SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ Prowadzący: JOANNA SZYDA MAGDALENA FRĄSZCZAK
WSTĘP 1. Systemy informatyczne w hodowli -??? 2. Katedra Genetyki 3. Pracownia biostatystyki - wykorzystanie narzędzi informatycznych w hodowli 4. Charakterystyka wykładów 5. Charakterystyka ćwiczeń 6. Kontakt 7. Literatura i programy
SYSTEMY INFORMATYCZNE W HODOWLI???
SYSTEMY INFORMATYCZNE W HODOWLI??? IND P.0 P.132 P.265 P.397 P.530 346 0.2999 1.3938 4.047 8.9365 14.4663 347 0.4265 1.9578 6.6809 15.9458 27.3269 348 0.4991 2.0284 6.0664 13.7166 22.7103 349 0.1739 1.2515 4.4695 11.0793 18.7735 350 0.3712 1.8365 5.9575 14.4277 23.8408 351 0.2727 1.3336 3.9884 8.7238 14.138 352 1.1542 3.7294 9.8721 20.2459 32.292 353 0.3175 1.7614 5.678 13.824 22.7556 354 0.1726 1.2156 4.464 11.2814 19.679 355 0.6935 2.8703 8.4873 19.1791 30.8544 356 0.5498 2.3433 7.2887 17.2022 28.4123 357 0.7276 2.5778 7.4177 16.2656 25.7423 358 0.5879 2.3876 7.0633 17.2328 28.7312 359 0.4806 2.339 7.7452 18.9444 31.8284 360 0.481 2.2166 7.087 17.0398 27.9577 361 0.2769 1.66 5.6707 14.9897 25.8092 362 0.7281 2.6245 7.3139 16.0735 26.359 363 0.3418 1.6791 5.6198 13.568 22.6985 364 0.3764 1.7024 5.2701 12.5866 21.5353 365 0.5849 2.1908 6.2308 13.3812 21.5758 2322 0.4557 2.0123 6.5413 15.8839 27.1157 2323 0.9373 2.9758 7.8287 16.8056 27.2537 2324 1.1379 3.5646 9.4117 19.5729 30.2244 2325 0.9656 3.0088 7.6854 15.6073 25.0472 N = 1000
SYSTEMY INFORMATYCZNE W HODOWLI??? [Header] BSGT Version 3.2.32 Processing Date 11/24/2008 10:14 AM Content BovineSNP50_A.bpm Num SNPs 54001 Total SNPs 54001 Num Samples 32 Total Samples 1054 [Data] SNP Name Sample ID SNP GC Score Index Allele1 - AB Allele2 - AB Chr Position GT Score ARS-BFGL-BAC-10172 4408169492_K 0.883 1 B B 14 4736993 0.849 ARS-BFGL-BAC-1020 4408169492_K 0.899 2 B B 14 6339014 0.8626 ARS-BFGL-BAC-10245 4408169492_K 0.6582 3 B B 14 30073020 0.71 ARS-BFGL-BAC-10345 4408169492_K 0.9092 4 A B 14 4497877 0.8721 ARS-BFGL-BAC-10365 4408169492_K 0.8021 5 B B 14 25140301 0.833 ARS-BFGL-BAC-10375 4408169492_K 0.8858 6 A B 14 4983527 0.8513 ARS-BFGL-BAC-10591 4408169492_K 0.867 7 A B 14 15446975 0.8363 ARS-BFGL-BAC-10793 4408169492_K 0.8722 8 B B 14 27452258 0.8403 ARS-BFGL-BAC-10867 4408169492_K 0.9316 9 A B 14 32700054 0.8949 ARS-BFGL-BAC-10919 4408169492_K 0.7805 10 A B 14 29520816 0.778 ARS-BFGL-BAC-10952 4408169492_K 0.9314 11 B B 10 19315327 0.8947 ARS-BFGL-BAC-10960 4408169492_K 0.6543 12 B B 10 21056606 0.7079 ARS-BFGL-BAC-10975 4408169492_K 0.8622 13 A B 10 21682679 0.8358 ARS-BFGL-BAC-10986 4408169492_K 0.8687 14 A B 10 25897020 0.8376 ARS-BFGL-BAC-10993 4408169492_K 0.8146 15 A B 10 80403647 0.7993 ARS-BFGL-BAC-11000 4408169492_K 0.9135 16 A A 10 81191638 0.8762 N = 19 778 743 834
SYSTEMY INFORMATYCZNE W HODOWLI????
KATEDRA GENETYKI Katedra Genetyki: http://gen.edu.pl
KATEDRA GENETYKI 14 pracowników samodzielnych + 11 doktorantów KIERUNKI BADAŃ: hodowla zwierząt genetyka molekularna zachowanie zwierząt bioróżnorodność cytogenetyka genetyka populacji biostatystyka bioinformatyka
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI Pracownia biostatystyki: http://theta.edu.pl
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI GŁÓWNE KIERUNKI BADAŃ 1. Detekcja genów GWAS efekty epistazy sieci regulatorowe genów efekt genu stały i zmienny w czasie 2. Modelowanie fenotypowej zmienności cech obliczanie genomowej wartości hodowlanej 3. Bioinformatyka analiza sekwencji DNA
PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI MATERIAŁ BADAŃ
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI SHiUZ BYDGOSZCZ UWM OLSZTYN UP WROCŁAW IZ BALICE
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI ZWIERZĘTA CECHY 1 227 2 636 buhajów rasy HF 28 29 cech ciągłych MARKERY GENETYCZNE Chip = mikromacierz 54 001 polimorfizmów SNP
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI Cechy produkcyjne: 3 typu: 21 zdrowotność: 1 płodność: 4
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI MASinBULL http://masinbull.nstrefa.pl/
PROJEKT - ZASTOSOWANIE INFORMATYKI W HODOWLI WYNIKI OCENY GENOMOWEJ MŁODYCH BUHAJÓW 12.2011 numer buhaja nazwa buhaja kilogram tłuszczu dokładność kilogram mleka dokładność kilogram bialka dokładność PL005144563299 Butel 12.052 0.590 950.097 0.596 21.693 0.590 PL005144563312 Pieton -4.039 0.644 673.406 0.650 21.522 0.644 PL005144563336 Kantor 17.585 0.540-15.059 0.546 12.317 0.540 PL005144563350 Raport 18.102 0.546 629.029 0.552 18.636 0.546 PL005144563398 Bonbon -16.009 0.566-72.851 0.575 2.575 0.566 PL005144563435 Brebis -3.927 0.571 11.060 0.581 3.712 0.571 PL005144563572 Bumper 7.576 0.575 568.986 0.585 7.614 0.575 PL005144563671 Satin 23.914 0.607 306.706 0.613 15.980 0.607 PL005144563732 Szelest 11.547 0.598 367.820 0.603 7.862 0.598 PL005144563770 Szramp 11.672 0.577 897.255 0.583 15.494 0.577 PL005147208173 Schuman 8.583 0.543 229.813 0.548 3.500 0.543 PL005148408879 Zomo 9.016 0.512-9.160 0.521 3.461 0.512 PL005148409081 Zebor 5.675 0.579 345.560 0.589 14.299 0.579 PL005148605223 Bratha 12.582 0.501 380.570 0.507 14.094 0.501
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Systemy informatyczne w hodowli: Wykorzystanie i tworzenie baz danych Zastosowanie programów komputerowych Poszukiwanie genów Ocena wartości hodowlanej 2. Pytania!!! 3. Obecność na wykładach
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW BAZY DANYCH 1. Wykład wstępny 2. Bazy danych wartości produkcyjnych i hodowlanych w Polsce i na świecie 3. Struktura efektywnej bazy danych. Zastosowanie pakietu MS Excel 4. Zastosowanie pakietu MySql DETEKCJA GENÓW 5. Detekcja genów głównych w populacjach zwierząt hodowlanych wprowadzenie 6. Przykłady programów: SAS 7. Przykłady programów: QTL-express
CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 8. Konwencjonalna cena wartości hodowlanej bydła mlecznego wprowadzenie 9. Model ojcowski programy SAS / AsREML 10. Model osobniczy, laktacyjny programy SAS / AsREML 11. Model osobniczy z regresjami dla próbnych udojów program SAS / AsREML 12. Genomowa ocena wartości hodowlanej wprowadzenie 13. Genomowa ocena wartości hodowlanej program SAS / AsREML 14. Ocena wartości hodowlanej funkcjonalnej długowieczności wprowadzenie i program SurvivalKit 15. Wykład podsumowujący OCENA WARTOŚCI HODOWLANEJ
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ 1. Obecność 2. Zaliczenie (bez poprawek!!!) średnia ocen 3. Oceny: kolokwia - bez poprawek!!!, wykłady + ćwiczenia 4. Praca samodzielna przy komputerze
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ BAZY DANYCH 1. Ćwiczenia wstępne 2. Korzystanie z bazy danych wartości hodowlanych w Polsce i na świecie 3. Zapoznanie się ze zbiorami danych przeznaczonymi do analizy na ćwiczeniach 4. + 5. Zastosowanie pakietu MySql do tworzenia baz danych 6. Kolokwium 1 DETEKCJA GENÓW 7. Detekcja genów głównych - wprowadzenie 8. Detekcja genów głównych - wykonanie obliczeń 9. Detekcja genów głównych - interpretacja wyników 10. Kolokwium 2
CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ OCENA WARTOŚCI HODOWLANEJ 11. Ocena wartości hodowlanej, model ojcowski wykonanie obliczeń 12. Ocena wartości hodowlanej, model osobniczy wykonanie obliczeń 13. Ocena wartości hodowlanej wizualizacja i analiza wyników 14. Ocena wartości hodowlanej interpretacja wyników 15. Kolokwium 3
KONTAKT adres: Katedra Genetyki Kożuchowska 7 konsultacje: indywidualnie termin ustalony indywidualnie z prowadzącym
KONTAKT informacje: http://theta.edu.pl/teaching/ Systemy informat.
KONTAKT informacje: http://www.up.wroc.pl/~szyda/ Systemy informat.
LITERATURA sas: http://support.sas.com/documentation/cdl/en/statug/63033/html/default/viewer.htm#titlepage.htm
LITERATURA ASReml: http://www.vsni.co.uk/resources/documentation/asreml-user-guide/
LITERATURA QTL Express via gridqtl: http://www.gridqtl.org.uk/index.htm
1. Systemy informatyczne w hodowli -??? 2. Katedra Genetyki 3. Pracownia biostatystyki - wykorzystanie narzędzi informatycznych w hodowli 4. Charakterystyka wykładów 5. Charakterystyka ćwiczeń 6. Kontakt 7. Literatura i programy