Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1"

Transkrypt

1 Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach porównawczych A) chromosomowej lokalizacji genów kodujących porównywane białka B) funkcji biologicznych białek C) struktur przestrzennych D) spsobu zwinięcia łańcuchów białkowych na poziomie struktury drugorzędowej E) sekwencji łańcuchów białkowych F) tempa i zakresu zmienności analizowanych na wielu poziomach organizacji cząsteczki 2. Stopień identyczności porównywanych sekwencji jest to A) względny udział identycznych fragmentów struktury przestrzennej porównywanych cząsteczek B) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby wszystkich porównywanych pozycji C) parametr określający zbieżność cech fizykochemicznych porównywanych cząsteczek D) parametr określajacy podobieństwo funkcjonalne porównywanych biomolekuł E) parametr określający zbieżność w budowie przestrzennej porównywanych cząsteczek F) stosunek liczby pozycji identycznych do liczby pozycji nieidentycznych 3. Programy z grupy SSSS obliczają stopień istotności podobieństwa porównywanych sekwencji w odniesieniu do A) wartości zawartych w macierzach BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów B) losowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji C) nielosowego prawdopodobieństwa wystąpienia takich sekwencji D) wartości zawartych w macierzach PAM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów E) wartości zawartych w macierzach PAM i BLOSUM opisujących obserwowane częstości substytucji aminokwasów F) relacji genetycznych między pozycjami nieidentycznymi 4. Macierze z grupy PAM A) opisują relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych B) opisują odległości między kontaktującymi się pozycjami w cząsteczce białkowej C) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych D) opisują procentowy udział pozycji identycznych w porównywanych białkach homologicznych E) opisują częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji F) opisują mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych 5. Białko uważa się za przynależne do danej rodziny białek jeśli A) wykazuje ono co najmniej 20% identyczność z innymi członkami tej rodziny B) jest ono homologiczne do wszystkich członków tworzących tę grupę C) wykazuje istotne podobieństwa w strukturze przestrzennej z innymi białkami tej rodziny D) wykazuje istotny stopień identyczności przynajmniej z połową białek należących do tej rodziny E) wykazuje ono co najmniej 50% identyczność z innymi członkami tej rodziny F) wykazuje ono co najmniej 80% identyczność z innymi członkami tej rodziny 6. Analiza porównawcza nieidentycznych fragmentów jest jednym z kryteriów oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji nukleotydowych RNA B) wyłącznie struktury drugorzędowej kwasów nukleinowych C) wyłącznie struktury trzeciorzędowej białek D) sekwencji nukleotydowych DNA E) sekwencji F) sekwencji i nukleotydowych 7. Algorytm semihomologii genetycznej A) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym i nukleotydowym (ich genów) jednocześnie B) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do struktury przestrzennej cząsteczki białkowej C) dokonuje porównania sekwencji białkowych na poziomie aminokwasowym w odniesieniu do ich właściwości fizykochemicznych D) dokonuje porównania sekwencji nukleotydowych dla fragmentów kodujących w genomie E) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie nukleotydowym (ich genów) F) dokonuje porównania sekwencji białkowych wyłącznie na poziomie aminokwasowym 8. Program FASTA służy do A) przewidywania struktury drugorzędowej białek B) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową C) przeszukiwania strukturalnej bazy danych białek (PDB) D) wykrywania lokalnego podobieństwa porównywanych sekwencji E) przewidywania struktury trzeciorzędowej białek F) analizy interakcji białko-białko 9. Tranzycja jest to... A) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną B) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-puryna) Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1

2 C) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden D) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2) E) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-pirymidyna) F) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie 10. Największy stopień zróżnicowania w obrębie kodonów synonimowych obserwuje się w przypadku kodonów A) metioniny B) tryptofanu C) seryny D) cysteiny E) argininy F) leucyny 11. Dot matrix jest to określenie A) macierzy o charakterze i przeznaczeniu podobnym do macierzy PAM i BLOSUM B) graficznej interpretacji wyniku porównania najwyżej dwóch różnych sekwencji C) graficznej interpretacji wyniku porównania wyłącznie dwóch różnych sekwencji D) macierzy opisującej odległości między poszczególnymi aminokwasami w strukturze przestrzennej cząsteczki białkowej E) sposobu określania relacji genetycznych między różnymi aminokwasami występującymi w odpowiadających sobie pozycjach białek homologicznych F) narzędzia tłumaczącego "język kodu genetycznego" na "język aminokwasowy" 12. W uproszczonym (planarnym) diagramie relacji genetycznych między aminokwasami A) zakłada się, że istotne znaczenie w kodowaniu aminokwasów i procesach zmienności mutacyjnej ma tylko druga pozycja kodonu B) pomija się znaczenie transwersji w przemianach mutacyjnych na poziomie aminokwasów C) zakłada się jednołańcuchową strukturę białek D) pominięte jest znaczenie trzeciej pozycji kodonu w kodowaniu aminokwasu E) ignorowane są aminokwasy jednokodonowe F) zakłada się kodowanie każdego aminokwasu przez tylko jeden rodzaj kodonu 13. Metody optymalnego wzajemnego dopasowania dwóch sekwencji w celu dokonania analizy porównawczej kojarzą się z nazwiskamigarnier i Robson A) Garnier i Robson B) Needleman i Wunsch C) Watson i Crick D) Dayhoff i Eck E) Michaelis i Menten F) Chou i Fasman 14. Prawdopodobieństwo losowego wystąpienia danego stopnia identyczności (Pan) w funkcji długości porównywanych sekwencji (n) jest A) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) B) liniowo zależne w normalnej skali (Pan; n) C) liniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) D) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji nukleotydowych E) liniowo zależne w skali logarytmicznej (log(pan); log(n)) tylko dla sekwencji F) nieliniowo zależne w skali półlogarytmicznej (log(pan); n) 15. Sekwencja konsensusowa jest to A) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę B) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie niespokrewnionych ze sobą C) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny D) wynik graficznej interpretacji dot matrix E) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych F) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych 16. Algorytm semihomologii genetycznej uwzględnia A) udział aminokwasów w stabilizacji struktury trzeciorzędowej B) właściwości fizykochemiczne aminokwasów C) przemiany kodonów na drodze pojednynczej tranzycji lyb transwersji D) rozmiary łańcucha bocznego aminokwasów E) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej F) udział aminokwasów w stabilizacji struktury drugorzędowej i trzeciorzędowej 17. Wynik analizy porównawczej podobieństwa sekwencji tym bardziej może świadczyć o ich pokrewieństwie, im prawdopodobieństwo uzyskania takiego wyniku jest A) bardziej potwierdzane przez wartości zawarte w macierzach PAM lub BLOSUM B) to kryterium jest nieistotne w aspekcie oceny istotności podobieństwa sekwencji C) niższe D) wyższe E) bardziej zróżnicowane w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji F) bardziej jednolite w obrębie całej analizowanej rodziny sekwencji 18. Do aminokwasów sześciokodonowych należą A) L, R i S Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 2

3 B) G, R i K C) C, W i P D) L, I i V E) E i D F) M i W 19. Istotność podobieństwa sekwencji nukleotydowych nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. B) identyczne w 50% C) identyczne w 40% D) identyczne w 25% E) identyczne w 100% F) identyczne w 5% 20. Podstawę algorytmu semihomologii genetycznej stanowi A) macierz kodu genetycznego GCM B) markowowski model mutacyjnej substytucji aminowkasów w pozycjach homologicznych C) macierz BLOSUM D) macierz unitarna UM E) macierz PAM F) trójwymiarowy diagram relacji genetycznych między aminokwasami kodowanymi genetycznie 21. Dodatkowymi kryteriami oszacowania istotności podobieństwa wyłącznie dla sekwencji są A) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych B) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz długość porównywanych sekwencji C) procentowy udział identyczności oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych D) rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji E) relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji F) długość porównywanych sekwencji oraz relacje genetyczne/strukturalne/fizykochemiczne pozycji nieidentycznych 22. Kryterium dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji uwzględniane jest poprzez szczegółową analizę A) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne B) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne C) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne D) wszystkich zachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne E) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 4 pozycji, z których co najmniej 3 pozycje są identyczne F) wszystkich niezachodzących na siebie odcinków obejmujących 6 pozycji, z których co najmniej 4 pozycje są identyczne 23. Do podstawowych kryteriów oszacowania istotności podobieństwa sekwencji biologicznych należą A) procentowy udział identyczności, długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji B) długość porównywanych sekwencji, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji C) procentowy udział identyczności oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji D) długość porównywanych sekwencji oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji E) procentowy udział identyczności oraz długość porównywanych sekwencji F) procentowy udział identyczności, rodzaj aminokwasów zajmujących pozycje identyczne oraz dystrybucja pozycji identycznych wzdłuż sekwencji 24. Algorytm semihomologii genetycznej A) jest typowym algorytmem statystycznym B) opiera się na macierzy unitarnej (UM) w ocenie istotności podobieństwa porównywanych sekwencji C) odwołuje się do struktury przestrzennej białek w analizie ich przemian ewolucyjnych D) pomija model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek E) stosuje model Markowa w interpretowaniu ewolucyjnych przemian białek F) stosuje macierz PAM do interpretowania ewolucyjnych przemian białek 25. Algorytm MDM opracowany został w celu A) tworzenia bazy struktur białkowych B) tłumaczenia kodu genetycznego na sekwencję aminokwasową białka kodowanego przez dany gen C) przeprowadzenia wirtualnej odwrotnej translacji na podstawie dopasownych homologicznych sekwencji D) analizy interakcji białko-białko E) rozpatrywania częstości mutacyjnej zamiany jednego aminokwasu w inny w procesie ewolucji akceptowanym przez dobór naturalny F) przewidywania struktury drugorzędowej białek 26. Liczba elementów (węzłów) w uproszczonym planarnym diagramie relacji genetycznych aminokwasów wynosi A) 64 B) 20 C) 12 D) 16 E) 61 F) 10 Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 3

4 27. Wirtualna odwrotna translacja jest to A) proces odtwarzania właściwej sekwencji nukleotydowej genu oparty na analizie relacji genetycznych między aminokwasami zajmujacymi odpowiadające sobie pozycje w sekwencjach białek homologicznych B) teoretyczny model innego sposobu odczytywania kodu genetycznego polegający na odwróceniu kolejności pozycji w kodonie C) nieistniejący w naturze proces translacji oparty odczytywaniu informacji genetycznej poza otwartą ramką odczytu D) teoretyczny opis procesu pozarybosomowych przemian sekwencji białkowych E) teoretyczny model translacji przebiegającej w kierunku od C-końca do N-końca łańcucha białkowego F) teoretyczne przewidywanie biosyntezy białka, w którym aminokwasy sześciokodonowe zastąpione są przez aminokwasy jednokodonowe 28. Macierz GCM (Gemetic Code Matrix) określa stopień identyczności porównywanych kodonów stosując skalę wartości A) odpowiadającą częstości podobieństwa występującej dla danej pary kodonów B) ujemnych, dodatnich oraz wartość 0 C) od 1 do +3 D) od 0 do +3 E) od 0 do +2 F) 0 lub Istotność podobieństwa sekwencji nie zależy od długości porównywanych sekwencji jedynie wtedy, gdy są one A) identyczne w 25% B) identyczne w 5% C) identyczne w 50% D) identyczne w 100% E) nie ma takiego przypadku, istotność podobieństwa jest zawsze zależna od długości porównywanych sekwencji. F) identyczne w 40% 30. Ponadprzeciętny, wybujały stopień zmienności mutacyjnej obserwowany w niektórych pozycjach białek homologicznych może być osiągnięty przy udziale A) intensywnego nagromadzenia czynników mutagennych B) kodonów aminokwasów jednokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego C) plazmidów D) procesów pozatranslacyjnych (zachodzących poza rybosomami) E) procesów posttranslacyjnych F) kodonów aminokwasów sześciokodonowych niepodlegających procesowi doboru naturalnego 31. Podstawowe założenia algorytmu semihomologii genetycznej sprowadzają się do A) uniwersalnego charakteru kodu genetycznego dla wszystkich organizmów oraz przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest najpowszechniejszym i najczęściej występującym mechanizmem zmienności mutacyjnej B) macierzy stochastycznych substytucji aminokwasów w pozycjach homologicznych C) zastosowania macierzy kodu genetycznego (GCM) D) markowowskiego charakteru przemian mutacyjnych w sekwencjach kodujących E) przyjęcia, że pojedyncza tranzycja/translacja jest jedynym istotnym mechanizmem zmienności mutacyjnej w białkach homologicznych F) zastosowania macierzy unitarnej (UM) dla określenia stopnia identyczności między sekwencjami białek homologicznych 32. William Pearson jest twórcą A) pakietu programów BLAST B) programów z grupy FASTA służących do analizy porównawczej sekwencji homologicznych C) bazy struktur białkowych PDB D) serwisu bioinformatycznego NCBI E) bazy sekwencji białek Swiss-Prot występujących w naturze F) bazy danych genomu człowieka 33. Analiza istotności podobieństwa sekwencji uwzględniająca trzy podstawowe kryteria oszacowania pozwala na A) przeprowadzenie wirtualnej odwrotnej translacji B) bezpośrednie przewidywanie struktury trzeciorzędowej C) bezpośrednie wyjaśnienie mechanizmów różnicowania ewolucyjnego fragmentów nieidentycznych D) przewidywanie nieodkrytych jeszcze sekwencji, należących do danej rodziny E) obliczenie dystansów ewolucyjnych miedzy sekwencjami i konstrukcję molekularnych drzew filogenetycznych F) kompletne projektowanie molekuł o zadeklarowanej funkcji biologicznej i specyficzności działania 34. Sekwencja konsensusowa jest to A) jedna z sekwencji danej rodziny homologicznej wybrana jako wzorcowy przedstawiciel tej rodziny B) nieistniejąca w naturze sekwencja definiująca daną rodzinę sekwencji homologicznych C) sekwencja posiadająca cechy wspólne dla dwóch lub więcej odrębnych rodzin sekwencji, często zupełnie niespokrewnionych ze sobą D) sekwencja aminokwasowa białka wraz z opisem występującej w niej topologii mostków disiarczkowych E) wynik graficznej interpretacji dot matrix F) sekwencja nukleotydowa kodująca białko konsensazę 35. Relacje genetyczne porównywanych pozycji nieidentycznych stanowią kryterium oszacowania istotności podobieństwa A) sekwencji B) sekwencji nukleotydowych RNA C) sekwencji nukleotydowych DNA D) sekwencji nukleotydowych E) sekwencji i nukleotydowych Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 4

5 F) sekwencji nukleotydowych mrna i białek 36. Dwie sekwencje składające się z x i y elementów można wzajemnie dopasować na A) x+y sposobów B) (x+y)! sposobów C) (x+y)*(x-y) sposobów D) x*y sposobów E) x-y sposobów F) x+y-1 sposobów 37. Macierz unitarna (UM - unitary matrix) pozwala oszacować A) relacje genetyczne między aminokwasami odpowiadających sobie pozycji homologicznych B) mutacje sprzężone występujące w obrębie białek homologicznych C) stopień identyczności optymalnie dopasowanych sekwencji D) częstość akceptowanych mutacji w białkach homologicznych w przeliczeniu na odcinego o długości 100 pozycji E) opisują charakter hydrofobowy/hydrofilny dopasowanych pozycji białek homologicznych F) parametry struktury drugorzędowej porównywanych białek 38. Dany stopień (procent) identyczności porównywanych sekwencji jest tym istotniejszy im sekwencje są A) mniej liczne B) liczniejsze C) krótsze D) dłuższe E) mniej zróżnicowane F) bardziej zróżnicowane 39. Termin "homologiczny" odnosi się np. do dwóch sekwencji, które A) kodowane są przez ten sam gen B) są identyczne przynajmniej w 25% C) są identyczne przynajmniej w 50% D) są sekwencjami białek o tej samej funkcji biologicznej E) wykazują istotne podobieństwo na poziomie struktury pierwszorzędowej i przestrzennej F) wywodzą się od wspólnego przodka 40. Białka homologiczne, są to: A) Białka o podobnej strukturze B) Białka wywodzące się filogenetycznie od wspólnego przodka C) Białka o identycznej sekwencji aminokwasowej D) Białka o podobnej funkcji biologicznej E) Białka o podobnej strukturze i funkcji biologicznej F) Różne białka kodowane przez ten sam gen Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 5

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1 Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...

Bardziej szczegółowo

Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1

Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1 Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

Geny i działania na nich

Geny i działania na nich Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których

Bardziej szczegółowo

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),

Bardziej szczegółowo

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 2: Metody dopasowywania sekwencji Wydział Informatyki PB Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Dopasowywanie (przyrównywanie) sekwencji polega

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

MACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka

MACIERZE MUTACYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka MAIERZE MUTAYJNE W ANALIZIE GENOMÓW czy możliwa jest rekonstrukcja filogenetyczna? Aleksandra Nowicka Zadaniem FILOGENETYKI jest : zrekonstruowanie ewolucyjnej historii wszystkich organizmów odkrycie przodka

Bardziej szczegółowo

WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ

WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ WPROWADZENIE DO GENETYKI MOLEKULARNEJ Replikacja organizacja widełek replikacyjnych Transkrypcja i biosynteza białek Operon regulacja ekspresji genów Prowadzący wykład: prof. dr hab. Jarosław Burczyk REPLIKACJA

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne)

Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Joanna Wieczorek Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Strona 1 Temat: Budowa i funkcje kwasów nukleinowych Cel ogólny lekcji: Poznanie budowy i funkcji: DNA i RNA Cele szczegółowe:

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Bioinformatyka. (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 5. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UM http://www.amu.edu.pl/~ewas lgorytmy macierze punktowe (DotPlot) programowanie dynamiczne metody heurystyczne

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Materiał genetyczny Materiałem genetycznym są kwasy nukleinowe Materiałem genetycznym organizmów komórkowych jest kwas deoksyrybonukleinowy

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?

Bardziej szczegółowo

Generator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1

Generator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1 Przedmiot: Biochemia Nazwa testu: Biochemia wer. 1.0.5 Nr testu 14883078 Klasa: zaoczni_2007 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) G, P oraz S B) L,

Bardziej szczegółowo

Przyrównywanie sekwencji

Przyrównywanie sekwencji Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Przyrównywanie sekwencji 1. Porównywanie sekwencji wprowadzenie Sekwencje porównujemy po to, aby

Bardziej szczegółowo

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:

Bardziej szczegółowo

Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej

Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej Mutacje jako źródło różnorodności wewnątrzgatunkowej Zajęcia terenowe: Zajęcia w klasie: Poziom nauczania oraz odniesienie do podstawy programowej: Liceum IV etap edukacyjny zakres rozszerzony: Różnorodność

Bardziej szczegółowo

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz

Zaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

Analizy filogenetyczne

Analizy filogenetyczne BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 6 Analizy filogenetyczne dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Cele i zastosowania 2. Podstawy ewolucyjne

Bardziej szczegółowo

Dopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010)

Dopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie

Bardziej szczegółowo

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych

Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać

Bardziej szczegółowo

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka

Bardziej szczegółowo

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność

Bardziej szczegółowo

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność Wersja 1.05 Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 3: Wyszukiwanie w bazach sekwencji Przewidywanie genów Wydział Informatyki PB Marek Krętowski pokój 206 e-mail: m.kretowski@pb.edu.pl http://aragorn.pb.bialystok.pl/~mkret

Bardziej szczegółowo

Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym

Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Badanie doboru naturalnego na poziomie molekularnym Podstawy ewolucji molekulanej Jak ewoluują sekwencje Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na

Bardziej szczegółowo

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski

Genomika Porównawcza. Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski Genomika Porównawcza Agnieszka Rakowska Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej Uniwersytet Jagiellooski 1 Plan prezentacji 1. Rodzaje i budowa drzew filogenetycznych 2. Metody ukorzeniania drzewa

Bardziej szczegółowo

Zadania maturalne z biologii - 2

Zadania maturalne z biologii - 2 Koło Biologiczne Liceum Ogólnokształcące nr II w Gliwicach 2015-2016 Zadania maturalne z biologii - 2 Zadania: Zad. 1(M. Borowiecki, J. Błaszczak 3BL) Na podstawie podanych schematów określ sposób w jaki

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej.

Wprowadzenie. DNA i białka. W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Wprowadzenie DNA i białka W uproszczeniu: program działania żywego organizmu zapisany jest w nici DNA i wykonuje się na maszynie białkowej. Białka: łańcuchy złożone z aminokwasów (kilkadziesiąt kilkadziesiąt

Bardziej szczegółowo

Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67

Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67 Spis treści 5 Budowa kwasów nukleinowych... 68 5.1 Nukleotydy... 68 5.2 Łaocuch polinukleotydowy... 71 5.3 Nić komplementarna... 71 6 Centralny dogmat Biologii Molekularnej... 74 7 Przepływ informacji

Bardziej szczegółowo

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje

Bardziej szczegółowo

DNA musi współdziałać z białkami!

DNA musi współdziałać z białkami! DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji

Bardziej szczegółowo

Wykład 14 Biosynteza białek

Wykład 14 Biosynteza białek BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH

Bardziej szczegółowo

Urszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r.

Urszula Poziomek, doradca metodyczny w zakresie biologii Materiał dydaktyczny przygotowany na konferencję z cyklu Na miarę Nobla, 14 stycznia 2010 r. Ćwiczenie 1 1 Wstęp Rozważając możliwe powiązania filogenetyczne gatunków, systematyka porównuje dane molekularne. Najskuteczniejszym sposobem badania i weryfikacji różnych hipotez filogenetycznych jest

Bardziej szczegółowo

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.

6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier. ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie

Bardziej szczegółowo

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe

TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów

Bardziej szczegółowo

Statystyczna analiza danych

Statystyczna analiza danych Statystyczna analiza danych ukryte modele Markowa, zastosowania Anna Gambin Instytut Informatyki Uniwersytet Warszawski plan na dziś Ukryte modele Markowa w praktyce modelowania rodzin białek multiuliniowienia

Bardziej szczegółowo

dopasowanie sekwencji Porównywanie sekwencji Etapy dopasowywania sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia

dopasowanie sekwencji Porównywanie sekwencji Etapy dopasowywania sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia Porównywanie sekwencji Homologia, podobieństwo i analogia dopasowanie sekwencji Dopasowanie/porównywanie Uliniowienie Alignment W bioinformatyce, dopasowanie sekwencji jest sposobem dopasowania struktur

Bardziej szczegółowo

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17

Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony

Bardziej szczegółowo

Dopasowanie par sekwencji

Dopasowanie par sekwencji BIOINFORMTYK edycja 2016 / 2017 wykład 3 Dopasowanie par sekwencji dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Idea i cele dopasowania sekwencji 2. Definicje

Bardziej szczegółowo

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A...

Pamiętając o komplementarności zasad azotowych, dopisz sekwencję nukleotydów brakującej nici DNA. A C C G T G C C A A T C G A... 1. Zadanie (0 2 p. ) Porównaj mitozę i mejozę, wpisując do tabeli podane określenia oraz cyfry. ta sama co w komórce macierzystej, o połowę mniejsza niż w komórce macierzystej, gamety, komórki budujące

Bardziej szczegółowo

Filogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik

Filogenetyka molekularna I. Krzysztof Spalik Filogenetyka molekularna I Krzysztof Spalik Literatura Krzysztof Spalik, Marcin Piwczyński (2009), Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjnych, Kosmos 58(3-4): 485-498

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm

Bardziej szczegółowo

Geny, a funkcjonowanie organizmu

Geny, a funkcjonowanie organizmu Geny, a funkcjonowanie organizmu Wprowadzenie do genów letalnych Geny kodują Białka Kwasy rybonukleinowe 1 Geny Występują zwykle w 2 kopiach Kopia pochodząca od matki Kopia pochodząca od ojca Ekspresji

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja.

Podstawy biologii. Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Podstawy biologii Informacja genetyczna. Co to jest ewolucja. Zarys biologii molekularnej genu Podstawowe procesy genetyczne Replikacja powielanie informacji Ekspresja wyrażanie (realizowanie funkcji)

Bardziej szczegółowo

Motywy i podobieństwo

Motywy i podobieństwo Motywy i podobieństwo Całość funkcja Modularna budowa białek Elementy składowe czyli miejsca wiązania, domeny 1 Motywy Motyw jest opisem określonej części trójwymiarowej struktury zawierającym charakterystyczny

Bardziej szczegółowo

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 9

Bioinformatyka wykład 9 Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,

Bardziej szczegółowo

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka

Inżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN

Bardziej szczegółowo

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników

Bardziej szczegółowo

Wyróżniamy dwa typy zadań projektowych.

Wyróżniamy dwa typy zadań projektowych. Obowiązkowymi do zaliczenia projektu jest realizacja 2-3 zadań programistycznych. Zadania realizowane są w grupach 2-3 osobowych (zależnie od stopnia trudności zadania i liczebności całej klasy laboratoryjnej).

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę

Bardziej szczegółowo

Acknowledgement. Drzewa filogenetyczne

Acknowledgement. Drzewa filogenetyczne Wykład 8 Drzewa Filogenetyczne Lokalizacja genów Some figures from: Acknowledgement M. Zvelebil, J.O. Baum, Introduction to Bioinformatics, Garland Science 2008 Tradycyjne drzewa pokrewieństwa Drzewa oparte

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

Przedmiotowe zasady oceniania:

Przedmiotowe zasady oceniania: Przedmiotowe zasady oceniania: Przedmiotowe Zasady Oceniania z biologii obowiązujący w roku szkolnym 2012/13 r. w VIII LO realizowany przez nauczycieli przedmiotu Justynę Baranowską, Mirosławę Drażniuk,

Bardziej szczegółowo

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Transkrypcja RNA SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia niestacjonarne

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia niestacjonarne Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki, pojęć

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP

WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka

Bardziej szczegółowo

Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi.

Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi. Ryciny 193 Rycina 1. Zasięg i zagęszczenie łosi (liczba osobników/1000 ha) w Polsce w roku 2010 oraz rozmieszczenie 29 analizowanych populacji łosi. Na fioletowo zaznaczone zostały populacje (nr 1 14)

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Paweł Cieśla. 8 stycznia 2009

Algorytmy genetyczne. Paweł Cieśla. 8 stycznia 2009 Algorytmy genetyczne Paweł Cieśla 8 stycznia 2009 Genetyka - nauka o dziedziczeniu cech pomiędzy pokoleniami. Geny są czynnikami, które decydują o wyglądzie, zachowaniu, rozmnażaniu każdego żywego organizmu.

Bardziej szczegółowo

I. Genetyka. Dział programu Lp. Temat konieczny podstawowy rozszerzający

I. Genetyka. Dział programu Lp. Temat konieczny podstawowy rozszerzający I. Genetyka 1. Czym jest genetyka? wymienia cechy gatunkowe i indywidualne podanych organizmów wyjaśnia, że jego podobieństwo do rodziców jest wynikiem dziedziczenia cech definiuje pojęcia genetyka oraz

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia

Bardziej szczegółowo

Teoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie.

Teoria ewolucji. Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Teoria ewolucji Podstawowe pojęcia. Wspólne pochodzenie. Ewolucja Znaczenie ogólne: zmiany zachodzące stopniowo w czasie W biologii ewolucja biologiczna W astronomii i kosmologii ewolucja gwiazd i wszechświata

Bardziej szczegółowo

FILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład. 8 c.d. 0)

FILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład. 8 c.d. 0) FILOGENETYKA Bioinformatyka, wykład 8 c.d. (7.XII.2010) 0) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów. Klasyczne podejście: historia ewolucji jest

Bardziej szczegółowo

Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności. dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl

Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności. dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl Statystyka w pracy badawczej nauczyciela Wykład 4: Analiza współzależności dr inż. Walery Susłow walery.suslow@ie.tu.koszalin.pl Statystyczna teoria korelacji i regresji (1) Jest to dział statystyki zajmujący

Bardziej szczegółowo

... Zadanie 7 (2 pkt.). Antykodon wskazuje strzałka oznaczona literą... Opisz funkcję pełnioną przez antykodon w trna.

... Zadanie 7 (2 pkt.). Antykodon wskazuje strzałka oznaczona literą... Opisz funkcję pełnioną przez antykodon w trna. Zadanie 1. (2 pkt.) W tabeli przedstawiono kodony kodu genetycznego. Poniżej przedstawiono dwie sekwencje nukleotydów w mrna. Ustal czy koduja takie same czy inne odcinki polipeptydów. Uzasadnij jednym

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja

Bardziej szczegółowo

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa

Bardziej szczegółowo

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej

Bardziej szczegółowo

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia stacjonarne i niestacjonarne

Algorytmy genetyczne. Materiały do laboratorium PSI. Studia stacjonarne i niestacjonarne Algorytmy genetyczne Materiały do laboratorium PSI Studia stacjonarne i niestacjonarne Podstawowy algorytm genetyczny (PAG) Schemat blokowy algorytmu genetycznego Znaczenia, pochodzących z biologii i genetyki,

Bardziej szczegółowo

FILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład 7 (24.XI.200..XI.2008)

FILOGENETYKA. Bioinformatyka, wykład 7 (24.XI.200..XI.2008) FILOGENETYKA Bioinformatyka, wykład 7 (24.XI.200.XI.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów. Klasyczne podejście: historia ewolucji jest

Bardziej szczegółowo

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia

Bardziej szczegółowo

Algorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce

Algorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce lgorytmy kombinatoryczne w bioinformatyce wykład 4: dopasowanie sekwencj poszukiwanie motywów prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyk Politechnika Poznańska Dopasowanie sekwencji Badanie

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

SEMINARIUM 8:

SEMINARIUM 8: SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Przedmowa...................................................... 1 1. Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych...........................

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyczne bazy danych

Bioinformatyczne bazy danych Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące

Bardziej szczegółowo

Numer pytania Numer pytania

Numer pytania Numer pytania KONKURS BIOLOGICZNY ZMAGANIA Z GENETYKĄ 2016/2017 ELIMINACJE SZKOLNE I SESJA GENETYKA MOLEKULARNA KOD UCZNIA. IMIĘ i NAZWISKO. DATA... GODZINA.. Test, który otrzymałeś zawiera 20 pytań zamkniętych. W każdym

Bardziej szczegółowo

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA

METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA METODY CHEMOMETRYCZNE W IDENTYFIKACJI ŹRÓDEŁ POCHODZENIA AMFETAMINY Waldemar S. Krawczyk Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Komendy Głównej Policji, Warszawa (praca obroniona na Wydziale Chemii Uniwersytetu

Bardziej szczegółowo

SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO

SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO SCHEMAT ROZWIĄZANIA ZADANIA OPTYMALIZACJI PRZY POMOCY ALGORYTMU GENETYCZNEGO. Rzeczywistość (istniejąca lub projektowana).. Model fizyczny. 3. Model matematyczny (optymalizacyjny): a. Zmienne projektowania

Bardziej szczegółowo

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka Wykład 9 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Konsekwencje zestawieo wielu sekwencji - rodziny białkowe, domeny, motywy i wzorce 2 Bioinformatyka,

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie

Bardziej szczegółowo

Algorytmy ewolucyjne - algorytmy genetyczne. I. Karcz-Dulęba

Algorytmy ewolucyjne - algorytmy genetyczne. I. Karcz-Dulęba Algorytmy ewolucyjne - algorytmy genetyczne I. Karcz-Dulęba Algorytmy klasyczne a algorytmy ewolucyjne Przeszukiwanie przestrzeni przez jeden punkt bazowy Przeszukiwanie przestrzeni przez zbiór punktów

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek

Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,

Bardziej szczegółowo

Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015

Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015 Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015 Imię nazwisko (pseudonim): 1. Daltonizm (d) jest cechą recesywną sprzężoną z płcią. Rudy kolor włosów (r) jest cechą autosomalną i recesywną w stosunku

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny

Bardziej szczegółowo