Roślinne cyklazy nukleotydów purynowych
|
|
- Miłosz Jakubowski
- 7 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Roślinne cyklazy nukleotydów purynowych STRESZCZENIE Cykliczne nukleotydy (camp i cgmp) należą do grupy wtórnych przekaźników informacji, które kontrolują szereg procesów zachodzących zarówno w komórkach organizmów prokaryotycznych, jak i eukariotycznych. Za ich tworzenie odpowiedzialne są cyklazy nukleotydów purynowych: cyklazy adenylanowa i guanylanowa, które występują w cytosolu lub są białkami związanymi z błoną komórkową. Poza różnicami w lokalizacji komórkowej rozbieżności dotyczą budowy oraz sposobu regulacji ich aktywności. Jednakże wszystkie cyklazy zawierają reszty aminokwasowe odpowiedzialne za wiązanie substratu, wiązanie jonów metali i stabilizację przeprowadzanej reakcji, co warunkuje ich specyficzność. Samo istnienie cyklicznych nukleotydów u roślin nie budzi już wątpliwości. Wiadomo, że działając jako wtórne przekaźniki biorą one udział w szeregu reakcji (pato)fizjologicznych. Jednakże dopiero od niedawna pojawiają się bezpośrednie dowody na obecność w komórkach roślinnych cyklaz adenylanowych i guanylanowych o unikalnej strukturze. W prezentowanej pracy podsumowano dane dotyczące cyklaz prokariotycznych oraz grzybów i zwierząt. Przedstawiono także nowe wyniki, które jednoznacznie wskazują na istnienie tej grupy enzymów w komórkach roślinnych. WPROWADZENIE Zróżnicowanie sygnałów odbieranych przez wyspecjalizowane receptory komórkowe wymusiło powstanie układów, które są w stanie przetłumaczyć te różnorodne sygnały na bodźce regulujące wzrost, różnicowanie lub pobudliwość komórki. Istotną rolę w tych szlakach odgrywają cykliczne nukleotydy będące przedstawicielami grupy wtórnych przekaźników informacji. Za ich pośrednictwem dochodzi do przekazywania sygnałów zewnątrzkomórkowych do wnętrza komórki, jak również do wielu oddziaływań w obrębie samej komórki. Prace, które zostały rozpoczęte ponad 50 lat temu odkryciem camp i cgmp w tkankach ssaków trwają po dzień dzisiejszy, a dotyczą one analizy przemian jakim podlegają cykliczne nukleotydy oraz sprecyzowania ich roli w komórkach, tkankach i narządach organizmów żywych reprezentujących niemal wszystkie szczeble rozwoju filogenetycznego. Adriana Szmidt-Jaworska * Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Zakład Fizjologii i Biologii Molekularnej Roślin, Toruń * Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Zakład Fizjologii i Biologii Molekularnej Roślin, ul. Gagarina 9, Toruń; tel.: (56) , asjawors@umk.pl Artykuł otrzymano 23 lipca 2009 r. Artykuł zaakceptowano 13 listopada 2009 r. Słowa kluczowe: camp, cgmp, cyklaza adenylanowa, cyklaza guanylanowa, cykliczne nukleotydy, Wykaz skrótów: AC cyklaza adenylanowa; camp cykliczny 3,5 adenozyno monofosforan; cgmp cykliczny 3,5 guanozyno monofosforan; cnmp cykliczne nukleotydy; GC cyklaza guanylanowa Podziękowanie: Praca napisana w ramach realizacji projektu badawczego habilitacyjnego MNiSW nr: N N Chociaż początkowe wątpliwości i niepewności odnośnie roli cyklicznych nukleotydów w sygnalizacji komórkowej u roślin zostały już wyjaśnione, ciągle istnieje wiele pytań, które pozostają bez odpowiedzi. Szczególne kontrowersje budzą cyklazy enzymy odpowiedzialne za syntezę cyklicznych nukleotydów. Niniejsza praca jest próbą podsumowania dostępnych informacji dotyczących roślinnych cyklaz nukleotydów purynowych. W obecnej chwili najwięcej informacji posiadamy o budowie, mechanizmach działania i roli cyklaz z komórek zwierząt. To z tymi danymi porównywane są wszystkie wyniki uzyskiwane z innego materiału badawczego. Aby w pełni zrozumieć rolę cyklaz nukleotydów purynowych jako kluczowych elementów w przekazywaniu sygnałów w komórkach roślinnych, wiedza dotycząca cyklaz zwierząt, grzybów i organizmów prokariotycznych jest niezbędna. Cykliczne nukleotydy (cnmp) są produkowane przez cyklazy, a ich inaktywacja zachodzi przy współudziale fosfodiesteraz. Substratami są odpowiednio ATP, dla cyklazy adenylanowej (synonimy: cyklaza adenylowa; adenylocyklaza) oraz GTP dla cyklazy guanylanowej (synonimy: cyklaza guanylowa; guanylocyklaza) (Ryc. 1). Aktywność enzymów syntetyzujących cnmp wykazana została zarówno pośród białek frakcji błonowych, jak i cytosolowych, stąd przyjęty został, utrzymujący się do dziś, podział cyklaz na cyklazy rozpuszczalne (cytosolowe; sgc, sac) i nierozpuszczalne (błonowe; pgc, tmac) [1]. Postępy Biochemii 56 (4)
2 Klasa III jest najliczniejsza i obejmuje cyklazy spotykane zarówno u organizmów prokariotycznych jak i eukariotycznych. Analiza 129 genomów bakteryjnych pozwoliła zidentyfikować 193 geny kodujące cyklazy tej klasy. Powstające na ich bazie enzymy posiadają wysoki stopień podobieństwa, zarówno względem siebie, jak i eukaryotycznych cyklaz adenylanowych i guanylanowych. Prowadzone analizy wykazały, że cyklazy te cechuje duża różnorodność w liczbie i układzie domen. Większość z nich posiada pojedynczą domenę katalityczną, ale są i takie charakteryzujące się dwiema domenami katalitycznymi opisanymi również w cyklazie adenylanowej ssaków [5] (Ryc. 2). Do chwili obecnej u organizmów prokariotycznych, opisano tylko jedną cyklazę guanylanową (Cya2). Enzym z cyjanobakterii (Synechocystis sp. PCC6803) posiada na końcu C pojedynczą domenę katalityczną, 4 przypuszczalne domeny transbłonowe i rejon zewnątrzkomórkowy z domeną CHA- SE (ang. cyclases/histidine kinases associated sensory extracellular) na końcu N. Ta ostatnia domena, odpowiedzialna za wiązanie liganda, jest charakterystyczna również dla bakteryjnych cyklaz adenylanowych i kinaz histydynowych [6]. Badanie aktywności tego enzymu in vivo wykazało, że inaktywacja Cya2 powodowała 60% spadek ilości cgmp w komórkach bakterii bez widocznego spadku ilości camp, co pozwoliło przyporządkować ten enzym do klasy cyklaz guanylanowych [7]. Rycina 1. Synteza i inaktywacja cyklicznego AMP i cyklicznego GMP. ORGANIZMY PROKARiOTYCZNE Organizmy prokariotyczne różnią się od organizmów eukariotycznych liczbą i różnorodnością cyklaz nukleotydów purynowych. Bazując na podobieństwie sekwencji reszt aminokwasowych i struktury cyklazy te zostały pogrupowane w 6 różnych klas, [2,3]. Klasy I, II, IV, V, VI charakteryzują się unikalną budową domen katalitycznych i są spotykane jedynie u organizmów prokaryotycznych. Klasa I obejmuje cyklazy adenylanowe, które zostały scharakteryzowane u enterobakterii. Klasa II została opisana u bakterii patogennych takich jak wąglik (Bacillus anthracis), krztusiec (Bordetella pertussis) i pałeczki ropy błękitnej (Pseudomonas aeruginosa), a enzymy z tej kasy są aktywowane przez kalmodulinę. Pozostałe 3 klasy są charakterystyczne wyłącznie dla gatunków Aeromonas hydrophila i Prevotella ruminicola [4]. Przytoczone powyżej wyniki wskazują na duże, strukturalne zróżnicowanie klasy III cyklaz, z których część może być uważana za formy wyjściowe cyklaz eukariotycznych. Przykładowo, enzymy bakteryjne posiadające 6 segmentów transbłonowych poprzez ich duplikację mogły dać początek cyklazom adenylanowym kręgowców posiadającej 12 segmentów transbłonowych [8]. ORGANIZMY EUKARiOTYCZNE Cyklazy nukleotydów purynowych u grzybów Wyniki uzyskane z doświadczeń przeprowadzonych na drożdżach (Saccharomyces cerevisiae i Candida albicans) pozwoliły stwierdzić, że grzyby nie posiadają genów kodujących cyklazy guanylanowe, kinazy regulowane cgmp czy fosfodiesterazy cyklicznych nukleotydów [8]. Natomiast występuje w nich cyklaza adenylanowa, której obecność potwierdzono u Neurospora crassa, Saccharomyces cerevisiae, Podospora anserina i Ustilago maydis. Budowa i sposób aktywacji wskazuje na to, że różnią się one od ich odpowiedników u ssaków. Przykładowo enzym CRY- 1 z Saccharomyces cerevisiae jest rozpuszczalnym białkiem, które posiada możliwość łączenia się z błonami. Wyróżniono w nim domenę fosfatazową, domenę asocjacji małego białka G (Ras) oraz serie odcinków bogatych w powtórzenia leucynowe. Ostatnie dwie domeny uczestniczą w wiązaniu białka Ras, niezbędnego do aktywacji cyklazy. Wykazano również możliwość aktywacji enzy
3 Rycina 2. Topologia cyklaz adenylanowych (AC) i guanylanowych (GC). (A) rozpuszczalna AC grzybów i bakterii; (B) rozpuszczalna AC ssaków homodimer; (C) rozpuszczalna AC ssaków heterodimer; (D) rozpuszczalna GC ssaków; (E) błonowa AC ssaków; (F) błonowa AC z pierwotniaków i organizmów bezkręgowych; (G) błonowa AC z organizmów prakaryotycznych; (H) błonowa GC ssaków (wg 59], zmodyfikowano). mu przez podjednostkę α białka G oraz białko Gpa2 (ang. guanine nucleotide-binding regulatory protein) [9]. cyklazy nukleotydów purynowych ZwierzĄt W komórkach zwierząt cykliczne nukleotydy są kluczowymi cząsteczkami sygnałowymi zaangażowanymi w szeroką gamę procesów biologicznych. Cykliczny GMP bierze udział w hamowaniu agregacji płytek krwi, rozkurczu mięśni gładkich, rozszerzaniu naczyń krwionośnych, immunomodulacji [10,11], natomiast camp uczestniczy w regulacji ciśnienia krwi, zapobieganiu agregacji płytek krwi, rozszerzaniu oskrzeli czy wzmacnianiu siły skurczu mięśnia sercowego [12]. Nie dziwi więc fakt, że enzymy odpowiedzialne za syntezę tych wtórnych przekaźników są przedmiotem intensywnych badań w zakresie fizjologii, biochemii i biologii molekularnej. Stąd też najwięcej informacji dotyczących cyklaz nukleotydów purynowych pochodzi z analiz enzymów ssaków. Cyklazy guanylanowe występują w dwóch głównych formach: w formie rozpuszczalnej (sgc, ang. soluble guanylyl cyclase; frakcja cytosolowa) i w formie związanej z błoną (pgc, ang. particulate guanylyl cyclase; frakcja błonowa). W obu przypadkach mechanizm syntezy cgmp jest identyczny, a różnice dotyczą lokalizacji komórkowej, budowy enzymów i typów aktywatorów zaangażowanych w regulację ich aktywności [1]. Rozpuszczalne cyklazy zwierząt są heterodimerami zbudowanymi z dwóch łańcuchów polipeptydowych: łańcucha α o masie cząsteczkowej kda oraz łańcucha β o masie cząsteczkowej kda. Podjednostki te kodowane są przez różne geny dzięki czemu zachodzi możliwość zróżnicowania ich syntezy. W wyniku badań ustalono, że istnieją trzy izoformy podjednostki α: 1, 2, 3 oraz trzy izoformy podjednostki β: 1, 2, 3. Każdy łańcuch składa się z N-końcowej domeny regulatorowej, domeny dimeryzacyjnej umożliwiającej łączenie się dwóch łańcuchów oraz domeny katalitycznej, umiejscowionej na C- końcu. Stwierdzono, że poszczególne izoformy różnią się w dość znacznym stopniu, a właściwości regulatorowe całego kompleksu determinuje podjednostka β. W przypadku cyklaz pełna aktywność katalityczna enzymu wymaga dimeryzacji obydwu podjednostek. Powstaje w ten sposób centrum katalityczne zbudowane z 250 reszt aminokwasowych zlokalizowane przy C-końcu. Mutacje w regionie katalitycznym tylko jednej podjednostki powodowały unieczynnienie enzymu [13]. Istnieją jednakże pojedyncze doniesienia wskazujące, że monomeryczne białko jest w stanie przeprowadzić reakcję syntezy cgmp z GTP. W komórkach nerwowych ćmy (Manduca sexta) zidentyfikowano dwie sgc (MsGC-β3 oraz MsGC-I), które do swojej aktywności nie wymagają tworzenia heterodimeru, jednakże mechanizm regulujący aktywność tych cyklaz nie został dotąd poznany [13,14]. Podstawowym aktywatorem cytosolowych cyklaz guanylanowych jest tlenek azotu (NO). Mechanizm aktywacji opiera się na zmianie konformacji enzymu powodowanej rozluźnieniem wiązania grupy prostetycznej z łańcuchem β w wyniku związania NO z grupą hemową domeny regulatorowej. Dezaktywacja enzymu następuje poprzez oddysocjowanie NO od hemu. Innym, chociaż znacznie słabszym aktywatorem scg jest tlenek węgla. Ponadto stwierdzono, że w obecności jonów wapnia następuje zahamowanie aktywności enzymu, co może sugerować, że zmiany stężenia cgmp i Ca 2+ w komórce oparte są na zasadzie sprzężenia zwrotnego [11]. Poznane cyklazy błonowe u zwierząt (pgc) można podzielić na dwie kategorie: enzymy związane z błoną komórkową (będące jednocześnie białkami efektorowymi) oraz enzymy regulowane przez zmiany stężenia Ca 2+, występujące w rzęskach pierwotniaków i w komórkach fotoreceptorowych kręgowców. Inny podział, bazujący na tkankowej lokalizacji wyróżnił 7 izoform, z których cyklazy A, B, G występują w różnych tkankach, cyklaza C występuje w jelitach, D w komórkach węchowych, natomiast cyklazy E, F występują w komórkach siatkówki [11]. Cyklazy błonowe zbudowane są z pojedynczego łańcucha polipeptydowego o masie cząsteczkowej kda. Podobnie jak w przypadku sgc do pełnej aktywności katalitycznej niezbędny jest proces dimeryzacji, w wyniku którego powstaje homodimer. W strukturze pgc możemy wyróżnić domenę zewnątrzkomórkową zlokalizowaną na N końcu, składającą się z ok. 500 reszt aminokwasowych, ze specyficznie usytuowanymi resztami cysteiny (Ryc. 3). Domena ta uczestniczy w odbieraniu zewnątrzkomórkowego sygnału dzięki występowaniu miejsc N-glikozylacji. Kolejną domeną jest domena transbłonowa zbudowana z około 25 reszt aminokwasowych tworzących strukturę α-helisy, a jej podstawowym zadaniem jest utrzymywanie łańcucha polipeptydowego w błonie komórkowej. Domena ta połączona jest z dome- Postępy Biochemii 56 (4)
4 U ssaków cyklaza adenylanowa, podobnie jak to ma miejsce w przypadku cyklazy guanylanowej, występuje w 2 formach: rozpuszczalnej i błonowej. Cyklaza będąca integralnym białkiem błonowym (tmac) zbudowana jest z 2 domen hydrofobowych, z których każda posiada 6 segmentów transbłonowych (M1 i M2) oraz 2 domen hydrofilowych będących domenami katalitycznymi (C1a, C1b oraz C2a, C2b). Końce aminowy i karboksylowy łańcucha polipeptydowego są zlokalizowane w cytoplazmie (Ryc. 3). Opisano przynajmniej 9 izoform błonowej AC, zidentyfikowanej poprzez klonowanie cdna, z których każda podlega innej regulacji, a poziom ekspresji zmienia się zależnie od analizowanej tkanki. Regulacja aktywności AC zachodzi nie tylko poprzez podjednostkę α białka G s i G i, lecz także przez podjednostkę βγ czy kinazy C. W miarę postępu badań okazało się, że 5 ze znanych izoform AC jest regulowanych przez jony wapnia. Aktywność trzech z nich była stymulowana, a dwóch hamowana przez ten kation [12]. Cechą charakterystyczną wszystkich błonowych form AC jest możliwość stymulacji ich aktywności poprzez egzogenne podanie forskoliny. Od kilku lat w centrum zainteresowania badaczy znajdują się rozpuszczalne cyklazy adenylanowe [16-19]. Ich aktywność nie jest regulowana przez białka G i forsklinę, a jedynie przez jony Mn 2+. Ponadto są one wrażliwe na zmiany stężenia dwuwęglanów i CO 2 [17,20], co nasuwa przypuszczenie, że rozpuszczalne AC funkcjonują jako sensory aktywności anhydrazy węglanowej [19]. Analiza cdna wykazała, że cyklaza adenylanowa ssaków jest białkiem o masie cząsteczkowej 187 kda, podczas gdy wyizolowany i oczyszczony enzym o aktywności cyklazy adenylanowej jest białkiem o masie jedynie 48 kda. Autorzy wskazują więc na rolę procesu proteolizy w uzyskaniu aktywnego białka [20,21]. Rycina 3. Domenowa budowa cyklaz adenylanowych i guanylanowych organizmów prokariotycznych i eukariotycznych. ną wewnątrzkomórkową wykazującą homologię do kinaz białkowych. Fosforylacja występujących w niej reszt treoniny i seryny jest niezbędna do aktywności niektórych cyklaz błonowych np. GC-A i GC-B. Na C-końcu zlokalizowane są domeny dimeryzacyjna i katalityczna, których sekwencja aminokwasowa jest najbardziej zachowana w ewolucji. Pierwsza z nich umożliwia dimeryzację łańcuchów polipeptydowych podjednostek homodimeru, natomiast druga odpowiada za wiązanie GTP i przekształcenie go do cgmp [11,15]. Za specyfikę reakcji odpowiedzialne są reszty glicyny i argininy łączące się z grupą fosforanową GTP oraz reszta cysteiny rozpoznająca guaninę. Dwie reszty kwasu asparaginowego lub glutaminowego odgrywają istotną rolę w wiązaniu jonów dwuwartościowych (Mn 2+ lub Mg 2+ ), a reszty asparaginy i lizyny stabilizują zachodzącą reakcję. Istnieje wiele czynników i procesów wpływających na wzrost aktywności cyklaz błonowych. Do najważniejszych należą ATP, jony wapnia, peptydy natriuretyczne, enterotoksyny bakteryjne oraz proces fosforylacji [11]. Rozpuszczalna cyklaza adenylanowa o pełnej długości (sac fl, ang. soluble adenylyl cyclase full-lengh) zbudowana jest z 2 domen katalitycznych (C1, C2) na końcu N oraz zlokalizowanej na końcu C domeny autoinhibitorowej, która jest w stanie modulować szybkość reakcji bez wpływu na powinowactwo do substratu [18]. Charakterystyczną cechą tych enzymów jest obecność tzw. pętli P, będącej motywem odpowiedzialnym za wiązanie ATP lub GTP [20]. Ponadto we fragmencie C-końcowym znajduje się odcinek bogaty w resztę leucyny, czyli potencjalne miejsce powstawania zamka leucytowego, oraz odcinek o charakterystycznej konformacji wskazującej na możliwość przyłączania sac do organelli komórkowych [21]. Skrócona forma cyklazy (sac t, ang. soluble adenylyl cyclase truncated) posiada tylko 2 domeny katalityczne i jest 20-krotnie aktywniejsza od sac fl. Enzym ten ulega aktywacji w jądrach komórkowych, lecz sam mechanizm tego procesu nie został poznany [20,22]. W porównaniu do cyklaz guanylanowych, także w domenie katalitycznej cyklaz adenylanowych występują reszty aminokwasowe warunkujące ich specyficzność. W domenie C2 zlokalizowane są reszty lizyny i kwasu asparaginowego, które odpowiadają za specyficzne wiązanie ATP oraz reszty argininy i asparaginy biorące udział w stabilizacji wiązania. Natomiast, znajdujące się w domenie C1, dwie reszty kwasu asparaginowego są odpowiedzialne za wiązanie jonów magnezu lub manganu. Nale
5 ży jednak wspomnieć, że odstępstwa od takiego układu reszt aminokwasowych są spotykane dosyć często [22]. Istnieje obszerna bibliografia opisująca cyklazy pierwotniaków i organizmów bezkręgowych. Błonowa cyklaza guanylanowa została opisana w plemnikach jeżowca, gdzie jest zaangażowana w proces chemotaksji i detekcji białek wydzielanych przez oocyty [1]. U nicienia Caenorhabditis elegant odkryto 27 błonowych i 7 rozpuszczalnych izoform GC. Biorą one udział w procesach powonienia oraz determinacji jego neuronalnej asymetryczności [23]. W przypadku muszki owocowej (Drosophila melanogaster) oznaczono 6 błonowych i 5 rozpuszczalnych cyklaz guanylanowych, jednak do chwili obecnej ich rola nie została poznana [24]. U ćmy zmierzchnicy (Manduca sexta) zidentyfikowano kilka izoform cyklaz guanylanowych. Typ RetGC będący błonowym enzymem jest regulowany przez jony wapnia, natomiast MsGC-1 jest enzymem rozpuszczalnym, który wykazuje homologię do cyklazy receptorowej typu GC-B ssaków, lecz pozbawiony jest domen zewnątrzkomórkowej, transbłonowej i kinazowej. Kolejny enzym, MsGC-β3, przypomina izoformę β ssaków, jednak w jego domenie regulatorowej brak jest motywu zawierającego resztę cysteiny, odpowiedzialnego za wiązanie hemu. Enzym ten jest aktywny jako homodimer niewrażliwy na tlenek azotu [24]. Autorzy tych odkryć sugerują jednocześnie, że aktywacja GC przez NO jest ewolucyjnie młodszym zjawiskiem i pojawia się dopiero u zwierząt bardziej rozwiniętych, za czym dodatkowo przemawia fakt braku w genomie np. C. elegans genu o homologii do syntazy tlenku azotu [8]. Przeprowadzone szczegółowe analizy szeregu izoform cyklaz adenylanowych i guanylanowych z orzęsków Paramecium i Tetrahymena pozwoliło na stwierdzenie, że enzymy te są regulowana poprzez przepływ jonów przez plazmalemmę. Wykazano, że posiadają one domeny charakterystyczne dla cyklaz, jak również domeny spotykane w kanałach zależnych od potencjału błony z sześcioma pętlami transbłonowymi. W miarę postępu badań okazało się, że ortologi tych genów, zachowane w ewolucji w mniejszym stopniu, są także obecne u Plazmodium, Toxoplama gondii i Cryptosporidium parvum [25,26]. U zarodźca sierpowatego (Plasmodium falciparum) odnaleziono również gen kodujący prawdopodobnie cyklazę adenylanową (PfAC2). Cyklaza ta charakteryzuje się unikalną budową, ponieważ powstające na bazie tego genu białko zawiera pojedynczą domenę katalityczną, czym bardziej przypomina sgc z Dictyostelium, niż typową cyklazę adenylanową [2,22,26]. W komórkach Dictyostelium wykryto zarówno cyklazę adenylanową jak i guanylanową, które wykazują wyraźne podobieństwo do cyklaz kręgowców [26,27]. Cyklaza adenylanowa jest białkiem błonowym zbudowana z dużej domeny zewnątrzkomórkowej, domeny transbłonowej oraz wewnątrzkomórkowej domeny cyklazowej. Część zewnątrzkomórkowa zawiera domeną CHASE odpowiedzialną za wiązanie liganda. Nie zaobserwowano jednak występowania domeny homologicznej z kinazami, ani α-helikalnej struktury coiled-coil, odpowiedzialnej za proces dimeryzacji białka. Cyklaza guanylanowa natomiast jest białkiem rozpuszczalnym, charakteryzującym się występowaniem zachowanych w ewolucji domen C1 i C2 oraz domeny AAA z motywem pętli P, brakiem zaś domen transbłonowych. Warto jednak zaznaczyć, że w przypadku GC domeny C1 i C2 są odwrócone w ten sposób, że domena C2 znajduje się na N-końcu, a regulacja aktywności zachodzi poprzez heterotrimeryczne białka G, poprzez które enzym łączy się z błoną komórkową. Roślinne cyklazy nukleotydów purynowych Podobnie jak ma to miejsce w komórkach zwierzęcych, także w komórkach roślinnych cykliczne nukleotydy są cząsteczkami sygnałowymi zaangażowanymi w szereg procesów, które ponadto odgrywają integracyjną rolę dla wielu szlaków przekazywania sygnału. Zmiany stężenia cyklicznych nukleotydów były obserwowane podczas kiełkowania i orientacji ziaren pyłku, grawitropizmie korzeni, ruchach aparatów szparkowych, odpowiedzi na biotyczne i abiotyczne czynniki stresowe i fotomorfogenezie [28,29]. Przydatność uzyskanych danych byłaby jednak ograniczona jeśli nie towarzyszyłyby im typowo biochemiczne i molekularne badania enzymów odpowiedzialnych za zmiany endogennego poziomu cyklicznych nukleotydów oraz efektorów zaangażowanych w odbiór informacji zawartych w tych zmianach. W ostatnich latach sukcesywnie pojawiają się prace, których przedmiotem badań są właśnie cyklazy nukleotydów purynowych. Jednokomórkowy glon Chlamydomonas reinhardtii jest wykorzystywany jako system modelowy w badaniu zjawiska przekazywania sygnałów u roślin. Prowadząc badania na tym materiale stwierdzono, że w komórkach występuje duże stężenie cyklicznego AMP, który odgrywa znaczącą rolę w rozmnażaniu płciowym, a jego synteza zachodzi w momencie łączenia się komórek o odmiennym ładunku. Kolejne badania wskazały na istnienie w komórkach tego glonu cyklazy adenylanowej, która jest niewrażliwa na forskolinę czy GTPgS, regulatory zwierzęcej tmac [8]. W 2005 roku realizowano projekt, którego celem było poznanie genomu Chlamydomonas. Analiza uzyskanych fragmentów wykazała istnienie 92 sekwencji homologicznych do cyklaz guanylanowych. Wyselekcjonowano 12, które analizowano pod kątem ich podobieństwa do znanych AC i GC. Okazało się, że 3 spośród nich kodują białka posiadające w domenie katalitycznej reszty aminokwasowe warunkujące specyficzność działania tych enzymów jako cyklaz guanylanowych. Do chwili obecnej brak jest informacji o roli jaką odgrywa cgmp w komórkach glonów, jednakże istnienie tak dużej liczby genów kodujących GC może wskazywać na jego istotne znaczenie. Istnieje szereg pośrednich dowodów wskazujących na występowanie cyklazy guanylanowej w tkankach roślinnych. Pochodzą one zarówno z doświadczeń fizjologicznych, w których poprzez zastosowanie tzw. związków Postępy Biochemii 56 (4)
6 farmakologicznie czynnych wpływano na procesy zachodzące w komórkach roślinnych, jak również z analiz aktywności cyklaz in vivo, czyli pomiaru endogennego stężenia cyklicznych nukleotydów w analizowanych tkankach. Osiągnięcia na tym polu prezentowane były w pracach przeglądowych opublikowanych w ostatnich latach w czasopismach o zasięgu krajowym i ogólnoświatowy [8,28-30]. W prezentowanej pracy skupiono się jedynie na dowodach bezpośrednich, które jednoznacznie wskazują na istnienie tej grupy enzymów w komórkach roślinnych. Pierwszych takich dowodów dostarczyły badania, których wyniki wskazują na istnienie w chloroplastach komórek szpinaku (Spinacia oleracea) dwóch cyklaz: jednej o aktywności odpowiadającej cyklazie guanylanowej, natomiast drugiej adenylanowej [30]. Wyniki doświadczeń prowadzonych na owsie (Avena sativa) i wilcu wielkokwiatowym (Pharbitis nil) dowodzą istnienia w ich komórkach cyklaz guanylanowych. We frakcjach błonowych wyizolowanych z komórek owsa zaobserwowano aktywność enzymu, który powodował konwersję GTP do cgmp, a proces ten był pod kontrolą fitochromu [31]. W organach wilca natomiast występuje białko o masie 40 kda zdolne do syntezy cgmp, wykazujące powinowactwo do przeciwciał skierowanych przeciwko domenie katalitycznej cyklaz rozpuszczalnych. Badania prowadzone na skrawkach tkankowych wykazały silny sygnał znakowania w komórkach miękiszu palisadowego, gąbczastego i aparatach szparkowych. Natomiast analizy na poziomie ultrastrukturalnym wykazywały obecność intensywnego znakowania w chloroplastach, peroksysomach i cytosolu [32]. Ponieważ podobne doświadczenia nie były wcześniej wykonywane, brak jest wcześniejszych prób wyjaśnienia takiego rozmieszczenia enzymu. Dobitnym potwierdzeniem tego, że cyklazy są obecne w tkankach roślinnych jest znalezienie genu/ów kodujących te enzymy. Do chwili obecnej w Banku genów zdeponowano kilka sekwencji kodujących przypuszczalne roślinne cyklazy [33]. Ponadto ukazały się prace doświadczalne poruszające problem obecności u roślin genów kodujących cyklazy nukleotydów purynowych. Analizy wszystkich 4 opisanych roślinnych cyklaz guanylanowych: AtGC1 [34] i AtBRI-1 z rzodkiewnika (Arabidopsis thaliana) [35], ZnGC-1 z kukurydzy (Zea mays) [36], PnGC- 1 z wilca (Pharbitis nil) [33] wykazują, że posiadają one cechy pozwalające je zakwalifikować do rodziny cyklaz guanylanowych, jednocześnie różnią się one w budowie od znanych cyklaz zwierząt. Po pierwsze, analizy prawdopodobnej sekwencji reszt aminokwasowych wykazały, że w domenie katalitycznej występują wszystkie reszty aminokwasowe, które warunkują specyficzność reakcji [3]. Po drugie, centrum katalityczne zostało zlokalizowane na N-końcu, co odróżnia roślinne GC od zwierzęcych izoform. Po trzecie, spośród oznaczonych cyklaz jedynie AtBRI1 został scharakteryzowany jako część receptora brasinosteroidów, natomiast trzy pozostałe wydają się być enzymami zlokalizowanymi w cytosolu. Nie posiadają one ani sekwencji kierującej do błony, ani domen charakterystycznych dla cyklaz błonowych, tj. domeny odpowiedzialnej za wiązanie liganda, domeny transbłonowej oraz wewnątrzkomórkowej o właściwości kinaz. Po czwarte, zwierzęce rozpuszczalne cyklazy guanylanowe należą do dużej rodziny białek H-NOX (ang. heme nitric oxide and/or oxygen-binding domain), których aktywność jest regulowana poprzez tlenek azotu (NO) [37,38]. Białka te posiadają zachowany w ewolucji motyw C-X-X-H, który jest odpowiedzialny za wiązanie hemu i NO. Żadna z izoform roślinnych GC nie posiada takiej sekwencji, zaś aktywność AtGC1 i PnGC-1 nie zwiększała się w obecności SNP, jako donora NO. Dodatkową cechą PnGC-1 była obecność aminokwasów odpowiedzialnych za przyłączenie kwasu mirystynowego. Proces N-mirystoilacji odgrywa istotną rolę w wiązaniu białka do błon i procesie oddziaływania białko-białko. Odwracalne kotwiczenie lipidowe jest także jednym z czynników kontroli przekazywania sygnału w komórkach eukariotycznych. Pewne białka z kowalencyjnie przyłączonym lipidem, mogą zachowywać się jak białka rozpuszczalne, a kotwice nie pełnią wtedy funkcji unieruchamiającej białko, lecz odpowiadają za przekazywanie sygnału, co zostało zaobserwowane podczas odpowiedzi roślin na czynniki stresowe [39]. Jednakże jaką rolę odgrywa ten proces w przypadku cyklazy guanylanowej z P. nil nie wiadomo. Istnieje także szereg pośrednich dowodów na obecność w komórkach roślinnych cyklaz adenylanowych. Stwierdzono, że znaczący wpływ na zmiany endogennego poziomu camp odgrywają: niska temperatura [39], egzogennie aplikowane fitohormony [30,40,41], światło [42,43], jak również czynniki pochodzenia wirusowego, bakteryjnego i grzybowego [44-46]. Wskazuje to na obecność u roślin cyklazy adenylanowej, której aktywność podlega modulacji przez te czynniki. Początkowe doświadczenia zmierzające do zidentyfikowania roślinnych cyklaz adenylanowych związanych z błonami (tmac) prowadzone były poprzez pomiar ilości grup fosforanowych, powstających jako rezultat formowania camp z ATP, wiązanych poprzez metale ciężkie (takie jak ołów, cer). Metoda ta była obarczona szeregiem błędów, ponieważ w przypadku wielu reakcji PPi jest jednym z uzyskiwanych produktów. Ponadto samo użycie metali ciężkich mogło zredukować aktywność enzymu. Pomimo tych mankamentów metoda ta wykazała obecność AC w plazmalemmie i błonie chloroplastów komórek roślinnych [47]. Kolejnych dowodów dostarczyły wyniki badań z wykorzystaniem imido-difosforanu adenozyny, jako substratu cyklazy adenylanowej [48]. Stwierdzono, że tmac jest zlokalizowana w plazmalemmie, tonoplaście i plastydach komórek mchu prątnika srebrzystego (Bryum argenteum). Inni badacze [49] używając takiego samego substratu i przeciwciał znakowanych złotem, skierowanych na camp, zlokalizowali camp jako produkt aktywności AC w stromie i przestrzeni międzybłonowej chloroplastów tytoniu (Nicotiana tabacum). U ziemniaka (Solanum tuberosum) camp powstaje prawie we wszystkich organellach komórkowych, przy czym najsilniejszym sygnałem charakteryzowały się chloroplasty i jądro [45,50]. Analiza frakcji błonowych uzyskanych z kwiatów lilii (Lilium x hybridum hort cv. Connecticut) wykazała, że występujący tam enzym konwertuje ATP do camp, a jego 414
7 aktywność zmienia się pod wpływem forskoliny i AlF 3 [51]. Dane literaturowe wskazują, że roślinne izoformy tmac działają w szerokim zakresie ph, od 4,8 do 8,8 [52,53], a do swojej aktywności wymagają obecności jonów magnezowych, analogicznie do cyklaz zwierzęcych i tych opisanych u mikroorganizmów. Również związki takie jak forskolina czy NaF, które modulują aktywność cyklaz adenylanowych u zwierząt, mają wpływ na aktywność tmac wyizolowanych z tkanek roślinnych [40,41]. W 2002 roku stwierdzono [27], na podstawie analizy genomu organizmów prokaryotycznych i eukaryotycznych, że rośliny nie posiadają rozpuszczalnej cyklazy adenylanowej. Aby wyjaśnić brak u roślin odpowiednika zwierzęcych cyklaz adenylanowych wysunięto hipotezę [54], która zakłada, że geny kodujące cyklazy adenylanowe u roślin mają inną budowę domenową i mogą być ukryte pośród innych genów, szczególnie genów odporności, których liczba u Arabidopsis sięga 300, a u ryżu ok Produkty ekspresji tych genów mogą bezpośrednio wpływać na aktywność szlaków przekazywania informacji u roślin. Dotychczasowe, pojedyncze jeszcze wyniki sugerują poprawność tej hipotezy. Na podstawie homologii do rejonu bogatego w reszty leucyny, charakterystycznego dla cyklaz adenylanowych, u Zea mays zidentyfikowano gen PSiP. Gen ten posiada domenę ATPazy typu AAA, lecz brak mu typowej domeny katalitycznej C1 i C2, charakterystycznej dla cyklaz adenylanowych. Brak tej domeny budzi wątpliwości co do przypisywanej mu funkcji. Istnieją jednakże dodatkowe dowody, że białko to jest rzeczywiście cyklazą adenylanową. Dostarczyły je badania wykonane na zmutowanym szczepie E. coli, który charakteryzował się zaburzoną przemianą węglowodanów. Bakterie te nie posiadały także aktywnej cyklazy adenylanowej. Wprowadzenie do tych komórek genu PSiP spowodowało pojawienie się w nich cyklicznego AMP i normalną przemianę cukrów. Moutinho i wsp. [54] zaobserwowali również, że ekspresja tego genu i podniesienie endogennego poziomu camp są niezbędne do kiełkowania i wzrost łagiewki pyłkowej, a stymulujący wpływ forskoliny wskazuje na udział błonowej cyklazy adenylanowej w tym procesie. W roku 1988 roku [55] wyizolowano i częściowo oczyszczono rozpuszczalną cyklazę adenylanową z komórek lucerny. Jej aktywność w obecności Mg 2+ -ATP była stymulowana poprzez dodanie Ca 2+ lub kalmoduliny. GTP, forskolina, NaF i toksyna cholery (modulatory tmac) nie miały wpływu na aktywność tego enzymu. Dziewięć lat później Ishikava i wsp. [41] zidentyfikowali gen kodujący prawdopodobną rozpuszczalną cyklazę adenylanową. Białko stworzone na bazie cdna, oznaczone jako axi141, posiadało odcinek bogaty w reszty leucyny i wykazywało homologię do cyklazy adenylanowej z komórek drożdży rozszczepkowych (Schizosaccharomyces pombe). Ostatnio, w wyniku prac prowadzonych na ziemniaku [47,50] zidentyfikowano rozpuszczalną cyklazę adenylanową, która była aktywowana przez jony magnezu i jony dwuwęglanowe, natomiast NaF nie miał wpływu na tempo syntezy camp. Analizy immunochemiczne z wykorzystaniem specyficznych przeciwciał skierowanych przeciw domenie katalitycznej cyklaz adenylanowych pozwoliły na zidentyfikowanie białek o różnych masach cząsteczkowych, od 225 do 60 kda, dostarczając tym samym dowodów na rolę proteolizy w procesie uzyskiwania aktywnego enzymu. Obecność w komórkach roślinnych białek CAP (ang. cyclase associated protein) (synonim: Srv2p), biorących udział w polimeryzacji aktyny, stanowi ostatni z dowodów na istnienie u roślin cyklaz adenylanowych. Białka te opisane początkowo u drożdży Saccharomyces cerevisiae [55] zostały następnie zidentyfikowane także u roślin [57,58]. Co najważniejsze, białka te posiadają na końcu N domenę wiążącą cyklazę adenylanową, która jest niezbędna do ich aktywacji. Wskazuje to jednoznacznie na konieczność istnienia takich cyklaz u roślin. PODSUMOWANIE W ostatnich latach nasza wiedza dotycząca cyklicznych nukleotydów, jako elementów łańcucha przekazywania sygnałów u roślin, jest sukcesywnie uzupełniana i wzbogacana o nowe informacje. Ciągle jednak jesteśmy na początku drogi prowadzącej do zrozumienia różnorodności i złożoności roślinnych systemów przekazywania sygnałów. W przypadku cyklicznych nukleotydów i układów generujących ich powstawanie ta wiedza jest szczególnie uboga i fragmentaryczna. Początkowe niepowodzenia dotyczące identyfikacji cyklaz nukleotydów purynowych u roślin tłumaczone były tym, że w komórkach kręgowców przekazywanie sygnałów z udziałem cyklicznych nukleotydów związane jest z kontrolą procesów związanych z ruchem, tak więc utrata przez rośliny tych zdolności spowodowała zanik cyklaz adenylanowych i guanylanowych. Jednakże mija się to z prawdą, ponieważ w komórkach roślinnych zachodzi wiele procesów, w których ruch komórki odgrywa istotną rolę tj. ruchy aparatów szparkowych, kiełkowanie ziarna pyłku, ruch organelli komórkowych. W procesach tych, jak również w szeregu innych udział cgmp i camp został udowodniony. Skłaniać by się należało raczej do stwierdzenia, że cyklazy roślinne charakteryzują się inną budową i wymagają innych aktywatorów warunkujących ich aktywność, a przedstawione powyżej wyniki potwierdzają to założenie. PIŚMIENNICTWO 1. Murad F (1994) Cyclic GMP: synthesis, metabolism and function, W: Murad F (red) Advances in Pharmacology, Academic Press, Inc, San Diego, California vol Baker DA, Kelly JM (2004) Purine nucleotide cyclases in the malaria parasite. Trends Parasitol 20: Mc Cue LA, MC Donough KA, Lawrence CE (2000) Functional classification of cnmp-binding proteins and nucleotide cyclases with implications for novel regulatory pathways in Mycobacterium tuberculosis. Genom Res 10: Tellez-Sosa J, Soberon N, Vega-Segura A, Torres-Marquez ME, Cevallos MA (2002) The Rhizobium etli cyac product: characterization of a novel adenylate cyclase class. J Bacteriol 184: Postępy Biochemii 56 (4)
8 5. Shenoy AR, Visweswariah SS (2004) Class III nucleotide cyclases in bacteria and archaebacteria: lineage specific expansion of adenylyl cyclases and a dearth of guanylyl cyclases. FEBS Lett 561: Annatharaman V, Aravind L (2001) The CHASE domain: a predicted ligand-binding module in plant cytokinin receptors and other eukaryotic and bacterial receptors. Trends Biochem Sci 26: De Alda J, Ajlani G, Houmard J (2000) Synechocystis strain PCC 6803 cya2, a prokaryotic gene that encodes a guanylyl cyclase. J Bacteriol 182: Schaap P (2005) Guanylyl cyclases across the tree of life. Front Biosci 10: Kido M, Shima F, Satoh T, Asato T, Kariya K-I, Kataoka T (2002) Critical function of the Ras-associating domain as a primary Ras-binding site for regulation of Saccharomyces cerevisiae adenylyl cyclase. J Biol Chem 277: Lucas KA, Pitari GM, Kazerounian S, Ruiz-Steward I, Park J, Schulz S, Chepenik KP, Waldman AS (2001) Guanylyl cyclases and signaling by cyclic GMP. Pharmacol Rev 52: Lucas KA, Pitari GM, Kazerounian S, Ruiz-Stewart I, Park J, Schultz S, Chepenik KP, Waldman SA (2000) Guanylyl cyclase and signaling by cyclic GMP. Pharmacol Rev 52: Sunahara RK, Taussig R (2002) Isoforms of mammalian adenylyl cyclase: multiplicities of signaling. Mol Interventions 2: Nighorn A, Byrnes KA, Morton DB (1999) Identification and characterization of a novel beta subunit of soluble guanylyl cyclase that is active in the absence of a second subunit and is relatively insensitive to nitric oxide. J Biol Chem 274: Simpson PJ, Nighorn A, Morton DB (1999) Identification of a novel guanylyl cyclase that is related to receptor guanylyl cyclases, but lacks extracellular and transmembrane domains. J Biol Chem 274: Biswas KH, Shenoy AR, Dutta A, Visweswariah SS (2009) The evolution of guanylyl cyclases as multidomain proteins: conserved features of kinase-cyclase domain fusions. J Mol Evol 68: Cooper DMF, Mons N, Karpen JW (1995) Adenylyl cyclase and the interaction between calcium and camp signaling. Nature 374: Buck J, Sinclair ML, Schapal L, Cann MJ, Levin LR (1999) Cytosolic adenylyl cyclase defines a unique signaling molecule in mammals. Proc Natl Acad Sci USA 96: Litvin TN, Kamenetsky M, Zarifyan A, Buck J, Levin LR (2003) Kinetic properties of soluble adenylyl cyclase. J Biol Chem 278: Zippin JH, Levin LR, Buck J (2001) CO 2 /HCO 3 -responsive soluble adenylyl cyclases a putative metabolic sensor. Trends Endocrinol Metab 12: Wuttke MS, Buck J, Levin LR (2001) Bicarbonate-regulated soluble adenylyl cyclase. JOP J Pancreas 2: Kamenetsky M, Middelhaufe S, Bank EM, Levin LR, Buck J, Steegborn C (2006) Molecular details of camp generation in mammalian cells: a tale of two systems. J Mol Biol 362: Linder JU, Schultz JE (2003) The class III adenylyl cyclases: multi-purpose signalling modules. Cell Signal 15: L Etoile ND, Bargmann CI (2000) Olfaction and odor discrimination are mediated by the C. elegans guanylyl cyclase ODR-1. Neuron 25: Morton DB, Anderson EJ (2003) MsGC-beta3 forms active homodimers and inactive heterodimers with NO sensitive soluble guanylyl cyclase subunits. J Exp Biol 206: Weber JH, Vishnyakov A, Hambach K, Schultz A, Schultz JE, Linder JU (2004) Adenylyl cyclases from Plasmodium, Paramecium and Tetrahymena are novel ion channel/enzyme fusion proteins. Cell Signal 16: Linder JU, Schultz JE (2002) Guanylyl cyclase in unicellular organisms. Mol Cell Biochem 230: Roelofs J, Van Haastert PJ (2002) Characterization of two unusual guanylyl cyclases from Dictyostelium. J Biol Chem 277: Szalaty M (2004) Udział cgmp w szlakach transdukcji sygnałów w komórkach roślinnych. Post Biol Kom 30: Szmidt-Jaworska A, Jaworski K, Kopcewicz J (2007) Cykliczne nukleotydy u roślin wyższych. Post Biol Kom 34: Newton RP, Roef L, Witters E, Van Onckelen H (1999) Cyclic nucleotides in higher plants: the enduring paradox. New Phytol 143: Volotovsky ID, Dubovskaya LV, Molchan OV (2003) Photoreceptor phytochrome regulates the cyclic guanosine3,5 -monophosphate synthesis in Avena sativa L. cells. Bul J Plant Physiol 29: Szmidt-Jaworska A, Jaworski K, Kopcewicz J (2008) Effect of light on soluble guanylyl cyclase activity in Pharbitis nil seedlings. J Photochem Photobiol B: Biol 93: Szmidt-Jaworska A, Jaworski K, Pawełek A, Kopcewicz J (2009) Molecular cloning and characterization of a guanylyl cyclase, PnGC-1, involved in light signaling in Pharbitis nil. J Plant Growth Regul 28: Ludidi N, Gehring C (2003) Identification of a novel protein with guanylyl cyclase activity in Arabidopsis thaliana. J Biol Chem 278: Kwezi L, Meier S, Mungur L, Ruzvidzo O, Irving H, Gehring C (2007) The Arabidopsis thaliana brassinosteroid receptor (AtBRI1) contains a domain that functions as a guanylyl cyclase in vitro. PLoS ONE 2: e Yuan J, Liakat AM, Taylor J, Liu J, Sun G, Liu W, Masilimany P, Gulati- Sakhuja A, Pauls KP (2008) A guanylyl cyclase-like gene is associated with giberella ear rot resistance in maize (Zea mays L). Theor Appl Genet 116: Boon EM, Marletta MA (2005) Ligand discrimination in soluble guanylate cyclases and the H-NOX family of heme sensor proteins. Curr Opin Chem Biol 9: Lawson DM, Stevenson CE, Andrew CR, Eady RR (2000) Unprecedented proximal binding of nitric oxide to heme: implications for guanylate cyclase. EMBO J 19: de Vries JS, Andriotis VM, Wu AJ, Rathjen JP (2006) Tomato Pto encodes a functional N-myristoylation motif that is required for signal transduction in Nicotiana benthamiana. Plant J 45: Karimova G, Tyrikina EY, Zaharova Y (2005) camp dependent phosphorylation of pea proteins, induced by forskolin. Physiol Plant 52: Ichikawa Y, Homsy C (1997) The adenylyl cyclases as integrators from transmembrane signal transduction. Circ Res 80: Gasumov KG, Shichijo S, Bayramov SM, Hashimoto T (2001) Membrane and soluble fractions of adenylate cyclase from Sorgum bicolor seedlings positively react to the action of red and far red lights. First Conference on Photochemistry and Photobiology ( 43. Koumura Y, Suzuki T, Yoshikawa S, Watanabe M, Iseki M (2004) The origin of photoactivated adenylyl cyclase (PAC), the Euglena blue-light receptor: phylogenetic analysis of orthologues of PAC subunits from several euglenoids and trypanosome-type adenylyl cyclase from Euglena gracilis. Photochem Photobiol Sci 3: Jiang J, Fan LW, Wu WH (2005) Evidences for involvement of endogenous camp in Arabidopsis defense responses to Verticillium toxins. Cell Res 15: Lomovatskaya LA, Romanenko AS, Krivolapova NV, Kopytchuk VN (2006) Activity of transmembrane and soluble forms of adenylyl cyclases in potato cell organelles during bacterial pathogenesis. Doklady Biol Sci 409: Zhao J, Guo YG, Fujita K, Sakai K (2003) Involvement of camp signaling in elicitor-induced phytoalexin accumulation in Cupressus lusitanica cell cultures. New Phytol 161: Lomovatskaya LA, Romanenko AS, Filinova NV (2008) Plant adenylate cyclases. J Recep Signal Trans 28: Bhalta SC, Chopra RN (1984). Subcellular localization of adenylate cyclase in the shoot apices of Bryum argenteum Hedw. Ann Botany 54: Witters E, Valcke R, Van Onckelen H (2005) Cytoenzymological analysis of adenylyl cyclase activity and 3 :5 -camp immunolocalization on chloroplasts of Nicotiana tabacum. New Phytol 168: Lomovatskaya LA, Romanenko AS, Krivolapova NV, Kopytchuk VN (2007) Functioning of soluble and membrane-associated forms of ad
9 enylyl cyclase in plant cell organelles under biotic stress. Biol Memb 24: Legendre L, Derckel JP, Wrisez F, Correze C, Audran JC, Haye B, Lambert B (1997) Evidence for the existence of camp in lily plant flower tissues. Phytochem 44: Tarshevsky IA (2001) Plant metabolism under stress. Kasan, FAN Viskrebenceva AI, Ivanov GG (1981) Adenylyl cyclase of sugar-beet edible roots. Localization and some properties. Doklady Biol Sci 258: Moutinho A, Hussey PJ, Trewavas AJ, Malho R (2001) camp acts as a second messenger in pollen tube growth and reorientation. Proc Natl Acad Sci USA 98: Carricarte VC, Bianchini GM, Muschietti JP, Tellez-Inon MT, Perticari A, Torres N, Flawia M (1988) Adenylate cyclase activity in a higher plant alfalfa (Medicago sativa). Biochem J 249: Gerst JE, Ferguson K, Vojtek A, Wigler M, Field J (1991) CAP is a bifunctional component of the Saccharomyces cerevisiae adenylyl cyclase complex. Mol Cell Biol 11: Chaudhry F, Guerin C, Von Witsch M, Blanchoin L, Staiger CJ (2007). Identification of Arabidopsis cyclase-associated protein 1 as the first nucleotide exchange factor for plant actin. Mol Biol Cell 18: Wang S, Zhao G-H, Jia Y-H, Du X-M (2008) Cloning and characterization of a CAP gene expressed in Gossypium arboretum fuzzless mutant. Crop Sci 48: Zippin JH, Farrek J, Kamenetsky W, Hess KC, Fischman DA, Levin LR, Buck J (2004) Bicarbonate-responsive soluble adenylyl cyclase defines a nuclear camp microdomain. J Cell Biol 64: Plant purine nucleotide cyclases Adriana Szmidt-Jaworska * Nicolaus Copernicus University, Institute of General and Molecular Biology, Department of Physiology and Molecular Biology of Plants, 9 Gagarina St., PL Torun, Poland * asjawors@umk.pl Key words: camp, cgmp, adenylyl cyclase, guanynyl cyclase, cyclic nucleotides ABSTRACT Cyclic nucleotides (camp and cgmp) play an essential role in many important cellular processes in prokaryotic and eukaryotic organisms. They are produced by purine nucleotide cyclases: adenylyl and guanylyl cyclases. They are classified as one of two distinct forms: soluble and bound to membranes. Beside the differences in enzyme localization, the domain structure and regulation of enzymes activity are also diverse. However, all cyclases possess three groups of important residues: substrate specifying residue, metal binding residues and transition state stabilization residues. The natural occurrence of cyclic nucleotides in plants is now established. It was shown that in higher plants cnmps act as a second messengers in a large number of (patho)physiological responses. However, it is only recently that the first plant enzymes with AC and GC activity of the unique structure have been identified and functionally characterized. In this study a systematic analysis of all the known prokaryotic, fungal and animal cyclases was done and direct evidences for the presence AC and GC in plant cells were shown. Postępy Biochemii 56 (4)
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN
MECHANIZMY WZROSTU i ROZWOJU ROŚLIN Jaka jest rola kinaz MA (generalnie)? Do czego służy roślinom (lub generalnie) fosfolipaza D? Czy u roślin występują hormony peptydowe? Wymień znane Ci rodzaje receptorów
Nukleotydy w układach biologicznych
Nukleotydy w układach biologicznych Schemat 1. Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy Schemat 2. Dinukleotyd NADP + Dinukleotydy NAD +, NADP + i FAD uczestniczą w procesach biochemicznych, w trakcie których
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI
ROLA WAPNIA W FIZJOLOGII KOMÓRKI Michał M. Dyzma PLAN REFERATU Historia badań nad wapniem Domeny białek wiążące wapń Homeostaza wapniowa w komórce Komórkowe rezerwuary wapnia Białka buforujące Pompy wapniowe
Biosynteza cyklicznego GMP w komórkach roślinnych nowe informacje dotyczące cyklaz guanylanowych
Biosynteza cyklicznego GMP w komórkach roślinnych nowe informacje dotyczące cyklaz guanylanowych Brygida Świeżawska * Katarzyna Marciniak Adriana Szmidt-Jaworska Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Wydział
Cyklaza guanylanowa. Katarzyna Osytek. Warszawski Uniwersytet Medyczny
Cyklaza guanylanowa Katarzyna Osytek Warszawski Uniwersytet Medyczny Przekaźniki I-ego rzędu hormony czynniki wzrostu neurotransmitery NO Efektory enzymatyczne cyklazy nukleotydowe fosfodiesterazy fosfolipazy
CYKLICZNE NUKLEOTYDY U ROŒLIN WY SZYCH
49 POSTÊPY BIOLOGII KOMÓRKI TOM 34 2007 NR 1 (49 67) CYKLICZNE NUKLEOTYDY U ROŒLIN WY SZYCH CYCLIC NUCLEOTIDES IN HIGHER PLANTS Adriana SZMIDT-JAWORSKA, Krzysztof JAWORSKI, Jan KOPCEWICZ Zak³ad Fizjologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Transport przez błony
Transport przez błony Transport bierny Nie wymaga nakładu energii Transport aktywny Wymaga nakładu energii Dyfuzja prosta Dyfuzja ułatwiona Przenośniki Kanały jonowe Transport przez pory w błonie jądrowej
Interakcje między abiotycznymi i biotycznymi czynnikami stresowymi: od teorii do praktyki Elżbieta Kuźniak Joanna Chojak
Katedra Fizjologii i Biochemii Roślin Uniwersytetu Łódzkiego Interakcje między abiotycznymi i biotycznymi czynnikami stresowymi: od teorii do praktyki Elżbieta Kuźniak Joanna Chojak Plan wykładu Przykłady
biologiczne mechanizmy zachowania seminarium + laboratorium M.Eng. Michal Adam Michalowski
biologiczne mechanizmy zachowania seminarium + laboratorium M.Eng. Michal Adam Michalowski michal.michalowski@uwr.edu.pl michaladamichalowski@gmail.com michal.michalowski@uwr.edu.pl https://mmichalowskiuwr.wordpress.com/
Przekazywanie sygnałów w mechanizmach działania fitohormonów. Przekazywanie sygnałów w komórkach zwierzęcych. Stężenie kinetyny (mg/litr)
Stężenie kinetyny (mg/litr) 2015-11-03 Przekazywanie sygnałów w komórkach zwierzęcych Przekazywanie sygnałów w mechanizmach działania fitohormonów Literatura: www.umk.pl/~kesy/mechanizmy_wzrostu/ligazy_ubikwitynowo-bialkowe.pdf
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE
THE UNFOLDED PROTEIN RESPONSE Anna Czarnecka Źródło: Intercellular signaling from the endoplasmatic reticulum to the nucleus: the unfolded protein response in yeast and mammals Ch. Patil & P. Walter The
SEMINARIUM 8:
SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,
Grzegorz Satała, Tomasz Lenda, Beata Duszyńska, Andrzej J. Bojarski. Instytut Farmakologii Polskiej Akademii Nauk, ul.
Grzegorz Satała, Tomasz Lenda, Beata Duszyńska, Andrzej J. Bojarski Instytut Farmakologii Polskiej Akademii Nauk, ul. Smętna 12, Kraków Plan prezentacji: Cel naukowy Podstawy teoretyczne Przyjęta metodyka
Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny
Zasady oceniania rozwiązań zadań 48 Olimpiada Biologiczna Etap centralny Zadanie 1 1 pkt. za prawidłowe podanie typów dla obydwu zwierząt oznaczonych literami A oraz B. A. ramienionogi, B. mięczaki A.
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)
Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek
października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Właściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Transport przez błony Współczynnik przepuszczalności [cm/s] RóŜnice składu jonowego między wnętrzem komórki ssaka a otoczeniem
Bioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa
Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Informator (przekaźnik) pierwotny czynnik fizyczny lub chemiczny będący nośnikiem
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników
Substancje o Znaczeniu Biologicznym
Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała
Profil metaboliczny róŝnych organów ciała Uwaga: tkanka tłuszczowa (adipose tissue) NIE wykorzystuje glicerolu do biosyntezy triacylogliceroli Endo-, para-, i autokrynna droga przekazu informacji biologicznej.
Nowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad
Making the impossible possible: the metamorphosis of Polish Biology Olympiad Takao Ishikawa Faculty of Biology, University of Warsaw, Poland Performance of Polish students at IBO Gold Silver Bronze Merit
Transportowane cząsteczki CO O, 2, NO, H O, etanol, mocznik... Zgodnie z gradientem: stężenia elektrochemicznym gradient stężeń
Transportowane cząsteczki Transport przez błony Transport bierny szybkość transportu gradien t stężeń kanał nośnik Transport z udziałem nośnika: dyfuzja prosta dyfuzja prosta CO 2, O 2, NO,, H 2 O, etanol,
Charakterystyka izoenzymów aminotransferazy asparaginianowej z siewek pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.)
Charakterystyka izoenzymów aminotransferazy asparaginianowej z siewek pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.) Marcin Maciąga & Andrzej Paszkowski Katedra Biochemii, Wydział Rolnictwa i Biologii, SGGW
Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa
Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Informator (przekaźnik) pierwotny czynnik fizyczny lub chemiczny będący nośnikiem
Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa
Informator (przekaźnik) pierwotny czynnik fizyczny lub chemiczny będący nośnikiem informacji odebranej przez komórkę. Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa Receptor cząsteczka chemiczna ( peptyd
Tematy- Biologia zakres rozszerzony, klasa 2TA,2TŻ-1, 2TŻ-2
Tematy- Biologia zakres rozszerzony, klasa 2TA,2TŻ-1, 2TŻ-2 Nr lekcji Temat Zakres treści 1 Zapoznanie z PSO, wymaganiami edukacyjnymi i podstawą programową PSO, wymagania edukacyjne i podstawa programowa
Organizacja tkanek - narządy
Organizacja tkanek - narządy Architektura skóry tkanki kręgowców zbiór wielu typów komórek danej tkanki i spoza tej tkanki (wnikają podczas rozwoju lub stale, w trakcie Ŝycia ) neurony komórki glejowe,
Translacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Spis treści. 1. Wiadomości wstępne Skład chemiczny i funkcje komórki Przedmowa do wydania czternastego... 13
Przedmowa do wydania czternastego... 13 Częściej stosowane skróty... 15 1. Wiadomości wstępne... 19 1.1. Rys historyczny i pojęcia podstawowe... 19 1.2. Znaczenie biochemii w naukach rolniczych... 22 2.
wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Przegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
TATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni
Jaki koń jest nie każdy widzi - genomika populacji polskich ras koni Gurgul A., Jasielczuk I., Semik-Gurgul E., Pawlina-Tyszko K., Szmatoła T., Bugno-Poniewierska M. Instytut Zootechniki PIB Zakład Biologii
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne
białka wiążące specyficzne sekwencje DNA czynniki transkrypcyjne http://www.umass.edu/molvis/bme3d/materials/jtat_080510/exploringdna/ch_flex/chapter.htm czynniki transkrypcyjne (aktywatory/represory)
SESJA 10 ODPOWIEDŹ ORGANIZMÓW NA CZYNNIKI BIOTYCZNE I ABIOTYCZNE WYKŁADY
SESJA 10 ODPOWIEDŹ ORGANIZMÓW NA CZYNNIKI BIOTYCZNE I ABIOTYCZNE WYKŁADY 238 SESJA 10 WYKŁADY W10-01 REAKTYWNE FORMY TLENU JAKO ELEMENT REAKCJI KOMÓREK NA STRES Grzegorz Bartosz Katedra Biofizyki Molekularnej
Właściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność Transport przez błony Cząsteczki < 150Da Błony - selektywnie przepuszczalne RóŜnice składu jonowego między wnętrzem komórki ssaka
Komórka eukariotyczna
Komórka eukariotyczna http://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=plik:hela_cells_stained_with_hoechst_33258.jpg cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii,
Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Część V: Przekazywanie sygnałów. DO WYKŁADÓW Z PODSTAW BIOFIZYKI IIIr. Biotechnologii prof. dr hab. inż. Jan Mazerski
MATERIAŁY PMCNICZE D WYKŁADÓW Z PDSTAW BIFIZYKI IIIr. Biotechnologii prof. dr hab. inż. Jan Mazerski PRZEKAZYWANIE SYGNAŁÓW Cechą charakterystyczną układów żywych jest zdolność do zachowywania wewnętrznej
Bezpośrednia embriogeneza somatyczna
Bezpośrednia embriogeneza somatyczna Zarodki somatyczne formują się bezpośrednio tylko z tych komórek roślinnych, które są kompetentne już w momencie izolowania z rośliny macierzystej, czyli z proembriogenicznie
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej)
PODSTAWY IMMUNOLOGII Komórki i cząsteczki biorące udział w odporności nabytej (cz.i): wprowadzenie (komórki, receptory, rozwój odporności nabytej) Nadzieja Drela ndrela@biol.uw.edu.pl Konspekt do wykładu
Wykład 14 Biosynteza białek
BIOCHEMIA Kierunek: Technologia Żywności i Żywienie Człowieka semestr III Wykład 14 Biosynteza białek WYDZIAŁ NAUK O ŻYWNOŚCI I RYBACTWA CENTRUM BIOIMMOBILIZACJI I INNOWACYJNYCH MATERIAŁÓW OPAKOWANIOWYCH
Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW. Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki
Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki Metabolizm całokształt przemian biochemicznych i towarzyszących
mirna i zmiany faz wzrostu wegetatywnego
mirna i zmiany faz wzrostu wegetatywnego mir156 reguluje ekspresję genów SPL (SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE) Defekty morfologiczne wywołane nadekspresją mirna w Arabidopsis" mirna156 mirna166
Dominika Stelmach Gr. 10B2
Dominika Stelmach Gr. 10B2 Czym jest DNA? Wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny z grupy kwasów nukleinowych Zawiera kwas deoksyrybonukleoinowy U organizmów eukariotycznych zlokalizowany w jądrze
2014-03-26. Analiza sekwencji promotorów
2014-03-26 Analiza sekwencji promotorów 1 2014-03-26 TFy tworzą zawiły układ regulacyjny, na który składają się różne oddziaływania białko białko poprzez wytworzenie PĘTLI Specyficzne TFy Ogólne TFy Benfey,
Chemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Wykład 5. Remodeling chromatyny
Wykład 5 Remodeling chromatyny 1 Plan wykładu: 1. Przebudowa chromatyny 2. Struktura, funkcje oraz mechanizm działania kompleksów remodelujących chromatynę 3. Charakterystyka kompleksów typu SWI/SNF 4.
Hormony Gruczoły dokrewne
Hormony Gruczoły dokrewne Dr n. biol. Urszula Wasik Zakład Biologii Medycznej HORMON Przekazuje informacje między poszczególnymi organami regulują wzrost, rozwój organizmu efekt biologiczny - niewielkie
Dr hab. med. Aleksandra Szlachcic Kraków, Katedra Fizjologii UJ CM Kraków, ul. Grzegórzecka 16 Tel.
Dr hab. med. Aleksandra Szlachcic Kraków, 10.08.2015 Katedra Fizjologii UJ CM 31-531 Kraków, ul. Grzegórzecka 16 Tel.: 601 94 75 82 RECENZJA PRACY DOKTORSKIEJ Recenzja pracy doktorskiej mgr Michała Stanisława
POZIOMY WYMAGAŃ EDUKACYJNYCH Z BIOLOGII DLA UCZNIÓW Z UPOŚLEDZENIEM W STOPNIU LEKKIM
DLA UCZNIÓW Z UPOŚLEDZENIEM W STOPNIU LEKKIM DZIAŁ I, II i III: RÓŻNORODNOŚĆ ŻYCIA Uczeń umie wymienić niektóre czynności żywego organizmu. Uczeń wie, co to jest komórka. Uczeń umie wymienić niektóre czynności
Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD
Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA
The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna
Streszczenie rozprawy doktorskiej pt. The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna mgr Tomasz Turowski, promotor prof. dr hab.
Priony. co dobrego mówią nam drożdże? Takao Ishikawa Zakład Biologii Molekularnej Uniwersytet Warszawski
Priony co dobrego mówią nam drożdże? Takao Ishikawa Zakład Biologii Molekularnej Uniwersytet Warszawski Choroba Kreutzfeldta-Jakoba Pierwsze opisy pochodzą z lat 30. XX wieku Zakaźna choroba, często rodzinna
WYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII KLASA 5 DOBRY. DZIAŁ 1. Biologia jako nauka ( 4godzin)
WYMAGANIA EDUKACYJNE Z BIOLOGII KLASA 5 DOPUSZCZAJĄCY DOSTATECZNY DOBRY BARDZO DOBRY CELUJĄCY DZIAŁ 1. Biologia jako nauka ( 4godzin) wskazuje biologię jako naukę o organizmach wymienia czynności życiowe
Transport makrocząsteczek
Komórka eukariotyczna cytoplazma + jądro komórkowe = protoplazma W cytoplazmie odbywa się: cała przemiana materii, dzięki której organizm uzyskuje energię biosynteza białka i innych związków Transport
Rola białek błonowych w odpowiedzi roślin nas abiotyczne czynniki stresowe
Rola białek błonowych w odpowiedzi roślin nas abiotyczne czynniki stresowe Grażyna Kłobus, Zakład Fizjologii Molekularnej Roślin, Instytut Biologii Eksperymentalnej, Uniwersytet Wroicławski Pompy protonowe
Właściwości błony komórkowej
płynność asymetria Właściwości błony komórkowej selektywna przepuszczalność Płynność i stan fazowy - ruchy rotacyjne: obrotowe wokół długiej osi cząsteczki - ruchy fleksyjne zginanie łańcucha alifatycznego
Hormony roślinne ( i f t i o t h o or o m r on o y n )
Hormony roślinne (fitohormony) Hormony roślinne: To związki chemiczne syntetyzowane w pewnych częściach rośliny służące do "komunikacji" pomiędzy poszczególnymi jej częściami. Działają w bardzo małych
POZIOMY WYMAGAŃ EDUKACYJNYCH Z BIOLOGII KLASA V
POZIOMY WYMAGAŃ EDUKACYJNYCH Z BIOLOGII KLASA V Program PULS ŻYCIA autor: Anna Zdziennicka Podręcznik do biologii opracowany przez: Joanna Stawarz i Marian Sęktas NA ŚRÓDROCZNĄ OCENĘ KLASYFIKACYJNĄ ocena
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją).
Historia informacji genetycznej. Jak ewolucja tworzy nową informację (z ma ą dygresją). Czym jest życie? metabolizm + informacja (replikacja) 2 Cząsteczki organiczne mog y powstać w atmosferze pierwotnej
POLITECHNIKA ŁÓDZKA INSTRUKCJA Z LABORATORIUM W ZAKŁADZIE BIOFIZYKI. Ćwiczenie 3 ANALIZA TRANSPORTU SUBSTANCJI NISKOCZĄSTECZKOWYCH PRZEZ
POLITECHNIKA ŁÓDZKA INSTRUKCJA Z LABORATORIUM W ZAKŁADZIE BIOFIZYKI Ćwiczenie 3 ANALIZA TRANSPORTU SUBSTANCJI NISKOCZĄSTECZKOWYCH PRZEZ BŁONĘ KOMÓRKOWĄ I. WSTĘP TEORETYCZNY Każda komórka, zarówno roślinna,
etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
WYKŁAD: Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Klasyczny przepływ informacji. Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach
WYKŁAD: Ekspresja genów realizacja informacji zawartej w genach Prof. hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Klasyczny przepływ informacji ( Dogmat) Białka Retrowirusy Białka Klasyczny
Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii. Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego
Joanna Bereta, Aleksander Ko j Zarys biochemii Seria Wydawnicza Wydziału Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii Uniwersytetu Jagiellońskiego Copyright by Wydział Bio chemii, Biofizyki i Biotechnologii
Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH
Z47 BADANIA WŁAŚCIWOŚCI ELEKTROFIZJOLOGICZNYCH BŁON KOMÓRKOWYCH I. Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest zapoznanie się z podstawową wiedzą na temat pomiarów elektrofizjologicznych żywych komórek metodą Patch
Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań
dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Michała Rażewa zatytułowanej Badania strukturalne drożdżowego degradosomu mitochondrialnego
Informacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Fizjologia nauka o czynności żywego organizmu
nauka o czynności żywego organizmu Stanowi zbiór praw, jakim podlega cały organizm oraz poszczególne jego układy, narządy, tkanki i komórki prawa rządzące żywym organizmem są wykrywane doświadczalnie określają
Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów
Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej
DNA musi współdziałać z białkami!
DNA musi współdziałać z białkami! Specyficzność oddziaływań między DNA a białkami wiążącymi DNA zależy od: zmian konformacyjnych wzdłuż cząsteczki DNA zróżnicowania struktury DNA wynikającego z sekwencji
Wykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT
Wykład 9: Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) odrębność genetyczna, która czyni każdego z nas jednostką unikatową Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej HUMAN GENOME
Zagadnienia na egzamin magisterski na kierunku Biologia Rok akad. 2017/2018
Zagadnienia na egzamin magisterski na kierunku Biologia Rok akad. 2017/2018 1. Katedra Ewolucji Molekularnej 1. Zastosowanie danych molekularnych w badaniach filogenetycznych 2. Filogeneza a systematyka
Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl
Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg
Bliskie spotkania z biologią. METABOLIZM część II. dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW
Bliskie spotkania z biologią METABOLIZM część II dr hab. Joanna Moraczewska, prof. UKW Instytut Biologii Eksperymetalnej, Zakład Biochemii i Biologii Komórki METABOLIZM KATABOLIZM - rozkład związków chemicznych
Regulacja Ekspresji Genów
Regulacja Ekspresji Genów Wprowadzenie o Ekspresja genu jest to złożony proces jego transkrypcji do mrna, o Obróbki tego mrna, a następnie o Translacji do białka. 4/17/2019 2 4/17/2019 3 E 1 GEN 3 Promotor
Identyfikacja substancji pochodzenia roślinnego z użyciem detektora CORONA CAD
Identyfikacja substancji pochodzenia roślinnego z użyciem detektora CORONA CAD Przemysław Malec Department of Plant Physiology and Biochemistry, Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology, Jagiellonian
Budowa kwasów nukleinowych
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 2. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa kwasów nukleinowych Kwasy nukleinowe (DA i RA) zbudowane są z nukleotydów
Właściwości błony komórkowej
Właściwości błony komórkowej płynność asymetria selektywna przepuszczalność szybka dyfuzja: O 2, CO 2, N 2, benzen Dwuwarstwa lipidowa - przepuszczalność Współczynnik przepuszczalności [cm/s] 1 Transport
Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka
Profesor Jacek Otlewski Wrocław, 23 lutego 2015 r. Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka Rozprawa doktorska mgr Magdaleny Banaś dotyczy
(przekaźniki II-go rzędu)
(przekaźniki II-go rzędu) Gabriel Nowak, Małgorzata Dybała Receptory i mechanizmy przekazywania sygnału (J.Z. Nowak, J.B. Zawilska, red.) Wyd. Nauk. PWN, Warszawa, 2004 Zakład Cytobiologii i Histochemii,
G C C A T C A T C C T T A C C
Praca kontrolna z biologii LO dla dorosłych semestr III Poniższa praca składa się z 25 zadań. Przy każdym poleceniu podano liczbę punktów możliwą do uzyskania za prawidłową odpowiedź. Za rozwiązanie zadań
Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego
Aleksandra Sałagacka Ocena ekspresji genu ABCG2 i białka oporności raka piersi (BCRP) jako potencjalnych czynników prognostycznych w raku jelita grubego Pracownia Biologii Molekularnej i Farmakogenomiki
Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji?
WYKŁAD: 4 Sirtuiny - eliksir młodości nowej generacji? Prof. dr hab. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej 1 Dieta niskokaloryczna (calorie restriction,cr) 2 3 4 Zdjęcie 2. Stuletnia mieszkanka
Podstawy biologii. Informacja, struktura i metabolizm.
Podstawy biologii Informacja, struktura i metabolizm. Informacje Kontakt: Paweł Golik Instytut Genetyki i Biotechnologii, Pawińskiego 5A pgolik@igib.uw.edu.pl Informacje, materiały: http://www.igib.uw.edu.pl/
Do moich badań wybrałam przede wszystkim linię kostniakomięsaka 143B ze względu na jej wysoki potencjał przerzutowania. Do wykonania pracy
Streszczenie Choroby nowotworowe stanowią bardzo ważny problem zdrowotny na świecie. Dlatego, medycyna dąży do znalezienia nowych skutecznych leków, ale również rozwiązań do walki z nowotworami. Głównym
Geny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Reakcje enzymatyczne. Co to jest enzym? Grupy katalityczne enzymu. Model Michaelisa-Mentena. Hamowanie reakcji enzymatycznych. Reakcje enzymatyczne
Reakcje enzymatyczne Enzym białko katalizujące reakcje chemiczne w układach biologicznych (przyśpieszają reakcje przynajmniej 0 6 raza) 878, Wilhelm uehne, użył po raz pierwszy określenia enzym (w zaczynie)
CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A. imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :.
CORAZ BLIŻEJ ISTOTY ŻYCIA WERSJA A imię i nazwisko :. klasa :.. ilość punktów :. Zadanie 1 Przeanalizuj schemat i wykonaj polecenia. a. Wymień cztery struktury występujące zarówno w komórce roślinnej,
Wydział Biochemii, Biofozyki i Biotechnologii Zakład Mikrobiologii Kierownik Prof. dr hab. Jan Potempa
Kraków, 13 października 2014 Wydział Biochemii, Biofozyki i Biotechnologii Kierownik Prof. dr hab. Jan Potempa Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Fabiana Giski pt. Rola bakteryjnego czynnika HopQ1 w modelowaniu
TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Komórka organizmy beztkankowe
Grupa a Komórka organizmy beztkankowe Poniższy test składa się z 12 zadań. Przy każdym poleceniu podano liczbę punktów możliwą do uzyskania za prawidłową odpowiedź. Za rozwiązanie całego testu możesz otrzymać