Laboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2015/2016

Transkrypt

1 Bezpośredni opiekunowie laboratorium: dr Ewa Banachowicz dr Hanna JurgaNowak Laboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2015/2016 Biofizyka molekularna I rok II stopnia Zebranie informacyjne dotyczące zajęć Metody Eksperymentalne Biofizyki I (podział na grupy, przydział ćwiczeń, regulamin) odbędzie się w czwartek r. o godz. 13:30 w salce seminaryjnej Zakładu Biofizyki Molekularnej (pok.208). 1 / 29

2 Optyka okularowa III rok I stopnia Zebranie informacyjne dotyczące zajęć Optyczne Metody Eksperymentalne w Biofizyce (podział na grupy, przydział ćwiczeń, regulamin) odbędzie się w czwartek r. o godz. 13:30 w salce seminaryjnej Zakładu Biofizyki Molekularnej (pok.208). Fizyka medyczna II rok II stopnia Zebranie informacyjne dotyczące zajęć Metody Eksperymentalne Biofizyki (podział na grupy, przydział ćwiczeń, regulamin) odbędzie się w czwartek r. o godz. 13:30 w salce seminaryjnej Zakładu Biofizyki Molekularnej (pok.208). dr Hanna JurgaNowak Zakład Biofizyki Molekularnej, pok. 202 tel / 29

3 Laboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2013/2014 propozycje ćwiczeń Tytuł aparatura/wyposażenie 01 Denaturacja/renaturacja DNA/tRNA (widmo UV(T)) Spekrofotometr UV temp., ultratermostat 3 / 29

4 02 Wyznaczanie współczynnika ekstynkcji białka Spektrofotometr UV 04 Wyznaczenie phmetrycznych krzywych topnienia DNA Spektrofotometr UV 06 Lepkość wiskozymetr Ostwalda, stoper, termostat 08 Wyznaczenie napięcia powierzchniowego metodą kapilary i za pomocą stalagmometru 4 / 29

5 kapilary, stalagmometr/biureta prosta, statyw 10 Miareczkowanie buforów wyznaczanie pojemności buforu phmetr, biureta, statyw 11 Jonowe właściwości aminokwasów: wyznaczenie pk glicyny phmetr, biureta 12 Wysalanie białek i/lub Wirówki, spektrofotometr UV 13 5 / 29

6 Kinetyka reakcji chemicznych hydroliza sacharozy Spektrofotometr UV, Płyta grzejna (mieszadło z grzaniem), odczynniki 14 Polarymetria: wyznaczenie skręcalności właściwej sacharozy, badanie aktywności optycznej białek i am Polarymetr, (sacharoza, aminokwasy i białka) UWAGA: 6 / 29

7 Do wszystkich ćwiczeń obowiązuje znajomość sporządzania roztworów, buforów, liczenia stężeń (molowych, wagowych, procentowych), przygotowywania odpowiednich rozcieńczeń, wyznaczania stężenia białka/dna z pomiarów absorpcyjnych. Spektrofotometria UV/vis Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL 1999, str Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str / 29

8 Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str Denaturacja/renaturacja kwasów nukleinowych (Widmo UV(T)). Wyznaczenie temperatury topnienia, badanie procesu denaturacji. Zagadnienia: denaturacja (makro i mikroskopowo), czynniki ja wywołujące, renaturacja, postać natywna białka/kwasu nukleinowego, temperatura topnienia i od czego zależy, efekt hiperchromowy, kooperatywność przejścia, szerokość przedziału topnienia itp. 8 / 29

9 02. Wyznaczanie współczynnika ekstynkcji dla białka. Zagadnienia: prawo LambertaBeera, definicja molowego, wagowego współczynnika ekstynkcji (przeliczanie), budowa białka a absorpcja w UV; teoretyczne wyznaczanie współczynnika ekstynkcji na podstawie sekwencji 04. Wyznaczenie phmetrycznych krzywych topnienia DNA. Zagadnienia: budowa cząsteczki DNA, jej struktura i funkcja, denaturacja DNA (mikroskopowo i makroskopowo), czynniki denaturujące, wpływ ph na denaturację DNA, efekt hiperchromowy, szerokość przedziału topnienia, ph m 9 / 29

10 Wiskozymetria 06. Lepkość wyznaczenie granicznej liczby lepkościowej hemoglobiny/bsa natywnej i denaturowanej. Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN / 29

11 Zagadnienia: definicja białka natywnego i denaturowanego, lepkość, lepkość właściwa, lepkość istotna, graniczna liczba lepkościowa, metody pomiaru lepkości, jakie czynniki mają wpływ na zmianę lepkości; jak z pomiarów lepkości wyznaczyć masę cząsteczkową białka. Napięcie powierzchniowe 08. Wyznaczenie napięcia powierzchniowego metodą kapilary i za pomocą stalagmometru. Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL 1999, str Zagadnienia: definicja napięcia powierzchniowego i jednostki, źródło napięcia powierzchniowego (siły), substancje powierzchniowo czynne, sposoby zmniejszania napięcia powierzchniowego, metody pomiaru napięcia powierzchniowego, itp. 11 / 29

12 phmetria, miareczkowanie 10. Miareczkowanie buforów wyznaczanie pojemności buforu. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str / 29

13 Zagadnienia: równanie HendersonaHasselbalcha, krzywa miareczkowania, definicja kwasu, zasady, czynnika ph, pi białka, amfoteryczność aminokwasów, definicja buforu, pojemności buforowej, miary pojemności buforu, wyznaczanie punktu izoelektrycznego, przygotowywanie buforów o odpowiednim składzie i ph. 11. Jonowe właściwości aminokwasów: wyznaczenie pk glicyny. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str / 29

14 Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str Zagadnienia: równanie HendersonaHasselbalcha, krzywa miareczkowania, def. kwasu, zasady, czynnika ph, pi białka, amfoteryczność aminokwasów, def. buforu, pojemności buforowej, miary pojemności buforu, wyznaczanie punktu izoelektrycznego, przygotowywanie buforów o odpowiednim składzie i ph. Białka proste ćwiczenia biochemiczne 14 / 29

15 12. Wysalanie białek i i dializa. Wstęp do pracowni biofizyki molekularnej pod red. G. Ślósarek, Wyd. Nauk. UAM 1996 Zagadnienia: sposoby rozpuszczania białek, hydratacja, przy jakim ph białka mają najmniejszą rozpuszczalność, mechanizm wysalania, dializa, prawo LambertaBeera, sposoby wytrącania białek, itp. Kinetyka reakcji 13. Kinetyka reakcji hydroliza sacharozy. 15 / 29

16 Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999 Zagadnienia: budowa cukrów prostych i złożonych, wiązanie glikozydowe, reakcje chemiczne równanie reakcji, rzędowość, szybkość reakcji, prędkość początkowa, kinetyka procesów enzymatycznych model MichaelisaMenten, równanie LineweaveraBurka Aktywność optyczna 16 / 29

17 14. Polarymetria: wyznaczenie skręcalności właściwej sacharozy, badanie aktywności optycznej białek i aminokwasów. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str , Zagadnienia: związki aktywne optycznie, konfiguracja aminokwasów, budowa hierarchiczna białek, skręcalność właściwa (jednostki), rodzaje i sposoby polaryzacji światła, zasada działania polarymetru itp. Laboratorium Biofizyczne semestr zimowy 2013/2014 propozycje ćwiczeń 17 / 29

18 Tytuł aparatura/wyposażenie 01 Denaturacja/renaturacja DNA/tRNA (widmo UV(T)) Spekrofotometr UV temp., ultratermostat 02 Wyznaczanie współczynnika ekstynkcji białka Spektrofotometr UV 04 Wyznaczenie phmetrycznych krzywych topnienia DNA 18 / 29

19 Spektrofotometr UV 06 Lepkość wiskozymetr Ostwalda, stoper, termostat 08 Wyznaczenie napięcia powierzchniowego metodą kapilary i za pomocą stalagmometru kapilary, stalagmometr/biureta prosta, statyw 10 Miareczkowanie buforów wyznaczanie pojemności buforu phmetr, biureta, statyw / 29

20 Jonowe właściwości aminokwasów: wyznaczenie pk glicyny phmetr, biureta 12 Wysalanie białek i/lub Wirówki, spektrofotometr UV 13 Kinetyka reakcji chemicznych hydroliza sacharozy Spektrofotometr UV, Płyta grzejna (mieszadło z grzaniem), odczynniki 14 Polarymetria: wyznaczenie skręcalności właściwej sacharozy, badanie aktywności optycznej białek i am 20 / 29

21 Polarymetr, (sacharoza, aminokwasy i białka) UWAGA: Do wszystkich ćwiczeń obowiązuje znajomość sporządzania roztworów, buforów, liczenia stężeń (molowych, wagowych, procentowych), przygotowywania odpowiednich rozcieńczeń, wyznaczania stężenia białka/dna z pomiarów absorpcyjnych. Spektrofotometria UV/vis 21 / 29

22 Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL 1999, str Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str Denaturacja/renaturacja kwasów nukleinowych (Widmo UV(T)). Wyznaczenie temperatury topnienia, badanie procesu denaturacji. Zagadnienia: denaturacja (makro i mikroskopowo), czynniki ja wywołujące, renaturacja, postać natywna białka/kwasu nukleinowego, temperatura topnienia i od czego zależy, efekt hiperchromowy, kooperatywność przejścia, szerokość przedziału topnienia itp. 02. Wyznaczanie współczynnika ekstynkcji dla białka. Zagadnienia: prawo LambertaBeera, definicja molowego, wagowego współczynnika ekstynkcji (przeliczanie), budowa białka a absorpcja w UV; teoretyczne wyznaczanie współczynnika ekstynkcji na podstawie sekwencji 22 / 29

23 04. Wyznaczenie phmetrycznych krzywych topnienia DNA. Zagadnienia: budowa cząsteczki DNA, jej struktura i funkcja, denaturacja DNA (mikroskopowo i makroskopowo), czynniki denaturujące, wpływ ph na denaturację DNA, efekt hiperchromowy, szerokość przedziału topnienia, ph m Wiskozymetria 06. Lepkość wyznaczenie granicznej liczby lepkościowej hemoglobiny/bsa natywnej i denaturowanej. Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN Zagadnienia: definicja białka natywnego i denaturowanego, lepkość, lepkość właściwa, lepkość istotna, graniczna liczba lepkościowa, metody pomiaru lepkości, jakie czynniki mają wpływ na zmianę lepkości; jak z pomiarów lepkości wyznaczyć masę cząsteczkową białka. 23 / 29

24 Napięcie powierzchniowe 08. Wyznaczenie napięcia powierzchniowego metodą kapilary i za pomocą stalagmometru. Ćwiczenia laboratoryjne z biofizyki i fizyki. Podęcznik dla studentów. J.Terlecki, PZWL 1999, str Zagadnienia: definicja napięcia powierzchniowego i jednostki, źródło napięcia powierzchniowego (siły), substancje powierzchniowo czynne, sposoby zmniejszania napięcia powierzchniowego, metody pomiaru napięcia powierzchniowego, itp. 24 / 29

25 phmetria, miareczkowanie 10. Miareczkowanie buforów wyznaczanie pojemności buforu. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str Zagadnienia: równanie HendersonaHasselbalcha, krzywa miareczkowania, definicja kwasu, zasady, czynnika ph, pi białka, amfoteryczność aminokwasów, definicja 25 / 29

26 buforu, pojemności buforowej, miary pojemności buforu, wyznaczanie punktu izoelektrycznego, przygotowywanie buforów o odpowiednim składzie i ph. 11. Jonowe właściwości aminokwasów: wyznaczenie pk glicyny. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999, str Zagadnienia: równanie HendersonaHasselbalcha, krzywa miareczkowania, def. kwasu, zasady, czynnika ph, pi białka, amfoteryczność aminokwasów, def. buforu, pojemności buforowej, miary pojemności buforu, wyznaczanie punktu izoelektrycznego, przygotowywanie buforów o odpowiednim składzie i ph. Białka proste ćwiczenia biochemiczne 26 / 29

27 12. Wysalanie białek i i dializa. Wstęp do pracowni biofizyki molekularnej pod red. G. Ślósarek, Wyd. Nauk. UAM 1996 Zagadnienia: sposoby rozpuszczania białek, hydratacja, przy jakim ph białka mają najmniejszą rozpuszczalność, mechanizm wysalania, dializa, prawo LambertaBeera, sposoby wytrącania białek, itp. 27 / 29

28 Kinetyka reakcji 13. Kinetyka reakcji hydroliza sacharozy. Ćwiczenia z biochemii, L.KłyszejkoStefanowicz, PWN 1999 Zagadnienia: budowa cukrów prostych i złożonych, wiązanie glikozydowe, reakcje chemiczne 28 / 29

29 równanie reakcji, rzędowość, szybkość reakcji, prędkość początkowa, kinetyka procesów enzymatycznych model MichaelisaMenten, równanie LineweaveraBurka Aktywność optyczna 14. Polarymetria: wyznaczenie skręcalności właściwej sacharozy, badanie aktywności optycznej białek i aminokwasów. Biofizyka. Wybrane ćwiczenia wraz z zagadnieniami. Z.Jóźwiak, G.Bartosz, PWN 2005, str , Zagadnienia: związki aktywne optycznie, konfiguracja aminokwasów, budowa hierarchiczna białek, skręcalność właściwa (jednostki), rodzaje i sposoby polaryzacji światła, zasada działania polarymetru itp. 29 / 29