Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1

Transkrypt

1 Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer Nr testu Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę aminową i grupę kwasową B) co najmniej jedną grupę karboksylową C) wiązanie peptydowe D) grupę aminową i grupę karboksylową E) co najmniej jedną grupę aminową F) grupę aminową i grupę hydroksylową 2. Strukturę tzw. zgięcia łańcucha białkowego, charakteryzuje występowanie A) dwóch seryn B) seryny i cysteiny C) dwóch glicyn D) cysteiny i glicyny E) glicyny i seryny F) dwóch cystein 3. Do aminokwasów hydrofobowych zalicza się A) L, I oraz V B) Q oraz N C) W, P oraz S D) D oraz E E) A, L oraz T F) K, R oraz H 4. W stabilizacji struktury alfa-helikalnej znacząco uczestniczą takie aminokwasy, jak... A) I, V oraz P B) L, I oraz V C) L, W oraz H D) V, K, oraz G E) I, S, oraz L F) A, G oraz C 5. Wśród metod zależnych od wzorcowego DNA kodującego za najczulszą i najdokładniejszą uważa się metodę A) opartą na modelach Markowa B) opartą na zdefiniowaniu prototypu kodonu C) analizującą preferencje wśród kodonów synonimicznych D) częstości używania kodonu E) częstości używania heksamerów F) częstości używania aminokwasu 6. Tranzycja jest to... A) przesunięcie całego kodonu w genie o jeden B) przesunięcie pozycji nukleotydów w kodonie o jedną C) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, pochodzącym z odrębnej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-pirymidyna) D) mutacja punktowa polegająca na substytucji nukleotydu innym, w obrębie tej samej podgrupy zasad azotowych (np. wymiana puryna-puryna) E) wzajemne przemieszczenie pozycji dwóch kodonów w genie F) zamiana miejsc dwóch nukleotydów w kodonie (np. zamiana pozycji 1 i 2) 7. W odcinkach kodujących genomu człowieka, w pierwszej pozycji kodonu najczęściej występują A) guanina i tymina B) adenina i cytozyna C) pirymidyny D) adenina i tymina E) puryny F) guanina i cytozyna 8. Podobna funkcja biologiczna białek A) obserwowana jest jedynie w przypadku enzymów B) może być związana z ich podobieństwem strukturalnym C) nie ma związku z ich strukturą przestrzenną D) świadczy o ich wspólnym pochodzeniu filogenetycznym E) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna F) zawsze wiąże się z dużym podobieństwem ich sekwencji aminokwasowej 9. Do aminokwasów siarkowych zalicza się A) Q oraz N B) W, P oraz S C) D oraz E D) L, I oraz V Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 1

2 E) A, L oraz T F) M oraz C 10. Struktura łańcucha beta stabilizowana jest... A) resztami aminokwasów, tworzącymi mieszane pary hydrofilowo-hydrofobowe B) tymi samymi czynnikami, które destabilizują alfa-helisę oraz zgięcia C) mostkami disiarczkowymi D) pozytywnymi oddziaływaniami reszt aminokwasowych tworzacych pary 1-5 E) pozytywnymi oddziaływaniami reszt aminokwasowych tworzacych pary 1-3 F) hydrofobowymi oddziaływaniami łańcuchów bocznych aminokwasów położonych w bliskim sąsiedztwie 11. Mutacje punktowe prowadzące do zmiany aminokwasu w danej pozycji białka na inny... A) są procesem markowowskim z wyjątkiem białek homologicznych B) są procesem markowowskim tylko w przypadku białek homologicznych C) są procesem markowowskim tylko dla aminokwasów sześciokodonowych D) są procesem markowowskim z wyjątkiem aminokwasów sześciokodonowych E) są procesem markowowskim F) nie są procesem markowowskim 12. Topologia mostków disiarczkowych w białku jest elementem struktury... A) drugorzędowej B) ponaddrugorzędowej C) domenowej D) czwartorzędowej E) trzeciorzędowej F) pierwszorzędowej 13. O pokrewieństwie porównywanych sekwencji białkowych może świadczyć procentowy udział pozycji identycznych przekraczający pewną wartość progową, która jest A) tym większa, im dłuższe są porównywane sekwencje B) możliwa do określenia tylko w przypadku znanej sekwencji nukleotydowej genów kodujących te białka C) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna D) taka sama dla sekwencji aminokwasowych i nukleotydowych E) tym mniejsza im dłuższe są porównywane sekwencje F) stała i niezależna od długości porównywanych sekwencji 14. Wiązanie peptydowe tworzą atomy H, N, C oraz O A) nieleżące w jednej płaszczyźnie B) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna C) leżące w jednej płaszczyźnie D) przy czym atom węgla określany jest jako węgiel beta E) przy czym atom węgla określany jest jako węgiel alfa F) gdzie atomy O i H tworzą grupę hydroksylową 15. Struktura przestrzenna białka A) może się zmieniać jedynie na skutek obecności czynników niebiałkowych jak np. jony metali B) jest zawsze zwinięta helikalnie C) jest zawsze sztywna i niezmienna, co jest warunkiem jego stabilności w ustroju D) jest zmienna i przyjmuje różne konformacje przestrzenne E) jest zawsze stabilizowana mostkami disiarczkowymi F) jest liniowa 16. Strukturę beta-zgięcia tworzy krótka sekwencja A) 4-8 aminokwasów B) 4-5 aminokwasów C) 3-6 aminokwasów D) 3-4 aminokwasów E) 4-6 aminokwasów F) 3-5 aminokwasów 17. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada... A) ścisły związek między częstością występowania aminokwasu, a liczbą różnych kodonów dla tego aminokwasu B) takie samo prawdopodobieństwo dla wszystkich substytucji między dowolnymi dwoma aminokwasami C) niezależność prawdopodobieństwa wystąpienia tych substytucji od historii przemian zachodzących w danej pozycji D) zależność prawdopodobieństwa substytucji od właściwości fizyko-chemicznych i występowania białka E) istotne znaczenie aminokwasów wystepujących w danej pozycji w przeszłości na prawdopodobieństwo wystąpienia nowych aminokwasów w wyniku kolejnych mutacji F) istotną rolę aminokwasów sześciokodonowych w pozycjach wykazujących szczególnie wysoki stopień zmienności mutacyjnej 18. Trzy identyczności występujące w porównywanych sekwencjach bezpośrednio obok siebie A) są tak samo istotne co trzy pojedyncze pozycje identyczne oddzielone fragmentami nieidentycznymi B) są istotniejsze niż trzy pojedyncze pozycje identyczne oddzielone fragmentami nieidentycznymi C) są efektem pojedynczej tranzycji/transwersji D) są mniej istotne niż trzy pojedyncze pozycje identyczne oddzielone fragmentami nieidentycznymi E) świadczą o kodowaniu przez różne rodzaje kodonów F) świadczą o kodowaniu przez ten sam rodzaj kodonu 19. Łańcuch polipeptydowy przyjmuje konformację helikalną, jeśli... Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 2

3 A) jest to tylko możliwe B) posiada co najmniej dwie reszty seryny C) nie może przyjąć żadnego innego typu struktury drugorzędowej D) nie występuje w nim ani jedna reszta tryptofanu E) zbudowany jest wyłącznie z aminokwasów hydrofobowych F) jest schowany wewnątrz cząsteczki białka 20. Struktura spinki do włosów (hairpin) jest przykładem struktury A) ponaddrugorzędowej C) trzeciorzędowej D) pierwszorzędowej F) czwartorzędowej 21. Prototyp kodonu jest to A) kodon najczęsciej występujacy w danym genomie B) pierwszy kodon rozpoczynający odcinek sekwencji kodującej C) jedyny kodon w odcinkach kodujących genomu, który nie koduje żadnego aminokwasu D) kodon zawierający wyłącznie ten sam rodzaj nukleotydu (np. GGG) E) wzorzec kodonu definiujący reguły obsadzenia kolejnych pozycji w kodonach genomu danego gatunku F) pierwotny kodon, z którego powstały wszystkie kodony w części kodującej genomu danego gatunku 22. Według klasyfikacji Creightona wyróżnia się A) 4 poziomy strukturalne białek B) 5 poziomów strukturalnych białek C) 6 poziomów strukturalnych białek D) 2 poziomy strukturalne białek E) 3 poziomy strukturalne białek F) 8 poziomów strukturalnych białek 23. Topologia mostków disiarczkowych w białkach jest elementem struktury A) trzeciorzędowej B) ponaddrugorzędowej C) czwartorzędowej D) domenowej F) pierwszorzędowej 24. Do aminokwasów kwaśnych zalicza się A) D oraz E B) Q oraz N C) K oraz R D) A, L oraz T E) W, P oraz S F) L, I oraz V 25. Przy oszacowaniu stopnia istotności podobieństwa porównywanych sekwencji, rozkład (dystrybucja) pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji A) ma znaczenie jedynie dla sekwencji aminokwasowych B) jest ważnym kryterium oceny i im bardzej jest on nierównomierny (tworzący skupiska pozycji identycznych), tym bardziej świadczy to o potencjalnym pokrewieństwie C) jest ważnym kryterium oceny i im bardzej jest on nierównomierny (tworzący skupiska pozycji identycznych), tym mniej świadczy to o potencjalnym pokrewieństwie D) nie ma znaczenia i nie musi być brany pod uwagę E) ma znaczenie jedynie dla sekwencji nukleotydowych F) ma znaczenie jedynie dla sekwencji kodujących organizmów eukariotycznych 26. Analiza odpowiadających sobie fragmentów nieidentycznych w porównywanych sekwencjach białkowych A) powinna być uwzględniona tylko, jeśli występują w tych fragmentach przynajmniej trzy pozycje identyczne B) świadczy o braku wzajemnego pokrewieństwa porównywanych sekwencji C) powinna być uwzględniona tylko, jeśli występuje w tych fragmentach przynajmniej jedna pozycja identyczna D) jest ważnym kryterium przy oszacowaniu ich potencjalnego pokrewieństwa E) nie stanowi kryterium oszacowania ich potencjalnego podobieństwa F) jest możliwa dopiero po wstawieniu przerw w odpowiednich miejscach, obrazujących proces delecji/insercji 27. Tzw. hydrofobowe pary 1-5 są warunkiem przyjęcia przez łańcuch polipeptydowy... A) struktury alfa-helikalnej B) struktury beta-łańcucha C) struktury "spinki do włosów" (tzw. hairpin) D) struktury zgięcia E) struktury beta-kartki F) struktury globularnej 28. Alfa-helisa jest przykładem struktury A) pierwszorzędowej C) trzeciorzędowej Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 3

4 D) drugorzędowej E) czwartorzędowej F) ponaddrugorzędowej 29. Im większe jest prawdopodobieństwo losowego trafienia na dany stopień identyczności przy danej długości porównywanych sekwencji A) tym bardziej świadczy to o potencjalnym pokrewieństwie między tymi sekwencjami B) tym bardziej świadczy to o nierównomiernej dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji C) tym bardziej świadczy to o równomiernej dystrybucji pozycji identycznych wzdłuż porównywanych sekwencji D) tym mniej świadczy to o potencjalnym pokrewieństwie między tymi sekwencjami E) tym trudniej jest znaleźć sekwencje wykazujące taki stopień identyczności F) tym bardziej to świadczy o nienaturalnym pochodzeniu tych sekwencji 30. Metody identyfikacji sekwencji kodujących w genomie można podzielić na dwie główne grupy różniące się kryterium A) podejścia statystycznego i niestatystycznego B) wykorzystania rodzaju macierzy stochastycznych częstości substytucji nukleotydów (PAM lub BLOSUM) C) wymagania wzorcowego DNA kodującego D) pochodzenia taksonomicznego badanych genomów E) wykorzystania rodzaju macierzy stochastycznych częstości substytucji kodonów (PAM lub BLOSUM) F) podejścia markowowskiego lub niemarkowowskiego 31. Jedynym biogennym aminokwasem, który nie posiada wolnej grupy alfa aminowej jest... A) W B) G C) R D) Y E) P F) C 32. Układ "klucza greckiego" jest przykładem struktury A) czwartorzędowej B) pierwszorzędowej C) drugorzędowej D) domenowej E) ponaddrugorzędowej F) trzeciorzędowej 33. Rodzaj aminokwasów występujących w pozycjach identycznych porównywanych sekwencji białkowych A) świadczy zawsze o tym, że są one kodowane przez taki sam kodon B) jest ważniejszym kryterium oceny istotności podobieństwa sekwencji niż procentowy udział pozycji identycznych C) pozwala określić, który z kodonów synonimicznych koduje te aminokwasy w danej konkretnej pozycji D) nie jest istotny przy oszacowaniu ich potencjalnego podobieństwa E) jest ważniejszym kryterium oceny istotności podobieństwa sekwencji niż ich bezwzględna długość F) jest istotny przy oszacowaniu ich potencjalnego pokrewieństwa 34. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) D oraz E B) A, L oraz T C) Y, F oraz W D) G, P oraz S E) Q oraz N F) L, I oraz V 35. W metodach identyfikacji sekwencji kodujących niewymagających DNA kodującego A) przeprowadza się analizę sekwencji dla wszystkich trzech możliwych ramek odczytu B) ważne jest ustalenie otwartej ramki odczytu C) wykorzystuje się definicję prototypu kodonu D) analizuje się częstość występowania kodonów synonimicznych E) wykorzystuje sie modele Markowa F) otwarta ramka odczytu nie jest ani ustalana, ani uwzględniana 36. Niektóre białka nie posiadają A) struktury trzeciorzędowej B) wiązań peptydowych C) mostków disiarczkowych D) punktu izoelektrycznego E) grup karbonylowych F) struktury drugorzędowej 37. Łańcuch beta jest przykładem struktury A) czwartorzędowej B) drugorzędowej C) pierwszorzędowej D) ponaddrugorzędowej E) trzeciorzędowej F) domenowej 38. Kodony synonimiczne, są to A) kodony różniące się jedną pozycją nukleotydową Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 4

5 B) identyczne kodony występujące na przeciwnych niciach cząsteczki DNA C) różne kodony, lecz kodujące ten sam aminokwas D) identyczne kodony, lecz odczytywane porzy różnych ramkach odczytu E) takie same kodony, lecz występujące w różnych miejscach sekwencji kodujacej F) kodony kodujące aminokwasy semihomologiczne 39. Dwie sekwencje o długości N i M, można ustawić względem siebie A) na N lub M sposobów, w zależności od tego, która sekwencja jest dłuższa B) na N+M+1 sposobów C) na N+M-1 sposobów D) na M sposobów E) na N+M sposobów F) na N sposobów 40. Czy hydrofobowa para 1-5, zawierająca reszty W-W będzie stabilizować alfa-helisę? A) Nie, z uwagi na hydrofobowy charakter tego aminokwasu B) Nie, ze względu na zbyt duże rozmiary pierścienia indolowego, stanowiącego grupę boczną C) Tak, z uwagi na hydrofobowy charakter tego aminokwasu D) Nie, z uwagi na hydrofilny charakter tego aminokwasu E) Tak, z uwagi na hydrofilny charakter tego aminokwasu F) Tak, z uwagi na duże wzajemne powinowactwo pierścieni indolowych 41. Specyficznym destabilizatorem alfa-helikalnej struktury łańcucha białkowego jest... A) C B) S C) P D) W E) G F) A 42. Tylko niektóre białka posiadają A) strukturę drugorzędową B) strukturę pierwszorzędową C) sekwencję trzeciorzędową D) wiązania peptydowe E) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna F) strukturę czwartorzędową 43. Mostki disiarczkowe odgrywają istotną rolę w stabilizacji struktury A) trzeciorzędowej i czwartorzędowej C) ponaddrugorzędowej D) drugorzędowej E) pierwszorzędowej F) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna 44. W alfa helisie powtarzalna jednostka strukturalna zawiera A) 3 reszty aminokwasowe B) 4 reszty aminokwasowe C) 3.6 reszty aminokwasowej D) 3.5 reszty aminokwasowej E) 3.4 reszty aminokwasowej F) 3.2 reszty aminokwasowej 45. W przyrodzie występuje A) 23 rodzaje aminokwasów B) 24 rodzaje aminokwasów C) ponad 96 rodzajów aminokwasów D) 21 rodzajów aminokwasów E) 22 rodzaje aminokwasów F) 20 rodzajów aminokwasów 46. W obecnie przyjętej klasyfikacji Creightona poziomów strukturalnych, struktura pierwszorzędowa białek definiowana jest jako... A) sekwencja aminokwasowa B) przestrzenne zwinięcie całego łańcucha białkowego C) kod genetyczny genu dla danego białka D) sekwencja aminokwasowa wraz z topologią mostków disiarczkowych E) skład aminokwasowy F) pierwotny sposób zwinięcia węgli alfa w łańcuchu polipeptydowym 47. Układ czterech helis typu "helical bundle" jest przykładem struktury A) ponaddrugorzędowej C) czwartorzędowej D) pierwszorzędowej F) trzeciorzędowej Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 5

6 48. Beta-kartka może powstać z A) beta-łańcuchów ułożonych wyłącznie antyrównolegle względem siebie B) beta-łańcuchów ułożonych skośnie względem siebie C) beta-łańcuchów ułożonych prostopadle względem siebie D) beta-łańcuchów ułożonych wyłącznie równolegle względem siebie E) beta-łańcuchów ułożonych równolegle lub antyrównolegle względem siebie F) fragmentów łańcucha białkowego, wśród których m.in. występuje konformacja beta-łańcucha 49. Asymetria częstości występowania danego rodzaju nukleotydu w co trzeciej pozycji w sekwencji DNA wykorzystywana jest w A) metodach identyfikacji sekwencji kodujących opartych na modelach Markowa B) metodach identyfikacji sekwencji kodujących opartych na prototypie kodonu C) metodach identyfikacji sekwencji kodujących analizujących preferencje kodonów D) metodach identyfikacji sekwencji kodujących analizujących częstość występowania heksamerów E) metodach identyfikacji sekwencji kodujących zależnych od DNA wzorcowego F) metodach identyfikacji sekwencji kodujących niezależnych od DNA wzorcowego 50. Pierwotnym czynnikiem stabilizującym strukturę alfa-helikalną łańcucha polipeptydowego są... A) oddziaływania jonowe między resztami aminokwasów obdarzonymi przeciwnym ładunkiem B) pozycje poprzedzające odcinek helikalny, stanowiące czynnik inicjujący helikalne zwinięcie łańcucha C) mostki disiarczkowe D) tworzenie tzw. hydrofobowych par 1-5 E) żadna z podanych odpowiedzi nie jest prawidłowa F) oddziaływania wodorowe między atomami co czwartego wiązania peptydowego 51. Do aminokwasów zasadowych zalicza się A) L, I oraz V B) Q oraz N C) D oraz E D) K oraz R E) W, P oraz S F) A, L oraz T 52. Białka złożone to takie białka, które zawierają A) łańcuch białkowy o złożonej strukturze ponaddrugorzędowej B) komponentę niebiałkową C) wiele form izomerycznych D) żadna z odpowiedzi nie jest poprawna E) więcej niż jeden łańcuch polipeptydowy F) więcej niż jeden rodzaj aminokwasu % identyczność dla pary sekwencji o długości 100 pozycji A) jest wystarczającym dowodem ich pokrewieństwa B) bardziej świadczy o ich potencjalnym pokrewieństwie, niż 20% identyczność dla pary sekwencji o długości 200 pozycji C) świadczy mniej o ich potencjalnym pokrewieństwie, niż 20% identyczność dla pary sekwencji o długości 200 pozycji D) jest wystarczającym dowodem braku pokrewieństwa między nimi E) świadczy tak samo o ich potencjalnym pokrewieństwie, co 20% identyczność dla pary sekwencji o długości 200 pozycji F) świadczy o 20% podobieństwie ich struktury trzeciorzędowej 54. Algorytm semihomologii genetycznej oparty jest na... A) macierzy stochastycznej BLOSUM substytucji aminokwasów B) danych statystycznych występowania aminokwasów w poszczególnych typach struktur drugorzędowych C) trójwymiarowym diagramie relacji genetycznych między aminokwasami D) danych na temat własności fizyko-chemicznych aminokwasów E) markowowskim modelu przemian mutacyjnych aminokwasów w białkach F) macierzy stochastycznej PAM substytucji aminokwasów 55. Beta-zgięcie jest przykładem struktury A) trzeciorzędowej B) pierwszorzędowej C) czwartorzędowej D) domenowej F) ponaddrugorzędowej Generator testów bioinformatyka wer / Strona: 6