Autoreferat. 1. Imię i nazwisko. Beata Stefania Lipska-Ziętkiewicz * * do dnia posługiwałam się panieńskim nazwiskiem Lipska.

Autoreferat 1. Imię i nazwisko. Beata Stefania Lipska-Ziętkiewicz * * do dnia 21.09.2013 posługiwałam się panieńskim nazwiskiem Lipska. 2. Posiadane dyplomy, stopnie naukowe/ artystyczne. 2002 lekarz Wydział Lekarski, Akademia Medycznej w Gdańsku (obecnie Gdański Uniwersytet Medyczny), Gdańsk 2008 doktor nauk medycznych w zakresie medycyny Wydział Lekarski, Akademia Medyczna w Gdańsku (obecnie Gdański Uniwersytet Medyczny), Gdańsk. tytuł rozprawy doktorskiej: Znaczenie prognostyczne wariantów polimorficznych genu NTRK1 w nerwiaku zarodkowym (neuroblastoma) promotor: prof. dr hab. n med. Janusz Limon 2009 specjalista pediatra Centrum Egzaminów Medycznych, Łódź 2014 specjalista genetyk kliniczny Centrum Egzaminów Medycznych, Łódź 3. Informacje o dotychczasowym zatrudnieniu w jednostkach naukowych. 2002-2006 słuchacz studiów doktoranckich, Studium Medycyny Molekularnej, Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Akademii Medycznej w Gdańsku (obecnie Gdański Uniwersytet Medyczny) 2002-2003 lekarz-stażysta w pierwszym roku pracy, Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny nr 1, Akademickie Centrum Kliniczne Akademii Medycznej w Gdańsku (obecnie Uniwersyteckie Centrum Kliniczne w Gdańsku) 2004-2009 lekarz-rezydent w dziedzinie pediatrii, Klinika Pediatrii, Hematologii, Onkologii i Endokrynologii Dziecięcej; Samodzielny Publiczny Szpital Kliniczny nr 1, Akademickie Centrum Kliniczne Akademii Medycznej w Gdańsku (obecnie Uniwersyteckie Centrum Kliniczne w Gdańsku); 2009 adiunkt, Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego w Gdańsku 2010-2011 lekarz-rezydent w dziedzinie genetyki klinicznej, Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Uniwersytetu Medycznego w Gdańsku / oddziały i kliniki Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku. 2011-nadal adiunkt, Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Uniwersytetu Medycznego w Gdańsku 1

4. Wskazanie osiągnięcia* wynikającego z art. 16 ust. 2 ustawy z dnia 14 marca 2003 r. o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki (Dz. U. nr 65, poz. 595 ze zm.): a) tytuł osiągnięcia naukowego/artystycznego Znaczenie badań genetycznych w indywidualizacji postępowania klinicznego w steroidoopornych zespołach nerczycowych u dzieci. b) (autor/autorzy, tytuł/tytuły publikacji, rok wydania, nazwa wydawnictwa), 1. Lipska BS #*, Bałasz-Chmielewska I, Morzuch L, Wasielewski K, Vetter D, Borzęcka H, Drożdż D, Firszt-Adamczyk A, Gacka E, Jarmoliński T, Książek J, Kuźma-Mroczkowska E, Litwin M, Medyńska A, Silska M, Szczepańska M, Tkaczyk M, Wasilewska A, Schaefer F, Żurowska A, Limon J. 2013. Mutational analysis in podocin-associated hereditary nephrotic syndrome in Polish patients: founder effect in the Kashubian population. J Appl Genet. 54:327-33 [IF= 1,902] 2. Lipska BS #*, Iatropoulos P, Maranta R, Caridi G, Ozaltin F, Anarat A, Balat A, Gellermann J, Trautmann A, Erdogan O, Saeed B, Emre S, Bogdanovic R, Azocar M, Bałasz-Chmielewska I, Benetti E, Caliskan S, Mir S, Melk A, Ertan P, Baskin E, Jardim H, Davitaia T, Wasilewska A, Drożdż D, Szczepańska M, Jankauskiene A, Higuita LM, Ardissino G, Ozkaya O, Kuźma- Mroczkowska E, Soylemezoglu O, Ranchin B, Medyńska A, Tkaczyk M, Peco-Antic A, Akil I, Jarmoliński T, Firszt-Adamczyk A, Dusek J, Simonetti GD, Gok F, Gheissari A, Emma F, Krmar RT, Fischbach M, Printza N, Simkova E, Mele C, Ghiggeri GM, Schaefer F; PodoNet Consortium. 2013. Genetic screening in adolescents with steroid-resistant nephrotic syndrome. Kidney Int. 84:206-13; [IF= 8,520] 3. Lipska BS #*, Ranchin B, Iatropoulos P, Gellermann J, Melk A, Ozaltin F, Caridi G, Seeman T, Tory K, Jankauskiene A, Żurowska A, Szczepańska M, Wasilewska A, Harambat J, Trautmann A, Peco-Antic A, Borzęcka H, Moczulska A, Saeed B, Bogdanovic R, Kalyoncu M, Simkova E, Erdogan O, Vrljicak K, Teixeira A, Azocar M, Schaefer F. 2014. Genotype-Phenotype Associations in WT1 Glomerulopathy. Kidney Int. 85:1169-78; [IF= 8,520] 4. Korkmaz E #, Lipska-Ziętkiewicz BS #*, Boyer O, Gribouval O, Fourrage C, Tabatabaei M, Schnaidt S, Gucer S, Kaymaz F, Arici M, Dinckan A, Mir S, Bayazit AK, Emre S, Balat A, Rees L, Shroff R, Bergmann C, Mourani C, the PodoNet Consortium, Antignac C, Ozaltin F *, Schaefer F. 2015. ADCK4-associated glomerulopathy causes adolescence-onset focal segmental glomerulosclerosis. J Am Soc Nephrol. doi: 10.1681/ASN.2014121240 [IF= 9,466] # pierwszy autor pracy, * autor korespondencyjny 2

c) omówienie celu naukowego/artystycznego ww. pracy/prac i osiągniętych wyników wraz z omówieniem ich ewentualnego wykorzystania. W Polsce rocznie rozpoznaje sie około 400 nowych przypadków zespołu nerczycowego (ZN) u dzieci (zachorowalność 5/100 000 dzieci). Każdego roku na oddziałach nefrologii dziecięcej jest leczonych z tego powodu około 1200 dzieci (chorobowość 16/100 000 dzieci). Większość z nich odpowiada na leczenie kortykosterydami i powraca do zdrowia. Jednakże u 15-20% pacjentów nie uzyskuje się remisji choroby, co określa się tzw. steroidoopornym zespołem nerczycowym SOZN (ang. steroid resistant nephritic syndrome; SRNS) i chorzy ci są poddawani leczeniu immunosupresyjnemu. Dzieci z SOZN stanowią heterogenną pod względem etiologii i przebiegu klinicznego grupę chorych. Uważa sie, że do 50% przypadków ma podłoże genetyczne związane z mutacjami w obrębie genów kodujących białka strukturalne błony podstawnej kłębuszków nerkowych, z których najważniejszym jest gen NPHS2. Chorzy z genetycznie uwarunkowanym SOZN niepotrzebnie podawani są kosztownemu i obarczonemu znacznymi skutkami ubocznymi leczeniu immunosupresyjnemu. Z czasem, u tych pacjentów, obserwuje się nieuchronną progresję przewlekłej choroby nerek i konieczność rozpoczęcia leczenia nerkozastępczego (dializoterapia, transplantacja nerki) [Trautmann i wsp. 2015]. Z punktu widzenia klinicysty nieznajomość profilu genetycznego pacjenta uniemożliwia racjonalną kwalifikację dziecka do grupy o określonej etiologii ZN, a co za tym idzie doboru terapii. Pomimo newralgicznego znaczenia, jaka odgrywa znajomość profilu genetycznego pacjenta, moja praca badawcza jest pierwszym kompleksowym badaniem genetycznym w grupie polskich chorych na SOZN. Dotychczas w Polsce badania genetyczne SOZN nie były szeroko dostępne, a pojedyncze przypadki były diagnozowane za granicą, w ramach indywidualnej współpracy naukowej. Należy podkreślić, iż możliwość diagnostyki genetycznej nie tylko umożliwia postawienie ostatecznego rozpoznania oraz udzielenia poradnictwa genetycznego dla pacjenta i jego rodziny ale przede wszystkim stać się może kluczem do indywidualizacji postępowania klinicznego. W ciągu ostatniego dziesięciolecia tzw. terapia celowana, w ramach której decyzje terapeutyczne opiera się o wyniki badań molekularnych, przeżywa intensywny rozkwit, początkowo obserwowany w dziedzinie onkologii a obecnie również w coraz szerszym gronie chorób nienowotworowych. Jednak aby poprawnie móc dostosować postępowanie kliniczne do uzyskanych informacji o mechanizmach i podłożu genetycznym schorzeń, ważne jest przeprowadzenie dokładnych badań epidemiologicznych jak również wnikliwych analiz korelacji genotyp-fenotyp na jak najwięk- 3

szej grupie pacjentów z danym typem genetycznym choroby. W tym celu, równocześnie z pracami nad polską populacją pacjentów SOZN, podjęłam współpracę z międzynarodowym rejestrem PodoNet (www.podonet.org), która zaowocowała objęciem stanowiska koordynatora ds. genetycznych tego największego na świecie rejestru pacjentów z SOZN. Dzięki temu uzyskałam dostęp do bazy danych klinicznych, histopatologicznych i epidemiologicznych około 1800 pacjentów z 90 ośrodków klinicznych w 36 krajach (Europa, Bliski Wschód oraz Ameryka Łacińska). Jako koordynator ds. genetycznych uczestniczyłam w projektowaniu, koordynacji jak i następnie osobiście przeprowadziłam szereg badań genetycznych w tej grupie pacjentów, co umożliwiło przeprowadzenie analiz korelacji genotyp-fenotyp w poszczególnych podgrupach pacjentów SO- ZN a następnie opracowanie algorytmów postępowania klinicznego. Z uwagi na powyższe, za najważniejsze cele zrealizowane w ramach niniejszej pracy habilitacyjnej uważam: 1. Ocenę częstości występowania i profilu mutacji w wybranych genach odpowiedzialnych za rozwój steroidoopornego zespołu nerczycowego (SOZN) w populacji polskich dzieci z jak również w kilkunastu populacjach europejskich, Bliskiego Wschodu i Ameryki Łacińskiej. 2. Ocenę korelacji statusu mutacyjnego w wybranych genach odpowiedzialnych za rozwój zespołu nerczycowego z parametrami klinicznymi nosicieli tych mutacji. 3. Opracowanie wytycznych (algorytmu postępowania klinicznego) dla pacjentów z mutacjami w genach WT1 oraz ADCK4 odpowiedzialnych za rozwój zespołu nerczycowego. 4. Wdrożenie do praktyki diagnostycznej w Polsce testów genetycznych wybranych genów SOZN w oparciu o dane epidemiologiczne i ocenę opłacalności (ang. cost-effectiveness). W pierwszym etapie realizacji założeń pracy habilitacyjnej podjęłam się utworzenia ogólnopolskiego centrum diagnostyki genetycznej SOZN. We współpracy ze wszystkimi ośrodkami nefrologii dziecięcej w Polsce (koordynator projektu: prof. dr hab. A. Żurowska) w ramach grantu MNiSzW przeprowadzone zostały badania częstości i profilu mutacji w genie NPHS2 kodującego białko podocynę w polskiej populacji dzieci z SOZN. Genetyka zespołu nerczycowego Mutacje w genie NPHS2 są najczęstszą przyczyną genetycznie uwarunkowanego zespołu nerczycowego dziedziczonego autosomalnie recesywnie [Sadowski i wsp. 2014]. Gen składa się z 8 eksonów rozmieszczonych na odcinku długości 26kb. Podocyna, kodowana przez ten gen, należąca do rodziny białek stomatin, jest integralnym składnikiem błon szczelinowych kłębuszka nerkowego o strukturze spinki do włosów (ang. hairpin) z częścią transbłonową oraz N i C- 4

końcami skierowanymi ku cytoplazmie [Caridi i wsp. 2004]. Podocyna łączy się z cytoplazmatyczną częścią nefryny oraz białkiem związanym z cząsteczką adhezyjną CD2 (ang. CD2-assoicated protein CD2AP). tworząc kompleks, którego stabilność jest warunkiem koniecznym dla zapewnia poprawnej struktury szkieletu błon szczelinowych [Boute i wsp. 2000]. Analiza profilu mutacji powyższego genu u 141 polskich pacjentów umożliwiła ustalenie wytycznych diagnostycznych dot. zakresu badań molekularnych w naszej populacji. Z uwagi na brak tzw. hot spot, czyli odcinka genu charakteryzującego się istotnie częstszym występowaniem mutacji, wykazałam konieczność badania pełnej sekwencji kodującej genu NPHS2 w populacji polskiej. Równocześnie wykazałam obecność tzw. efekt założyciela dla populacji kaszubskiej dzięki odkryciu istotnie częstszego występowania mutacji c.1032delt wśród mieszkańców Pomorza. Mutacja ta występowała nie tylko istotnie częściej wśród pacjentów SOZN pochodzących z powiatów kaszubskich województwa pomorskiego, ale również wykazałam jej obecność w reprezentatywnej anonimowej grupie 575 próbek DNA wyizolowanego z bibuł Guthriego pobranych od noworodków urodzonych w szpitalach powiatowych tego regionu. Umożliwiło to modyfikację algorytmu diagnostycznego w tej specyficznej grupie pomorskich pacjentów poprzez uproszczenie diagnostyki genetycznej i rozpoczynanie analizy sekwencji genu NPHS2 od eksonu 8, w którym występuje w/w mutacja. Z uwagi na wykazaną niską częstość występowania mutacji, ocenionej jako <1:1000 mieszkańców Pomorza, nie stanowi jednak ona podstaw do włączenia analizy tego genu do panelu badań przesiewowych noworodków. Wyniki badań zostały opublikowane w J. Appl Genet (2013). Mój wkład w powstanie tej pracy polegał na opracowaniu koncepcji i projektu badań genetycznych, koordynacji i nadzorze nad prowadzonymi badaniami genetycznymi, wykonaniu sekwencjonowania bezpośredniego genu NPHS2 u 40 pacjentów z zespołem nerczycowym, opracowaniu autorskiej metody oznaczania genotypów NPHS2 w DNA wyizolowanym z bibuł Guthriego, przeprowadzeniu doświadczeń in silico (analizy przyrównania sekwencyjnego (ang. alignment), oceny stopnia konserwacji ewolucyjnej, pośrednich testów predykcyjnych oraz oceny potencjalnych nowych miejsc splicingowych) oceniających znaczenie funkcjonalne nowych wariantów sekwencyjnych, analizie statystycznej oraz interpretacji uzyskanych wyników jak i opracowaniu tekstu publikacji. Równocześnie z pracą nad rozkładem mutacji genu NPHS2 w populacji polskiej prowadziłam badania, które zaowocowały opracowaniem wytycznych klinicznych w zakresie diagnostyki molekularnej i postępowania klinicznego u nastolatków ze sporadyczną i rodzinną postacią SRNS. Publikacja opublikowana została w prestiżowym czasopiśmie Kidney International (2013) będącym drugim spośród 73 periodyków w swojej grupie tematycznej (aktualny współczynnik oddziaływania IF=8,520). Jest to pierwsza publikacja dotycząca tej grupy wiekowej. Tym samym 5

wypełniona została luka, gdyż dotychczas opublikowane rekomendacje dotyczyły dzieci młodszych lub dorosłych. Istotą tej pracy była analiza wszystkich pacjentów w tym zakresie wiekowym (n=227) z międzynarodowego rejestru PodoNet za pomocą sekwencjonowania bezpośredniego. Pacjenci ci rekrutowali się z ok. 50 ośrodków nefrologicznych z Europy, Bliskiego Wschodu i Ameryki Południowej. W rezultacie prowadzonych badań, w oparciu o znaleziony rozkład częstości mutacji, możliwe stało się ustalenie algorytmu diagnostycznego w tej grupie chorych. Wykazano, iż sekwencjonowanie pełnej sekwencji kodującej genu NPHS2 oraz eksonów 8-9 genu WT1 stanowi najbardziej racjonalne postępowanie w sporadycznych przypadkach młodzieńczego SOZN. Drugim celem, który został zrealizowany w ramach tego badania była ocena znaczenia praktycznego wyników analizy molekularnej genu INF2 u pacjentów z postacią sporadyczną choroby. Wykazałam istotnie niższą częstość występowania mutacji w genach związanych z patogenezą SRNS w grupie nastolatków jak również niewielką przydatność w praktyce klinicznej analizy sekwencji genu-kandydata INF2. Badanie tego genu należy ograniczyć do pacjentów o dodatnim wywiadzie rodzinnym zgodnym z autosomalnym dominującym wzorcem dziedziczenia. Nie potwierdziłam znaczenia badania genu INF2 u pacjentów ze sporadyczną postacią choroby. Mój udział w opracowaniu tej publikacji polegał na wykonaniu większości (ok. 85%) badań genetycznych wraz z ich interpretacją, ocenie bioinformatycznej i in vivo znaczenia patogennego wykrytych nowych wariantów sekwencyjnych (por. wyżej) oraz przeprowadzeniu analizy statystycznej. Miałam również istotny wkład w opracowanie pomysłu i projektowanie badań oraz napisałam manuskrypt pracy. Trzecia praca będą przedmiotem osiągnięcia naukowego dotyczy grupy schorzeń związanych z mutacjami w genie WT1. Jest to jedna z rzadszych form genetycznie uwarunkowanego SOZN, jednakże ze względu na kluczową rolę białka guza Wilmsa (Wt1) w organogenezie nerek i gonad spektrum objawów klinicznych obserwowanych u pacjentów z mutacjami w tym genie wykracza poza SOZN. U pacjentów występują zaburzenia różnicowania płci, dysgenezja gonad jak również podwyższone ryzyko nowotworów: nephroblastoma i gonadoblastoma. Stanowi to poważne wyzwanie dla klinicysty, jednakże ze względu na rzadkość zespołu dotychczas nie opracowano standardów opieki nad tą grupą pacjentów. Większość opublikowanych prac dot. tego zagadnienia miało charakter doniesień kazuistycznych. W ciągu dwóch lat pracy w grupie Podo- Net zgromadziłam dane kliniczne 46 pacjentów z mutacjami w genie WT1. Ponadto dzięki współpracy z ośrodkami nefrologii dziecięcej nie będących członkami konsorcjum zbadałam dodatkowych 15 pacjentów. Zebrana w ten sposób najliczniejsza jak dotąd grupa pacjentów z mutacjami w genie WT1 została poddana przeze mnie systematycznej, kompleksowej analizie. W oparciu o przeprowadzoną szczegółową analizę korelacji genotyp-fenotyp zaproponowałam nowy podział mutacji w genie WT1 odzwierciedlający stopień nasilenia objawów klinicznych choro- 6

by. Równocześnie, dzięki zebranym danym dot. długoletniego czasu przeżycia pacjentów byłam w stanie wykazać rzeczywiste ryzyko nowotworzenia oraz wskazać grupę mutacji związanych z zaburzeniami różnicowania płci, których nosiciele wymagają dodatkowych badań cytogenetycznych, endokrynologicznych i ginekologicznych. Przeprowadzone analizy zaowocowały opracowaniem pierwszego kompleksowego algorytmu postępowania w grupie pacjentów SOZN z mutacjami w WT1, opublikowanego w prestiżowym Kidney International (2014). Mój wkład w powstanie tej publikacji polegał na koncepcji i opracowaniu planu badań, koordynacji prowadzonych badań, wykonaniu sekwencjonowania bezpośredniego genu WT1 u ~350 pacjentów z rodzinnym i sporadycznym SOZN, przeprowadzeniem doświadczeń in silico oceniających znaczenie funkcjonalne nowych wariantów sekwencyjnych, oraz potencjalnych nowych miejsc splicingowych, analizie statystycznej oraz interpretacji uzyskanych wyników jak i opracowaniu tekstu publikacji. Czwarta publikacja niniejszego cyklu prac z zakresu genetyki steroidoopornych zespołów nerczycowych jest pierwszym na świecie szczegółowym opracowaniem fenotypu SOZN u pacjentów z mutacjami w genie ADCK4 (odkrytym pod koniec 2013r). Gen ten koduje jedno z kluczowych białek szlaku syntezy koenzymu Q10 (CoQ10; ubichinonu), który odpowiada za przenoszenie elektronów między kompleksami białek łańcucha oddechowego mitochondrium. Zaburzenia biosyntezy CoQ10 należą do heterogennej grupy chorób zwanych cytopatiami mitochondrialnymi. Większość z nich jest schorzeniami wielonarządowymi, klinicznie prezentującymi cechy encefalopatii, miopatii, neuropatii jak również uszkodzenia innych tkanek o wysokim zapotrzebowaniu energetycznym. Najczęściej spotykanym fenotypem nerkowym jest pierwotny defekt cewek bliższych (ang. proximal tubulopathy), jednak w wypadku tzw. glomerulopatii CoQ10 spowodowanych mutacjami w genach COQ2, COQ5, PDSS2 jak również w genie trna LEU dominują objawy uszkodzenia kłębuszka nerkowego [Emma i wsp 2012]. Pomimo, iż wykazano, że u pacjentów SOZN z mutacjami w genie ADCK4 występuje obniżone stężenie CoQ10, dzięki czemu zaliczono je do glomerulopatii CoQ10, brak było danych dotyczących spektrum fenotypowego tego schorzenia. W omawianej publikacji podjęłam się opracowania szczegółowej charakterystyki fenotypu tej choroby, z uwzględnieniem nie tylko aspektu zmian w nerkach ale również możliwych objawów z zakresu innych narządów. Grupa badana liczyła 26 pacjentów pochodzących z dwunastu rodzin z mutacjami w genie ADCK4. Wykazałam, iż obecność objawów pozanerkowych, w tym zaburzeń ośrodkowego układu nerwowego, dotyczy tylko niewielkiego odsetka pacjentów czym różni ich od pozostałych pacjentów z glomerulopatiami CoQ10. Ponadto poprzez porównanie przebiegu klinicznego SOZN z przebiegiem obserwowanym w wypadku dwóch innych dziedzicznych glomerulopatii: NPHS2 i WT1 wykazałam istnienie charakterystycznego dla mutacji w ADCK4 okresu latencji objawów nerkowych do czasu osiągnięcia wieku nastoletniego a następnie szybkiej progresji choroby w kierunku schyłkowej niewydolności nerek nieuchronnie 7

następującej w 2-3 dekadzie życia. Trzecią ważną obserwacją pracy było wykazanie celowości wczesnego wykonywania badań genetycznych, również u bezobjawowych członków rodziny, celem wyprzedzającego wykrycia defektu genetycznego i włączenia celowanego nerkoprotekcyjnego leczenia. W badanej grupie dwoje pacjentów rozpoczęło leczenie suplementacją CoQ10 w fazie latentnej choroby, co było możliwe wyłącznie dzięki wcześniejszemu rozpoznaniu choroby u starszego rodzeństwa prezentującego bardziej zaawansowaną postać choroby. Wstępne wyniki wskazują na istotny efekt nefroprotekcyjny terapii celowanej. Mój wkład w powstanie tej pracy polegał na opracowaniu koncepcji i zaprojektowaniu badań, koordynacji i nadzorze nad prowadzonymi badaniami, wykonaniu sekwencjonowania następnej generacji (ang. next generation sequencing, NGS) panelu 31 genów związanych z glomerulopatią u 56 pacjentów z SOZN oraz interpretacji wyników NGS u kolejnych 180 pacjentów z międzynarodowego Rejestru PodoNet, przeprowadzeniu analiz in-silico oceniających znaczenie funkcjonalne nowych wariantów sekwencyjnych, analizie statystycznej oraz interpretacji uzyskanych wyników jak i opracowaniu tekstu publikacji. W trakcie realizacji pracy habilitacyjnej konieczne było wykorzystanie szeregu metod z zakresu cytogenetyki, biologii molekularnej jak i analiz bioinformatycznych i statystycznych uzyskanych danych. Wartym podkreślenia jest fakt, iż większość z koniecznych eksperymentów zostało zaplanowanych i wykonanych przeze mnie osobiście. Do najważniejszych metod wykorzystanych w pracy zaliczam: a) metody laboratoryjne: izolacja DNA i RNA, sekwencjonowanie klasyczne (Sangerowskie), sekwencjonowanie następnej generacji (NGS), reakcja odwrotnej transkrypcji, budowa biblotek cdna [wykonywane osobiście] oraz PCR w czasie rzeczywistym (RT-PCR) w oparciu o allelo-specificzne sondy TaqMan w DNA izolowanym z bibuł Guthrie go, analiza zmienności liczby kopii DNA w oparciu o technikę porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (ang. array-cgh) [planowanie i interpretacja wyników] b) metody analityczne: analiza bioinformatyczna uzyskanych danych (ocena znaczenia patogennego stwierdzanych wariantów sekwencyjnych poprzez ocenę ich wpływu na strukturę i/lub funkcje kodowanego białka oraz ocenę ewentualnego wpływu na składanie mrna (ang. splicing); analiza statystyczna uzyskanych wyników (na podstawie >1500 rekordów w bazie danych klinicznych); koordynacja międzynarodowych badań wieloośrodkowych w ramach współpracy PodoNet, EuRenOmics [wykonywane osobiście] 8

Podsumowując, za najważniejsze osiągnięcie naukowe przedstawione w osi niniejszej pracy habilitacyjnej uważam: 1. Ustalenie częstości i rozkładu mutacji genu NPHS2 w populacji polskiej. Uzyskane wyniki umożliwiły opracowanie algorytmu postępowania diagnostycznego celem efektywnego rozdziału nakładów finansowych i czasowych przy badaniu tego genu. W województwie pomorskim odkryto istnienie mutacji założycielskiej (por. punkt 2) co uzasadnia celowane badanie eksonu 8 w tej grupie pacjentów z SOZN. 2. Wykazanie efektu założyciela dla mutacji c.1032delt genu NPHS2 wśród Kaszubów poprzez ocenę 575 anonimowych bibułek Guthriego reprezentatywnych dla regionów województwa pomorskiego zamieszkałych przez Kaszubów. Niska częstość nosicielstwa mutacji nie stanowi podstaw do włączenia analizy tego genu do panelu badań przesiewowych noworodków, jednakże wskazuje na konieczność przeprowadzenia szkoleń dla pediatrów i lekarzy rodzinnych pracujących na terenach zamieszkałych przez Kaszubów. 3. Ocenę korelacji genotyp-fenotyp u pacjentów SOZN z mutacjami w genie WT1, które umożliwiły opracowanie szczegółowych wytycznych umożliwiających indywidualizację postępowania klinicznego. Zebrana największa jak dotychczas na świecie grupa pacjentów z tym rzadkim schorzeniem umożliwiła ocenę stopnia penetracji i ekspresji dla poszczególnych cech zespołu (np. ryzyko zachorowania na chorobę nowotworową). 4. Przeprowadzenie pierwszej na świecie oceny korelacji genotyp-fenotyp u pacjentów SO- ZN z mutacjami w genie ADCK4. Wykazanie celowości wczesnego wykonywania badań genetycznych, również u bezobjawowych członków rodziny, celem wyprzedzającego wykrycia defektu genetycznego i włączenia celowanego nerko-protekcyjnego leczenia. 5. Opracowanie algorytmu postępowania diagnostycznego w grupie nastolatków z SOZN. Chciałabym podkreślić znaczenie aplikacyjne wyników przeprowadzonych przeze mnie badań w zakresie biologii molekularnej zespołów nerczycowych, które przekładają się bezpośrednio na praktykę kliniczną. Opracowane algorytmy postępowania zarówno diagnostycznego jak i klinicznego pacjentów wypełniły luki w dotychczasowej wiedzy i umożliwiły ustalenie standardów właściwego postępowania terapeutycznego. Ponadto, praktycznym wymiarem przeprowadzonych badań było utworzenie ogólnopolskiego centrum referencyjnego diagnostyki genetycznej dla pacjentów z SOZN działającego w ramach Laboratorium Genetyki Klinicznego Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku. Od listopada 2013r. badania molekularne genów NPHS2 i WT1 są dostępne w/w ośrodku dla pacjentów z całej Polski w ramach umowy z NFZ. 9

Wykonanie badań będących podstawą niniejszego wniosku habilitacyjnego było możliwe dzięki czynnemu uczestnictwu w następujących krajowych i międzynarodowych projektach badawczych: 1. W latach 2011-2013 byłam głównym wykonawcą projektu finansowanego przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego N N402 631840 pt. Profil mutacji w genach NPHS2, WT1 oraz INF2 w polskiej populacji pacjentów ze steroidoopornym zespołem nerczycowym (kierownik projektu: prof. dr hab. Aleksandra Żurowska). 2. od 2010 roku współpracuję z konsorcjum PodoNet (ang. PodoNet Consortium for Clinical, Genetic and Experimental Research into Hereditary Diseases of the Podocyte) finansowanym w ramach Europejskich Funduszy E-Rare. 3. od 2013 roku, jestem partnerem ds. genetycznych w konsorcjum EURenOmics (European Consortium for High-Throughput Research in Rare Kidney Diseases, zadanie W2) finansowanym w ramach 7 Europejskiego Programu Ramowego. 5. Omówienie pozostałych osiągnięć naukowo - badawczych. 5.1. Pozostałe projekty badawcze z zakresu genetyki chorób nerek. Od 2010 roku współpracuję z kilkoma ośrodkami klinicznymi (Heidelberg, Paryż, Budapeszt, Ankara) w zakresie badań molekularnych nad patogenezą SOZN. Współpraca ta zaowocowała pobytami badawczymi w Laboratorium Nefrogenetyki przy Klinice Nefrologii Dziecięcej, Instytutu Chorób Dzieci i Młodzieży na Uniwersytecie w Heidelbergu oraz w Laboratorium Badań nad Wrodzonymi Chorobami Nerek, Inserm UMR 1163, Instytut Imagine, na Uniwersytecie Kartezjusza (Sorbona) w Paryżu. Ponadto, wyrazem tej współpracy jest współautorstwo w kolejnych trzech pracach. 1. Trautmann A, Bodria M, Ozaltin F, Gheisari A, Melk A, Azocar M, Anarat A, Caliskan S, Emma F, Gellermann J, Oh J, Baskin E, Ksiazek J, Remuzzi G, Erdogan O, Akman S, Dusek J, Davitaia T, Özkaya O, Papachristou F, Firszt-Adamczyk A, Urasinski T, Testa S, Krmar RT, Hyla-Klekot L, Pasini A, Özcakar ZB, Sallay P, Cakar N, Galanti M, Terzic J, Aoun B, Caldas Afonso A, Szymanik-Grzelak H, Lipska BS, Schnaidt S, Schaefer F; for the PodoNet Consortium. Spectrum of Steroid-Resistant and Congenital Nephrotic Syndrome in Children: The PodoNet Registry Cohort. Clin J Am Soc Nephrol. 2015; 10:592-600 2. Bouchireb K, Boyer O, Gribouval O, Nevo F, Huynh Cong E, Campait R, Dantal J, Eckart P, Liutkus A, Mégarbane A, Mohsin N, Soulami K, Mollet G, Dahan, K, Lipska BS, Ozaltin F, Schaefer F, Antignac C. NPHS2 Mutations in Steroid Resistant Nephrotic Syndrome: A Mutation Update and the Associated Phenotypic Spectrum. Hum Mutat 2014; 35:178-86 3. Kerti A, Csohány R, Szabó A, Árkossy O, Sallay P, Moriniére V, Vega-Warner V, Nyírő G, Lakatos O, Szabó T, Lipska BS, Schaefer F, Antignac C, Reusz G, Tory K. NPHS2 p.v290m mutation in late-onset steroid-resistant nephrotic syndrome. Pediatr Nephrol. 2013; 28:751-7. 10

Pierwsza z w/w publikacji (Trautmann i wsp. 2015) to syntetyczna analiza populacji dziecięcej SOZN opracowana w ramach konsorcjum PodoNet. Praca ta jest szerokim studium epidemiologicznym, klinicznym, histopatologicznym oraz genetycznym jak również próbą oceny wpływu intensyfikacji protokołów leczniczych SOZN w poszczególnych podgrupach pacjentów. Jako kordynator ds. genetyki odpowiadałam w pracy za jej część analityczną dotyczącą profilu mutacji w genach związanych z patogenezą SOZN. Jestem również jednym z ekspertów opracowujących, w zakresie genu NPHS2, światową bazę danych mutacji tzw. Leiden Open Variation Database, która została udostępniona online http://databases.lovd.nl/shared/genes/nphs2 jak również omówiona w drugiej z w/w prac opublikowanej w Human Mutation (Bouchireb K i wsp. 2014). Mój wkład w powstanie tej pracy polegał na udziale w kwalifikacji przypadków do badania, wykonaniu sekwencjonowania bezpośredniego genu NPHS2 u ~50 pacjentów z SOZN oraz przeprowadzeniem doświadczeń in silico oceniających znaczenie funkcjonalne nowych wariantów sekwencyjnych genu NPHS2 stwierdzonych w grupie chorych z rejestru PodoNet (n=140). Natomiast analiza profilu mutacji w genie NPHS2 w populacjach Europy Centralnej i Wschodniej przeprowadzona we współpracy z ośrodkiem węgierskim umożliwiła zidentyfikowanie mutacji p.v290m jako typowej dla populacji krajów leżących w zakresie wpływów Imperium Ottomańskiego. Wyniki badań zostały opublikowane w trzeciej z w/w prac (Kerti i wsp. 2013). Mój wkład w powstanie tej pracy polegał na udziale w kwalifikacji pacjentów do badania, ocenie częstości występowania mutacji p.v290m w genie NPHS2 u pacjentów z SO- ZN w Rejestrze PodoNet oraz współudziale w przeprowadzeniu analizy genotyp-fenotyp dla chorych z tą mutacją. Wykazane zostało, iż mutacja p.v290m związana jest z późniejszym niż typowy dla innych mutacji w genie NPHS2 początkiem choroby, przypadającym w tym przypadku dopiero na okres nastoletni a nawet trzecią dekadę życia. 5.2. Projekty badawcze z zakresu zaburzeń genomowych człowieka. Poza wyżej omówionym zagadnieniem genetycznie warunkowanych zespołów nerczycowych w moim dorobku naukowym można wyróżnić kolejne dwa główne kierunki badań: 1) charakterystykę molekularną i kliniczną pacjentów z zaburzeniami genomowymi; 2) rolę czynników genetycznych w patogenezie nowotworów. Jestem lekarzem, który łączy codzienną pracę w laboratorium z praktyką kliniczną, pracując czynnie jako pediatra i genetyk kliniczny w klinice i poradni genetycznej Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku. W pracy klinicznej wielokrotnie przyszło mi wykorzystywać wiedzę z zakresu biologii molekularnej, zwłaszcza w procesie 11

diagnostycznym pacjentów z zaburzeniami genomowymi. Zaowocowało to nie tylko postawieniem ostatecznej diagnozy pacjentowi oraz możliwością udzielenia poprawnej porady genetycznej, ale również publikacjami kilku wyjątkowych przypadków (por. niżej). Głównym narzędziem diagnostycznym wykorzystywanym w diagnostyce zaburzeń genomowych jest technika porównawczej hybrydyzacji genomowej do mikromacierzy (ang. array comaparative genomie hybridisation; array-cgh). Jestem kierownikiem projektu badawczego NCN Sonata (2011-nadal), którego celem było stworzenie młodego zespołu badawczego do wdrożenia tej techniki do praktyki laboratoryjnej i diagnostycznej. Bezpośrednim celem niniejszego projektu jest ocena z wykorzystaniem mikromacierzy CGH - występowania zaburzeń genomowych u pacjentów z klinicznymi cechami zespołu mikrodelecji 22q11.2 (tzw. zespół DiGeorge), u których nie stwierdzono nieprawidłowości kariotypowych w standardowym badaniu cytogenetycznym (kariotyp i badanie FISH). Efektem końcowym pracy będzie weryfikacja obecnie stosowanych kryteriów klinicznych i algorytmu diagnostycznego. Ponadto, długofalowym efektem realizacji niniejszego projektu będzie stworzenie unikatowego warsztatu naukowego obejmującego kliniczne, cytogenetyczne i molekularne narzędzia badawcze konstytucyjnych niezrównoważeń genomu, które już obecnie jest wykorzystany w badaniach innych grup pacjentów z zaburzeniami genomu. Chciałabym podkreślić, iż już na półmetku realizacji projektu nasze laboratorium uzyskało maksymalną ocenę w międzynarodowym zewnętrznym programie kontroli jakości badań wykonywanych za pomocą techniki mikromacierzy CGH przyznaną przez Europejską Sieć ds. Jakości w Genetyce Molekularnej (EMQN; European Molecular Genetics Quality Network). Metoda mikromacierzy CGH stanowiła główne narzędzie badawcze w następujących pracach, które powstały z moim znaczącym udziałem ( # - pierwszy autor pracy; * - autor korespondencyjny): 4. Hogendorf A #, Lipska-Zietkiewicz BS #, Szadkowska A, Borowiec M, Koczkowska M, Trzonkowski P, Drozdz I, Wyka K, Limon J, Mlynarski W. Chromosome 18q deletion syndrome with autoimmune diabetes mellitus: putative genomic loci for autoimmunity and immunodeficiency. Pediatr Diabetes. 2014 doi: 10.1111/pedi.12235 5. Krygier M, Lipska-Zietkiewicz BS *, Koczkowska M, Wierzba J, Limon J. Mild phenotype of a large partial 13q trisomy. Clin Dysmorphol. 2014; 23:155-7 6. Lipska BS #, Brzeskwiniewicz M, Wierzba J, Morzuch L, Piotrowski A, Limon J. 8.6Mb interstitial deletion of chromosome 4q13.3q21.23 in a boy with cognitive impairment, short stature, hearing loss, skeletal abnormalities and facial dysmorphism. Genet Counsel 2011; 4:353-63 7. Koczkowska M #, Lipska BS #, Grzeszewska J, Limon J, Biernat W, Jassem J. Primary leiomyosarcoma of the mesentery in two sisters: clinical and molecular characteristics. Pol J Pathol. 2013; 64:59-63 12

Mój udział w w/w pracach polegał na opracowaniu planu badań molekularnych (zarówno doświadczeń w oparciu o technikę mikromacierzy CGH jak i analiz je weryfikujących, przede wszystkim za pomocą metody ilościowego PCR w czasie rzeczywistym (qpcr)); analizie oraz interpretacji uzyskanych wyników, przeglądzie literatury jak i opracowaniu tekstu publikacji. Pierwsza z w/w prac (Hogendorf A i wsp. 2014) postuluje istnienie loci genowych związanych z patogenezą cukrzycy typu pierwszego i/lub innych zaburzeń autoimmunologicznych oraz pierwotnego niedoboru odporności w obszarze subtelomerowym ramion długich chromosomu 18. W oparciu o szczegółową analizę fenotypową prezentowanego pacjenta i dotychczas opisanych w literaturze przypadków delecji 18q możliwe było wykazanie zwiększonego ryzyka chorób z autoagresji w tej grupie pacjentów. Posłużyło to za podstawę do sformułowania wniosku o konieczności wnikliwego monitorowania pacjentów z aberracjami obejmującymi subtelomerowy fragment ramion długich chromosomu 18 w kierunku zaburzeń autoimmunologicznych i niedoboru odporności, które mogą się pojawiać zarówno w dzieciństwie, jak i w 2-3 dekadzie życia. Druga z w/w prac kazuistycznych (Krygier i wsp. 2014) jest opisem 12-letniej pacjentki z częściową trisomią ramion długich chromosomu 13 obejmującą znaczny fragment subtelomerowy (ok. 34Mpz). Pomimo tak rozleglej aberracji, kliniczne dziewczynka prezentuje dość łagodny fenotyp: charakterystyczne cechy dysmorfii, niepełnosprawność intelektualną stopnia umiarkowanego oraz padaczkę z napadami typu absence. Nie stwierdza się zaś cech kluczowych dla zespołu Patau (trisomii chromosomu 13). Umożliwia to wykazanie, iż loci genomowe odpowiedzialne za powstanie takich cech jak holoprosencephalia, omphalocele, wady wrodzone nerek, serca i innych narządów, znajdują się w proksymalnym fragmencie chromosomu 13q, poza obszarem aberracji stwierdzonej w opisywanym przypadku. Natomiast locus genomowe polidaktylii pozaosiowej typu A2, która występuje zarówno u pacjentów z trisomią 13 jak i w przypadkach częściowej duplikacji fragmentu subtelomerowego chromosomu 13q, mapuje się do dystalnego odcinka ramion długich tego chromosomu. Trzecia z w/w prac (Lipska i wsp. 2011) przedstawia charakterystykę kliniczną, cytogenetyczną i molekularną chłopca z zespołem wad wrodzonych i niepełnosprawnością intelektualną znacznego stopnia u którego stwierdzono interstycjalną delecję 8,6Mpz fragmentu chromosomu 4q13.3q21.23. Analiza przedstawionego przypadku oraz wcześniej opublikowanych pacjentów z delecjami obejmującymi podobny fragment chromosomu 4q umożliwiła wytypowanie genu BMP3 jako kandydata odpowiedzialnego za stwierdzany fenotyp zaburzeń układu szkieletowego pod postacią: skoliozy (hipoplastyczne kręgi a nawet hemivertebrae), 11 par żeber, skrócenia kości długich; brachydaktylii (u części pod postacią brachymesophalangiae palców II i V); oraz niedosłuchu 13

znacznego stopnia z towarzyszącym u części pacjentów zwężeniem/niedrożnością kanału słuchowego. Technika mikromacierzy CGH była głównym narzędziem badawczym również w kolejnej pracy (Koczkowska i wsp. 2013), której celem była analiza konstytucyjnych i somatycznych zmian genomowych w rodzinnej postaci mięsaka gładkokomórkowego (leiomyosarcoma). Po raz pierwszy opisaliśmy rodzinne występowanie w/w nowotworu. W badanym materiale wykazano obecność szeregu zmian liczby kopii genów ( ang. copy number variation, CNV). Tylko dwie z nich: 2 Mpz CNV w chromosomie 5q13.2 oraz 9,2 Mpz CNV w chromosomie 17p11.2p13.1 występowały we wszystkich badanych próbkach somatycznych; zmiana w chromosomie 5q13.2 występowała również w kontrolnym DNA konstytucyjnym. Na tej podstawie wytypowano region na chromosomie 17p jako zmianę typową dla guzów leiomyosarcoma. Przegląd literatury wykazał, że zmiana ta występuję u ok. 33-55% guzów. Jej obecność zarówno w guzach pierwotnych jak i w przerzucie wskazuje na istotną rolę zlokalizowanych w jej obrębie genów w procesie karcynogenezy. W jej obrębie zlokalizowanych jest kilka potencjalnych protonkogenów, w tym SREBF1 oraz MYOCD. 5.3. Projekty badawcze z zakresu genetyki nowotworów. Kolejnym kierunkiem badań, realizowanym przeze mnie od czasów studiów doktoranckich, jest poszukiwanie markerów molekularnych procesu onkogenezy. Poza w/w pracą o leiomysarcoma jestem autorem czterech publikacji dot. neuroblastoma oraz jednej dot. zespołu Peutz- Jeghersa: 8. Lipska BS #, Limon J. Neuroblastoma znaczenie wyników badań cytogenetycznych i molekularnych w ustaleniu strategii leczenia i rokowania. Postępy Biologii Komórki 2005; 32:59-76 9. Lipska BS #*, Drożyńska E, Scaruffi P, Tonini GP, Iżycka-Świeszewska E, Ziętkiewicz S, Balcerska A, Perek D, Chybicka A, Biernat W, Limon J. c.1810c>t polymorphism of NTRK1 gene is associated with reduced survival in neuroblastoma patients. BMC Cancer, 2009; 9:436 10. Iżycka-Świeszewska E #, Lipska-Ziętkiewicz BS #, Adamkiewicz-Drożyńska E, Grajkowska W, Hermann B, Bień E, Limon J. Proliferation index revisisted in neuroblastic tumors. Folia Neuropathol. 2014; 52:243-52 11. Lipska BS #*, Koczkowska M, Wierzba J, Płoszyńska A, Iliszko M, Iżycka-Świeszewska E, Drożyńska E, Limon J. On the significance of germline cytogenetic rearrangements at MYCN locus in neuroblastoma. Mol. Cytogenetics 2013; 6:43 12. Kalużny A, Matuszewski M, Wojtylak S, Krajka K, Cichy W, Pławski A, Gintowt A, Lipska BS. Organ-sparing surgery of the bilateral testicular large cell calcifying sertoli cell tumor in patient with atypical Peutz Jeghers syndrome. Int Urol Nephrol 2012; 44: 1045-48. 14

Zagadnienie znaczenia wyników badań cytogenetycznych i molekularnych w ustaleniu strategii leczenia i rokowania w nerwiaku zarodkowym (neuroblastoma, NB) zostało przeze mnie szeroko omówione w pracy przeglądowej opublikowanej w Postępach Biologii Komórki (Lipska BS, Limon J. 2005). Szczególną cechą nerwiaka zarodkowego, wyróżniającą go na tle innych chorób nowotworowych, jest nadzwyczaj szerokie spektrum przebiegu klinicznego. Dotychczas poznane czynniki prognostyczne niedostatecznie dokładnie pozwalają na stratyfikację pacjentów do grup ryzyka, stąd też konieczność dalszych poszukiwań bardziej czułych i swoistych predyktorów przebiegu klinicznego choroby. W ramach pracy doktorskiej podjęłam się analizy znaczenia prognostycznego białka TrkA, kluczowego dla rozwoju układu nerwowego receptora dla neurotrofin, w neuroblastoma. Przeprowadzona przeze mnie analiza sekwencji genu NTRK1 kodującego TrkA pozwoliła na identyfikację polimorfizmu c.1810c>t jako nowego czynnika rokowniczego NB. Badanie przeprowadzono na grupie 55 polskich i 114 włoskich pacjentów. Wykazano, iż obecność allela T związana jest z 13x wyższym ryzykiem zachorowania na NB jak również z gorszym rokowaniem (współczynnik ryzyka HR=4,45). Wyniki badań zostały przedstawione w formie rozprawy doktorskiej (2008) jak również opublikowane w czasopiśmie BMC Cancer (Lipska i wsp. 2009). Praca ta została również wyróżniona przez Polskie Towarzystwo Genetyczne jako najlepsza polska publikacja opracowana w roku 2009. Z uwagi na znaczenie biologiczne receptora TrkA, którego rolą jest stymulacja zarówno proliferacji jak i równoczesnego dojrzewania neuroblastów, podjęto się również oceny parametrów histopatologicznych, które mogłyby posłużyć jako markery tych procesów w preparatach pozyskanych z guzów NB. W tym celu opracowano nowatorski algorytm oceny stopnia proliferacji w guzie (ang. proliferation index) w oparciu o ocenę ekspresji Topoizomerazy 2A oraz Ki67. Opracowana metoda została opublikowana w czasopiśmie Folia Neuropathol. (Iżycka-Świeszewska i wsp. 2014). W ramach projektu naukowego finansowanego przez MNiSW (kierownik projektu prof. dr hab. J. Limon) opracowałam procedurę diagnostyczną oceny amplifikacji MYCN w oparciu metodę ilościowego qpcr w tkance guza oraz procedurę analizy mutacji w genie ALK zarówno w materiale z guza jak i z krwi obwodowej. Procedury te znajdują obecnie praktyczne zastosowanie w diagnostyce nerwiaka zarodkowego prowadzonej w naszym ośrodku. Wykorzystanie nowoczesnej techniki ilościowego qpcr umożliwia ocenę amplifikacji MYCN w sytuacji, gdy z racji ilości i/lub jakości materiału biologicznego - standardowa procedura FISH nie jest możliwa do przeprowadzenia. Ponadto nasz zespół wykorzystał opracowaną technikę w nowatorskim projekcie oceny molekularnej profilu genetycznego guza pobranego od pacjentki, u której stwierdzono 15

konstytucyjną translokację niezrównoważoną pomiędzy chromosomami 2 i 18. Co więcej, wykonane analizy posłużyły jako ilustracja autorskiej hipotezy dot. mechanizmów powstawiania amplifikacji MYCN w guzach NB, która została przedstawiona w pracy opublikowanej w Molecular Cytogenetics (Lipska i wsp. 2013). Kolejna praca z zakresu genetyki nowotworów (Kałużny i wsp. 2012) jest opisem nietypowego przebiegu klinicznego zespołu Peutz-Jeghersa u 20-letniego mężczyzny z obustronnym guzem jąder. W przypadku nowotworów jąder złotym standardem postępowania jest orchideoktomia, jednak w przypadku niektórych rzadszych typów nowotworu o niskiej złośliwości możliwe jest podjęcie się zabiegów oszczędzających. W przedstawionym przypadku konsultacja genetyczna oraz wynik analizy mutacji genu STK11 umożliwiły nie tylko podjęcie decyzji o przeprowadzeniu oszczędzającego zabiegu chirurgicznego, ale również były podstawą do objęcia pacjenta opieką onkologiczną której celem jest dalsza profilaktyka pierwotna i wtórna zachorowania na inne nowotwory wchodzące w spektrum zespołu. 5.4. Udział w innych projektach naukowych. Jako członek zespołu naukowego Katedry i Zakładu Biologii i Genetyki Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego uczestniczyłam również w innych projektach badawczych realizowanych przez pracowników Katedry. Zaowocowało to współautorstwem w następujących publikacjach: 13. Kuźniacka A, Wierzba J, Ratajska M, Lipska BS, Koczkowska M, Malinowska M, Limon J. Spectrum of NIPBL gene mutations in Polish patients with Cornelia de Lange syndrome. J Appl Genet. 2013; 54:27-33. 14. Wierzba J, Kuźniacka A, Ratajska M, Lipska BS, Kardaś I, Iliszko M, Limon J. Cornelia de Lange Syndrome associated with a de novo novel NIPBL splice site mutation and a co-incidental inherited translocation t(3;5)(p13;q11). Clin. Dysmorph. 2011; 4:222-24. 15. Szałecka K, Gintowt A, Ochman K, Kuźniacka A, Iliszko M, Babińska M, Kardaś I, Żukowska H, Kuziemska E, Zdzitowiecka M, Gnatowska B, Wierzba J, Lipska BS, Limon J. Analiza kariotypów u 3616 pacjentów z wywiadem obciążonym niepowodzeniami rozrodu. Ann Acad Med. Gedan; 2010; 40:91-9. 16. Lipska BS #, Wierzba J, Gintowt A, Limon J. Co-incidence of Edwards and Klinefelter syndromes case report and review of literature. Pediatria Pol 2009; 6:592-596 Dwie z w/w prac dotyczą charakterystyki molekularnej i fenotypowej pacjentów z zespołem Cornelia de Lange (CdLS). Zespół CdLS jest rzadkim schorzeniem genetycznym, którego głównymi cechami klinicznymi jest opóźnienie rozwoju psychomotorycznego, charakterystyczne cechy dysmorfii, wady kończyn oraz wady wrodzone narządów wewnętrznych. Najczęstszą przyczyną schorzenia są mutacje w genie NIPBL, odpowiadające za rozpoznanie ok. 50% przypad- 16

ków. W w/w pracy (Kuźniacka i wsp. 2013) podjęto się analizy profilu mutacji w tym genie w dużej polskiej populacji pacjentów (n=64) z CdLS. Obecność mutacji potwierdzono w 42% pacjentów, w większości nowych, dotychczas nie opisanych. Wykazano, że częstość mutacji w genie NIPBL u polskich pacjentów oraz korelacja typu mutacji ze stopniem ciężkości fenotypu nie odbiega od obserwacji uprzednio dokonanych dla innych populacji. W drugiej pracy (Wierzba i wsp. 2011), będącej kazuistycznym opisem współwystępowania zrównoważonej translokacji t(3;5)(p13;q11) oraz nowego wariantu sekwencyjnego genu NIPBL u pacjenta prezentującego klinicznie ciężką postać CdLS, wykazano iż obecność translokacji jest tylko przypadkowa i nie ma wpływu na fenotyp pacjenta. Mój wkład w powstanie tych prac polegał na analizie oraz interpretacji uzyskanych wyników, przeglądzie literatury oraz opracowaniu tekstu publikacji. W pracy Szałeckiej i wsp. (2010) przedstawiono wyniki analiz cytogenetycznych przeprowadzonych w tutejszym ośrodku na przestrzeni 20 lat w grupie 3616 pacjentów z niepowodzeniami rozrodu. Częstość występowania aberracji chromosomowych na parę rodziców wyniosła 7,08%. W rodzinach, którym urodziło się dziecko z zespołem wad rozwojowych częstość występowania aberracji chromosomowych była 2,7x wyższa w porównaniu do par wyłącznie z poronieniami samoistnymi. Mój wkład w powstanie pracy polegał na analizie uzyskanych wyników oraz opracowaniu tekstu publikacji. Kolejna praca przedstawia przypadek żywo urodzonego dziecka z podwójną aneuploidią 48, XXY,+18 (Lipska i wsp. 2009). Szczególną uwagę poświęcono obrazowi klinicznemu w odniesieniu do spektrum cech zespołów Edwardsa i Klinefeltera oraz dotychczas opisanych przypadków z tym kariotypem. Stwierdzenie u noworodka podwójnej aneuploidii tj. równoczesnego wystąpienia trisomii autosomalnej oraz dodatkowych chromosomów płci jest zjawiskiem wyjątkowo rzadkim. Dotychczas opisano jedynie około 150 przypadków żywych urodzeń dzieci z tym typem chromosomopatii. Natomiast, w zależności od autorów, podwójna aneuploidia odpowiada za 0,21-2,8% poronień samoistnych w pierwszym trymestrze ciąży. Opisany w niniejszej pracy przypadek jest pierwszym doniesieniem w Polsce. W trakcie realizacji programu szkoleniowego specjalizacji w dziedzinie pediatrii w klinikach pediatrycznych Uniwersyteckiego Centrum Klinicznego w Gdańsku uczestniczyłam w powstaniu dwóch kolejnych prac: 17. Myśliwiec M, Balcerska A, Zorena K, Myśliwska J, Lipska BS, Wiśniewski P, Myśliwski A. Serum and urinary cytokines homeostasis and renal tubular function in children with type 1 diabetes mellitus. J Pediatr Endocrinol Metab. 2006; 12:1421-7 18. Aleszewicz-Baranowska J, Ulewicz-Filipowicz J, Lipska BS, Balcerska A, Ereciński J. Infectious endocarditis. Pediatria Pol 2007; 3:242-7 17

Celem pierwszej z w/w prac (Myśliwiec i wsp. 2006) była ocena związku pomiędzy stężeniem czynnika martwicy nowotworu (ang. tumor necrosis factor; TNF alpha; kachektyna), interleukiny 6 (IL-6) oraz aktywnością N-acetylo-β-D-heksozoaminidazy (NAG) w moczu z funkcją kanalika bliższego nerki u dzieci z cukrzycą typu 1. Wykazano, iż TNFα jest czułym markerem uszkodzenia cewek bliższych nerek, wskazującym na zaburzenie ich funkcji wcześniej niż pojawienie się mikroalbuminurii. Izoforma B glikoproteiny NAG przepowiadać zaś może wystąpienie mikroalbuminurii u bezobjawowych pacjentów cukrzycowych. W drugiej pracy (Aleszewicz- Baranowska i wsp. 2007) omówiono na konkretnych przypadkach leczonych w Katedrze i Klinice Kardiologii Dziecięcej i Wad Wrodzonych Serca GUMed przebieg kliniczny zapalenia wsierdzia u dzieci ze szczególnym naciskiem na właściwe postępowanie diagnostyczne w pierwszych godzinach zachorowania. Mój udział polegał na analizie uzyskanych wyników oraz opracowaniu tekstu publikacji. 6. Podsumowanie bibliometryczne Mój dotychczasowy dorobek liczy łącznie 22 prace pełnotekstowe, w tym 13 prac oryginalnych, osiem kazuistycznych oraz jedną pracę poglądową. Łączny współczynnik oddziaływania (ang. impact factor, IF) wynosi 57,2; tj. 544 punktów MNiSzW. Liczba cytowań wg. bazy Web of Science z dnia 19.05.2015 wynosi 45; wskaźnik Hirscha 3. Jestem pierwszym autorem ponad połowy opublikowanych prac (12/22) jak również autorem korespondencyjnym siedmiu prac. Wartość IF za prace, w których jestem pierwszym autorem wynosi 38,9. Cztery prace składające się na osiągnięcie naukowe będące podstawą wniosku habilitacyjnego (por. punkt 4b) charakteryzują się łącznym współczynnikiem oddziaływania IF=28,4 tj. 180 punktów MNiSzW. Jestem ich zarówno pierwszym autorem jak i autorem korespondencyjnym. Ponadto wyniki moich badań były przedmiotem 26 wystąpień zjazdowych (4- ustne; 22- plakatowe), w tym 17 na konferencjach o zasięgu międzynarodowym. 7. Udział w krajowych i międzynarodowych projektach badawczych Uczestniczyłam w realizacji pięciu projektów badawczych finansowanych z krajowych środków (NCN- 2; MNiSzW - 3) oraz w dwóch projektach badawczych realizowanych ze środków Unii Europejskiej. Jestem kierownikiem projektu badawczego Sonata finansowanego przez NCN oraz głównym wykonawcą w czterech pozostałych grantach krajowych. Szczegółowe informacje o w./w projektach znajdują się w załączniku 2. 18