Identyfikacja mikroorganizmów systemem firmy Biolog

Transkrypt

1 Identyfikacja mikroorganizmów systemem firmy Biolog

2 Główne zalety systemu Ilość mikroorganizmów w bazie danych : Biolog ponad 2500 Vitek 2 ponad 330 Bez barwienia metodą Grama ( Vitek wymaga wstępnego rozróżnienia Gram/Gram-) Bardzo mała ilość bakterii dla wymaganej gęstości zawiesiny. Wszystkie czynności są standardowymi stosowanymi procedurami w laboratorium Możliwość tworzenia bazy własnych mikroorganizmów (prace badawcze, nietypowe środowiska)

3 Rodzaje płytek w systemie Biolog GEN III - bakterie tlenowe 1350 gatunków (Gram i Gram -) AN bakterie beztlenowe FF grzyby 708 gat. YT drożdże 267 gat. 361gatunków

4 Przygotowanie próbki Wymagana czysta kolonia (monokultura) Szybko (poniżej 10 minut pracy) i prosto (standardowe czynności w pracy mikrobiologa).

5 1) Uzyskanie monokultury na płytce Petriego 2) Wybranie miejsca do pobrania próbki. Zaleca się wybór pojedynczego skupiska bakterii. 3) Przygotowanie zawiesiny. Ilość mikroorganizmów potrzebna do przygotowania zawiesiny jest bardzo mała w porównaniu z klasycznymi metodami. Zazwyczaj wystarczy dotknąć kulturę wacikiem i przenieść do fioki z płynem flokulacyjnym aby uzyskać wystarczające stężenie ( turbidymetr wchodzi w skład zestawu). 4) Pipetowanie zawiesiny na płytkę. 5) Inkubacja 24h (grzyby do 5 dni) 6) Identyfikacja

6 Inkubacja płytki Warunki inkubacji optymalne dla mikroorganizmu (temperatura i czas) Inkubacja w zewnętrznym inkubatorze lub w urządzeniu Omnilog Inkubacja płytek AN (beztlenowe w odpowiedniej atmosferze) Utylizacja podłoża powoduje wybarwienie (namnażanie bakterii lub zdolność przeżycia) Intensywność wybarwienia jest proporcjonalna do zdolności utylizacji w danej studni.

7 Płytka GEN III 95 testów wykonanych jednocześnie Bez wykonywania barwienia metodą Grama Bez żadnych dodatkowych testów wstępnych

8 Odcisk palca (ang. fingerprint) układ linii układ wybarwień kształty intensywność koloru unikatowy układ unikatowy układ

9 Odczyt płytki Trzy możliwe sposoby odczytu: Manual - ręczne wprowadzenie układu wybarwień do programu. Mikrostacja odczyt pojedynczej płytki (około 1 minuty/odczyt) inkubowanej przez określony czas w cieplarce. Omnilog Cieplarka z odczytem - do 50 płytek jednocześnie, odczyt co 15 minut, wynik po przekroczeniu progu pewności identyfikacji.

10 GEN III, AN, FF, YT GEN III, AN, FF, YT GEN III

11 System określa wynik w studni jednym z trzech poziomów: - Brak wybarwienia ( kolor biały) - Średnie wybarwienie (kolor niebiesko-biały) - Pełne wybarwienie (kolor fioletowy) Jako wynik podawane są cztery układy wybarwień najbliższe układowi badanej płytki. W kolumnach podano wyniki porównania z bazą danych: PROB - Prawdopodobieństwo, że badana bakteria jest prawidłowo zidentyfikowana SIM Współczynnik podobieństwa do wzorca w bazie danych DIST Odległość wyniku od wzorca z uwzględnieniem innych wyników W codziennej pracy najwygodniejsze jest koncentrowanie na parametrze SIM

12

13 Identyfikacja grzybów (FF) Jak wychodzi identyfikacja grzybów? Jedno z najczęstszych pytań padające podczas rozmowy w laboratorium. Ponieważ procentowy współczynnik pewności identyfikacji jest niższy dla grzybów niż w przypadku bakterii w bazie Biolog znajdują się zdjęcia mikro i makro każdego gatunku grzyba z bazy danych. Baza Biolog zawiera ponad 700 gatunków grzybów. (Vitek nie posiada grzybów w bazie danych)

14 Cechy zestawów Zestaw GEN AN,YT,FF III PM Uwagi Manual ID Ręczne wprowadzanie wyników Microstation ID Inkubacja w zewnętrznej cieplarce Omnilog ID Omnilog Plus ID Omnilog ID Microstation ID Omnilog Combo ID Omnilog Combo Plus ID Omnilog ID Microstation ID Do każdego zestawu należy osobno zamówić bazy danych. Przykładowo klient może zakupić Omnilog Plus ID i wybrać bazy GEN III i AN. Skróty nazw baz danych: GEN III - baza bakterii tlenowych (gram i gram -) AN baza bakterii beztlenowych YT baza drożdży FF baza grzybów PM pomiary z wykorzystaniem płytek do Phenotype MicroArrays

15 Phenotype MicroArrays Określenie cech fenotypowych polega na pomiarze aktywności mikroorganizmu lub grupy organizmów w danym środowisku. Na powyższym przykładzie pokazano porównanie dwóch linii komórek. Program komputerowy połączony z Omnilog rejestruje zmianę intensywności zabarwienia w czasie. Pomiar dokonywany jest co 15 minut.

16 Zmiana intensywności wybarwienia jest proporcjonalna do wzrostu kolonii w danej studzience mikropłytki. Program przedstawia te zmiany na wykresach pozwalając na uzyskanie informacji o tempie wzrostu, opóźnieniu wzrostu kolonii, tempie wzrostu, czasu do osiągnięcia maksimum (nachylenie krzywej), pola powierzchni pod krzywą. Uzyskane informacje są bardzo często wykorzystywane w pracach naukowych do porównań pomiędzy rożnymi mikroorganizmami lub ich mutacjami. Możliwe jest także nałożenie na siebie wykresów dwóch płytek. Pozwala to bardzo łatwo zauważyć różnice w wzroście kolonii w danym środowisku (np.. bakteria po mutacji lub modyfikacji genu przestaje wzrastać na danym źródle azotu a jednocześnie inne źródło azotu dotychczas nie utylizowane staje się doskonałym źródłem odżywczym).

17 Dostępne płytki PM. Płytki są wybierane do konkretnego projektu/badania. Jeżeli prowadzone są badania nad stymulacją wzrostu danego organizmu wybierane konkretne są płytki z zakresu PM1 do PM8. Przy badaniu odporności/ możliwości zwalczania Bakterii stosowane są najcześciej płytki z zakresu PM 10 do PM 20 PM 1 96 Carbon utilization assays PM 2 96 Carbon utilization assays PM 3 96 Nitrogen utilization assays PM 4 96 Phosphorus Sulfur utilization assays PM 5 96 Biosynthetic pathway/nutrient stimulation PM 6 96 Nitrogen utilization assays PM 7 96 Nitrogen utilization assays PM 8 96 Nitrogen utilization assays PM 9 96 Osmotic/Ionic response assays PM ph response assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays PM Bacterial chemical sensitivity assays