Całogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana

Wielkość: px

Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Całogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana"

Maksymilian Jóźwiak
5 lat temu
Przeglądów:

1 UNIWERSYTET IM. ADAMA MICKIEWICZA Wydział Biologii Całogenomowa analiza niskocząsteczkowych RNA, pochodzących z trna w Arabidopsis thaliana Agnieszka Thompson Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii Zakład Biologii Obliczeniowej Poznań,

2 I. WSTĘP 1. trna 2. cząsteczki powstające z trna (trf) II. METODOLOGIA 1. plan projektu 2. wyzwania 3. wykorzystanie zasobów PCSS III. 1. baza t-regs 2. analiza biogenezy 2

3 WSTĘP trna trnas 732 sekwencje unikalne 238 rodziny aminokwasy undetermined 3

(?) inhibicja translacji funkcje regulatorowe (?

4 WSTĘP znaczenie biologiczne - fragmenty powstające z trna (trf) Pol III prekursor wyciszanie genów funkcje regulatorowe (?) inhibicja translacji funkcje regulatorowe (?) udział w degradacji transkryptów inne funkcje 4 Lee et al. Genes & Dev 2009

5 METODOLOGIA plan projektu Mapowanie adnotacja trna srna-seq analiza funkcjonalna Biogeneza baza t-regs 5

6 METODOLOGIA wyzwania - mapowanie 1. powtarzalność sekwencji wśród genów trna 2. powtarzalność sekwencji w genome trna17-gluttc trna77-gluttc chr 5 3. processing trna (CCA) 4. modifikacje 6

7 METODOLOGIA wyzwania - ilość danych stress IP nietraktowane 1835 M 44.5 M 1719 M kwiaty siewki korzenie liście pędy 1499 M 1016 M 403 M 968 M 237 M 705 Gb.fastq 7

8 METODOLOGIA wykorzystanie zasobów PCSS 300 prób Oprogramowanie: - bowtie2 - samtools - python trna Inula Reef genom A. thaliana (135 Mbp) 8

9 METODOLOGIA wykorzystanie zasobów PCSS 705 Gb.fastq 24 Gb.sam 9

10 baza t-regs 10

11 baza t-regs 5 biogeneza trna kadmiu siarki cieplny mutanty (41) 12 biogeneza mirna 24 metabolizm RNA 86 własne solny miedzi stresy (27) suszy korzenie kwiaty 214 publiczne genotypy siewki pędy liście 11 stresy 12 3 IP 3 ekstrakty 6

12 12

13 baza t-regs 13

14 baza t-regs 14

15 baza t-regs 15

16 baza t-regs 16

17 baza t-regs 17

18 baza t-regs 18

19 baza t-regs 19

20 analiza szlaków biogenezy Wynik: odległości między mutantami - porównanie obu metod rrp6l1.2 xrn2.3 rrp6l2.1 cpl1.3 xrn4.3 trz4 dcl1.7_2304 dcl2.5_31 dcl3.1_31 dcl4.2_31 trz1 xrn3.8 dawdle rdr3a.1 mos2.2 rdr1.1 sdn3 dcl1.7_1702 nrpc2.1 prorp2x3 prorp1 rdr3c.1 sdn2 sickle rns2.2 serrate drb3 drb5 drb2 drb4 rdr2.2 rrp6l3.1 wt31 hyl1.2 dcl3.1_14 cbc rdr3b dcl4.2_14 dcl2.5_14 sgs3.13 rdr6.15 [2] rrp6l1.2 xrn2.3 xrn4.3 trz4 dcl1.7_2304 dcl2.5_31 dcl3.1_31 dcl4.2_31 trz1 rdr3a.1 mos2.2 xrn3.8 dawdle rdr1.1 sdn3 rns2.2 serrate dcl1.7_1702 nrpc2.1 prorp2x3 prorp1 rdr3c.1 sdn2 sickle rdr2.2 cbc drb5 drb3 drb2 drb4 rrp6l2.1 cpl1.3 rrp6l3.1 hyl1.2 dcl3.1_14 rdr3b dcl4.2_14 dcl2.5_14 sgs3.13 rdr6.15 II. profile ekspresji 20 I. rozkład długości fragmentów

21 analiza szlaków biogenezy Wynik: identyfikacja znanych i nowych klas fragmentów powstałych z dojrzałych trna 21

22 analiza szlaków biogenezy Wynik: identyfikacja znanych i nowych klas fragmentów powstałych z prekursorów trna 22

23 analiza szlaków biogenezy Result: 1324 potencjalnych cząsteczek trf reprezentujących znane i nowe klasy fragmentów flank 5' leader 5' trf 5' center 5' anticodon center 3' trf 3' trailer 3' flank 3' 23

PODZIĘKOWANIA Zakład Biologii Obliczeniowej, UAM: prof. dr hab.

Marianna Plucinska Agnieszka Rasińska Faculty of Biology www.combio.

Artur Jarmołowski dr Przemyslaw Nuc grant obliczeniowy: PCSS Analiza genów trna" grant: NCN OPUS

24 PODZIĘKOWANIA Zakład Biologii Obliczeniowej, UAM: prof. dr hab. Wojciech Karłowski dr Andrzej Zieleziński dr Maciej Szymański dr Marek Żywicki Medhat Helmy Marianna Plucinska Agnieszka Rasińska Faculty of Biology Zakład Ekspresji Genów, UAM: Patrycja Plewka prof. dr hab. Artur Jarmołowski dr Przemyslaw Nuc grant obliczeniowy: PCSS Analiza genów trna" grant: NCN OPUS Identification and analysis of biogenesis of trna-derived small, regulatory RNAs in Arabidopsis thaliana" grant: NCN PRELUDIUM Functional analysis of trna-derived fragments in model organism Arabidopsis thaliana.

Podobne dokumenty

Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii

Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii dr hab. Piotr Ziółkowski Przegląd prac dyplomowych w Zakładach Instytutu Biologii Molekularnej i Biotechnologii www.ibmib.amu.edu.pl Instytut Biologii Molekularnej