WALIDACJA TECHNIKI PCR dr inż. Krystyna Pappelbaum WSSE Bydgoszcz
|
|
- Radosław Kozieł
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 WALIDACJA TECHNIKI PCR dr inż. Krystyna Pappelbaum WSSE Bydgoszcz
2 ZASADY TECHNIKI PCR Technika PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) opiera się na prowadzeniu łańcuchowej reakcji polimerazy DNA (temostabilnego enzymu wyizolowanego, np. z termofilnej bakterii Thermus aquaticus), która pozwala na powielenie dowolnie wybranego fragmentu DNA o specyficznej sekwencji nukleotydów (np. obcej sekwencji DNA w badanym materiale) do
3 ogromnej liczby kopii zależnej od warunków reakcji. Produkty PCR (kopie powielonej sekwencji DNA) identyfikuje się przy pomocy elektroforezy w żelach. Technika wynaleziona w 1983 roku przez Kary'ego Mullisa i współpracowników z kalifornijskiej firmy Cetus. Za pracę w tej dziedzinie Kary Mullis otrzymał w roku 1993 Nagrodę Nobla.
4 Do przeprowadzenia reakcji PCR niezbędne są następujące czynniki: matryca DNA, zawierająca powielaną sekwencję; przynajmniej para tzw. starterów (ang. primer) [zdefiniowane sekwencje DNA (oligonukleotydy), komplementarne do końców powielanego fragmentu]; trifosforany deoksynuleozydów dntp jako substraty reakcji polimeryzacji (datp, dgtp, dctp, dttp) termostabilna polimeraza DNA (np. Taq wyizolowana z Thermus aquaticus lub inne);
5 bufor (10 x Taq bufor+kcl bez MgCl 2, 10 x Taq bufor+(nh 4 ) 2 SO 4 bez MgCl 2 ); MgCl 2 termocykler, tzn. wyspecjalizowany reaktor z termostatem.
6 Reakcja PCR wymaga trzech etapów: 1. Denaturacja termiczna (topnienie) dupleksu DNA w temperaturze C, otrzymujemy jednoniciową matrycę DNA. 2. Dołączanie primerów do miejsca komplementarnego matrycy w temperaturze C (ang. anneling). 3. Wydłużanie primerów od końca 3 - OH przez sukcesywne dosyntetyzowanie dntp (trifosforany deoksynukleozydów) w temperaturze 72 0 C, proces ten katalizowany jest przez polimerazę DNA.
7 Te trzy etapy reakcji, trwające przez określony czas nazywa się cyklem. Powtórzenia takich cykli prowadzi w efekcie do amplifikacji DNA. Jeśli dwa primery każdy selektywnie wiążący się do jednej z komplementarnych nici są wydłużane w cyklu amplifikacji, to nowo syntetyzowana nić DNA będzie zawierać miejsce wiązania dla następnego primera. W ten sposób, każda nowa nić DNA staje się matrycą w następnym cyklu amplifikacji i teoretycznie prowadzi do wzrostu ilości odpowiednich fragmentów DNA w postępie wykładniczym.
8
9 WYBÓR METODY Nie ma uniwersalnej metody na wykrywanie techniką PCR poszczególnych patogenów. Metodę, którą chcemy zastosować dla określonych patogenów np. Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Campylobacter spp., E. coli O157:H7 czy Yersinia enterocolitica musimy zaadaptować do naszych warunków na podstawie publikacji lub innych dostępnych materiałów. Należy pamiętać, że w publikacjach poszczególne odczynniki podane są w stężeniach i trzeba przeliczyć je na µl.
10 EKSTRAKCJA DNA I WYKONANIE PCR Listeria monocytogenes Jedną kolonię (klon) wyrosłą na podłożu selektywnym, przenieść do 5 ml bulionu BHI i inkubować w temperaturze 37±1 0 C od 18 do 24 godz. Po inkubacji pobrać 1 ml hodowli i przenieść do probówki Eppendorf o poj. 1,5 ml. Wypłukać z płytki z selektywnym podłożem wyrosłe charakterystyczne kolonie przy pomocy 1,5 ml 0,01M Trizma - HCl i przenieść do probówki Eppendorf o poj. 1,5 ml.
11 Wykonać ekstrakcję DNA 1 ml hodowli bulionowej lub 1 ml popłuczyn odwirować w wirówce z chłodzeniem przez 5 min. przy 7000 obr/min (4000 x g). Po wirowaniu zlać ostrożnie płyn z nad powstałego osadu. Do osadu dodać 100 μl 0,01M Trizma - HCl i 400 μl 2,5% Chelex 100. Rozpuścić osad przez vortexowanie. Probówki przenieść do termostatu i ogrzewać w temperaturze 99 0 C przez 10 min. Następnie odwirować w wirówce z chłodzeniem przez 10 sek. przy obr/min ( x g). Ostrożnie pobrać 100 μl supernatantu, który jest chromosomalnym DNA i przenieść do sterylnych
12 probówek Eppendorf o poj. 0,5 ml. Przechowywać w zamrażarce w C. Istnieje możliwość wykonania PCR L. monocytogenes z bulionu LEB (Listeria Enrichment Broth), ale nie z bulionu Fraser, ponieważ zawiera on w swoim składzie substancje hamujące reakcję PCR. Listeria monocytogenes
13 Oznaczenie genu kodującego białko p60 (iap-gen) metodą multiplex PCR. Białko Iap o masie 60 kda, kodowane przez gen iap (invasion-associated protein), jest produktem zewnątrzkomórkowym wszystkich gatunków Listeria. Występuje również na powierzchni komórek. Porównanie sekwencji aminokwasów tego białka wykazało pewne różnice pomiędzy gatunkami. Ciężar molekularny białka Iap L. monocytogenes wynosi 60 kda, podczas gdy jest on w zakresie kda dla innych gatunków Listeria.
14 Bazując na tym porównaniu, kombinacja 5 różnych starterów pozwoliła na wykrycie i zróżnicowanie gatunków Listeria w pojedynczej reakcji multiplex PCR. Jeden starter pochodził z zachowawczego końca 3 i był specyficzny dla wszystkich gatunków Listeria. Cztery inne startery były specyficzne dla L. monocytogenes, L. innocua, L. grayi i dla trzech zgrupowanych gatunków L. ivanovii, L. seeligeri i L. welshimeri. Listeria grayi daje produkt amplifikacji 480 pz, L. monocytogenes 660 pz, L. innocua 870 pz, a trzy zgrupowane gatunki L. ivanovii, L. seeligeri i L.welshimeri 1.2 kpz.
15 Tabela 1. Przygotowanie roztworu mastermix do reakcji multiplex PCR dla L. monocytogenes Odczynniki i kolejność dodawania Roztwór podstawowy Końcowe stężenie Ilość odczynnika w μl H 2 O - - 3,7 μl Bufor reakcyjny 10 x stężony 1 x stężony 2.5 μl MgCl 2 25 mm 1.5 mm 1.5 μl dntp mix 1 mm 200 μm 5.0 μl Primer Lis1B Primer Siwi2 Primer Ino2 Primer Mono Primer MurgaI DNA polimeraza Taq 10 μm 10 μm 10 μm 10 μm 10 μm 0,8 μm 0,8 μm 0,8 μm 0,8 μm 0,8 μm 2.0 μl 2.0 μl 2.0 μl 2.0 μl 2.0 μl 5 U/ μl 1.5 U/ μl 0,3 μl Mastermix ,0 μl DNA - - 2,0 μl Razem ,0 μl
16 Parametry reakcji PCR Denaturacja wstępna Denaturacja 94 0 C/2 min 94 0 C/30 s Przyłączanie oligonukleotydów 56 0 C/30 s 30 cykli Wydłużanie (elongacja) 72 0 C/30 s Końcowe wydłużanie (elongacja) 72 0 C/5 min Przechowywanie próbek po reakcji PCR 4 0 C/
17 Primer Siwi2 Ino2 MonoA MurgaI Lis1B Sekwencja (5 3 ) TAA CTG AGG TAG CGA GCG AA ACT AGC ACT CCA GTT GTT AAA C CAA ACT GCT AAC ACA GCT ACT CCA GCA GTT TCT AAA CCT GCT TTA TAC GCG ACC GAA GCC AAC Sekwencja primerów dla oznaczenia genu iap
18 Przygotować żel agarozowy 1,5% z dodatkiem bromku etydyny (5 µl bromku na 100 ml żelu), osadzając w nim grzebień. Po zestaleniu grzebień usunąć, a żel umieścić w komorze do elektroforezy zawierającej ok. 1,5 L buforu 1x TBE. Nanieść do pierwszego i ostatniego dołka 10 μl markera wielkości, a do pozostałych dołków 10 lub 20 μl (w zależności od wielkości dołka) próbki po reakcji PCR, uprzednio dodając 5 μl buforu obciążającego.
19 Multiplex PCR iap- gen ,2 kpz 870 pz 660 pz 480 pz Poz. 1-5 i 12 Listeria monocytogenes, poz Listeria innocua, poz. 13 zanieczyszczony szczep L. monocytogenes, poz. 14 wzorzec L. grayi, poz. 15 wzorzec L. monocytogenes, poz. 16 wzorzec L. innocua, poz. 17 wzorzec L. ivanovii, poz. 18 kontrola negatywna, poz. 1 i 20 markery wielkości.
20 Oznaczenie genu kodującego listeriolizynę O (hlya) Listeriolizyna, główny i najdokładniej scharakteryzowany czynnik wirulencji Listeria monocytogenes, jest białkiem o masie 58 kda (produkt genu hlya). Wytwarzana jest ona również przez L. ivanovii i L. seeligeri. Dla identyfikacji rodzaju Listeria, zaprojektowano dwa specyficzne startery w oparciu o sekwencję 16S rrna, która jest bardzo zachowawcza dla poszczególnych bakterii.
21 Natomiast dla identyfikacji L. monocytogenes zaprojektowano dwa inne startery w oparciu o sekwencję genu kodującego listeriolizynę O. Listeria spp. dają pojedyńczy produkt amplifikacji 938 pz wskazujący na obecność zachowawczej sekwencji 16S rrna typowej dla rodzaju, podczas gdy szczepy L. monocytogenes dają nie tylko produkt 938 pz, ale również produkt 750 pz, w wyniku amplifikacji wewnątrz regionu genu kodującego listeriolizynę O (hlya).
22 Starter U1 L11 LM1 LM2 Sekwencja (5 3 ) CAG CAG CCG CGG TAA TAC CTC CAT AAA GGT GAC CCT CCT AAG ACG CCA ATC GAA AAG CAC TTG CAA CTG CTC Sekwencja primerów dla oznaczenia genu hlya
23 Oznaczenie genu kodującego listeriolizynę (hly A gen) pz 750 pz Poz. 2 8 L. monocytogenes, poz. 9 E. feacalis, poz. 10 wzorzec L. innocua, poz. 11 wzorzec L. monocytogenes, poz. 12 kontrola negatywna, poz. 1 i 13 marker wielkości.
24 Wykrywanie i identyfikacja Salmonella spp. 1 ml hodowli na ZWP odwirować przy rpm przez 5 min. Usunąć płyn znad osadu. Osad rozpuścić w 300 µl 6% roztworu Chelex 100 wymieszać (Vortex). Inkubować w temp C przez min., a następnie inkubować przez 8 min w C (termoblok). Wmieszać przez vortexowanie i schłodzić w lodzie. Odwirować przy rpm przez 5 min. Supernatant (100 µl) przenieść do nowej probówki. Używać 5 µl supernatantu (DNA) do reakcji PCR.
25 Primery zwalidowane dla genu inva (kodującego cechy wirulencji) charakterystycznego dla Salmonella spp. 139: 5 -TG AAA TTA TCG CCA CGT TCG GGC AA-3 142: 5 -TCA TCG CAC CGT CAA AGG AAC C-3 Salmonella spp.
26 Tabela 2. Przygotowanie roztworu mastermix do reakcji pojedynczego PCR dla Salmonella spp. Odczynniki i kolejność dodawania Roztwór podstawowy Końcowe stężenie Ilość odczynnika w μl H 2 O μl Bufor reakcyjny 10 x stężony 1 x stężony 2.5 μl MgCl 2 25 mm 1.5 mm 1.5 μl dntp mix 1 mm 200 μm 5.0 μl Primer 139 Primer μm 10 μm 0.4 μm 0.4 μm 1.0 μl 1.0 μl DNA polimeraza Taq 5 U/ μl 0.75 U/ μl 0.15 μl Mastermix μl DNA μl Razem μl
27 Reakcja PCR Denaturacja wstępna 95 0 C 1 min Denaturacja 95 0 C 30 s Przyłączanie 64 0 C 30 s 38 cykli Wydłużanie 72 0 C 30 s Koocowe wydłużanie 72 0 C 4 min Elektroforeza 1.8% żel agarozowy, napięcie 5V/cm Produkt PCR 284 pz
28 pz Ścieżka 1: marker wielkości 100-pz, 2: S. Seftenberg, 3: S. Dublin. 4: S. Typhimurium, 5: S. Agona, 6: S. Braenderup H9812, 7: Kontrola negatywna, 8: marker wielkości 100-pz.
29 WALIDACJA TECHNIKI PCR Walidację (sprawdzenie) przeprowadzić zgodnie z PN-EN ISO 16140:2004 Mikrobiologia żywności i pasz. Protokół walidacji metod alternatywnych. Badanie należy wykonać zarówno na próbkach rzeczywistych, jak i kontaminowanych. Kontaminacja powinna być na trzech poziomach: próba ślepa, niskim (5 do 10 jtk) i wysokim (50 do 100 jtk). Równolegle prowadzimy badania metodą referencyjną, dla danego patogenu docelowego. Na każdym poziomie powinno być zbadanych minimum 30 próbek, najlepiej 50 próbek.
30 Następnie oceniamy zebrane wyniki obliczając zgodnie z Tabelą 3: Tabela 3. Reakcje Metoda referencyjna - pozytywne Metoda referencyjna - negatywne Metoda alternatywna - pozytywne +/+ pozytywna zgodność (PA) -/+ pozytywne odchylenie (PD) Metoda alternatywna - negatywne +/- negatywne odchylenie (ND) -/- negatywna zgodność (NA)
31 Względna dokładność: AC = (PA + NA)/N x 100% (1) Względna specyficzność: SP = NA/N- x 100% (2) Względna czułość: SE = PA/N+ x 100% (3) Powtarzalność, w %, - (zgodność wyników badania tej samej próbki w warunkach powtarzalności) Odtwarzalność, w % - wewnątrz laboratoryjna (zgodność wyników badania tej samej próbki w warunkach odtwarzalności)
32 Precyzja metody Powtarzalność i odtwarzalność w %, wyliczona ze stosunku par wyników zgodnych / do liczby wszystkich podwójnie wykonanych badań (zgodnych i niezgodnych) x 100%.
33 WEWNĘTRZNE STEROWANIE JAKOŚCIĄ BADAŃ Na program sterowania składa się: Kontrola pozytywna procesu: negatywna próbka zanieczyszczona patogenem docelowym. Próbka przetwarzana jest przez cały proces. Kontrola negatywna procesu: negatywna próbka zanieczyszczona organizmem niedocelowym. Próbka jest przetwarzana przez cały proces.
34 Kontrola negatywna PCR: wszystkie odczynniki PCR, ale nie kwasy nukleinowe poza primerami. Kontrola pozytywna PCR: wszystkie odczynniki PCR i dodatkowo wyizolowane DNA patogenu docelowego.
35 Wykrywanie i identyfikacja Campylobacter spp. W celu wykrycia Campylobacter spp. zaprojektowano dwa specyficzne startery w oparciu o sekwencję 16S rrna, która jest bardzo zachowawcza. I primer OT1559: 5 - CTG CTT AAC ACA AGT TGA GTA GG - 3 II primer 18-1: 5 - TTC CTT AGG TAC CGT CAG AA - 3 Produkt PCR 287 pz.
36 Campylobacter spp. 287 pz
37 Primery dla różnych gatunków Campylobacter w multiplex PCR. Primer Produkt PCR Sekwencja gen CJF ACT TCT TTA TTG CTT GCT GC-3 C. jejuni hipo CJR 5 -GCC ACA ACA AGT AAA GAA GC-3 CCF GTA AAA CCA AAG CTT ATC GTG A-3 C. coli glya CCR 5 -TCC AGC AAT GTG TGC AAT G-3 CLF TAG AGA GAT AGC AAA AGA GAA-3 C. lari glya CLR 5 -TAC ACA TAA TAAT CCC ACC C-3 CUF AAT TGA AAC TCT TGC TAT CC-3 C. upsaliensis glya CUR 5 -TCA TAC ATT TTA CCC GAG CT-3 CFF GCA AAT ATA AAT GTA AGC GGA GAG-3 C. fetus sapb2 CFR 5 -TGC AGC GGC CCC ACC TAT-3 23SF TAT ACC GGT AAG GAG TGC TGG AG-3 C. jejuni 23S rrna 23SR 5 -ATC AAT TAA CCT TCG AGC ACC G-3
38 FIG. 1. Wykrywanie i identyfikacja gatunków Campylobacter metodą multiplex PCR. Lanes 1 and 9: 123-pz marker; lane 2: C. coli NCTC 11353, 126-pz fragment; lane 3: C. upsaliensis ATCC 43954, 204-pz fragment; lane 4: C. lari NCTC 11352, 251-pz fragment; lane 5: C. jejuni NCTC 11168, 323-pz fragment; lane 6: C. fetus subsp. fetus ATCC 27374, 435-pz fragment; lane 7: C. sputorum biovar fecalis ATCC 33711, 650-pz fragment of 23S rrna (który występuje we wszystkich Campylobacter spp., Arcobacter and Helicobacter testowanych izolatów); and lane 8: PCR-pozytywna kontrola z mieszaniną DNA.
39 Wykrywanie i identyfikacja Yersinia enterocolitica Dwa zestawy primerów (primery A1 i A2 oraz primery Y1 i Y2) zastosowano w multiplex PCR. Primery A1 (5'-TTA ATG TGT ACG CTG GGA GTG-3') A2 (5'-GGA GTA TTC ATA TGA AGC GTC-3') bezpośrednio dla genu ail pałeczek Y. enterocolitica, który zawierają tylko szczepy chorobotwórcze. Produkt PCR 425 pz.
40 Dla specyficznej amplifikacji genu 16S rrna Y. enterocolitica, zastosowano drugi zestaw Y1 (5'-AAT ACC GCA TAA CGT CTT CG-3') Y2 (5'-CTT CTT CTG CGA GTA ACG TC-3'), który dał produkt PCR 330 pz.
41 Poz. 1 Marker wielkości, poz. 2 Y. enterocolitica O:5, biotyp 1A; poz. 3 Y. enterocolitica O:8, biotyp 1A poz. 4 Y. enterocolitica O:5,27, biotyp 2; poz. 5 Y. enterocolitica O:9, biotyp 2; poz. 6 Y. enterocolitica O:1,2,3, biotyp 3; poz. 7 Y. enterocolitica O:3, biotyp 4; poz. 8 Y. enterocolitica O:2,3, biotyp 5; poz. 9 Y. bercovieri; poz. 10 Y. frederkseni;
42 Primery użyte w multiplex PCR dla identifikacji i określenia wirulencji chorobotwórczych Yersinia spp. wyizolowanych z żywności Primer a Sequence (5'-3') Produkt PCR (pz) 9A, ail GTT TAT CAA TTG CGT CTG TTA ATG TGT ACG A CTA TCG AGT TTG GAG TAT TCA TAT GAA GCG 11A, virf AAG GTT GTT GAG CAT TCA CAA GAT GG A TTT GAG TGA AAT AAG ACT GAC TCG AGAACC rfbca, rfbc CGC ATC TGG GAC ACT AAT TCG 405 rfbcb CCA CGA ATT CCA TCA AAA CCA CC Pr2a, yst AAT GCT GTC TTC ATT TGG AGC 145 Pr2c ATC CCA ATC ACT ACT GAC TTC a ail, for attachment invasion locus; virf, for virulence regulatory functions located on the virulence plasmid; rfbc, of unknown function, located within the rfb cluster responsible for the biosynthesis of the O side chain of Y. enterocolitica O:3; yst, for Yersinia heat-stable toxin.
43 Multiplex PCR targeting genes encoding four virulence-associated properties: yst (145 (bp), rfbc (405 bp), ail (454 bp), and virf (700 bp). Lanes: 1, 2, and 3, Y. enterocolitica 4/O:3; 4, Y. enterocolitica O:8; 5, Y. pseudotuberculosis; M, 100-bp ladder as the DNA size control.
44 Werotoksyczne Escherichia coli PCR primers Sekwencja primerów (5 3 ) Specyficzność a Produkt PCR (pz) stx1f ATAAATCGCCATTCGTTGACTAC nt of A subunit coding region of stx stx1r AGAACGCCCACTGAGATCATC stx2f GGCACTGTCTGAAACTGCTCC nt of A subunit coding region of stx 2 (including stx 2 variants) 255 stx2r TCGCCAGTTATCTGACATTCTG eaeaf GACCCGGCACAAGCATAAGC EPEC and STEC) eaear CCACCTGCAGCAACAAGAGG nt of eaea (this region is conserved between 384 hlyaf GCATCATCAAGCGTACGTTCC nt of EHEC hlya 534 hlyar AATGAGCCAAGCTGGTTAAGCT a nt, nucleotide;
45 Characterization of reference STEC strains by multiplex PCR assay. Lanes: M, DNA size markers; 1, negative control; 2, O157:H strain 96/2998 (stx 1+ stx 2+ eaea + EHEC hlya + ); 3, O157 strain (stx 2 + eaea + EHEC hlya + ); 4, O157 strain 96/0052 (stx 1+ stx 2+ eaea + ); 5, O48:H21 strain 94CR (stx 1+ stx 2+ EHEC hlya + ); 6, O128 strain 95AS1 (stx 1+ stx 2+ ); 7, O91 strain 95HE4 (stx 1+ EHEC hlya + ); 8, O113 strain MW10 (stx 2+ EHEC hlya + ); 9, OX3:H21 strain O31 (stx 2+ ).
46 Inhibitory PCR 1. Krew: immuglobina G, hemoglobina i laktoferyna 2. Fekalia: sole żółci, złożone polisacharydy 3. Mleko: proteinazy, jony wapnia 4. Mocz: mocznik 5. Odczynniki: fenol, formamid, detergenty jonowe 6. Kwasy nukleinowe, matryca DNA badanego produktu 7. Talk z rękawic gumowych 8. Matryca żywnościowa
47 Dziękuję za uwagę
Biologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE I BADANIE WRAŻLIWOŚCI BAKTERII NA ANTYBIOTYKI I CHEMIOTERAPEUTYKI
ĆWICZENIE I BADANIE WRAŻLIWOŚCI BAKTERII NA ANTYBIOTYKI I CHEMIOTERAPEUTYKI Autor i główny prowadzący dr Dorota Korsak Wstęp Jednym z najważniejszych etapów rutynowej diagnostyki mikrobiologicznej zakażeń
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych
Nr kat. PK15 Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania w moczu lub w kulturach komórkowych na 50 reakcji PCR (50µl), włączając w to kontrole Detekcja oparta jest na amplifikacji fragmentu genu crp (cysteine
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoBadanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów. Rozdział 9
Badanie próbek żywności na obecność Genetycznie Zmodyfikowanych Organizmów Rozdział 9 Wykrywanie jakościowe kukurydzy MON810, kukurydzy Bt-176 i soi Roundup Ready metodą PCR M. Querci, M. Maretti, M. Mazzara
Bardziej szczegółowoZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ
ŻYW NO ŚĆ 3(20)Supl 1999 JOANNA CHMIELEWSKA, JOANNA KAWA-RYGIELSKA ZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ S t r e s z c z e n i e W pracy podjęto próbę wykorzystania metody
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11
PL 214501 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 214501 (13) B1 (21) Numer zgłoszenia: 391458 (51) Int.Cl. C12Q 1/68 (2006.01) C12N 15/29 (2006.01) Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoWYKRYWANIE OBECNOŚCI BAKTERII Z RODZAJU LISTERIA W ŻYWNOŚCI
ĆWICZENIE IV Autor i główny prowadzący dr Dorota Korsak WYKRYWANIE OBECNOŚCI BAKTERII Z RODZAJU LISTERIA W ŻYWNOŚCI Wstęp Rodzaj Listeria należy do typu Firmicutes wspólnie z rodzajem Staphylococcus, Streptococcus,
Bardziej szczegółowoANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18
ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18 A. Rybotypowanie bakterii w osadzie czynnym techniką ARDRA (ang. Amplified rdna Restriction Analysis) Informacje dotyczące analizowanych prób:
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
ĆWICZENIE 1 i 2 Modyfikacja geu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków) Celem ćwiczenia jest wprowadzenie mutacji punktowej do genu
Bardziej szczegółowoAmpliTest Babesia spp. (PCR)
AmpliTest Babesia spp. (PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla pierwotniaków z rodzaju Babesia techniką PCR Nr kat.: BAC21-100 Wielkość zestawu: 100 oznaczeń Objętość pojedynczej reakcji:
Bardziej szczegółowoGenetyka, materiały dla studentów Pielęgniarstwa
Markery genetyczne: definicja Marker genetyczny jest to cecha, która może być wykorzystana do identyfikacji osobników lub gatunków. Cechy markerów genetycznych Monogeniczny: warunkowany przez jeden gen
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)
Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego
Bardziej szczegółowoPL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL
PL 220315 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 220315 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 400252 (22) Data zgłoszenia: 06.08.2012 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoPCR. Aleksandra Sałagacka
PCR Aleksandra Sałagacka Reakcja PCR naśladuje proces replikacji DNA in vitro pozwala na amplifikację określonego krótkiego (kilkadziesiąt kilka tys.pz) fragmentu DNA obecnie najważniejsze narzędzie biologii
Bardziej szczegółowoGenetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16
Genetyczne modyfikowanie organizmów Kierunek OCHRONA ŚRODOWISKA, II rok semestr letni 2015/16 Ćwiczenie 3 Identyfikacja genetycznie modyfikowanych roślin w produktach spożywczych - jakościowe badanie obecności
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK25N Wersja zestawu: 1.2012 Zestaw do wykrywania spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Zestaw
Bardziej szczegółowoZestaw do wykrywania Anaplasma phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych
Nr kat. PK24N Wersja zestawu: 1.2016 Zestaw do wykrywania phagocytophilum w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych dwie oddzielne reakcje PCR 2x50 reakcji PCR (50 µl), włączając w to kontrole Detekcja
Bardziej szczegółowoPolimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość
Ćwiczenie 6 Technika PCR Celem ćwiczenia jest zastosowanie techniki PCR do amplifikacji fragmentu DNA z bakterii R. leguminosarum bv. trifolii TA1 (RtTA1). Studenci przygotowują reakcję PCR wykorzystując
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoFarmakogenetyka Biotechnologia Medyczna I o
ĆWICZENIE 2 Oznaczanie polimorfizmu cytochromu CYP2D6 za pomocą tradycyjnych metod biologii molekularnej: PCR-RFLP I. Łańcuchowa reakcja polimerazy PCR (polymerase chain reaction) Technika PCR rozwinęła
Bardziej szczegółowoPCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoPCR łańcuchowa reakcja polimerazy
PCR łańcuchowa reakcja polimerazy PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoĆwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO
Ćwiczenie numer 6 Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO 1. Informacje wstępne -screening GMO -metoda CTAB -qpcr 2. Izolacja DNA z soi metodą CTAB 3. Oznaczenie ilościowe i jakościowe DNA
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction łańcuchowa (cykliczna) reakcja polimerazy Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Kit
E.coli Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli. Metoda chemiczna. wersja 1117 6 x 40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników
Bardziej szczegółowoKŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity)
- Specyficzność (specyficzne wiązanie się TYLKO do startera- wcześniej związanego z matrycą) - Termostabilność (utrzymanie aktywności pomimo powtarzającego się cyklicznie wzrostu temperatury) - Wierność
Bardziej szczegółowoZestaw dydaktyczny. genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP
2014-07-17 Zestaw dydaktyczny EasyGenotyping PCR-RFLP - S. aureus genotypowanie szczepów 5taphy/ococcus aureus metodą PCR-RFLP Celem ćwiczenia jest przeprowadzenie typowania genetycznego dostarczonych
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Salmonella species
Novazym Products Novazym Polska ul. Żywokostowa 23, 61-680 Poznań, tel. +48 0 61 610 39 10, fax +48 0 61 610 39 11, email info@novazym.com Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego bakterii z rodzaju
Bardziej szczegółowoEWOLUCJA GENOMÓW. Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl
EWOLUCJA GENOMÓW Bioinformatyka, wykład 6 (22.XI.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl Wykład 6 spis treści genomika mapowanie genomów początki ewolucji świat RNA świat wirusów (?) ewolucja genomów GENOMIKA
Bardziej szczegółowoAutor: dr Mirosława Staniaszek
Zakład Hodowli Roślin Ogrodniczych Pracownia Genetyki i Hodowli Roślin Warzywnych Fot. J. Sobolewski Procedura identyfikacji genu Frl warunkującego odporność pomidora na Fusarium oxysporum f.sp. radicis-lycopersici
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin - SGGW Bioinformatyka to wykorzystanie technologii komputerowych w celu zrozumienia i efektywnego wykorzystania
Bardziej szczegółowoPCR PCR. Model replikacji semikonserwatywnej
PCR Łańcuchowa reakcja polimerazy (Polymerase Chain Reaction) amplifikacja (namnożenie wielu kopii cząsteczki kwasu nukleinowego) w pierwotnej wersji wykorzystująca model replikacji semikonserwatywnej
Bardziej szczegółowoProwadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia Medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią ============================================================================
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych
Ćwiczenie 7 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych Celem ćwiczenia jest sklonowanie fragmentu DNA (powielonego techniką PCR i wyizolowanego z żelu agarozowego na poprzednich zajęciach) do wektora plazmidowego
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Babesia canis
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego pierwotniaka Babesia canis canis techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-Bc-200 AML-Bc-400
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV
Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności
Bardziej szczegółowoZastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych
Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych Wstęp teoretyczny Technika RAPD (ang. Random Amplification of Polymorphic DNA) opiera się na prostej reakcji PCR, przeprowadzanej na genomowym
Bardziej szczegółowoPCR - ang. polymerase chain reaction
PCR - ang. polymerase chain reaction Technika PCR umożliwia otrzymywanie dużej liczby kopii specyficznych fragmentów DNA (czyli amplifikację zwielokrotnienie fragmentu DNA) Jest to reakcja powielania (replikacji)
Bardziej szczegółowoInstrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.
INSTRUKCJA Ćwiczenie nr 5 Odczynniki: Sprzęt: 1. 5xNG cdna Buffer 2. 50 µm oligo(dt)20 3. NG dart RT mix l 4. Probówki typu Eppendorf 0,2 ml 5. Woda wolna od RNaz 6. Lód 1. Miniwirówka 2. Termocykler 3.
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowoAmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)
AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzaju Salmonella techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC01-50 Wielkość zestawu: 50 oznaczeń Objętość
Bardziej szczegółowoSaccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna.
Saccharomyces Transformer Kit zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Saccharomyces cerevisiae. Metoda chemiczna. wersja 0916 6 x 20 transformacji Nr kat. 4010-120 Zestaw zawiera
Bardziej szczegółowoProgram Wieloletni Sprawozdanie za okres r.
Program Wieloletni 2015-2020 Sprawozdanie za okres 15.07-31.12.2015 r. Nazwa i nr zadania: 2.8 Poszerzanie puli genetycznej roślin z przeznaczeniem na cele nieżywnościowe Wykonawcy Bydgoszcz - Ogród Botaniczny
Bardziej szczegółowoumożliwiający wyl<rywanie oporności na HIV przy użyciu
Zestaw dydaktyczny Nr kat. OY255 Wersja zestawu: 1.2015 Zestaw dydaktyczny umożliwiający wyl
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoMieszanina trójfosforanów deoksyrybonukleotydów (dntp: datp, dgtp, dctp, dttp) Bufor reakcyjny zapewniający odpowiednie warunki reakcji
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Biologia i Biologia medyczna II rok Katedra Biologii Molekularnej Przedmiot: Biologia Molekularna z Biotechnologią =================================================================
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU PCR sposób na DNA. SPIS TREŚCI: 1. Wprowadzenie. 2. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. 3. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoW związku z wydzieleniem pakietów i dodaniem nowych zmianie ulegają zapisy SIWZ.
Poznań, dnia 06.06.2016 EZ/350/30/2016/928 Wg rozdzielnika: do wszystkich zainteresowanych i uczestników postępowania o zamówienie publiczne. dotyczy: przetargu nieograniczonego nr EZ/350/30/2016 Zakup
Bardziej szczegółowoE.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli
E.coli Transformer Zestaw do przygotowywania i transformacji komórek kompetentnych Escherichia coli Wersja 0211 6x40 transformacji Nr kat. 4020-240 Zestaw zawiera komplet odczynników do przygotowania sześciu
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 PCR i trawienie DNA enzymami restrykcyjnymi
Uniwersytet Gdański, Wydział Biologii Katedra Genetyki Molekularnej Bakterii Katedra Biologii i Genetyki Medycznej Katedra Biologii Molekularnej Biologia i Biologia Medyczna II rok Przedmiot: Biologia
Bardziej szczegółowoGel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617
Gel-Out Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 023-50, 023-250 Pojemność kolumny do izolacji DNA - do 20 µg DNA, minimalna pojemność - 2 µg DNA (przy zawartości
Bardziej szczegółowoPL 217144 B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego
PL 217144 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 217144 (13) B1 Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (21) Numer zgłoszenia: 391926 (22) Data zgłoszenia: 23.07.2010 (51) Int.Cl.
Bardziej szczegółowoDefinicje. Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Ukierunkowana mutageneza (ang. site-directed/site-specific mutagenesis)
Definicje Białka rekombinowane (ang. recombinant proteins, r-proteins) Białka, które powstały w żywych organizmach (lub liniach komórkowych) w wyniku ekspresji rekombinowanego DNA. Rekombinowany DNA jest
Bardziej szczegółowo(13) B1 PL B1. Hoechst Aktiengesellschaft, Frankfurt nad Menem, DE. Gugała Barbara, PATPOL Spółka z o. o.
RZECZPOSPOLITA POLSKA (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 169178 (13) B1 (2 1) Numer zgłoszenia 289953 Urząd Patentowy (22) Data zgłoszenia 19.04.1991 Rzeczypospolitej Polskiej (51) IntCl6 C12N 15/62 C12N
Bardziej szczegółowoAmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR)
AmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA terminatora NOS techniką Real Time PCR Nr kat.: GMO03-50 GMO03-100 Wielkość zestawu: 50 reakcji 100 reakcji Objętość pojedynczej
Bardziej szczegółowoBiochemia: Ćw. 11 Metoda RT-PCR
Ćwiczenie 11 METODA RT-PCR Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych: bromek etydyny T+ EDTA Xi etanol, 96% F kwas octowy, 96% C -merkaptoetanol N, T Tris Xi UWAGI WSTĘPNE Praca z kwasami
Bardziej szczegółowobi ~ Zestaw dydal<tyczny umożliwiający przeprowadzenie izolacji genomowego DNA z bakterii EasyLation Genomie DNA INSTRUI<CJA DLA STUDENTÓW
Zestaw dydaktyczny EasyLation Genomie DNA Nr kat. DY80 Wersja zestawu: 1.2014 Zestaw dydal
Bardziej szczegółowoBiologia Molekularna Podstawy
Biologia Molekularna Podstawy Budowa DNA Budowa DNA Zasady: Purynowe: adenina i guanina Pirymidynowe: cytozyna i tymina 2 -deoksyryboza Grupy fosforanowe Budowa RNA Budowa RNA Zasady: purynowe: adenina
Bardziej szczegółowoOpis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów
Załącznik nr 1 do SIWZ Nazwa i adres Wykonawcy Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów Przedmiot zamówienia; automatyczny system do diagnostyki molekularnej:
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Analityka Medyczna 2016 Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa Analiza
Bardziej szczegółowoMETODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII
METODY MOLEKULARNE STOSOWANE W TAKSONOMII AUTOR: MAGDALENA DUDEK Taksonomia jest nauką, której głównym celem jest badanie, opisywanie oraz klasyfikacja organizmów. W oparciu o różnice i podobieństwa łączy
Bardziej szczegółowoMikrosatelitarne sekwencje DNA
Mikrosatelitarne sekwencje DNA Małgorzata Pałucka Wykorzystanie sekwencji mikrosatelitarnych w jądrowym DNA drzew leśnych do udowodnienia pochodzenia materiału dowodowego w postępowaniu sądowym 27.09.2012
Bardziej szczegółowoGlimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących
Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające
Bardziej szczegółowoInżynieria Genetyczna ćw. 3
Materiały do ćwiczeń z przedmiotu Genetyka z inżynierią genetyczną D - blok Inżynieria Genetyczna ćw. 3 Instytut Genetyki i Biotechnologii, Wydział Biologii, Uniwersytet Warszawski, rok akad. 2018/2019
Bardziej szczegółowoNovabeads Food DNA Kit
Novabeads Food DNA Kit Novabeads Food DNA Kit jest nowej generacji narzędziem w technikach biologii molekularnej, umożliwiającym izolację DNA z produktów spożywczych wysoko przetworzonych. Metoda oparta
Bardziej szczegółowoProgram ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii
Program ćwiczeń z inżynierii genetycznej KP-III rok Biologii Ćwiczenie 1 i 2: Metody izolacji, oczyszczania DNA kolokwium wstępne: sprawdzenie podstawowych wiadomości z zakresu genetyki, i biologii molekularnej
Bardziej szczegółowoAmpli-LAMP Goose Parvovirus
Novazym Products Zestaw do identyfikacji materiału genetycznego parwowirusa GPV u gęsi techniką Loop-mediated Isothermal AMPlification (LAMP) Numery katalogowe produktu: AML-GPV-200 AML-GPV-400 Wydanie
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA
Ćwiczenie 1 Plazmidy bakteryjne izolacja plazmidowego DNA Plazmidy stanowią pozachromosomalny materiał genetyczny bakterii. Warunkują one szereg cech fenotypowych, jak oporność na leki, syntezę substancji
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan
Ćwiczenie 3 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6 metodą PCR w czasie rzeczywistym (rtpcr) przy użyciu sond typu TaqMan Klasyczna metoda PCR jest metodą jakościową, nie ilościową co np.
Bardziej szczegółowoObsługa pipet automatycznych. 2,0 μl 10,0 μl 20,0 μl 20 μl 100 μl 200 μl
Obsługa pipet automatycznych Pipeta 2-2 μl Pipeta 2-2 μl 1 2 1 2 2 2 2, μl 1, μl 2, μl 2 μl 1 μl 2 μl Obsługa pipet automatycznych Pipeta 1-1 μl 1 5 5 1 1 μl 55 μl 1 μl W probówce A i B są plazmidy: jeden
Bardziej szczegółowoprof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Poznawanie sekwencji genomowej
Bioinformatyka wykład 2: sekwencjonowanie cz. 1 prof. dr hab. inż. Marta Kasprzak Instytut Informatyki, Politechnika Poznańska Poznawanie sekwencji genomowej Poznawanie sekwencji genomów na trzech poziomach
Bardziej szczegółowo7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej
7. Metody molekularne jako źródło informacji botanicznej i lichenologicznej 7.2. Metody biologii molekularnej (technika PCR, sekwencjonowanie DNA) wykorzystywane w taksonomii roślin Autor: Magdalena Dudek
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, Warszawa. Zakład Biologii Molekularnej
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa 1 Ćwiczenie 1 Izolacja oraz
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoGenomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616
Genomic Maxi AX zestaw do izolacji genomowego DNA wersja 0616 10 izolacji Nr kat. 995-10 Pojemność kolumny do oczyszczania DNA wynosi 500 µg 1 Skład zestawu Składnik Ilość Temp. Przechowywania Kolumny
Bardziej szczegółowoGenomic Maxi AX Direct
Genomic Maxi AX Direct Uniwersalny zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. Procedura bez etapu precypitacji. wersja 0517 10 izolacji Nr kat. 995-10D Pojemność kolumny
Bardziej szczegółowoGenomic Midi AX. 20 izolacji
Genomic Midi AX Uniwersalny zestaw o zwiększonej wydajności do izolacji genomowego DNA z różnych materiałów. Procedura z precypitacją DNA. wersja 0517 20 izolacji Nr kat. 895-20 Pojemność kolumny do oczyszczania
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej, Wydział Farmaceutyczny, WUM.
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: TERAPIA GENOWA Plan ćwiczeń Ćwiczenie 1: Przygotowanie warsztatu terapii genowej 1. Kontrola jakościowa preparatów plazmidowych paav/lacz,
Bardziej szczegółowoWalidacja metod wykrywania, identyfikacji i ilościowego oznaczania GMO. Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB
Walidacja metod wykrywania, identyfikacji i ilościowego oznaczania GMO Magdalena Żurawska-Zajfert Laboratorium Kontroli GMO IHAR-PIB Walidacja Walidacja jest potwierdzeniem przez zbadanie i przedstawienie
Bardziej szczegółowoGRADIENT TEMPERATUR TOUCH DOWN PCR. Standardowy PCR RAPD- PCR. RealTime- PCR. Nested- PCR. Digital- PCR.
Standardowy PCR RAPD- PCR Nested- PCR Multipleks- PCR Allelospecyficzny PCR Touchdown- PCR RealTime- PCR Digital- PCR In situ (slide)- PCR Metylacyjno specyficzny- PCR Assembly- PCR Inverse- PCR GRADIENT
Bardziej szczegółowoZA STO SO W A N IE M ETO D Y P C R DO RÓ ŻN IC O W A N IA DRO ŻDŻY PR ZEM Y SŁO W Y C H
ŻYW NO ŚĆ 3(20)Supl 1999 JOANNA KAWA-RYGIELSKA ZA STO SO W A N IE M ETO D Y P C R DO RÓ ŻN IC O W A N IA DRO ŻDŻY PR ZEM Y SŁO W Y C H Streszczenie Metoda PCR została wykorzystana do identyfikacji hybrydów
Bardziej szczegółowoAmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)
AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR) Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych dla bakterii z rodzajów Chlamydia i Chlamydophila techniką Real Time PCR Nr kat.: BAC18-50 BAC18-100 Wielkość
Bardziej szczegółowoNajważniejsze z nich to: enzymy restrykcyjne wektory DNA inne enzymy np. ligazy, fosfatazy, polimerazy, nukleazy
Aby manipulować genami niezbędne są odpowiednie narzędzia molekularne, które pozwalają uzyskać tzw. zrekombinowane DNA (umożliwiają rekombinację materiału genetycznego in vitro czyli w próbówce) Najważniejsze
Bardziej szczegółowoMetody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA
Metody odczytu kolejności nukleotydów - sekwencjonowania DNA 1. Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta 1977) 2. Metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - klasyczna metoda Sangera (Sanger
Bardziej szczegółowoFilogenetyka. Dr inż. Magdalena Święcicka, dr hab. Marcin Filipecki. Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW
Filogenetyka Dr inż. Magdalena Święcicka, dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin, SGGW Filogenetyka Cel rekonstrukcja historii ewolucji wszystkich organizmów Klasyczne
Bardziej szczegółowoPCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific
PCR bez izolacji testujemy Direct PCR Kits od ThermoFisher Scientific Specjalnie dla Was przetestowaliśmy w naszym laboratorium odczynniki firmy Thermo Scientific umożliwiające przeprowadzanie reakcji
Bardziej szczegółowoModyfikacja genu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PCR (wydłużania nakładających się odcinków)
Instrukcja do ćwiczeń nr 1 i 2 Modyfikacja genu wołowej beta-laktoglobuliny przy użyciu metody Overlap Extension PR (wydłużania nakładających się odcinków) EL Wprowadzenie mutacji punktowych do genu blgb:
Bardziej szczegółowoPOLIMERAZY DNA- PROCARYOTA
Enzymy DNA-zależne, katalizujące syntezę DNA wykazują aktywność polimerazy zawsze w kierunku 5 3 wykazują aktywność polimerazy zawsze wobec jednoniciowej cząsteczki DNA do utworzenia kompleksu z ssdna
Bardziej szczegółowoOznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu
Ćwiczenie 4 Oznaczenie polimorfizmu genetycznego cytochromu CYP2D6: wykrywanie liczby kopii genu Wstęp CYP2D6 kodowany przez gen występujący w co najmniej w 78 allelicznych formach związanych ze zmniejszoną
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowo