możemy stosować, gdy nie są spełnione założenia wymagane dla testów parametrycznych. Stosujemy je również, gdy dane można uporządkować według określonych kryteriów

Bardziej szczegółowo

Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni

Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii

Bardziej szczegółowo

GENETYCZNE PODSTAWY ZMIENNOŚCI ORGANIZMÓW ZASADY DZIEDZICZENIA CECH PODSTAWY GENETYKI POPULACYJNEJ

GENETYCZNE PODSTAWY ZMIENNOŚCI ORGANIZMÓW ZASADY DZIEDZICZENIA CECH PODSTAWY GENETYKI POPULACYJNEJ GENETYCZNE PODSTAWY ZMIENNOŚCI ORGANIZMÓW ZASADY DZIEDZICZENIA CECH PODSTAWY GENETYKI POPULACYJNEJ ZMIENNOŚĆ - występowanie dziedzicznych i niedziedzicznych różnic między osobnikami należącymi do tej samej

Bardziej szczegółowo

Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi.

Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi. Ryciny 193 Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi. Na fioletowo zaznaczone zostały populacje (nr 1 14)

Bardziej szczegółowo

KORELACJE I REGRESJA LINIOWA

KORELACJE I REGRESJA LINIOWA KORELACJE I REGRESJA LINIOWA Korelacje i regresja liniowa Analiza korelacji: Badanie, czy pomiędzy dwoma zmiennymi istnieje zależność Obie analizy się wzajemnie przeplatają Analiza regresji: Opisanie modelem

Bardziej szczegółowo

WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP

WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka

Bardziej szczegółowo