Inżynieria białek I Wykład 5 (2014/2015) Magdalena Tworzydło Zakład Biochemii Fizycznej, WBBiB UJ
|
|
- Maria Brzezińska
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Inżynieria białek I Wykład 5 (2014/2015) Magdalena Tworzydło Zakład Biochemii Fizycznej, WBBiB UJ
2 Oczyszczanie białek rekombinowanych Rozwój metod umożliwiających uzyskanie wysokiej ekspresji białek rekombinowanych w przemyśle biotechnologicznym spowodował konieczność opracowania wydajnych procesów ich oczyszczania. Stosowane standardowo metody w większości wypadków były zbyt czasochłonne i kosztowne by można je było stosować na masową skalę. Dzięki stworzeniu całego szeregu etykietek (tags) oraz zmodyfikowanych białek fuzyjnych (fusion partners) w ostatnich dwudziestu latach szczególnego znaczenia nabrały systemy oczyszczania wykorzystujące chromatografię powinowactwa. oczyszczanie przebiega w jednym etapie (?) przyłączone etykietki mają minimalny wpływ na strukturę trzeciorzędową oraz aktywność oczyszczanego białka etykietki można w łatwy i selektywny sposób usunąć w wyniku czego powstaje białko natywne (?) możliwa jest detekcja i ilościowe oznaczenie białka przy pomocy prostych testów te same etykietki/białka fuzyjne mogą być wykorzystane do oczyszczania różnych białek
3 Etykietki (metki) oraz białka fuzyjne Pomimo wszystkich w/w zalet każda z przyłączanych sekwencji (etykietek, białek fuzyjnych) wymaga oczyszczania w charakterystycznych dla siebie warunkach (rodzaj buforu, siła jonowa, ph), które mogą mieć niepożądany wpływ na przyłączone do etykietki białko rekombinowane. Wybór partnera fuzyjnego zależy zatem od właściwości oczyszczanego białka rekombinowanego (jego stabilności, hydrofobowości, rozpuszczalności) systemu ekspresyjnego, w którym zachodzi proces syntezy białka oraz celu, w jakim oczyszczone białko ma być następnie użyte.
4 Etykietki (metki) oraz białka fuzyjne Etykietki liczące kilka/kilkanaście aminokwasów na ogół nie zaburzają procesu fałdowania ani właściwości białka rekombinowanego, w związku z tym w wielu wypadkach nie wymagają usunięcia. Niektóre duże białka fuzyjne oprócz samego oczyszczania mogą pozytywnie wpływać na rozpuszczalność białka rekombinowanego. Niestety ze względu na dużą masę muszą zostać usunięte (m. in. nie mogą być wykorzystywane do badań krystalograficznych, terapeutycznych, produkcji przeciwciał). Etykietki/białka fuzyjne mogą przyłączane do N- oraz C- końca białka (a także wewnątrz łańcucha polipeptydowego). Wybór miejsca przyłączenia zależy od właściwości oczyszczanego białka oraz rodzaju etykietki.
5 Metka histydynowa (His-tag) Chromatografia metalopowinowactwa (Immobilized metal-affinity chromatography, IMAC) oparta jest na oddziaływaniu pomiędzy jonami metali przejściowych, t.j. Co 2+, Ni 2+, Cu 2+, Zn 2+, unieruchomionymi na złożu oraz określonymi resztami aminokwasowymi (grupa fenolanowa Tyr, grupa imidazolowa His, grupa tiolowa Cys, grupy karboksylowe Glu i Asp). Rodzaje złóż IDA-agaroza (ang. iminodiacetate) złoże agarozowe, wiąże jony metalu za pośrednictwem reszt kwasu iminodioctowego (grupa ta chelatuje jony metali przy udziale 3 atomów). Chelatowany jon metalu posiada aż trzy wolne miejsca koordynacyjne, X które potencjalnie mogą służyć do wiązania oczyszczonego białka. IDA jest grupą wywierającą niewielki efekt steryczny na pozostałe wolne miejsca koordynacyjne jonu metalu w efekcie obniża to selektywność wiązania oczyszczanych białek. O X Me X CO O CH 2 CO N CH 2 Agaroza
6 Metka histydynowa (His-tag) Chromatografia metalopowinowactwa (Immobilized metal-affinity chromatography, IMAC) oparta jest na oddziaływaniu pomiędzy jonami metali przejściowych, t.j. Co 2+, Ni 2+, Cu 2+, Zn 2+, unieruchomionymi na złożu oraz określonymi resztami aminokwasowymi. Rodzaje złóż NTA (ang. nitrilotriacetic acid) złoże agarozowe wiąże jony metalu za pomocą reszty kwasu nitrylotrioctowego. NTA posiada cztery miejsca chelatujące jon metalu. Związany przez złoże jon metalu zachowuje jeszcze dwa wolne miejsca koordynacyjne wolne. Złoże charakteryzuje się dużą siłą wiązania jonów metalu oraz stosunkowo dużą pojemnością. NTA kwas nitrylotrioctowy wiązania koordynacyjne TALON złoże zawierające Co 2+ związany z kwasem karboksymetyloasparginowym. Ze względu na ściśle określone przestrzenne rozmieszczenie reszt histydynowych wymagane do efektywnego związania się białka z Co 2+ oczyszczanie na tym złożu jest bardziej specyficzne.
7 Metka histydynowa (His-tag) NTA kwas nitrylotrioctowy wiązania koordynacyjne Użycie imidazolu do elucji białek zaburza badania NMR i krystalograficzne, może też wywołać agregację oczyszczanego białka Imidazol (analog histydyny) Etykietka histydynowa: 2 10 reszt His, (masa 6His 0,84 kda), wiązanie do złoża może przebiegać w warunkach fizjologicznych lub denaturujących (w obecności GuHCl) i zależy od ilości reszt histydynowych oraz siły jonowej buforu (wysokie stężenie soli niweluje niespecyficzne oddziaływania jonowe pomiędzy naładowanymi ujemnie resztami aminokwasowymi a złożem). Elucja przebiega w gradiencie kompetytora imidazolu ( mm, ph>8), lub w niskim ph (<5, poniżej pi histydyny, w którym ulega ona protonacji).
8 FLAG-tag 8 aminokwasowy, hydrofilowy peptyd DYKDDDDK (1,01kDa) rozpoznawany przez przeciwciała monoklonalne M1, M2 (MDYKAFDNL) i M5 (MDFKDDDDK). Elucja odbywa się w warunkach niedenaturujących przy pomocy buforów zawierających związki chelatujące (EDTA) lub poprzez przejściowe obniżenie ph (3,0). Wydajność oczyszczania wynosi około 90%. Etykietkę można usunąć poprzez trawienie enterokinazą. Rozpoznaje ona sekwencję DDDDKX. Złoża z immobilizowanymi przeciwciałami są mniej trwałe niż inne, co podnosi koszt tego systemu.
9 Strep-tag W skład systemu Strep-tag wchodzi: polipeptyd Strep-tag II o sekwencji WSHPQFEK (1,06 kda) zmodyfikowana genetycznie streptoawidyna (z bakterii Streptomyces avidinii) tzw. Strep-Tactin Strep-tag II jest wiązany w kieszeni, normalnie wiążącej biotynę. Warunki oczyszczania mogą być zmieniane w szerokim zakresie. Bufory mogą zawierać związki chelatujące, łagodne detergenty, związki redukujące oraz sole (do 1M). 6 M mocznik destabilizuje wiązanie Strep-tag Strep-Tactin, ale nie powoduje denaturacji białka wiążącego etykietkę. System może być wykorzystywany do badania oddziaływań białko-białko, gdyż złoże Strep-tactin ma zdolność wiązania kompleksów białkowych.
10 Strep-tag Wiązanie białka rekombinowanego zachodzi w warunkach fizjologicznych. Elucji dokonuje się przy pomocy pochodnych biotyny (detiobiotyny). Złoże jest regenerowane przez HABA (kwas 4-hydroksy azobenzeno 2-karboksylowy). biotyna oczyszczane białko z metką Strep detiobiotyna
11 S-tag W wyniku trawienia subtylizyną RNAza A zostaje pocięta na dwa fragmenty o długości 20 oraz 103 aminokwasów. Żaden z tych polipeptydów osobno nie jest w stanie hydrolizować RNA. Oba fragmenty jednak silnie oddziałują ze sobą w wyniku czego przywrócona zostaje aktywność enzymatyczna RNAzy (zjawisko komplementacji). S-tag: S-protein: 15-aminokwasowy, hydrofilowy fragment RNAzy A (KETAAAKFERQHMDS 1,75 kda). 103 aminokwasowy fragment RNAzy A przyłączony do złoża agarozowego. Jeśli białko ma zostać oczyszczone w warunkach fizjologicznych najlepiej jest odciąć je od etykietki połączonej z białkiem S przy pomocy biotynylowanej trombiny. Trombina zostaje usunięta w następnym kroku w wyniku przepuszczenia przez złoże z unieruchomioną streptawidyną. Jeśli z jakichś powodów konieczne jest zachowanie etykietki, elucję przeprowadza się w 2M roztworze tiocyjanianu sodu (b. niskie ph, wysokie stężenie soli). Możliwe jest także oczyszczanie białka w warunkach denaturujących (wiązanie białka 2 M mocznik, przemywanie kolumny, elucja 2 M tiocyjanian sodu).
12 S-tag Peptyd S może być także wykorzystany do szybkiego oznaczenia stężenia białka rekombinowanego w próbce. Test oparty jest na aktywności nukleolitycznej odtworzonej RNAzy A. Do próbki zawierającej białko z przyłączona etykietką dodaje się białko S oraz substrat (np. polinukleotyd z przyłączonymi odpowiednio do 5 -końca oraz 3 -końca wygaszaczem fluorescencji oraz znacznikiem fluorescencyjnym). Aktywność RNAzy A oznaczana jest spektrofotometrycznie. Przy nadmiarze białka S aktywność jest proporcjonalna do stężenia białka rekombinowanego połączonego z etykietką.
13 GST-tag S-transferaza glutationowa (glutathione S-transferase) w warunkach fizjologicznych jest homodimerem. Białko wykorzystywane jako partner fuzyjny pochodzi z przywry Schistosoma japonicum, liczy 211 aminokwasów i ma masę 26 kda. Białka połączone z GST oczyszczane są na złożach z immobilizowanym glutationem. Elucja przebiega w warunkach niedenaturujących przy użyciu buforu zawierającego 10 mm zredukowany glutation. Oczyszczane białka są w większości dobrze rozpuszczone i tworzą dimery. GST zwiększa stabilność białek rekombinowanych i zapobiega ich degradacji przez proteazy obecne w komórce. Ze względu na swoją wielkość GST powinno być odcięte po oczyszczeniu białka rekombinowanego. Podobnie jak w przypadku innych etykietek istnieje możliwość oznaczenia stężenie wyznakowanego białka przy pomocy testów enzymatycznych: reakcja barwna z użyciem glutationu oraz 1-chloro-2-4-dinitrobenzenu (CDNB) lub immunologicznych: przeciwciała anty-gst.
14 MBP-tag Białko wiążące maltozę (maltose binding protein) z E. coli składa się z 396 reszt aminokwasów (40 kda). MBP-tag jest wykorzystywany do oczyszczania białek rekombinowanych na złożach amylozowych. Elucja przebiega w warunkach fizjologicznych w buforze zawierającym 10 mm maltozę. Stwierdzono, że MBP może zwiększać rozpuszczalność białek ulegających nadekspresji (dotyczy to w szczególności białek eukariotycznych). Wstawienie łącznika liczącego 10 reszt asparaginowych pomiędzy MBP a białko rekombinowane zwiększa specyficzność oddziaływania konstruktu ze złożem. MBP dołącza się do obu końców oczyszczanego białka jednak przyłączenie do N-końca może mieć negatywny wpływ na wydajność translacji. Po zakończeniu oczyszczania MBP powinno zostać odcięte od białka rekombinowanego.
15 Inne białka fuzyjne zwiększające rozpuszczalność W przypadku gdy pozyskiwane białko wytrąca się w postaci ciał inkluzyjnych można próbować zwiększyć jego rozpuszczalność poprzez przyłączenie hydrofilowego białka pochodzącego z E. coli. Do najczęściej w tym celu wykorzystywanych białek fuzyjnych zalicza się NusA (terminator/antyterminator transkrypcji), TrxA (tioredoksyna) oraz DsbA (izomeraza wiązań disiarczkowych). W/w białek nie da się niestety wykorzystać w procesie oczyszczania dlatego często do białka rekombinowanego dołączana jest dodatkowo niskocząsteczkowa etykietka pozwalająca wykorzystać zalety chromatografii powinowactwa. Etykietki ułatwiające rozpuszczanie są usuwane w trakcie oczyszczania białka rekombinowanego.
16 Enzymatyczne usunięcie etykietek Nazwa Enterokinaza Rozpoznawana sekwencja Asp-Asp-Asp-Asp-Lys X Uwagi X dowolny aa poza Pro Trawienie: 8h, 23 C, aktywna w ph 4,5 9,5 TEV (tobacco etch virus) Glu-Asn-Leu-Tyr-Phe-Gln-Gly Trombina X 4 X 3 P R[K] X 1 X 2 X 1 X 2 aa niekwasowe X 4 X 3 aa hydrofobowe Trawienie: 0,3 8h, C Czynnik Xa Ile-Glu/Asp-Gly-Arg X 1 X 1 dowolny aa poza Arg i Pro Trawienie: 4 25 C PreSission TM Leu-Glu-Val-Leu-Phe-Gln-Gly-Pro Zmod. gen. proteaza 3C rinowirusa (z dołączoną GST) Trawienie: 4 C
17 Odzyskiwanie białek rekombinowanych z ciałek inkluzyjnych fałdowanie in vitro Jeszcze 25 lat temu fałdowanie białek w układach in vitro stanowiło dla garstki specjalistów fascynujący temat do badań podstawowych. Obecnie jest to proces stosowany na skalę przemysłową przy produkcji białek wykorzystywanych w terapii, diagnostyce i przemyśle. Problem refoldingu pojawił się wraz z wprowadzeniem wydajnych systemów ekspresji, dzięki którym białko rekombinowane może stanowić ponad 50% wszystkich białek obecnych w komórce gospodarza, ale też jest podatne na wytrącanie w postaci ciał inkluzyjnych. Wyzwaniem jest przekształcenie nieaktywnego i nierozpuszczalnego białka zawartego w ciałkach inkluzyjnych do postaci prawidłowo sfałdowanego, czynnego biologicznie produktu.
18 Ograniczenia Nie istnieje uniwersalny protokół odzyskiwania białek z ciałek inkluzyjnych i ich renaturacji. Każde białko wymaga doświadczalnego dobrania optymalnych warunków, na które składają się: wyjściowe stężenie białka, ph, temperatura, czas, siła jonowa, odpowiednio dobrany układ red-ox, ewentualna obecność kofaktorów i innych dodatków. W przypadku produkcji przemysłowej decydujące znaczenie ma koszt uzyskania czystego, natywnego białka: wybrany sposób fałdowania in vitro musi być zatem wydajny i możliwy do zastosowania w dużej skali.
19 Jak oczyścić i rozpuścić ciała inkluzyjne? Ciała inkluzyjne zawierają przede wszystkim białko, które uległo nadekspresji ale również pewną ilość zanieczyszczeń w postaci IBPs, białek błonowych, polimerazy RNA, rrna oraz DNA plazmidowego. Oczyszczone ciała inkluzyjne, śr. 0,5 0,8µm (SEM) Obecność niektórych z makromolekuł może być wynikiem koprecypitacji z białkiem rekombinowanymi, do większości zanieczyszczeń dochodzi jednak w trakcie lizy komórek gospodarza.
20 Jak oczyścić i rozpuścić ciała inkluzyjne? Izolacja ciałek inkluzyjnych usunięcie ściany komórkowej (lizozym), rozbicie komórek (homogenizacja, sonifikacja), usunięcie DNA (DNAza), usunięcie białek błonowych (detergent, wysokie stężenie soli). wirowanie (ciałka inkluzyjne ze względu na dużą gęstość ok. 1,3 mg/ml osadzają się na dnie, pozostałości komórek są usuwane razem z nadsączem). przemywanie (opcjonalnie) zawieszenie w buforze z dodatkiem mocznika, glukozy lub detergentu, w celu usunięcia pozostałych powierzchniowych zanieczyszczeń.
21 Rozpuszczanie ciał inkluzyjnych W celu rozpuszczenia ciałek inkluzyjnych stosuje się najczęściej najmocniejszy z czynników denaturujących 6 M chlorowodorek guanidyny (GuHCl) lub 8 M mocznik. Reszty cystein obecne w białkach cytozolu występują zwykle w postaci zredukowanej, jednak w trakcie lizy komórek oraz izolacji ciałek inkluzyjnych dochodzi do ich utlenienia pod wpływem powietrza, w wyniku czego w obrębie cząsteczki białka lub pomiędzy różnymi łańcuchami polipeptydowymi tworzyć się mogą wiązania disiarczkowe. Aby zapobiec niespecyficznemu powstawaniu wiązań S-S do buforu dodawane są związki redukujące. Do najczęściej używanych zalicza się DTT, DTE oraz β-merkaptoetanol.
22 Oczyszczanie przed renaturacją Na ogół ilość zanieczyszczeń obecnych w roztworze po izolacji i rozpuszczeniu ciałek inkluzyjnych jest mała i nie zaburza kolejnego etapu pracy, jakim jest renaturacja białka rekombinowanego. Jednak w niektórych przypadkach obecność zanieczyszczeń w postaci białek lub fragmentów DNA gospodarza prowadzi do wytrącania białka podczas refałdowania i w takiej sytuacji konieczne jest doczyszczenie zdenaturowanego białka. Kontrola wydajności Oczyszczanie przed renaturacją zalecane jest również wtedy, gdy proces renaturacji monitorowany jest przy pomocy: spektroskopii fluorescencji spektroskopii CD DLS (dynamic light scattering) W tym celu stosuje się: RPHPLC IMAC Inne metody oceny wydajności renaturacji to: pomiary turbidancji (przy dł. fali 450 nm) pomiary aktywności np. enzymatycznej
23 Refałdowanie w roztworze U niesfałdowane I forma pośrednia N natywne W układzie w którym znajduje się rozpuszczone, zdenaturowane białko rekombinowane zachodzą dwa konkurencyjne procesy: U I N fałdowanie do postaci natywnej (pożądane) agregacja (niepożądana) I 1 I 2 P precypitat Agregacja jest reakcją drugorzędową oznacza to, że jej szybkość zależy od początkowego stężenia białka. Proces fałdowanie jest reakcją pierwszorzędową nie zależy od wyjściowego stężenia białka a jedynie od czasu. Podczas refałdowania stosuje się stężenia białek rzędu µg/ml
24 Sekwencja ma znaczenie Zachowanie białek w procesie refałdowania zależy od ich sekwencji aminokwasowej, a zatem może być modyfikowane za pomocą technik inżynierii genetycznej. Na polepszenie wydajności procesu fałdowania wpływa między innymi zmiana pi oraz hydrofobowości białka. Inne modyfikacje obejmują przyłączenie do białka rekombinowanego sekwencji polipeptydowej pochodzącej z innego białka. Wiele białek zanim poddane zostaną ostatecznej obróbce potranslacyjnej zawiera sekwencje aminokwasowe, które ułatwiają fałdowanie i przyjęcie właściwej konformacji przestrzennej, w tym również tworzenie wiązań disiarczkowych pomiędzy odpowiednimi parami reszt cysteinowych. Niektóre białka występujące w formie natywnej w postaci heterooligomerów ulegają właściwemu fałdowaniu jedynie w obecności pozostałych składników kompleksu (np. hemoglobina).
25 Przeniesienie białka z buforu denaturującego do buforu renaturującego dializa gwałtowne rozcieńczenie stopniowe rozcieńczenie
26 Jak można ograniczyć agregację? 1. Obniżając wyjściowe stężenie zdenaturowanego białka 2. Wprowadzając odpowiedni system red-ox 3. Dodając odpowiednie rozpuszalniki (artificial chaperones) 4. Zmieniając ph roztworu 5. Obniżając siłę jonową roztworu 6. Obniżając temperaturę 7. Dodając właściwe białka opiekuńcze
27 Renaturacja w warunkach utleniających Zanim dojdzie do opracowania metody renaturacji określonego białka rekombinowanego należy sprawdzić czy w swojej natywnej formie zawiera ono mostki disiarczkowe. Teoretyczna ilość możliwych kombinacji przy tworzeniu wiązań S-S rośnie eksponencjalnie wraz z ilością reszt cysteinowych obecnych w białku. W rzeczywistości jednak jest ona znacznie niższa, gdyż wejście na właściwą ścieżkę fałdowania jest korzystne energetycznie. Proces ten jest wspomagany przez izomerazy wiązań disiarczkowych, które redukują nieprawidłowo utworzone wiązania i promują powstawanie nowych.
28 Renaturacja w warunkach utleniających W układzie in vitro utlenianie i redukcja reszt cysteinowych możliwa jest dzięki wprowadzeniu odpowiedniego układu redox. Stanowią go zwykle pary: utleniony glutation/zredukowany glutation cystyna/cysteina cystyna zredukowany glutation cystamina/cysteamina cystamina
29 Substancje korzystnie wpływające na fałdowanie białek in vitro (artificial chaperones) Niskocząsteczkowe związki, które w przypadku niektórych białek mogą prowadzić do zwiększenia wydajności renaturacji. Działają jako czynniki wspomagające rozpuszczalność i stabilność zdenaturowanego białka, produktów pośrednich renaturacji oraz białka w formie natywnej. Zapobiegają agregacji. Związki Substancje denaturujące (w niskim stężeniu) GuHCl (1M) mocznik (2M) alkohole amidy kwasów karboksyl. (acetamid, propioamid) zaangażowane w oddziaływania hydrofobowe polietylenglikol detergenty Aminokwasy L-Arg (0,4 1,2 M) Osmolity polialkohole cukry tlenek trimetylaminy (TMAO)
30 Kofaktory Dla białek, których strukturalna integralność zależy od obecności grup prostetycznych lub jonów metali, zachodzi konieczność dodania odpowiednich kofaktorów do buforu, w którym prowadzona jest renaturacja. W przypadku białek oddziałujących z DNA, ATP, NAD(P)H zamiast w/w związków bywa wykorzystywany pirofosforan (PP i ). Białka opiekuńcze i foldazy Dodatek białek opiekuńczych (GroEL/ES, DnaK) oraz foldaz znacząco zwiększa wydajność renaturacji in vitro, jednak wykorzystanie tych białek w procesach prowadzonych na skalę przemysłową podnosi bardzo koszty produkcji i z tego powodu nie jest stosowane. Temperatura Optymalna temperatura dla procesu refoldingu białek in vitro jest znacząco niższa niż w warunkach fizjologicznych i zawiera się w przedziale od 5 do 15 C.
31 Refałdowanie na podłożach stałych Trzy różne podejścia 1. Przejściowe związanie zdenaturowanego białka z podłożem a następnie stopniowe usuwanie czynnika denaturującego 2. Usunięcie czynnika denaturującego poprzez sączenie molekularne 3. Immobilizacja substancji katalizującej fałdowanie białka na złożu Ad.1 Przyłączenie zdenaturowanego białka do złoża (IEC, IMAC, AC) ma tę główną zaletę, że zapobiega agregacji cząsteczki białka są od siebie odseparowane w trakcie renaturacji. Metoda ta może być łatwo zautomatyzowana i wykorzystana w procesach przemysłowych. Ad.2 Zdenaturowane białko o większym promieniu hydrodynamicznym niż GuHCl lub mocznik szybciej przemieszcza się na kolumnie, dzięki czemu stopniowo wchodzi w strefę o coraz niższym stężeniu substancji denaturującej co sprzyja jego fałdowaniu. Ograniczeniem metody jest konieczność bardzo starannego doboru warunków refałdowania: gradientu substancji denaturującej, objętości buforu, szybkość przepływu oraz możliwość zatkania kolumny przez agregaty białkowe.
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoInformacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoRT31-020, RT , MgCl 2. , random heksamerów X 6
RT31-020, RT31-100 RT31-020, RT31-100 Zestaw TRANSCRIPTME RNA zawiera wszystkie niezbędne składniki do przeprowadzenia syntezy pierwszej nici cdna na matrycy mrna lub całkowitego RNA. Uzyskany jednoniciowy
Bardziej szczegółowoZastosowanie chromatografii do preparacji białek
Zastosowanie chromatografii do preparacji białek Dr inż. Beata Greb-Markiewicz Zakład Biochemii Wydziału Chemicznego Politechniki Wrocławskiej Plan wykładu Specyfika pracy z białkami; Wprowadzenie do tematyki
Bardziej szczegółowoIZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!!
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! W1-4p W2-4p W3-4p W4-4p W5-4p W6-4p W7-4p W8-4p W9-4p W10-4p min 21p wyjściówka I 40p wyjściówka II 40p egzamin I egzamin II min 21p 60p 60p min
Bardziej szczegółowoSEMINARIUM 8:
SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoSPIS TREŚCI OD AUTORÓW... 5
SPIS TREŚCI OD AUTORÓW... 5 BIAŁKA 1. Wprowadzenie... 7 2. Aminokwasy jednostki strukturalne białek... 7 2.1. Klasyfikacja aminokwasów... 9 2.1.1. Aminokwasy białkowe i niebiałkowe... 9 2.1.2. Zdolność
Bardziej szczegółowoIZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!!
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! W1-4p W2-4p W3-4p W4-4p W5-4p W6-4p W7-4p W8-4p W9-4p W10-4p min 21p wyjściówka I 40p wyjściówka II 40p egzamin I egzamin II min 21p 60p 60p min
Bardziej szczegółowoEKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
EKSTRAHOWANIE KWASÓW NUKLEINOWYCH Wytrącanie etanolem Rozpuszczenie kwasu nukleinowego w fazie wodnej (met. fenol/chloroform) Wiązanie ze złożem krzemionkowym za pomocą substancji chaotropowych: jodek
Bardziej szczegółowoBIOSYNTEZA ACYLAZY PENICYLINOWEJ. Ćwiczenia z Mikrobiologii Przemysłowej 2011
BIOSYNTEZA ACYLAZY PENICYLINOWEJ Ćwiczenia z Mikrobiologii Przemysłowej 2011 Acylaza penicylinowa Enzym hydrolizuje wiązanie amidowe w penicylinach Reakcja przebiega wg schematu: acylaza Reszta: fenyloacetylowa
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa IZOLACJA DNA Z HODOWLI KOMÓRKOWEJ.
Bardziej szczegółowoTaqNova-RED. Polimeraza DNA RP20R, RP100R
TaqNova-RED Polimeraza DNA RP20R, RP100R RP20R, RP100R TaqNova-RED Polimeraza DNA Rekombinowana termostabilna polimeraza DNA Taq zawierająca czerwony barwnik, izolowana z Thermus aquaticus, o przybliżonej
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 10 Metody oczyszczanie kompleksów białkowych w badaniach mózgu.
Ćwiczenie 10 Metody oczyszczanie kompleksów białkowych w badaniach mózgu. Oczyszczanie kompleksów białkowych podjednostki α białka Gq z wykorzystaniem etykietki STREP II-FLAG za pomocą tandemowej chromatografii
Bardziej szczegółowoPowodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:
Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów: dobór warunków samej reakcji PCR (temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.) dobór odpowiednich starterów do reakcji amplifikacji
Bardziej szczegółowoprotos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)
Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Bardziej szczegółowoZakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA
Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA Zakład Biologii Molekularnej Wydział Farmaceutyczny, WUM ul. Banacha 1, 02-097 Warszawa tel. 22 572 0735, 606448502
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowoMateriały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników
Bardziej szczegółowoProteomika. Złożoność proteomów
Proteomika Złożoność proteomów Źródła złożoności Złożoność jakościowa pojedynczych białek geny alternatywnie złożone transkrypty, modyfikacje potranslacyjne przycinanie, itp. struktura Oddziaływania z
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoKlonowanie molekularne Kurs doskonalący. Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP
Klonowanie molekularne Kurs doskonalący Zakład Geriatrii i Gerontologii CMKP Etapy klonowania molekularnego 1. Wybór wektora i organizmu gospodarza Po co klonuję (do namnożenia DNA [czy ma być metylowane
Bardziej szczegółowoBadanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD
Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA
Bardziej szczegółowoSKUTECZNOŚĆ IZOLACJI JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
SKUTECZNOŚĆ IZOLACJI Wydajność izolacji- ilość otrzymanego kwasu nukleinowego Efektywność izolacji- jakość otrzymanego kwasu nukleinowego w stosunku do ilości Powtarzalność izolacji- zoptymalizowanie procedury
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoJAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI? JAK ZMIERZYĆ ILOŚĆ KWASÓW NUKLEINOWYCH PO IZOLACJI?
Podstawowe miary masy i objętości stosowane przy oznaczaniu ilości kwasów nukleinowych : 1g (1) 1l (1) 1mg (1g x 10-3 ) 1ml (1l x 10-3 ) 1μg (1g x 10-6 ) 1μl (1l x 10-6 ) 1ng (1g x 10-9 ) 1pg (1g x 10-12
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna, materiały dla studentów
Zasada reakcji PCR Reakcja PCR (replikacja in vitro) obejmuje denaturację DNA, przyłączanie starterów (annealing) i syntezę nowych nici DNA (elongacja). 1. Denaturacja: rozplecenie nici DNA, temp. 94 o
Bardziej szczegółowoWykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bardziej szczegółowoSPECJALNE TECHNIKI ROZDZIELANIA W BIOTECHNOLOGII. Laboratorium nr1 CHROMATOGRAFIA ODDZIAŁYWAŃ HYDROFOBOWYCH
SPECJALNE TECHNIKI ROZDZIELANIA W BIOTECHNOLOGII Laboratorium nr1 CHROMATOGRAFIA ODDZIAŁYWAŃ HYDROFOBOWYCH Opracowała: dr inż. Renata Muca I. WPROWADZENIE TEORETYCZNE Chromatografia oddziaływań hydrofobowych
Bardziej szczegółowoMechanizmy działania i regulacji enzymów
Mechanizmy działania i regulacji enzymów Enzymy: są katalizatorami, które zmieniają szybkość reakcji, same nie ulegając zmianie są wysoce specyficzne ich aktywność może być regulowana m.in. przez modyfikacje
Bardziej szczegółowoGel-Out. 50 izolacji, 250 izolacji. Nr kat , Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617
Gel-Out Zestaw do izolacji DNA z żelu agarozowego. wersja 0617 50 izolacji, 250 izolacji Nr kat. 023-50, 023-250 Pojemność kolumny do izolacji DNA - do 20 µg DNA, minimalna pojemność - 2 µg DNA (przy zawartości
Bardziej szczegółowoWłaściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Transport przez błony Cząsteczki < 150Da Błony - selektywnie przepuszczalne RóŜnice składu jonowego między wnętrzem komórki ssaka
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoPrzemiana materii i energii - Biologia.net.pl
Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg
Bardziej szczegółowoNovabeads Food DNA Kit
Novabeads Food DNA Kit Novabeads Food DNA Kit jest nowej generacji narzędziem w technikach biologii molekularnej, umożliwiającym izolację DNA z produktów spożywczych wysoko przetworzonych. Metoda oparta
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoZadanie 1. [ 3 pkt.] Uzupełnij zdania, wpisując brakującą informację z odpowiednimi jednostkami.
Zadanie 1. [ 3 pkt.] Uzupełnij zdania, wpisując brakującą informację z odpowiednimi jednostkami. I. Gęstość propanu w warunkach normalnych wynosi II. Jeżeli stężenie procentowe nasyconego roztworu pewnej
Bardziej szczegółowoProjektowanie Procesów Biotechnologicznych
Projektowanie Procesów Biotechnologicznych wykład 14 styczeń 2014 Kinetyka prostych reakcji enzymatycznych Kinetyka hamowania reakcji enzymatycznych 1 Enzymy - substancje białkowe katalizujące przemiany
Bardziej szczegółowoTranslacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Bardziej szczegółowoDefinicja immobilizacji
Definicja immobilizacji Immobilizacja technika unieruchamiania biokatalizatorów / enzymów na nośnikach, stosowana powszechnie w badaniach naukowych i przemyśle (chemicznym, spożywczym) Problemy związane
Bardziej szczegółowoDeproteinizacja jako niezbędny etap przygotowania próbek biologicznych
Deproteinizacja jako niezbędny etap przygotowania próbek biologicznych Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego. 1. Wstęp Określenie próbka biologiczna jest
Bardziej szczegółowoWYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE. Ewa Waszkowska ekspert UPRP
WYNALAZKI BIOTECHNOLOGICZNE W POLSCE Ewa Waszkowska ekspert UPRP Źródła informacji w biotechnologii projekt SLING Warszawa, 9-10.12.2010 PLAN WYSTĄPIENIA Umocowania prawne Wynalazki biotechnologiczne Statystyka
Bardziej szczegółowoWprowadzenie 1. Substancje powierzchniowo czynne Wykazują tendencję do gromadzenia się na granicy faz Nie przechodzą do fazy gazowej
Wprowadzenie 1 Substancje hydrofilowe w roztworach wodnych: Nie wykazują tendencji do gromadzenia się na granicy faz Ich cząsteczki są homogenicznie rozmieszczone w całej objętości roztworu Nie wykazują
Bardziej szczegółowoTechnika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów. Wstęp:
Technika fluorescencyjnego oznaczania aktywności enzymów Wstęp: Wśród technik biologii molekularnej jedną z najczęściej stosowanych jest technika fluorescencyjna. Stosując technikę fluorescencyjną można
Bardziej szczegółowoSubstancje o Znaczeniu Biologicznym
Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów
Bardziej szczegółowoMetody badania ekspresji genów
Metody badania ekspresji genów dr Katarzyna Knapczyk-Stwora Warunki wstępne: Proszę zapoznać się z tematem Metody badania ekspresji genów zamieszczonym w skrypcie pod reakcją A. Lityńskiej i M. Lewandowskiego
Bardziej szczegółowoTaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925
TaqNovaHS RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925 TaqNovaHS Polimeraza TaqNovaHS jest mieszaniną termostabilnej polimerazy DNA
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoPROJEKT WSPÓŁFINANSOWANY PRZEZ UNIĘ EUROPEJSKĄ Z EUROPEJSKIEGO FUNDUSZU ROZWOJU REGIONALNEGO 1 z 7
Poznań, dnia 28.04.2014 r. BioVentures Institute Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ul. Promienista 83 60 141 Poznań Zapytanie ofertowe nr 01/2014 Projekt Nowa technologia wytwarzania szczepionek
Bardziej szczegółowoKŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ KŁOPOTY Z POLIMERAZĄ. SPECYFICZNOŚĆ (Specificity)
- Specyficzność (specyficzne wiązanie się TYLKO do startera- wcześniej związanego z matrycą) - Termostabilność (utrzymanie aktywności pomimo powtarzającego się cyklicznie wzrostu temperatury) - Wierność
Bardziej szczegółowoPodstawy biogospodarki. Wykład 7
Podstawy biogospodarki Wykład 7 Prowadzący: Krzysztof Makowski Kierunek Wyróżniony przez PKA Immobilizowane białka Kierunek Wyróżniony przez PKA Krzysztof Makowski Instytut Biochemii Technicznej Politechniki
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów -
Przegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów - Zakład Biologii Molekularnej Instytut Biochemii, Wydział Biologii UW Takao Ishikawa Kontakt Imię i nazwisko: Takao Ishikawa Mail: takao@biol.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoLek od pomysłu do wdrożenia
Lek od pomysłu do wdrożenia Lek od pomysłu do wdrożenia KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU KRÓTKA HISTORIA LEKU
Bardziej szczegółowoEnzymy katalizatory biologiczne
Enzymy katalizatory biologiczne Kataliza zjawisko polegające na obniżeniu energii aktywacji reakcji i zwiększeniu szybkości reakcji chemicznej i/lub skierowaniu reakcji na jedną z termodynamicznie możliwych
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Bardziej szczegółowoPathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika
PathogenFree DNA Isolation Kit Zestaw do izolacji DNA Instrukcja użytkownika Spis treści 1. Zawartość 2 1.1 Składniki zestawu 2 2. Opis produktu 2 2.1 Założenia metody 2 2.2 Instrukcja 2 2.3 Specyfikacja
Bardziej szczegółowoSonochemia. Schemat 1. Strefy reakcji. Rodzaje efektów sonochemicznych. Oscylujący pęcherzyk gazu. Woda w stanie nadkrytycznym?
Schemat 1 Strefy reakcji Rodzaje efektów sonochemicznych Oscylujący pęcherzyk gazu Woda w stanie nadkrytycznym? Roztwór Znaczne gradienty ciśnienia Duże siły hydrodynamiczne Efekty mechanochemiczne Reakcje
Bardziej szczegółowoFizjologia nauka o czynności żywego organizmu
nauka o czynności żywego organizmu Stanowi zbiór praw, jakim podlega cały organizm oraz poszczególne jego układy, narządy, tkanki i komórki prawa rządzące żywym organizmem są wykrywane doświadczalnie określają
Bardziej szczegółowoSZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab
SZCZEGÓŁOWE KRYTERIA OCENIANIA Z CHEMII DLA KLASY II GIMNAZJUM Nauczyciel Katarzyna Kurczab CZĄSTECZKA I RÓWNANIE REKCJI CHEMICZNEJ potrafi powiedzieć co to jest: wiązanie chemiczne, wiązanie jonowe, wiązanie
Bardziej szczegółowoProjektowanie reakcji multiplex- PCR
Projektowanie reakcji multiplex- PCR Dzięki nowoczesnym, wydajnym zestawom do PCR, amplifikacja DNA nie jest już takim wyzwaniem, jak w latach 80-tych i 90-tych. Wraz z poprawą metodyki, pojawiły się ciekawe
Bardziej szczegółowoĆwiczenie nr 5 - Reaktywne formy tlenu
Ćwiczenie nr 5 - Reaktywne formy tlenu I. Oznaczenie ilościowe glutationu (GSH) metodą Ellmana II. Pomiar całkowitej zdolności antyoksydacyjnej substancji metodą redukcji rodnika DPPH Celem ćwiczeń jest:
Bardziej szczegółowoPytania Egzamin magisterski
Pytania Egzamin magisterski Międzyuczelniany Wydział Biotechnologii UG i GUMed 1. Krótko omów jakie informacje powinny być zawarte w typowych rozdziałach publikacji naukowej: Wstęp, Materiały i Metody,
Bardziej szczegółowoJoanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii. Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Copyright by Wydział Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 4. Reakcja aminokwasów z ninhydryną. Opisz typy reakcji przebiegających w tym procesie i zaznacz ich miejsca przebiegu.
azwisko i imię grupa data Protokół z ćwiczenia: eakcje chemiczne związków biologicznych: aminokwasy i peptydy. Definicja punktu izoelektrycznego pi. Formy jonowe aminokwasów w różnym ph. ph < pi ph = pi
Bardziej szczegółowoOcena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało. Mariusz Kaczmarek
Ocena jakościowa reakcji antygen - przeciwciało Mariusz Kaczmarek Antygeny Immunogenność - zdolność do wzbudzenia przeciwko sobie odpowiedzi odpornościowej swoistej; Antygenowość - zdolność do reagowania
Bardziej szczegółowoChemia klasa VII Wymagania edukacyjne na poszczególne oceny Semestr II
Chemia klasa VII Wymagania edukacyjne na poszczególne oceny Semestr II Łączenie się atomów. Równania reakcji Ocena dopuszczająca [1] Ocena dostateczna [1 + 2] Ocena dobra [1 + 2 + 3] Ocena bardzo dobra
Bardziej szczegółowoWŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ
WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ WSTĘP Nukleotydy pirydynowe (NAD +, NADP + ) pełnią funkcję koenzymów dehydrogenaz przenosząc
Bardziej szczegółowoBeata Mendak fakultety z chemii II tura PYTANIA Z KLASY PIERWSZEJ
Beata Mendak fakultety z chemii II tura Test rozwiązywany na zajęciach wymaga powtórzenia stężenia procentowego i rozpuszczalności. Podaję również pytania do naszej zaplanowanej wcześniej MEGA POWTÓRKI
Bardziej szczegółowoAminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne
Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości
Bardziej szczegółowoSposób otrzymywania białek o właściwościach immunoregulatorowych. Przedmiotem wynalazku jest sposób otrzymywania fragmentów witellogeniny.
1 Sposób otrzymywania białek o właściwościach immunoregulatorowych Przedmiotem wynalazku jest sposób otrzymywania fragmentów witellogeniny. Wynalazek może znaleźć zastosowanie w przemyśle spożywczym i
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna- 6 ECTS. Inżynieria genetyczna. Podstawowe pojęcia Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka
Inżynieria genetyczna- 6 ECTS Część I Badanie ekspresji genów Podstawy klonowania i różnicowania transformantów Kolokwium (14pkt) Część II Klonowanie ekspresyjne Od genu do białka Kolokwium (26pkt) EGZAMIN
Bardziej szczegółowoSpis treści. Właściwości fizyczne. Wodorki berylowców. Berylowce
Berylowce Spis treści 1 Właściwości fizyczne 2 Wodorki berylowców 3 Tlenki berylowców 4 Nadtlenki 5 Wodorotlenki 6 Iloczyn rozpuszczalności 7 Chlorki, fluorki, węglany 8 Siarczany 9 Twardość wody 10 Analiza
Bardziej szczegółowoPytania z Wysokosprawnej chromatografii cieczowej
Pytania z Wysokosprawnej chromatografii cieczowej 1. Jak wpłynie 50% dodatek MeOH do wody na retencję kwasu propionowego w układzie faz odwróconych? 2. Jaka jest kolejność retencji kwasów mrówkowego, octowego
Bardziej szczegółowoCHEMIA. Wymagania szczegółowe. Wymagania ogólne
CHEMIA Wymagania ogólne Wymagania szczegółowe Uczeń: zapisuje konfiguracje elektronowe atomów pierwiastków do Z = 36 i jonów o podanym ładunku, uwzględniając rozmieszczenie elektronów na podpowłokach [
Bardziej szczegółowoCZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU.
CZYNNIKI WPŁYWAJĄCE NA SZYBKOŚĆ REAKCJI CHEMICZNYCH. ILOŚCIOWE ZBADANIE SZYBKOŚCI ROZPADU NADTLENKU WODORU. Projekt zrealizowany w ramach Mazowieckiego programu stypendialnego dla uczniów szczególnie uzdolnionych
Bardziej szczegółowoSPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ
SPECYFIKACJA TECHNICZNA AGAROZ D1 LOW EEO i D1 MEDIUM EEO, D1 HIGH EEO D1 LOW EEO GQT; (Genetic Quality Tested) D2 HIGH GELLING TEMPERATURE D5 HIGH STRENGTH GEL Agaroza LM Agaroza LM GQT; (Genetic Quality
Bardziej szczegółowoProfil metaboliczny róŝnych organów ciała
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Uwaga: tkanka tłuszczowa (adipose tissue) NIE wykorzystuje glicerolu do biosyntezy triacylogliceroli Endo-, para-, i autokrynna droga przekazu informacji biologicznej.
Bardziej szczegółowoSlajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas
Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem
Bardziej szczegółowoHybrydyzacja kwasów nukleinowych
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych Jaka jest lokalizacja tego genu na chromosomie? Jakie jest jego sąsiedztwo? Hybrydyzacja - powstawanie stabilnych struktur dwuniciowych z cząsteczek jednoniciowych o komplementarnych
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE I - BIAŁKA. Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z właściwościami fizykochemicznymi białek i ich reakcjami charakterystycznymi.
ĆWICZENIE I - BIAŁKA Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z właściwościami fizykochemicznymi białek i ich reakcjami charakterystycznymi. Odczynniki: - wodny 1% roztwór siarczanu(vi) miedzi(ii), - 10% wodny
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoOPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011
OPTYMALNY POZIOM SPOŻYCIA BIAŁKA ZALECANY CZŁOWIEKOWI JANUSZ KELLER STUDIUM PODYPLOMOWE 2011 DLACZEGO DOROSŁY CZŁOWIEK (O STAŁEJ MASIE BIAŁKOWEJ CIAŁA) MUSI SPOŻYWAĆ BIAŁKO? NIEUSTAJĄCA WYMIANA BIAŁEK
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 12
Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego
Bardziej szczegółowoĆWICZENIE 2. Usuwanie chromu (VI) z zastosowaniem wymieniaczy jonowych
ĆWICZENIE 2 Usuwanie chromu (VI) z zastosowaniem wymieniaczy jonowych Część doświadczalna 1. Metody jonowymienne Do usuwania chromu (VI) można stosować między innymi wymieniacze jonowe. W wyniku przepuszczania
Bardziej szczegółowoENZYMY W CHEMII. Michał Rachwalski. Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii Organicznej i Stosowanej
ENZYMY W CHEMII Michał Rachwalski Uniwersytet Łódzki, Wydział Chemii, Katedra Chemii rganicznej i Stosowanej Czym są enzymy? Enzymy są białkami zawierającymi od 60 do 1000 reszt aminokwasów; Enzymy są
Bardziej szczegółowoOznaczanie żelaza i miedzi metodą miareczkowania spektrofotometrycznego
Oznaczanie żelaza i miedzi metodą miareczkowania spektrofotometrycznego Oznaczanie dwóch kationów obok siebie metodą miareczkowania spektrofotometrycznego (bez maskowania) jest możliwe, gdy spełnione są
Bardziej szczegółowoReakcje charakterystyczne aminokwasów
KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska Reakcje charakterystyczne aminokwasów BIOCHEMIA STRUKTURALNA ĆWICZENIE 1 REAKCJE CHARAKTERYSTYCZNE AMINOKWASÓW A) REAKCJE OGÓLNE ZADANIE 1 WYKRYWANIE
Bardziej szczegółowoĆWICZENIA Z BIOCHEMII
ĆWICZENIA Z BIOCHEMII D U STUDENTfiW WYDZIAŁU LEKARSKIEGO Pod redakcją Piotra Laidlera, Barbary Piekarskiej, Marii Wróbel WYDAWNICTWO UNIWERSYTETU JAGIELLOŃSKIEGO ĆWICZENIA Z BIOCHEMII DLA STUDENTÓW WYDZIAŁU
Bardziej szczegółowoTransport przez błony
Transport przez błony Transport bierny Nie wymaga nakładu energii Transport aktywny Wymaga nakładu energii Dyfuzja prosta Dyfuzja ułatwiona Przenośniki Kanały jonowe Transport przez pory w błonie jądrowej
Bardziej szczegółowoZagadnienia. Budowa atomu a. rozmieszczenie elektronów na orbitalach Z = 1-40; I
Nr zajęć Data Zagadnienia Budowa atomu a. rozmieszczenie elektronów na orbitalach Z = 1-40; I 9.10.2012. b. określenie liczby cząstek elementarnych na podstawie zapisu A z E, również dla jonów; c. określenie
Bardziej szczegółowoLaboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2015/2016
Bezpośredni opiekunowie laboratorium: dr Ewa Banachowicz dr Hanna JurgaNowak Laboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2015/2016 Biofizyka molekularna I rok II stopnia Zebranie informacyjne dotyczące zajęć
Bardziej szczegółowo