Fragmentacja białek mapy peptydowe

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Fragmentacja białek mapy peptydowe"

Transkrypt

1 Rozdział 8 Fragmentacja białek mapy peptydowe Fundamentalnym krokiem do poznania struktury białka jest enzymatyczna lub chemiczna degradacja białkowej makromolekuły do mniejszych fragmentów, które mogą być dokładnie scharakteryzowane w kontekście ich składu aminokwasowego i sekwencji. bydwa sposoby fragmentacji białek muszą spełniać kryteria stosunkowo wysokiej selektywności, powtarzalności i wydajności. Wymagania te sprawiają, Ŝe tylko niewielka część dostępnych metod fragmentacji białek znalazła szersze zastosowanie w sekwencyjnej praktyce laboratoryjnej Metody enzymatyczne Peptydazy naleŝące do klasy hydrolaz ( E 3.4._._) hydrolizują wiązania peptydowe powodując fragmentacje białek do peptydów i dalej do aminokwasów. Wśród szerokiego spektrum enzymów proteolitycznych tylko niewiele z nich posiada wystarczająco wysoką specyficzność pozwalającą na ich zastosowanie w laboratoryjnej praktyce fragmentacji białek dla celów sekwencyjnych.. aleŝy pamiętać jednak, Ŝe enzymy równieŝ są białkami. Zatem do ich prawidłowego działania konieczne jest zachowanie warunków zapewniających natywną konformację enzymu, która warunkuje jego aktywność. Stworzenie warunków stabilności i aktywności enzymu często nie idzie w parze z koniecznością zdenaturowania trawionego białka natywne białka są z zasady oporne na działanie enzymów proteolitycznych. Kolejnym problemem jest konieczność usunięcia enzymu z mieszaniny poreakcyjnej, co jest często kłopotliwe. aleŝy równieŝ zwrócić uwagę na fakt, Ŝe nie wszystkie białka moŝna strawić w poŝądany sposób. czywistym przykładem moŝe być oporność białkowych inhibitorów proteaz na działanie enzymów proteolitycznych. WaŜnym warunkiem jest takŝe konieczność stosowania bardzo czystych preparatów enzymatycznych by uniknąć niespecyficznego trawienia i dodatkowego zanieczyszczenia trawionego białka. Tu przykładem moŝe być wymóg stosowania preparatu trypsyny pozbawionej aktywności chymotrypsyny. WyŜej wymienione warunki sprawiają, Ŝe tylko kilka enzymów proteolitycznych stosuje się powszechnie do fragmentacji białek dla celów sekwencyjnych.

2 Trypsyna (E ) jest jednym z najbardziej specyficznych i dostępnych enzymów proteolitycznych, a z pewnością najbardziej szeroko uŝywanym. Jest jednym z kilku enzymów trawiennych wydzielanych do przewodu pokarmowego zwierząt. Wytwarzana jest w trzustce w formie proenzymu trypsynogenu. Jego aktywacja następuje poprzez proteolityczną obróbkę innym enzymem enteropeptydazą lub samą trypsyną. Trypsyna trawi specyficznie wiązania peptydowe po -końcowej stronie lizyny i argininy ( Lys-X, Agr- X ). Są jednak wyjątki od tej reguły. Gdy po reszcie lizyny lub argininy występuje prolina to wiązanie jest prawie całkowicie odporne na trawienie trypsyną. becność ujemnie naładowanych grup po którejkolwiek stronie reszty Lys lub Arg moŝe prowadzić do zmniejszenia wydajności trawienia lub nawet do zupełnej oporności wiązania na działanie enzymu. RównieŜ wiązania peptydowe w układach Arg-Arg, Lys-Lys, Arg-Lys i Lys-Arg nie ulegają hydrolizie pod wpływem trypsyny. Trypsyna jest proteinazą serynową, która maksymalną aktywność wykazuje w p 7 9. MoŜe być odwracalnie inaktywowana poprzez obniŝenie p poniŝej 4. Jest odporna na łagodne warunki denaturujące. Zachowuje 48% aktywności w 4M moczniku i w 2M chlorowodorku guanidyny. Trypsyna jest szybko i nieodwracalnie inaktywowana przez DFP i PMSF. Istnieje teŝ szereg specyficznych białkowych inhibitorów trypsyny (trasylol, STI). Dodatnio naładowane aminokwasy ( Lys, Arg ) występują w sekwencji białek stosunkowo często, (ponad 10%). Trawienie trypsyną prowadzi więc do uzyskania duŝej liczby niewielkich peptydów. Aby zmniejszyć częstotliwość hydrolizy, a przez to zwiększyć długość powstających peptydów naleŝy skrócić czas inkubacji z enzymem lub zabezpieczyć jedne z reszt poprzez odpowiednie modyfikacje. Specyficzność trawienia trypsyny moŝna ograniczyć do reszt argininy przez odwracalne zablokowanie ε-aminowych grup lizyny. MoŜna to osiągnąć poprzez działanie bezwodnikiem kwasu metylomaleinowego lub acetylację bezwodnikiem kwasu octowego. Analogicznie aby uzyskać trawienie jedynie po resztach lizyny naleŝy odwracalnie zablokować reszty argininy 1,2- cykloheksanodionem Trombina (E ), znana takŝe jako czynnik IIa w kaskadzie krzepnięcia krwi, jest proteinazą serynową przekształcającą w warunkach fizjologicznych fibrynogen do fibryny. Wykazano teŝ aktywność tego enzymu w stosunku do troponiny i kalmoduliny. W organizmie jest szybko neutralizowana przez specyficzne inhibitory, antytrombinę i heparynowy czynnik II. ajbardziej skuteczne inhibitory tego enzymu wyizolowano jednak ze zwierząt odŝywiających się krwią hirudynę z pijawki lekarskiej oraz rodninę (ang.

3 rhodniin) z owada Rhodnius prolixus. Trombina trawi wiązanie peptydowe pomiędzy argininą i glicyną. MoŜe jednak trawić teŝ wiązania Arg X, gdzie X to Ala, Arg, Asp, ys, Val lub is. Ta wysoka specyficzność trombiny sprawia, Ŝe tylko niektóre wiązania za resztą argininy będą trawione. Stwarza to moŝliwość uzyskania duŝych fragmentów białek w wyniku ograniczonej proteolizy. Trombina największą aktywność wykazuje w p zbliŝonym do 8. Jony a + zwiększają aktywność tego enzymu w stosunku do fibrynogenu i substratów syntetycznych. Kompleks a + - trombina nazywany bywa szybką formą tego enzymu. Proteinaza V8 (E ), zwana teŝ GluV8 lub Endo Glu, została wyizolowana ze szczepu V8 bakterii Staphylococcus aureus. Trawi głównie wiązania peptydowe po - końcowej stronie kwasu glutaminowego (Glu). Wyjątek stanowi wiązanie Glu Pro. Specyficzność substratowa tego enzymu zmienia się w zaleŝności od zastosowanych warunków i moŝe równieŝ obejmować trawienie po resztach kwasu asparaginowego (Asp). Proteinaza V8 jest aktywna w szerokim zakresie p (4,0 7,8). Zachowuje aktywność w 0,2 % SDS i 50% aktywności w 4M moczniku. Enzym jest nieodwracalnie hamowany przez PMSF i DFP, jednak oprócz α-2 makroglobuliny nie hamuje jej Ŝaden znany inhibitor białkowy. lostripaina (E ) wyizolowana została z medium hodowlanego beztlenowej bakterii lostridium histolyticum. Jest heterodimerem o podjednostkach 43 i 15,4 kda. ydrolizuje wiązania peptydowe głównie po resztach argininy, choć trawienie po resztach lizyny teŝ zachodzi lecz w znacznie mniejszym stopniu. Aktywność clostripainy zaleŝy od obecności wolnej grupy -S cysteiny enzymu. Zatem środowisko reakcji wymaga obecności czynników redukujących. Absolutnie konieczne są równieŝ jony a 2+. Potencjalne inhibitory to czynniki utleniające i jony metali cięŝkich. Bufor cytrynianowy, boranowy i Tris równieŝ częściowo inaktywują enzym. Leupeptyna jest z kolei najbardziej skutecznym odwracalnym inhibitorem. Selektywność hydrolizy wiązań peptydowych przez clostipainę sprawia, Ŝe jest ona uŝytecznym narzędziem w analizie sekwencji aminokwasowej białek. Specyficzność trawienia odpowiada tej uzyskiwanej przy uŝyciu trypsyny po zablokowaniu reszt lizyny w trawionym białku.

4 ligopetydaza prolilowa (E ) (dawna nazwa ang. post-proline cleaving enzyme została odkryta w ludzkiej macicy jako enzym degradujący oksytocynę. Enzym ten występuje jednak szeroko w mikroorganizmach, roślinach i zwierzętach. ligopeptydaza pochodząca z Flavobacterium meningosepticum jest handlowo dostępna. W warunkach fizjologicznych hydrolizuje wiązanie po karboksylowej części reszty proliny (Pro-X) w biologicznie aktywnych peptydach takich jak oksytocyna, wazopresyna, gonadoliberyna, bradykinina i inne. Przydatność enzymu wynika z moŝliwości trawienia białek przy reszcie proliny, to jest w miejscu gdzie zawodzi większość powszechnie stosowanych enzymów proteolitycznych. graniczeniem w zastosowaniu do chemii białek jest niestety oporność na trawienie tym enzymem większych białek. Tabela 8-1: Proteazy o wysokiej specyficzności. Enzym ptimum Główne miejsca p trawienia Wyjątki Trypsyna 7 9 -Lys-X-; -Arg-X-; - -Lys-Pro-; -Lys-Lys-; -Lys- Aec-X- Arg-; -Arg-Arg-; -Arg-Lys- Trombina 8 -Arg-X- (X = Gly, Ala, Val, Asp, ys, Arg) Proteinaza V8 4 & 7,8 -Glu-X-; (-Asp-X-)* -Glu-Pro-; -Glu-Glu- Klostrypaina 7,7 -Arg-X-; (-Lys-X-)* ligopeptydaza prolilowa (ang. post-proline cleaving enzyme) 7,5 8 -Pro-X- -Pro-Pro- * dodatkowe miejsca trawienia, Aec- aminoetylocysteina hymotrypsyna (E ) jest drugim głównym, obok trypsyny, trzustkowym enzymem trawiennym. ydrolizuje ona wiązania peptydowe po -końcowej stronie tyrozyny, fenyloalaniny, tryptofanu i leucyny. W zaleŝności od P1` aminokwasu zaobserwowano równieŝ moŝliwość trawienia przez chymotrypsynę wiązań po reszcie asparaginiy, lizyny,

5 glutaminy, histydyny, izoleucyny, treoniny i seryny. Stwierdzono zupełny brak hydrolizy po reszcie proliny. Karboksypeptydazy (E _) są jednym z klanów metalopeptydaz. aleŝy tu kilkanaście enzymów o właściwościach egzopeptydaz. Wszystkie one zawierają charakterystyczny układ centrum aktywnego w skład którego wchodzi jon cynku koordynowany tetraedrycznie przez cząsteczkę wody, dwie histydyny i kwas glutaminowy. Karboksypeptydazy uwalniają aminokwasy od strony wolnego -końca peptydów i białek. Enzymy te mają kluczowe znaczenie w degradacji białek pokarmowych do wolnych aminokwasów. W warunkach fizjologicznych karboksypeptydazy działają na peptydy powstałe w wyniku działania endopeptydaz takich jak trypsyna, chymotrypsyna czy pepsyna. Karboksypeptydaza A uprzywilejowanie odtrawia aminokwasy aromatyczne i apolarne np. Phe, Tyr, Trp, Leu czy Ile. Karboksypeptydaza B (podobnie U i E) uwalnia aminokwasy dodatnio naładowane Lys, Arg z peptydów powstałych przez trawienie trypsyną. Poprzez kontrolowaną proteolizę za pomocą karboksypeptydaz moŝna zidentyfikować kilka -końcowych aminokwasów w białku. Termolizyna (E ) jest pozakomórkową metaloendopeptydazą wydzielaną przez termofilne bakterie Bacillus thermoproteolyticus. Jest szeroko uŝywaną w chemii białek niespecyficzną proteazą. Trawi ona wiązania peptydowe po -końcowej stronie Leu, Phe, Ile, Val, Tyr i Trp. Zaobserwowano równieŝ hydrolizę wiązań przy innych resztach aminokwasowych. Termolizyna posiada takŝe aktywność syntetazy peptydowej. ptimum działania tego enzymu przypada w okolicach p obojętnego. Podobnie jak w przypadku trypsyny chlorek wapnia w stęŝeniach milimolowych stabilizuje strukturę enzymu i zapobiega jego autolizie. Enzym jest hamowany przez bufor fosforanowy i milimolowe stęŝenia czynników chelatujących jony cynku. EDTA inaktywuje enzym nieodwracalnie poniewaŝ preferencyjnie chelatuje jony a 2+ prowadząc do autolizy. Termolizyna jest enzymem termostabilnym. ie traci aktywności po godzinie inkubacji w 60 0 i zachowuje znaczącą aktywność w temperaturze Enzym jest stabilny w 8M moczniku, 20% etanolu i 0,5% SDS, choć te warunki zwiększają moŝliwość termicznej denturacji. Elastazy definiowane są poprzez ich zdolność do uwalniania peptydów z nierozpuszczalnych włókien elastyny. Elastaza trzustkowa (E ) jest proteinazą serynową wykazującą szeroką specyficzność. Główne miejsca trawienia to wiązania peptydowe po -końcowej

6 części małych hydrofobowych aminokwasów jak alanina.. ptimum działania tego enzymu zbliŝone jest do obojętnego. amowana jest niespecyficznie i nieodwracalnie przez inhibitory proteinaz serynowych (DFP i PMSF) jak równieŝ przez występujące w surowicy alfa-1- proteinazę (α1pi) i alfa-2-makroglibulinę (α2m). Pepsyna (E ) jest podstawową kwaśną proteazą soku Ŝołądkowego. Wykazuje aktywność w zakresie p od 2 do 5. Enzym jest nieodwracalnie inaktywowany powyŝej p 6,0. Aktywność pepsyny hamowana jest przez pepstatynę i inne inhibitory proteinaz aspartylowych. Aktywność pepsyny w niskim p pozwala na wykorzystanie jej do badania procesów tworzenia mostków disiarczkowych w białkach, gdyŝ środowisko takie minimalizuje prawdopodobieństwo rearanŝacji tworzonych mostków. Tabela 8-2: Proteazy o mniejszej specyficzności. Enzym ptimum p Miejsca trawienia Wyjątki hymotrypsyna X- --Pro- = Tyr, Phe, Trp, Leu Termolizyna 7 8 -X-- -X--Pro = Val, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp Pepsyna 2 -X--Y, -X--Y- jest aromatycznym lub duŝym - Alifatycznym aminokwasem Elastaza Y- = Ser, Ala, Gly, Val, Leu Metody chemiczne hemiczne metody fragmentacji łańcucha polipeptydowego wykorzystują unikalną moŝliwość modyfikacji łańcuchów bocznych poszczególnych aminokwasów w białku powodujących zerwanie, przylegającego do modyfikowanej grupy, wiązania peptydowego. Idealna procedura selektywnej chemicznej fragmentacji musi spełniać kryteria wysokiej specyficzności i wydajności; idealnie bez uzyskiwania produktów ubocznych. iestety wiele z proponowanych metod nie spełnia wyŝej wymienionych warunków w stopniu wystarczającym. Wysoka specyficzność jest istotnym wymaganiem przy fragmentacji białek do celów sekwencyjnych. Jest ona gwarantem uzyskania zakładanych przez badacza, ściśle

7 określonych fragmentów łańcucha polipeptydowego łatwych do późniejszego rozdziału i analizy Fragmentacja po resztach metioniny przy uŝyciu bromocyjanu (Br) Gross i Witkop wykazali, Ŝe bromocyjan reaguje, w środowisku kwaśnym, z siarką łańcucha bocznego reszty metioniny powodując zerwanie wiązania peptydowego po karboksylowej części metioniny. Reakcja jest wysoce specyficzna, a przeciętna wydajność sięga %. Wydajność trawienia białka moŝe zostać obniŝona w wyniku obecności układu Met-Thr lub Met-Ser, gdyŝ wiązanie peptydowe pomiędzy tymi aminokwasami jest bardziej odporne na działanie Br. Zastąpienie kwasu mrówkowego, trifluorooctowym zwiększa wydajność trawienia tych wiązań. Kwaśne środowisko reakcji moŝe powodować hydrolizę wiązania Asp-Pro, co naleŝy uwzględnić podczas planowania i analizy wyników trawienia. Reakcja jest stosunkowo prosta do przeprowadzenia i moŝliwa do zaadoptowania dla niewielkich mikrogramowych ilości białka. Dodatkową zaletą tej metody jest moŝliwość łatwego usunięcia produktów ubocznych poprzez liofilizację. Warto zaznaczyć, Ŝe metionina jest jednym z najrzadziej występujących aminokwasów w białkach. Zatem generowane w reakcji z Br peptydy są odpowiednio duŝe i idealnie nadają się do sekwencjonowania. Mechanizm reakcji przedstawia się następująco: grupa cyjanowa bromocyjanu przeprowadza atak elektrofilowy na atom siarki metioniny (1) tworząc przejściową sól cyjanosulfonową (2). astępnie nukleofilowy atak atomu tlenu grupy karbonylowej metioniny na atom węgla γ łańcucha bocznego prowadzi do uwolnienia tiocyjanku metylu (6) i utworzenia iminolaktonu (3). Iminolakton hydrolizuje dając peptydowy lakton homoseryny (4) ulegający dalszej hydrolizie do peptydowej homoseryny (7). Powstaje teŝ peptyd -końcowy z wolną grupą aminową (5).

8 '''' 2 R '''' ''' 2 R ''' 2 S 3 Br 1 2 S + 3 Br 2 ''' R Br 3 '''' 2 '''' R 4 5 '''' 3 S 6 ''' Rysunek 8-1: Mechanizm reakcji fragmentacji łańcucha polipetydowego przy uŝyciu bromocyjanu. Kwas uŝyty w reakcji powoduje protonację zasadowych grup funkcyjnych w białku chroniąc je przed reakcją z Br. Zapewnia to specyficzność reakcji. ajczęściej uŝywany jest 70% kwas mrówkowy, gdyŝ jest dobrym rozpuszczalnikiem i denaturantem dla białek. Pozwala to na ekspozycję wszystkich reszt metioniny. MoŜe on jednak powodować modyfikacje reszt tryptofanu i tyrozyny oraz formylować grupy aminowe. Modyfikacji tych moŝna uniknąć stosując 50% kwas trifluorooctowy (TFA). W tym środowisku jednak reakcja przebiega wolniej Fragmentacje po resztach asparaginy Wiązanie peptydowe Asp-X- po stronie reszty karboksylowej, a szczególnie wiązanie -Asp- Pro- jest bardzo wraŝliwe na działanie rozcieńczonych kwasów. TakŜe wiązanie peptydowe X-Asp- po stronie aminowej moŝe być rozszczepiane z mniejszą wydajnością. Reakcje te przebiegają wg. schematu przedstawionego na rys. 8-2.

9 Rysunek 8-2: Schemat reakcji fragmentacji łańcucha polipeptydowego po stronie (A) i 2 asparaginy w rozcieńczonych kwasach. Kwas mrówkowy (70%) uŝywany wraz z Br do fragmentacji łańcuchów polipeptydowych po resztach metioniny teŝ powoduje rozszczepianie wiązania -Asp-X- (szczególnie -Asp-Pro). W niskim p następuje teŝ częściowa destrukcja tryptofanu oraz cyklizacja -końcowej reszty kwasu glutaminowego co moŝe być następnie powodem zablokowania degradacji Edmanowskiej przy próbach sekwencjonowania białka Fragmentacje po resztach tryptofanu Tryptofan jest jednym z najrzadziej występujących aminokwasów w polipeptydach, a zatem zerwanie wiązania peptydowego przy resztach tego aminokwasu generuje powstanie duŝych peptydów. Fragmenty te oprócz zastosowania do tworzenia map peptydowych czy do sekwencjonowania moŝna wykorzystać do mapowania miejsc wiązania przeciwciał lub miejsc fosforylacji. Pomimo, Ŝe nie zidentyfikowano dotychczas proteazy trawiącej spcyficznie łańcuch polipeptydowy tylko po resztach tryptofanu, reaktywność pierścienia indolowego tryptofanu stworzyła moŝliwość znalezienia selektywnych chemicznych metod fragmentacji łańcucha polipeptydowego przy resztach tego aminokwasu. Pomimo róŝnorodności odczynników i procedur odkrywanych przez lata, tylko kilka z nich znalazło zastosowanie w praktyce laboratoryjnej.

10 -bromo imid kwasu bursztynowego Większość stosowanych metod opiera się na oksydatywnej halogenacji pierścienia indolu tryptofanu. Pierwsza zaproponowana metoda fragmentacji wykorzystywała -bromo-imid kwasu bursztynowego (BS). Mechanizm tej reakcji przedstawia się następująco: w reakcji fragmentacji uczestniczą dwa dodatnie jonu halogenowe. Pierwszym produktem przejściowym jest związek (2) (rys. 6), który ulega konwersji do oksyindolu (5) w następujących po sobie reakcjach hydrolizy (2 3) i eliminacji (3 4). Drugi etap procesu obejmuje przekształcenie oksyindolu w pochodną 3-halooksyindolową (6) zachodzącą przy udziale drugiego dodatniego jonu halogenowego. ukleofilowy atak atomu tlenu grupy karboksylowej związanej z atomem węgla α reszty tryptofanu na atom węgla z przyłączonym atomem halogenu prowadzi do utworzenia iminolaktamu (8). Powstały iminolaktam ulega hydrolizie do laktonu -acylo-dioksyindoliloalaniny (9), który staje się -końcowym aminokwasem powstałego fragmentu łańcucha peptydowego. W warunkach laboratoryjnych reakcja przebiega w środowisku wysokiego stęŝenia kwasu octowego przez kilka do kilkunastu godzin. Te stosunkowo drastyczne warunki mogą powodować hydrolizę wraŝliwego wiązanie peptydowego Asp-Pro. MoŜliwość tą naleŝy uwzględnić przy planowaniu i analizie wyników fragmentacji łańcucha polipeptydowego.

11 1 2 "" "" X X "" "" """ """ -X, X 2 """ """ 4 3 """ """ """ X + X """ 2 6 """ """ "" """ """ Rysunek 8-3: Schemat reakcji fragmentacji łańcucha polipeptydowego po resztach tryptofanu przy uŝyciu BS (S).

12 Podstawowym problemem przy fragmentacji za pomocą BS jest niska wydajność rzędu kilku procent. Dodatkowo zachodzą niepoŝądane reakcje uboczne. BS jest związkiem niezwykle reaktywnym, który moŝe modyfikować a przez to prowadzić do fragmentacji nie tylko reszty tryptofanu lecz równieŝ tyrozyny i histydyny. W wyniku reakcji utleniona zostaje takŝe metionina i cysteina. By pokonać niedoskonałości poszukiwano innych związków tego typu dąŝąc do zwiększenia wydajności i selektywności fragmentacji. Br Rysunek 8-4: Wzór chemiczny -bromo-imidu kwasu bursztynowego (BS). -chloro-imid kwasu bursztynowego Wiązanie peptydowe po reszcie tryptofanu jest selektywnie rozcinane przez -chloro-imid kwasu bursztynowego (S) w środowisku kwaśnym. Mechanizm reakcji jest analogiczny jak dla BS. Wyniki uzyskane z porównania obu związków wskazują na niŝszą wydajność S i wolniejszy przebieg reakcji. iemniej jednak selektywność S jest duŝo większa. Reszty tyrozyny i histydyny nie są modyfikowane ani nie następuje fragmentacja w miejscu ich występowania. l Rysunek 8-5: Wzór chemiczny -chloro-imidu kwasu bursztynowego (S). BPS-skatol 3-bromo-3metylo-2-(2`-nitrofenylosulfonylo)-indolenina (BPS-skatol) jest znacznie bardziej selektywny niŝ BS. Po inkubacji mieszaniny aminokwasów z 10-krotnym nadmiarem BPS-skatolu w 50% kwasie octowym przez 30 minut w temperaturze pokojowej, tryptofan był zupełnie nieobecny, metionina została przekształcona do sulfotlenku metioniny, cysteina utleniona do cystyny, a pozostałe aminokwasy odzyskano ilościowo. PoniewaŜ odczynnik jest wraŝliwy na światło i rozkłada się w temperaturze pokojowej, do

13 modyfikacji naleŝy uŝywać świeŝego odczynnika by zminimalizować reakcje uboczne. BPS-skatol moŝe czasami reagować z resztami tyrozyny, jednak dodatek wolnej tyrozyny do mieszaniny reakcyjnej minimalizuje ten efekt. Br 3 S 2 Rysunek 8-6: Wzór chemiczny BPS-skatolu Literatura Literatura źródłowa 1. Rosenberg I.M.: Protein analysis and Purification. Benchtop techniques. Birkhauser, Boston-basel-Berlin The protein protocols. andbook. Red.: J.M. Walker. umana Press Literatura uzupełniająca

Oznaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny Zajęcia 3-godzinne część A, zajęcia 4-godzinne część A i B

Oznaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny Zajęcia 3-godzinne część A, zajęcia 4-godzinne część A i B znaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny Zajęcia 3-godzinne część A, zajęcia 4-godzinne część A i B el ćwiczenia elem ćwiczenia jest zapoznanie się z metodą oznaczania aktywności endopeptydaz na przykładzie

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek

Przegląd budowy i funkcji białek Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,

Bardziej szczegółowo

46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów

46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów 46 i 47. Wstęp do chemii -aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2017/2018 1 21.1. Budowa ogólna -aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 H H 2 R H R R 1 H

Bardziej szczegółowo

21. Wstęp do chemii a-aminokwasów

21. Wstęp do chemii a-aminokwasów 21. Wstęp do chemii a-aminokwasów Chemia rganiczna, dr hab. inż. Mariola Koszytkowska-Stawińska, WChem PW; 2016/2017 1 21.1. Budowa ogólna a-aminokwasów i klasyfikacja peptydów H 2 N H kwas 2-aminooctowy

Bardziej szczegółowo

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy

Bardziej szczegółowo

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów

Informacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne

Aminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości

Bardziej szczegółowo

Slajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas

Slajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem

Bardziej szczegółowo

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW BADANIE WŁAŚIWŚI FIZYKEMIZNY AMINKWASÓW IDENTYFIKAJA AMINKWASÓW BIAŁKA, JAK I WLNE AMINKWASY REAGUJĄ ZA PŚREDNITWEM GRUP: -N 2 I Z NINYDRYNĄ, DINITRFLURBENZENEM I KWASEM AZTWYM (III). WYSTĘPWANIE W STRUKTURZE

Bardziej szczegółowo

Chemiczne składniki komórek

Chemiczne składniki komórek Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F

Bardziej szczegółowo

Budowa i funkcje białek

Budowa i funkcje białek Budowa i funkcje białek Białka Wszystkie organizmy zawierają białko Każdy organizm wytwarza własne białka Podstawowe składniki białek - aminokwasy Roślinne mogą wytwarzać aminokwasy ze związków nieorganicznych

Bardziej szczegółowo

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)

protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek

Bardziej szczegółowo

spektroskopia elektronowa (UV-vis)

spektroskopia elektronowa (UV-vis) spektroskopia elektronowa (UV-vis) rodzaje przejść elektronowych Energia σ* π* 3 n 3 π σ σ σ* daleki nadfiolet (λ max < 200 nm) π π* bliski nadfiolet jednostki energii atomowa jednostka energii = energia

Bardziej szczegółowo

Metabolizm białek. Ogólny schemat metabolizmu bialek

Metabolizm białek. Ogólny schemat metabolizmu bialek Metabolizm białek Ogólny schemat metabolizmu bialek Trawienie białek i absorpcja aminokwasów w przewodzie pokarmowym w żołądku (niskie ph ~2, rola HCl)- hydratacja, homogenizacja, denaturacja białek i

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie laboratoryjne nr 4 dla e-rolnictwa (20 i 22 - skrypt).

Ćwiczenie laboratoryjne nr 4 dla e-rolnictwa (20 i 22 - skrypt). Ćwiczenie laboratoryjne nr 4 dla e-rolnictwa (20 i 22 - skrypt). Oznaczanie aktywności proteolitycznej metodą Ansona na przykładzie trypsyny. Cel ćwiczenia Celem ćwiczenia jest poznanie metody oznaczania

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 4. Reakcja aminokwasów z ninhydryną. Opisz typy reakcji przebiegających w tym procesie i zaznacz ich miejsca przebiegu.

Ćwiczenie 4. Reakcja aminokwasów z ninhydryną. Opisz typy reakcji przebiegających w tym procesie i zaznacz ich miejsca przebiegu. azwisko i imię grupa data Protokół z ćwiczenia: eakcje chemiczne związków biologicznych: aminokwasy i peptydy. Definicja punktu izoelektrycznego pi. Formy jonowe aminokwasów w różnym ph. ph < pi ph = pi

Bardziej szczegółowo

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl

Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników

Bardziej szczegółowo

WYKŁAD 4: MOLEKULARNE MECHANIZMY BIOSYNTEZY BIAŁEK. Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej.

WYKŁAD 4: MOLEKULARNE MECHANIZMY BIOSYNTEZY BIAŁEK. Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej. Pierwsza litera Trzecia litera 2018-10-26 WYKŁAD 4: MOLEKULARNE MECHANIZMY BIOSYNTEZY BIAŁEK Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Druga litera 1 Enancjomery para nienakładalnych

Bardziej szczegółowo

Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015

Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015 Test kwalifikacyjny Lifescience dla licealistów 2015 Imię nazwisko (pseudonim): 1. Daltonizm (d) jest cechą recesywną sprzężoną z płcią. Rudy kolor włosów (r) jest cechą autosomalną i recesywną w stosunku

Bardziej szczegółowo

Budowa aminokwasów i białek

Budowa aminokwasów i białek Biofizyka Ćwiczenia 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa aminokwasów i białek E.Banachowicz 1 Ogólna budowa aminokwasów α w neutralnym p α N 2 COO N

Bardziej szczegółowo

Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym

Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym Zastosowanie metody Lowry ego do oznaczenia białka w cukrze białym Dr inż. Bożena Wnuk Mgr inż. Anna Wysocka Seminarium Aktualne zagadnienia dotyczące jakości w przemyśle cukrowniczym Łódź 10 11 czerwca

Bardziej szczegółowo

AMINOKWASY. I. Wprowadzenie teoretyczne. Aminokwasy są to związki, które w łańcuchu węglowym zawierają zarówno grupę aminową jak i grupę karboksylową.

AMINOKWASY. I. Wprowadzenie teoretyczne. Aminokwasy są to związki, które w łańcuchu węglowym zawierają zarówno grupę aminową jak i grupę karboksylową. AMIKWASY I. Wprowadzenie teoretyczne Aminokwasy są to związki, które w łańcuchu węglowym zawierają zarówno grupę aminową jak i grupę karboksylową. 2 3 WZY GÓLE ATUALY AMIKWASÓW WYSTĘPUJĄY W BIAŁKA Zalicza

Bardziej szczegółowo

Trawienie i wchłanianie substancji odżywczych

Trawienie i wchłanianie substancji odżywczych Trawienie i wchłanianie substancji odżywczych Człowiek, aby mógł się rozwijać, wzrastać i wykonywać podstawowe funkcje życiowe musi się odżywiać. Poprzez ten proces każda komórka organizmu otrzymuje niezbędne

Bardziej szczegółowo

Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl

Przemiana materii i energii - Biologia.net.pl Ogół przemian biochemicznych, które zachodzą w komórce składają się na jej metabolizm. Wyróżnia się dwa antagonistyczne procesy metabolizmu: anabolizm i katabolizm. Szlak metaboliczny w komórce, to szereg

Bardziej szczegółowo

Wykład 2. Kinetyka reakcji enzymatycznych.

Wykład 2. Kinetyka reakcji enzymatycznych. Wykład 2 Kinetyka reakcji enzymatycznych. Kofaktory enzymów wd_2 2 Ryboflawina witamina B 2 Ryboflawina wit. B 2 FAD dinukleotyd flawinoadeninowy wd_2 3 Niacyna witamina PP (B 3 ) NAD + dinukleotyd nikotynamidoadeninowy

Bardziej szczegółowo

1.1. AMINOKWASY BIAŁKOWE

1.1. AMINOKWASY BIAŁKOWE 1 ĆWICZENIE 1 BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW 1.1. AMINOKWASY BIAŁKOWE Aminokwasy są związkami organicznymi zawierającymi co najmniej jedną grupę karboksylową -COOH oraz co najmniej jedną grupę aminową

Bardziej szczegółowo

Substancje o Znaczeniu Biologicznym

Substancje o Znaczeniu Biologicznym Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów

Bardziej szczegółowo

Analiza jakościowa wybranych aminokwasów

Analiza jakościowa wybranych aminokwasów Ćwiczenie 14 Analiza jakościowa wybranych aminokwasów I. Aminokwasy Aminokwasy są jednostkami strukturalnymi peptydów i białek. W swojej cząsteczce mają co najmniej 2 grupy funkcyjne: grupę aminową NH

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW. 1.1. Aminokwasy białkowe

BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW. 1.1. Aminokwasy białkowe BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW 1.1. Aminokwasy białkowe Aminokwasy są związkami organicznymi, zawierającymi co najmniej jedną grupę karboksylową COOH oraz co najmniej jedną grupę aminową NH 2. W zależności

Bardziej szczegółowo

Reakcje charakterystyczne aminokwasów

Reakcje charakterystyczne aminokwasów KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska Reakcje charakterystyczne aminokwasów BIOCHEMIA STRUKTURALNA ĆWICZENIE 1 REAKCJE CHARAKTERYSTYCZNE AMINOKWASÓW A) REAKCJE OGÓLNE ZADANIE 1 WYKRYWANIE

Bardziej szczegółowo

Właściwości aminokwasów i białek

Właściwości aminokwasów i białek Właściwości aminokwasów i białek el ćwiczenia Ćwiczenie ma na celu poznanie niektórych typowych reakcji aminokwasów i białek. Reakcje te pozwalają odróżnić wolne aminokwasy od białek i innych związków

Bardziej szczegółowo

Reakcje charakterystyczne aminokwasów

Reakcje charakterystyczne aminokwasów KATEDRA BIOCHEMII Wydział Biologii i Ochrony Środowiska Reakcje charakterystyczne aminokwasów BIOCHEMIA STRUKTURALNA ĆWICZENIE 1 REAKCJE CHARAKTERYSTYCZNE AMINOKWASÓW A) REAKCJE OGÓLNE ZADANIE 1 WYKRYWANIE

Bardziej szczegółowo

SEMINARIUM 8:

SEMINARIUM 8: SEMINARIUM 8: 24.11. 2016 Mikroelementy i pierwiastki śladowe, definicje, udział w metabolizmie ustroju reakcje biochemiczne zależne od aktywacji/inhibicji przy udziale mikroelementów i pierwiastków śladowych,

Bardziej szczegółowo

IZOMERIA Izomery - związki o takim samym składzie lecz różniące się budową

IZOMERIA Izomery - związki o takim samym składzie lecz różniące się budową IZMERIA Izomery - związki o takim samym składzie lecz różniące się budową TAK zy atomy są tak samo połączone? NIE izomery konstytucyjne stereoizomery zy odbicie lustrzane daje się nałożyć na cząsteczkę?

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy, peptydy, białka

Aminokwasy, peptydy, białka Aminokwasy, peptydy, białka Aminokwasy KWAS 1-AMINOCYKLOPROPANOKARBOKSYLOWY α AMINOKWAS KWAS 3-AMINOPROPANOWY β AMINOKWAS KWAS 4-AMINOPROPANOWY γ AMINOKWAS KWAS 2-AMINOETANOSULFONOWY β AMINOKWAS Aminokwasy

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 1. Właściwości aminokwasów i białek

Ćwiczenie 1. Właściwości aminokwasów i białek Ćwiczenie 1. Właściwości aminokwasów i białek el ćwiczenia elem ćwiczenia jest poznanie niektórych reakcji charakterystycznych stosowanych przy wykrywaniu aminokwasów i białek. eakcje te umoŝliwiają odróŝnienie

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie nr 7. Aminokwasy i peptydy. Repetytorium. Repetytorium

Ćwiczenie nr 7. Aminokwasy i peptydy. Repetytorium. Repetytorium Repetytorium Ćwiczenie nr 7 dr Mariola Krawiecka Aminokwasy i peptydy 1. Podział aminokwasów. 2. Właściwości aminokwasów-aminokwasy jako jony obojnacze. 3. Reaktywność aminokwasów. 4. Biologicznie ważne

Bardziej szczegółowo

PL B1. UNIWERSYTET JAGIELLOŃSKI, Kraków, PL BIOCENTRUM SPÓŁKA Z OGRANICZONĄ ODPOWIEDZIALNOŚCIĄ, Kraków, PL

PL B1. UNIWERSYTET JAGIELLOŃSKI, Kraków, PL BIOCENTRUM SPÓŁKA Z OGRANICZONĄ ODPOWIEDZIALNOŚCIĄ, Kraków, PL PL 213995 B1 RZECZPOSPOLITA POLSKA Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej (12) OPIS PATENTOWY (19) PL (11) 213995 (21) Numer zgłoszenia: 394913 (22) Data zgłoszenia: 11.06.2007 (62) Numer zgłoszenia,

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 14. Maria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYMATYCZNYCH

Ćwiczenie 14. Maria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYMATYCZNYCH Ćwiczenie 14 aria Bełtowska-Brzezinska KINETYKA REAKCJI ENZYATYCZNYCH Zagadnienia: Podstawowe pojęcia kinetyki chemicznej (szybkość reakcji, reakcje elementarne, rząd reakcji). Równania kinetyczne prostych

Bardziej szczegółowo

WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ

WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ WŁASNOŚCI SPEKTRALNE NUKLEOTYDÓW PIRYDYNOWYCH (NAD +, NADP + ) OZNACZANIE AKTYWNOŚCI TRANSAMINAZY ALANINOWEJ WSTĘP Nukleotydy pirydynowe (NAD +, NADP + ) pełnią funkcję koenzymów dehydrogenaz przenosząc

Bardziej szczegółowo

STRESZCZENIE ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. In search of substrates and inhibitors of human cathepsin C. Design, chemical synthesis and biological studies

STRESZCZENIE ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. In search of substrates and inhibitors of human cathepsin C. Design, chemical synthesis and biological studies Monika Łęgowska Katedra Biochemii Nr indeksu: 2541 STRESZCZENIE ROZPRAWY DOKTORSKIEJ In search of substrates and inhibitors of human cathepsin C. Design, chemical synthesis and biological studies Katepsyna

Bardziej szczegółowo

Model : - SCITEC 100% Whey Protein Professional 920g

Model : - SCITEC 100% Whey Protein Professional 920g Białka > Model : - Producent : Scitec 100% Whey Protein Professional - jest najwyższej jakości, wolnym od laktozy, czystym koncentratem i izolat białek serwatkowych (WPC + WPI) o bardzo dobrej rozpuszczalności

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka.

Bioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2006 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii

Bardziej szczegółowo

IZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!!

IZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! W1-4p W2-4p W3-4p W4-4p W5-4p W6-4p W7-4p W8-4p W9-4p W10-4p min 21p wyjściówka I 40p wyjściówka II 40p egzamin I egzamin II min 21p 60p 60p min

Bardziej szczegółowo

IZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!!

IZOLACJA KWASÓW NUKLEINOWYCH WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 7 ECTS PRZEDMIOT PROGOWY!!! W1-4p W2-4p W3-4p W4-4p W5-4p W6-4p W7-4p W8-4p W9-4p W10-4p min 21p wyjściówka I 40p wyjściówka II 40p egzamin I egzamin II min 21p 60p 60p min

Bardziej szczegółowo

Związki biologicznie aktywne

Związki biologicznie aktywne Związki biologicznie aktywne Tematyka wykładów 1. Chemia związków biologicznie aktywnych pojęcia ogólne, klasyfikacja leków. 2. Związki biologicznie aktywne jako związki pochodzenia naturalnego, półsyntetycznego

Bardziej szczegółowo

ĆWICZENIE 1 BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW

ĆWICZENIE 1 BUDOWA I WŁAŚCIWOŚCI AMINOKWASÓW ĆWICZENIE 1 BUDWA I WŁAŚCIWŚCI AMINKWASÓW 1.1. CEL ĆWICZENIA Zapoznanie się z budową i właściwościami aminokwasów i białek. Identyfikacja aminokwasów za pomocą reakcji charakterystycznych. 1.2. AMINKWASY

Bardziej szczegółowo

data Wstęp merytoryczny

data Wstęp merytoryczny Imię i nazwisko Uzyskane punkty Nr albumu data /3 podpis asystenta ĆWICZENIE 4 ANALIZA JAKOŚCIOWA AMINOKWASÓW Wstęp merytoryczny Aminokwasy (kwasy aminowe) to grupa organicznych związków zawierających

Bardziej szczegółowo

REAKCJE CHARAKTERYSTYCZNE AMINOKWASÓW. 1. Deaminacja aminokwasów kwasem azotowym (III)

REAKCJE CHARAKTERYSTYCZNE AMINOKWASÓW. 1. Deaminacja aminokwasów kwasem azotowym (III) 11. REAKJE ARAKTERYSTYZE AMIKWASÓW 1. Deaminacja aminokwasów kwasem azotowym (III) Aminokwasy pod wpływem kwasu azotowego (III), tworzącego się wg reakcji pierwszej, ulegają reakcji deaminacji, której

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 9

Bioinformatyka wykład 9 Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne

Bardziej szczegółowo

Właściwości fizykochemiczne białek

Właściwości fizykochemiczne białek Białka Definicja Wielkocząsteczkowe związki zbudowane wyłącznie lub w dużej mierze z aminokwasów, a które stanowią największą część występujących w żywej komórce związków organicznych. Białka Podziały

Bardziej szczegółowo

Rys. 1. C-nukleozydy występujące w trna

Rys. 1. C-nukleozydy występujące w trna C-Nukleozydy Z próbek transferowego kwasu rybonukleinowego (trna) w roku 1957 wydzielono związek, zawierający w swej strukturze pierścień uracylowy i cukrowy, połączone odmiennie niż w klasycznych nukleozydach.

Bardziej szczegółowo

a) proces denaturacji białka następuje w probówce: b) proces zachodzący w probówce nr 1 nazywa się:

a) proces denaturacji białka następuje w probówce: b) proces zachodzący w probówce nr 1 nazywa się: Zadanie 1. (4 pkt) Zaprojektuj doświadczenie chemiczne, za pomocą którego można wykryć siarkę w związkach organicznych. a) opisz przebieg doświadczenia b) zapisz przewidywane spostrzeżenia c) napisz równanie

Bardziej szczegółowo

Struktura i funkcja białek (I mgr)

Struktura i funkcja białek (I mgr) Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure

Bardziej szczegółowo

BIOSYNTEZA ACYLAZY PENICYLINOWEJ. Ćwiczenia z Mikrobiologii Przemysłowej 2011

BIOSYNTEZA ACYLAZY PENICYLINOWEJ. Ćwiczenia z Mikrobiologii Przemysłowej 2011 BIOSYNTEZA ACYLAZY PENICYLINOWEJ Ćwiczenia z Mikrobiologii Przemysłowej 2011 Acylaza penicylinowa Enzym hydrolizuje wiązanie amidowe w penicylinach Reakcja przebiega wg schematu: acylaza Reszta: fenyloacetylowa

Bardziej szczegółowo

Łódź Łódź, ul. Żeromskiego 116 Prof. dr hab. inż. Aleksandra Olma

Łódź Łódź, ul. Żeromskiego 116 Prof. dr hab. inż. Aleksandra Olma 90-924 Łódź Łódź, 10. 10. 2016 ul. Żeromskiego 116 Prof. dr hab. inż. Aleksandra Olma e-mail: aleksandra.olma@p.lodz.pl Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Agaty Gitlin-Domagalskiej DESIGNING AND CHEMICAL

Bardziej szczegółowo

WHEY CORE BCAA Amino Mega Strong - 2,3kg + 500ml

WHEY CORE BCAA Amino Mega Strong - 2,3kg + 500ml Utworzono: 2017-01-20 19:50:01 WHEY CORE 100 + BCAA Amino Mega Strong - 2,3kg + 500ml Cena produktu: 198,90 PLN 157,00 PLN Wyjątkowy w smaku koktajl proteinowy ze 100% białkiem serwatkowym (WPC, WPI) o

Bardziej szczegółowo

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach?

A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? A. B. Co warto wiedzieć o aminokwasach? a) 1. Cele lekcji a. a) Wiadomości Uczeń zna pojęcia: asymetryczny atom węgla, L-aminokwas, peptyd, reakcja kondensacji, aminokwas białkowy, aminokwas egzogenny

Bardziej szczegółowo

Dr hab. Elżbieta Jankowska

Dr hab. Elżbieta Jankowska Dr hab. Elżbieta Jankowska 80-308 Gdańsk, ul. Wita Stwosza 63 tel. (+48 58) 5235044, e-mail: elzbieta.jankowska@ug.edu.pl Gdańsk, 25.05.2016 Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Jadwigi Popow-Stellmaszyk,

Bardziej szczegółowo

Podstawy projektowania leków wykład 12

Podstawy projektowania leków wykład 12 Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego

Bardziej szczegółowo

Elektrochemiczna synteza pochodnych cukrowych 5 -steroidów (streszczenie)

Elektrochemiczna synteza pochodnych cukrowych 5 -steroidów (streszczenie) Uniwersytet w Białymstoku Instytut Chemii Elektrochemiczna synteza pochodnych cukrowych 5 -steroidów (streszczenie) Aneta Maria Tomkiel Promotor pracy: prof. dr hab. Jacek W. Morzycki Białystok 2016 Elektrochemiczne

Bardziej szczegółowo

Badanie biotransformacji L-alaniny. i jej pochodnych metodami izotopowymi

Badanie biotransformacji L-alaniny. i jej pochodnych metodami izotopowymi Mgr Jolanta Szymańska Warszawa, dn. 03.11.2014 r. Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego Pracownia Chemii Biomolekuł Autoreferat rozprawy doktorskiej pt.: Badanie biotransformacji L-alaniny i jej pochodnych

Bardziej szczegółowo

Metody fosforylacji. Schemat 1. Powstawanie trifosforanu nukleozydu

Metody fosforylacji. Schemat 1. Powstawanie trifosforanu nukleozydu Metody fosforylacji Fosforylacja jest procesem przenoszenia reszty fosforanowej do nukleofilowego atomu dowolnego związku chemicznego. Najczęściej fosforylację przeprowadza się na atomie tlenu grupy hydroksylowej

Bardziej szczegółowo

Rozdział 7 PRZEMIANA BIAŁEK

Rozdział 7 PRZEMIANA BIAŁEK Rozdział 7 PRZEMIAA BIAŁEK Przemiany białek mają zasadnicze znaczenie dla wszystkich procesów metabolicznych typowych dla żywej materii. Z punktu widzenia dialektyki samo zjawisko życia można uznać za

Bardziej szczegółowo

WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III

WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III WYMAGANIA EDUKACYJNE w klasie III Nr lekcji Temat lekcji Treści nauczania (pismem pogrubionym zostały zaznaczone treści Podstawy Programowej) Węgiel i jego związki z wodorem Wymagania i kryteria ocen Uczeń:

Bardziej szczegółowo

Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii

Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii Repetytorium z wybranych zagadnień z chemii Mol jest to liczebność materii występująca, gdy liczba cząstek (elementów) układu jest równa liczbie atomów zawartych w masie 12 g węgla 12 C (równa liczbie

Bardziej szczegółowo

Spis treści. CZĘŚĆ I: Budowa i funkcja białek. CZĘŚĆ II: Bioenergetyka i metabolizm weglowodanów. CZĘŚĆ IV: Metabolizm azotu

Spis treści. CZĘŚĆ I: Budowa i funkcja białek. CZĘŚĆ II: Bioenergetyka i metabolizm weglowodanów. CZĘŚĆ IV: Metabolizm azotu Spis treści ZĘŚĆ I: Budowa i funkcja białek Rozdział 1: Aminokwasy.....................................................................1 Rozdział 2: Struktura białek.................................................................15

Bardziej szczegółowo

Oznaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny metodą Ansona

Oznaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny metodą Ansona Oznaczanie aktywności proteolitycznej trypsyny metodą Ansona Wymagane zagadnienia teoretyczne 1. Enzymy proteolityczne, klasyfikacja, rola biologiczna. 2. Enzymy proteolityczne krwi. 3. Wewnątrzkomórkowa

Bardziej szczegółowo

Przykładowe ćwiczenia z wybranych technik chemii białek

Przykładowe ćwiczenia z wybranych technik chemii białek Rozdział 11 Przykładowe ćwiczenia z wybranych technik chemii białek 11.1. Spektrofotometryczne oznaczanie stęŝenia białek Szybką (bezpośredni odczyt), prostą (bez konieczności dodawania odczynników) i

Bardziej szczegółowo

Mechanizmy działania i regulacji enzymów

Mechanizmy działania i regulacji enzymów Mechanizmy działania i regulacji enzymów Enzymy: są katalizatorami, które zmieniają szybkość reakcji, same nie ulegając zmianie są wysoce specyficzne ich aktywność może być regulowana m.in. przez modyfikacje

Bardziej szczegółowo

1. REAKCJA ZE ZWIĄZKAMI POSIADAJĄCYMI KWASOWY ATOM WODORU:

1. REAKCJA ZE ZWIĄZKAMI POSIADAJĄCYMI KWASOWY ATOM WODORU: B I T E C N L CEMIA G GANICZNA I A Własności chemiczne Związki magnezoorganiczne wykazują wysoką reaktywność. eagują samorzutnie z wieloma związkami dając produkty należące do różnych klas związków organicznych.

Bardziej szczegółowo

WĘGLOWODORY. Uczeń: Przykłady wymagań nadobowiązkowych Uczeń:

WĘGLOWODORY. Uczeń: Przykłady wymagań nadobowiązkowych Uczeń: WĘGLOWODORY Wymagania na ocenę dopuszczającą dostateczną dobrą bardzo dobrą pisze wzory sumaryczne, zna nazwy czterech początkowych węglowodorów nasyconych; zna pojęcie: szereg homologiczny; zna ogólny

Bardziej szczegółowo

Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD

Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Wydział Farmaceutyczny z Oddziałem Analityki Medycznej Badanie oddziaływania polihistydynowych cyklopeptydów z jonami Cu 2+ i Zn 2+ w aspekcie projektowania mimetyków SOD Aleksandra Kotynia PRACA DOKTORSKA

Bardziej szczegółowo

data ĆWICZENIE 11 BIOCHEMIA PRZEWODU POKARMOWEGO

data ĆWICZENIE 11 BIOCHEMIA PRZEWODU POKARMOWEGO Imię i nazwisko Uzyskane punkty Nr albumu data /3 podpis asystenta ĆWICZENIE 11 BIOCHEMIA PRZEWODU POKARMOWEGO W celu biochemicznej oceny funkcji przewodu pokarmowego wykorzystuje się m.in.: 1. próby oparte

Bardziej szczegółowo

Struktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok

Struktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok truktura biomakromolekuł chemia biologiczna III rok jak są zbudowane białka? dlaczego białka są tak zbudowane? co z tego wynika? 508 13 604 liczba struktur dostępnych w Protein Data Bank wynosi aktualnie

Bardziej szczegółowo

ENZYMOLOGIA. Ćwiczenie 2. Hydrolazy. Czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznych

ENZYMOLOGIA. Ćwiczenie 2. Hydrolazy. Czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznych ENZYMOLOGIA Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa Centrum Bioimmobilizacji i Innowacyjnych Materiałów Opakowaniowych ul. Klemensa Janickiego 35 71-270 Szczecin Ćwiczenie 2 Hydrolazy. Czynniki wpływające na

Bardziej szczegółowo

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW

BADANIE WŁAŚCIWOŚCI FIZYKOCHEMICZNYCH AMINOKWASÓW BADAIE WŁAŚIWŚI FIZYKEMIZY AMIKWASÓW IDETYFIKAJA AMIKWASÓW BIAŁKA, JAK I WLE AMIKWASY EAGUJĄ ZA PŚEDITWEM GUP: - 2 I Z IYDYĄ, DIITFLUBEZEEM I KWASEM AZTWYM (III). WYSTĘPWAIE W STUKTUZE AMIKWASÓW IY GUP

Bardziej szczegółowo

Addycje Nukleofilowe do Grupy Karbonylowej

Addycje Nukleofilowe do Grupy Karbonylowej J 1 Addycje kleofilowe do Grupy Karbonylowej H H +H H H Slides 1 to 29 J 2 Addycja vs Substytucja Atom w grupie karbonylowej (δ( + ) jest podatny na atak odczynnika nukleofilowego ; w zaleŝno ności od

Bardziej szczegółowo

A B. Modelowanie reakcji chemicznych: numeryczne rozwiązywanie równań na szybkość reakcji chemicznych B: 1. da dt. A v. v t

A B. Modelowanie reakcji chemicznych: numeryczne rozwiązywanie równań na szybkość reakcji chemicznych B: 1. da dt. A v. v t B: 1 Modelowanie reakcji chemicznych: numeryczne rozwiązywanie równań na szybkość reakcji chemicznych 1. ZałóŜmy, Ŝe zmienna A oznacza stęŝenie substratu, a zmienna B stęŝenie produktu reakcji chemicznej

Bardziej szczegółowo

data ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ

data ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ Imię i nazwisko Uzyskane punkty Nr albumu data /3 podpis asystenta ĆWICZENIE 7 DYSTRYBUCJA TKANKOWA AMIDOHYDROLAZ Amidohydrolazy (E.C.3.5.1 oraz E.C.3.5.2) są enzymami z grupy hydrolaz o szerokim powinowactwie

Bardziej szczegółowo

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY)

OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Ćwiczenie 8 OZNACZANIE AKTYWNOŚCI ALKALICZNEJ DIFOSFATAZY (PIROFOSFATAZY) Część doświadczalna obejmuje: - sączenie Ŝelowe ekstraktu uzyskanego z bielma niedojrzałych nasion kukurydzy - oznaczanie aktywności

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy Peptydy Białka

Aminokwasy Peptydy Białka Aminokwasy Peptydy Białka Aminokwasy Związki organiczne pochodne kwasów karboksylowych zawierające grupę aminową NH 2 R - C - COOH H Reakcje grup funkcyjnych Deaminacja powstają ketokwasy Transaminacja

Bardziej szczegółowo

BIOCHEMIA. Enzymy. Oznaczanie aktywności wybranych enzymów. Ćwiczenie 8 Trypsyna. Ćwiczenie 9 Lipaza

BIOCHEMIA. Enzymy. Oznaczanie aktywności wybranych enzymów. Ćwiczenie 8 Trypsyna. Ćwiczenie 9 Lipaza BIOCHEMIA Wydział Nauk o Żywności i Rybactwa Centrum Bioimmobilizacji i Innowacyjnych Materiałów Opakowaniowych ul. Klemensa Janickiego 35 71-270 Szczecin Enzymy. Oznaczanie aktywności wybranych enzymów

Bardziej szczegółowo

Aminotransferazy. Dehydrogenaza glutaminianowa. Szczawiooctan. Argininobursztynian. Inne aminokwasy. asparaginian. fumaran. Arginina.

Aminotransferazy. Dehydrogenaza glutaminianowa. Szczawiooctan. Argininobursztynian. Inne aminokwasy. asparaginian. fumaran. Arginina. Inne aminokwasy Szczawiooctan Aminotransferazy asparaginian Cytrulina Argininobursztynian Cykl mocznikowy Arginina fumaran Ornityna Aminotransferazy -ketoglutaran karbamoilofosforan Mocznik kwas glutaminowy

Bardziej szczegółowo

Związki biologicznie czynne

Związki biologicznie czynne Związki biologicznie czynne Aminokwasy Antybiotyki Aminokwasy egzogenne: fenyloalanina histydyna izoleucyna leucyna lizyna metionina treonina tryptofan walina Aminokwasy endogenne: alanina arginina asparagina

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 4 Jak działają geny?

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 6 Aminokwasy

Ćwiczenie 6 Aminokwasy Ćwiczenie 6 Aminokwasy Aminokwasy są to związki dwufunkcyjne, których cząsteczki zawierają grupy karboksylowe i aminowe: grupa aminowa:nh 2 grupa karboksylowa COOH Nomenklatura aminokwasów: Naturalne aminokwasy

Bardziej szczegółowo

(Tekst mający znaczenie dla EOG)

(Tekst mający znaczenie dla EOG) L 53/134 PL 23.2.2018 ROZPORZĄDZENIE WYKONAWCZE KOMISJI (UE) 2018/249 z dnia 15 lutego 2018 r. dotyczące na stosowanie tauryny, beta-alaniny, L-alaniny, L-argininy, kwasu L-asparaginowego, L-histydyny,

Bardziej szczegółowo

Aminokwasy. COO - l. H 3 N C H l R

Aminokwasy. COO - l. H 3 N C H l R Aminokwasy COO - l + H 3 N C H l R Aminokwasy hydrofobowe z alifatycznymi grupami R glicyna alanina walina leucyna izoleucyna prolina metionina cysteina Aminokwasy hydrofobowe z aromatycznymi grupami R

Bardziej szczegółowo

HYDROLIZA KERATYN WŁOSÓW

HYDROLIZA KERATYN WŁOSÓW HYDROLIZA KERATYN WŁOSÓW Instrukcja do ćwiczeń opracowana w Katedrze Chemii Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego Roztwarzanie próbek stałych Większość technik chromatograficznych wymaga uzyskania próbki w

Bardziej szczegółowo

PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT

PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT PRZYKŁADOWE ZADANIA ORGANICZNE ZWIĄZKI ZAWIERAJĄCE AZOT Zadanie 1127 (1 pkt) Uszereguj podane związki według rosnącego ph w roztworze wodnym. Właściwy porządek podaj zapisując go wzorami półstrukturalnymi.

Bardziej szczegółowo

Reakcje charakterystyczne dla aminokwasów oraz wykrywanie białek

Reakcje charakterystyczne dla aminokwasów oraz wykrywanie białek Ćwiczenie 2 eakcje charakterystyczne dla aminokwasów oraz wykrywanie białek Wyciąg z kart charakterystyki substancji niebezpiecznych Sodu azotan (III), T, Kwas octowy Kwas siarkowy Kwas azotowy (V) Kwas

Bardziej szczegółowo

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne

Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie

Bardziej szczegółowo

Spis treści. 1. Wiadomości wstępne Skład chemiczny i funkcje komórki Przedmowa do wydania czternastego... 13

Spis treści. 1. Wiadomości wstępne Skład chemiczny i funkcje komórki Przedmowa do wydania czternastego... 13 Przedmowa do wydania czternastego... 13 Częściej stosowane skróty... 15 1. Wiadomości wstępne... 19 1.1. Rys historyczny i pojęcia podstawowe... 19 1.2. Znaczenie biochemii w naukach rolniczych... 22 2.

Bardziej szczegółowo

Toruńskie Zakłady Materiałów Opatrunkowych S.A. ul. Żółkiewskiego 20/26, Toruń.

Toruńskie Zakłady Materiałów Opatrunkowych S.A. ul. Żółkiewskiego 20/26, Toruń. WOJSKOWY OŚRODEK FARMACJI I TECHNIKI MEDYCZNEJ 05-430 Celestynów ul. Wojska Polskiego 57 Celestynów dnia, 08.06.2016 r. Uczestnicy postępowania o udzielenie zamówienia publicznego Adresaci według rozdzielnika

Bardziej szczegółowo

Chemiczna modyfikacja białek

Chemiczna modyfikacja białek Rozdział 6 Chemiczna modyfikacja białek 6.1. Postulat selektywnej modyfikacji reszt aminokwasowych białka Jedną z wielu wyjątkowych cech białek jest łatwość, z jaką ulegają one zmianom pod wpływem rozmaitych

Bardziej szczegółowo

ALDEHYDY, KETONY. I. Wprowadzenie teoretyczne

ALDEHYDY, KETONY. I. Wprowadzenie teoretyczne ALDEYDY, KETNY I. Wprowadzenie teoretyczne Aldehydy i ketony są produktami utlenienia alkoholi. Aldehydy są produktami utlenienia alkoholi pierwszorzędowych, a ketony produktami utlenienia alkoholi drugorzędowych.

Bardziej szczegółowo

Projektowanie Procesów Biotechnologicznych

Projektowanie Procesów Biotechnologicznych Projektowanie Procesów Biotechnologicznych wykład 14 styczeń 2014 Kinetyka prostych reakcji enzymatycznych Kinetyka hamowania reakcji enzymatycznych 1 Enzymy - substancje białkowe katalizujące przemiany

Bardziej szczegółowo

Przegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów -

Przegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów - Przegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów - Zakład Biologii Molekularnej Instytut Biochemii, Wydział Biologii UW Takao Ishikawa Kontakt Imię i nazwisko: Takao Ishikawa Mail: takao@biol.uw.edu.pl

Bardziej szczegółowo