SPIS TREŚCI ROZDZIAŁ PIERWSZY: LABORATORIUM MIKROBIOLOGICZNE I PODSTAWY ASEPTYKI

Transkrypt

1 SPIS TREŚCI ROZDZIAŁ PIERWSZY: LABORATORIUM MIKROBIOLOGICZNE I PODSTAWY ASEPTYKI WSTĘP TEORETYCZNY Zasady BHP Ogólne zasady BHP dotyczące pracy w laboratorium Dodatkowe zasady BHP dotyczące pracy w laboratorium mikrobiologicznym Wyposażenie laboratorium mikrobiologicznego Podstawy aseptyki Sterylizacja (wyjaławianie) Metody fizyczne Metody temperaturowe Promieniowanie elektromagnetyczne Metody mechaniczne (sączenie) Metody chemiczne Kontrola sterylizacji Dezynfekcja Metody temperaturowe Dekoktacja (gotowanie) Pasteryzacja Chemiczne środki dezynfekcyjne Kwasy i zasady Środki utleniające Alkohole Aldehydy Związki fenolu i ich pochodne Detergenty Jodofory Chlorheksydyna Sole metali ciężkich Antybiotyki jako antyseptyki

2 CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Przygotowywanie szkła laboratoryjnego do sterylizacji Przygotowywanie korków z waty Jałowe rozlewanie pożywek Kontrola sterylności podłoży wylewanych w sposób jałowy i niejałowy Testowanie skuteczności różnych środków dezynfekcyjnych Wpływ antybiotyków i chemioterapeutyków na wzrost mikroorganizmów ROZDZIAŁ DRUGI: PODŁOŻA I HODOWLE MIKROBIOLOGICZNE WSTĘP TEORETYCZNY Wymagania odżywcze i środowiskowe drobnoustrojów Odżywianie i pozyskiwanie energii Zapotrzebowanie na tlen Optymalna temperatura wzrostu Odczyn środowiska Wzajemne oddziaływania pomiędzy drobnoustrojami Komensalizm Mutualizm Antagonizm Drapieżnictwo Pasożytnictwo Podłoża mikrobiologiczne Definicja i cel stosowania pożywek Warunki stawiane pożywkom Wartość odżywcza Odczyn Izotoniczność Sterylność Przejrzystość Podział pożywek Podział pożywek według charakteru składników Podział pożywek według wymagań odżywczych drobnoustrojów i zastosowań Pożywki minimalne Pożywki pełne proste Pożywki złożone Pożywki specjalne Pożywki namnażające Pożywki wybiórcze Pożywki wybiórczo-namnażające Pożywki różnicujące Pożywki różnicująco-wybiórcze

3 Pożywki transportowe Podział pożywek według konsystencji Sporządzanie podstawowych pożywek Bulion odżywczy Agar odżywczy Hodowle mikrobiologiczne Gatunek, klon i szczep w mikrobiologii Metody otrzymywania czystych kultur Metody bezpośrednie Metody pośrednie Metody posiewowe Metoda replik (płytek odciskowych) Typy hodowli drobnoustrojów Hodowla zamknięta Hodowla otwarta Hodowle tlenowców i beztlenowców Metody hodowli tlenowców Metody hodowli beztlenowców Przechowywanie mikroorganizmów CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Test właściwości różnicująco-wybiórczych agaru Endo Test właściwości różnicująco-wybiórczych agaru Chapmana Test zapotrzebowania grzyba Aspergillus niger na pierwiastki biogenne i makroelementy Test na wykorzystywanie przez Aspergillus niger różnych źródeł węgla Izolacja czystych kultur z materiału mieszanego ROZDZIAŁ TRZECI: MIKROFLORA CZŁOWIEKA WSTĘP TEORETYCZNY Mikroflora jelita Mikroflora skóry Mikroorganizmy chorobotwórcze CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Badanie mikroflory skóry metodą odciskową Badanie mikroflory skóry, jamy ustnej i jamy nosowo-gardłowej metodą wymazów ROZDZIAŁ CZWARTY: BADANIA MIKROBIOLOGICZNE WÓD WSTĘP TEORETYCZNY Mikroflora autochtoniczna Mikroflora allochtoniczna

4 4.3. Mikroorganizmy wskaźnikowe w badaniach wód Laseczki beztlenowe redukujące siarczany(iv) Paciorkowce kałowe Bakterie grupy coli typu ogólnego oraz bakterie grupy coli typu kałowego Pozostałe mikroorganizmy wskaźnikowe Inne oznaczenia mikrobiologiczne wykorzystywane w analizie wód CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Pobieranie próbek wody do badań mikrobiologicznych Transport próbek Pojęcie miana, wskaźnika (indeksu) oraz NPL w badaniach mikrobiologicznych wód Pojęcie i metodyka systemu posiewów w badaniach mikrobiologicznych wód oraz określanie liczebności drobnoustrojów Posiewy na podłoża płynne: wyznaczanie miana i NPL Posiewy na podłoża stałe: wyznaczanie liczebności mikroorganizmów Metoda filtrów membranowych: wyznaczanie liczebności mikroorganizmów w postaci wskaźnika Oznaczanie liczebności bakterii psychrofilnych i mezofilnych metodą płytkową Oznaczanie liczebności bakterii grupy coli typu ogólnego metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Badania uzupełniające Badanie wtórnej fermentacji laktozy Barwienie metodą Grama Test na obecność oksydazy cytochromowej Oznaczanie liczebności bakterii grupy coli typu kałowego metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Badania identyfikacyjne Test szybki Oznaczanie liczebności bakterii grupy coli typu kałowego metodą filtracji membranowej Oznaczanie liczebności beztlenowych przetrwalników redukujących siarczany(iv) (Clostridium perfringens) metodą probówkową Oznaczanie liczebności beztlenowych przetrwalników redukujących siarczany(iv) (Clostridium perfringens) metodą filtracji membranowej

5 4.14. Oznaczanie liczebności paciorkowców kałowych metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Oznaczanie liczebności paciorkowców kałowych metodą filtracji membranowej Badania wstępne Badania potwierdzające Oznaczanie liczebności Pseudomonas aeruginosa metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Badanie zdolności wzrostu w temperaturze 41,5 C Test na zdolność wykorzystywania acetamidu Barwienie metodą Grama Test na obecność oksydazy cytochromowej Oznaczanie liczebności Pseudomonas aeruginosa metodą filtracji membranowej Badania wstępne Badania potwierdzające Oznaczanie obecności bakterii z rodzaju Beggiatoa Badania wstępne Badania potwierdzające Ekstrakcja siarki Zdolność pełzania na agarze Oznaczanie liczebności Acidithiobacillus ferroxidans metodą probówkową Oznaczanie liczebności heterotroficznych bakterii wytrącających żelazo metodą probówkową Oznaczanie liczebności Thiobacillus thioparus metodą probówkową Oznaczanie liczebności Acidithiobacillus thiooxidans metodą probówkową Oznaczanie obecności Desulfotomaculum nigrificans Oznaczanie liczebności promieniowców metodą płytkową Oznaczanie liczebności bakterii amonifikacyjnych metodą probówkową Oznaczanie liczebności autotroficznych bakterii nitryfikacyjnych metodą probówkową Oznaczanie liczebności bakterii denitryfikacyjnych metodą probówkową ROZDZIAŁ PIĄTY: BADANIA MIKROBIOLOGICZNE GLEB WSTĘP TEORETYCZNY

6 5.1. Gleba jako środowiska życia mikroorganizmów Związki mineralne gleby Substancja organiczna Powietrze glebowe Roztwory glebowe Organizmy glebowe Proces samooczyszczania gleby Wskaźniki sanitarne w badaniach gleb CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Pobieranie próbek gleby do badań mikrobiologicznych Przygotowanie próbek gleby do badań Pojęcie miana oraz NPL w badaniach mikrobiologicznych gleb Pojęcie i metodyka posiewów w oznaczeniach mikrobiologicznych gleb oraz wyznaczanie liczebności drobnoustrojów Posiewy na podłoża płynne: określanie miana i NPL Posiewy na podłoża stałe: określanie liczebności mikroorganizmów Oznaczanie suchej masy próbki i obliczanie ostatecznej liczebności mikroorganizmów Oznaczanie liczebności bakterii mezofilnych i termofilnych metodą płytkową Oznaczanie liczebności bakterii przetrwalnikujących metodą płytkową Oznaczanie liczebności bakterii grupy coli typu ogólnego i kałowego metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Badania uzupełniające Barwienie metodą Grama Identyfikacja biochemiczna Oznaczanie liczebności beztlenowych bakterii przetrwalnikujących redukujących siarczany(iv) (Clostridium perfringens) metodą probówkową Badania wstępne Badania potwierdzające Badania uzupełniające Oznaczanie obecności bakterii z rodzaju Salmonella Oznaczanie liczebności paciorkowców kałowych metodą płytkową Izolowanie z gleby bakterii wiążących wolny azot oraz przeprowadzających fermentację masłową Oznaczanie liczebności bakterii amonifikacyjnych, nitryfikacyjnych i denitryfikacyjnych Izolowanie z gleby bakterii z rodzaju Bacillus

7 ROZDZIAŁ SZÓSTY: BADANIA MIKROBIOLOGICZNE POWIETRZA WSTĘP TEORETYCZNY Mikroflora powietrza Mikroorganizmy wskaźnikowe w badaniach powietrza Metody mikrobiologicznego badania powietrza Metody mikroskopowe Metody hodowlane Metoda sedymentacyjna Kocha Metoda uderzeniowa Metoda membranowa Metoda płuczkowa Inne oznaczenia CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Badanie czystości powietrza metodą sedymentacyjną ROZDZIAŁ SIÓDMY: METABOLIZM MIKROORGANIZMÓW WSTĘP TEORETYCZNY Odżywianie i pozyskiwanie energii Obieg węgla Obieg azotu Wiązanie azotu cząsteczkowego Wiązanie azotu przez bakterie symbiotyczne Wiązanie azotu przez bakterie wolno żyjące i sinice Rozkład białek (proteoliza i amonifikacja) Rozkład mocznika Nitryfikacja: utlenianie amonu i soli amonowych Denitryfikacja Obieg siarki Asymilacja związków siarki Desulfuryzacja materii organicznej oraz redukcja siarczanów(vi) Utlenianie zredukowanych związków siarki Obieg fosforu Utlenianie żelaza Utlenianie wodoru cząsteczkowego oraz tlenku węgla Bakterie fototroficzne Purpurowe bakterie siarkowe, purpurowe bakterie bezsiarkowe i zielone bakterie siarkowe oraz heliobakterie Sinice Rozkład wybranych substancji naturalnych Glukoza Celuloza

8 Ksylan Skrobia oraz inne glukany i fruktany Pektyny Agar Chityna Lignina Tłuszcze Węglowodory Metan, etan, propan i butan Alkany długołańcuchowe Węglowodory aromatyczne Ksenobiotyki Wykorzystanie w praktyce zdolności metabolicznych mikroorganizmów Testy do szybkiej identyfikacji biochemicznej mikroorganizmów (API) CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Charakterystyka morfologiczna kolonii Procesy oddechowe mikroorganizmów i próby fermentacyjne Określenie stosunku do tlenu Oddychanie azotanowe Próba na redukcję błękitu metylenowego Próby fermentacyjne Próba na podłożu trójcukrowym (TSI) Próba na podłożu Hugha i Leifsona (OF) Próba na podłożu mlecznym z lakmusem Próba na wytwarzanie katalazy Próba na wytwarzanie oksydazy cytochromowej (test Kovácsa) Obieg azotu Wiązanie azotu cząsteczkowego Rozkład białek (proteoliza) Dekarboksylacja aminokwasów w warunkach beztlenowych Deaminacja aminokwasów Amonifikacja Rozkład mocznika Nitryfikacja Denitryfikacja: redukcja azotanów(v) Obieg siarki Redukcja siarczanów(vi) Wytwarzanie siarkowodoru w wyniku rozkładu aminokwasów zawierających siarkę Obieg fosforu Rozkład organicznych połączeń fosforu Rozpuszczanie mineralnych fosforanów

9 7.17. Rozkład celulozy Test z użyciem pasków bibułowych Test na rozkład karboksymetylocelulozy Rozkład skrobi Rozkład tłuszczów Rozkład eskuliny Test na podłożu z eskuliną i żółcią Szybki test na rozkład eskuliny Próba na wytwarzanie indolu (I) Próba z czerwienią metylową (M, MR) Próba na wytwarzanie acetoiny (V, VP) Badanie zdolności wzrostu na cytrynianie (C) Badanie zdolności hemolitycznych Badanie zdolności wzrostu przy podwyższonej zawartości chlorku sodu Próba na wytwarzanie koagulazy Test wrażliwości na antybiotyki Test na ruchliwość Badanie zdolności tworzenia wgłębień w pożywce agarowej ROZDZIAŁ ÓSMY: MIKROSKOPIA I BARWIENIE DROBNOUSTROJÓW WSTĘP TEORETYCZNY Mikroskopia Lupa Złożone mikroskopy świetlne Mikroskop świetlny zwykły Budowa mikroskopu świetlnego zwykłego Powiększenie mikroskopu Zdolność rozdzielcza mikroskopu i immersja Powstawanie obrazu w mikroskopie zwykłym Mikroskop ultrafioletowy Mikroskop ciemnego pola (ultramikroskop) Mikroskop fluorescencyjny (luminescencyjny) Mikroskop kontrastowo-fazowy Mikroskop interferencyjny Mikroskopy elektronowe Elektronowy mikroskop transmisyjny (TEM) Elektronowy mikroskop skaningowy (SEM) Barwienie drobnoustrojów Preparaty żywe i martwe Barwienie przyżyciowe Barwienie proste i złożone

10 Barwienie pozytywne, negatywne i negatywno-pozytywne Przykłady różnych typów barwienia w mikrobiologii Barwienie metodą Grama Barwienie negatywno-pozytywne Barwienie przetrwalników Barwienie bakterii kwasoopornych CZĘŚĆ PRAKTYCZNA Przygotowanie preparatu Oglądanie preparatów pod immersją Proste barwienie bakterii: pozytywne i negatywne Barwienie bakterii metodą Grama Test z użyciem KOH Barwienie przetrwalników metodą Schaeffer i Fultona Barwienie otoczek metodą Burriego i Ginsa Barwienie bakterii kwasoopornych metodą Ziehla i Neelsena Obserwacja ruchów bakterii w kropli wiszącej Barwienie przyżyciowe drożdży Barwienie substancji zapasowych (glikogenu) LITERATURA SPIS RYSUNKÓW SPIS TABEL...359