Platforma MultiGenBank Wersja dokumentu: 2.5 robocza Data wersji dokumentu: 03.03.2015 Opracował: firma UNOLD Comp. Strona 1 z 87
1 Metryka dokumentu 1.1 Historia zmian Data wersji 9.02.2015 Olgierd Unold 15.02.2015 Bogumił Konopka 18.02.2015 Bogumił Konopka 20.02.2015 Konrad Rymczak 21.02.2015 Bogumił Konopka 23.02.2015 Bogumił Konopka 25.02.2015 Bogumił Konopka 26.02.2015 Bogumił Konopka 27.02.2015 Bogumił Konopka 01.03.2015 Bogumił Konopka 02.03.2015 Konrad Autor Wersja Opis Uwagi Rymczak 03.03.2015 Bogumił Konopka 1.2 Zatwierdzenie 1.0 Założenie dokumentu Wersja robocza 1.1 Uszczegółowione mockupy modułu ImGen Wersja robocza 1.3 Uszczegółowione mockupy modułu MicroB Wersja robocza 1.4 Model danych, API, Infrastruktura, Architektura Wersja robocza 1.5 Lista tłumaczeń PL/EN Wersja robocza 2.0 Kompilacja dokumentu, formatowanie, lista referencji Wersja robocza 2.1 Uwzględnienie uwag PM/UWr Wersja robocza 2.2 Uwzględnienie uwag AKK/IITD, KBK/IITD, BW/IITD, LK/IITD, EPA/IITD 2.3 Uwzględnienie uwag RP/PWr: modele danych ImGen/MicroB - walidacja pól, opisy schematów Wersja robocza Wersja robocza 2.4 Nowe modele danych, poprawiony schemat ImGen Wersja robocza 2.4.1 Weryfikacja, poprawki w modelach Wersja robocza 2.5 Poprawione schematy bazy, szablony plików Wersja wejściowego i raportu ImGen, formatowanie robocza dokumentu Imię i nazwisko Stanowisko/Firma Data Wersja Olgierd Unold Właściciel/UNOLD Comp. 23.02.2015 robocza 2.0 Olgierd Unold Właściciel/UNOLD Comp. 25.02.2015 robocza 2.1 Olgierd Unold Właściciel/UNOLD Comp. 26.02.2015 robocza 2.2 Olgierd Unold Właściciel/UNOLD Comp. 03.03.2015 robocza 2.5 Strona 2 z 87
1.3 Rozdzielnik Imię i nazwisko Stanowisko/Firma Data Wersja Katarzyna Kubik Bogunia- Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Barbara Wysoczańska Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Lidia Karabon Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Edyta Pawlak-Adamska Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Krzysztof Kuba Pawlik Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Agnieszka Korzeniowska-Kowal Ekspert dziedzinowy/iitd 03.03.2015 robocza 2.5 Roman Ptak Ekspert zewnętrzny/pwr 03.03.2015 robocza 2.5 Paweł Mackiewicz Ekspert zewnętrzny/uwr 03.03.2015 robocza 2.5 Dariusz Wójcik Koordynator Projektu 03.03.2015 robocza 2.5 Bogumił Konopka Analityk/UC 03.03.2015 robocza 2.5 Marcin Zagórski Grafik/UC 03.03.2015 robocza 2.5 Konrad Rymczak Główny programista/uc 03.03.2015 robocza 2.5 Olgierd Unold Właściciel/UC 03.03.2015 robocza 2.5 Strona 3 z 87
Spis treści Strona 1 Metryka dokumentu 2 1.1 Historia zmian 2 1.2 Zatwierdzenie 2 1.3 Rozdzielnik 3 2 Wprowadzenie 6 2.1 Cel dokumentu 6 2.2 Dokumenty powiązane 6 2.3 Wyłączenia z dokumentu 6 3 Streszczenie wymagań funkcjonalnych 6 4 Standardy i założenia 8 5 Architektura systemu 8 6 Model danych 9 6.1 Moduł Ogólny 9 6.2 Moduł ImGen 10 6.3 Moduł MicroB 14 7 Model bazy danych 18 7.1 Moduł ImGen 19 7.2 Moduł MicroB 21 8 Szczegółowe makiety systemu 23 8.1 Moduł ImGen 23 8.2 Moduł MicroB 47 9 Interfejsy do innych systemów 73 9.1 Źródła danych: 73 9.2 Programy uruchamiane lokalnie 73 9.3 Szablony plików wejściowych/wyjściowych 73 10 Przetwarzanie w tle 75 10.1 Moduł ImGen 75 10.2 Moduł MicroB 75 11 API (Application Programming Interface) 75 11.1 API Rest 75 11.2 API format 76 11.3 API - wywołanie 76 12 Lista tłumaczeń polsko-angielskich napisów na platformie 76 Strona 4 z 87
12.1 Moduł ogólny 76 12.2 Moduł ImGen 76 12.3 Moduł MicroB 81 13 Wymagania niefunkcjonalne 84 13.1 Zalecenia dot. technologii: 84 13.2 Dwujęzyczność 84 14 Słownik pojęć 85 15 Załączniki 86 16 Referencje 86 Strona 5 z 87
2 Wprowadzenie 2.1 Cel dokumentu Celem dokumentu jest przedstawienie specyfikacji technicznej platformy MultiGenBank. platformy zostanie zdefiniowana przy użyciu następujących elementów: Diagramu architektury systemu Projektów modeli danych Modelów baz danych Uszczegółowionych, opisanych szkiców ekranów (mockups) Specyfikacji interfejsów Listy tłumaczeń PL/EN. W trakcie realizacji projektu możliwe są odstępstwa od niego zgodnie z wymaganiami zamawiającego. 2.2 Dokumenty powiązane W tabeli poniżej przedstawiono dokumenty mające związek z projektem graficznym oraz materiały, na bazie których przygotowano niniejsze opracowanie (z wyłączeniem dokumentów powszechnie znanych i dostępnych, np. standardów) Dokument Autor Wersja Opis Uwagi Zapytanie ofertowe IITD Z dnia 2.02.2015 Specyfikacja funkcjonalna projektu w wersji 3.4 UC Z dnia 10.02.2015 Dokument zawiera opis przedmiotu i zakresu zamówienia Dokument zawiera specyfikację funkcjonalną platformy MultiGenBank 2.3 Wyłączenia z dokumentu W dokumentacji nie zostaną omówione następujące zagadnienia: projekt funkcjonalny platformy, projekt graficzny platformy, adresacja API powinna zostać wykonana na etapie implementacji 3 Streszczenie wymagań funkcjonalnych MultiGenBank jest dwujęzycznym, polsko-angielskim, systemem informatycznym, służącym do gromadzenia, przetwarzania i udostępniania danych o polimorfizmach genetycznych, immunogenetycznych oraz mikrobiologicznych. Użytkownikami systemu będą przedstawiciele Strona 6 z 87
przemysłu (głównie farmaceutycznego oraz biotechnologicznego), nauki (ośrodki badawcze, jednostki medyczne) oraz edukacji (wyższe uczelnie) na terenie całej Unii Europejskiej i poza jej granicami. Dostęp do zasobów systemu jest bezpłatny, jednak możliwość korzystania z pełnej funkcjonalności wymaga rejestracji i logowania. Strona 7 z 87
4 Standardy i założenia Wykorzystane narzędzia: Balsamiq Mockup (Szkice interfejsu, diagramy nawigacji) ArgoUML (diagramy UML) Google Drive (Opracowane dokumenty) Photoshop (Elementy graficzne) Metodologia: Opracowanie zostało przygotowane w oparciu o specyfikację funkcjonalną Makiety zaprezentowane w specyfikacji funkcjonalnej zostały uszczegółowione Interfejs ogólny został zaprojektowany w oparciu o standardowe komponenty Ekrany analityczne zostały zaprojektowane na bazie danych zwracanych przez narzędzia Interfejs modułów ImGen i MicroB bazuje na sprawdzonych rozwiązaniach w tej dziedzinie 5 Architektura systemu Relacje między poszczególnymi komponentami zaangażowanymi w działanie platformy zostały przedstawione na schemacie architektury systemu (Rys. 1). Rys. 1. Architektura systemu. Serwer 1 PostgreSQL (baza danych); Serwer 2 Zewnętrzne aplikacje analityczne; Serwer 3 pozostałe komponenty. Strona 8 z 87
6 Model danych Dla każdego modelu (tabeli) istnieje zdefiniowany unikalny klucz główny (id), typu integer z automatyczną inkrementacją. Dla każdej relacji M2M wymagana jest dodatkowa tabela pomocnicza składają się z par klucz obcych wskazujących na rekordy z tabel objętych relacją. 6.1 Moduł Ogólny Wykorzystywane maski: - email: maska na adres email zgodna z RFC 5321, 5322 i 6531 - login: znaki z zakresu [A-Za-z0-9.-_] - kod: znaki z zakresu [A-Za-z0-9-_] Brak maski oznacza dowolny zakres znaków/elementów obsługiwany przez dany typ danych. Pola tekstowe jako pustą wartość przyjmują pusty string (nie NULL). 6.1.1 Użytkownik imię - tekst(100) nazwisko - tekst(100) email - tekst(100) maska typu email login tekst(30) maska typu login listazbiorow lista kluczy obcych (ZbiorDanych) listaraportow lista kluczy obcych (Raport) listaweryfikowanych lista kluczy obcych (ZbiorDanych) o tylko użytkownik nadzorca 6.1.2 Zmiana adresu email nowy adres email - tekst (100) maska typu email data - data klucz obcy (Użytkownik) 6.1.3 Grupa nazwa - tekst(100) 6.1.4 Rola nazwa - tekst(100) 6.1.5 Uprawnienie nazwa - tekst(100) 6.1.6 Menu nazwa - tekst(100) kolejność - liczba całkowita a) Pozycja menu nazwa - tekst(100) kolejność- liczba całkowita menu - klucz obcy (Menu) rodzic (menu na poziomie wyżej) - klucz obcy (Pozycja menu) 6.1.7 Fragment (edytowalna część strony) kod - tekst(100) nazwa - tekst(100) Strona 9 z 87
treść tekst (bez limitu) 6.1.8 Formularz kontaktowy Email kontaktowy maska typu email 6.1.9 Aktualności Tytuł - tekst (255) Data - data Opublikowany (wartość logiczna) Opublikowany przez klucz obcy (Użytkownik) Treść - tekst (bez limitu) 6.1.10 Konfiguracja nazwa - tekst(100) klucz- tekst(100) wartość - tekst(4000) 6.1.11 Relacje i zależności Użytkownik może należeć do wielu grup Użytkownik może mieć wiele ról Użytkownik może mieć wiele uprawnień Grupa może mieć wiele uprawnień Wielu użytkowników może dodawać i publikować aktualności (zgodnie z uprawnieniami) 6.2 Moduł ImGen 6.2.1 Osoba osobaid liczba całkowita >0 wiek (dopuszczalna wartość brak danych ) - liczba całkowita o zakres: (0, 150) + NA (oznacza brak danych) płeć (dopuszczalna wartość brak danych ) - liczba całkowita o słownik {kobieta:0, mężczyzna:1, brak danych:0} diagnoza - tekst(10) o prawidłowy kod ICD10 lub 000 (oznacza zdrowy) np.: I01.0 diagnozaopis - tekst(400) lub zdrowy o znaki alfanumeryczne uwzględniające polskie znaki {a-za-z0-9ąąććęęłłóóźźżż} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } np.: PLĄSAWICA REUMATYCZNA Z ZAJĘCIEM SERCA polimorfizmdanelista - lista kluczy (PolimorfizmDane) 6.2.2 PolimorfizmMiejsce id - tekst(100) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} np. rs123456 typ - słownik ( SNP, VNTR, STR, Ins/Del, HLA, KIR ) gen - klucz obcy (Gen) - w obrębie tego genu jest zlokalizowany polimorfizm linkilista -każdy element listy - tekst(400) Pozostałe pola różnią się w zależności od typu polimorfizmu typ SNP Strona 10 z 87
pozycja - tekst(15) szablon z9999, gdzie z ϵ {+, -, spacja } np.: -234 zamiana - tekst(3) szablon: L>L, gdzie L ϵ {ACGNTU} np. A>C typ VNTR pozycja - tekst(15) szablon: z9999, gdzie z ϵ {+, -, spacja } np. +234 powtarzanasekwencja - tekst(200) szablon: (L i)n, gdzie L i ciąg i znaków: L i ϵ {ACGNTU}, i 5 np. (ATATATGGGG)n, gdzie n to liczba powtórzeń typ STR pozycja - tekst(15) szablon: z9999, gdzie z ϵ {+, -, spacja } np. +234 powtarzanasekwencja - tekst(200) szablon: (L i)n, gdzie L i ciąg i znaków: L i ϵ {ACGNTU}, i<5 np. (ATA)n, gdzie n to liczba powtórzeń typ Ins/Del pozycja - tekst(100) dozwolone znaki {0-9} znak specjalny {-} np.: 45-48 typ HLA gen tekst (50) słownik: { A, B, C, DRA, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1 } np.: A typ KIR nazwa tekst (50) dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz {(,),*,_,-} np.: 2DL1 6.2.3 PolimorfizmDane polimorfizm - klucz obcy (PolimorfizmMiejsce) genotyp - w zależności od typu polimorfizmu: typ SNP - tekst(3) szablon: L L, gdzie L ϵ {ACGNTU}, L oddzielone spacją np. A A typ VNTR - tekst (20) szablon: X X, gdzie X liczba całkowita, X>0, X oddzielone spacją np.: 82 100 typ STR - tekst (20) szablon: X X, gdzie X liczba całkowita, X>0, X oddzielone spacją Strona 11 z 87
np. 82 100 - dwie liczby oddzielone spacją typ Ins/Del słownik { delecja : -1, długość jak allel referencyjny : 0, insercja: 1} np. -1 1 typ HLA - tekst (100) np. 50:55 Typ KIR wartość logiczna Słownik {+,-} referencja klucz obcy (Referencja) 6.2.4 Gen Symbol - tekst(100) dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz {-} np. dnja nazwyalternatywnelista- każdy element listy - tekst(200) znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } np. [ aquaporin 1 (Colton blood group) ; "aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kDa)"] chromosom - tekst(2) liczba całkowita od 1-22 lub X, Y pozycjagenu/ locus - tekst(100) zgdonie z nomenklaturą http://en.wikipedia.org/wiki/locus_%28genetics%29 np. 12q23-25 linkilista - każdy element listy - tekst(400) polimorfizmmiejscelista - lista kluczy obcych (polimorfizmmiejsce) 6.2.5 Referencja autorzylista każdy element listy tekst(100) o szablon pojedynczego elementu listy: NAZWISKO LLL dwa ciągi liter oddzielone spacją, drugi ciąg liter to inicjały pisane wielkimi literami o dozwolone znaki [a-za-z] o np. [ Konopka BM, Rymczak K, Zagorski M, Unold O ] tytuł tekst(1000) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,,,,/, \,. } o np.: MultiGenBank - ImGen: an online resource for immunogenetic data sharing and analysis czasopismo tekst (300) o dozwolone znaki [a-za-z] o np. : Nucleic Acids Research numer liczba całkowita, X>0 wolumen liczna całkowita (dopuszczalna wartość NULL), strony tekst(20) (dopuszczalna wartość NULL), o XXX-XXX dwie liczby oddzielone myślnikiem Strona 12 z 87
6.2.6 ZbiorDanych wlasciciel klucz obcy (Użytkownik) nazwa tekst(30) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,,,,/, \,. } o np.: Moj_zbior 1 data tekst(10) o szablon: dd.mm.rrrr status tekst (10) o słownik: { MGB, Mieszany, Uzytkownika, Oczekujacy, Odrzucony } o definicje: MGB dane wyłącznie z bazy MGB Mieszany dane z bazy MGB oraz użytkownika Uzytkonika dane wyłącznie wczytane przez użytkownika Oczekujacy dane przekazane do weryfikacji Odrzucony zbiór odrzucony w trakcie weryfikacji czasdeponowania o gdy status = Oczekujacy - czas systemowy przekazania do weryfikacji o dla pozostałych NULL nadzorca o gdy status = Oczekujacy klucz obcy (Użytkownik) o dla pozostałych - NULL listaosob lista kluczy obcych (Osoba) listamiejsc lista kluczy obcych (PolimorfizmMiejsce) listagenow lista kluczy obcych (Gen) listareferencji lista kluczy obcych (Referencja) liczbaosob liczba całkowita, X>0 liczbachorob liczba całkowita, X 0 liczbazdrowych liczba całkowita, Xi liczbachorych - liczba całkowita, X 0 liczbakobiet - liczba całkowita, X 0 liczbamezczyzn - liczba całkowita, X 0 wieksrednia - liczba zmiennoprzecinkowa, X 0 wiekekstrema wektor dwuelementowy liczb całkowitych (Min,Max) o warunki [X,Y], X 0, Y 0, X Y liczbagenow - liczba całkowita, X>0 listaliczbmiejsc lista liczb całkowitych X 0 o szablon: [num( SNP ), num( VNTR ), num( STR ), num( Ins/Del ), num( HLA ), num( KIR )], gdzie num(x) liczba miejsc polimorfizmu typu X 6.2.7 Grupa zbior klucz obcy (ZbiorDanych) listaosob lista kluczy obcych (Osoba) listamiejsc lista kluczy obcych (PolimorfizmMiejsce) liczbaosob - - liczba całkowita, X>0 liczbakobiet - liczba całkowita, X 0 liczbamezczyzn - liczba całkowita, X 0 wieksrednia - liczba zmiennoprzecinkowa, X 0 wiekekstrema wektor dwuelementowy liczb całkowitych (Min,Max) Strona 13 z 87
o warunki [X,Y], X 0, Y 0, X Y 6.2.8 Raport wlasciciel klucz obcy (Użytkownik) nazwa tekst(30) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,,,,/, \,. } o np.: Moj_zbior 1 data tekst(10) o szablon: dd.mm.rrrr czasanalizy - czas systemowy wygenerowania raportu listareferencji lista kluczy obcych (Referencja) plikraportu ścieżka do pliku z raportem 6.3 Moduł MicroB 6.3.1 Szczep bakteryjny (rekord MicroB) identyfikatorszczepu - tekst(30) o szablon: L X, gdzie L ciąg liter {a-zaz}, X liczba całkowita, X>0 o np.: PCM 256 organizm - tekst(50) o dozwolone znaki {a-za-z} oraz { -, _, spacja } o np.: Escherichia coli genotyp - lista - każdy element listy - tekst(100) o dozwolone znaki {a-za-z} oraz { -, _, spacja } genom - tekst(200) - ścieżka do pliku tekstowego taxsuperkrolestwo - słowniki { Archaea, Bacteria, Eukaryota } taxtyp - słownik{w zależności od Superkrólestwa - łańcuchy tekstowe załączone w plikach - Archea_phylum.txt, Bacteria_phylum.txt, Eukaryota_phylum.txt } glownymarker - klucz obcy(genmarker) innemarkerylista - lista kluczy obcych(genmarker) metoda - klucz obcy(metoda) glownymarker - klucz obcy(genmarker) innemarkerylista - lista kluczy obcych(genmarker) metoda - klucz obcy(metoda) plikmetodagrafika - tekst(200) - ścieżka do pliku plikmetodatekstowy - tekst(200) - ścieżka do pliku GenyOpornościLista - lista kluczy obcych (GenOporności_Uzyteczny) GenyUzyteczneLista - lista kluczy obcych (GenOporności_Uzyteczny) GenySyntezyLista - lista kluczy obcych (GenSyntezy) 6.3.2 GenMarker symbol - tekst(100) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } o np.: 3dnj nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } Strona 14 z 87
o np. [ aquaporin 1 (Colton blood group) ; "aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kDa)"] plikaa_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku plikaa_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku 6.3.3 GenOpornosci_Uzyteczny symbol - tekst(100) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } o np.: 3dnj nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } o np. [ aquaporin 1 (Colton blood group) ; "aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kDa)"] plikaa_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku plikaa_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku plikopis - tekst(200) - ścieżka do pliku 6.3.4 GenSyntezy symbol - tekst(100) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } o np.: 3dnj nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } o np. [ aquaporin 1 (Colton blood group) ; "aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kDa)"] plikaa_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_fasta - tekst(200) - ścieżka do pliku plikaa_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku pliknt_genbank - tekst(200) - ścieżka do pliku plikopis - tekst(200) - ścieżka do pliku substrat - klucz obcy(związekchemiczny) metabolit - klucz obcy (ZwiązekChemiczny) start - liczba całkowita długość - liczba całkowita kompleksydomenlista - lista kluczy obcych (KompleksDomen) początkikompleksówlista - lista liczb całkowitych o elementy listy spełniają warunki: X i > 0, X i < X i+1 o [1,67,120] 6.3.5 ZwiązekChemiczny nazwa - tekst(200) o dozwolone znaki: znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <, >,,,, /, \} o np.: Ascomycin(FK520) Strona 15 z 87
nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) o dozwolone znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } strukturasmiles - tekst(500) o zgodnie ze specyfikacją formatu (http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smiles.html) o n.: C=C-C-C=C-C-O plikcml - tekst(200) - ścieżka do pliku 6.3.6 KompleksDomen domenylista - lista kluczy obcych (Domena) początkidomenlista - lista liczb całkowitych o elementy listy spełniają warunki: X i > 0, X i < X i+1 o np.: [1,67,120] substrat - klucz obcy(związekchemiczny) metabolit - klucz obcy(związekchemiczny) 6.3.7 SzlakSyntezy genysyntezylista - lista kluczy obcych (GenSyntezy) początkigenów - lista liczb całkowitych o elementy listy spełniają warunki: X i > 0, X i < X i+1 o np.: [1,67,120] substrat - klucz obcy(związekchemiczny) metabolit - klucz obcy(związekchemiczny) 6.3.8 Domena symbol - tekst(100) symbol - tekst(100) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } o np.: 3dnj nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) nazwyalterlista - każdy element - tekst (200) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,, /, \, } o np. [ aquaporin 1 (Colton blood group) ; "aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kDa)"] długość - liczba całkowita, X > 0 6.3.9 Metoda nazwa - tekst(200) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } numermetody - liczba całkowita, X>0 typmetody - tekst(200) o dozwolone znaki {a-za-z0-9} oraz { -, _, spacja } o np. RAPD 6.3.10 Raport wlasciciel klucz obcy (Użytkownik) nazwa tekst(30) o znaki alfanumeryczne {a-za-z0-9} oraz znaki specjalne { :, ;,(, ), [, ], {, }, _, -, <,>,,,,,,/, \,. } Strona 16 z 87
o np.: Moj_zbior 1 data tekst(10) o szablon: dd.mm.rrrr czasanalizy - czas systemowy wygenerowania raportu 6.3.11 Relacje Szczep bakteryjny może mieć wiele innych markerów (zapisanych w innymarkerlista ) Szczep bakteryjny może mieć wiele genów oporności (zapisanych w genyopornościlista ) Szczep bakteryjny może mieć wiele genów oporności (zapisanych w genyużytecznelista ) GenSyntezy może mieć wiele kompleksów domen (zapisanych w komleksydomenlista ) KompleksDomen może mieć wiele Domen (zapisanych w domenylista ) SzlakSyntezy może mieć wiele GenówSyntezy (zapisanych w genysyntezylista) Strona 17 z 87
7 Model bazy danych Model bazy danych portalu MultiGenBank został rozbity na dwie rozłączne części. Osobny model bazy danych został opracowany zarówno dla modułu ImGen (Rys. 2) jak i MicroB (Rys.3 ). Strona 18 z 87
7.1 Moduł ImGen Rys. 2. Model bazy danych modułu ImGen. Strona 19 z 87
W skład bazy danych modułu ImGen wchodzi 9 tabele (Rys. 2). Pojedyncza osoba (Osoba) może mieć zdefiniowanych wiele polimorfizmów (PolimorfizmDane). Te sam wynik badania polimorfizmu (PolimorfizmDane) może być przypisany różnym osobom. Dane polimorficzne są zdefiniowane dla jednego miejsca polimorficznego (PolimorfizmMiejsce), w danym miejscu polimorficznym (PolimorfizmMiejsce) może być obserwowane wiele różnych danych polimorficznych (PolimorfizmDane). Miejsce polimorficzne (PolimorfizmMiejsce) jest określone dla konkretnego genu (Gen). W obrębie genu (Gen) może być zdefiniowanych wiele miejsc polimorficznych (PolimorfizmMiejsce). Zbiór danych (ZbiórDanych) może zawierać dane wielu osób (Osoba), dane mogą dotyczyć wielu miejsc polimorficznych (PolimorfizmMiejsce) oraz wielu genów (Gen). Dane te mogą pochodzić z różnych badań, stąd zbiór danych może być związany z wieloma referencjami (Referencja). W obrębie zbioru danych definiowane są grupy (Grupa). Dana grupa jest związana z jednym zbiorem. Dla grupy określane są miejsca polimorficzne poddawane analizie (PolimorfizmMiejsce) oraz osoby (Osoba). Osoba oraz miejsce polimorficzne (PolimorfizmMiejsce) mogą być związane z wieloma grupami. Zbiór danych ma jednego właściciela (Użytkownik), użytkownik może być właścicielem wielu zbiorów danych. Zbiór danych może być przekazany do weryfikacji, wówczas zostanie on przypisany do użytkownika z uprawnieniami nadzorcy (Użytkownik - nadzorca). Jeden użytkownik nadzorca może otrzymać do weryfikacji wiele zbiorów danych. Użytkownik może wygenerować wiele raportów z analiz (Raport). Raport może być wygenerowany w oparciu o analizę danych związanych z wieloma referencjami. Raport jest własnością pojedynczego użytkownika Strona 20 z 87
7.2 Moduł MicroB Rys. 3. Model bazy danych modułu MicroB. Strona 21 z 87
Bazę danych modułu MicroB stanowi 12 tabel (Rys. 3). Rolę centralną pełni tabela szczepów (SzczepBakteryjny). Pojedynczy szczep bakteryjny może być genotypowany różnymi metodami badawczymi (Metoda) przynajmniej jedną. Pojedyncza metoda może służyć do genotypowania różnych szczepów bakteryjnych przynajmniej jednego. Dla pojedynczego szczepu bakteryjnego (SzczepBakteryjny) zdefiniowanych może być wiele: markerów genowych (GenMarker) przynajmniej jeden, genów oporności (GenOporności) może być zero, użytecznych genów (GenUżyteczny) - może być zero oraz genów syntezy (GenSyntezy) może być zero. Każdy z wymienionych elementów jest specyficzny dla danego szczepu bakteryjnego. Gen syntezy syntetyzuje pojedynczy produkt (ZwiązekChemiczny). Ten sam związek chemiczny może być syntetyzowany przez wiele różnych genów przynajmniej jeden. Gen syntezy zawiera przynajmniej jeden kompleks domen (Kompleks domen). Kompleks domen jest specyficzny dla pojedynczego genu syntezy. Kompleks domen syntetyzuje pojedynczy związek chemiczny. Ten sam związek chemiczny może być syntetyzowany przez wiele kompleksów domen. Pojedynczy kompleks domen zawiera przynajmniej jedną domenę. Domena jest specyficzna dla konkretnego kompleksu domen. Szczep bakteryjny może być związany z kilkoma szlakami syntezy może być zero. Szlak syntezy musi być związany z pojedynczym szczepem bakteryjnym. Szlak syntezy prowadzi do wytworzenia pojedynczego związku chemicznego. Ten sam związek chemiczny może być związany z kilkoma szlakami syntezy. Użytkownik może wygenerować wiele raportów analiz (Użytkownik). Raport ma jednego właściciela (Użytkownik). Strona 22 z 87
8 Szczegółowe makiety systemu 8.1 Moduł ImGen 8.1.1 ImGen - strona informacyjna Strona 23 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Rejestruj" - przenosi do formularza rejestracji "Zaloguj" - przenosi do formularza logowania "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Importu danych" "Przestrzeń robocza" - przenosi okna logowania i później do okna "ImGen Przestrzeni robocza" "Analiza" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Analizy" "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel boczny: Panel Szukaj: o okno tekstowe do wpisywania zapytań - przyjmuje dowolną liczbę znaków w tym spacje. Zapytania są zgodne z formatem zdefiniowanym w projekcie technicznym. o przycisk "Szukaj" - przeprowadza wyszukiwanie i przenosi do okna z wynikami wyszukiwania o link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna szukania zaawansowanego Panel Ostatnie zapytania - N zapytań - wyświetlany jest początek zapytania - N znaków w 2 liniach, pozostała część zastąpiona przez trzykropek - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna "ImGen Szukanie zaawansowane" z odpowiednio wypełnionym polem zapytania d) (4) Panel informacyjny Zawiera ogólne informacje o module ImGen. Podaje też linki do stron pomocy związanych z procedurą deponowania danych oraz analiz e) (5) Panel "Statystyki bazy" - tabela z 5 kolumnami: Typ polimorfizmu - wymienione są poszczególne typy polimorfizmów Geny - ilu genów dotyczą zebrane polimorfizmy Polimorfizmy - Ile różnych polimorfizmów jest zebranych Liczba przypadków - jaka jest liczba osobników z określonym przynajmniej jednym polimorfizmem danego typu Choroby - jaka jest liczba chorób, dla których polimorfizmy danego typu były definiowane Strona 24 z 87
8.1.2 ImGen - formularz kontaktowy - niezalogowany Strona 25 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Rejestruj" - przenosi do formularza rejestracji "Zaloguj" - przenosi do formularza logowania "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Importu danych" "Przestrzeń robocza" - przenosi okna logowania i później do okna "ImGen Przestrzeni robocza" "Analiza" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Analizy" "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) Panel Dane kontaktowe Dane kontaktowe instytucji d) Panel "Formularz zapytania" "Twój e-mail" - łańcuch znaków max100 - powinna występować @ "Do" - pop-up menu z listą możliwych grup odbiorców Administrator ImGen Administrator MultiGenBank Nadzorcy ImGen "Temat" - łańcuch znaków max200 "Treść" - łańcuch znaków max10 000 ""Wyślij - użytkownika niezalogowanego przenosi do okna informującego o wysłaniu informacji, wysyła wiadomość e-mail Strona 26 z 87
8.1.3 ImGen - wyszukiwanie zaawansowane - zalogowany a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" - zawiera przyciski: "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - przenosi do okna importu danych "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakty" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel boczny: historie N wyszukiwań - będzie się wyświetlał początek zapytania - N znaków w 2 liniach, a reszta to trzykropek. - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna wyszukiwania zaawansowanego z odpowiednio wypełnionymi okienkami Strona 27 z 87
d) (4) Panel wyszukiwania zaawansowanego zawiera: Pole tekstowe do wpisywania zapytań - dwie linie pop-up menu z dostępnymi polami przeszukiwania; po dokonaniu wyboru w zależności od wyboru pojawiają się pola do wpisywania wartości: o Płeć: pop-up menu z dwiema możliwościami o Wiek - dwa pola ustalające zakres wieku; przyjmują liczby całkowite z przedziału (0,200); spełniony jest warunek pole1 < pole2 o Diagnoza - pole tekstowe przyjmujące kody ICD10, nazwy schorzeń o Gen nazwa- pole tekstowe (20 znaków) o Gen lokalizacja - pole tekstowe (10 znaków) o Typ polimorfizmu - pop-up menu z opcjami: SNP, VNTR, STR, Ins/Del, HLA, KIR o Identyfikator polimorfizmu - pole tekstowe (20 znaków) o Region polimorfizmu - pop up menu z opcjami (r. promotorowy, ekson, intron, 3'UTR, 5'UTR) przycisk "Dodaj" - powoduje dodanie linii z dwoma pop-up menu: o z operatorami logicznymi AND, OR, NOT; o z nazwami pól do przeszukiwania (patrz pkt. d) przycisk "Szukaj" - uruchamia wyszukiwanie i przenosi do okna "Wyników wyszukiwania dla zalogowanego" Strona 28 z 87
8.1.4 ImGen okno wyników wyszukiwania niezalogowany Strona 29 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Rejestruj" - przechodzi do okna rejestracji "Zaloguj" - przenosi do okna logowania i wraca "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" - zawiera przyciski: "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Importu danych" "Przestrzeń robocza" - przenosi okna logowania i później do okna "ImGen Przestrzeni robocza" "Analiza" - przenosi do okna logowania i później do okna "ImGen Analizy" "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel boczny zawiera: okno tekstowe do wpisywania zapytań - przyjmuje dowolną ilość znaków w tym spacje. Zapytania są zgodne z formatem zdefiniowanym w projekcie technicznym. przycisk Szukaj - przeprowadza wyszukiwanie i przenosi do okna z wynikami wyszukiwania link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna szukania zaawansowanego panel Filtry - linki umożliwiające ograniczenie danych pojedynczym zapytaniem - w nawiasie podana liczba rekordów spełniających kryteria; grupy filtrów: Płeć, Choroba, Gen, Typ polimorfizmu Panel Ostatnie zapytania - N zapytań - wyświetlany jest początek zapytania - N znaków w 2 liniach, pozostała część zastąpiona przez trzykropek - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna "ImGen Szukanie zaawansowane" z odpowiednio wypełnionym polem zapytania d) (4) Panel "Dane ogólne" zawiera statyczne pola tekstowe oraz pola wyświetlające wartości - prezentuje ogólne dane o zbiorze: statyczne pola tekstowe: "Liczba przypadków..";l "Kobiet:";"Mężczyzn:", "Wiek - średnia: "; "Min/Max: " pole liczby przypadków chorych {liczba naturalna <100 000} / pole liczby przypadków zdrowych {liczba naturalna < 100 000 } liczba kobiet zdrowych/chorych {liczba naturalna <100 000} / {liczba naturalna <100 000} liczba mężczyzn zdrowych/chorych {liczba naturalna <100 000} / {liczba naturalna <100 000} pole "Wiek - średnia" - {liczba zmiennoprzecinkowa, < 0 format: XXX.Y} pola "Min/Max" - {liczba naturalna format XXX} / {liczba naturalna format XXX} e) (5) Tabela "Choroby" - prezentuje spis chorób obecnych w uzyskanych wynikach wyszukiwania. Ma 3 kolumny: ICD10 - kody alfanumeryczne w formacie Lnn.nn - L - duża litera; n - cyfra, pola cyfr Diagnoza - łańcuch znaków - maksymalnie do 250 znaków - średnio ok 100 Przypadki - {liczba naturalna <100 000} f) (6) Tabela "Geny" - prezentuje spis genów obecnych w uzyskanych wynikach wyszukiwania. Ma 4 kolumny: Nazwa genu - łańcuch znaków - maksymalnie 10 znaków alfanumerycznych - link do genu w zewnętrznej bazie danych Chromosom - liczba naturalna Lokalizacja - łańcuch znaków alfanumerycznych z myślnikiem - maksymalnie 20 znaków Przypadki - {liczba naturalna <100 000} / {liczba naturalna <100 000} g) (7) Tabela "Polimorfizmy SNP" - prezentuje dane o polimorfizmach typu SNP, zawiera 5 kolumn: Strona 30 z 87
identyfikator polimorfizmu - łańcuch znaków alfanumerycznych max 15 znaków Region - występowania polimorfizmu (r. promotorowy, ekson, intron, 3'UTR, 5'UTR) Pozycja - połączenie dwóch pól {liczba całkowita >0 } i łańcuchu 3 znaków w formacie L/L, gdzie L - wielka litera Gen - łańcuch znaków - maksymalnie 10 znaków alfanumerycznych Przypadki - {liczba naturalna <100 000} / {liczba naturalna <100 000} h) (8) Tabela "Polimorfizmy STR" prezentuje dane o polimorfizmach typu STR, zawiera 5 kolumn: identyfikator polimorfizmu - łańcuch znaków alfanumerycznych max 15 znaków Region - występowania polimorfizmu (r. promotorowy, ekson, intron, 3'UTR, 5'UTR) Pozycja - połączenie dwóch pól {liczba całkowita >0 } i łańcuchu znaków maksymalnie 10 znaków Gen - łańcuch znaków - maksymalnie 10 znaków alfanumerycznych Przypadki - {liczba naturalna <100 000} / {liczba naturalna <100 000} i) (9) W zależności od zbioru, mogą pojawić się tabele z pozostałymi typami polimorfizmów j) (10) Menu "Opcje" zawiera następujące przyciski: "Dodaj do przestrzeni" - przechodzi do okna logowania, następnie do okna "Przestrzeni roboczej" - zbiór zostaje dodany do panelu zbiorów danych "Zawęź" - przenosi do okna szukania zaawansowanego "Analizuj" - przechodzi do okna analiz "Pobierz listę" - umożliwia pobranie pliku tekstowego z zawartością tabel Strona 31 z 87
8.1.5 ImGen okno wyników wyszukiwania zalogowany Strona 32 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" - zawiera przyciski: "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy ze zbiorami, które zostały zaznaczone w przestrzeni roboczej - Jeżeli nic nie zostało zaznaczone - pojawia się okienko dialogowe z informacją o konieczności zaznaczenia zbiorów "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakty" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego Pozostałe elementy są takie same jak w oknie wyników wyszukiwania użytkownika niezalogowanego pkt 7.1.5 Strona 33 z 87
8.1.6 ImGen okno przestrzeni użytkownika Strona 34 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel boczny zawiera: okno tekstowe do wpisywania zapytań - przyjmuje dowolną liczbę znaków w tym spacje. Zapytania są zgodne z formatem zdefiniowanym w projekcie technicznym. przycisk Szukaj - przeprowadza wyszukiwanie i przenosi do okna z wynikami wyszukiwania link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna szukania zaawansowanego d) (4) Panel Zbiory danych listuje zbiory danych dodane przez użytkownika do przestrzeni roboczej. Początkowo panel jest pusty lub zawiera zbiory dodane we wcześniejszych sesjach. Przy zbiorach znajdują się okienka wyboru (checkbox), Użytkownik zaznacza zbiory. Nazwy zbiorów mogą być edytowane przez użytkownika. Maksymalna długość nazwy: 30 znaków, bez polskich znaków, bez spacji i znaków specjalnych. przycisk "Analizuj" - przenosi do okna analizy. Zbiory, które zostały zaznaczone tworzą razem zbiór do analizy. Jeżeli żaden zbiór nie jest zaznaczony, pojawia się okno dialogowe z informacją o konieczności zaznaczenia zbioru. Data i godzina importowania zbioru ikony oznaczają, które zbiory zostały zaimportowane z MultiGenBanku, a które zostały wczytane przez użytkownika z własnego pliku przycisk Deponuj - przenosi do formularza deponowania danych. Jedynie dane zaimportowane przez użytkownika z pliku mogą być deponowane. przycisk Usuń - usuwa zbiór z przestrzeni roboczej. Menu "opcje" - ma funkcjonalności przycisków e) (5) Panel raportów Nazwy z linkami do plików tekstowych z raportem. Nazwy mogą być edytowane. Maksymalna długość nazwy: 30 znaków, bez polskich znaków, bez spacji i znaków specjalnych. data i godzina analizy przycisk Pobierz - pobieranie pliku z raportem przycisk Referencje - pobieranie listy referencji do danych i metod wykorzystanych w analizie przycisk Usuń - usuwa raport z przestrzeni roboczej Menu "Opcje" - ma funkcjonalności przycisków Strona 35 z 87
8.1.7 ImGen okno importu danych a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel boczny: historie N wyszukiwań - zakładam że będzie się wyświetlał początek zapytania - N znaków w 2 liniach, a reszta to trzykropek. - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna wyszukiwania zaawansowanego z odpowiednio wypełnionymi okienkami Strona 36 z 87
d) (4) Panel Importuj z pliku" Przycisk wczytaj z pliku - otwiera okno dialogowe z wyborem pliku do otwarcia -ścieżka pojawia się w polu tekstowym Przycisk "Dodaj" - uruchamia weryfikację techniczną pliku pod względem zgodności z formatem, następnie przechodzi do okna "ImGen Przestrzeń robocza" e) (5) Panel Importuj z MultiGenBank : pole do wpisywania zapytań - dwie linie pop-up menu z dostępnymi polami przeszukiwania; po dokonaniu wyboru w zależności od wyboru pojawiają się pola do wpisywania wartości: o Płeć: pop-up menu z dwiema możliwościami o Wiek - dwa pola ustalające zakres wieku; przyjmują liczby całkowite z przedziału (0,200); spełniony jest warunek pole1 < pole2 o Diagnoza - pole tekstowe przyjmujące kody ICD10, nazwy schorzeń o Gen nazwa- pole tekstowe (20 znaków) o Gen lokalizacja - pole tekstowe (10 znaków) o Typ polimorfizmu - pop-up menu z opcjami: SNP, VNTR, STR, Ins/Del, HLA, KIR o Identyfikator polimorfizmu - pole tekstowe (20 znaków) o Region polimorfizmu - pop up menu z opcjami (r. promotorowy, ekson, intron, 3'UTR, 5'UTR) Ikona "Dodaj" - powoduje dodanie linii z dwoma pop-up menu: o z operatorami logicznymi AND, OR, NOT; o z nazwami pól do przeszukiwania (patrz pkt e) Ikona Usuń - działanie przeciwne do ikony Dodaj - usuwa pop-up menu i pola do wpisywania wartości zapytań przycisk "Szukaj" - uruchamia wyszukiwanie i przenosi do okna "Wyników wyszukiwania dla zalogowanego" Strona 37 z 87
8.1.8 ImGen - deponuj dane Strona 38 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Informacja o warunkach korzystania z udostępnianych danych d) (4) Panel "Informacja o zbiorze": statyczne pola tekstowe Liczba przypadków": pole liczby przypadków chorych {liczba naturalna < 100 000} / pole liczby przypadków zdrowych {liczba naturalna < 100 000 } statyczne pola tekstowe: "Kobiet:" liczba kobiet zdrowych/chorych {liczba naturalna < 100 000} / {liczba naturalna < 100 000} statyczne pola tekstowe: "Mężczyzn:" liczba mężczyzn zdrowych/chorych {liczba naturalna < 100 000} / {liczba naturalna < 100 000} statyczne pola tekstowe: "Wiek - średnia: " pole "Wiek - średnia" - {liczba zmiennoprzecinkowa, > 0 format: XXX.Y} statyczne pola tekstowe: "Min/Max: " pola "Min/Max" - {liczba naturalna format XXX} / {liczba naturalna format XXX} statyczne pola tekstowe: "Choroby" pole Choroby - liczba naturalna z przedziału (0,999) Statyczne pole tekstowe "Geny" pole Geny - liczba naturalna z przedziału (0,999) Statyczne pole tekstowe "Polimorfizmy" lista par pól: łańcuch znaków z typem polimorfizmu, w nawiasie liczba całkowita z przedziału (0,999) Link "Szczegóły" - przenosi do okna wyszukiwania ze szczegółowymi danymi o zaznaczonym zbiorze e) (5) Panel "Referencja" Tytuł - łańcuch znaków max1000 znaków Autorzy : o Nazwisko - łańcuch znaków max100 znaków o Inicjały - łańcuch znaków max10 znaków o Ikona "Plus" dodaje poniżej nową linię z dwoma nowymi polami tekstowymi o Ikona "Minus" usuwa autora - działanie przeciwne do ikony "Plus Czasopismo - łańcuch znaków max 300 Numer - łańcuch znaków max10 Wolumen - łańcuch znaków max10 Strony - łańcuch znaków max15 Rok - liczba całkowita z przedziału (1900,2100) f) (6) Przycisk "Zdeponuj" przenosi do przestrzeni roboczej, zmienia status zbioru danych na "oczekujący", Strona 39 z 87
przesyła informacje o zbiorze do "Użytkownika Nadzorcy" Strona 40 z 87
8.1.9 ImGen - Analiza Strona 41 z 87
a) (1) Pasek "Mini Menu" "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy c) (3) Panel "Informacyjny" Zawiera skrótowe informacje o możliwościach modułu analiz. Krótką instrukcję obsługi krok po kroku. d) (4) Panel "Wybór danych" Listbox "Przestrzeń Robocza" - zawiera zbiory danych, które zostały wcześniej zaimportowane do przestrzeni roboczej - maksymalna długość nazwy zbioru 30 znaków Listbox "Analiza" - zbiory, które utworzą wspólny analizowany zbiór - maksymalna długość nazwy zbioru 30 znaków Przyciski strzałek pozwalają przenosić zbiory pomiędzy listboxami. Informacje ogólne o utworzonymi zbiorze: o "Chorych": - pole liczby przypadków chorych - liczba naturalna < 100 000 o "Zdrowych " - pole liczby przypadków zdrowych liczba naturalna < 100 000 o "Kobiet:"- liczba kobiet - liczba naturalna <100 000 o "Mężczyzn:" - liczba mężczyzn - liczba naturalna < 100000 o "Wiek - średnia: " - pole tekstowe liczba zmiennoprzecinkowa, > 0 format: XXX.X o "Min/Max: " - pole tekstowe - {liczba naturalna format XXX}/ {liczba naturalna format XXX} o "Choroby" - pole tekstowe - liczba naturalna z przedziału (0;999) o "Geny" - pole tekstowe - liczba naturalna z przedziału (0,999) o "Polimorfizmy" - lista par pól: łańcuch znaków z typem polimorfizmu, liczba całkowita z przedziału (0,999) e) (5) Panel "Przygotowanie zbioru" Panel z zakładkami pozwala definiować kolejne grupy w analizie. Początkowo na pasku jest jedna zakładka. Strona 42 z 87
Jest dostępny przycisk Dodaj zakładkę ( + ) - dodaje nowe zakładki i tworzy przez to nowe grupy. Utworzenie zakładki kolejnej grupy kopiuje zakładkę elementów dla grupy z poprzedniej zakładki. Użytkownik może zmieniać nazwy zakładek (max 15 znaków, bez polskich liter, bez spacji i znaków specjalnych).. Panel "Zdefiniuj grupę" o o o o "Płeć" - drop-down list z wyborem płci - domyślnie ustawiona wartość "obie" W kolejnej linii drop-down list z wyborem operatora logicznego {AND, OR, NOT}, oraz drop-down z listą parametrów {'Diagnoza', 'Wiek', 'Gen', 'Gen lokalizacja', 'Typ Polimorfizmu', 'Region'} - w zależności od wyboru obok pojawia się inny element tak jak zdefiniowano to dla okna "ImGen -szukaj_zaawansowane". Domyślne ustawienia w pierwszej linii pod wyborem płci: AND, 'Diagnoza', 'zdrowy', następnie przyciski "Plus", "Minus" przycisk "Gotowe" - potwierdza zdefiniowane dla grupy parametry - po wciśnięciu aktualizowane są wartości wyświetlane w listboxach w panelu "Wybierz miejsca" f) (6) Panel "Wybierz miejsca" (locus) Listbox "Dostępne" - zawiera polimorfizmy dostępne do wyboru dla zdefiniowanej grupy badanych. W nawiasie przy każdym identyfikatorze podana jest liczba przypadków, dla której zbadano dany polimorfizm. Listbox "Analizowane" - miejsca wybrane do analizy Pomiędzy listami znajdują się przyciski pozwalające na przesuwanie elementów z listy "Dostępne" do listy "Analizowane. Są dostępne przyciski "Przenieś wszystko" g) (7) Panel analizy i parametry: Panel :Testy jedno-miejscowe (Single site tests) o checkbox Test równowagi Hardy-Weinberga (ang. Hardy-Weinberg exact test) opcje drop-down list: H1= Nadmiar homozygot (każde locus) (ang. H1=Homozygotes excess (each locus)) H1 = Nadmiar heterozygot (każde locus) (ang. H1=Heterozygotes excess (each locus)) Test prawdopodobieństwa (każde locus) (ang. Probability test (each locus)) - domyślnie o checkbox "Różnicowanie populacji - allele" (ang. Allel population differentation) opcje drop-down list: Dla wszystkich populacji (ang. For all populations) Dla wszystkich populacji parami - dokładny G test (ang. For all pairs - using the exact G test) Dla wszystkich populacji parami - dokładny test Fishera (ang. For all pairs - using Fisher's exact probability test) o checkbox "Różnicowanie populacji - genotypy" (ang. Genotypic differentiation) opcje drop-down list : Dla wszyskich populacji (ang. For all populations) Dla wszystkich populacji parami (ang. For all pairs of population) Panel testy wielo miejscowe (Multilocu tests) o checkbox "Test niezrównoważenia połączeń (każda para loci w każdej populacji)" (ang. Linkage Disequlibrium (each pair of loci in each population) Log likelihood ratio statistic Testy prawdopodobieństwa (ang. probability tests) Strona 43 z 87
Utworzenie tabeli wszystkich przypadków (ang. Only create genotypic contingency tables) o checkbox "Określenie częstości haplotypów " (ang. Haplotype frequency estimation) o checkbox "Wylicz i narysuj odległość genetyczną" (ang. Calculate and draw genetic distance) o checkbox "Siła zależności między dwoma wariantami genetycznymi (Svejgaard & Ryder, 1994) (ang. Calculate genetic variants assosiation) (Svejgaard & Ryder, 1994) h) (8) Panel "Analiza" "Nazwa raportu" - pole tekstowe - max30 znaków - bez polskich znaków, bez spacji i znaków specjalnych checkbox "Powiadom o zakończeniu obliczeń" - wysyła maila po zakończeniu obliczeń przycisk "Analizuj" - uruchamia analizę przez przekazanie danych wejściowych (ZbiórDanych ze zdefiniowanymi Grupami) oraz parametrów analiz do aplikacji uruchamianej lokalnie. Aplikacja przeprowadza obliczenia zgodnie z opisem w pkt. 10. Strona 44 z 87
8.1.10 ImGen - Weryfikuj - Nadzorca a) (1) Pasek "Mini Menu" - zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Pasek "Menu" "Szukaj" - przenosi do okna "ImGen_szukaj_zaawansowane" "Importuj dane" - aktualnie okno "Przestrzeń robocza" - przenosi do przestrzeni roboczej "Analiza" - przenosi do okna analizy "Weryfikacja" - przenosi do okna "ImGen - Weryfikacja" - dostępne tylko dla użytkownika "Nadzorcy" (aktualne okno) "Pomoc" - przenosi na strony pomocy "Kontakt" - przenosi do strony kontaktów i do formularza kontaktowego c) (3) Panel Informacyjny Wiadomość dla nadzorców jak przeprowadzać ocenę zbiorów Strona 45 z 87
d) (4) Panel "Zbiory do weryfikacji" - tabela z 8 kolumnami "Checkbox" - zaznaczania zbiorów "Nazwa" - nazwa zbioru danych - Maksymalna długość nazwy: 30 znaków, bez polskich znaków, bez spacji i znaków specjalnych. "Data" - data i godzina przesłania zbioru do weryfikacji format {dd.mm.rrrr hh:mm} "Użytkownik" - pole tekstowe - nazwa użytkownika "Oczekuje" - pole tekstowe - wyświetla dotychczasowy czas oczekiwania; format: {ddd "d", hh "h"} przycisk "Pobierz" - pobiera dane źródłowe w formacie *.xlsx przycisk "Wiadomość" - przechodzi do formularza kontaktowego, który wyśle wiadomość e- mail do użytkownika przycisk "Menu" - otwiera "Menu" z dodatkowymi opcjami o "Przekaż" - umożliwia przekazania zbioru do oceny innemu nadzorcy - dostępni "Nadzorcy" pojawiają się po rozwinięciu - po wybraniu "Nadzorcy", otwiera okno dialogowe z zapytaniem "Czy na pewno przekazać zbiór innemu nadzorcy i wykonuje akcję w zależności od wyboru o "Zobacz" - przenosi do okna "ImGen_dane_szczegolowe" - który jest modyfikacją ekranu "ImGen_deponuj_dane_szczegolowe" o "Akceptuj" - otwiera okno dialogowe z zapytaniem "Czy na pewno akceptować" - i wykonuje akcję w zależności od wyboru o "Odczuć" - otwiera okno dialogowe z zapytaniem "Czy na pewno odrzucić" - i wykonuje akcję w zależności od wyboru Strona 46 z 87
8.2 Moduł MicroB 8.2.1 MicroB - Szukaj - rozwinięty/zwinięty Strona 47 z 87
Strona 48 z 87
a) (1) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) (3) Panel "Szukaj" + ikona ukrywania pole do wpisywania zapytań - dwie linie pop-up menu z dostępnymi polami przeszukiwania; po dokonaniu wyboru w zależności od wyboru pojawiają się pola do wpisywania wartości: o Organizm - pole tekstowe o Identyfikator - pole tekstowe o Genotyp - pole tekstowe o Taksonomia - pole tekstowe o Główny marker - pole tekstowe o Inne markery - pole tekstowe o Metoda - pole tekstowe o Geny oporności - pole tekstowe o Użyteczne enzymy - pole tekstowe o Nazwa metabolitu - pole tekstowe przycisk "+" - powoduje dodanie linii z dwoma pop-up menu: o z operatorami logicznymi AND, OR, NOT o z nazwami pól do przeszukiwania (patrz pkt b) przycisk "-" - działanie przeciwne do działania przycisku "+": usuwa linię pop-up menu i pole z wartościami przycisk "Szukaj" - uruchamia wyszukiwanie i przenosi do okna MicroB - Wynik wyszukiwania d) (4) Panel "Szukania sekwencji" - ikonka ukrywania okno do wklejenia sekwencji - przyjmuje sekwencje liter będących jednoliterowymi skrótami aminokwasów (20 liter + symbole niestandardowe) lub sekwencje skrótów nukleotydów [ACGNTU] nie są dozwolone polskie znaki; walidacja wykonywana jest przez programy korzystające z sekwencji BLAST przycisk "wybierz plik" - otwiera okno dialogowe do otwarcia pliku z sekwencją w formacie FASTA, lub Genbank pole tekstowe "Ścieżka do pliku" pole tekstowe "E-value" przyjmuje liczby w formacie zmiennoprzecinkowym lub naukowym np. 1e-3 ; 1E-10 liczby muszą być >0 pop-up menu "Macierz" - macierze substytucji - BLOSUM45, BLOSUM62, BLOSUM80, PAM70, PAM30 pop-up menu "Filtrowanie" - auto, Filtrowanie obszarów mało zróżnicowanych, Maskowanie "look-up table", (ang. Filter low complexity regions, Mask look up table only) pop-up menu Z przerwami (ang. Gapped): Tak, Nie pop-up menu "Wyniki" - liczba wyświetlanych wyników - 50, 100, 250, 500, 750,1 000, wszystkie Strona 49 z 87
przycisk "Szukaj" - uruchamia BLAST - przenosi do strony "MicroB - Oczekiwanie na wyniki BLAST" - następnie przenosi do strony "MicroB - Wyniki wyszukiwania sekwencji" e) (5) Panel "Szukaj przez wzór metabolitu" + ikona ukrywania pole "Wzór metabolitu" - pole tekstowe do wpisania wzoru metabolitu, SMILES i CML to linki do stron informacyjnych o formatach Przycisk "Szukaj" - uruchamia szukania Panel "Zbuduj metabolit" - aplikacja do tworzenie wzorów metabolitów pop-up menu "Dodaj blok" - wyświetla możliwe bloki budulcowe przycisk "Usuń ostatni" - usuwa ostatni blok przycisk "Gotowe" - przenosi zbudowaną strukturę do pola "Wzór metabolitu" w formacie SMILES W panelu stopniowo pojawiają się kolejne elementy budowanego metabolitu. przycisk "Szukaj" - uruchamia wyszukiwanie po wzorze metabolitu Strona 50 z 87
8.2.2 MicroB - Wyniki wyszukiwania Strona 51 z 87
a) (1) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) (3) Panel boczny Panel wyszukiwania o Okno z zapytaniem, które zwróciło wyświetlane wyniki; do zapytania można dodawać nowe frazy o Przycisk "Szukaj" - uruchamia szukanie na całej bazie o Link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna "MicroB Szukanie zaawansowane" Panel filtrów - pojedyncze ograniczenia dla wyświetlonego zbioru Panel historii zapytań - N zapytań - wyświetlany jest początek zapytania - N znaków w 2 liniach, pozostała część zastąpiona przez trzykropek - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna "MicroB Szukaj" z odpowiednio wypełnionym polem zapytania d) (4) Tabela wyników zawiera 12 kolumn Kolumna zaznaczanie rekordów Identyfikator szczepów - łańcuch znaków - max30 Organizm - łańcuch znaków - max 50 (często dwuczłonowe) Genotyp - Lista łańcuchów znaków każdy max20 - łańcuchów może być kilkanaście Genom - Link do pliku tekstowego z genomem lub puste pole Taksonomia - dwa łańcuchy znaków max30 rozdzielone "/" Główny marker - łańcuch znaków - max20; oraz ikona lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego w jednym z 4 formatów Inne markery - lista łańcuchów znaków każdy max20; każdy z ikoną lub linkiem, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego w jednym z 4 formatów Metody - radiobutton; lista łańcuchów znaków - max20; oraz ikona lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie: pliku tekstowego z opisem metody, pliku graficznego z wynikami eksperymentu, pliku tekstowego z wynikami eksperymentu Geny Oporności -checkbox; lista łańcuchów znaków max20 każdy z ikoną lub linkiem, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów Użyteczne enzymy - checkbox; lista łańcuchów znaków max20 każdy z ikoną lub linkiem, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów Wtórne enzymy - checkbox; lista łańcuchów znaków max20 każdy łańcuch jest linkiem do podstrony wyświetlającej szlak syntezy metabolitu e) (5) Menu w nagłówku kolumny Metody Radiobutton z nazwami wszystkich metod znajdujących się w kolumnie; Strona 52 z 87
przycisk Analizuj - uruchamia analizę wyników uzyskanych określoną metodą dla zaznaczonych szczepów, jeżeli żadna metoda nie jest zaznaczona wyświetlane jest okno dialogowe "Proszę wybrać metodę"; jeżeli żaden szczep nie jest wybrany, wyświetlane jest okno dialogowe "Proszę wybrać szczepy" f) (6) Menu w nagłówkach kolumn "Geny oporności", Użyteczne enzymy", "Wtórne metabolity" przyciski "Zaznacz wszystkie" przyciski CLUSTAL, które uruchamia analizę sekwencji zaznaczonych w danej kolumnie i przenosi do okna "MicroB Wyniki analizy CLUSTAL" g) (7) Menu "Ukryj/Pokaż kolumny - umożliwia wybór kolumn do wyświetlania h) (8) Menu "Pobierz dane" - umożliwia: pobranie całej tabeli w formie pliku tekstowego pobranie listy organizmów - zaznaczonych w pierwszej kolumnie pobranie genomów - zaznaczonych w pierwszej kolumnie Metody: o pobranie opisu metody o pobranie wyników graficznych o pobranie wyników tekstowych Pobranie opisów dla zaznaczonych "Genów oporności", "Użytecznych enzymów", genów z pola "Wtórne metabolity" pobranie sekwencji dla zaznaczonych "Genów oporności", "Użytecznych enzymów" i genów z pola "Wtórne metabolity" w czterech formatach Strona 53 z 87
8.2.3 MicroB - Pojedynczy rekord szczepu Strona 54 z 87
a) (1) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) (3) Panel boczny Panel wyszukiwania o Okno do wpisywania zapytań o Przycisk "Szukaj" - uruchamia szukanie na całej bazie o Link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna "MicroB Szukanie zaawansowane" Panel historii zapytań - N zapytań - wyświetlany jest początek zapytania - N znaków w 2 liniach, pozostała część zastąpiona przez trzykropek - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna "MicroB Szukanie zaawansowane" z odpowiednio wypełnionym polem zapytania d) (4) Przycisk "Powrót do listy wyszukiwań" - przenosi do listy wyszukiwań e) (5) Panel Informacje o szczepie Identyfikator szczepów - łańcuch znaków - max30 - link do odpowiedniej strony w PCM lub innej źródłowej kolekcji mikroorganizmów o Organizm - łańcuch znaków - max 50 (często dwuczłonowe) o Genotyp - Lista łańcuchów znaków każdy max20 - łańcuchów może być kilkanaście, łańcuch może być linkiem do strony zewnętrznej z informacją o genie o Genom - "dostępny" - link do pliku tekstowego z genomem lub "niedostępny" o Taksonomia - dwa łańcuchy znaków max30 rozdzielone "/" o Główny marker - łańcuch znaków - max20 - napis może być linkiem do strony zewnętrznej z informacją o genie; oraz ikona lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego w jednym z 4 formatów o Inne markery - lista łańcuchów znaków każdy max20 - napis może być linkiem do strony zewnętrznej z informacją o genie; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego w jednym z 4 formatów o Metody - lista łańcuchów znaków - max20 - każdy jest linkiem otwierającym w nowym oknie opis metody; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie: pliku tekstowego z opisem metody, pliku graficznego z wynikami eksperymentu, pliku tekstowego z wynikami eksperymentu o Geny Oporności - lista łańcuchów znaków max20 - każdy jest linkiem otwierającym w nowym oknie opis genu; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów o Użyteczne enzymy - lista łańcuchów znaków max20 - każdy jest linkiem otwierającym w nowym oknie opis genu; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał Menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów Strona 55 z 87
o Wtórne metabolity - lista łańcuchów znaków max20 - każdy jest linkiem otwierającym w nowym oknie opis genu; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów; dodatkowo ikona cluster, która jest linkiem do podstrony wyświetlającej szlaki syntezy metabolitu. Napis substrat i metabolit to linki, do plików z wzorami w formacie SMILES lub CML Strona 56 z 87
8.2.4 MicroB - Pojedynczy rekord szczepu - Nadzorca Strona 57 z 87
Okno bliźniacze do okna MicroB_Pojedynczy_rekord_szczepu a) Różnice w stosunku do okna zwykłego użytkownika w pasku "Menu" o "Dodaj nowy szczep" - przenosi do okna "MicroB_dodaj_szczep_nadzorca" (6) przyciski akcji - dostępne tylko dla użytkownika "Nadzorcy o "Edytuj rekord" - umożliwia ręczne edytowanie pól w aktualnym rekordzie i załączanie plików z danymi. o Usuń rekord - umożliwia usunięcie rekordu - po wciśnięciu pojawia się okno dialogowe - "Czy na pewno usunąć rekord {nazwa organizmu}? Strona 58 z 87
8.2.5 MicroB Szlak syntezy Strona 59 z 87
a) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp. ) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) Panel boczny Panel wyszukiwania o Okno do wpisywania zapytań o Przycisk "Szukaj" - uruchamia szukanie na całej bazie o Link "Szukanie zaawansowane" - przenosi do okna "MicroB Szukanie zaawansowane" Panel historii zapytań - N zapytań - wyświetlany jest początek zapytania - N znaków w 2 liniach, pozostała część zastąpiona przez trzykropek - zapytanie jest linkiem, które będzie przenosiło do okna "MicroB Szukanie zaawansowane" z odpowiednio wypełnionym polem zapytania d) Przycisk "Powrót do rekordu/listy wyszukiwań" - przenosi do pojedynczego rekordu lub listy wyszukiwań w zależności od tego jak użytkownik dotarł do okna e) Tabela "Informacje o szczepie": Organizm - łańcuch znaków - max 50 (często dwuczłonowe) Taksonomia - dwa łańcuchy znaków max30 rozdzielone "/" Identyfikator szczepów - łańcuch znaków - max30 Wtórne metabolity - lista łańcuchów znaków max20 - każdy jest linkiem otwierającym w nowym oknie opis genu; każdy łańcuch ma ikonę lub link, który będzie otwierał menu z możliwością wyświetlenia w innym oknie pliku tekstowego z opisem genu lub sekwencją w jednym z 4 formatów; Napis substrat i metabolit to linki, do plików z wzorami w formacie SMILES lub CML f) Panel "Wizualizacja szlaku syntezy" Panel aplikacji wizualizującej dane o szlaku syntezy w sposób zgodny ze specyfikacją z Załącznika 3 Zapytania ofertowego z dnia 19.12.2014 (pkt 3. Pole10). Wizualizowany jest schemat genów, ich produktów z domenami białkowymi i wytwarzanymi lub modyfikowanymi produktami. Długości obiektów graficznych reprezentujące geny (strzałki), produkty (prostokąty) i domeny (prostokąty) są proporcjonalne do ich długości, a odległości między nimi odzwierciedlają względne położenie w sekwencji genomu lub białka. Obiekty będą odpowiednio podpisane i po kliknięciu pojawi się ich opis. Pod domenami będą obiekty graficzne ze wzorami i nazwami metabolitu wtórnego wytwarzanego lub modyfikowanego przez dane domeny. Pod obiektem pierwszej domeny produktu pierwszego genu będzie obiekt reprezentujący substrat reakcji. Po kliknięciu na obiekty substratów i metabolitów zostaną one wyświetlone w powiększeniu. Strona 60 z 87
8.2.6 MicroB - Dodaj szczep nadzorca Strona 61 z 87
Strona 62 z 87
Strona 63 z 87
a) (1) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" (opcja dla użytkownika Standard PLUS) "Dodaj nowy szczep" - przenosi do okna "MicroB_dodaj_szczep_nadzorca (opcja tylko dla użytkownika "Nadzorcy") "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) (3) Panel "Informacyjny" Panel Informacyjny zawiera informacje o sposobie tworzenia nowych rekordów d) (4) Panel "Dane z pliku wsadowego:" + ikonka ukrywania przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okno dialogowe wyboru pliku z danymi - ścieżkę wybranego pliku umieszcza w polu tekstowym - pole NIE jest edytowalne przycisk "Dodaj" - przenosi do okna "MicroB_Potwierdz_nowy_rekord", w którym prezentowany jest nowy rekord w celu akceptacji e) (5) Panel "Formularz nowego rekordu" + ikonka ukrywania "Organizm - pole tekstowe - łańcuch znaków max50 (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, spacje są dopuszczalne) "Identyfikator szczepu" - łańcuch znaków - max30 (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, z wyjątkiem dwukropka, bez spacji); o "Link źródłowy" - pole tekstowe - link do kolekcji źródłowej - łańcuch znaków - max400 - powinien zaczynać się od "http://" "Genotyp" + ikona ukrywania: o "Nazwa genu" - pole tekstowe - max50 znaków (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus_genotyp" - dodaje trzy nowe pola dla nowego elementu w genotypie ("Nazwa genu", "Link źródłowy", "Nazwa alternatywa") ikona "Minus_genotyp" - usuwa element "Genotypu" - działanie przeciwne do "Plus_genotyp" o "Link źródłowy" - pole tekstowe - max 400 znaków - link do zewnętrznego portalu z informacją o genie - powinien zaczynać się od "http://" o "Nazwa alternatywna" - pole tekstowe - max 200 znaków - (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus" - dodaje poniżej dodatkowe pole "Nazwa alternatywna" ikona "Minus" - kasuje pole "Nazwa alternatywna" "Genom" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; o pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku Taksonomia: o pop-up menu - "Podkrólestwo" - łańcuchy znaków dostępnych podkrólestw (do pobrania z taksonomii) (max50) o pop-up menu - "Typ" - łańcuchy znaków (do pobrania z taksonomii) (max50) "Główny marker" + ikona ukrywania o "Nazwa genu" - pole tekstowe - max50 znaków (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) Strona 64 z 87
o "Link źródłowy" - pole tekstowe - max 400 znaków - link do zewnętrznego portalu z informacją o genie - powinien zaczynać się od "http://" o "Nazwa alternatywna" - pole tekstowe - max 200 znaków - (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus" - dodaje poniżej dodatkowe pole "Nazwa alternatywna" ikona "Minus" - kasuje pole "Nazwa alternatywna" o "plik AA_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik AA_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne "Inne markery" + ikona ukrywania - zestaw pól tekstowych i wymagania takie jak dla "Głównego marker ; dodatkowo ikony: o ikona "Plus_marker" - przy polu Nazwa genu dodaje nowy zestaw pól tekstowych i przycisków dla kolejnego markera ("Nazwa genu", "Link źródłowy", "Nazwa alternatywa", pary {przycisk Wybierz plik, pole tekstowe ścieżki}) o ikona "Minus_marker" - działanie przeciwne do "Plus_marker" - usuwa dany Marker (usuwa wszystkie pola tekstowe i przyciski dla Markera) - nie można usunąć pierwszego Markera o Szczep może mieć wiele "Innych markerów" "Metoda " + ikona ukrywania: o pole tekstowe - "Nazwa metody - łańcuchów znaków - max20 (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, bez spacji, dopuszczalny "_"); o alternatywanie pop-up menu z wyborem wszystkich dostępnych w bazie "Nazw metod" o ikona "Plus" - dodaje nowy zestaw pól tekstowych dla kolejnej Metody o ikona "Minus" - działanie przeciwne do "Plus" - usuwa daną Metodę - nie można usunąć pierwszego Markera o "Opis metody" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okno dialogowe wyboru pliku z opisem metody - ścieżkę wybranego pliku umieszcza w polu tekstowym - pole NIE jest edytowalne o "Wynik - grafika" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okno dialogowe wyboru pliku z graficznym plikiem wyniku genotypowania - ścieżkę wybranego pliku umieszcza w polu tekstowym - pole NIE jest edytowalne o "Wynik - liczbowy" - przycisk Wybierz plik" - uruchamia okno dialogowe wyboru pliku z tekstowym plikiem wyniku genotypowania - ścieżkę wybranego pliku umieszcza w polu tekstowym - pole NIE jest edytowalne o Szczep może być genotypowany wieloma "Metodami" "Geny oporności" + ikona ukrywania: o "Nazwa genu" - pole tekstowe - max50 znaków (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) Strona 65 z 87
ikona "Plus_gen" - dodaje pola i przyciski dla nowego Genu oporności ("Nazwa genu", "Link źródłowy", "Nazwa alternatywa", Opis, pary {przycisk Wybierz plik, pole tekstowe ścieżki} - szczegóły poniżej) ikona "Minus_gen" - usuwa "Gen oporności" (wszystkie pola i przyciski) - działanie przeciwne do "Plus_gen" o "Link źródłowy" - pole tekstowe - max 400 znaków - link do zewnętrznego portalu z informacją o genie - powinien zaczynać się od "http://" o "Nazwa alternatywna" - pole tekstowe - max 200 znaków - (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus" - dodaje poniżej dodatkowe pole "Nazwa alternatywna" ikona "Minus" - kasuje pole "Nazwa alternatywna" o "Opis" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku z opisem genu; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik AA_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik AA_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o Szczep może mieć wiele "Genów oporności" "Użyteczne enzymy" + ikona ukrywania: o zestaw pól taki sam jak dla Genów oporności o Szczep może mieć wiele "Użytecznych enzymów" "Wtórne metabolity" + ikona ukrywania: o "Nazwa genu" - pole tekstowe - max 50 znaków (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus_gen" - dodaje pola i przyciski dla nowego Genu syntezy ("Nazwa genu", "Link źródłowy", "Nazwa alternatywa", Opis, pary {przycisk Wybierz plik, pole tekstowe ścieżki}, pola substratu, pola metabolitu - szczegóły poniżej) ikona "Minus_gen" - usuwa "Gen oporności" (wszystkie pola i przyciski) - działanie przeciwne do "Plus_gen" o "Link źródłowy" - pole tekstowe - max 400 znaków - link do zewnętrznego portalu z informacją o genie - powinien zaczynać się od "http://" o "Nazwa alternatywna" - pole tekstowe - max 200 znaków - (bez polskich znaków, bez znaków specjalnych, dopuszczalne są "_" oraz spacje) ikona "Plus" - dodaje poniżej dodatkowe pole "Nazwa alternatywna" ikona "Minus" - kasuje pole "Nazwa alternatywna" o "Opis" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku z opisem genu; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne Strona 66 z 87
o "plik AA_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_FASTA" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik AA_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "plik NT_Genbank" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "Nazwa substratu" - pole tekstowe - max 200 znaków (bez polskich znaków, dopuszczalne znaki specjalne") o "Substrat SMILES" - pole tekstowe max1000 znaków - struktura substratu w formacie SMILES alternatywnie - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku ze strukturą substratu zapisaną w formacie SMILES; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "Substrat CML" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku ze strukturą substratu zapisaną w formacie CML; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "Nazwa metabolitu" - pole tekstowe - max 200 (bez polskich znaków, dopuszczalne znaki specjalne") o "Metabolit SMILES" - pole tekstowe max 1000 znaków - struktura metabolitu w formacie SMILES alternatywnie - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku ze strukturą substratu zapisaną w formacie SMILES; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "Metbolit CML - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku ze strukturą metabolitu zapisaną w formacie CML; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne o "Dane o szlaku" - przycisk "Wybierz plik" - uruchamia okienko dialogowe do wyboru pliku z szczegółowymi danymi o szlaku syntezy; pole tekstowe - w nim umieszczana jest ścieżka pliku - pole NIE jest edytowalne przycisk "Dodaj" - przenosi do okna "MicroB_Potwierdz_nowy_rekord", w którym prezentowany jest nowy rekord w celu akceptacji Strona 67 z 87
8.2.7 MicroB - Wyniki wyszukiwania BLAST Strona 68 z 87
a) (1) Panel "Mini Menu" zawiera przyciski: "Moje konto" - przechodzi do okna ustawień konta (dane użytkownika, e-mail, itp.) "Wyloguj" - wylogowuje "EN/PL" - zmiana wersji językowej b) (2) Panel "Menu" zawiera przyciski: "Przestrzeń robocza" - przenosi do okna "MicroB Przestrzeń robocza" "Szukaj" - przenosi do okna "MicroB Szukaj" "Buduj szlak syntezy" - przenosi do okna "MicroB Buduj szlak syntezy" "Pomoc" - przenosi do okna "MicroB Pomoc" "Kontakt" - przenosi do okna "Formularz kontaktowy" c) (3) Panel "Filtruj" Panel filtrów - pojedyncze ograniczenia dla wyświetlonego zbioru - (zapytanie do ekspertów:, Które pola powinny służyć do filtrowania) d) (4) Tabela "Wynik wyszukiwania BLAST" (Maksymalna liczba wyników 1000) "Checkboxy" - w nagłówku checkbox do zaznaczania wszystkich wyników "Nazwa" - kolumna zawiera skróconą nazwę białka "Organizm" - nazwa organizmu - często dwuczłonowa max 50 znaków ""Identyfikator" - łańcuch znaków - max30 "Pełna nazwa białka" - może być wieloczłonowa - max 100 "E-value" - wartości zwracane przez BLAST - liczba zmiennoprzecinkowa - może być bardzo mała np. 10^(-15) "Identyczność" - wartości zwracane przez BLAST - liczba zmiennoprzecinkowa format 100.0 e) (5) Menu "Opcje" "Analiza CLUSTAL" - przenosi do okna "MicroB - Analiza CLUSTAL" razem z informacją o tym, które sekwencje zostały zaznaczone "Informacje o szczepach" - przenosi do okna "MicroB - Wyniki wyszukiwania zalogowany" z informacją o szczepach, które znalazły się w tabeli "Pobieranie" - Umożliwia pobranie zaznaczonych sekwencji w plikach tekstowych w 4 formatach Strona 69 z 87
8.2.8 MicroB - Analiza Clustal Strona 70 z 87
Strona 71 z 87