Medycyna Wet. 2008, 64 (5) MARCIN WEINER



Podobne dokumenty
Charakterystyka wybranych markerów patogennoœci shigatoksycznych szczepów Escherichia coli wyosobnionych z surowej wo³owiny przy u yciu PCR* )

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

uzyskanymi przy zastosowaniu innych metod użyto testu Manna-Whitney a. Jako miarę korelacji wykorzystano współczynnik. Przedstawiona w dysertacji

OCENA STOPNIA KONTAMINACJI BAKTERIAMI CAMPYLOBACTER SPP. PRODUKTÓW DROBIARSKICH DOSTĘPNYCH W HANDLU DETALICZNYM

Zastosowanie metody RAPD do różnicowania szczepów bakteryjnych

Instrukcje do ćwiczeń oraz zakres materiału realizowanego na wykładach z przedmiotu Inżynieria bioprocesowa na kierunku biotechnologia

mgr Iwona Kapłon Normy ogólne PN-EN ISO/IEC PN-EN ISO 7218 Normy przedmiotowe Próbki środowiskowe z obszaru produkcji i obrotu żywnością

AUTOREFERAT. dr n. wet. Kinga Wieczorek

MATERIAŁY SZKOLENIOWE DLA ZAKŁADÓW HIGIENY WETERYNARYJNEJ W ZAKRESIE LABORATORYJNEJ DIAGNOSTYKI AFRYKAŃSKIEGO POMORU ŚWIŃ

AmpliTest Salmonella spp. (Real Time PCR)

DIAGNOSTYKA POLSKICH SZCZEPÓW WIRUSA MOZAIKI PEPINO (PEPINO MOSAIC VIRUS)

AmpliTest GMO screening-nos (Real Time PCR)

ZRÓŻNICOW ANIE GENETYCZNE SZCZEPÓW DROŻDŻY FERM ENTUJĄCYCH KSYLOZĘ

Novabeads Food DNA Kit

Ampli-LAMP Salmonella species

pojedynczych mutacji punktowych, lokalizujących się we fragmencie genu o wielkości około 600 pz. Uważa się, że poszczególne układy mutacji są

PL B1. Sposób amplifikacji DNA w łańcuchowej reakcji polimerazy za pomocą starterów specyficznych dla genu receptora 2-adrenergicznego

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 26/11

Genotypy i antybiotykooporność izolatów Staphylococcus aureus wyosobnionych od świń, kur oraz z mięsa wieprzowego i drobiowego

Prowadzący: dr Lidia Boss znacznik fluorescencyjny (np. SYBR Green II)

AmpliTest Babesia spp. (PCR)

WYKRYWANIE OBECNOŚCI BAKTERII Z RODZAJU LISTERIA W ŻYWNOŚCI

Ocena aktywności lipolitycznej szczepów Enterococcus faecium. The evaluation of lipolytic activity of strains of Enterococcus faecium

Biologia medyczna, materiały dla studentów

AmpliTest Chlamydia/Chlamydophila (Real Time PCR)

TaqNovaHS. Polimeraza DNA RP902A, RP905A, RP910A, RP925A RP902, RP905, RP910, RP925

Molekularna charakterystyka zoonotycznych szczepów rotawirusa świń Streszczenie

Inżynieria Genetyczna ćw. 3

Ćwiczenie numer 6. Analiza próbek spożywczych na obecność markerów GMO

Zestaw do wykrywania Chlamydia trachomatis w moczu lub w kulturach komórkowych

Diagnostyka molekularna w OIT

Zakład Biologii Molekularnej Materiały do ćwiczeń z przedmiotu: BIOLOGIA MOLEKULARNA

Autor: dr Mirosława Staniaszek

Warszawa, dnia 12 sierpnia 2019 r. Poz. 1511

E.coli Transformer Kit

zarodków SPF oraz materiały z trzeciego pasażu hodowli komórek CEK, przebadano za pomocą AGID. Wynik pozytywny uzyskano dla wszystkich zakażonych

Ocena wzrostu na podłożu chromid C. difficile Agar klinicznych szczepów Clostridium difficile należących do różnych PCR-rybotypów

AmpliTest Panel odkleszczowy (Real Time PCR)

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Genomic Midi AX Direct zestaw do izolacji genomowego DNA (procedura bez precypitacji) wersja 1215

Załącznik nr 1A do siwz Część I - Zestaw testowy do szybkiej identyfikacji Escherichia coli

Zestaw SIT Szybki Identyfikacyjny Test Szczepów Salmonella Enteritidis i Typhimurium

(62) Numer zgłoszenia, z którego nastąpiło wydzielenie:

PL B1. UNIWERSYTET PRZYRODNICZY W LUBLINIE, Lublin, PL BUP 04/14. SYLWIA OKOŃ, Dąbrowica, PL KRZYSZTOF KOWALCZYK, Motycz, PL

Ćwiczenie 5 Klonowanie DNA w wektorach plazmidowych

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2014, 66: 89-98

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 1455

Scenariusz lekcji z biologii w szkole ponadgimnazjalnej

HARMONOGRAM ZAJĘĆ dla studentów Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR Mikrobiologia weterynaryjna II rok 2017/2018 semestr letni

Prof. dr hab. Wojciech Szweda Olsztyn, r.

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2009, 61: Sebastian Wardak, Marek Jagielski 1

Dr n. med. Dorota Żabicka, NPOA, KORLD, Zakład Epidemiologii i Mikrobiologii Klinicznej NIL

OCENA ANTYBIOTYKOOPORNOŚCI SZCZEPÓW GRONKOWCA ZŁOCISTEGO (STAPHYLOCOCCUS AUREUS) IZOLOWANYCH Z MIĘSA MIELONEGO

OPORNOŚĆ NA CIPROFLOKSACYNĘ I TETRACYKLINĘ SZCZEPÓW CAMPYLOBACTER SPP. IZOLOWANYCH Z PRODUKTÓW DROBIARSKICH

Opis przedmiotu zamówienia wraz z wymaganiami technicznymi i zestawieniem parametrów

MED. DOŚW. MIKROBIOL., 2011, 63: Natalia Rokosz, Waldemar Rastawicki, Marek Jagielski

WPŁYW KWAŚNEGO ODCZYNU NA SZCZEPY ESCHERICHIA COLI O157 IZOLOWANE Z WODY POWIERZCHNIOWEJ I MATERIAŁU KLINICZNEGO

Polimeraza Taq (1U/ l) 1-2 U 1 polimeraza Taq jako ostatni składniki mieszaniny końcowa objętość

Metody badania ekspresji genów

Wykorzystanie wybranych, rekombinowanych białek w serodiagnostyce zakażeń wywoływanych przez werotoksyczne pałeczki Escherichia coli (VTEC) u ludzi

Instrukcja ćwiczeń Biologia molekularna dla II roku Analityki Medycznej. Reakcja odwrotnej transkrypcji. Projektowanie starterów do reakcji PCR.

CHARAKTERYSTYKA PIERWSZEGO IZOLOWANEGO W POLSCE FERMENTUJĄCEGO SORBITOL WEROTOKSYCZNEGO SZCZEPU ESCHERICHIA COLI O157

Wkwietniu 2011 r. Europejski Urząd

Zastosowanie markerów RAPD do określenia podobieństwa genetycznego odmian jęczmienia ozimego (Hordeum vulgare L.)

DETEKCJA PATOGENÓW POWODUJĄCYCH ZAPALENIE OPON MÓZGOWO-RDZENIOWYCH

I CHARAKTERYSTYKA SZCZEPÓW WIRUSA MYKSOMATOZY KRÓLIKÓW Z ZASTOSOWANIEM METOD MOLEKULARNYCH

Ocena rozpowszechnienia pierwotniaków z rodzaju Babesia w wybranych regionach Polski przy zastosowaniu technik molekularnych STRESZCZENIE

Neospora caninum u żubrów eliminowanych w Białowieży w latach

Analysis of infectious complications inf children with acute lymphoblastic leukemia treated in Voivodship Children's Hospital in Olsztyn

TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA TECHNIKI ANALIZY RNA

The use of molecular methods in the diagnosis of Clostridium difficile infections

BD BBL CHROMagar O157

WYKRYWANIE BAKTERII SALMONELLA METODAMI MOLEKULARNYMI W PRODUKTACH ŻYWNOŚCIOWYCH

ZRÓŻNICOWANIE LOCUS agr WŚRÓD STAPHYLOCOCCUS AUREUS IZOLOWANYCH OD NOSICIELI ORAZ OD CHORYCH Z OBJAWAMI ZAKAŻENIA

Ocena rozprawy doktorskiej Pani lek. wet. Iwony Kozyry p.t. Molekularna charakterystyka zoonotycznych szczepów rotawirusa świń

Rocz. Nauk. Zoot., T. 37, z. 2 (2010) Identyfikacja sekwencji genu kodującego dehydrogenazę NADH 1 u sarny

PCR - ang. polymerase chain reaction

Analiza genetyczna w niepowodzeniach ciąży i badaniach prenatalnych

Wykorzystanie metody MSSCP do analizy markerów genetycznych raka płuc w ramach projektu FP7: CURELUNG

Ampli-LAMP Goose Parvovirus

HARMONOGRAM ZAJĘĆ dla studentów Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR Mikrobiologia weterynaryjna II rok 2016/2017 semestr letni

Hybrydyzacja kwasów nukleinowych

Powodzenie reakcji PCR wymaga właściwego doboru szeregu parametrów:

EDYTA KATARZYNA GŁAŻEWSKA METALOPROTEINAZY ORAZ ICH TKANKOWE INHIBITORY W OSOCZU OSÓB CHORYCH NA ŁUSZCZYCĘ LECZONYCH METODĄ FOTOTERAPII UVB.

Nauka Przyroda Technologie

TESTY IMMUNOCHROMATOGRAFICZNE

Sekwencje mikrosatelitarne. SNP Single Nucleotide Polymorphism (mutacje punktowe, polimorfizm jednonukleotydowy)

ZAKRES AKREDYTACJI LABORATORIUM BADAWCZEGO Nr AB 466

Pracownia w Kaliszu Kalisz ul. Warszawska 63a tel: fax: zhw.kalisz@wiw.poznan.pl

ANALIZA MOLEKULARNA BIOCENOZ BAKTERYJNYCH Ćwiczenia 2017/18

Ocena przydatności podłoża chromogennego do izolacji Clostridium difficile z przewodu pokarmowego dzieci z biegunką

Zestaw do wykrywania Babesia spp. i Theileria spp. w kleszczach, krwi i hodowlach komórkowych

OPRACOWANIE ZESTAWU DIAGNOSTYCZNEGO DO GENETYCZNEGO TYPOWANIA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH METODĄ PCR MP

Bazy danych czynników biologicznych i ich wykorzystanie w identyfikacji zagrożenia biologicznego.

ZA STO SO W A N IE M ETO D Y P C R DO RÓ ŻN IC O W A N IA DRO ŻDŻY PR ZEM Y SŁO W Y C H

ROZPORZĄDZENIE KOMISJI (UE) NR

Gorączka Q epidemiologia, patogeneza oraz diagnostyka laboratoryjna. Wskazówki dla lekarzy weterynarii i hodowców

Transkrypt:

668 Praca oryginalna Original paper Identyfikacja i charakterystyka shigatoksycznych szczepów Escherichia coli wystêpuj¹cych w surowej wo³owinie przy u yciu sondy molekularnej oraz multiplex PCR* ) MARCIN WEINER Zak³ad Mikrobiologii Pañstwowego Instytutu Weterynaryjnego Pañstwowego Instytutu Badawczego, Al. Partyzantów 57, 24-00 Pu³awy Weiner M. Identification and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli strains originating from raw beef by the use of a molecular probe and multiplex PCR Summary Shiga toxin-producing E. coli (STEC) are a serious cause of human diseases. The infections are mainly associated with strains belonging to serogroups O57, O26, O03, O and O3, while the main source of infection is contaminated food of animal origin (especially beef). In this study the molecular identification methods for STEC were used which enabled detection of STEC in raw beef using multiplex PCR (mpcr) assays, isolation of individual bacterial colonies with digoxigenin (DIG)-labeled DNA probe and characterization of the virulence markers by the use of mpcr. The molecular method was used to examine 272 raw beef samples obtained from slaughterhouses. After the mpcr- analysis 6 stx-positive samples (5.88%) were detected. The STEC isolates were then tested using the mpcr and PCR assays. Eight of them belonged to O57:H7 serotype by the presence of the rfbo57 and flic H7 genes. The stx marker was observed in all E. coli O57:H7 and in four of the non-o57:h7 isolates tested. Moreover, the stx 2 gene was detected in all E. coli O57:H7 and in seven of the non-o57:h7, three of them also possessed the stx marker. Eight of the rfbo57-negative STEC were examined with the mpcr-3 assay to detect the rfbo, rfbo3 and O26wzx markers, three of them produced the characteristic amplicon for the O26 group. These isolates also carried the stx (one strain) or stx 2 genes (two isolates). Among the STEC tested, none belonged to the O or O3 groups. The amplification with the mpcr-4 assay showed that all isolates harbored the enterohemolysin (ehlya) gene whereas the intimin marker (eaea) was observed in all E. coli O57:H7 and O26 isolates. Keywords: molecular probe, STEC, PCR, beef ród³em zaka eñ ludzi shigatoksycznymi szczepami E. coli jest przede wszystkim ywnoœæ pochodzenia zwierzêcego (g³ównie wo³owina). Zachorowania wywo³ane s¹ najczêœciej obecnymi w niej szczepami STEC (shigatoksyczne E. coli) nale ¹cymi do grup serologicznych: O57, O26, O oraz O3. W Polsce do zaka eñ dochodzi sporadycznie, jednak dotychczas szersze badania w tym zakresie nie by³y prowadzone. Do identyfikacji STEC w rutynowej diagnostyce stosowane s¹ klasyczne metody mikrobiologiczne, które s¹ czaso- i pracoch³onne, a ich rezultaty nie zawsze jednoznaczne. Wynika to, miêdzy innymi, * ) Badania wykonane w ramach projektu nr 2P06K03427 finansowanego przez MNiSW w Zak³adzie Higieny ywnoœci Pochodzenia Zwierzêcego PIWet-BIP; kierownik projektu: prof. dr hab. Jacek Osek. z ró nic pomiêdzy poszczególnymi szczepami nale- ¹cymi do STEC oraz z ma³ej liczby tych bakterii w badanym materiale biologicznym w porównaniu do mikroflory towarzysz¹cej (0). Wprowadzenie testów opartych na biologii molekularnej, takich jak hybrydyzacja DNA ze znakowanymi sondami genetycznymi oraz amplifikacja DNA metod¹ PCR, znacznie usprawni³o proces specyficznej i szybkiej diagnostyki tych drobnoustrojów (2). W dostêpnych publikacjach brak jednak technik molekularnych, które umo liwi- ³yby oznaczenie zarówno E. coli O57:H7, jak i innych serotypów STEC czêsto wystêpuj¹cych w surowej wo³owinie. Celem badañ by³o okreœlenie mo liwoœci zastosowania sondy molekularnej znakowanej digoksygeni-

669 n¹ oraz testów multiplex PCR do identyfikacji shigatoksycznych szczepów E. coli obecnych w surowej wo³owinie oraz charakterystyki posiadanych przez nie genotypowych markerów patogennoœci. Materia³ i metody Materia³ do badañ. Próbki wo³owiny (25 g) uzyskane od byd³a pochodz¹cego z województwa lubelskiego (n = 99), mazowieckiego (n = 70), podkarpackiego (n = 47) oraz œwiêtokrzyskiego (n = 56), pobierano w zak³adach miêsnych z tusz wo³owych bezpoœrednio przed sch³odzeniem i dostarczano w czasie kilku godzin (-4 h) do laboratorium. Hodowla. Do ka dej próbki dodawano 225 ml bulionu TSB, homogenizowano (Stomacher 400, Seward Lab System, Anglia) przez 2 min. z czêstotliwoœci¹ 230 uderzeñ/ min. i inkubowano w cieplarce w temp. 37 C przez 6 h, z wytrz¹saniem (50 rpm). Z tak uzyskanej hodowli wstêpnej pobierano ml, przenoszono do 4 ml TSB z mitomycyn¹ C (50 µg/l) i inkubowano przez kolejne 8 h w temp. 37 C z wytrz¹saniem (50 rpm). Matrycowy DNA. Z hodowli pobierano 2 ml, wirowano przez 2 min., 5000 g. Uzyskany supernatant ( ml) wirowano ponownie przez 5 min., (3 000 g). Otrzymany osad przemywano PBS ( ml) i ponownie wirowano, a osad zawieszano w 200 µl wody redestylowanej. Zawiesinê ogrzewano w temp. 99 C przez 0 min. i sch³adzano w lodzie przez 20 min. Po kolejnym wirowaniu (3 000 g, min.) uzyskany supernatant stanowi³ Ÿród³o matrycowego DNA. Test mpcr-. Amplifikacjê genów toksyny Shiga (stx) oraz genu 6S rrna E. coli wykonywano w mieszaninie PCR sk³adaj¹cej siê z matrycowego DNA, 5 µl buforu enzymatycznego, 5 mm MgCl 2, 5 µl nukleotydów dntp (200 µm), U polimerazy Taq (Fermentas, Litwa), starterów oligonukleotydowych (IBB PAN, Polska) oraz wody wolnej od DNazy i RNazy (ICN Biomedicals, USA), dodanej do koñcowej objêtoœci 50 µl. Reakcjê amplifikacji wykonywano w termocyklerze PTM-00 (MJ Research, USA). Charakterystykê oraz sekwencje nukleotydowe starterów, jak równie parametry amplifikacji przedstawiono w poprzedniej pracy (24). Metoda hybrydyzacji. Do identyfikacji pojedynczych kolonii szczepów shigatoksycznych E. coli u yto opisanych hodowli bulionowych. Hodowle te badano testem mpcr-. W przypadku wyniku pozytywnego z hodowli pobierano 2 ml i wirowano wstêpnie przez 2 min., 5000 g. Uzyskany supernatant rozcieñczano buforem PBS i posiewano na 3 p³ytki z agarem Tergitol-7, które inkubowano w temp. 37 C przez 8 h. Do dalszych badañ wybierano te p³ytki, na których uzyskano wzrost w granicach 50-00 kolonii bakteryjnych. Hybrydyzacjê DNA kolonii wykonano w ten sposób, e na wyroœniête kolonie bakteryjne przyk³adano kr¹ ek nitrocelulozowy (NC) (Roche), a po delikatnym zdjêciu umieszczano kolejno w roztworze denaturacyjnym, neutralizacyjnym oraz kalibruj¹cym i inkubowano, odpowiednio, przez 5 min., 5 min. oraz 0 min. Po wysuszeniu NC w temp. pokojowej utrwalano bakteryjny DNA w piecu hybrydyzacyjnym (Biometra OV, Biometra, Niemcy) w temp. 80 C przez 45 min. Celem usuniêcia sk³adników œciany komórkowej bakterii dodawano proteinazê K (Sigma) i inkubowano NC w temp. 37 C przez h. Sonda DNA. Do wykonania sondy molekularnej u yto DNA referencyjnego szczepu E. coli 344 i wykonano technik¹ PCR (2). Odpowiednie pr¹ ki stx wycinano z elu, przenoszono do probówek Eppendorfa zawieraj¹cych 200 µl ja³owej wody redestylowanej, ogrzewano w temp. 99 C przez 0 min. i sch³adzano w lodzie przez 20 min. Tak przygotowan¹ sondê dodawano do roztworu DIG Easy Hyb (Roche) i wstawiano do lodu. Po tym etapie przenoszono j¹ do butelek hybrydyzacyjnych (Biometra) zawieraj¹cych wczeœniej przygotowane kr¹ ki nitrocelulozowe i wykonywano hybrydyzacjê w piecu hybrydyzacyjnym w 42 C przez 8 h. Nastêpnie membrany p³ukano w roztworze p³ucz¹cym w temperaturze pokojowej przez 5 min., dodawano koniugat anty-dig-ap (Roche) ( µl/nc) i inkubowano przez 60 min. w temperaturze pokojowej. Po dwukrotnym p³ukaniu membran w buforze p³ucz¹cym dodawano substrat NBT i BCIP (Roche) w buforze TBS, w iloœci 5 ml/nc i inkubowano bez dostêpu œwiat³a przez h. Kr¹ ki nitrocelulozowe z ciemnymi punktami wskazuj¹cymi na obecnoœæ genu stx toksyny Shiga stanowi³y podstawê do identyfikacji odpowiadaj¹cych im kolonii bakteryjnych na macierzystych p³ytkach agarowych. Kolonie te przesiewano nastêpnie na p³ytki z agarem LB i inkubowano w temp. 37 C przez 8 h. Test mpcr-2, mpcr-3 oraz mpcr-4. Szczegó³ow¹ charakterystykê markerów patogennoœci STEC: stx, stx2, rfbo57, flic H7, wykonano przy u yciu mpcr-2, ehlya, eaea testem mpcr-3 a genów O26wzx, rfbo i rfbo3, typowych dla E. coli O26, O oraz O3 przy u yciu testu mpcr-4, które szczegó³owo opisano w poprzedniej pracy (24). Wyniki i omówienie Wprowadzenie metod opartych na biologii molekularnej, przede wszystkim amplifikacji okreœlonych genów za pomoc¹ PCR, znacznie usprawni³o proces specyficznej i szybkiej diagnostyki drobnoustrojów nale ¹cych do STEC oraz istotnych z klinicznego punktu widzenia ich genotypowych markerów patogennoœci. Z drugiej strony, obecnoœæ w badanym materiale mioglobiny, hemoglobiny czy NaCl, jak równie mikroflory towarzysz¹cej czêsto wp³ywa hamuj¹co na proces amplifikacji genowej i powoduje uzyskanie wyników fa³szywie ujemnych. Z tego wzglêdu w obecnej pracy do identyfikacji STEC w miêsie wo- ³owym, jak równie do póÿniejszej charakterystyki ich markerów patogennoœci, zastosowano testy multiplex PCR zawieraj¹ce oprócz sekwencji starterowych charakterystycznych dla badanych genów STEC, wewnêtrzn¹ kontrolê reakcji w postaci powielania fragmentu genu 6S rrna E. coli. Przy u yciu testu mpcr- zbadano 272 próbki wo- ³owiny i stwierdzono 6 stx-dodatnich (5,88%). Najwiêcej z nich pochodzi³o z województwa lubelskiego (n = 7) oraz œwiêtokrzyskiego (n = 6), natomiast w przypadku próbek otrzymanych z województwa mazowieckiego uzyskano dwa wyniki dodatnie, a z podkarpackiego jeden taki wynik.

670 Badania wykonywane w Polsce przez innych autorów koncentrowa³y siê dotychczas przede wszystkim na identyfikacji markerów patogennoœci u STEC wyosobnionych od ludzi lub zwierz¹t, a w niewielkim stopniu dotyczy³y wystêpowania tych bakterii w ywnoœci. Szych i wsp. (9) wyizolowali 5 szczepów E. coli O57:H7, charakteryzuj¹cych siê obecnoœci¹ wy³¹cznie genu stx 2. Kwiatek i Ró añska (7), po przebadaniu 20 próbek, stwierdzili E. coli O57:H7 w miêsie wo³owym (8,0%), mielonym miêsie wieprzowo-wo³owym (6,0%) oraz mleku surowym (5,56%). Sadowskiej i wsp. (7) uda³o siê wyosobniæ z 40 próbek ywnoœci 2 szczepy E. coli O57:H7, z których tylko jeden, nale ¹cy do serotypu O57:H7, na podstawie obecnoœci genu stx zaliczono do grupy STEC oraz drugi do grupy O26. Analiza dostêpnych publikacji wykaza³a, e pomimo wysokiej czu³oœci i specyficznoœci testów PCR, umo liwiaj¹cych identyfikacjê genów charakterystycznych dla STEC, obecnoœæ mikroflory towarzysz¹cej uniemo liwia czêsto wyizolowanie pojedynczych komórek bakteryjnych nale ¹cych do tej grupy. Khan i wsp. testem PCR stwierdzili gen stx w 55 ze zbadanych próbek wo³owiny, jednak tylko z 4 z nich uda³o siê wyizolowaæ drobnoustroje stx-dodatnie (5). Z podobnym problemem zetknêli siê równie Pierard i wsp., którzy wyosobnili STEC jedynie z po³owy próbek miêsa reaguj¹cych dodatnio w teœcie PCR (5). Z tego wzglêdu w badaniach w³asnych zastosowano metodê hybrydyzacji umo liwiaj¹c¹ identyfikacjê i izolacjê pojedynczych komórek STEC z p³ytki agarowej, dziêki przy³¹czaniu komplementarnego oligonukleotydu znakowanego digoksygenin¹ do fragmentu genu stx bakterii. Pocz¹tkowo wykorzystano w tym celu p³ytki z agarem LB, stosowane w badaniach przez Oska i Galliena (2) do identyfikacji STEC w próbkach ka³u bydlêcego. Ze wzglêdu na czêsto stwierdzany zalewowy wzrost mikroflory naturalnie obecnej w miêsie, do izolacji STEC zastosowano agar Tergitol-7. Villari i wsp. (23) u ywali go do wykrywania oraz oznaczania liczby komórek E. coli obecnych w ywnoœci i wykazali, e skutecznie hamowa³ wzrost innych drobnoustrojów obecnych w miêsie. Zastosowanie Nr izolatu O57 flich7 tej po ywki w obecnych badaniach do metody hybrydyzacji powodowa³o jednak powstawanie niespecyficznych, jasnoniebieskich punktów na membranach nitrocelulozowych, b³êdnie sugeruj¹cych obecnoœæ kolonii bakteryjnych zawieraj¹cych gen stx. Zjawisko to wyeliminowano w trakcie optymalizacji odczynu hybrydyzacji poprzez zmniejszenie koncentracji u ywanego koniugatu anty-dig-ap. Kolonie bakteryjne stx-dodatnie, zidentyfikowane przy u yciu sondy molekularnej znakowanej digoksygenin¹, poddano dalszym badaniom testami multiplex PCR w kierunku genów stx, stx 2, rfbo57, flic H7 (mpcr-2), O26wzx, rfbo, rfbo3 (mpcr-3) oraz ehlya i eaea (mpcr-4). Wykazano, e osiem spoœród badanych izolatów stxdodatnich posiada³o gen rfbo57, charakterystyczny dla grupy serologicznej O57. Szczepy te posiada³y jednoczeœnie gen flic H7, warunkuj¹cy ekspresjê antygenu H7 (tab. ) i na tej podstawie zakwalifikowano je do serotypu O57:H7. Nie stwierdzono wystêpowania genu flic H7 u adnego z izolatów E. coli nie nale ¹cych do grupy O57. Gen toksyny Stx (stx ) zidentyfikowano ³¹cznie u 2 badanych izolatów, w tym wszystkich nale ¹cych do serotypu O57:H7, jak równie czterech innych ni O57:H7. Gen stx 2 obecny by³ wœród 5 STEC, w tym równie u wszystkich wyosobnionych E. coli O57:H7. Ponadto marker ten stwierdzono u 3 nie-o57:h7, u których jednoczeœnie wykazano gen stx, jak równie u 4 STEC nie posiadaj¹cych innych genów patogennoœci badanych testem mpcr-2 (tab. ). Tab.. Charakterystyka genotypowa stx-dodatnich izolatów STEC uzyskanych z próbek wo- ³owiny pobranych w zak³adach miêsnych wykonana testami mpcr-2, mpcr-3 oraz mpcr-4 stx stx 2 Marker patogennoœci O26wzx2 rfbo2 rfbo32 ehlya3 eaea3 n.b. 4 2 n.b. 3 + 4 + + 5 n.b. 6 + + 7 + + 8 n.b. 9 n.b. 0 n.b. n.b. 2 3 + 4 + 5 6 n.b. Objaœnienia: mpcr-2, 2 mpcr-3, 3 mpcr-4, 4 n.b. = nie badane ze wzglêdu na obecnoœæ genu rfbo57 w teœcie mpcr-2

67 Tatarczak i wsp. (2) wykazali za pomoc¹ PCR, e w obrêbie 74 STEC (39 pochodzenia ludzkiego, bydlêcego, 8 wyizolowanych od prosi¹t i 6 uzyskanych z ywnoœci), 7 posiada³o gen stx, 49 stx 2 a pozosta³e 8 izolatów geny obu toksyn. Marker rfbo57 wystêpowa³ u 44 STEC, przy czym u 2 izolatów z jednoczesn¹ obecnoœci¹ genu flic H7. Wszystkie STEC uzyskane z ywnoœci nale a³y do serotypu O57:H7 i posiada³y gen toksyny Stx2, a jeden z nich tak e Stx. Stosuj¹c technikê mpcr, Osek () stwierdzi³, e w grupie 202 izolatów E. coli pochodz¹cych od ciel¹t i ludzi, 25 (2,4%) by³o stx-dodatnich. Szeœæ z nich nale a³o do serotypu O57:H7, natomiast cztery do O57:H-. U dwóch E. coli O57:H7 obecne by³y geny koduj¹ce obie odmiany toksyny Stx, a u czterech wy³¹cznie stx 2. W grupie piêtnastu nie-o57 STEC dwa izolaty posiada³y markery stx i stx 2, osiem gen stx 2 natomiast u piêciu obecny by³ tylko stx. Wykonane rok póÿniej podobne badania wykaza³y, e w grupie 29 STEC izolowanych od ludzi, œwiñ i ciel¹t stwierdzono siedemnaœcie posiadaj¹cych stx 2, siedem stx, a u pozosta³ych geny obu odmian Stx (3). Badania prowadzone za granic¹, dotycz¹ce wystêpowania STEC w ywnoœci (g³ównie miêsie wo³owym), koncentrowa³y siê przede wszystkim nad E. coli O57:H7, natomiast niewiele prac dotyczy³o identyfikacji STEC innych serotypów. Najwiêcej przypadków E. coli O57:H7 zanotowano w USA (43,6%) (4) oraz w Argentynie (40,9%) (3). Z drugiej strony, Pierard i wsp. (5) oraz Tarr i wsp. (20) nie stwierdzili obecnoœci bakterii tego serotypu w adnej z badanych próbek wo³owiny (5, 20). Izolaty, które nie nale a³y do grupy O57 (n = 8), zbadano nastêpnie przy u yciu mpcr-3, pozwalaj¹cego na wykrycie genów O26wzx, rfbo i rfbo3, charakterystycznych odpowiednio dla E. coli O26, O oraz O3. Stwierdzono, e amplikon o wielkoœci 53 pz, charakterystyczny dla genu wzxo26 koduj¹cego antygen O26, wystêpowa³ u E. coli oznaczonych numerami 6, 2, 5. Izolat nr 6 posiada³ równie gen stx, natomiast pozosta³e dwa (nr 2 i 5) zawiera³y marker stx 2. Wœród badanych E. coli nie wykazano izolatów nale ¹cych do grup serologicznych O lub O3 (tab. ). W krajowych badaniach dotycz¹cych wystêpowania STEC w ywnoœci, dotychczas jedynie Sadowska i wsp. (7) wyosobnili jeden izolat stx-dodatni nale- ¹cy do grupy serologicznej O26. Wszystkie STEC izolowane od ludzi z biegunk¹ przez Paciorka (4), nale- a³y natomiast do grupy serologicznej O26 (4). Wszyscy wymienieni autorzy dokonali identyfikacji antygenu O E. coli wykonano metod¹ serologiczn¹. W dostêpnym piœmiennictwie niewiele jest danych dotycz¹cych zastosowania biologii molekularnej, np. testów PCR, do oceny przynale noœci E. coli pochodz¹cych z ywnoœci do poszczególnych grup serologicznych O. Do oznaczania STEC O26, O oraz O57 w miêsie wo³owym opracowano real-time PCR, przy pomocy którego w 65 zbadanych próbkach pochodz¹cych z Irlandii, E. coli grupy O26 obecna by³a w 3 próbkach miêsa, a E. coli grupy O w jednej (9). Najwiêcej STEC nie nale ¹cych do serotypu O57:H7 stwierdzono w miêsie wo³owym w 62,5%, 49,2% oraz 40,9% próbek (, 6, 8). Badania wykonane w Hiszpanii (2) w odniesieniu do STEC innych serotypów ni O57:H7 wykaza³y, e wœród 60 szczepów izolowanych z ywnoœci, 36 posiada³o gen stx 2 (60%), 6 stx (27%), a 8 izolatów markery koduj¹ce obie odmiany toksyny Shiga (3%). Szczepy te nale- a³y do 29 grup serologicznych, z których najczêœciej wystêpuj¹cymi i jednoczeœnie powi¹zanymi z patogenez¹ HUS by³y O26:H, O26:H-, O03:H2, O03:H-, O3:H2, O74:H2. Wyosobnione szczepy STEC zbadano nastêpnie, stosuj¹c test mpcr-4, w kierunku obecnoœci genów ehlya i eaea. W niniejszych badaniach markery ehlya, koduj¹cy wytwarzanie enterohemolizyny oraz eaea, odpowiedzialny za ekspresjê intyminy, stwierdzono u wszystkich izolatów nale ¹cych do serotypu O57:H7. Uzyskane wyniki by³y zbli one do rezultatów innych autorów. Toma i wsp. (22) wykazali te geny u szczepów E. coli O57:H7 oraz O26:H pochodz¹cych z ywnoœci. W badaniach Menga i wsp. (8) oraz Chinena i wsp. (3) 00% wyizolowanych od zwierz¹t i z ywnoœci STEC serotypu O57:H7 wytwarza- ³o intyminê i enterohemolizynê. Odmienne obserwacje dotyczy³y obecnoœci tych markerów u STEC innych ni O57 grup serologicznych. W badaniach w³asnych gen enterohemolizyny wystêpowa³ u wszystkich wyizolowanych STEC nie- -O57, natomiast marker intyminy wy³¹cznie u E. coli grupy O26. Z dostêpnych publikacji wynika, e w Hiszpanii na 60 badanych szczepów STEC pochodz¹cych z ywnoœci i reprezentuj¹cych odmienne grupy serologiczne, geny eaea stwierdzono u 2 (35%), a ehlya u 8 (3%) izolatów (2). Natomiast Kumar i wsp. (6) wykazali, e wœród 30 STEC, nie nale ¹cych do O57, 2 szczepów posiada³o geny koduj¹ce enterohemolizynê, natomiast tylko 4 intyminê. Pierard i wsp. (5) wykazali równie, e u 67 izolatów STEC, nie zaklasyfikowanych jako O57 i pochodz¹cych z wo³owiny, marker eaea obecny by³ jedynie w dwóch, a gen koduj¹cy enterohemolizynê u 20 szczepów. Zastosowana w obecnych badaniach metoda diagnostyczna polegaj¹ca na u yciu sondy molekularnej znakowanej digoksygenin¹ oraz testów multiplex PCR, mo e byæ wykorzystana w praktyce do identyfikacji oraz charakterystyki STEC w surowej wo³owinie, co mo e mieæ istotne znaczenie dla oceny wystêpowania tych drobnoustrojów w ywnoœci, jak równie oceny potencjalnego zagro enia dla ludzi. Piœmiennictwo.Al-Gallas N., Ben Aissa R. R., Attia Annabi T., Bahri O., Boudabous A.: Isolation and characterization of Shiga toxin-producing Escherichia coli from meat and dairy products. Food Microbiol. 2002, 9, 389-398.

672 2.Blanco J., Blanco M., Blanco J. E., Mora A., Gonzalez E. A., Bernardez M. I.: Verotoxin-producing Escherichia coli in Spain: Prevalence, serotypes, and virulence genes of O57:H7 and non-o57 VTEC in ruminants, raw beef products, and humans. Exp. Biol. Med. 2003, 228, 345-35. 3.Chinen I., Miliwebsky E. S., Chillemi G. M., Baschkier A., Rivas M.: Clonal relatedness of Argentinean Escherichia coli O57:H7 strains by pulsed-field gel electrophoresis. Ninth International Congress Infectious Diseases. Buenos Aires 2000, s. 97. 4.Elder R. O., Keen J. E., Siragusa G. R., Barkocy-Gallagher G. A., Koohmaraie M., Laegreid W. W.: Correlation of enterohemorrhagic Escherichia coli O57 prevalence in feces, hides, and carcasses of beef cattle during processing. Proc. Natl Acad. Sci. USA 2000, 97, 2999-3003. 5.Khan A., Yamasaki S., Sato T., Ramamurthy T., Pal A., Datta S., Chowdhury N. R., Sas S. C., Sikdar A., Tsukamoto T., Bhattacharya S. K., Takeda Y., Nair G. B.: Prevalence and genetic profiling of virulence determinants of non-o57 Shiga toxin producing Escherichia coli isolated from cattle, beef, and humans, Calcutta, India. Emerg. Infect. Dis. 2002, 8, 54-6. 6.Kumar H. S., Otta S. K., Karanasagar I., Karanasagar I.: Detection of Shiga-toxigenic Escherichia coli (STEC) in fresh seafood and meat marketed in Mangalore, India by PCR. Lett. Appl. Microbiol. 200, 33, 334-338. 7.Kwiatek K., Ró añska H.: Badania nad wystêpowaniem szczepów enterokrwotocznych Escherichia coli O57:H7 w surowcach i produktach zwierzêcego pochodzenia. XII Konf. Nauk. Diagnostyka mikrobiologiczna. Pu³awy 9-20.06.996. Rocz. Wojsk. Inst. Hig. Epidemiol. 996, 33, 4. 8.Meng J., Zhao S., Doyle M. P.: Virulence genes of Shiga toxin-producing Escherichia coli isolated from food, animals and humans. Int. J. Food Microbiol. 998, 45, 229-235. 9.O Hanlon K. A., Catarame T. M. G., Duffy G., Blair I. S., McDowell D. A.: Rapid detection and quantification of. E. coli O57/O26/O in minced beef by real-time PCR. J. Appl. Microbiol. 2004, 96, 03-023. 0.Osek J.: Aktualne metody diagnostyki szczepów Escherichia coli O57. Medycyna Wet. 200, 57, 783-787..Osek J.: Development of a multiplex PCR approach for the identification of Shiga toxin-producing Escherichia coli strains and their major virulence factor genes. J. Appl. Microbiol. 2003, 95, 27-225. 2.Osek J., Gallien P.: Zastosowanie specyficznych dla toksyn Shiga sond DNA znakowanych digoksygenin¹ do oznaczania w kale byd³a shigatoksycznych szczepów Escherichia coli (STEC). Medycyna Wet. 2002, 58, 863-866. 3.Osek J., Weiner M.: Opracowanie testów multiplex PCR do identyfikacji odmian toksyny Shiga wytwarzanych przez Escherichia coli. Medycyna Wet. 2004, 60, 207-20. 4.Paciorek J.: Virulence properties of Escherichia coli faecal strains isolated in Poland from healthy children and strains belonging to serogroups O8, O26, O44, O86, O26 and O27 isolated from children with diarrhoea. J. Med. Microbiol. 2002, 5, 548-556. 5.Pierard D., Van Damme L., Moriau L., Stevens D., Lauwers S.: Virulence factors of verocytotoxin-producing Escherichia coli isolated from raw meats. Appl. Environ. Microbiol. 997, 63, 4585-4587. 6.Read S. C., Gyles C. L., Clarke R. C., Lior H., McEwen S.: Prevalence of verocytotoxigenic Escherichia coli in ground beef, pork, and chicken in Southwestern Ontario. Epidemiol. Infect. 990, 05, -20. 7.Sadowska B., Osek J., Bonar A., Wiêækowska-Szakiel M., Rudnicka W., Ró alska B.: Phenotypic and molecular characteristics of typical and atypical Escherichia coli O57, clinical and food isolates. Acta Microbiol. Pol. 2003, 52, 49-58. 8.Samadpour M., Kubler M., Buck F. C., Depavia G. A., Mazengia E., Stewart J.: Prevalence of Shiga toxin-producing Escherichia coli in ground beef and cattle feces from King Country, Washington. J. Food Prot. 2002, 65, 322- -325. 9.Szych J., Paciorek J., Cieœlik A., Ka³u ewski S.: Charakterystyka szczepów E. coli O57 izolowanych w Polsce z próbek materia³u klinicznego i z ywnoœci. Med. Doœw. Mikrobiol. 999, 50, 79-96. 20.Tarr P. I., Tran T. N., Wilson R. A.: Escherichia coli O57:H7 in retail ground beef in Seattle: results of a one-year perspective study. J. Food Prot. 999, 62, 33-39. 2.Tatarczak M., Wieczorek K., Posse B., Osek J.: Identification of putative adhesin genes in shigatoxigenic Escherichia coli isolated from different sources. Vet. Microbiol. 2005, 0, 77-85. 22.Toma C., Espinosa E. M., Song T., Miliwebsky E., Chinen I., Iyoda S., Iwanaga M., Rivas M.: Distribution of putative adhesions in different seropathotypes of Shiga toxin-producing Escherichia coli. J. Clin. Microbiol. 2004, 42, 4937-4946. 23.Villari P., Iannuzzo M., Torre I.: An evaluation of the use of 4-methylumbelliferyl-â-D-glucuronide (MUG) in different solid media for the detection and enumeration of Escherichia coli in foods. Lett. Appl. Microbiol. 997, 24, 286-290. 24.Weiner M.: Opracowanie testów multiplex PCR do identyfikacji i charakterystyki shigatoksycznych Escherichia coli. Medycyna Wet. (w druku). Adres autora: dr Marcin Weiner, Al. Partyzantów 57, 24-00 Pu³awy; e-mail: mpweiner@piwet.pulawy.pl