CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1

Podobne dokumenty
PRACOWNIA INFORMATYCZNA CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU BASH - PODSTAWOWE INFORMACJE

BASH - WPROWADZENIE Bioinformatyka 4

ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 ANALIZA DANYCH NGS

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

PAKIETY STATYSTYCZNE JOANNA SZYDA TOMASZ SUCHOCKI

SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ MAGDALENA FRĄSZCZAK

Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing. Wykład 6 Część 1 NGS - wstęp Dr Wioleta Drobik-Czwarno

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

1. KEGG 2. GO. 3. Klastry

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH

Pracownia Informatyczna I ORGANIZACJA ZAJĘĆ, ZASADY ZALICZENIA

"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)

1

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)

Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa

PLAN STUDIÓW. Rodzaj zajęć. e-nauczanie,

Bioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

Ekologia molekularna. wykład 11

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE

1. Analiza asocjacyjna. Cechy ciągłe. Cechy binarne. Analiza sprzężeń. Runs of homozygosity. Signatures of selection

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS

Przewodnik do planowania programu kształcenia na I roku studiów II stopnia. Kierunek: Bioinformatyka. 17 czerwca 2013 r.

Program studiów I st. (licencjackich) na kieruneku Biotechnologia

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA

Podstawy bioinformatyki sekwencjonowanie nowej generacji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

STATYSTYKA MATEMATYCZNA WYKŁAD 1

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2015/2016

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

PLGrid: informatyczne usługi i narzędzia wsparcia w nauce

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych

Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie

Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu

Przetarg nieograniczony na zakup specjalistycznej aparatury laboratoryjnej Znak sprawy: DZ-2501/6/17

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Nowym Sączu. Karta przedmiotu. obowiązuje w roku akademickim 2012/2013

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2012/2013

Przydatność technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS) w kolekcjach Banków Genów Joanna Noceń Kinga Smolińska Marta Puchta Kierownik tematu:

3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu

Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego. - część I -

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje w roku akademickim 2012/2013. Przedmioty kierunkowe

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II

ADNOTACJE WARIANTÓW GENETYCZNYCH

Podstawy biologii. Informacja, struktura i metabolizm.

P l a n s t u d i ó w

Bioinformatyka wykład I.2009

P l a n s t u d i ó w

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP

Kierunek Informatyka stosowana Studia stacjonarne Studia pierwszego stopnia

P l a n s t u d i ó w

Scenariusz lekcji biologii z wykorzystaniem metody CILIL Lekcja dla klasy IV technikum o rozszerzonym zakresie kształcenia

Pytania i odpowiedzi

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje w roku akademickim 2011/2012. Programowanie usług sieciowych

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2014/2015

Plan studiów na kierunku studiów wyższych: BIOCHEMIA studia pierwszego stopnia, profil ogólnoakademicki

Akademia Młodego Badacza. Wykaz proponowanych zajęć w Instytucie Biologii SEMESTR LETNI

ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Biofizyka molekularna. 3-letnie studia I stopnia (licencjackie)

3 Wyklady 10 h Ćwiczenia 20h

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2017/2018

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2013/2014

Szczegółowy harmonogram ćwiczeń Biologia medyczna w Zakładzie Biologii w roku akademickim 2017/2018 Analityka Medyczna I rok

2. Opis zajęć dydaktycznych i pracy studenta

Techniki znakowania cząsteczek biologicznych - opis przedmiotu

Data zajęć Klasa 1b Klasa 2b Klasa 3b Klasa 3c

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Metody: PCR, MLPA, Sekwencjonowanie, PCR-RLFP, PCR-Multiplex, PCR-ASO

Wstęp do Informatyki dla bioinformatyków

Przedmioty/moduły. informatycznych. suma 4,0 3,0 4,0 2,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0 0,0

POPULARNE POLECENIA SKRYPTY. Pracownia Informatyczna 2

Różnorodność osobników gatunku

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Program studiów I st. (licencjackich) na kieruneku Biotechnologia

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Specjalnościowy Obowiązkowy Polski Semestr 5

STUDIA I STOPNIA NA KIERUNKU ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE. specjalność Biofizyka molekularna

Opis efektów kształcenia dla modułu zajęć

WYDZIAŁ EKONOMII KARTA OPISU MODUŁU KSZTAŁCENIA

Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów rozpoczynających studia w roku akademickim 2014/2015

Rok akademicki: 2012/2013 Kod: ZIE s Punkty ECTS: 3. Poziom studiów: Studia I stopnia Forma i tryb studiów: -

KARTA PRZEDMIOTU USYTUOWANIE PRZEDMIOTU W SYSTEMIE STUDIÓW. Informatyka. Stacjonarne. Praktyczny. Wszystkie specjalności

Nazwa przedmiotu: MODELOWANIE I ANALIZA SYSTEMÓW INFORMATYCZNYCH. Modeling and analysis of computer systems Forma studiów: Stacjonarne

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Odniesienie do kierunkowych efektów kształcenia Zna podstawowe możliwości pakietu Matlab

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

PRZEWODNIK PO PRZEDMIOCIE

Niepełnosprawność intelektualna

Informatyka I stopień (I stopień / II stopień) ogólnoakademicki (ogólno akademicki / praktyczny)

Nowoczesne metody nauczania przedmiotów ścisłych

Analiza Algebra Podstawy programowania strukturalnego. Podstawowe wiadomości o funkcjach Podstawowe wiadomości o macierzach Podstawy programowania

Transkrypt:

CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1

PRACOWNIA INFORMATYCZNA PROWADZĄCY: Dr Magda Mielczarek (biolog) Katedra Genetyki, pokój nr 21 magda.mielczarek@upwr.edu.pl tel: 71-320-57-52 KONSULTACJE: Wtorek + czwartek (proszę o kontakt e-mailowy) PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 2

THETA.EDU.PL Teaching Kontakt SKN Bioinformatyków PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 3

# PROJEKT 1 Unravelling the Genetic Background of Clinical Mastitis in Cattle Using Whole Genome Sequence ANALIZA SEKWENCJI DNA CAŁEGO GENOMU Technologia NGS (Next Generation Sequencing) Sekwencje DNA całego genomu 32 krów: 16 osobników podatnych na zapalenie wymienia 16 osobników zdrowych PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 4

# PROJEKT 1 Unravelling the Genetic Background of Clinical Mastitis in Cattle Using Whole Genome Sequence ANALIZA SEKWENCJI DNA CAŁEGO GENOMU Detekcja polimorfizmów genetycznych: SNP CNV Znalezienie powiązania tymi pomiędzy polimorfizmami a zapaleniem wymienia PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 5

# PROJEKT 1 6000000 Liczba SNP w genomie 5000000 4000000 3000000 2000000 1000000 0 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 6

# PROJEKT 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 7

# PROJEKT 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 8

# PROJEKT 2 Impact of CNV on gene expression ANALIZA SEKWENCJI DNA CAŁEGO GENOMU Technologia NGS (Next Generation Sequencing) Sekwencje DNA i RNA 1 osobnika Duroc x Pietrain DNA-seq (genom) RNA-seq: (transkryptom), tkanki: tłuszcz, wątroba, miesień CELE Detekcja i funkcjonalna adnotacja CNV Kwantyfikacja ( zmierzenie ) ekspresji genów Zbadanie wpływu CNV na ekspresję PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK

# PROJEKT 2 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK

# PROJEKT 2 40 20 # deletions = 420 272 (65%) 148 (35%) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 X Y transcripts intergenic # duplications = 304 40 20 148 (49%) 156 (51%) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 X Y transcripts intergenic MAGDA MIELCZAREK

# PROJEKT 2 delecje min: 500 max: 133 700 średnia: 7 047 duplikacje min: 1 300 max: 520 000 średnia: 26 984 12

# PROJEKT 2 DELECJE GO - KEGG QTL - - DUPLIKACJE GO (+/-) sensory perception of smell (+) G-protein receptor (+) cellular metabolic processes (-) regulation of metabolic processes (-) KEGG (+) pathways of lipid metabolism class olfactory transduction inflammatory mediator regulation carcinogenesis QTL production traits and the meat quality skeletal system and bone structure immune system and others

ekspresja # PROJEKT 2 Wpływ wielkości delecji (% zajętego transkryptu) na ekspresję wątroba r=4.2654 10-5 p=0.4956 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 tłuszcz r=0.0001 p=0.4866 mięsień r=-0.002 p=0.6937 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 0 20 40 60 80 100 % usuniętego transkryptu 0 20 14 40 MAGDA MIELCZAREK 60 80 100

ekspresja # PROJEKT 2 Wpływ wielkości duplikacji (% zajętego transkryptu) na ekspresję wątroba r=-0.0024 p=0.6894 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 tłuszcz r=0.0055 p=0.1296 mięsień r=0.0054 p=0.1347 0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80 100 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 0 20 40 60 80 100 % zduplikowanego transkryptu 0 20 40 60 80 100 15 15 MAGDA MIELCZAREK

# PRZECHOWYWANIE I PRZETWARZANIE DANYCH 1 genom surowe dane pliki pośrednie pliki końcowe 8 TB 7 TB 50 GB + dane dodatkowe PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK

# PRZECHOWYWANIE I PRZETWARZANIE DANYCH przyrównanie; 8 rdzeni; 25 GB (genom) obliczenia równoległe- przyspieszenie obliczeń ~ 20 GB max 24 rdzenie czas analiz wszystkich genomów tygodnie? PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK

# DLACZEGO BASH? Praca na klastrach obliczeniowych Brak GUI W praktyce przetwarzanie i przechowywanie danych biologicznych nie byłoby możliwe bez komputerów o dużej mocy obliczeniowej i o dużych zasobach pamięci dyskowej Środowisko programistyczne Szybkie przetwarzanie danych Pisanie własnych skryptów Implementacja programów Wiele programów dostępnych jedynie pod Linuxa PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 18

# PRZECHOWYWANIE I PRZETWARZANIE DANYCH PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK

STUDENCI # DLACZEGO BASH? Bioinformatyka i inne nauki ścisłe! praca na klastrach obliczeniowych oferty pracy z fizyki i z chemii Informatyka środowisko programistyczne PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 20

PRACOWNIA INFORMATYCZNA # ORGANIZACJA ZAJĘĆ Pracownia: PRACA SAMODZIELNA (!) Na zajęciach W domu listy zadań mini wykłady PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 21

PRACOWNIA INFORMATYCZNA # ZASADY ZALECZENIA Obecność Zaliczenie: aktywność na zajęciach PRACA SAMODZIELNA (!) kolokwium napisanie prostego kodu i wyjaśnienie go nie ma możliwości korzystania z Internetu nie ma możliwości poprawy kolokwium PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 22

PRACOWNIA INFORMATYCZNA # TEMATYKA Biologiczne bazy danych Formaty danych Podstawowe narzędzia bash Przetwarzanie danych biologicznych Edytor tekstowy vim PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 23

PROJEKT: BIOLOGIA SYNTETYCZNA praca zespołowa praca samodzielna zespół będzie posiadał różne kompetencje (od biologii molekularnej, bioinformatyki, po design, marketing, itp...). uczestnicy z MIT, Harvard, ICL, itp. igem odbywa się w Bostonie, gdzie prezentuje się wyniki przeprowadzonych badań (j. angielski) PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 24