Faculty of Biology Institute of Anthropology

Podobne dokumenty
Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

RECENZJA. Rozprawy doktorskiej mgr Mateusza Nowickiego. Ocena wybranych elementów niszy szpikowej u pacjentów poddawanych

PROCEDURA PRZEPROWADZANIA CZYNNOŚCI W PRZEWODZIE DOKTORSKIM NA WYDZIALE BIOCHEMII, BIOFIZYKI I BIOTECHNOLOGII UJ

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Bartosza Rymkiewicza pt. Społeczna odpowiedzialność biznesu a dokonania przedsiębiorstwa

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Arkadiusza Płowca pod tytułem "Wpływ prebiotyków i symbiotyków podanych in ovo na zmianę ekspresji genomu kury"

Recenzja(rozprawy(doktorskiej(( Pana(mgr(inż.(Jacka(Mojskiego(

Całogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana

prof. dr hab. Zbigniew Czarnocki Warszawa, 3 lipca 2015 Uniwersytet Warszawski Wydział Chemii

Wydział Chemii. Strona1

Recenzja. Warszawa, dnia 22 października 2018 r.

Ocena pracy doktorskiej mgr Magdaleny Banaś zatytułowanej: Ochronna rola chemeryny w fizjologii naskórka

Zakład Chemii Bioorganicznej, Wydział Chemiczny Wrocław

Do oceny przedstawiono oprawioną rozprawę doktorską zawierającą 133 strony

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii

WYDZIAŁ INŻYNIERII MATERIAŁOWEJ I METALURGII RECENZJA

Wydział Biologii.

Ocena Pracy Doktorskiej mgr Moniki Aleksandry Ziętarskiej

Rozprawy doktorskiej mgr Anny Marii Urbaniak-Brekke. pt.: Aktywność społeczności lokalnych w Polsce i Norwegii

Dr hab. n. med. Beata Czarnecka, Prof. U.M. Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego. w Poznaniu

Recenzja mgr Anny ŚLIWIŃSKIEJ Ilościowa ocena obciążeń środowiskowych w procesie skojarzonego wytwarzania metanolu i energii elektrycznej

PLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: DIAGNOSTYKA MOLEKULARNA W ROKU 2019/2020. Nazwa modułu ECTS Semestr I Semestr II. Liczba godzin z.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Marty Heleny Czernik pt. Analiza molekularna zimowej diety łosia, jelenia szlachetnego i sarny europejskiej w Polsce

RECENZJA. rozprawy doktorskiej Jolanty GRZEBIELUCH nt. "Znaczenie strategii marketingowej w

Gdański Uniwersytet Medyczny Wydział Lekarski. Udział mikrorna w procesie starzenia się ludzkich limfocytów T. Joanna Frąckowiak

kwestionariusze badania ankietowego, karta badania, broszura informacyjna dla pacjentek,

Kraków Prof. dr hab. Maria Słomczyńska Zakład Endokrynologii Katedra Fizjologii Zwierząt Instytut Zoologii Uniwersytet Jagielloński OCENA

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

Katedra Energoelektroniki i Automatyki Systemów Przetwarzania Energii Akademia Górniczo-Hutnicza im. St. Staszica al. Mickiewicza Kraków

Prof. dr hab. Stanisław Swadźba Katedra Ekonomii Uniwersytet Ekonomiczny w Katowicach

Ocena. rozprawy doktorskiej pani mgr Anety Spóz, zatytułowanej. Cypriniformes.

Bioinformatics for Science. Tomasz Puton

OCENA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ. pt Ocena jakości życia nosicielek mutacji genu BRCA1 po profilaktycznej operacji narządu rodnego

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM Zakład Biochemii 16 grudnia 2018, Poznań

Lublin, 1 kwietnia 2016 r. Prof. dr hab. Wiesław I. Gruszecki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Natalii Szóstak zatytułowanej: Bioinformatyczne metody modelowania i weryfikacji hipotezy Świata RNA

prof. dr hab. Krystyna M. Charon Warszawa Recenzja

Jacek Ulański Łódź, Katedra Fizyki Molekularnej Politechnika Łódzka Łódź ul. Żeromskiego 116

Prof. dr hab. E. K. Jagusztyn-Krynicka UNIWERSYTET WARSZAWSKI WYDZIAŁ BIOLOGII INSTYTUT MIKROBIOLOGII ZAKŁAD GENETYKI BAKTERII

Wydział Biochemii, Biofozyki i Biotechnologii Zakład Mikrobiologii Kierownik Prof. dr hab. Jan Potempa

RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Małgorzaty Anny Popko pod tytułem Dolistne nawozy mineralno-organiczne na bazie hydrolizatu białka keratyny

Ocena rozprawy doktorskiej Pani lek. wet. Iwony Kozyry p.t. Molekularna charakterystyka zoonotycznych szczepów rotawirusa świń

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji

Recenzja rozprawy doktorskiej. pt. Struktura drugorzędowa segmentu 5 RNA(+) wirusa grypy oraz jej konserwatywne motywy strukturalne

Struktura i treść rozprawy doktorskiej

Uniwersytet Łódzki. Wydział Biologii i Ochrony Środowiska. prof. dr hab. Wanda M. Krajewska Katedra Cytobiochemii UŁ Łódź, 26 stycznia 2016 roku

Pierwsze kroki w świat biznesu

RECENZJA. Promotor: dr hab. inż. Mieczysław Zając

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Ocena merytoryczna pracy 2.1. Sformułowanie problemu naukowego i aktualność tematyki badań

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Moniki Lisowskiej

SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU

Recenzja. Gdańsk, r.

Uniwersytet Łódzki, Instytut Biochemii

Wrocław, 15 grudnia 2017 r.

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Mirona Bartosza Kursy p/t. Robust and Efficient Approach to Feature Selection and Machine Learning

Ocena rozprawy doktorskiej. Mgr Pauliny Smyk pt.: Wpływ wybranych ksenobiotyków na zmiany parametrów

UCHWAŁA nr 124/2009 Rady Wydziału Gospodarki Regionalnej i Turystyki UNIWERSYTETU EKONOMICZNEGO WE WROCŁAWIU z dnia 27 marca 2009 r.

Przetarg nieograniczony na zakup specjalistycznej aparatury laboratoryjnej Znak sprawy: DZ-2501/6/17

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

Lublin, r. dr hab. Magdalena Staszczak Zakład Biochemii Wydział Biologii i Biotechnologii Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej Lublin

Dr hab. Anna Bębenek Warszawa,

Prof. dr hab. Zbigniew Adamiak Olsztyn, Katedra Chirurgii i Rentgenologii z Kliniką Wydział Medycyny Weterynaryjnej UWM Olsztyn RECENZJA

Autor: mgr inż. Agata Joanna Czerniecka. Tytuł: Nowa metoda obliczeniowa porównywania sekwencji białek

Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Piotra Biniarza pt. Optymalizacja produkcji, oczyszczanie i badanie właściwości biosurfaktantów

RECENZJA rozprawy doktorskiej. mgr inż. Michała Wojtewicza

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Ocena rozprawy na stopień doktora nauk medycznych lekarz Małgorzaty Marii Skuzy

Program kształcenia we WSPÓLNEJ SZKOLE DOKTORSKIEJ o profilu

Spis treści. Analiza i modelowanie_nowicki, Chomiak_Księga1.indb :03:08

autorstwie przedłożonej pracy dyplomowej i opatrzonej własnoręcznym podpisem dyplomanta.

Przedstawiona do recenzji praca porusza ciekawe i me tylko medycznie, ale i

Uchwała nr 52/IX/2018 Rady Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum w Krakowie z dnia 20 września 2018 r.

pasożytami a żywicielami byłaby główną siłą odpowiedzialną za ewolucję ornamentów płciowych, zgodnie z hipotezą Hamiltona i Zuk.

dr hab. inż. Krzysztof Zatwarnicki, prof. PO Opole, r. Wydział Elektrotechniki, Automatyki i Informatyki Politechnika Opolska

Wydział Chemii Zakład Chemii Analitycznej prof. zw. dr hab. Wiesław Wasiak RECENZJA

Szczegółowy tryb czynności w przewodzie doktorskim w Instytucie Socjologii Uniwersytetu Warszawskiego

OCENA Rozprawy doktorskiej mgr Aksany Varabyovej Biogeneza dysmutazy ponadtlenkowej 1 w mitochondrialnej przestrzeni międzybłonowej

Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna

Przegląd literatury podzielony jest na trzy główne rozdziały; każdy z nich składa się z kilku podrozdziałów. W pierwszym Autorka przeprowadziła

steroidów, jest zaangażowana w te skomplikowane i nadal najmniej poznane procesy zachodzące na wczesnym etapie ciąży u świni.

Grafy i sieci wybrane zagadnienia wykład 3: modele służące porównywaniu sieci

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Bloki licencjackie i studia magisterskie na Kierunkach: Biotechnologia, specjalność Biotechnologia roślinna oraz Genetyka

prof. dr hab. Barbara Kożuch Uniwersytet Jagielloński

RECENZJA rozprawy doktorskiej mgr inż. Sebastiana Schaba pod tytułem Technologia wytwarzania granulowanych nawozów wieloskładnikowych typu NP i NPK

Analiza ankiet zajęć dydaktycznych prowadzonych w semestrze zimowym 2012/2013 na Wydziale Biologii

Prof. dr hab. Lechosław Garbarski Akademia Leona Koźmińskiego Katedra Marketingu ul. Jagiellońska 57/ Warszawa

The Role of Maf1 Protein in trna Processing and Stabilization / Rola białka Maf1 w dojrzewaniu i kontroli stabilności trna

Prof. dr hab. inż. Zygmunt Kowalski Kraków Instytut Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią Polskiej Akademii Nauk

Uchwała nr 51/IX/2018 Rady Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego Collegium Medicum w Krakowie z dnia 20 września 2018 r.

Ocena rozprawy doktorskiej lek. wet. Dagmary Winiarczyk. Przydatność proteomiki w rozpoznawaniu nefropatii różnego pochodzenia u psów

Dr hab. inż. Anna Gliszczyńska Katedra Chemii Wydział Biotechnologii i Nauk o Żywności Ul. Norwida 25, Wrocław

DOTACJE NA INNOWACJE. Uzyskanie ochrony patentowej aptamerów RNA jako inhibitorów rybonukleazy Dicer Projekt nr: POIG

2. Formalna struktura pracy

UNIwERsYTET [M. AotMICKIEWICZAw PoZNANIU Wydzia Biologii InsĘtut Biologii Molekularnej i Biotechnologii badaniem proces w odpowiedzialnych za rozwą i

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych

Transkrypt:

Faculty of Biology Institute of Anthropology Izabela Makałowska, prof. dr hab. Poznań, 18.05.2017 Zakład Genomiki Zintegrowanej Instytut Antropologii Wydział Biologii Uniwersytet im A. Mickiewicza w Poznaniu RECENZJA ROZPRAWY DOKTORSKIEJ PANI MGR ANNY ŁUKASIK POD TYTUŁEM PLANT mirnas APPLICATION IN TREATMENT OF HUMAN DISEASES IN SILICO STUDIES Rozprawa doktorska przedstawiona przez Panią Annę Łukasik wykonana została pod kierunkiem prof. dr hab. Piotra Zielenkiewicza z Instytutu Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk. Przedłożona praca składa się z obszernego wprowadzenia, trzech publikacji oraz międzynarodowej aplikacji patentowej. Do pracy dołączone są oświadczenia współautorów publikacji określające ich wkład w powstanie danego artykułu. Przedstawiona praca doktorska dotyczy niezwykle ciekawego problemu, a mianowicie poszukiwania roślinnych cząsteczek mkrorna (mirna) posiadających zdolność do międzygatunkowej regulacji ekspresji genów i które to cząsteczki mogą potencjalnie być wykorzystane w celach terapeutycznych. Doktorantka podjęła się zatem zadania nie tylko interesującego i nowatorskiego, ale także trudnego. Podstawowe analizy in silico cząsteczek mirna mogą nie być szczególnie dużym wyzwaniem dla wprawnego bioinformatyka, jednakże wykazanie terapeutycznego potencjału cząsteczki to zadanie pionierskie, wymagające szczególnej staranności, dużych umiejętności, sporej wiedzy i kreatywności. ul. Umultowska 89, 61-614 Poznań, Poland tel. +48 61 829 57 30, + 48 61 829 58 35 anthro@amu.edu.pl www.biologia.amu.edu.pl

Na początku rozprawy, w obszernym wstępie, Doktorantka przedstawiła biogenezę i funkcje cząsteczek mirna oraz obecny stan wiedzy odnośnie terapeutycznego wykorzystania cząsteczek mirna i możliwości zastosowania roślinnych mirna w leczeniu chorób człowieka. Szczególnie dużo uwagi autorka pracy poświęciła międzygatunkowemu transferowi cząsteczek mirna oraz regulacji ekpresji genów przez mirna pochodzące z żywności. Chciałabym tu podkreślić dużą staranność w przygotowaniu tego materiału i przedstawienie zarówno prac wskazujących na możliwość takiego wykorzystania cząsteczek mirna jak i prac wysoce krytycznych. Wstęp kończy rozdział poświęcony bioinformatycznym analizom cząsteczek mirna, przede wszystkim istniejącym narzędziom i bazom danych. Kolejną część rozprawy stanowi krótki opis uzyskanych przez Doktorantkę wyników. Ten syntetyczny opis doskonale spaja wszystkie prace stanowiące rozprawę doktorską. Doktorantka przedstawia tutaj główne założenia pracy i jej wyniki koncentrując się na zadaniach stanowiących podstawę rozprawy. Opracowanie to jest niezwykle pomocne w przypadku prac mających kilku autorów, tak jak jest to w przypadku recenzowanej rozprawy. Pozwala to recenzentowi na skoncentrowanie się na tych elementach, w których wykonaniu i opracowaniu uczestniczyła Doktorantka. Cała część wstępna, a więc wprowadzenie i omówienie wyników, jest przejrzyście napisana i niezwykle bogato, szczególnie jak na wstęp do rozprawy, wsparta źródłami literaturowymi. Pierwsza z prac będących podstawą rozprawy doktorskiej opublikowana została w czasopiśmie BMC Bioinformatics. Praca dotyczy identyfikacji, z wykorzystaniem narzędzi bioinformatycznych, cząsteczek mirna pochodzących z liści kapusty głowiastej (Brassica oleacera). Proces identyfikacji przeprowadzony został w kilku etapach i obejmował kilka kroków filtrowania danych, porównanie odczytów do zidentyfikowanych przez inna grupę cząsteczek mirna z kapusty, porównanie do cząsteczek mirna pochodzących ze 162 gatunków roślin oraz mapowanie odczytów do dostępnych fragmentów genomu kapusty i identyfikację nowych mirna metodami modelowymi. W wyniku przeprowadzonych analiz doktorantka zidentyfikowała 261 zachowanych ewolucyjnie i 26 nowych cząsteczek mirna. 13 ze znalezionych nowych cząsteczek zostało potwierdzonych eksperymentalnie przez współpracujący zespół z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Przeprowadzona analiza obejmowała także wyszukiwanie tasirna, których to Doktorantka zidentyfikowała 202

cząsteczki. Ostatnim etapem opisanego w publikacji projektu było znalezienie sekwencji docelowych dla mirna oraz funkcjonalna ich charakterystyka. Analizy wykonane zostały poprawnie i zgodnie z przyjętymi zasadami. Mam jednak pytanie odnośnie filtrowania danych otrzymanych w wyniku porównywania odczytów ze znanymi cząsteczkami mirna za pomocą programu BLASTN. Doktorantka dopuszczała, w zależności od wykorzystanej do porównania bazy, odpowiednio jedną lub trzy niezgodności pomiędzy odczytem a znaną cząsteczką mirna. Niezgodności te mogły wystąpić na całej długości mirna z wyjątkiem tzw. rejonu seed. Chciałabym zapytać jakie były podstawy założenia, iż obszar ten, w odróżnieniu od pozostałej części, musi być w 100% zgodny? Czy znane są Doktorantce prace, które wskazywałyby na dużo większe zakonserwowanie ewolucyjne rejonu seed u roślin i czy jest to typowe dla wszystkich mirna roślin czy jedynie dla cząsteczek hamują translację, w odróżnieniu od tych, które tną transkrypty? Druga z załączonych prac opublikowana została w czasopiśmie PloS One i dotyczy identyfikacji cząsteczek mirna w exosomach mleka kobiecego i mleka świni. Analiza oparta była na publicznie dostępnych danych z sekwencjonowania bibliotek małych RNA. Na podstawie porównania sekwencji Doktorantka zidentyfikowała 17 roślinnych mirna obecnych w mleku świni i 23 w mleku kobiecym. Doktorantka, porównując poszczególne biblioteki, sprawdziła czy znalezione cząsteczki mogą stanowić zanieczyszczenie. Wiele z nich pojawiło się w kilku bibliotekach co czyniło zanieczyszczenie mało prawdopodobnym. Następnie przeprowadzone zostały poszukiwania potencjalnych sekwencji docelowych tychże mirna. Wykorzystując kilka narzędzi bioinformatycznych Doktorantka zidentyfikowała 1282 cząsteczki mrna człowieka będące potencjalnymi cząsteczkami docelowymi dla wyszukanych roślinnych mirna. Z zestawu tego wybranych zostało 25 cząsteczek o najlepszych współczynnikach podobieństwa i parowania z cząsteczkami mirna. Wybrane mrna zostały poddane szczegółowej analizie funkcjonalnej, która wykazała, iż są one istotne dla ważnych procesów życiowych takich jak regulacja ekspresji genów, odpowiedź immunologiczna czy też transport. Przeprowadzona w pracy analiza wykonana była bardzo rzetelnie, a wnioski wyciągnięte z dużą ostrożnością i należytym krytycyzmem. Mam jednakże pytanie odnośnie trzech z listy najbardziej interesujących mirna znalezionych w mleku kobiecym i wymienionych w tabeli 2. O ile mirna z pomarańczy czy też ryżu nie są zaskakujące, o tyle jedzenie rzodkiewnika jest mało prawdopodobne,

choć oczywiście nie jest niemożliwe. Zrozumiałym jest, że mirna rzodkiewnika zostały wyselekcjonowane w wyniku analizy podobieństwa odczytów, ale nie są to najprawdopodobniej cząsteczki specyficzne jedynie dla rzodkiewnika. Chciałabym więc zapytać czy Doktorantka spróbowała zidentyfikować rośliny jadalne, z których mirna te mogłyby w rzeczywistości pochodzić? Trzecia z publikacji ukazała się w czasopiśmie Bioinformatics i poświęcona jest serwisowi Tools4miRs będącemu kolekcją 180 narzędzi bioinformatycznych służących do różnorodnych analiz cząsteczek mikrorna. Zgromadzone narzędzia zostały przetestowane i sklasyfikowane w zależności od rodzaju analiz, którym służą. Dodatkowo serwis zaopatrzono w system filtrowania w celu ułatwienia użytkownikom wyboru narzędzi odpowiednio do potrzeb analitycznych i typu danych jakimi dysponuje. Tools4miRs zawiera także meta-serwer integrujący 10 narzędzi do przewidywania sekwencji docelowych cząsteczek mirna. Do artykułu załączony jest bogaty suplement z przykładami wykorzystania serwisu. W dobie tak dużego zainteresowania cząsteczkami mirna i lawinowym wzrostem narzędzi służącym ich analizom, takie zebranie tychże narzędzi w jednym miejscu wraz z intuicyjnym systemem filtrowania i jednorodnym, krótkim opisem jest niewątpliwie bardzo cenne. Rozprawę zamyka międzynarodowy wniosek patentowy, który stanowi wspaniałe zwieńczenie pracy Doktorantki. W wyniku realizacji projektu doktorantka zebrała wiele narzędzi bioinformatycznych, przeprowadziła identyfikację mirna w liściach kapusty, wykazała obecność roślinnych mirna w mleku kobiecym i mleku świni, wskazała ich potencjalne sekwencje docelowe i, co jest przedmiotem wniosku patentowego, zaproponowała wykorzystanie dwóch cząsteczek mirna kapusty, bol-mir172a i bolmir172b, w zwalczaniu skutków reakcji zapalnej w różnego rodzaju chorobach. W wyniku analiz bioinformatycznych Doktorantka wykazała, że mir172a może oddziaływać na białko FAN, które jest istotne w regulacji ekspresji białek odpowiedzialnych za reakcje zapalne. Ten końcowy rezultat pracy Doktorantki został potwierdzony eksperymentalnie przez współpracowników. Zademonstrowano, iż cząsteczki mir172a i mir172b pochodzące z kapusty wpływają na proces proliferacji limfocytów T i B oraz na poziom białka FAN w ludzkich fibroblastach oraz limfocytach i monocytach. Podsumowując stwierdzam, że rozprawa doktorska Pani Mgr Anny Łukasik jest nie tylko poprawna i spełnia wszelkie wymagania, ale przede wszystkim jest wspaniałym

przykładem pracy bioinformatycznej, której wyniki nie tylko zostały eksperymentalnie potwierdzone, ale doprowadziły także do wniosku patentowego i konkretnej propozycji praktycznego ich wykorzystania. Tak kompletny, logiczny i świetnie wykonany ciąg zadań wykonanych w ramach pracy doktorskiej nie należy, choć bardzo szkoda, do powszechnych. Dlatego też stwierdzam, że praca ta nie tylko spełnia wszystkie ustawowe i zwyczajowe wymogi, ale także, ze względu na swoją jakość, oryginalność i istotność odkryć, zasługuje na szczególną uwagę. Stawiam więc wniosek o dopuszczenie Doktorantki do dalszych etapów przewodu oraz o wyróżnienie rozprawy.