Załącznik do Zarządzenia Nr 32/2017. Wydział Lekarsko-Biotechnologiczny i Medycyny Laboratoryjnej (WLBiML) Wydział PUM

Transkrypt

1 S Y L A B U S M O D U Ł U ( P R Z E D M I O T U ) I n f o r m a c j e o g ó l n e Nazwa modułu Rodzaj modułu/przedmiotu Wydział PUM Kierunek studiów DIAGNOSTYKA MIKROBIOLOGICZNA Obowiązkowy Wydział Lekarsko-Biotechnologiczny i Medycyny Laboratoryjnej (WLBiML) Analityka Medyczna (KAM) Specjalność Poziom studiów Forma studiów Rok, semestr studiów np. rok 1, semestr (I i II) Liczba przypisanych punktów ECTS (z rozbiciem na semestry ) Formy prowadzenia zajęć Forma zaliczenia Kierownik jednostki Osoby prowadzące zajęcia z zaznaczeniem adiunkta dydaktycznego lub osoby odpowiedzialnej za przedmiot Strona internetowa jednostki Język prowadzenia zajęć nie dotyczy jednolite magisterskie X * I stopnia II stopnia stacjonarne Rok 2, semestr (I i II) 3 ECTS I semestr 3 ECTS 2 semestr Razem 13ETCS wykłady/ćwiczenia laboratoryjne 150 h Wykłady: 30h (I semestr: 15h, II semestr: 15h) Ćwiczenia: 120h (I semestr: 60h, II semestr: 60h) - egzamin końcowy: opisowy X testowy X praktyczny ustny Prof. dr. hab. n. med. Barbara Dołęgowska dr n. med. Magdalena Mnichowska-Polanowska (rumianek1978@wp.pl)- odpowiedzialna za przedmiot dr n. med. Katarzyna Galant (kasieg231@wp.pl) dr n. med. Helena Masiuk (h.masiuk@op.pl) mgr Agata Pruss (agata.pruss@pum.edu.pl) mgr Natalia Marczuk (n.marczuk03@yahoo.pl) polski *zaznaczyć odpowiednio, zmieniając na X 1

2 Informacje szczegółowe Podstawowym celem nauczania przedmiotu jest przekazanie studentom analityki medycznej wiedzy z zakresu mikrobiologii ogólnej i diagnostyki mikrobiologicznej. Cele modułu/przedmiotu Szczegółowym celem jest zapoznanie studenta z: 1) właściwościami biologicznymi bakterii, wirusów i grzybów 2) znaczeniem mikrobioty człowieka w kontekście zdrowia i choroby 2) zasadami i metodami stosowanymi w diagnostyce mikrobiologicznej zakażeń bakteryjnych, wirusowych i grzybiczych 3) patogenezą, epidemiologią i podstawami chemioterapii zakażeń 4) problemem lekooporności i metodami niszczenia drobnoustrojów Wymagania wstępne w zakresie Wiedzy Umiejętności Kompetencji społecznych Celem przedmiotu jest również wykształcenie u studenta praktycznych umiejętności: 1) wykrywania zakażeń o etiologii bakteryjnej, wirusowej i grzybiczej w zakresie pobierania materiału biologicznego, transportu i opracowania w laboratorium mikrobiologicznym 2) interpretowania wyników badań mikrobiologicznych 3) rozpoznawania błędów przed- i wewnątrzlaboratoryjnych Znajomość podstawowych zasad BHP. Znajomość podstaw budowy komórki prokariotycznej i eukariotycznej. Zna budowę ciała ludzkiego w podejściu czynnościowym Obsługa podstawowego sprzętu laboratoryjnego Obsługa mikroskopu optycznego z wykorzystaniem immersji Nawyk samokształcenia i umiejętność pracy w zespole Opis efektów kształcenia dla modułu (przedmiotu) W01 W02 W03 W04 W05 W06 lp. efektu kształcenia Student, który zaliczył moduł (przedmiot) wie/umie/potrafi: zna morfologię i fizjologię drobnoustrojów, ich metabolizm i wymagania wzrostowe, zna czynniki chorobotwórczości drobnoustrojów i związki wzajemne między mikroorganizmem a gospodarzem. zna podstawy genetyki bakterii zna ogólne zasady klasyfikacji wirusów, bakterii, grzybów oraz najczęstsze drobnoustroje wywołujące zakażenia poszczególnych układów i narządów zna zasady diagnostyki poszczególnych drobnoustrojów (metody hodowlane, serologiczne, genetyczne), w tym zasady doboru odpowiednich podłóż i metod diagnostycznych do identyfikacji drobnoustrojów zna metody i techniki badawcze stosowane w mikrobiologii oraz zasady wykonywania badań laboratoryjnych przy użyciu metod manualnych i technik zautomatyzowanych zna wybrane choroby zakaźne, ich symptomatologię i etiopatogenezę oraz podstawy epidemiologii zakażeń drobnoustrojami zna cel i znaczenie badań mikrobiologicznych, ich rodzaje i SYMBOL (odniesienie do) Zakładanych Efektów Kształcenia F.W15 F.W15 F.W16 G.W2 A.W5 C.W11 D.W2 E.W25 E.W26 Sposób weryfikacji efektów kształcenia* ET W ET W PM 2

3 W07 W08 W09 W10 W11 W12 W13 charakterystykę; zna schematy i algorytmy stosowane w zależności od rodzaju badania mikrobiologicznego oraz zalecane testy specjalistyczne w zakresie mikrobiologii zna rodzaje i charakterystykę materiału biologicznego wykorzystywanego do badań mikrobiologicznych zna zasady i techniki pobierania, transportu i przechowywania materiału biologicznego, w tym krwi, moczu, kału, płynów ustrojowych oraz wymazów, popłuczyn i zeskrobin przeznaczonych do badań mikrobiologicznych zna wpływ czynników przedlaboratoryjnych, laboratoryjnych i pozalaboratoryjnych na wiarygodność (jakość) wyników badań mikrobiologicznych zna zasady komunikowania interpersonalnego w relacjach diagnosta odbiorca wyniku zna zasady interpretacji wyników badań laboratoryjnych w celu zróżnicowania stanów fizjologicznych i patologicznych zna, rozumie i potrafi wyjaśnić mechanizmy działania poszczególnych grup antybiotyków i chemioterapeutyków; wskazania, przeciwwskazania i ogólne działania niepożądane leków przeciwdrobnoustrojowych. zna podstawowe zasady chemioterapii zakażeń i rozumie genetyczne mechanizmy nabywania oporności drobnoustrojów na antybiotyki F.W6 F.W7 F.W8 D.W9 D.W10 F.W2 D.W13 E.W27 A.W11 A.W12 E.W13 ET W W14 U01 U02 U03 U04 U05 zna metody dekontaminacji stosowane w laboratorium i w środowisku szpitalnym Potrafi przygotować preparaty mikroskopowe (preparat bezpośredni, z hodowli, przyżyciowy, barwiony) i posługiwać się technikami mikroskopowania pozwalającymi na ich ocenę Zna techniki posiewów z wykorzystaniem podłoży bakteriologicznych. potrafi posługiwać się prostym sprzętem i aparaturą medyczną w celu wykrywania i identyfikacji drobnoustrojów potrafi posługiwać się instrukcjami do zestawów diagnostycznych, rekomendacjami w celach odczytu i interpretacji wyników badania umie zaplanować schemat badania mikrobiologicznego z uwzględnieniem metod mikroskopowych, hodowlanych, biochemicznych, serologicznych, dobierać i wykonywać testy diagnostyczne w celu uzyskania wiarygodnych wyników potrafi uzyskiwać wiarygodne wyniki jakościowych i ilościowych badań mikrobiologicznych oraz zinterpretować uzyskane wyniki znając przyczyny wyniku fałszywie dodatniego lub fałszywie nie opisano w EKK E.U2 F.U13 F.U6 A.U7 E.U17 F.U12 E.U14 F.U10 EPR PS W SL 3

4 Wykład Seminarium Ćwiczenia Ćwiczenia kliniczne inne. Załącznik U06 U07 U08 U09 U10 K01 K02 K03 K04 K05 K06 K07 ujemnego potrafi wyjaśniać pacjentowi lub zleceniodawcy wpływ czynników przedlaboratoryjnych na jakość wyniku, w tym konieczność powtórzenia badania potrafi poinstruować pacjenta przed pobraniem materiału biologicznego do badań mikrobiologicznych potrafi pobierać materiał biologiczny do badań, stosując podstawowe zasady bezpieczeństwa i higieny pracy w laboratorium mikrobiologicznym potrafi oceniać przydatność materiału biologicznego do badań mikrobiologicznych, przechowywać go i przygotowywać do analizy, kierując się zasadami Dobrej Praktyki Laboratoryjnej potrafi przypisywać leki do poszczególnych grup leków oraz określać główne mechanizmy ich działania, potrafi wyjaśniać wpływ leków na wyniki badan mikrobiologicznych potrafi stosować metody oznaczania wrażliwości drobnoustrojów na antybiotyki i chemioterapeutyki oraz stosować metody wykrywania oporności drobnoustrojów na antybiotyki i chemioterapeutyki jest świadomy konieczności stałego dokształcania się potrafi wyciągać i formułować wnioski z własnych pomiarów i obserwacji dąży do korzystania z obiektywnych źródeł informacji naukowej ma świadomość własnej roli zawodowej, wykazuje szacunek do pracy własnej i innych ludzi oraz dba o powierzony sprzęt rozumie ważność działań zespołowych i potrafi brać odpowiedzialność za wyniki wspólnych działań potrafi komunikować się z odbiorcami wyników badań laboratoryjnych potrafi wyciągać i formułować wnioski z własnej pracy F.U1 F.U2 F.U3 F.U4 A.U17 A.U18 F.U13 F.U14 A.K1 B.K1 B.K2 D.K1 E.K2 F.K1 G.K1 EPR PS W PS, S PS, S, SL PS, PM, O S,O S, SL S, SL PM, S, PS, SL Tabela efektów kształcenia dla modułu (przedmiotu) w odniesieniu do form zajęć l.p. SYMBOL (odniesienie do) Zakładanych Efektów Kształcenia Forma zajęć dydaktycznych W01 F.W15 X X W02 F.W15 X X W03 F.W16 X X W04 G.W2; A.W5 X X W05 C.W11; D.W2 X X 4

5 W06 E.W25; E.W26 X X W07 F.W6 X X W08 F.W7; F.W8 X X W09 D.W9; D.W10; F.W2 X X W10 D.W13 X X W11 E.W27 X X W12 A.W11; A.W12 X X W13 E.W13 X X W14 nie opisano w EKK X X U01 E.U2 X U02 F.U13 X U03 F.U6 X U04 A.U7; E.U17; F.U12 X U05 E.U14; F.U10 X X U06 F.U1; F.U2 X U07 F.U3 X U08 F.U4 X X U09 A.U17; A.U18 X U10 F.U13; F.U14 X X K01 A.K1 X K02 B.K1 X K03 B.K2 X K04 D.K1 X K05 E.K2 X K06 F.K1 X K07 G.K1 X lp. treści kształc enia TK01 TK02 Opis treści kształcenia Wykład 1. Podstawy bakteriologii Morfologia komórki bakteryjnej. Funkcje poszczególnych elementów budowy komórki. Morfologia ściany komórkowej prątka. Drobnoustroje z defektywną ścianą komórkową. Metody badania morfologii bakterii z wykorzystaniem technik mikroskopowych. Metody barwienia: barwienie pozytywne proste i złożone, barwienie negatywne, pozytywno-negatywne, barwienie specjalne (metoda Grama, Ziehl-Neelsena, Neissera, Giemsy, Lőfflera). Zastosowanie różnych typów mikroskopów w mikrobiologii. Binominalne nazewnictwo i systematyka bakterii. Zasady klasyfikacji bakterii: ziarniaki, pałeczki, laseczki, bakterie Gram-dodatnie i Gram-ujemne: Riketsje. Chlamydie. Ćwiczenie 1: Podstawy bakteriologii P1a. Omówienie zasad BHP obowiązujących w pracowni mikrobiologicznej. Ćwiczenie techniki higienicznego mycia rąk.. Wykonanie i oglądanie preparatów przyżyciowych oraz preparatów barwionych z hodowli płynnej i hodowli stałej wybranymi metodami: Grama, Ziehl - Neelsena, Lőfflera, Neissera, pozytywnonegatywną. Oglądanie przykładowych preparatów bezpośrednich z ropy, plwociny, krwi, z wymazu z pochwy. Badanie ruchu bakterii posiew na podłoża półpłynne i stałe. P1b. Sprawdzian wiedzy z zakresu P1,W1 Omówienie podstawowych zasad techniki mikroskopii immersyjnej Ocena mikroskopowa preparatów wykonanych na P1a z wykorzystaniem techniki mikroskopii immersyjnej. Mikroskopowa identyfikacja bakterii w preparatach własnych ocena wielkości, kształtu i barwliwości bakterii oraz techniki barwienia. Różnicowanie bakterii w preparatach własnych i pokazowych Odczytanie zdolności ruchu bakterii. TK03 Wykład 2. Metody hodowli i identyfikacji bakterii ilość godzin P1a -4h P1b-4h Odniesienie do efektów kształcenia dla modułu W01, W02 U01, K02. K04, K05 5

6 TK04 TK05 TK06 Fizjologia i metabolizm drobnoustrojów. Skład chemiczny komórki bakteryjnej. Wymagania wzrostowe drobnoustrojów. Metody hodowli różnych grup bakterii: bezkomórkowe podłoża sztuczne, namnażanie w hodowlach komórkowych, żywych komórkach (riketsje i chlamydie, prątek trądu). Klasyfikacja podłóż do hodowli drobnoustrojów podział ze względu na skład chemiczny, zawartość składników odżywczych, zastosowanie. Kontrola jakości podłoży mikrobiologicznych. Różnicowanie bakterii z wykorzystaniem rodzaju wzrostu na podłożach płynnych, charakterystyki wzrostu na podłożach stałych, wymagań wzrostowych. Sposoby hodowli bakterii mikroaerofilnych, kapnofilnych i beztlenowych 2. Metody identyfikacji bakterii. Rozmnażanie drobnoustrojów cykl komórkowy bakterii, wykładnicze tempo wzrostu, kinetyka wzrostu bakterii, szybkość wzrostu poszczególnych drobnoustrojów na podłożach sztucznych Ćwiczenie 2. Metody hodowli i identyfikacji bakterii P2a. Sprawdzian wiedzy z zakresu T2, P2, W2. Zasady przygotowywania podłoży sztucznych - demonstracja szkła i pożywek Omówienie wykorzystanie podłoży w rutynowej diagnostyce mikrobiologicznej. Przegląd różnorodnych podłoży do hodowli drobnoustrojów przed posiewem i po posiewie.ocena makroskopowa wzrostu bakterii na podłożach stałych i płynnych Demonstracja narzędzi/zestawów do hodowli bakterii beztlenowych. Ćwiczenie techniki posiewu redukcyjnego przez posiew bakterii na podłoża stałe.wykonanie prostych testów biochemicznych. Wykonanie szeregu biochemicznego API Przygotowanie próbek do identyfikacji systemem automatycznym Vitek2 Compact P2b. Wykonanie prostych testów biochemicznych dla bakterii wyrosłych w posiewach (P2a)Odczytanie testów z P2a. Odczytanie szeregu biochemicznego API metodą manualną. Odczyt raportu z automatycznego systemu identyfikacyjnego VITEK 2 Compact. Identyfikacja mykoplaz odczyt testów Mycoplasma Duo; Mycoplasma IT 2. Identyfikacja drobnoustrojów na podłożach chromogennych. Wykład 3. Podstawy mykologii. Charakterystyka, diagnostyka i chemioterapia zakażeń grzybiczych Morfologia komórki grzybiczej (eukariotycznej). Podstawowe cechy różnicujące komórkę Procaryota i Eucaryota. Praktyczna klasyfikacja grzybów grzyby drożdżopodobne (Candida, Cryptococcus, Malassezia, Trichosporon, Geotrichum), grzyby pleśniowe (Aspergillus, Penicillium), dermatofity (Trichophyton, Microsporum, Epidermophyton), grzyby dimorficzne (Blastomyces, Histoplasma); znajomość najważniejszych rodzajów i gatunków w każdej grupie. Występowanie grzybów w mikrobiocie człowieka. Czynniki jatrogenne i niejatrogenne predysponujące do rozwoju grzybic. Zakażenia wywoływane przez najważniejsze rodzaje grzybów (Candida, Cryptococcus, Malassezia, Aspergillus, dermatofity, grzyby dimorficzne). Charakterystyka zakażeń grzybiczych. Cel i znaczenie badania mykologicznego. Ogólne wskazania i zasady diagnostyki mykologicznej Schemat badania mykologicznego. Diagnostyka serologiczna inwazyjnych grzybic, metody genetyczne, testy skórne. Punkty uchwytu dla leków przeciwgrzybiczych w komórce grzyba. Podstawowe grupy leków przeciwgrzybiczych; zastosowanie poszczególnych grup leków. Mykotoksyny. Odporność w zakażeniach grzybiczych. Ćwiczenie 3 P3a. Podstawy mykologii Sprawdzian wiedzy z zakresu P3a, W3(podstawy mykologii) Ocena morfologii kolonii grzybów drożdżopodobnych i pleśniowych na podłożu Sabourauda. Ocena morfologii grzybów pleśniowych w hodowli szkiełkowej. Ocena morfologii strzępek grzybów pleśniowych i dermatofitów w preparatach barwionych laktofenolem. Wykonanie preparatu barwionego met. Grama z grzybów Candida spp. wyrosłych na podłożu Sabourauda. Obserwacja morfologii dermatofitów na podłożu zabarwienie rewersu i awersu. Wykonanie testów identyfikujących grzyby: test filamentacji, Candifast i Vitek YST P3b. Diagnostyka zakażeń grzybiczych. Sprawdzian wiedzy z zakresu P3b, W3( charakterystyka zakażeń grzybiczych, diagnostyka i chemioterapia). Obserwacja preparatów bezpośrednich od pacjentów z kandozą. Odczyt testu filamentacji. Odczyt testu Candifast identyfikacja gatunku grzyba. Odczyt raportu z identyfikacji automatycznej grzybów systemem Vitek 2 Comapact. Omówienie zasad badania lekowrażliwości grzybów. Odczyt lekowrażliwości grzybów drożdżopodobnych metodą Candifast i E-test. Demonstracja testu do oznaczania antygenów rozpuszczalnych Mn i Gm w surowicy pacjenta metodą ELISA. Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis P2a -4h P2b- 4h P3a- 4h P3b-4h W03, W04 U02, U03, K02, K04, K05 W01-W08 U01-U04, U09, K02, K04, K05 6

7 TK07 TK08 TK09 TK10 TK11 jirovecii metodą real-time PCR w materiale z dróg oddechowych. Wykład 4. Podstawy wirusologii. Charakterystyka, diagnostyka i chemioterapia zakażeń wirusowych. Charakterystyka wirusów. Właściwości i udział poszczególnych struktur wirusów w patomechanizmie zakażenia oraz w diagnostyce wirusów. Fazy replikacji wirusów, wpływ typu replikacji na przebieg zakażenia wirusowego. Definicje: wirion, wirus defektywny, tropizm, latencja wirusa. Bakteriofagi, mykofagi. Liza i lizogenia. Priony. Metody hodowli wirusów. Hodowle komórkowe stosowane do namnażania wirusów. Metody wykrywania namnożonych wirusów w komórkach i hodowlach komórkowych. Przykłady wirusów wykrywanych omawianymi metodami.klasyfikacja wirusów. Charakterystyka zakażeń wirusowych. Cel i znaczenie badania wirusologicznego. Ogólne wskazania i zasady diagnostyki wirusologicznej. Opracowanie materiału w pracowni wirusologicznej. Metody bezpośrednie wykrywania wirusów. Metody pośrednie wykrywania wirusów. Zastosowanie metod wykrywania na konkretnych przykładach wirusów Zastosowanie biologii molekularnej w diagnostyce wirusologicznej. Epidemiologia i diagnostyka zakażeń WZW, HIV, grypy, wścieklizny. Podstawowe grupy leków przeciwwirusowych. Odporność w zakażeniach wirusowych. Ćwiczenie 4 P4a. Podstawy wirusologii. Sprawdzian wiedzy z zakresu P4a, W4 (podstawy wirusologii) Film. HPV, HBV. Omówienie zasad i demonstracja narzędzi do prowadzenia hodowli komórkowych. Demonstracja przykładowych efektów cytopatycznych: łysinki, komórki syncytialne, wakuolizacja komórek. Wykrywanie wirusów odczynem hemaglutynacji szkiełkowej. Ustalenie miana wirusa za pomocą odczynu hemaglutynacji probówkowej. Wykonanie i odczyt testu immunochromatograficznego na obecność wirusa grypy typu A-i B. P4b. Diagnostyka zakażeń wirusowych. Sprawdzian wiedzy z zakresu P4b, W4 (charakterystyka zakażeń wirusowych, diagnostyka i chemioterapia).film: Zakażenia HIV. Wykrycie swoistych przeciwciał przeciw grypie, odrze, śwince odczynem zahamowania hemaglutynacji. Wykrycie HBsAg metodą ELISA. Wykrycie DNA wirusa CMV i BK w surowicy pacjenta za pomocą metody Realtime PCR. Analiza fazy zakażenia wirusowego na podstawie wyników oznaczania swoistych przeciwciał klasy IgM i IgG przeciwko wirusowi EBV z użyciem technologii Luminex Map. Genotypowanie wirusa HPV metodą hybrydyzacji in situ Wykład 5a. Podstawy diagnostyki zakażeń bakteryjnych Cel i znaczenie badania bakteriologicznego. Zasady pobierania, przechowywania i transportu materiałów do badań bakteriologicznych. Wypełnienie skierowania na badanie bakteriologiczne. Etapy badania bakteriologicznego. Opracowanie materiału w pracowni bakteriologicznej. Błędy przedlaboratoryjne, błędy laboratoryjne i ich wpływ na jakość wyniku i konieczność powtórzenia badania. Interpretacja wyniku badania bakteriologicznego. Diagnostyka bezpośrednia (hodowla, genetyka), pośrednia (badanie serologiczne). Współpraca między mikrobiologiem a odbiorcą wyniku (lekarzem). Ćwiczenie 5 P5a Podstawy diagnostyki zakażeń bakteryjnych Sprawdzian wiedzy z zakresu P5a, W5 (podstawy diagnostyki zakażeń bakteryjnych). Demonstracja wymazówek, podłoży transportowych, podłoży płynnych do hodowli materiałów jałowych i innych narzędzi do pobierania materiałów do badań mikrobiologicznych. Omówienie i wypełnienie skierowania na badanie bakteriologiczne. Analiza schematu badania bakteriologicznego na przykładzie ropy. Obserwacja preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych. Pobieranie wymazów z nosa, gardła, ucha, skóry oraz ich posiew na podłoża sztuczne Wykład 5b. Mikrobiota człowieka i epidemiologia zakażeń. Formy współżycia między drobnoustrojami. Współżycie drobnoustrojów z organizmem człowieka: symbioza, komensalizm, saprofityzm, oportunizm, pasożytnictwo, nosicielstwo, antybioza. Mikrobiota w ontocenozach człowieka. Znaczenie mikrobioty. Terminy związane z chorobotwórczością drobnoustrojów- P4a-4h P4b-4h 1h P5a-4h 1h W01-W08 U08, U09 W03-W04, W06-W10 U01-03, U07, K04, K05, K06 W01, W05 7

8 TK12 TK13 TK14 TK15 zakaźność, inwazyjność, toksyczność. Czynniki wirulencji drobnoustrojów. Terminy związane epidemiologią chorób infekcyjnych: adhezja, kolonizacja, kontaminacja, inwazja, ewazja, zakażenie, antroponoza, antropozoonoza, zoonoza, sapronoza, bakteriemia, sepsa, intoksykacja, zarażenie, rezerwuar zarazka, źródło zakażenia, wrota zakażenia, okres wylegania, epidemia, endemia, pandemia, współczynnik zachorowalności, wskaźniki: zapadalność, chorobowość, umieralność, śmiertelność. P5b. Mikrobiota człowieka i epidemiologia zakażeń. Sprawdzian wiedzy z zakresu P5b, W5 (mikrobiota człowieka i epidemiologia zakażeń). Analiza posiewów wykonanych z materiałów pobranych z miejsc kolonizacji człowieka (P5a). Charakterystyka wzrostu drobnoustrojów na podłożach sztucznych. Wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów. Obserwacja form współżycia drobnoustrojów z organizmem ludzkim w posiewach własnych. Demonstracja i interpretacja posiewu z mamką. Demonstracja współżycia bakterii tlenowych z bakteriami beztlenowymi. Wykład 6. Podstawy chemioterapii zakażeń bakteryjnych. Lekooporność bakterii. Ogólna charakterystyka chemioterapeutyków i antybiotyków. Grupy: beta-laktamy, aminoglikozydy, chinolony, tetracykliny, makrolidy, linkozamidy, glikopeptydy, inne. Sposób działania, zakres działania, mechanizm działania leków przeciwbakteryjnych. Uboczne działanie antybiotyków. Efekt poantybiotykowy. Metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro (antybiogram). Znaczenie kliniczne MIC i MBC. Interpretacja wrażliwości bakterii na antybiotyki - aktualne rekomendacje EUCAST. Leki aktywne wobec prątków gruźlicy, beztlenowców, bakterii atypowych. Aktualne problemy antybiotykoterapii. Mechanizmy powstawania oporności bakterii na antybiotyki - oporność naturalna, nabyta: chromosomalna (mutacje), związana z genetycznymi elementami mobilnymi (plazmidy, transpozony, fagi) - koniugacja, transdukcja, transformacja, selekcja szczepów opornych. Fenotypowa ekspresja oporności na antybiotyki - synteza enzymu degradującego, modyfikacja miejsca docelowego działania, zaburzenie barier przepuszczalności, ominięcie ogniwa zablokowanego przez enzym, wypływ antybiotyku. Mechanizmy oporności na poszczególne grupy antybiotyków i chemioterapeutyków (β-laktamy, glikopeptydy, aminoglikozydy, makrolidy, linkozaminy, streptograminy, fluorochinolony). Mechanizmy oporności występujące u klinicznie ważnych patogenów: Staphylococcus spp., Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Enterococcus, Haemophilus influenzae, E. coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas, Acinetobacter. Wskazania i zasady racjonalnej terapii: terapia empiryczna, terapia celowana, terapia deeskalacyjna. Ćwiczenie 6. P6a Sprawdzian wiedzy z zakresu P6, W6 (chemioterapia zakażeń bakteryjnych). Omówienie zasad wykonywania antybiogramów. Formularz antybiogramu. Wykonanie antybiogramu metodą dyfuzyjno-krążkową. Odczyt i interpretacja wyników antybiogramu wykonanego metodą dyfuzyjno-krążkową: określenie kategorii wrażliwości SIR (rekomendacje EUCAST). Odczyt i interpretacja wyników antybiogramu wykonanego metodą E-test: określenie wartości MIC. P6b. Odczyt własnego antybiogramu wykonanego na P6a. Odczyt lekowrażliwości prątków. Odczyt lekowrażliwości bakterii atypowych Mycoplasma/Ureaplasma testem Mycoplasma DUO. Odczyt wrażliwości bakterii beztlenowych na leki metodą E-test (oznaczenie wartości MIC). Ćwiczenie 7 P7a. Mechanizmy i metody badania lekooporności bakterii Sprawdzian wiedzy z zakresu P7a, W6 (lekooporność bakterii). Film: MRSA. Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u bakterii Gram- dodatnich: MLSB, MRSA, VISA, HLAR, VRE. Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u bakterii Gram- ujemnych: ESBL i AmpC, KPC (New Dehli), MBL. Przesiewowe wykrywanie mechanizmów oporności MRSA, VRE, ESBL z wykorzystaniem podłoży chromogennych. Wykrywanie CPE (karbapenemaz) na podłożu CARBA. Kontrola poprawności higienicznego mycia rąk poprzez wykonanie posiewów odciskowych palców rąk brudnych (przed higienicznym myciem rąk), po myciu i po dezynfekcji. Wykonanie badania czystości powietrza metoda sedymentacyjną- 30 minutowa ekspozycja podłoży agarowych. Wykonanie badania czystości powierzchni z użyciem wymazów oraz metodą odciskową z użyciem podłoży typu Count-Tact. Posiew Sporal-u na podłoże płynne P5b-4h P6a-4h P6b-4h P7a-4h U01-U03, K02, K07 W04, W12, W13 U03, U09. U10, K02, K04, K05, K07 U03, U09, U10, K02 8

9 TK16 TK17 TK20 Wykład 7. Metody dekontaminacji w środowisku szpitalnym. Sanityzacja, dezynfekcja, sterylizacja definicja, praktyczne zastosowanie. Dezynfekcja: fizyczna (termiczna: pasteryzacja, tyndalizacja, dekoktacja), chemiczna (kwasy, zasady, alkohole, aldehydy, związki chloru i jodu, pochodne fenolowe, związki utleniające, związki metali ciężkich, barwniki), promieniowanie UV. Zasady doboru preparatów dezynfekcyjnych. Sterylizacja: wysokotemperaturowa, niskotemperaturowa, promieniowanie gamma, chemiczna, mechaniczna (filtry), plazmowa. Kontrola procesu sterylizacji: wskaźniki fizyczne, chemiczne, biologiczne. Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza. Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powierzchni, sprzętu; przydatność metod w praktyce (wady i zalety). Ćwiczenie 7 P7b. Metody dekontaminacji w środowisku szpitalnym Sprawdzian wiedzy z zakresu P7b, W7. Film. Zwalczanie zakażeń szpitalnych. Omówienie zasad dezynfekcji i sterylizacji w laboratorium mikrobiologicznym. Obserwacja wskaźników chemicznych kontrolujących proces sterylizacji. Biologiczna kontrola sterylizacji interpretacja wyniku hodowli Sporal-u Kontrola poprawności higienicznego mycia rąk odczyt wyników z P7a Badanie czystości powierzchni analiza wyników posiewów na podłożu agar z krwią i podłożu typu Count-Tact, ocena jakościowa i ilościowa zanieczyszczenia powierzchni, wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów. Badanie czystości powietrza metodą sedymentacyjną- odczyt zanieczyszczenia powietrza z użyciem wzoru Omjelańskiego. Prezentacja zasady działania promieniowania UV (na podłożach sztucznych). Demonstracja aparatury do sterylizacji (filtry, autoklaw). P7b-4h Załącznik W14 U02,U07, K02 TK18 Wykład 8. Prezentacje studentów 1h K01, K03 Wykład 9. Ziarniaki TK19 (Gram-dodatnie i Gram-ujemne; tlenowe i względnie beztlenowe) 1)Występowanie, 2) cechy charakterystyczne, 3) czynniki wirulencji, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, 5) diagnostyka zakażeń, 6) leczenie zakażeń wywołanych przez ziarniaki Gram (+) dodatnie oraz ziarniaki Gram (-) ujemne. Różnicowanie ziarniaków w obrębie grupy, rodzaju i gatunku Gronkowce (Staphylococcus spp.): podział; różnicowanie (koagluaza, nowobiocyna). Paciorkowce (Streptococcus spp.): podział: hemoliza (gatunki); testy różnicujące gatunki (serotypowanie Lancefield, test z optochiną) Enterokoki (Enterococcus spp.): różnicowanie (podłoże z eskuliną, tellurynem potasu, test na ruch, krążek z IMP); Ziarniaki Gram (-) ujemne różnicowanie N. meningitidis (grupy serologiczne), Różnicowanie Neisseria sp.i Moraxella sp. (krążek z glukozą) Gatunki komensalne wśród ziarniaków. Mechanizmy wrodzonej i nabytej oporności na antybiotyki wśród Staphylococcus, Strepococcus, Enterococcus W01-W07 Ćwiczenie 8. P8a-4h P8a i P8b P8b-4h Sprawdzian wiedzy z zakresu P8, W9. Omówienie algorytmów identyfikacji wybranych ziarniaków z wykorzystaniem konspektu. Wykonanie testu katalazy. Obserwacja preparatu bezpośredniego z czyraka. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii gronkowców na podłożu zwykłym, agarze z krwią i na podłożu z mannitolem (Chapmana). Wykonanie i odczyt testów różnicujących gatunki gronkowców: clumping factor (CF), koagulaza probówkowa. Odczyt antybiogramów dla gronkowców i obserwacja szczepów PSSA, MSSA MRSA, wypisanie wyniku. Obserwacja wzrostu, morfologii kolonii oraz typu hemolizy paciorkowców na agarze z krwią. Demonstracja zestawu do serotypowania paciorkowców beta -hemolizujących (Streptokit), Wykonanie testów różnicujących gatunki paciorkowców α-hemolizujących: test z optochinę. Demonstracja testu ASO i CAMP. Odczyt antybiogramów dla paciorkowców, obserwacja szczepów PRSP, MLS B, wypisanie wyniku. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii enterokoków na agarze zwykłym, z krwią i D-Coccosel. Odczyt antybiogramów dla enterokoków, obserwacja szczepów HLAR, wypisanie wyniku. Obserwacja preparatów bezpośrednich z dwoinkami zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Demonstracja zestawu do określenia grupy serologicznej Neisseria meningitidis Odczyt testu różnicującego Moraxella od Neisseria wykorzystującego krążek z glukozą. Różnicowanie biochemiczne ziarniaków w systemie automatycznym U01-U04, U010 K02-K05 9

10 TK21 TK22 TK23 Vitek 2 Compact. Praca w grupach: wstępna identyfikacja i wykonanie antybiogramu dla nieznanego szczepu z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących.odczyt nastawionych poprzedniego dnia testów różnicujących i antybiogramów. Wykład 10. Pałeczki (Gram-ujemne i Gram-dodatnie; tlenowe/ względnie beztlenowe ) Klasyfikacja pałeczek Gram-ujemnych: 1) Pałeczki Gram (-) fermentujące glukozę, tlenowe : rodzina Enterobacteriaceae 2) Pałeczki Gram (-) fermentujące glukozę, tlenowe oksydazo-dodatnie: Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter.3) Pałeczki Gram (-) niefermentujące glukozy, tlenowe: Pseudomonas, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Burkholderia, 4) Kokopałeczki Gram (-) : Haemophilus, Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Gardnerella,, Legionella. Charakterystyka pałeczek Gram (-) ujemnych fermentujacych i niefermentujących glukozy oraz Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Haemophilus influenzae) : 1)występowanie, 2) cechy charakterystyczne, 3) czynniki wirulencji, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń,5) diagnostyka zakażeń, 6) leczenie zakażeń. Klasyfikacja pałeczek Gramdodatnich: 1)Pałeczki Gram(+) przetrwalnikujące: Bacillus (B. anthracis, B. cereus), 2) Pałeczki Gram(+) nieprzetrwalnikujące: Corynebacterium, Mycobacterium (kwasooporne), Erysipelothrix, Listeria, 3)Rozgałęzione pałeczki promieniowce: Nocardia (częściowo kwasooporne), Streptomyces, Rhodococcus, Actinomadura. Charakterystyka Mycobacterium tuberculosis, MOTT, Corynebacterium diphtheriae, Nocardia asteroides - 1)Występowanie i podział, 2) czynniki wirulencji, 3) klasyfikacja, 4) najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, 5) diagnostyka zakażeń, 6) profilaktyka, 7) leczenie zakażeń. Diagnostyka gruźlicy: pobieranie materiału, transport, opracowanie: homogenizacja, preparat bezpośredni (Ziehl-Neelsen, fluorescencja z auraminą), hodowla (Loewenstein-Jensen, Middelbrooka), identyfikacja (system Bactec 460, sondy molekularne, test niacynowy), leki przeciwprątkowe, lekooporność. Odporność i epidemiologia w gruźlicy. Ćwiczenie 9 P9a Sprawdzian wiedzy z zakresu P9, W10. Wykonanie preparatów z hodowli pałeczek Gram-ujemnych (E. coli, Pseudomonas, Salmonella, Acinetobacter). Ocena wzrostu i morfologii kolonii pałeczek Gram-ujemnych na podłożu agar z krwią, Mc Conkeya, SS, Pyocyanosel, CCDA, CIN chromogennym). Wykonanie testu oksydazy u Pseudomonas i Acinetobacter. Obserwacja wzrostu i morfologii kolonii Haemophilus na agarze czekoladowym. Wykonanie testów różnicujących dla Hemophilus sp. (API NH, krążki identyfikacyjne X i V). Różnicowanie pałeczek Gram-ujemnych na podstawie cech biochemicznych (testy proste oparte o analizę pojedynczych cech, API, Vitek 2). Wykonanie testu ureazowego dla Helicobacter pylori. Obserwacja wzrostu i morfologii maczugowców rzekomobłoniczych na agarze z krwią. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama z maczugowców rzekomobłoniczych. Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama z hodowli Nocardia na agarze zwykłym. Wykonanie preparatu z prątków saprofitycznych i barwienie metodą Ziehl-Neelsena. Obserwacja preparatów bezpośrednich z materiału klinicznego od pacjenta z gruźlicą metodą fluorescencyjną z auraminą. Obserwacja wzrostu i morfologii prątków na podłożu Loevensteina-Jensena. Demonstracja sposobów oznaczania lekowrażliwości prątków. Wykrywanie prątków metodą PCR (analiza wyników badań). Praca w parach: wstępna identyfikacja i wykonanie antybiogramu dla nieznanego szczepu z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących. P9b. Film: Trąd. Odczyt testów biochemicznych wykonanych dla różnych pałeczek. Odczyt antybiogramów wykonanych dla pałeczek, wypisanie wyniku. Oznaczanie przeciwciał przeciwko Bordetella pertussis (analiza wyników). Wykonanie preparatów i posiewów z płytki nazębnej, kieszonki dziąsłowej, zmian skórnych na twarzy w kierunku beztlenowców. Ćwiczenie 10. P10a Zakażenia odzwierzęce antropozoonozy. Prezentacje własne studentów. Schemat prezentacji:1) czynnik etiologiczny choroby i 2) jego czynniki wirulencji, 3) postaci kliniczne zakażenia, 4)specyfika diagnostyki w poszczególnych schorzeniach: 4a) hodowla (preparat bezpośredni, odpowiednie podłoża, P9a-4h P9b-4h P10a-4h W01-W07 U01-U04, U010 K02-K05 W05-W06 K01-K03 10

11 identyfikacja, wrażliwość na leki), 4b) badania serologiczne; 5) epidemiologia, 6) profilaktyka. Charakterystyka następujących antropozoonoz wg. schematu prezentacji: bruceloza, tularemia, dżuma, jersiniozy, pastereloza, listerioz, różyca, leptospirozy (choroba Weila,gorączka błotna), borelioza z Lyme, dur powrotny, choroba kociego pazura, goraczka Q, riketsjozy - dur plamisty oraz inne gorączki, erlichioza, papuzica, wąglik. Wykrywanie Borrelia burgdorferi metodą IIF, ELISA i Western-blot/Immunoblot. Wykład 11. Beztlenowce Ziarniaki Gram-dodatnie beztlenowe. Ziarniaki Gram-ujemne beztlenowe. Pałeczki Gram-ujemne nieprzetrwalnikujące beztlenowe. Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące beztlenowe; pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące (laseczki).występowanie bakterii beztlenowych w mikrobiocie człowieka. Zakażenia wywołane przez beztlenowce: czynniki predysponujące, czynniki warunkujące chorobotwórczość, postacie kliniczne zakażeń beztlenowcami, wskazania do badania w kierunku beztlenowców, rodzaje materiałów. Zasady diagnostyki mikrobiologicznej w kierunku beztlenowców: zasady TK24 pobierania materiałów i ich transportu, ocena preparatu bezpośredniego barwionego metodą Grama, posiewy na odpowiednie podłoża w warunkach beztlenowych (agar Schaedlera), ocena tolerancji tlenu (równoległy przesiew na podłoża tlenowe i beztlenowe), identyfikacja biochemiczna, lekowrażliwość beztlenowców (agar Brucella, E-test). Wskazówki informujące mikrobiologa o występowaniu beztlenowców. Charakterystyka zakażeń wywoływanych przez beztlenowe promieniowce Actinomyces israeli oraz przez laseczki Clostridium (C. tetani, C. difficile, C. botulinum, C. perfringens i inne) chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia, leczenie. P10b. Diagnostyka zakażeń wywołanych przez bakterie beztlenowe Sprawdzian wiedzy z zakresu P10b, W11. Film: Podstawowe metody hodowli beztlenowców. Barwienie preparatów bezpośrednich z płytki nazębnej, kieszonki dziąsłowej, zmian skórnych wykonanych na ćwiczeniu P9b. Wykonanie przesiewów w tym testu tolerancji tlenu na agarze krwawym dla wybranych kolonii, wykonanie preparatów oraz identyfikacji biochemicznej z wybranych TK25 kolonii (w celu wyizolowania bakterii beztlenowych- konsultacja z asystentem). Obserwacja hodowli z bakteriami beztlenowymi (charakterystyczny zapach). Wykonanie preparatów z hodowli Actinomyces i laseczek Clostridium. Wykonanie preparatów z hodowli Propionibacterium acnes ze zmiany trądzikowej. Różnicowanie biochemiczne nieznanych szczepów bakterii beztlenowych (API, VITEK 2 Compact). Odczyt antybiogramu dla bakterii beztlenowych, wypisanie wyniku. Na ćwiczenie P11a należy pobrać świeży lub maksymalnie 24h kał do pojemnika na kał TK26 Wykład 12. Zatrucia pokarmowe i zakażenia i układu pokarmowego charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie Mikrobiota przewodu pokarmowego człowieka. Miejscowe mechanizmy obronne w przewodzie pokarmowym. Czynniki etiologiczne, postacie kliniczne, epidemiologia, leczenie zakażeń przewodu pokarmowego i zatruć pokarmowych. Zasady badań mikrobiologicznych w chorobach przewodu pokarmowego: 1) badanie kału i wymazów z odbytu na podłożach wybiórczo-różnicujących, badanie biochemiczne, typowanie serologiczne, typowanie fagowe; 2) posiew krwi, moczu, żółci, kału, odczyny serologiczne (dur i paradury); 3) wykrycie toksyn (Cl.botulinum, Cl. difficile, S aureus); 4) wykrycie antygenu w kale (Rota-, Adeno-, Norovirus ); Profilaktyka zakażeń jelitowych: badanie nosicielstwa Salmonella, Shigella, badanie stopnia zanieczyszczenia wody miano coli. P10b-4h W01-W04, W07-W09 U01-U04, U010 K02, K04 W05-W11, TK27 Ćwiczenia 11. Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń układu pokarmowego P11a. Sprawdzian wiedzy z zakresu P11, W12. Analiza własnych przesiewów wykonanych na P10b - równoległa analiza preparatu, odczyt wyniku identyfikacji oraz odczyt kontroli wzrostu na agarze krwawym w warunkach tlenowych. Wykonanie posiewu z własnego kału lub z wymazu z odbytu na podłoża bakteriologiczne (SF, agar krwawy, McConkey, SS, CIN) stosowane w diagnostyce zakażeń przewodu pokarmowego. Wykrycie antygenów rotawirusów i adenowirusów w kale.obserwacja testu wykrywającego norowirusy. P11a-4h P11b-4h U04-U06, U08, K02, K04, K06 11

12 TK 28 TK29 Obserwacja wzrostu Salmonella sp. na podłożu McConkey, SS.Obserwacja wzrostu Yersinia spp na podłożu McConkey,CIN. Obserwacja dodatnich posiewów w kierunku Campylobacter sp. na podłożu CCDA. Wykonanie prostych testów biochemicznych (indol, malonian) dla bakterii laktozo-dodatnich na podłożu McConkeya. Serotypowanie E coli w celu wykrycia patotypów. P11b. Analiza własnych posiewów wykonanych z kału /z wymazu z odbytu na P11a (nastawienie odpowiednich testów w celu identyfikacji bakterii). Ocena wykonanych testów wykonanych na P11a. Odczyt odczynu Widala. Diagnostyka Clostridium difficile (wykrywanie dehydrogenazy glutaminianowej, wykrycie toksyny A/B oraz szczepu hiperwirulentnego). Diagnostyka Helicobacter pylori (wykrywanie antygenu w kale testem immunochromatograficznym, oznaczanie przeciwciał z klasy IgG przeciwko Helicobacter pylori metodą IIF oraz testem Immunoblot/Westernblot) analiza wyników. Ocena stopnia zanieczyszczenia wody (demonstracja). Wykład 13. Zakażenia dróg oddechowych i oka charakterystyka, diagnostyka i leczenie Mikrobiota poszczególnych odcinków układu oddechowego. Miejscowe mechanizmy obronne w układzie oddechowym. Czynniki etiologiczne i najczęstsze postaci kliniczne zakażeń górnych (URTI) i dolnych (LRTI) dróg oddechowych. Drobnoustroje wywołujące atypowe zapalenia płuc: Mycoplasma, Chlamydia, Legionella, Coxiella. Pozaszpitalne i szpitalne zakażenia układu oddechowego. Zasady diagnostyki zakażeń układu oddechowego (posiewy, badania serologiczne, wykrycie antygenu) i leczenia zakażeń układu oddechowego. Chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia zakażeń wywołanych przez Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis. Zakażenia oka zakażenia wirusowe, grzybicze, bakteryjne, postaci kliniczne, zasady diagnostyki i leczenia. Ćwiczenie 12 Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń dróg oddechowych i oka P12a Sprawdzian wiedzy z zakresu P12, W13. Wykonanie preparatów bezpośrednich i posiewów z materiałów pochodzących z górnych dróg oddechowych. Analiza porównawcza preparatów bezpośrednich z plwociny i śliny Analiza posiewów z różnych materiałów klinicznych pochodzących z dróg oddechowych - obserwacja wzrostu dla Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. Przypomnienie zasad różnicowania w/w drobnoustrojów. Różnicowanie gatunków H influenzae (krążki X, V, XV) oraz Moraxella catarrhalis. Wykrycie antygenów Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae w moczu testem immunochromatograficznym demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego. Wykrycie antygenu Streptococcus pyogenes w wymazie z gardła testem immunochromatograficznym demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego, zalety i wady z szybkiego wykrycia w materiale badanym Oznaczanie mrna RSV metodą RT-PCR w materiale klinicznym (BAL, surowica) analiza wyników. P12b. Odczyt posiewów wykonanych na P12a.Wstępna identyfikacja drobnoustrojów z wykorzystaniem poznanych technik i dostępnych testów różnicujących. Interpretacja różnorodnych wyników badań mikrobiologicznych z materiałów pochodzących z dróg oddechowych próba różnicowania miedzy kolonizacją a zakażeniem. Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z dróg oddechowych, wypisanie wyniku z uwzględnieniem mechanizmów oporności.wykrywanie przeciwciał przeciwko Chlamydia pneumoniae i Mycoplasma pneumoniae analiza wyników. Na ćwiczenie P13a należy pobrać poranny mocz do jałowego pojemnika na mocz P12a-4h P12b-4h W05-W11 U04-U08 K02, K04, K06 TK 30 Wykład 14. Zakażenia układu moczowego i zakażenia przenoszone drogą płciową charakterystyka, diagnostyka i leczenie Mikrobiota poszczególnych odcinków układu moczowo-płciowego. Czynniki sprzyjające zakażeniom dróg moczowo-płciowych, postacie kliniczne, czynniki etiologiczne. Zasady mikrobiologicznej diagnostyki zakażeń układu moczowopłciowego zasady i sposoby pobierania moczu, posiew ilościowy, antybiogram. Biocenoza pochwy, stopnie czystości pochwy. Najczęściej występujące stany zapalne sromu/pochwy: drożdżyca, rzęsistkowica, bakteryjna waginoza, W05-W11 12

13 TK 31 TK 32 TK33 chlamydioza (Chlamydia trachomatis), opryszczka (Herpes simplex typ 2). Zasady diagnostyki i leczenia. Zakażenia wewnątrzpłodowe i okołoporodowe (Toxoplasma gondii, Rubella virus, CMV, HSV - TORCH; Treponema pallidum, Streptococcus agalactiae). Czynniki etiologiczne aktualnie związane z chorobami przenoszonymi drogą płciową (STI): 1) wirusowe: HSV, HPV, MCV (wywołują lokalne zmiany w obrębie i okolicy narządów rodnych); HIV, HBV, HDV, HCV, HTLV HHV8 (komórka docelowa poza układem płciowym). 2) bakteryjne: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Gardnerella vaginalis; 3) inne: Trichomonas vaginalis Kiła morfologia i fizjologia krętka bladego (Treponema pallidum), diagnostyka kiły w zależności od okresu choroby (preparat bezpośredni ze zmian), odczyny serologiczne klasyczne (VDRL, RPR) i nowoczesne (FTA, FTA-ABS, immobilizacyjny), profilaktyka kiły.rzeżączka morfologia i fizjologia dwoinek rzeżączki (Neisseria gonorrhoeae), diagnostyka ostrej i przewlekłej rzeżączki (preparat bezpośredni, hodowla, identyfikacja), zakażenia poza kontaktem płciowym. Nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej (NGU) chlamydie, mykoplazmy, diagnostyka. Leczenie STI. Ćwiczenie 13 Diagnostyka mikrobiologiczna zakażeń układu moczowego i zakażeń przenoszonych drogą płciową P13a.Sprawdzian wiedzy z zakresu P13a, W14. Wykonanie posiewu moczu ezą kalibrowaną. Analiza jakościowych i ilościowych posiewów moczu. Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z dróg moczowych, wypisanie i interpretacja wyniku. Zastosowanie podłoży chromogennych w diagnostyce zakażeń dróg moczowych (podłoże CPS); Przesiewowe wykrywanie S. agalactiae (podłoże Granada) w wymazie z pochwy i odbytu. Ocena mikroskopowa biocenozy pochwy. Obserwacja posiewów z wymazu z pochwy. Oberwacja wzrostu Lactobacillus, Gardnerella vaginalis, Streptococcus agalactiae na odpowiednich podłożach. Wykrywanie obecności Streptococcus agalactiae metodą Real-Time PCR w wymazach omówienie testu. Oznaczanie DNA Chlamydia trachomatis w wymazach z szyjki macicy, pochwy, BAL-u noworodka analiza wyników. P13b. Sprawdzian wiedzy z zakresu P13b, W14. Filmy: 1) Rzeżączka. 2) Kiła wczesna objawowa. 3) HPV. Obserwacja preparatów bezpośrednich barwionym z zakażenia dwoinkami rzeżączki. Obserwacja wzrostu i morfologii dwoinek rzeżączki, wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy. Obserwacja w mikroskopie fluorescencyjnym odczynu FTA-ABS. Demonstracja zestawu do diagnostyki Ureaplasma. Oznaczanie genotypu wirusa HPV metodą hybrydyzacji in situ w bezpośrednio w materiale klinicznym (wymazy z kanału szyjki macicy, zeskrobiny ze zmian chorobowych) analiza wyników badań, omówienie testu. Wykład 15a. Neuroinfekcje, zakażenia krwi- charakterystyka, diagnostyka mikrobiologiczna, leczenie Czynniki predysponujące do zakażeń CUN, drogi zakażenia. Zasady pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego do badania mikrobiologicznego. Czynniki etiologiczne zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu: 1) bakteryjne ropne ; 2) bakteryjne nieropne; 3) grzybicze; 4) wirusowe (limfocytarne); wirusy nieneurotropowe, mogące dać powikłania mózgowe odry, świnki, różyczki, herpes, adenowirusy, schorzenia latentne CUN). Diagnostyka zakażeń CUN: badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (preparaty bezpośrednie, hodowla, wykazanie swoistych antygenów), posiewy innych materiałów, badania serologiczne. Sepsa, bakteriemia, zapalenie wsierdzia czynniki etiologiczne, diagnostyka bakteriologiczna: zasady pobierania krwi na posiew (czas, objętość, podłoża, liczba próbek itp.), metody hodowli krwi, ocena posiewów, interpretacja wyniku posiewu krwi. Zapalenia skóry, stawów, kości, szpiku czynniki etiologiczne, diagnostyka. Ogólne zasady chemioterapii zakażeń CUN i zakażeń krwi. Postępowanie poekspozycyjne u osób narażonych zawodowo na czynniki zakaźne. Akty prawne dotyczące zakażeń szpitalnych. Wykład 15b. Zakażenia szpitalne. Zakażenie zakładowe/szpitalne definicja, źródła i drogi szerzenia, kliniczne postacie zakażeń zakładowych, czynniki etiologiczne bakteryjne, wirusowe, grzybicze. Różnicowanie między nosicielstwem kolonizacją, zakażeniem. Charakterystyka drobnoustrojów szpitalnych - zmienność, oporność na antybiotyki. P13a-4h P13b-4h 1h 1h U2-, U05, U06, U08 K02, K04, K06 W05-W11 W09-W13 13

14 TK 34 TK 35 Zakażenia u chorych z niedoborami odporności (transplantacja, choroby nowotworowe, AIDS, dializa, inne) Nadzór, kontrola, zapobieganie zakażeniom szpitalnym rejestracja bierna, czynna. Podstawowe zasady chemioterapii zakażeń szpitalnych. Ćwiczenie P14 a Diagnostyka neuroinfekcji, zakażeń krwi, wsierdzia, skóry, kości i stawów.sprawdzian wiedzy z zakresu P14a, W15.Demonstracja zestawów i podłoży do pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi. Obserwacja mikroskopowa preparatów z zakażeń PMR i zakażeń krwi. Obserwacja wzrostu i morfologii najczęstszych patogenów CUN i krwi oraz omówienie ich sposobów identyfikacji Opracowanie dodatniej hodowli krwi monitorowanej w systemie automatycznym BacTAlert. Demonstracja zestawu do szybkiego wykrywania antygenów H. influenzae, E. coli K1, S.agalactiae, N. meningitidis, Cryptococcus Odczyt antybiogramów wykonanych dla bakterii izolowanych z PMR lub krwi, wypisanie wyniku z uwzględnieniem mechanizmów oporności.wykonanie posiewu cewnika metodą Maki (posiew ilościowy, interpretacja). Ćwiczenie P14b Zakażenia szpitalne. Sprawdzian wiedzy z zakresu P14b, W15 Film: Zakażenia szpitalne. Odczyt posiewu metodą Maki wykonanego na ćwiczeniu P14a. Odczyt antybiogramów wykonanych dla drobnoustrojów izolowanych z zakażeń szpitalnych z uwzględnieniem mechanizmów oporności. Dochodzenie epidemiologiczne w zakażeniach szpitalnych: typowanie genotypowe szczepów szpitalnych w ognisku zakażenia- analiza wyników wykonanych techniką PFGE.Zasady współpracy pracowni mikrobiologicznej z odbiorcą wyniku (lekarzem). Załącznik P14a-4h P14b-4h U01, U04,U08 K02, K04, K06 U09, U10 K02, K04, K06 TK36 Wykład 16. Prezentacje studentów 1h K01, K03 TK37 1 sem- 4h Odrabianie praktyczne i teoretyczne zajęć 2 sem-4h Zalecana literatura: Literatura obowiązkowa Mikrobiologia. Murray P.R. Rosenthal K.S. P Diagnostyka bakteriologiczna E. Szewczyk Antybiotykoterapia praktyczna D. Dzierżanowska Literatura uzupełniająca 1. Zakażenia szpitalne D. Dzierżanowska, J. Jeljaszewicz Nakład pracy studenta (bilans punktów ECTS) Forma nakładu pracy studenta (udział w zajęciach, aktywność, przygotowanie sprawozdania, itp.) Godziny kontaktowe z nauczycielem 150 W ocenie (opinii) nauczyciela Obciążenie studenta [h] W ocenie (opinii) studenta Średnia Przygotowanie do ćwiczeń/seminarium 28 Czytanie wskazanej literatury 96 Napisanie raportu z laboratorium/ćwiczeń/przygotowanie projektu/referatu itp. Przygotowanie do kolokwium/kartkówki/wejściówki 20 8 Przygotowanie do egzaminu EPR- 14h, ET- 28h Inne.. Sumaryczne obciążenie pracy studenta 14

15 Punkty ECTS za moduł/przedmiot 13 Uwagi *Przykładowe sposoby weryfikacji efektów kształcenia: EP egzamin pisemny EU - egzamin ustny ET egzamin testowy EPR egzamin praktyczny K kolokwium R referat S sprawdzenie umiejętności praktycznych RZĆ raport z ćwiczeń z dyskusją wyników O - ocena aktywności i postawy studenta SL - sprawozdanie laboratoryjne SP studium przypadku PS - ocena umiejętności pracy samodzielnej W kartkówka przed rozpoczęciem zajęć PM prezentacja multimedialna i inne 15