Program nauczania rok II II Wydział Lekarski, semestr letni 2016/2017 GENETYKA KLINICZNA Lp. Temat Zakres treści PREZENTACJE WSTĘP DO GENETYKI KLINICZNEJ Zasady i regulamin zajęć. Podstawowe definicje pojęć genetyki klinicznej genetyka medyczna i kliniczna, kwas nukleinowy, replikacja DNA, polimeraza DNA, helikaza, ligaza DNA, gen, allel, allele kodominujące, ekson, intron, transkrypcja, odwrotna transkrypcja, polimeraza RNA, promotor, enhancer, silencer, translacja, kod genetyczny, kodon, antykodon, ekspresja genu, homozygota, heterozygota, hemizygota, chromatyna, chromosom, genom, genotyp, fenotyp, haplotyp, mitoza, mejoza, mutacja, polimorfizm (polimorfizm pojedynczego nukleotydu, SNP), antycypacja genetyczna. Znaczenie genetyki klinicznej w medycynie, współczesne kierunki rozwoju genetyki. Struktura kwasów nukleinowych. ELEMENTY GENETYKI MOLEKULARNEJ. MUTAGENEZA Koncepcje regulacji ekspresji genów, zjawiska sprzężenia i współdziałania genów (epistaza, penetracja i ekspresja, poligeny, plejotropia, komplementacja). Czynniki epigenetyczne. Dziedziczenie epigenetyczne (imprinting). Aspekty kliniczne: zespół Angelmana i Pradera-Willego, Molekularne podłoże mutagenezy; mutacje oraz czynniki mutagenne: -mutacje punktowe [=genowe] (tranzycja, transwersja, mutacje: missensowne, nonsensowne, zmiana ramki odczytu) -czynniki mutagenne fizyczne (promieniowanie jonizujące, ultrafioletowe, wysoka temperatura) -czynniki mutagenne chemiczne (czynniki alkilujące i arylujące, poliaromatyczne węglowodory, barwniki akrydynowe, analogi zasad azotowych, reaktywne formy tlenu) -czynniki mutagenne biologiczne -czynniki genotoksyczne. -definicje mutacji terminalnej, somatycznej, konstytucyjnej, mutacji de novo -efekt mutacji w zależności od lokalizacji (mutacje w promotorach, regionach regulatorowych, intronach i eksonach)
3. CHOROBY CHROMOSOMOWE I 4. CHOROBY CHROMOSOMOWE II 5 METODY MOLEKULARNE -morfologia chromosomów, euchromatyna i heterochromatyna, kariotyp i kariogram -aberracje chromosomowe liczbowe (poliploidie i aneuploidie) -aberracje chromosomowe strukturalne (translokacje wzajemne i robertsonowskie, inwersje, insercje, delecje interstycjalne i dystalne, mikrodelecje, duplikacje i mikroduplikacje, izochromosomy, chromosomy dwucentromerowe, chromosomy pierścieniowe, chromosomy markerowe), -przyczyny powstawania aberracji chromosomowych, -miejsca łamliwe chromosomów (aberracje chromatydowe, mozaikowatość, disomia jednorodzicielska), -przebieg badania cytogenetycznego (pobranie materiału, hodowla komórkowa, kończenie hodowli, wykonanie preparatów cytogenetycznych), -metody analizy chromosomów: analiza prążkowa metody barwienia chromosomów i ich zastosowanie, zasady analizy kariotypu, zasady opisu kariotypu wg systemu ISCN. - wskazania do badania kariotypu -Inaktywacja chromosomu X, chromatyna płciowa - identyfikacja Wybrane zespoły uwarunkowane aberracjami chromosomowymi: -aberracje liczbowe autosomów i poliploidie (zespół Downa, zespół Edwardsa, zespół Patau'a, triploidia), -aberracje liczbowe chromosomów płci (zespół Turnera i jego warianty, zespół Klinefeltera, kobiety 47,XXX, mężczyźni 47, XYY, zespół de la Chapelle, zespół Swyera), -zespoły chorobowe uwarunkowane aberracjami strukturalnymi (zespół cri-duchăt), zespoły mikrodelecyjne (zespół Wolfa-Hirschhorna, zespół Williamsa-Beurena, zespół Beckwith-Wiedemanna). -pobieranie materiału biologicznego, przechowywanie i transport próbek. -izolacja DNA i RNA -ocena ilościowa i jakościowa wyizolowanych kwasów nukleinowych -łańcuchowa reakcja polimerazy, PCR (przebieg, zastosowanie, warianty), reverse transcription-pcr, Real Time-PCR, PCR multipleks -enzymy restrykcyjne, -RFLP, PCR-RFLP -metoda MLPA
6. CHOROBY JEDNOGENOWE I 7. CHOROBY JEDNOGENOWE II 8. CHOROBY JEDNOGENOWE III. CHOROBY WIELOCZYNNIKOWE -sekwencjonowanie DNA (metoda Sangera, sekwencjonowanie automatyczne). -hybrydyzacja kwasów nukleinowych (sondy wykorzystywane w hybrydyzacji, hybrydyzacja in situ FISH, metoda CGH, metoda mikromacierzy CGH, technika mikromacierzy ekspresyjnych, mikromacierze SNP) Prawa Mendla, typy dziedziczenia. Choroby jednogenowe autosomalne dominujące: neurofibromatoza, achondroplazja, zespół Ehlers-Danlosa, choroba Huntingtona, zespół Marfana, zespół Aperta, wrodzona łamliwość kości (osteogenesis imperfecta) typ I, rodzinna hypercholesterolemia, zespół policystycznych nerek dorosłych, choroba Charcot-Marie-Tooth typ 1A, dysplazja obojczykowo-czaszkowa, zespół Treacher-Collins Choroby jednogenowe autosomalne recesywne: mukowiscydoza, wrodzony przerost nadnerczy, rybia łuska - lamellar ichtyosis LI1, dysplazja diastroficzna, hemoglobinopatie i talasemie. Genetycznie uwarunkowane choroby metaboliczne: defekty metabolizmu aminokwasów albinizm, alkaptonuria, fenyloketonuria, hiperglicynemia nieketotyczna, homocystynuria defekty cyklu mocznikowego niedobór transkarbamoilazy ornitynowej zaburzenia metabolizmu lipidów MCAD (niedobór ACADM), zespół Smitha- Lemliego-Opitza defekty przemiany węglowodanów galaktozemia choroby peroksysomalne zespół Zellwegera zaburzenia przemiany puryn zespół Lescha-Nyhana zaburzenia przemiany metali ciężkich: hemochromatoza, choroba Wilsona zaburzenia degradacji glikozaminoglikanów (mukopolisacharydozy) - choroba Huntera, lizosomalne choroby spichrzeniowe: choroba Gauchera typ I i II, choroba Tay- Sachsa Choroby jednogenowe sprzężone z chromosomem X. Zespół kruchego X, dystrofie mięśniowe, zespół Retta, hemofilie, daltonizm. Rodzinne występowanie powszechnych chorób wieku dorosłego. Molekularne podstawy nadciśnienia. Genetyczne podłoże miażdżycy. Genetyczne podłoże cukrzycy, choroby Alzheimera i schizofrenii. Wieloczynnikowe podłoże wad rozwoju (rozszczep wargi i/lub podniebienia, wady cewy nerwowej, wrodzone wady serca)
9. IMMUNOGENETYKA Komórki układu immunologicznego (dojrzewanie limfocytów T i B). Rekombinacja V(D)J i adaptacyjna odpowiedź immunologiczna -geny immunoglobulin i różnorodność przeciwciał, -mechanizm rekombinacji V(D)J, -regulacja epigenetyczna monoallelicznej rekombinacji i ekspresji, -wykluczenie alleliczne, -składanie funkcjonalnego łańcucha ciężkiego, -składanie funkcjonalnego łańcucha lekkiego, -zmiana klas Ig i różnorodność przeciwciał. Przykłady wrodzonych zespołów niedoboru odporności: -ataksja teleangiektazja -zespół DiGeorge'a 10. ONKOGENEZA -klasyfikacja nowotworów (podział histologiczny, podział ze względu na biologię nowotworu na łagodne i złośliwe, charakterystyka) -cechy komórek nowotworowych -transformacja nowotworowa i jej etapy (preinicjacja, inicjacja, promocja, progresja) -czynniki zewnętrzne wpływające na karcynogenezę (mutagenne: chemiczne, fizyczne, biologiczne - rola zakażeń wirusowych, przykłady) -czynniki genetyczne: onkogeny, geny supresorowe, geny mutatorowe, geny dla mikrorna rodzaje, przykłady, funkcja fizjologiczna, zaburzenia (mechanizmy aktywacji lub inaktywacji), tor mutacyjny -cykl komórkowy a transformacja nowotworowa (geny kodujące białka regulatorowe cyklu, punkty kontrolne cyklu) -transformacja nowotworowa a apoptoza (geny pro- i antyapoptotyczne), unieśmiertelnienie komórek nowotworowych, -rozwój unaczynienia guza (przełom angiogenny, czynniki pro- i antyangiogenne) -przerzutowanie mechanizmy, rodzaje przerzutów -diagnostyka molekularna; czynniki diagnostyczne, prognostyczne i predykcyjne -znaczenie badań genetycznych w klinice
11 GENETYKA POPULACYJNA 1 PORADNICTWO GENETYCZNE 13./14. CWICZENIA PRAKTYCZNE 15. Kolokwium uzupełniające Dziedziczenie różnej liczby cech, dziedziczenie cech ilościowych, niezależne dziedziczenie cech (częstość występowania alleli w populacji, prawo Hardy'ego- Weinberga i odchylenia od tego prawa). Czynniki wpływające na pierwotną i wtórną równowagę genetyczną populacji. Efekt założyciela. Dryf genetyczny. Genetyczne wąskie gardło. Szacowanie ryzyka choroby genetycznej (częstość występowania genotypów). Zasady poradnictwa genetycznego, planowanie badań i konsultacji specjalistycznych. Porada genetyczna. Aspekty prawne, społeczne i moralno-etyczne chorób genetycznych człowieka. Poradnictwo w niepłodności i niepowodzeniach prokreacji. PRACOWNIA CYTOGENETYCZNA PRACOWNIA MOLEKULARNA