COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test

COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test CT DO STOSOWANIA W DIAGNOSTYCE IN VITRO. Informacje dotycz¹ce AMPLICOR CT/NG 100 Tests P/N: 20759414 122 CT/NG PREP zamówienia Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 Tests P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 US: 83319 COBAS AMPLICOR CT DK 100 Tests P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR 100 Tests P/N: 20757470 122 DK Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 US: 83276 COBAS AMPLICOR WB 500 Tests P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 US: 83314 Poni szy zestaw stosowaæ mo na do detekcji Neisseria gonorrhoeae w próbkach amplifikowanych przy u yciu AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detekcja Neisseria gonorrhoeae jest opcjonalna dla u ytkownika. COBAS AMPLICOR NG DK 100 Tests P/N: 20757535 122 Neisseria gonorrhoeae ART: 07 5753 5 Detection Kit US: 83278 Poni szy zestaw stosowaæ mo na do detekcji kontroli wewnêtrznej CT/NG amplifikowanej przy u yciu zestawu AMPLICOR CT/NG Amplification Kit. Detekcja kontroli wewnêtrznej CT/NG jest opcjonalna dla u ytkownika przy badaniu próbek moczu lub wymazów pobranych na transportowe pod³o e hodowlane dla chlamydii. Detekcja kontroli wewnêtrznej jest obowi¹zkowa przy badaniu wymazów pobranych i transportowanych przy u yciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. COBAS AMPLICOR IC DK 100 Tests P/N: 20757608 122 Internal Control Detection Kit ART: 07 5760 8 US: 83281 Nastêpuj¹cego zestawu mo na u yæ do pobierania i transportu wymazów z kana³u szyjki macicy i cewki moczowej. AMPLICOR STD 50 Tests P/N: 20753920 122 STD SWAB Swab Specimen Collection and ART: 07 5392 0 Transport Kit US: 83075 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 1/35 P/N: 04497309 190

Przeznaczenie COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis (CT) Test jest testem do jakoœciowej detekcji in vitro DNA C. trachomatis w próbkach klinicznych przy u yciu analizatora COBAS AMPLICOR. Do detekcji C. trachomatis w próbkach z dróg moczowo-p³ciowych test ten wykorzystuje reakcjê ³añcuchowej polimerazy (PCR), oraz technikê amplifikacji i hybrydyzacji kwasów nukleinowych. Podsumowanie i objaœnienie testu Zasady procedury Chlamydie s¹ to Gram-ujemne, nieruchome bakterie, wystêpuj¹ce jako obligatoryjny wewn¹trzkomórkowy paso yt komórek eukariotycznych z uwagi na sw¹ niezdolnoœæ do syntezy ATP. Rodzaj Chlamydia obejmuje cztery opisane dotychczas gatunki: C. trachomatis, C. psittaci, C. pecorum oraz C. pneumoniae (TWAR). C. psittaci i C. pecorum s¹ patogenami spotykanymi g³ównie u zwierz¹t 1-3. Zaka enia C. trachomatis s¹ obecnie drug¹ co do czêstoœci przyczyn¹ schorzeñ przenoszonych drog¹ p³ciow¹ (STD, sexually transmitted diseases) w populacji ogólnoœwiatowej przy zapadalnoœci wynosz¹cej oko³o 89,1 miliona przypadków rocznie 4. Czêstoœæ wystêpowania w Stanach Zjednoczonych wynosi oko³o 3 milionów przypadków rocznie 5. C. trachomatis powoduje zapalenie szyjki macicy, zapalenie narz¹dów miednicy mniejszej (Pelvic Inflammatory Disease, PID), niemowlêce zapalenie spojówek, niemowlêce zapalenie p³uc, zapalenie cewki moczowej, zapalenie naj¹drza oraz zapalenie odbytu 1,6. C. trachomatis jest te najczêstsz¹ przyczyn¹ (oko³o 25-55% przypadków) niegonokokowego zapalenia cewki moczowej (NGU, non-gonococcal urethritis) u mê czyzn. U kobiet konsekwencje zaka enia chlamydiami s¹ powa ne w przypadku braku leczenia. Oko³o 3 czwartych zaka eñ jest bezobjawowych, dlatego te wiele przypadków pozostaje nierozpoznanych i nieleczonych, co prowadzi do dodatkowych problemów, szczególnie u kobiet ciê arnych. U dzieci urodzonych przez kobiety z zaka eniem chlamydiami wystêpuje wysokie ryzyko rozwoju wtrêtowego zapalenia spojówek i zapalenia p³uc. Dostêpnych jest kilka metod wykrywania C. trachomatis w próbkach klinicznych. Metody te obejmuj¹ bezpoœrednie barwienie zaka onych tkanek metod¹ Giemsy, wykrywanie chlamydiowych cia³ wtrêtowych w hodowlach zaka onych komórek przy u yciu barwienia z u yciem testów immunofluorescencyjnych, metody immunofluorescencji bezpoœredniej oraz sondy kwasów nukleinowych 1,7-9. Hodowla komórkowa wykazuje du ¹ swoistoœæ, ale jej czu³oœæ w rutynowej praktyce klinicznej wynosi poni ej 100%. Poniewa hodowla chlamydii nie ma 100% czu³oœci zaproponowano, aby w celu identyfikacji zaka onych próbek, których nie rozpoznano przy u yciu hodowli, stosowaæ kilka testów niehodowlanych 10. Metody badania nieoparte na hodowlach komórkowych stosuje siê celem identyfikacji sk³adników mikroorganizmu (bia³ka lub kwasy nukleinowe) uwa anych za swoiste dla drobnoustrojów zakaÿnych. Metody te mog¹ wykryæ dodatkowe zaka enia w próbkach, których nie wykryto w hodowli komórkowej. Poniewa swoistoœæ tych metod wynosi poni ej 100%, zalecono weryfikacjê antygenów lub kwasów nukleinowych C. trachomatis metod¹ alternatywn¹ (dzia³anie zalecone przez CDC w roku 1993) 4. COBAS AMPLICOR CT Test oparty jest na czterech g³ównych procesach: przygotowanie próbki; amplifikacja PCR 11,12 docelowego DNA przy u yciu komplementarnych primerów swoistych dla CT; hybrydyzacja produktów amplifikacji z sondami oligonukleotydowymi swoistymi dla elementu (elementów) docelowego; oraz detekcja produktów amplifikacji zwi¹zanych z sondami na drodze reakcji barwnej. 2/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Przygotowanie próbki Amplifikacja PCR Opracowanie testu PCR obejmuje identyfikacjê okreœlonego regionu docelowego DNA, który ma byæ poddany amplifikacji oraz syntezê dwóch krótkich, biotynylowanych, oligonukleotydowych primerów, komplementarnych do fragmentów DNA otaczaj¹cych sekwencjê docelow¹. Biotynylowane primery wi¹ ¹ siê z komplementarnym fragmentem DNA otaczaj¹cym sekwencjê docelow¹, a polimeraza DNA wyd³u a ich sekwencjê w kierunku 5' do 3', u ywaj¹c nadmiaru trójfosforanów dezoksynukleotydów (dntps) w mieszaninie reakcyjnej, tworz¹c biotynylowan¹, komplementarn¹ sekwencjê DNA okreœlan¹ jako amplikon. Swoista dla amplikonu oligonukleotydowa sonda, zwi¹zana z trwa³ym pod³o em (mikrocz¹steczki) wykorzystywana jest do hybrydyzacji (zwi¹zania) amplikonu. Uk³ad detekcji w omawianym teœcie wykorzystuje koniugat awidyny z peroksydaz¹ chrzanow¹ (HRP, horseradish peroxidase), który ³¹czy siê z biotynylowanym amplikonem zwi¹zanym na powierzchni mikrocz¹steczek. Do reakcji barwnej stosuje siê substrat, jakim jest nadtlenek wodoru oraz chromofor w postaci tetrametylobenzydyny (TMB). COBAS AMPLICOR CT Test jest testem z³o onym pozwalaj¹cym na równoczesn¹ amplifikacjê docelowego DNA C. trachomatis, docelowego DNA N. gonorrhoeae oraz DNA kontroli wewnêtrznej CT/NG (CT/NG IC). Odczynnik Master Mix zawiera pary biotynylowanych primerów swoistych dla C. trachomatis, N. gonorrhoeae oraz CT/NG IC. Detekcja zamplifikowanego DNA N. gonorrhoeae jest opcjonalna i zale na od u ytkownika. Przy badaniu próbek wymazów pobranych i transportowanych przy u yciu zestawu do pobierania i transportu wymazów AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit musi byæ wykonywana detekcja kontroli wewnêtrznej CT/NG IC. Detekcjê kontroli wewnêtrznej CT/NG IC mo na wykonaæ wed³ug opcji u ytkownika przy badaniu próbek lub wymazów pobranych i transportowanych na po ywkach transportowych dla Chlamydii. Komórki nab³onka dróg moczowo-p³ciowych pobrane w trakcie wymazu lub odwirowane z moczu poddaje siê dzia³aniu roztworu detergentu w celu uwolnienia DNA chlamydii zawartego w cia³kach siateczkowatych. Kolejny roztwór detergentu dodaje siê w celu przygotowania lizatu próbki do amplifikacji. Wybór sekwencji docelowej Poza chromosomalnym DNA, C. trachomatis zawiera dodatkowo plazmid utajony o wielkoœci oko³o 7500 par zasad wspólny dla wszystkich typów serologicznych C. trachomatis 13,14. W COBAS AMPLICOR CT Test wykorzystano primery CP24 i CP27 w celu okreœlenia sekwencji DNA o d³ugoœci oko³o 208 nukleotydów wewn¹trz plazmidu utajonego C. trachomatis. Amplifikacja sekwencji docelowej Poddane obróbce próbki dodaje siê do mieszaniny amplifikacyjnej w probówkach do amplifikacji (A-tubes), gdzie zachodzi amplifikacja PCR. Mieszaninê reakcyjn¹ podgrzewa siê w celu denaturacji dwuniciowej helisy DNA i ods³oniêcia swoistych sekwencji docelowych primerów w obrêbie plazmidu utajonego C. trachomatis. Po och³odzeniu siê mieszaniny, biotynylowane primery CP24 i CP27 wtapiaj¹ siê do docelowej nici DNA. Termostabilna polimeraza DNA z Thermus aquaticus (Taq pol) w obecnoœci nadmiaru trójfosforanów dezoksynukleotydów (dntp), w tym trójfosforanu dezoksyadenozyny, dezoksyguanozyny, dezoksycytydyny i dezoksyurydyny (zamiast dezoksytymidyny), wyd³u a wtopione primery wzd³u wzorcowych nici docelowego DNA tworz¹c cz¹steczkê dwuniciowego DNA sk³adaj¹c¹ siê z 208 par zasad, okreœlan¹ jako amplikon. Analizator COBAS AMPLICOR automatycznie powtarza powy szy proces przez okreœlon¹ liczbê cykli, w ka dym z nich podwajaj¹c teoretycznie iloœæ DNA amplikonu. Amplifikacja kontroli wewnêtrznej W procesach amplifikacji wykorzystuj¹cych enzymy, takich jak PCR, zawartoœæ w próbce klinicznej inhibitorów mo e skutkowaæ zmniejszon¹ wydajnoœci¹ amplifikacji. Kontrola wewnêtrzna CT/NG umo liwia identyfikacjê poddanych obróbce próbek zawieraj¹cych substancje, które mog¹ zak³ócaæ amplifikacjê 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 3/35

PCR. Kontrola wewnêtrzna CT/NG jest to niezakaÿny, rekombinowany plazmid DNA z regionami wi¹ ¹cymi primery identycznymi jak te w sekwencji docelowej C. trachomatis, losow¹ sekwencj¹ wewnêtrzn¹ o podobnej d³ugoœci i sk³adzie zasad jak sekwencja docelowa C. trachomatis, oraz unikalnym regionem wi¹ ¹cym sondy ró nicuj¹cym amplikon kontroli wewnêtrznej CT/NG od amplikonu docelowego. Powy sze cechy wybrano, aby zapewniæ równowa n¹ amplifikacjê DNA kontroli wewnêtrznej CT/NG i C. trachomatis. AMPLICOR CT/NG Amplification Kit zawiera odczynnik kontroli wewnêtrznej CT/NG, który wprowadza siê do ka dej reakcji amplifikacji celem równoczesnej amplifikacji z docelowym DNA z próbki klinicznej. Opcjonalny zestaw COBAS AMPLICOR Internal Control Detection Kit zawiera oligonukleotydow¹ sondê wychwytuj¹c¹ swoist¹ dla kontroli wewnêtrznej, której mo na u yæ do identyfikacji dodatniego sygna³u w mieszaninie reakcyjnej pochodz¹cego od kontroli wewnêtrznej. Kontrola wewnêtrzna CT/NG ma za zadanie identyfikacjê próbek zawieraj¹cych substancje hamuj¹ce, które w oparciu o analizê Poissona zak³ócaj¹ amplifikacjê i detekcjê 20 lub wiêcej kopii docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis. Detekcja CT/NG IC jest opcjonalna dla u ytkownika przy badaniu próbek moczu lub wymazów pobranych i transportowanych na transportowych pod³o ach hodowlanych dla Chlamydii. Przy badaniu wymazów pobranych i transportowanych przy u yciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit konieczne jest wykonywanie detekcji CT/NG IC. Amplifikacja wybiórcza Amplifikacjê wybiórcz¹ badanego kwasu nukleinowego z próbki klinicznej przy u yciu COBAS AMPLICOR CT Test uzyskuje siê dziêki zastosowaniu enzymu AmpErase (uracylo-n-glikozylaza) i trójfosforanu dezoksyurydyny (dutp). Enzym AmpErase rozpoznaje i katalizuje rozk³ad nici DNA zawieraj¹cych dezoksyurydynê 15, nie wp³ywaj¹c na nici DNA zawieraj¹ce dezoksytymidynê. Dezoksyurydyna nie wchodzi w sk³ad wystêpuj¹cego w naturze DNA, jest natomiast zawsze obecna w amplikonie z uwagi na u ycie trójfosforanu dezoksyurydyny w miejsce trójfosforanu dezoksytymidyny jako jednego z dntps w odczynniku Master Mix; dlatego te wy³¹cznie amplikon zawiera dezoksyurydynê. Dezoksyurydyna powoduje wra liwoœæ zanieczyszczaj¹cego amplikonu na rozk³ad przez enzym AmpErase przed amplifikacj¹ docelowego DNA. Enzym AmpErase zawarty w odczynniku Master Mix katalizuje rozk³ad DNA zawieraj¹cego dezoksyurydynê w miejscu reszt dezoksyurydynowych przez otwarcie pierœcienia dezoksyrybozy w pozycji C1. Podczas ogrzewania w pierwszym cyklu termicznym w ph zasadowym odczynnika Master Mix, ³añcuch amplikonu DNA pêka w pozycji dezoksyurydyny, w ten sposób wykluczaj¹c dalsz¹ amplifikacjê DNA. Enzym AmpErase jest nieczynny w temperaturach powy ej 55 C, tj. w czasie trwania ca³ego cyklu termicznego, dlatego te nie niszczy on amplikonu docelowego. Po amplifikacji ca³oœæ pozosta³ego enzymu ulega denaturacji poprzez dodanie roztworu denaturuj¹cego, zapobiegaj¹c w ten sposób degradacji dowolnego amplikonu docelowego. Wykazano, e enzym AmpErase w COBAS AMPLICOR CT Test inaktywuje w czasie jednej reakcji PCR przynajmniej 10 3 kopii amplikonu C. trachomatis zawieraj¹cego dezoksyurydynê. Reakcja hybrydyzacji Po amplifikacji PCR analizator COBAS AMPLICOR automatycznie dodaje roztwór denaturuj¹cy do probówek A-tube w celu chemicznej denaturacji amplikonu CT oraz amplikonu kontroli wewnêtrznej CT/NG i uzyskania jednoniciowego DNA. Próbki zdenaturowanego amplikonu przenosi siê nastêpnie do naczyniek u ywanych do oznaczeñ (D-cups). Do poszczególnych naczyniek D-cup dodaje siê zawiesiny magnetycznych cz¹steczek pokrytych sond¹ oligonukleotydow¹ swoist¹ dla C. trachomatis (lub kontroli wewnêtrznej, w zale noœci od opcji wybranej przez u ytkownika). Znakowane biotyn¹ amplikony CT i kontroli wewnêtrznej CT/NG ulegaj¹ hybrydyzacji ze swoistymi dla badanego materia³u sondami oligonukleotydowymi zwi¹zanymi z cz¹steczkami magnetycznymi. Hybrydyzacja amplikonu ze swoist¹ dla badanego materia³u sond¹ zwiêksza ogóln¹ swoistoœæ testu. 4/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Reakcja detekcji Po reakcji hybrydyzacji analizator COBAS AMPLICOR przemywa cz¹steczki magnetyczne w naczyñkach D-cup w celu usuniêcia niezwi¹zanego materia³u, a nastêpnie dodaje koniugat peroksydazy chrzanowej z awidyn¹. Koniugat peroksydazy chrzanowej z awidyn¹ wi¹ e siê ze znakowanymi biotyn¹ amplikonami, które uleg³y hybrydyzacji ze swoistymi dla badanego materia³u sondami oligonukleotydowymi zwi¹zanymi z cz¹steczkami magnetycznymi. Analizator COBAS AMPLICOR usuwa niezwi¹zany kompleks, p³ucz¹c cz¹steczki magnetyczne, a nastêpnie do ka dego naczyñka D-cup dodaje roztwór substratów zawieraj¹cy nadtlenek wodoru oraz 3,3',5,5'-tetrametylobenzydynê (TMB). W obecnoœci nadtlenku wodoru peroksydaza chrzanowa zwi¹zana z cz¹steczkami katalizuje utlenianie TMB, tworz¹c barwny kompleks, którego absorbancjê mierzy analizator COBAS AMPLICOR przy d³ugoœci fali 660 nm. Odczynniki AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP 100 testów P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 Zestaw do przygotowywanie próbek US: 83315 AMPLICOR CT/NG CT/NG URINE WASH (CT/NG bufor p³ucz¹cy do próbek moczu) Bufor Tris-HCl 300 mm chlorek sodu < 0,1% detergent 0,09% azydek sodu CT/NG LYS (CT/NG odczynnik lizuj¹cy) Bufor Tris-HCl < 1% œrodek zwiêkszaj¹cy rozpuszczalnoœæ 0,09% azydek sodu CT/NG DIL (CT/NG rozcieñczalnik do próbek) Bufor Tris-HCl 6 mm chlorek magnezu < 25% detergent 0,05% azydek sodu 1 x 50 ml 1 x 25 ml 2 x 50 ml AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP 96 testów P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG zestaw do amplifikacji US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) Bufor Tris-HCl EDTA 100 mm chlorek potasu Glicerol < 0,016% dutp < 0,01% AmpliTaq (Taq polimeraza DNA, bakteryjna) < 0,005% datp, dctp, dgtp < 0,01% enzym AmpErase (uracylo-n-glikozylaza) (bakteryjny) < 0,0004% primery SS01, SS02, CP24 i CP27, biotynylowane 0,05% azydek sodu 3 x 1,8 ml 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 5/35

CT/NG IC 3 x 0,1 ml (CT/NG kontrola wewnêtrzna) Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaÿny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawieraj¹cy sekwencje wi¹ ¹ce primer CT oraz unikalny region wi¹ ¹cy sondê < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) EDTA Barwnik amarantowy 0,05% azydek sodu CT (+) C 1 x 0,8 ml [C. trachomatis kontrola (+)] Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaÿny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawieraj¹cy sekwencje C. trachomatis < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) < 0,5% detergent EDTA 0,05% azydek sodu NG (+) C 1 x 0,8 ml [C. trachomatis kontrola ( )] Bufor Tris-HCl < 0,001% niezakaÿny, rekombinowany plazmid DNA (bakteryjny) zawieraj¹cy sekwencje N. gonorrhoeae < 0,005% Poly ra RNA (syntetyczny) < 0,5% detergent EDTA 0,05% azydek sodu COBAS AMPLICOR CT DK 100 testów P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR zestaw do detekcji Chlamydia trachomatis CT PS1 1 x 100 testów (Zawiesina sondy CT nr 1) Bufor MES < 0,3% zawiesina Dynabeads (cz¹steczek paramagnetycznych) pokrytych oligonukleotydow¹ sond¹ wychwytuj¹c¹ CP35 swoist¹ dla C. trachomatis 0,9% azydek sodu CT4 (Zawiesina sondy CT nr 2) Bufor fosforanu sodu 25% tiocyjanian sodu < 0,2% œrodek zwiêkszaj¹cy rozpuszczalnoœæ + Xn 25% (udzia³ wagowy) tiocyjanian sodu 1 x 100 testów Produkt szkodliwy 6/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis COBAS AMPLICOR DK 100 testów P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR zestaw odczynników do detekcji US: 83276 DN4 (Roztwór denaturuj¹cy) 1,6% wodorotlenek sodu EDTA B³êkit tymolowy + Xi 1,6% (udzia³ wagowy) wodorotlenek sodu 1 x 100 testów Produkt dra ni¹cy CN4 (Koniugat awidyny i peroksydazy chrzanowej) Bufor Tris-HCl < 0,001% koniugat awidyny i peroksydazy Chrzanowej albumina surowicy wo³owej (ssacza) Emulsit 25 (Dai-ichi Kogyo Seiyaku Co., Ltd.) 0,1% fenol 1% ProClin 150 SB3 (Substrat A) Roztwór kwasu cytrynowego 0,01% nadtlenek wodoru 0,1% ProClin 150 1 x 100 testów 5 x 75 testów SB (Substrat B) 0,1% 3,3',5,5'-tetrametylobenzydyna (TMB) 40% dimetyloformamid (DMF) T 40% (udzia³ wagowy) dimetyloformamid (DMF) 5 x 5 ml Produkt toksyczny R: 61-20/21-36 Mo e dzia³aæ szkodliwie na dziecko w ³onie matki. Dzia³a szkodliwie przez drogi oddechowe i w kontakcie ze skór¹. Dzia³a dra ni¹co na oczy. S: 53-45 Unikaæ nara enia - przed u yciem zapoznaæ siê z instrukcj¹. W przypadku awarii lub je eli Ÿle siê poczujesz, niezw³ocznie zasiêgnij porady lekarza - je eli to mo liwe, poka etykietê. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 7/35

COBAS AMPLICOR WB 500 testów P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR Bufor p³ucz¹cy US: 83314 WB (10X koncentrat p³ucz¹cy) < 2% bufor fosforanowy < 9% chlorek sodu EDTA < 2% detergent 0,5% ProClin 300 2 x 250 testów Ostrze enia i œrodki ostro noœci Do stosowania w diagnostyce in vitro. U ywany w niniejszej instrukcji u ytkowania termin kopia odnosi siê do 1 kopii docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis. Jedna (1) kopia jest równowa na najmniejszej iloœci docelowego kwasu nukleinowego C. trachomatis, która daje dodatni wynik testu PCR. Test ten u ywany jest wy³¹cznie z próbkami pobranymi z kana³u szyjki macicy, cewki moczowej oraz próbkami moczu. Test nie jest przeznaczony do stosowania z próbkami pobranymi z gard³a, odbytnicy ani próbkami innymi ni wymienione. Nie pipetowaæ za pomoc¹ ust. Nie jeœæ, nie piæ oraz nie paliæ w laboratorium, w obszarach roboczych. Przy obchodzeniu siê z próbkami i odczynnikami z zestawów stosowaæ jednorazowe rêkawice, fartuchy laboratoryjne oraz odpowiedni¹ ochronê oczu. Dok³adnie umyæ rêce po obchodzeniu siê z próbkami i odczynnikami testowymi. Unikaæ ska enia odczynników bakteriami podczas pobierania równych objêtoœci z butelek z odczynnikami. Zaleca siê stosowanie ja³owych, jednorazowych pipet oraz koñcówek pipet. Nie mieszaæ odczynników pochodz¹cych z ró nych serii lub ró nych butelek tej samej serii. Wyrzuciæ wszystkie nieu yte odczynniki, postêpuj¹c zgodnie z przepisami krajowymi, federalnymi, stanowymi i lokalnymi. Nie u ywaæ zestawu po up³ywie daty przydatnoœci. Karty charakterystyki bezpieczeñstwa materia³u (MSDS, Material Safety Data Sheets) dostêpne s¹ na ¹danie w lokalnym przedstawicielstwie firmy Roche. Praca w laboratorium musi zachodziæ w sposób jednokierunkowy, z pocz¹tkiem w obszarze przedamplifikacyjnym i z jednokierunkowym ruchem w stronê obszaru poamplifikacyjnego (amplifikacji/detekcji). Czynnoœci przed procesem amplifikacji musz¹ zaczynaæ siê od przygotowania odczynników, a nastêpnie przygotowania próbki. Materia³y i wyposa enie musz¹ byæ przeznaczone wy³¹cznie do okreœlonej czynnoœci przed procesem amplifikacji i nie wolno u ywaæ ich do innych czynnoœci ani przemieszczaæ miêdzy obszarami. W ka dym z obszarów konieczne jest u ywanie rêkawiczek, które nale y zmieniæ przed opuszczeniem danego obszaru. Wyposa enie i materia³y zastosowane do przygotowania odczynnika nie mog¹ byæ u ywane podczas czynnoœci zwi¹zanych z przygotowywaniem próbki lub pipetowaniem albo obróbk¹ zamplifikowanego DNA lub innych Ÿróde³ docelowego DNA. Materia³y i urz¹dzenia u ywane w czynnoœciach po amplifikacji musz¹ pozostawaæ zawsze w obszarze poamplifikacyjnym. 8/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Z próbkami nale y obchodziæ siê tak jak z materia³em zakaÿnym, stosuj¹c laboratoryjne procedury bezpieczeñstwa, takie jak okreœlone w Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories 16 oraz w CLSI Document M29-A 17. Dok³adnie oczyœciæ i odkaziæ wszystkie powierzchnie robocze œwie o przygotowanym roztworem 0,5% podchlorynu sodu w wodzie dejonizowanej lub destylowanej. Dostêpny w handlu p³ynny domowy wybielacz zawiera zazwyczaj podchloryn sodu w stê eniu 5,25%. Rozcieñczenie domowego wybielacza w stosunku 1:10 przyniesie 0,5% roztwór podchlorynu sodu. Badanie próbek otrzymanych przez laboratorium z wacikiem pozostawionym w AMPLICOR STM jest niedopuszczalne. Próbki te nale y wyrzuciæ i pobraæ nowe. Próbki pobrane i transportowane w wymazie w zestawie do pobierania i transportu próbek AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit mog¹ hamowaæ reakcjê PCR. Przy badaniu tych próbek musi byæ przeprowadzana detekcja kontroli wewnêtrznej CT/NG IC. W przypadku próbek transportowanych na transportowym pod³o u hodowlanym dla chlamydii, waciki nale y pozostawiæ w probówce z pod³o em transportowy, aby zapewniæ wizualne potwierdzenie inokulacji próbki. COBAS AMPLICOR CT/NG Test dla Chlamydia trachomatis badano przy u yciu próbek transportowanych w postaci wacika umieszczonego w probówce transportowego pod³o a hodowlanego dla chlamydii (CTM, culture transport medium). Nie oceniano próbek CTM transportowanych bez wacików i nie zaleca siê stosowania tego rodzaju próbek z niniejszym testem. Przechowywanie próbek moczu w temperaturze pokojowej przez ponad 24 godziny mo e spowodowaæ degradacjê próbki. Próbek moczu przechowywanych przez ponad 24 godziny w temperaturze pokojowej nie nale y u ywaæ do testów. CT/NG URINE WASH, CT/NG LYS, CT/NG DIL, CT/NG MMX, CT/NG IC, CT (+) C, NG (+) C, CT PS1 oraz IC PS1 zawieraj¹ azydek sodu. Azydek sodu mo e wchodziæ w reakcje z instalacjami wodno-kanalizacyjnymi wykonanymi z o³owiu lub miedzi, tworz¹c silnie wybuchowe azydki metali. Usuwaj¹c roztwory zawieraj¹ce azydek sodu do zlewów laboratoryjnych, nale y sp³ukaæ rury du ¹ objêtoœci¹ wody, aby zapobiec nagromadzeniu azydków. W czasie pracy z DN4, CN4, SB3, SB oraz substratem roboczym (mieszanina odczynników SB3 i SB) nale y stosowaæ okulary ochronne, fartuchy laboratoryjne i rêkawice jednorazowe. Unikaæ kontaktu wymienionych materia³ów ze skór¹, oczami i b³onami œluzowymi. Je eli dojdzie do kontaktu, natychmiast sp³ukaæ du ¹ objêtoœci¹ wody. Je eli nie zostan¹ podjête odpowiednie œrodki mo e dojœæ do oparzeñ. W razie rozlania powy szych odczynników, przed wytarciem plam nale y rozcieñczyæ je wod¹. Nale y unikaæ kontaktu SB i substratu roboczego ze skór¹ i b³onami œluzowymi. Je eli dojdzie do kontaktu ze skór¹, natychmiast sp³ukaæ du ¹ objêtoœci¹ wody. Dimetyloformamid zawarty w SB i substracie roboczym mo e dzia³aæ szkodliwe na p³ód w ³onie matki; opisywano ponadto dzia³ania toksyczne po doustnym przyjêciu du ych dawek. Nale y unikaæ kontaktu ze skór¹, wdychania oparów oraz spo ycia. Je eli dojdzie do kontaktu ze skór¹, dok³adnie sp³ukaæ za pomoc¹ myd³a i wody oraz natychmiast zwróciæ siê o pomoc medyczn¹. Do przygotowywania próbek oraz kontroli nale y u ywaæ probówek z zakrêcanym korkiem, aby zapobiegaæ rozlaniu i mo liwoœci ska enia krzy owego próbek. Nie nale y stosowaæ probówek z korkiem zatrzaskowym. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/35

Wymagania dotycz¹ce przechowywania i obchodzenia siê Nie zamra aæ odczynników. Przechowywaæ CT/NG LYS w temperaturze 2-25 C. Przechowywaæ CT/NG URINE WASH i CT/NG DIL w temperaturze 2-8 C. W przypadku powstania osadu podczas przechowywania powy szych odczynników, nale y je ogrzaæ do temperatury otoczenia i dok³adnie wymieszaæ przed u yciem. Odczynniki te zachowuj¹ stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Przechowywaæ CT/NG MMX i CT/NG IC w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowuj¹ stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Roboczy odczynnik Master Mix (przygotowany przez dodanie CT/NG IC do CT/NG MMX) musi byæ przechowywany w temperaturze 2-8 C; zachowuje stabilnoœæ przez 4 tygodnie. Przechowywaæ CT (+) C i NG (+) C w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowuj¹ stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Przechowywaæ CT PS1 i CT4 w temperaturze 2-8 C. Odczynniki te zachowuj¹ stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Po zmieszaniu CT PS1 i CT4 odczynnik roboczy zachowuje stabilnoœæ przez 30 dni w temperaturze 2-8 C. Odczynnik roboczy mo e byæ u ywany maksymalnie przez 6 cykli pracy urz¹dzenia (12 godzin na cykl) i pomiêdzy poszczególnymi cyklami musi byæ przechowywany w temperaturze 2-8 C. DN4 nale y przechowywaæ w temperaturze 2-25 C. DN4 zachowuje stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Po otwarciu DN4 zachowuje stabilnoœæ przez 30 dni w temperaturze 2-8 C lub do daty przydatnoœci (zale nie od tego, która data jest wczeœniejsza). DN4 mo e byæ stosowany maksymalnie przez 6 cykli pracy analizatora (12 godzin na cykl), a pomiêdzy poszczególnymi cyklami musi byæ przechowywany w temperaturze 2-8 C. CN4 nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. CN4 zachowuje stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Po otwarciu odczynnik CN4 zachowuje stabilnoœæ przez 30 dni w temperaturze 2-8 C lub do daty przydatnoœci (zale nie od tego, która data jest wczeœniejsza). CN4 mo e byæ stosowany maksymalnie przez 6 cykli pracy analizatora (12 godzin na cykl), a pomiêdzy poszczególnymi cyklami musi byæ przechowywany w temperaturze 2-8 C. SB3 i SB nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. Je eli nie zosta³y otwarte, odczynniki te zachowuj¹ stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Substrat roboczy musi byæ przygotowywany codziennie poprzez zmieszanie SB3 z SB. Substrat roboczy zachowuje trwa³oœæ w analizatorze COBAS AMPLICOR przez 16 godzin. SB3, SB ani substratu roboczego nie nale y poddawaæ dzia³aniu metali, œrodków utleniaj¹cych lub bezpoœredniego œwiat³a. Przechowywaæ WB w temperaturze 2-30 C. WB zachowuje stabilnoœæ do podanej daty przydatnoœci. Zbadaæ WB oraz, je eli jest to konieczne, ogrzaæ w temperaturze 30-37 C w celu ponownego rozpuszczenia ewentualnego osadu. Roboczy bufor p³ucz¹cy (1X), przygotowany przez rozcieñczenie WB wod¹ destylowan¹ lub dejonizowan¹ w stosunku 1:10, musi byæ przechowywany w pojemniku na bufor p³ucz¹cy analizatora COBAS AMPLICOR w temperaturze 2-25 C; bufor zachowuje stabilnoœæ przez 2 tygodnie od daty przygotowania. Pomiêdzy cyklami pracy urz¹dzenia czêœciowo zu yte odczynniki s³u ¹ce do detekcji nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. Przed wprowadzeniem do analizatora COBAS AMPLICOR odczynników z otwartych opakowañ lub odczynników roboczych nale y sprawdziæ ich datê przydatnoœci. 10/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Dostarczane materia³y AMPLICOR CT/NG CT/NG PREP P/N: 20759414 122 Specimen Preparation Kit ART: 07 5941 4 Zestaw do przygotowywania próbek AMPLICOR CT/NG US: 83315 CT/NG URINE WASH (CT/NG bufor p³ucz¹cy do próbek moczu) CT/NG LYS (CT/NG odczynnik lizuj¹cy) CT/NG DIL (CT/NG rozcieñczalnik do próbek) AMPLICOR CT/NG CT/NG AMP P/N: 20759902 122 Amplification Kit ART: 07 5990 2 AMPLICOR CT/NG zestaw do amplifikacji US: 83319 CT/NG MMX (CT/NG Master Mix) CT/NG IC (CT/NG kontrola wewnêtrzna) CT (+) C [C. trachomatis kontrola (+)] NG (+) C [C. trachomatis kontrola ( )] COBAS AMPLICOR CT DK P/N: 20757497 122 Chlamydia trachomatis ART: 07 5749 7 Detection Kit US: 83277 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis zestaw do detekcji CT PS1 (Zawiesina sondy CT nr 1) CT4 (Zawiesina sondy CT nr 2) COBAS AMPLICOR DK P/N: 20757470 122 Detection Reagents Kit ART: 07 5747 0 COBAS AMPLICOR zestaw odczynników do detekcji US: 83276 DN4 (Roztwór denaturuj¹cy) CN4 (Koniugat awidyny i peroksydazy chrzanowej) SB3 (Substrat A) SB (Substrat B) 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 11/35

COBAS AMPLICOR WB P/N: 20759899 123 Wash Buffer ART: 07 5989 9 COBAS AMPLICOR Bufor p³ucz¹cy US: 83314 WB (10X-koncentrat p³ucz¹cy) Materia³y wymagane, lecz niedostarczane Pobieranie próbek Waciki do pobierania próbek z kana³u szyjki macicy i cewki moczowej: do pobierania próbek u ywaæ wy³¹cznie wacików pokrytych dakronem, rayonem lub alginianem wapnia z uchwytem wykonanym z tworzywa sztucznego lub drutu innego ni aluminium Transportowe pod³o e hodowlane dla chlamydii (Chlamydia Transport Medium lub CTM): stosowaæ wy³¹cznie 2SP CTM, Bartels ChlamTrans CTM (Bartels, Inc.), SPG CTM, lub M4 CTM (MicroTest, Inc.) Polipropylenowe kubeczki do pobierania próbek moczu pozbawione substancji konserwuj¹cych Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania odczynników Pierœcieñ A-ring przeznaczony do aparatu COBAS AMPLICOR z wbudowanymi 12 probówkami A-tube (ART: 10 4563 6; P/N: 21045636001) Statyw pierœcienia A-ring przeznaczony do aparatu COBAS AMPLICOR Pipeta Eppendorf Multipette z pojemnikiem 1,25 ml Combitip (ja³owa, pojedynczo pakowana) Pipetory (pojemnoœæ 100 µl)* z barier¹ aerozolow¹ lub z koñcówkami z wyrzutnikiem Mieszad³o wibracyjne Rêkawice jednorazowe bezpudrowe Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania próbek i kontroli Probówki polipropylenowe o pojemnoœci 2,0 ml z zakrêtk¹, ja³owe, niesilikonizowane, sto kowe (Sarstedt 72.693.005 lub odpowiednik)** Statywy na probówki (Sarstedt 93.1428 lub odpowiednik) Ja³owe kalibrowane pipety transferowe Pipetory (pojemnoœæ 50 µl, 100 µl, 200 µl, 250 µl, 500 µl i 1000 µl)* z barier¹ aerozolow¹ lub koñcówkami z wyrzutnikiem Mikrowirówka (maks. RCF 16 000 x g, min. RCF 12 500 x g); Eppendorf 5415C, HERMLE Z230M, lub odpowiednik Przed³u one koñcówki z os³on¹ aerozolow¹ (Matrix 7055 lub odpowiednik) do stosowania z próbkami transportowanymi w AMPLICOR STM, transportowym pod³o u hodowlanym M4 lub transportowym pod³o u dla chlamydii Bartels ChlamTrans Blok grzejny 37 C ± 2 C Mieszad³o wibracyjne Papier ch³onny Rêkawice jednorazowe bezpudrowe 12/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Obszarze obróbki poamplifikacyjnej obszar amplifikacji/detekcji Analizator COBAS AMPLICOR z drukark¹ Instrukcja obs³ugi analizatora COBAS AMPLICOR Instrukcja u ytkowania testu COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Stojaki na naczyñka D-cups (ART: 10 4564 4; P/N: 21045644001) Woda destylowana lub dejonizowana Pipety serologiczne 5 ml Cylinder miarowy (o pojemnoœci co najmniej 1 litra) Mieszad³o wibracyjne Rêkawice jednorazowe bezpudrowe * Dok³adnoœæ pipetorów musi wahaæ siê w zakresie 3% podanej objêtoœci. Tam, gdzie jest to wskazane, konieczne jest stosowanie koñcówek z barier¹ aerozolow¹ lub wyrzutnikiem, aby zapobiec krzy owemu ska eniu próbki i amplikonu. ** Do przygotowania próbek i kontroli nale y bezwzglêdnie u ywaæ probówek zakrêcanych, aby unikn¹æ rozpryœniêcia i mo liwoœci krzy owego ska enia próbek i kontroli. Nie nale y stosowaæ probówek z korkiem zatrzaskowym. Pobieranie, transport i przechowywanie próbek Ze wszystkimi próbkami nale y obchodziæ siê jak z materia³em zdolnym do przenoszenia czynników zakaÿnych. Jedynie akceptowalne próbki to: 1. Próbki moczu (mê czyzn i kobiet) transportowane w czystych pojemnikach polipropylenowych. Nie u ywaæ próbek moczu pobranych do pojemników zawieraj¹cych konserwanty. 2. Wymazy z kana³u szyjki macicy i cewki moczowej pobrane i transportowane przy u yciu AMPLICOR STD Swab Specimen Collection and Transport Kit. Przy badaniu tych próbek konieczna jest detekcja CT/NG IC. 3. Wymazy z kana³u szyjki macicy i cewki moczowej pobrane i transportowane w: transportowym pod³o u hodowlanym 2SP, transportowym pod³o u dla chlamydii Bartels ChlamTrans (Bartels, Inc.), SPG CTM, transportowym pod³o u hodowlanym M4 (MicroTest, Inc.). Serie produkcyjne pod³o y musz¹ posiadaæ kwalifikacjê do stosowania w danym laboratorium (szczegó³owe dane patrz punkt Kontrola jakoœci). Dla uzyskania wiarygodnych wyników testu przestrzegaæ podanych poni ej instrukcji w³aœciwego pobierania próbek. Test nie jest przeznaczony do stosowania z próbkami pobranymi z gard³a, odbytnicy ani próbkami innymi ni wskazane. Aby zapewniæ dostarczenie wysokiej jakoœci próbek do badañ w laboratorium, próbki moczu i wymazy z dróg moczowo-p³ciowych nale y transportowaæ do laboratorium w praktycznie najkrótszym czasie. Nie wolno dopuœciæ, aby próbki transportowano w warunkach uniemo liwiaj¹cych kontrolê temperatury. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 13/35

Pobieranie próbek Próbki moczu Pacjenci musz¹ powstrzymywaæ siê od oddawania moczu przez okres 2 godzin poprzedzaj¹cych badanie. 1. Pobraæ 10 do 50 ml pierwszej porcji moczu (pierwsz¹ czêœæ strumienia) do czystego polipropylenowego pojemnika bez œrodków konserwuj¹cych. 2. Zamkn¹æ pojemnik z próbk¹ i oznaczyæ odpowiednio etykietê. Postêpowaæ zgodnie z laboratoryjn¹ procedur¹ pobierania i transportu próbek. Próbkê mo na transportowaæ do miejsca badania w temperaturze pokojowej 18-25 C. Wymazy pobrane przy u yciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Usun¹æ œluz z czêœci pochwowej szyjki macicy jednym z dostarczonych du ych wacików i wyrzuciæ go. 2. W³o yæ drugi du y wacik do kana³u szyjki macicy do g³êbokoœci, przy której niewidoczny jest koniec wacika. 3. Obracaæ wacik przez 3 5 sekund i wyj¹æ, unikaj¹c kontaktu ze œcianami pochwy. 4. Umieœciæ wacik w probówce AMPLICOR STM, energicznie obracaæ lub poruszaæ wacikiem w p³ynie przez 15 sekund. Pozostawienie wacika w STM przez okres d³u szy ni 15 sekund mo e prowadziæ do zahamowania PCR. 5. Wycisn¹æ p³yn uciskaj¹c wacik o œcianê probówki. Wszelki nadmiar œluzu w próbce nale y w tym momencie usun¹æ, zbieraj¹c go na waciku. Wycisn¹æ wszelkie pozosta³oœci p³ynu ze œluzu, uciskaj¹c wacik o œcianê probówki. Wyj¹æ i wyrzuciæ wacik wraz z zebranym na nim ewentualnym nadmiarem œluzu. Zamkn¹æ probówkê. 6. Zamkn¹æ pojemnik z próbk¹ i oznaczyæ odpowiednio etykietê. Postêpowaæ zgodnie z laboratoryjn¹ procedur¹ transportu próbek. Przechowywaæ próbki w temperaturze pokojowej do chwili przetransportowania ich do laboratorium. Próbki z wymazów pobrane na transportowe pod³o e hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Wymazy z kana³u szyjki macicy i cewki moczowej mo na pobieraæ i transportowaæ w 1 do 3 ml transportowego pod³o a hodowlanego 2SP, transportowym pod³o u dla chlamydii Bartels ChlamTrans (Bartels, Inc.), transportowym pod³o u hodowlanym SPG, lub transportowym pod³o u hodowlanym M4 (MicroTest, Inc.). Po usuniêciu œluzu szyjkowego nale y u ywaæ zalecanych metod celem pobrania komórek nab³onka walcowatego oraz komórek okolicy po³¹czenia nab³onka p³askiego i walcowatego 16. 2. Do pobierania próbek u ywaæ wy³¹cznie wacików pokrytych dakronem, rayonem lub alginianem wapnia z uchwytem wykonanym z tworzywa sztucznego lub drutu innego ni aluminium. Nie u ywaæ wacików z drewnian¹ lub aluminiow¹ rêkojeœci¹. 3. Pozostawiæ waciki w transportowym pod³o u hodowlanym. Zamkn¹æ pojemnik z próbk¹ i oznaczyæ odpowiednio etykietê. Postêpowaæ zgodnie z laboratoryjn¹ procedur¹ pobierania i transportu próbek. Je eli transport do laboratorium opóÿnia siê powy ej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy nale y przechowywaæ w niskiej temperaturze. 14/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Transport próbki Przechowywanie próbek Próbki moczu 1. Próbki moczu transportowaæ mo na do miejsca wykonania testu w temperaturze 18-25 C. Próbki moczu zachowuj¹ trwa³oœæ przez 24 godziny w temperaturze 18-25 C. Je eli próbki moczu nie zostan¹ poddane obróbce w ci¹gu 24 godzin od pobrania, konieczne jest ich przechowywanie w temperaturze 2-8 C i poddanie obróbce w ci¹gu 7 dni od pobrania. Próbki moczu, które nie mog¹ byæ poddane obróbce w ci¹gu 7 dni od pobrania mo na przechowywaæ w temperaturze -20 C lub ni szej, a nastêpnie poddaæ badaniu w ci¹gu 30 dni od daty pobrania. 2. Próbki moczu wymagaj¹ce transportu do oœrodków wykonuj¹cych oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania musz¹ byæ transportowane w ci¹gu jednej nocy z zagwarantowanym terminem dostawy w ci¹gu 24 godzin; próbki mo na transportowaæ w temperaturze 18-25 C. W przypadku transportu próbek moczu w temperaturze 18-25 C, do czasu transportu nale y je przechowywaæ w temperaturze 2-8 C, aby upewniæ siê, e czas przechowywania w temperaturze 18-25 C nie przekroczy 24 godzin. Próbki nale y przesy³aæ zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotycz¹cymi transportu czynników etiologicznych 18. Wymazy pobrane przy u yciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Wymazy zachowuj¹ stabilnoœæ przez 10 dni w temperaturze 18-25 C. Wymazy nale y przechowywaæ w temperaturze pokojowej, a nastêpnie poddaæ obróbce w ci¹gu 10 dni od pobrania. 2. Wymazy wymagaj¹ce transportu do oœrodków wykonuj¹cych oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania nale y przechowywaæ w temperaturze pokojowej do chwili wysy³ki. Nale y je przesy³aæ w temperaturze pokojowej; próbki musz¹ dotrzeæ na miejsce tak, by mo liwa by³a ich obróbka w ci¹gu 10 dni od pobrania. Próbki nale y przesy³aæ zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotycz¹cymi transportu czynników etiologicznych 18. Wymazy pobrane na transportowe pod³o e hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Wymazy transportowaæ mo na do miejsca wykonania testu w temperaturze 18-25 C pod warunkiem, e ca³kowity czas przechowywania i transportu w temperaturze 18-25 C wynosi poni ej 1 godziny. Je eli transport do laboratorium opóÿnia siê powy ej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy nale y przechowywaæ w niskiej temperaturze. 2. Wymazy wymagaj¹ce transportu do oœrodków wykonuj¹cych oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania nale y przes³aæ w niskiej temperaturze mo liwie najszybciej po pobraniu zgodnie z laboratoryjnymi procedurami transportu próbek hodowli chlamydii. Próbki nale y przesy³aæ zgodnie z odpowiednimi przepisami lokalnymi, stanowymi i krajowymi dotycz¹cymi transportu czynników etiologicznych 18. Rutynowe zamra anie lub przed³u one przechowywanie próbek mo e wp³ywaæ na skutecznoœæ testu. Próbki moczu 1. Próbki moczu, które nie zostan¹ poddane obróbce w ci¹gu 24 godzin od pobrania nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C i poddaæ obróbce w ci¹gu 7 dni od pobrania. Próbki moczu, których nie mo na poddaæ obróbce w ci¹gu 7 dni od pobrania mo na przechowywaæ w temperaturze -20 C lub ni szej przez okres do 30 dni. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 15/35

Instrukcje u ytkowania Wymazy pobrane przy u yciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) 1. Wymazy zachowuj¹ trwa³oœæ przez 10 dni w temperaturze 18-25 C. Wymazy nale y przechowywaæ w temperaturze 18-25 C, a nastêpnie poddaæ obróbce w ci¹gu 10 dni od pobrania. 2. Wymazy nale y przechowywaæ w temperaturze pokojowej do czasu wysy³ki. Nale y je przesy³aæ w temperaturze 18-25 C; próbki musz¹ dotrzeæ na miejsce tak, by mo liwa by³a ich obróbka w ci¹gu 10 dni od pobrania. Wymazy pobrane na transportowe pod³o e hodowlane (CTM, Culture Transport Media) 1. Je eli transport do laboratorium lub obróbka wymazów opóÿnia siê powy ej godziny od czasu pobrania próbki, wymazy nale y przechowywaæ w niskiej temperaturze. Wymazy wymagaj¹ce transportu do oœrodków wykonuj¹cych oznaczenie zlokalizowanych poza miejscem pobrania nale y przes³aæ mo liwie najszybciej po pobraniu zgodnie z laboratoryjnymi procedurami transportu próbek hodowli chlamydii. 2. Wymazy, które nie s¹ badane z chwil¹ dostarczenia do laboratorium wykonuj¹cego oznaczenie nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C i poddaæ obróbce w ci¹gu 7 dni. Wymazy, które nie mog¹ byæ poddane obróbce w ci¹gu 7 dni od pobrania nale y przechowywaæ w temperaturze -20 C lub ni szej, a nastêpnie poddaæ badaniu w ci¹gu 30 dni od daty pobrania. Wielkoœæ przebiegu Szczegó³owe instrukcje u ytkowania mo na znaleÿæ w Instrukcji obs³ugi analizatora COBAS AMPLICOR. Wszystkie odczynniki musz¹ mieæ temperaturê otoczenia przed u yciem. Tam, gdzie jest to wskazane, u ywaæ pipetorów z koñcówkami z barier¹ aerozolow¹ lub wyrzutnikiem. Nale y do³o yæ wszelkich starañ, aby zapewniæ selektywn¹ amplifikacjê. Próbki moczu i wymazy musz¹ mieæ temperaturê otoczenia przed u yciem. Tam, gdzie jest to wskazane, u ywaæ pipetorów z koñcówkami z barier¹ aerozolow¹ lub wyrzutnikiem. Nale y do³o yæ wszelkich starañ, aby zapewniæ selektywn¹ amplifikacjê. Mo na zredukowaæ zahamowanie PCR, przechowuj¹c poddane obróbce próbki przez noc w temperaturze 2-8 C przed dodaniem próbki do roboczego odczynnika Master Mix 21. Do przygotowania próbek oraz kontroli nale y u ywaæ probówek z zakrêcanym korkiem, aby zapobiegaæ rozlaniu i mo liwoœci ska enia krzy owego próbek. Nie nale y stosowaæ probówek z korkiem zatrzaskowym. Ka dy z zestawów zawiera iloœæ odczynników wystarczaj¹c¹ na osiem przebiegów z 12 próbkami ka dy, które mo na wykonaæ oddzielnie lub równoczeœnie. W ka dym przebiegu oznaczeñ konieczne jest umieszczenie co najmniej jednego powtórzenia kontroli (+) C. trachomatis oraz jednego powtórzenia kontroli ( ) C. trachomatis (patrz punkt Kontrola jakoœci). Kontrola (+) NG s³u y jako kontrola ( ) CT dla COBAS AMPLICOR CT Test. Odczynniki do przygotowywania próbek pakowane s¹ w zestawy umo liwiaj¹ce wykonanie 100 testów. Kontrola (+) CT oraz kontrola (+) NG dostarczane s¹ w pojedynczych butelkach zawieraj¹cych wystarczaj¹c¹ iloœæ materia³u do przygotowania 8 zestawów przygotowanych kontroli. 16/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis Przebieg pracy Przygotowanie odczynników Odczynnik CT/NG Master Mix i kontrola wewnêtrzna CT/NG dostarczane s¹ w trzech butelkach, z których ka da zawiera iloœæ materia³u wystarczaj¹c¹ do wykonania cyklu oznaczeñ sk³adaj¹cego siê z maksymalnie 32 testów, w³¹czaj¹c próbki i kontrole. Aby najwydajniej wykorzystaæ odczynniki, próbki badane i kontrolne nale y poddawaæ obróbce w seriach bêd¹cych wielokrotnoœci¹ 12. COBAS AMPLICOR CT Test mo na wykonaæ w czasie jednego lub dwóch dni. Je eli test ma byæ zakoñczony w czasie jednego dnia, nale y stosowaæ siê kolejno do instrukcji zawartych w rozdzia³ach Przygotowanie odczynników, przygotowanie próbek, przygotowanie kontroli, amplifikacja i detekcja. Test wykonaæ mo na w ci¹gu 2 dni wykonuj¹c Przygotowanie próbek i Przygotowanie kontroli w dniu 1, a nastêpnie Przygotowanie odczynników, amplifikacja i detekcja w dniu 2. Ewentualnie wykonaæ mo na Przygotowanie odczynników, przygotowanie próbek i Przygotowanie kontroli oraz dodaæ przygotowane próbki i kontrole do odczynnika Master Mix w dniu 1, a nastêpnie wykonaæ amplifikacjê i detekcjê w dniu 2. Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania odczynników 1. Ustaliæ odpowiedni¹ liczbê pierœcieni A-ring potrzebnych do oznaczenia próbek pacjentów i kontrolnych. Umieœciæ pierœcieñ (pierœcienie) A-ring w odpowiednim statywie (statywach). Nawet je eli nie bêdzie wykonywana detekcja CT/NG IC, konieczne jest dodanie CT/NG IC do odczynnika Master Mix. 2. Przygotowaæ roboczy odczynnik Master Mix dodaj¹c 100 µl CT/NG IC do jednej probówki CT/NG MMX. Nie jest konieczny pomiar objêtoœci odczynnika Master Mix. Dodaæ 100 µl CT/NG IC do ca³ej probówki CT/NG MMX. Zamkn¹æ ponownie probówkê i dok³adnie wymieszaæ zawartoœæ, odwracaj¹c 10-15 razy. Nie mieszaæ roboczego odczynnika Master Mix na mieszadle wibracyjnym. Ró owy barwnik w CT/NG IC u ywany jest do wizualnego potwierdzenia, e CT/NG IC dodano do CT/NG MMX. Usun¹æ pozosta³y CT/NG IC. Dok³adnie wymieszaæ zawartoœæ, odwracaj¹c 10-15 razy. Odczynnik roboczy Master Mix musi byæ przechowywany w temperaturze 2-8 C i zu yty w przeci¹gu 4 tygodni od przygotowania. 3. Dodaæ 50 µl roboczego odczynnika Master Mix do ka dej z probówek A-tube, u ywaj¹c pipetora powtarzalnego lub pipetora wyposa onego w koñcówkê z barier¹ aerozolow¹ lub koñcówkê z wyrzutnikiem. W tym czasie nie nale y zamykaæ korków probówek A-tube. 4. Umieœciæ pierœcieñ (pierœcienie) A-ring zawieraj¹ce roboczy odczynnik Master Mix w plastikowej torebce przeznaczonej do wielokrotnego zamykania i zamkn¹æ szczelnie torebkê. Przenieœæ pierœcieñ (pierœcienie) A-ring do przedamplifikacyjnego obszaru przygotowania próbek. Pierœcieñ (pierœcienie) A-ring zawieraj¹ce roboczy odczynnik Master Mix nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C w obszarze przedamplifikacyjnym obszar przygotowania próbek do czasu zakoñczenia przygotowywania próbek i kontroli. Odczynnik roboczy Master Mix zachowuje stabilnoœæ przez 48 godziny w temperaturze 2-8 C w probówkach A-tube umieszczonych w szczelnie zamkniêtej torebce z tworzywa. Przygotowanie próbki Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania próbek Próbki moczu 1. Dla ka dej próbki chorego oznaczyæ jedn¹ probówkê o pojemnoœci 2,0 ml z zakrêcanym korkiem. Nie nale y stosowaæ probówek z korkiem zatrzaskowym. 2. Dodaæ 500 µl CT/NG URINE WASH do ka dej z oznaczonych probówek. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 17/35

3. Dok³adnie wymieszaæ mocz na mieszadle wibracyjnym (3-10 sekund). W przypadku zamro onych próbek, przed mieszaniem na mieszadle wibracyjnym nale y je rozmroziæ w temperaturze pokojowej (próbki o objêtoœci powy ej 2 ml musz¹ byæ rozmra ane w temperaturze 2-8 C przez okres nocy); kontynuowaæ obróbkê nawet w przypadku obecnoœci precypitatu. Ostro nie zdj¹æ korki z pojemników z moczem. Zachowaæ ostro noœæ, aby unikn¹æ ska enia rêkawic moczem obecnym na korku. W przypadku zanieczyszczenia rêkawic, zmieniæ rêkawice na czyst¹ parê przed przyst¹pieniem do otwarcia nastêpnej próbki. 4. Dodaæ 500 µl ka dej z dok³adnie wymieszanych próbek moczu chorych do odpowiednio oznaczonej probówki z CT/NG URINE WASH. U yæ nowej koñcówki z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej próbki. Zamkn¹æ ponownie probówki i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. 5. Inkubowaæ przez 15 minut w temperaturze 37 C. 6. Odwirowaæ przy prêdkoœci 12 500 x g przez 5 minut. 7. Odlaæ supernatant i osuszyæ ka d¹ probówkê oddzielnym arkuszem papieru ch³onnego. 8. U ywaj¹c pipety z now¹ koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej z próbek, dodaæ 250 µl CT/NG LYS do ka dej probówki. Zamkn¹æ ponownie probówki i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. 9. Inkubowaæ probówki przez 15 minut w temperaturze pokojowej. 10. U ywaj¹c pipety z now¹ koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej z próbek, dodaæ 250 µl CT/NG DIL do ka dej probówki. Zamkn¹æ ponownie probówki i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. 11. Odwirowaæ probówki przez 10 minut przy prêdkoœci 12 500 x g. 12. Przygotowane próbki mo na przechowywaæ w temperaturze pokojowej przez najwy ej 2 godziny przed przeniesieniem równych objêtoœci do probówek A-tube zawieraj¹cych odczynnik roboczy Master Mix. Je eli próbki nie bêd¹ dodane do probówek A-tube w ci¹gu 2 godzin, przygotowane próbki nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C musz¹ byæ poddane badaniu w ci¹gu 7 dni. 13. Jeœli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, nale y je ogrzaæ do temperatury pokojowej i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacj¹. Po wymieszaniu na mieszadle wibracyjnym odwirowaæ przygotowane próbki przez 10 minut przy prêdkoœci 12 500 x g. 14. U ywaj¹c pipetora z koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹, przenieœæ 50 µl supernatantu do odpowiedniej probówki A. U yæ nowej koñcówki z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej próbki. Zachowaæ ostro noœæ, aby nie uszkodziæ peletki (peletka mo e nie byæ dobrze widoczna). Zanotowaæ pozycjê poszczególnych próbek chorych na mapie pierœcienia A-ring. Zamkn¹æ probówki A-tube. 15. Przechowywaæ pozosta³oœci ka dej z przygotowanych próbek w temperaturze 2-8 C na wypadek koniecznoœci ponownego wykonania testu. Wszelkie ponowne testy nale y wykonaæ w ci¹gu 7 dni od przygotowania próbek. Próbki z wymazów Wymazy transportowane przy u yciu AMPLICOR Specimen Transport Medium (STM) Przy badaniu tych próbek konieczna jest detekcja CT/NG IC. 1. Sprawdziæ probówkê transportow¹ AMPLICOR STM. Jeœli próbkê transportowano w probówce z wacikiem, próbkê tê nale y wyrzuciæ i pobraæ now¹ próbkê. 18/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0

Chlamydia trachomatis 2. Pipetowaæ 1 ml CT/NG DIL do ka dej probówki transportowej, u ywaj¹c nowej ja³owej pipety dla ka dej z probówek. 3. Ponownie zamkn¹æ probówkê. Wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym przez 5 10 sekund. 4. Inkubowaæ w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 5. Przygotowane próbki mo na przechowywaæ w temperaturze pokojowej przez najwy ej 2 godziny przed przeniesieniem równych objêtoœci do probówek A-tube zawieraj¹cych odczynnik roboczy Master Mix. Je eli próbki nie bêd¹ dodane do probówek A-tube w ci¹gu 2 godzin, przygotowane próbki nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C powinny byæ poddane badaniu w ci¹gu 4 dni. 6. Jeœli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, nale y je ogrzaæ do temperatury pokojowej i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacj¹. 7. U ywaj¹c pipetora z koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹ przenieœæ 50 µl ka dej z przygotowanych próbek do odpowiedniej probówki A-tube. Zanotowaæ pozycjê poszczególnych próbek chorych na mapie pierœcienia A-ring. Zamkn¹æ probówki. 8. Przechowywaæ pozosta³oœci ka dej z przygotowanych próbek w temperaturze 2-8 C na wypadek koniecznoœci ponownego wykonania testu. Wszelkie ponowne testy nale y wykonaæ w ci¹gu 4 dni od przygotowania próbek. Wymazy transportowane w transportowym pod³o u hodowlanym (CTM, Culture Transport Media) COBAS AMPLICOR CT Test oceniono przy u yciu transportowego pod³o a hodowlanego 2SP, transportowego pod³o a dla chlamydii Bartels ChlamTrans (Bartels, Inc.), transportowego pod³o a hodowlanego SPG CTM oraz M4 (MicroTest, Inc.). Stosowanie alternatywnych pod³o y transportowych musi zostaæ poddane walidacji przez laboratorium. 1. Sprawdziæ, czy probówka z pod³o em transportowym zawiera wacik. Nie opracowano specyfikacji skutecznoœci niniejszego testu dla próbek, które nie zawieraj¹ wacików. 2. Dla ka dej próbki chorego oznaczyæ jedn¹ probówkê o pojemnoœci 2,0 ml z zakrêcanym korkiem. Nie u ywaæ probówek z zatrzaskowym korkiem. 3. Dodaæ 100 µl CT/NG LYS do odpowiednio oznakowanych polipropylenowych probówek o pojemnoœci 2 ml. 4. Wymieszaæ próbki na mieszadle wibracyjnym. Jeœli próbki by³y przechowywane w stanie zamro onym, rozmroziæ w temperaturze pokojowej przed mieszaniem na mieszadle wibracyjnym. Ostro nie zdj¹æ korki z probówek z próbkami. Zachowaæ ostro noœæ, aby unikn¹æ ska enia rêkawic. W przypadku zanieczyszczenia rêkawic, zmieniæ rêkawice na czyst¹ parê przed przyst¹pieniem do otwarcia nastêpnej próbki. 5. U ywaj¹c pipetora z now¹ koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹, dodaæ 100 µl dobrze wymieszanej próbki do odpowiedniej probówki z CT/NG LYS. U yæ nowej koñcówki z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej próbki. Zamkn¹æ ponownie probówkê i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. 6. Inkubowaæ w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 7. U ywaj¹c nowej koñcówki pipety z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej z próbek, dodaæ 200 µl CT/NG DIL do ka dej probówki. Zamkn¹æ ponownie probówkê i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. 9/2006, Revision 4.0 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 19/35

8. Inkubowaæ w temperaturze pokojowej przez 10 minut. 9. Przygotowane próbki mo na przechowywaæ w temperaturze pokojowej przez najwy ej 2 godziny przed przeniesieniem równych objêtoœci do probówek A-tube zawieraj¹cych odczynnik roboczy Master Mix. Je eli próbki nie bêd¹ dodane do probówek A-tube w ci¹gu 2 godzin, przygotowane próbki nale y przechowywaæ w temperaturze 2-8 C. Przygotowane próbki przechowywane w temperaturze 2-8 C musz¹ byæ poddane badaniu w ci¹gu 7 dni. 10. Jeœli przygotowane próbki przechowywano w temperaturze 2-8 C, nale y je ogrzaæ do temperatury pokojowej i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym przed amplifikacj¹. 11. U ywaj¹c pipetora z koñcówk¹ z os³on¹ aerozolow¹, przenieœæ 50 µl ka dej z przygotowanych próbek do odpowiedniej probówki A-tube. U yæ nowej koñcówki z os³on¹ aerozolow¹ dla ka dej próbki. Zanotowaæ pozycjê poszczególnych próbek chorych na mapie pierœcienia A-ring. Zamkn¹æ probówki A-tube. 12. Przechowywaæ pozosta³oœci ka dej z przygotowanych próbek w temperaturze 2-8 C na wypadek koniecznoœci ponownego wykonania testu. Wszelkie ponowne testy nale y wykonaæ w ci¹gu 7 dni od przygotowania próbek. Przygotowanie kontroli Miejsce wykonania: Obszar obróbki przedamplifikacyjnej obszar przygotowania kontroli Przygotowaæ œwie e kontrole robocze ka dego dnia w którym wykonywane s¹ testy. Kontroli roboczych u ywaæ mo na do przygotowania wielu kontroli obrobionych (Processed Controls) w ci¹gu dnia, lecz nale y je wyrzuciæ przy koñcu dnia. Kontrola (+) CT s³u y jako dodatnia kontrola testu CT. Kontrola (+) NG s³u y jako ujemna kontrola testu CT. W przypadku badania zarówno wymazów jak i próbek moczu konieczne jest przygotowanie jednego zestawu kontroli dla ka dego rodzaju próbek. Czêœæ A. Przygotowaæ nastêpuj¹ce kontrole robocze: CT (+) i CT ( ). Kontrole robocze: A1. U ywaj¹c ja³owej koñcówki pipety, dodaæ 1 ml CT/NG DIL do ka dej z dwóch polipropylenowych probówek o pojemnoœci 2 ml z zakrêtk¹. Oznaczyæ jedn¹ probówkê Kontrola robocza CT (+), a drug¹ Kontrola robocza CT ( ). A2. Wymieszaæ CT (+) C oraz NG (+) C na mieszadle wibracyjnym przez 5 sekund przy maksymalnej prêdkoœci. Ostro nie zdj¹æ korki z probówek. Zachowaæ ostro noœæ, aby unikn¹æ ska enia rêkawic. W przypadku zanieczyszczenia rêkawic, zmieniæ rêkawice na czyst¹ parê przed kontynuacj¹ pracy. A3. U ywaj¹c nowej koñcówki do pipetora z os³on¹ aerozolow¹ dodaæ 100 µl CT (+) C do probówki oznaczonej Kontrola robocza CT (+). A4. U ywaj¹c nowej koñcówki do pipetora z os³on¹ aerozolow¹ dodaæ 100 µl NG (+) C do probówki oznaczonej Kontrola robocza CT ( ). A5. Zamkn¹æ ponownie probówki i dok³adnie wymieszaæ na mieszadle wibracyjnym. Przechowywaæ w temperaturze pokojowej i wyrzuciæ na koniec dnia roboczego. 20/35 COBAS AMPLICOR Chlamydia trachomatis Test 9/2006, Revision 4.0