INSTRUKCJA UŻYTKOWANIA BBL Oxi/Ferm Tube II IA-212116.01 wer.: April 2007 BD BBL Oxi/Ferm Tube II PRZEZNACZENIE BBL Oxi/Ferm Tube II jest gotowym do bezpośredniego użycia systemem, przeznaczonym do identyfikacji fermentujących, oksydazododatnich oraz niefermentujących bakterii Gramujemnych, izolowanych z próbek klinicznych. ZASADY I OBJAŚNIENIE PROCEDURY Metoda mikrobiologiczna. Fermentujące oksydazododatnie oraz niefermentujące oksydazododatnie lub oksydazoujemne bakterie Gram-ujemne odgrywają ważną rolę jako czynniki zakaźne. Opisywana grupa bakterii rozkłada wodorowęglany głównie na drodze oksydacji oraz sporadycznie fermentacji. Opisywane drobnoustroje posiadają obydwa enzymy: katalazę, mogącą rozkładać nadtlenek wodoru na wodę i tlen, oraz oksydazę (oksydaza cytochromowa c) enzym, który może powodować szybkie utlenianie dimetylo- bądź tetrametyloparafenylenodiaminy. Test oksydazowy wykorzystuje się do oddzielania wspomnianych drobnoustrojów od gatunków z rodzaju Enterobacteriaceae, które są oksydazoujemne (z wyjątkiem Plesiomonas shigelloides). Zaliczenie P. shigelloides do rodziny Enterobacteriaceae postulowano ostatnio na podstawie sekwencjonowania 16S rrna, a także ze względu na wspólny antygen, charakterystyczny dla bakterii jelitowych. 1,2 Poprzednio wspomnianą oksydazododatnią bakterię zaliczano do rodziny Vibrionaceae. Za pomocą klasycznych testów biochemicznych lub ostatecznie różnorodnych testów potwierdzających dla określonych drobnoustrojów, przy użyciu systemu BBL Oxi/Ferm Tube II można przeprowadzić identyfikację istotnych z klinicznego punktu widzenia grup taksonomicznych bakterii Gram-ujemnych: niefermentujących oksydazododatnich lub oksydazoujemnych oraz fermentujących oksydazododatnich. BBL Oxi/Ferm Tube II jest oddzielną, podzieloną na szereg przedziałów rurką z tworzywa sztucznego, zawierającą dwanaście różnych rodzajów podłoży umożliwiających wykrycie 14 reakcji biochemicznych. Załączona eza służąca do posiewów umożliwia jednoetapową kolonizację wszystkich przedziałów bakteriami izolowanego szczepu, pochodzącymi z pojedynczej (pojedynczych) kolonii bakteryjnej. Oprócz tego należy przeprowadzić oddzielny test na obecność oksydazy. Po 48 godzinach inkubacji odczytuje się wyniki i odnotowuje wszystkie reakcje dodatnie. Karta wyników oraz Karta reakcji barwnych pozwalają na szybkie sprawdzenie otrzymanych wyników dodatnich. Po sprawdzeniu wyniki dodatnie sumuje się, zbiorczy wynik zaś umieszcza w Podręczniku kodów biologicznych systemu BBL Oxi/Ferm Tube II w celu identyfikacji drobnoustrojów. Jeśli lista drobnoustrojów zawiera co najmniej dwa gatunki, wykonuje się testy potwierdzające, umożliwiające identyfikację. Na poniższym schemacie przedstawiono sposób, w jaki test oksydazowy wykorzystuje się w celu różnicowania bakterii z rodziny Enterobacteriaceae od innych fermentujących oksydazododatnich bądź niefermentujących oksydazododatnich lub oksydazoujemnych bakterii Gram-ujemnych; wskazuje także, kiedy stosuje się systemy: BBL Oxi/Ferm Tube II lub BBL Enterotube II: IA-212116.01-1 -
Prosta hodowla na podłożu nieselektywnym Test oksydazowy dodatni ujemny Inokulować w BBL Oxi/Ferm Tube II Inokulować w BBL Enterotube II Glukoza w warunkach beztlenowych Glukoza Dodatni Ujemny Dodatni Ujemny* Aeromonas spp., Plesiomonas shigelloides, Vibrio spp. Achromobacter spp., Alcaligenes spp., Bordetella bronchiseptica, Moraxella spp., Pasteurella spp. itp. Enterobacteriaceae Acinetobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia itp. * Wymienione gatunki można również identyfikować przy użyciu systemu BBL Enterotube II, lecz w celu potwierdzenia wyników może być konieczne zastosowanie systemu BBL Oxi/Ferm Tube II. ODCZYNNIKI BBL Oxi/Ferm Tube II Substraty i inne aktywne składniki (zawarte w odpowiednim podłożu stałym) oraz zabarwienie nieskolonizowanego podłoża: Podłoże 1 (Ana-Gluc): Glukoza (10,0 g/l) z wskaźnikiem odczynu ph błękitem bromotymolowym. Podłoże jest pokryte woskiem w celu zapewnienia warunków beztlenowych. Bez posiewu: zielone. Podłoże 2 (Arginina): Glukoza (10,0 g/l) z wskaźnikiem odczynu ph purpurą bromokrezolową. Podłoże jest pokryte woskiem w celu zapewnienia warunków beztlenowych. Bez posiewu: żółte. Podłoże 3 (Lizyna): Lizyna (10,0 g/l) z wskaźnikiem odczynu ph purpurą bromokrezolową. Podłoże jest pokryte woskiem w celu zapewnienia warunków beztlenowych. Bez posiewu: żółte. Podłoże 4 (Laktoza/N 2 ): Laktoza (20,0 g/l), azotan potasowy (2,0 g/l) oraz azotyn sodowy (0,5 g/l) i wskaźnik odczynu ph czerwień fenolowa, pokryte woskiem w celu umożliwienia wykrycia tworzącego się gazu. Bez posiewu: czerwone. Podłoże 5 (Sacharoza/Indol): Sacharoza (15,0 g/l) i tryptofan (1,2 g/l) z wskaźnikiem odczynu ph błękitem Podłoże 6 (Ksyloza): Ksyloza (10,0 g/l) ze wskaźnikiem odczynu ph błękitem Podłoże 7 (Aer-Gluc): Glukoza (10,0 g/l) z wskaźnikiem odczynu ph błękitem Podłoże 8 (Maltoza): Maltoza (10,0 g/l) ze wskaźnikiem odczynu ph błękitem Podłoże 9 (Mannitol): Mannitol (10,0 g/l) ze wskaźnikiem odczynu ph błękitem Podłoże 10 (PA): Fenyloalanina (1,0 g/l) i cytrynian amonu żelazowy (1,0 g/l) oraz odpowiednia substancja podstawowa podłoża. Bez posiewu: beżowe. Podłoże 11 (Mocznik): Mocznik (20,0 g/l) ze wskaźnikiem odczynu ph czerwienią fenolową. Bez posiewu: beżowe; może mieć odcień bladoróżowy. Podłoże 12 (Cytrynian): Cytrynian sodu (2,0 g/l) ze wskaźnikiem odczynu ph błękitem ŚRODKI OSTROŻNOŚCI. Wyłącznie do zastosowań profesjonalnych. IA-212116.01-2 -
Nie należy używać probówek, jeżeli są na nich widoczne objawy świadczące o skażeniu mikrobiologicznym, nastąpiło oddzielenie powłoki woskowej, wysuszenie, pęknięcia lub inne oznaki pogorszenia jakości. Wystąpienie któregokolwiek z czynników może zakłócać dokładność wyników hodowli w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II: odwodnienie lub skroplenie, uniesienie powłoki woskowej z powierzchni pożywki, zmiana zabarwienia podłoża zabarwienia w odniesieniu do kolorów wyszczególnionych w części ODCZYNNIKI, Bez posiewu. Procedury aseptycznej techniki pracy z produktem, zagrożenia biologiczne oraz usuwanie zużytego produktu opisano w dokumencie OGÓLNE INSTRUKCJE DOTYCZĄCE STOSOWANIA. WARUNKI I OKRES PRZECHOWYWANIA Dostarczone probówki BBL Oxi/Ferm Tube II należy umieścić w zaciemnionym pomieszczeniu, w temperaturze 2 8 C, w oryginalnych opakowaniach, aż do momentu użycia. Nie zamrażać i nie przegrzewać. Probówki należy wykorzystać do posiewu bakterii przed upływem daty ważności i inkubować zgodnie z zalecanymi czasami inkubacji. Probówki pochodzące z otwartych opakowań można stosować przed upłynięciem daty ważności. Po otwarciu należy natychmiast zużyć probówki. KONTROLA JAKOŚCI PRZEZ UŻYTKOWNIKA Należy wykonać posiew szczepów bakterii wymienionych poniżej w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II. Sposób wykonania posiewu, inkubacji i odczytywania wyników opisano w dziale Procedura testowa. Organizmy* Ana-Gluc. Arginina Lizyna Laktoza N2 Sacharoza Indol Ksyloza Aer-Gluc. Maltoza Mannitol Fenyloalani na Mocznik Cytrynian Oksydaza Typowe wartości kodów biologicznych Ac. lwoffii - - - - - - - - - - - - - - - 00000 ATCC 15309 Aer. hydrophila + + - + - + + - + + + - - +/- + 65563 / 65561 ATCC 7966 B. bronchiseptica - - - - - - - - - - - - + + + 00007 ATCC 19395 Br. diminuta - - - - - - - - - - - + - - + 00011 ATCC 11568 Pl. shigelloides +/- + + + - - + - + + - - - - + 74541 / 34541 ATCC 14029 Ps. aeruginosa - + - - + - - + + - - - + +/- + 22307 / 22303 ATCC 27853 Ps. aeruginosa - + - - + - - + + - - - + + + 22307 ATCC 10145 St. maltophilia - - - -/+ - - - - - + - - -/+ + - 00042 / 04042 / ATCC 13637 00046 * Ac. = Acinetobacter; Aer. = Aeromonas; B. = Bordetella; Br. = Brevundimonas; Pl. = Plesiomonas; Ps. = Pseudomonas; St. = Stenotrophomonas PROCEDURA Dostarczane materiały BBL Oxi/Ferm Tube II. Sprawdzane pod kątem obecności mikroorganizmów. Broszura wyników i Karta reakcji barwnych dla systemu Oxi/Ferm Tube II. Materiały niedostarczane Podręcznik kodów biologicznych BBL Oxi/Ferm Tube II, dokument nr CM-212116.CE. Indole Dropper Reagent (odczynnik indolowy Kovacsa), 50 ampułek, nr kat. 261185). Odczynnik Oxidase Dropper Reagent, 50 ampułek, nr kat. 261181; ewentualnie można wykorzystywać test oksydazowy BD DrySlide (nr kat 231746, 75 zestawów testowych). Materiały i odczynniki potrzebne do przeprowadzenia testów uzupełniających wymieniono w Karcie interpretacji wyników w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II. IA-212116.01-3 -
Typy próbek BBL Oxi/Ferm Tube II jest systemem przeznaczonym do identyfikacji biochemicznej i nie powinno się go stosować bezpośrednio do badania próbek klinicznych. Należy stosować izolowane szczepy drobnoustrojów hodowanych na odpowiednich podłożach nieselektywnych (zobacz Procedura testu). Można wykorzystywać BBL Oxi/Ferm Tube II w celu identyfikacji niefermentujących oksydazododatnich lub oksydazoujemnych oraz fermentujących oksydazododatnich pałeczek Gram-ujemnych, wyizolowanych z dowolnego rodzaju próbki. Procedura testowa W celu zaszczepienia BBL Oxi/Ferm Tube II należy używać drobnoustrojów wzrastających na podłożach nieselektywnych, takich jak BD Columbia Agar with 5% Sheep Blood albo BD Trypticase Soy Agar II with 5% Sheep Blood. Hodowle stosowane do wykonywania posiewów należy prowadzić przez co najmniej 18 godzin, ale generalnie nie dłużej niż przez 48 godzin. Jedynie w bardzo rzadkich przypadkach drobnoustroje mogą wymagać dłuższego czasu, aby osiągnąć wzrost dostateczny do wykonania posiewu. Należy dopilnować, by izolowana hodowla poddana identyfikacji w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II stanowiła czystą hodowlę pałeczek Gram-ujemnych. 1. Przed zaszczepieniem probówki BBL Oxi/Ferm Tube II należy przeprowadzić test na oksydazę. Test jest przydatny w rozpoznaniu, czy dany drobnoustrój należy do rodzaju Enterobacteriaceae czy oksydazododatnich fermentujących pałeczek Gram-ujemnych i czy w związku z tym należy wykonać posiew na BBL Enterotube II czy na BBL Oxi/Ferm Tube II. W tym celu należy zakroplić od jednej do trzech kropli odczynnika Oxidase Dropper Reagent na skrawek białej bibuły filtracyjnej, umieszczonej na wieczku płytki Petriego. Za pomocą plastikowej ezy pobrać wyraźnie widoczną ilość hodowli z jednej lub kilku identycznych kolonii izolowanego szczepu, znajdujących się na płytce użytej do dostarczenia inokulum w celu zaszczepienia BBL Oxi/Ferm Tube II. Inokulum należy delikatnie wymieszać z odczynnikiem oksydazowym na powierzchni bibuły filtracyjnej i odczekać od 15 do 30 sekund. Barwa ciemnoniebieska do czarnej wskazuje na dodatni wynik reakcji oksydazowej. Nie należy brać pod uwagę wyników uzyskanych po upływie 1 minuty! Inną możliwością jest zastosowanie testu BD DrySlide Oxidase. Postępuje się wówczas zgodnie z instrukcją dołączoną do produktu. 2. Należy przygotować jedną stronę z karty kodowej dla izolowanego szczepu, wpisując na etykietce nazwisko pacjenta, numer próbki i datę. 3. Należy odnotować wynik testu oksydazowego. 4. Na jednej probówce BBL Oxi/Ferm Tube II należy wpisać nazwisko pacjenta, numer próbki oraz datę. 5. Zdjąć obie nakrętki. Końcówka ezy znajduje się pod białą nakrętką. Bez zbliżania ezy do płomienia należy pobrać końcówką fragment dobrze odgraniczonej kolonii (rys. 1). Nie przebijać powierzchni agaru. 6. Zaszczepić system BBL Oxi/Ferm Tube II obracając ezę, a następnie wycofując ją przez wszystkie przedziały i obracając wokół osi długiej (rys. 2). 7. Nie sterylizować ezy. Ponownie wprowadzić ezę do systemu BBL Oxi/Ferm Tube II, aż ogranicznik ezy osiągnie otwór probówki (rys. 3). Końcówka ezy powinna być widoczna w przedziale z cytrynianem. Zgiąć i złamać ezę na poziomie ogranicznika. Część ezy pozostająca w probówce powoduje, że utrzymane są warunki beztlenowe konieczne do procesu pełnej fermentacji. 8. Za pomocą odłamanej części ezy należy przebić folię pokrywającą otwory do przedziałów: sacharoza/indol, ksyloza, glukoza warunki tlenowe (Aer-Gluc), maltoza, mannitol, PA, mocznik i cytrynian (rys. 4). Nałożyć obie zatyczki. 9. Inkubować w temperaturze 35 37 C przez 48 godzin. Probówka BBL Oxi/Ferm Tube II powinna spoczywać na płaskiej powierzchni lub w pozycji pionowej. Podczas inkubacji należy zapewnić cyrkulację powietrza pomiędzy probówkami. Należy zwrócić uwagę, że ocena przedziału zawierającego mocznik jest wymagana po okresie inkubacji trwającej 18 24 godzin, ponieważ uzyskana informacja może być wykorzystana jako test potwierdzający ( szybki test ureazowy, zobacz Podręcznik kodów biologicznych systemu BBL Oxi/Ferm Tube II). IA-212116.01-4 -
Wyniki Sposób identyfikacji izolowanych szczepów przedstawiono poniżej. Opis wizualnych cech dodatnich i ujemnych wyników reakcji przedstawiono w tabeli 1. 1. Po upływie 24 godzin inkubacji należy odczytać wynik reakcji wyłącznie na podłożu zawierającym mocznik i odnotować wynik dodatni, ponieważ dla izolowanego szczepu może być potrzebny jako test uzupełniający (szybki test ureazowy). 2. Interpretację wyników reakcji należy przeprowadzić po 48 godzinach inkubacji. Z wyjątkiem podłoża indolowego wyniki reakcji odczytuje się w kolejności, porównując kolor poszczególnych podłoży po inkubacji wewnątrz rurki z barwami zamieszczonymi w na okładce karty kodowej oraz ewentualnie z barwami nieskolonizowanych podłoży BBL Oxi/Ferm Tube II, które należy umieścić najpierw w temperaturze pokojowej (rys. 5). 3. Dodatni wynik testu, w tym testu na mocznik po 48 godzinach należy zanotować, zakreślając kółkiem liczbę znajdującą się pod właściwym przedziałem w Broszurze wyników (rys. 6). 4. W celu przeprowadzenia testu indolowego należy: Probówkę BBL Oxi/Ferm Tube II ułożyć poziomo na ławie lub wstawić pionowo do stojaka skierowaną przedziałem glukozy (Ana-Gluc) ku dołowi. Za pomocą igły, odłamanej końcówki ezy probówki BBL Oxi/Ferm Tube II lub za pomocą rozgrzanej ezy przekłuć lub wytopić otwór o średnicy około 3 4 mm w plastikowej folii nad przedziałami sacharoza/indol. 5. Nanieść 3-4 krople odczynnika Kovacsa (nr kat. 261185) do przedziału sacharoza/indol. Odczekać, aby nastąpił kontakt odczynnika z powierzchnią podłoża. Pojawianie się czerwonej barwy w dodanym odczynniku w ciągu 10 sekund oznacza dodatni wynik testu. 6. Następnie w każdym polu należy zsumować wszystkie zakreślone liczby i wpisać uzyskany wynik w miejscu znajdującym się pod strzałkami (rys. 6). 7. Odczytać pięć cyfr znajdujących się w tych miejscach jako kod biologiczny (np. 32303). 8. Wspomniany pięciocyfrowy numer odczytuje się w Podręczniku kodów biologicznych systemu BBL Oxi/Ferm Tube II. Ta liczba służy do identyfikacji rodzaju i (lub) gatunku drobnoustroju. W przypadku numeru kodu podanego w przykładzie powyżej i na rys. 6., rozpoznaje się wynik dodatni dla Pseudomonas aeruginosa. 9. Jeżeli pod numerem profilu w Podręczniku kodów biologicznych będzie widoczna nazwa więcej niż jednego organizmu, należy wykonać testy potwierdzające w celu diagnostyki różnicowej. Rys. 1 Rys. 2 Rys. 3 Rys. 4 Rys. 5 IA-212116.01-5 -
Rys. 6 Broszura wyników BBL Oxi/Ferm Tube II Tabela 1: Wygląd reakcji ujemnych i dodatnich w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II Reakcja Wynik ujemny Wynik dodatni Uwagi Glukoza w warunkach beztlenowyc h Dihydrolaz a argininow a Zielony, niebieski Dekarboksyl Żółty aza lizynowa Żółty PRZEDZIAŁ 1 Dodatni wynik fermentacji znamionuje zmiana koloru z zielonego (odczyn obojętny) na żółty (odczyn kwaśny). Większość oksydazododatnich fermentujących pałeczek Gram-ujemnych wykazuje reakcję ujemną. Barwę zieloną i niebieską uważa się za wynik ujemny. PRZEDZIAŁ 2 Żółty, szary Purpurowy W wyniku dekarboksylacji argininy powstają produkty o odczynie alkalicznym. Wskazuje to zmiana barwy wskaźnika purpury bromokrezolowej, zawartej w podłożu, z żółtej (odczyn kwaśny) na purpurową (odczyn zasadowy). Kolor szary oznacza ujemny wynik. PRZEDZIAŁ 3 Purpurowy W wyniku dekarboksylacji lizyny powstają produkty o odczynie alkalicznym. Wskazuje to zmiana barwy wskaźnika purpury bromokrezolowej, zawartej w podłożu, z żółtej (odczyn kwaśny) na purpurową (odczyn zasadowy). Kolor szary oznacza ujemny wynik. PRZEDZIAŁ 4 Laktoza Czerwony Żółty Na obecność fermentacji laktozy wskazuje zmiana koloru z czerwonego (odczyn obojętny) na żółty (odczyn kwaśny). Większość oksydazododatnich fermentujących pałeczek Gram-ujemnych wykazuje reakcję ujemną. Wytwarza nie gazu (N 2 ) Sacharoza Zielony, niebieskozi elony lub niebieski Indol Uniesienie lub oddzieleni e warstwy wosku od podłoża Żółty O wytwarzaniu gazowego azotu świadczy uniesienie lub oddzielenie warstwy wosku pokrywającej powierzchnię podłoża agarowego. Niekiedy o wytwarzaniu gazowego azotu świadczy również oddzielanie się agaru od ścianki przedziału. PRZEDZIAŁ 5 O utlenianiu tego wodorowęglanu świadczy zmiana zabarwienia z zielonego (odczyn obojętny) na żółte (odczyn kwaśny). Barwę zieloną i niebieską uważa się za wynik ujemny. Bezbarwny Czerwony Przed dodaniem odczynnika indolowego Kovacsa należy zanotować wyniki wszystkich reakcji w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II. Wytwarzanie indolu powstającego na drodze przemian metabolicznych tryptofanu katalizowanych przez bakteryjny enzym tryptofanazę jest wykrywane na podstawie zmianie zabarwienia z różowego na czerwone po dodaniu odczynnika Kovacsa. Odczynnik dodaje się do przedziału po upływie 48 godzin inkubacji probówki.* IA-212116.01-6 -
Reakcja Ksyloza, glukoza w warunkach tlenowych, maltoza, mannitol Wynik ujemny Zielony, niebieskozi elony lub niebieski Wynik dodatni Żółty PA Beżowy Jasnobrąz owy Uwagi PRZEDZIAŁY 6, 7, 8, 9 O utlenianiu ksylozy, glukozy, maltozy i mannitolu świadczy zmiana koloru z zielonego (odczyn obojętny) na żółty (odczyn kwaśny). Barwę zieloną i niebieską uważa się za wynik ujemny. PRZEDZIAŁ 10 Fenyloalanina ulega rozkładowi do kwasu fenylopirogronowego, który tworzy brązowawy kompleks z solami żelaza. Obecność brązowego odcienia jest równoznaczna z dodatnim wynikiem badania. PRZEDZIAŁ 11 Mocznik Beżowy Purpurowy Ureaza, enzym produkowany przez różne mikroorganizmy, powoduje hydrolizę mocznika do amoniaku i zmianę zabarwienia wskaźnika w podłożu czerwieni fenolowej z beżowego (odczyn kwaśny) na różowe lub purpurowe (odczyn zasadowy). Kolor bladoróżowy uważa się za wynik ujemny. PRZEDZIAŁ 12 Cytrynian Zielony Niebieski Test pozwala na wykrywanie drobnoustrojów zdolnych do wykorzystywania cytrynianu w postaci soli sodowej jako jedynego źródła węgla. Drobnoustroje zdolne do wykorzystywania cytrynianu wytwarzają metabolity o odczynie zasadowym, zmieniające ph podłoża, co powoduje zmianę zabarwienia wskaźnika błękitu bromotymolowego z zielonego (odczyn obojętny) na niebieskie (odczyn zasadowy). Obecność niebieskiego zabarwienia jest równoznaczna z dodatnim wynikiem badania. * Odczynnik indolowy Kovacsa może rozkładać piorubinę. W wyniku tej reakcji powstają czerwonawobrązowe przebarwienia, które mogą być błędnie interpretowane jako dodatnia reakcja indolowa. Przyczynę tego błędu można wyeliminować, dodając odczynnik Kovacsa pod warstwę folii plastikowej zamiast na powierzchnię agaru. CHARAKTERYSTYKA WYNIKÓW I OGRANICZENIA DOTYCZĄCE PROCEDURY System BBL Oxi/Ferm Tube II zaprojektowano w celu identyfikacji bakterii Gram-ujemnych o niewielkich wymaganiach izolowanych z próbek klinicznych: niefermentujących oksydazododatnich lub oksydazoujemnych oraz fermentujących oksydazododatnich. Wyniki kilku publikacji poświęconych wynikom działania systemu wskazują na dokładność identyfikacji rzędu 87 93%. 3-5 W celu uzyskania dokładnych wyników identyfikacji należy ściśle przestrzegać procedur opisanych w części rozdziale Procedura testu. Jeśli otrzymane numery kodowe wskazują na potrzebę wykonania dodatkowych testów potwierdzających, należy je przeprowadzić zgodnie ze wskazówkami zawartymi w DODATKU 2 i 3 Podręcznika kodów biologicznych. Charakterystyka wydajnościowa Dokładność: W badaniu parametrów wydajnościowych analizowano przy użyciu systemu BBL Oxi/Ferm Tube II 220 zidentyfikowanych uprzednio szczepów (w tym również znane kultury ATCC). Uzyskano następujące wyniki: identyfikacja przy użyciu metody porównawczej nie powiodła się w przypadku trzech próbek, w badaniu w systemie BBL Oxi/Ferm Tube II nie uzyskano identyfikacji dziesięciu próbek, w badaniu sześciu próbek w zestawieniu z metodą porównawczą rozpoznano ten sam rodzaj taksonomiczny, ale inny gatunek, w przypadku zaś pięciu próbek zidentyfikowano inny rodzaj taksonomiczny niż za pomocą metody porównawczej. Powyższe dane wskazują na 97% zgodność obu metod pod względem identyfikacji rodzaju i gatunku. Rodzaje próbek stosowanych badaniu podsumowano w tabeli 2. Przedstawiono listę rodzajów, gatunków, liczbę zbadanych próbek oraz odsetek drobnoustrojów wykazujących dodatnie wyniki reakcji biochemicznych w każdym z przedziałów systemu BBL Oxi/Ferm Tube II. IA-212116.01-7 -
Tabela 2: Wyniki oceny wydajności Liczba próbek ANA-GLU ARG LYS LAC N2 SUC IND XYL AER-GLU MAL MAN PA URE CIT OXI Acinetobacter A. calcoaceticus 17 18 0 6 0 0 0 0 100 100 0 0 0 7 10 0 A. Iwoffii* 26 4 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 50 50 0 Achromobacter A. xylosoxidans 2 0 100 100 0 100 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 Aeromonas Aer. 9 100 100 67 100 89 100 100 89 100 89 11 0 0 89 100 hydrophila* Alcaligenes Al. denitrificans* 3 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 Bordetella B. bronchiseptica 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 100 100 Flavobacterium F. species 5 20 0 0 40 0 0 80 0 40 20 20 0 20 40 100 Moraxella M. species 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 40 100 Pasteurella P. multocida 6 0 0 0 83 0 50 33 0 0 0 0 0 0 0 100 Plesiomonas Pl. shigelloides 7 100 100 100 100 0 0 100 0 100 100 0 0 0 0 100 Pseudomonas i rodzaje pokrewne Delftia acidovorans 9 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 100 100 Burkh. cepacia 12 0 8 100 0 0 0 0 0 42 58 0 0 8 83 100 Ps. aeruginosa 10 0 100 40 0 50 0 10 90 100 0 0 0 90 100 100 Ps. fluorescens 5 0 0 0 0 0 0 0 80 100 0 0 0 0 100 100 Ps. 2 0 100 100 0 0 0 0 0 100 0 0 0 50 50 100 mendocina Ps. putida 25 4 92 88 0 0 0 0 80 88 0 0 0 56 100 100 Ps. species 17 0 0 23 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 24 88 Ps. stutzeri 3 0 0 0 0 67 0 0 33 33 0 0 0 0 100 100 Ralstonia pickettii 3 0 0 0 0 0 0 0 100 100 0 0 0 100 100 100 St. 8 maltophilia 0 0 88 0 0 0 0 0 0 75 0 13 88 100 75 Vibrio V. alginolyticus 1 100 0 100 100 0 0 100 0 100 100 100 0 0 0 100 V. parahaemolytic us 3 100 0 100 100 0 0 100 0 100 100 100 0 0 0 100 Skróty: A.= Achromobacter; Aer.= Aeromonas; Al.= Alcaligenes; B.= Bordetella; F.= Flavobacterium; M.= Moraxella; P.= Pasteurella; Pl.= Plesiomonas; Burkh.= Burkholderia; Ps.= Pseudomonas; St.= Stenotrophomonas; V.= Vibrio. IA-212116.01-8 -
Ograniczenia procedury System BBL Oxi/Ferm Tube II został zaprojektowany do testów grup taksonomicznych (rodzajów i gatunków) przedstawionych poniżej. Grupy inne niż zamieszczone w tabeli 3. nie są przeznaczone do identyfikacji przy użyciu omawianego systemu. Numery profili, oznaczone w Podręczników kodów biologicznych literą L uzyskano w wyniku zbadania jedynie ograniczonej liczby szczepów. Nie ustalono prawdopodobieństwa wystąpienia tych oznaczeń. Kody biologiczne BBL Oxi/Ferm Tube II nie nadają się do fenotypowania szczepów wyizolowanych z tych samych lub różnych próbek. Wyniki testów biochemicznych uzyskane w teście BBL Oxi/Ferm Tube II mogą być różne od wyników opublikowanych lub uzyskanych przy użyciu innych metod. Kody biologiczne BBL Oxi/Ferm Tube II nie nadają się do fenotypowania szczepów wyizolowanych z tych samych lub różnych próbek. Prowadząc identyfikację bakterii Gram-ujemnych należy uwzględniać dodatkowe cechy diagnostyczne np. źródło próbki, wywiad lekarski pacjenta oraz morfologię kolonii, cechy mikroskopowe, parametry serologiczne oraz wzory wrażliwości na antybiotyki. W celu weryfikacji identyfikacji rzadko występujących organizmów należy powtórzyć identyfikację rozcieńczonych izolowanych szczepów lub wykonać dodatkowe badania. W przypadku niektórych drobnoustrojów mogą występować nietypowe reakcje biochemiczne wywołane rzadkimi wymaganiami odżywczymi lub mutacjami. Utrudnia to proces identyfikacji. W przypadku niektórych organizmów prawidłowa identyfikacja jest możliwa po inkubacji trwającej ponad 48 godzin. Pomimo niedawnych sugestii dotyczących zaliczenia Plesiomonas shigelloides do rodzaju Enterobacteriaceae z uwagi na sekwencjonowanie 16S rrna oraz obecność antygenu wspólnego dla bakterii jelitowych, włączono ten drobnoustrój do bazy danych systemu BBL Oxi/Ferm Tube II. 1,2 PIŚMIENNICTWO 1. Abbott, S.L. 2003. Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Plesiomonas, and other Enterobacteriaceae. In: Murray, P. R., E. J. Baron, J.H. Jorgensen, M. A. Pfaller, and R. H. Yolken (ed.). Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. 2. Martinez-Murcia, A.J., S. Beniloch, and M.D. Collins. 1992. Pylogenetic interrelationships of members of the genera Aeromonas and Plesiomonas as determined by 16S ribosomal RNA sequencing: lack of congruence with results of DNA-DNA hybridizations. Int. J. Syst. Bacteriol. 42: 412-421. 3. Oberhofer, T.R. 1983. Use of the API 20 E, Oxi/Ferm, and Minitek systems to identify nonfermentative and oxidase-positive fermentative bacteria: seven years of experience. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 1: 241-256. 4. Sanyal, S.C. 1981. Evaluation of a test-kit (Oxi/Ferm system) for identification of vibrios. Zbl. Bakteriol. Hyg. A 251: 70-78. 5. Koestenblatt, E.K., D.H. Larone, and K.J. Pavletich. 1982. Comparison of the Oxi/Ferm and N/F systems for identification of infrequently encountered nonfermentative and oxidase-positive fermentatitive bacilli. J. Clin. Microbiol. 15: 384-390. 6. Murray, P. R., E. J. Baron, J.H. Jorgensen, M. A. Pfaller, and R. H. Yolken (ed.). 2003. Manual of clinical microbiology, 8th ed. American Society for Microbiology, Washington, D.C. PAKOWANIE / DOSTĘPNOŚĆ BBL Oxi/Ferm Tube II Nr katalogowy 212116 25 probówek DODATKOWE INFORMACJE W celu uzyskania dodatkowych informacji należy się skontaktować z lokalnym przedstawicielem firmy BD. IA-212116.01-9 -
Tabela 3: Przegląd rodzajów i gatunków zawartych w bazie danych systemu BBL Oxi/Ferm Tube II (wydanie poprawione: lipiec 2003) GRUPY TAKSONOMICZNE BAKTERII Dotychczasowe nazwy i dodatkowe informacje Acinetobacter baumannii/calcoaceticus a Acinetobacter calcoaceticus Acinetobacter haemolyticus a Acinetobacter lwoffii a Aeromonas caviae Aeromonas hydrophila Aeromonas veronii bv. (biotyp) sobria Aeromonas sobria Aeromonas veronii bv. veronii Aeromonas veronii Achromobacter xylosoxidans podgat. Alcaligenes denitrificans denitrificans Achromobacter xylosoxidans podgat. Achromobacter xylosoxidans, Alcaligenes xylosoxidans xylosoxidans Alcaligenes faecalis Alcaligenes faecalis (odorans) Alcaligenes odorans Alcaligenes spp. Bordetella bronchiseptica Brevundimonas diminuta Pseudomonas diminuta Brevundimonas vesicularis Pseudomonas vesicularis Burkholderia cepacia complex b Burkholderia cepacia, Pseudomonas cepacia Burkholderia pseudomallei Pseudomonas pseudomallei Chromobacterium violaceum Chryseobacterium indologenes Flavobacterium indologenes Chryseobacterium meningosepticum Flavobacterium meningosepticum Comamonas testosteroni/terrigena Pseudomonas testosteroni Delftia acidovorans Comamonas acidovorans, Pseudomonas acidovorans Empedobacter brevis Flavobacterium breve Flavobacterium spp Mogą należeć gatunki z nową nazwą rodzajową, np. Myroides, Chryseobacterium, Sphingobacterium itp. d Kingella denitrificans Moraxella spp. Może należeć gatunek Psychrobacter phenylpyruvicus (dawniej Moraxella phenylpyruvica) d Myroides odoratus Flavobacterium odoratum Ochrobactrum anthropi Grupa Vd Oligella urethralis Moraxella urethralis Pasteurella multocida Plesiomonas shigelloides c Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas alcaligenes Pseudomonas fluorescens Pseudomonas mendocina Pseudomonas oryzihabitans Pseudomonas putida Pseudomonas spp. Pseudomonas stutzeri Ralstonia pickettii Pseudomonas pickettii Rhizobium (Agrobacterium) radiobacter Agrobacterium tumefaciens Shewanella putrefaciens Pseudomonas putrefaciens Sphingobacterium multivorum Flavobacterium multivorum Sphingomonas paucimobilis Pseudomonas paucimobilis Stenotrophomonas maltophilia Pseudomonas maltophilia, Xanthomonas maltophilia Vibrio alginolyticus Vibrio cholerae Vibrio mimicus Vibrio parahaemolyticus Vibrio vulnificus a Rodzaj Acinetobacter składa się z 23 genogatunków. Większość utleniających glukozę szczepów Acinetobacter o znaczeniu klinicznym tworzą szczepy A. baumannii. Większość szczepów o działaniu hemolitycznym tworzy A. haemolyticus, większość zaś szczepów wykazujących ujemną reakcję z glukozą i niehemolizujących należy do A. lwoffii. 6 b Burkholderia cepacia składa się z dziewięciu genogatunków. 6 c Gatunek Plesiomonas shigelloides niedawno przeniesiono do rodziny Enterobacteriaceae mimo, że jest oksydazododatni. 6 d Szczegółowe informacje przedstawiono w 6. pozycji piśmiennictwa. IA-212116.01-10 -
BD Diagnostic Systems Tullastrasse 8 12 D-69126 Heidelberg/Germany Phone: +49-62 21-30 50, Fax: +49-62 21-30 52 16 Reception_Germany@europe.bd.com BD Diagnostic Systems Europe Becton Dickinson France SA 11 rue Aristide Bergès 38800 Le Pont de Claix/France Tel: +33-476 68 3636 Fax: +33-476 68 3292 http://www.bd.com BD, BD logo, BBL, Trypticase and DrySlide are trademarks of Becton, Dickinson and Company. Oxi/Ferm and Enterotube are trademarks of Becton Dickinson GmbH. ATCC is a trademark of the American Type Culture Collection. 2007 Becton, Dickinson and Company IA-212116.01-11 -