/ >1 Ćwiczenia. z biochemii. pod redakcją. Leokadii Kłyszejko-Stefanowicz

Transkrypt

1 / >1 Ćwiczenia z biochemii pod redakcją Leokadii Kłyszejko-Stefanowicz W Y D A W N I C T W O N A U K O W E P W N

2 / Ćwiczenia z biochemii pod redakcją Leokadii Kłyszejko-Stefanowicz WYDAWNICTWO NAUKOWE PWN WARSZAWA 2005

3 Spis rozdziałów Część I Część II Część III Część IV Część V Wykaz skrótów 15 Wiadomości podstawowe 23 Wstępne uwagi praktyczne Roztwory Statystyczna ocena wyników 40 Niektóre metody fizykochemiczne Kolorymetria Chromatografia Elektroforeza na nośnikach 181 Analiza podstawowych składników ustrojowych Białka Cukry i proteoglikany Lipidy i lipoproteiny Nukleoproteiny i oznaczanie zawartości kwasów nukleinowych Kwasy nukleinowe Enzymy 471 Analiza płynów ustrojowych Krew Mocz Soki trawienne 713 Izolowanie i analiza niektórych struktur komórkowych Frakcjonowanie morfologiczne komórki Jądro komórkowe Mitochondria Różnicowanie komórkowe na przykładzie czerwonych krwinek ptaków i ssaków Dodatek 775 Skorowidz 795

4 Szczegółowy spis treści Wykaz skrótów 15 Część I Wiadomości podstawowe 23 8 Wstępne uwagi praktyczne Roztwory (A. Zgirski) Stężenia roztworów Roztwory procentowe Roztwory molowe Roztwory wzorcowe (standardowe) Roztwory buforowe Wykładnik wodorowy ph Siła jonowa Siła jonowa buforów i ich ph Statystyczna ocena wyników (A. Zgirski) Szereg prosty i rozdzielczy Wartości średnie Średnia arytmetyczna Średnia arytmetyczna ważona Średnia geometryczna Wskaźniki rozproszenia Wariancja i odchylenie standardowe Odchylenie standardowe średniej arytmetycznej Odchylenie standardowe grup połączonych Współczynnik zmienności (wskaźnik Pearsona) odchylenie względne Odrzucanie wyników niepewnych (wątpliwych) Wnioskowanie statystyczne Rozkład normalny Rozkład t Test dwustronny i jednostronny Test istotności t Studenta dla prób niezależnych. Ocena istotności (nieprzypadkowości) różnic między dwiema średnimi 55

5 Test istotności t Studenta dla prób zależnych (test sparowany) Test C Cochrana i Coxa Porównanie jednorodności wariancji dwóch szeregów statystycznych. Test Fishera-Snedecora Przedział ufności Współzależności zmiennych Związek korelacyjny. Współczynnik korelacji Wyznaczanie prostej regresji metodą najmniejszych kwadratów 64 ' 2.7. Test zgodności x2 70 Piśmiennictwo 72 Część II Niektóre metody fizykochemiczne Kolorymetria (A. Zgirski) Teoretyczne podstawy kolorymetrii Sposoby obliczania stężeń z odczytanej absorbancji Sposoby obliczania stężeń po wywoływaniu zabarwienia dla jednakowych objętości próby badanej i wzorcowej Sposoby obliczania stężeń po wywoływaniu zabarwienia dla niejednakowych objętości próby badanej i wzorcowej Sposoby obliczania stężeń a stosowanie się roztworów do prawa Lamberta-Beera 88 Piśmiennicto Chromatografia 91 Wprowadzenie (L. Klyszejko-Stefanowicz) Wiadomości podstawowe (L. Klyszejko-Stefanowicz) Niektóre terminy stosowane w chromatografii Rodzaje chromatografii Metody stosowane w chromatografii Śledzenie przebiegu procesu chromatograficznego Chromatografia adsorpcyjna (L. Klyszejko-Stefanowicz) Adsorbenty i rozpuszczalniki Czynniki wpływające na powinowactwo adsorpcyjne Chromatografia jonowymienna (L. Klyszejko-Stefanowicz, A. Lipińska) Charakterystyka procesu wymiany jonów Klasyfikacja jonitów Chromatografia podziałowa (L. Klyszejko-Stefanowicz, A. Lipińska) Ogólna charakterystyka chromatografii podziałowej Chromatografia podziałowa kolumnowa Chromatografia podziałowa bibułowa Przykłady metod jakościowej oraz ilościowej analizy aminokwasów metodą chromatografii podziałowej bibułowej Chromatografia cienkowarstwowa Podstawy teoretyczne (E. Majkowska) Technika (. Majkowska) Przegląd technik chromatografii cienkowarstwowej (E. Majkowska) Chromatografia cienkowarstwowa produktów hydrolizy glutationu oraz niektórych jednocukrów (E. Majkowska) Chromatografia cienkowarstwowa alkaloidów glistnika jaskółczego ziela Chelidonium majus (H. Urbanek) Filtracja żelowa (M. T. Schmidt) 137 9

6 Niektóre sita molekularne Teoria filtracji żelowej Technika pracy na żelach Sephadex Chromatografia powinowactwa (Cz.S. Cierniewski, B. Walkowiak) Podstawy teoretyczne Złoża stosowane w chromatografii powinowactwa Chromatografia kowalencyjna jako szczególny przypadek chromatografii powinowactwa Chromatografia chelatująca jako szczególny przypadek chromatografii powinowactwa Chromatografia wykorzystująca hydrofobowe właściwości cząsteczek (Cz.S. Cierniewski, B. Walkowiak) Podstawy teoretyczne chromatografii oddziaływań hydrofobowych Złoża stosowane w chromatografii oddziaływań hydrofobowych Podstawy teoretyczne chromatografii fazy odwróconej Złoża stosowane w chromatografii fazy odwróconej 174 Piśmiennictwo Elektroforeza w nośnikach 181 Wprowadzenie (L. Kłyszejko-Stefanowicz) Elektroforeza bibułowa (A. Zgirski) Wiadomości podstawowe (A. Zgirski) Elektroforeza bibułowa białek surowicy (A. Zgirski) Elektrochromatograficzny rozdział aminokwasów (R. Wierzbicki) Analiza elektroforetyczna białek w żelu poliakrylamidowym Wiadomości podstawowe (Z. M. Kiliańska) Jednowymiarowa elektroforeza histonów w żelu poliakrylamidowym (A. Lipińska) Jednowymiarowa elektroforeza białek niehistonowych w żelu poliakrylamidowym (Z.M. Kiliańska) Dwuwymiarowa elektroforeza białek (Z.M. Kiliańska) Analiza białek techniką Western blotting Wiadomości podstawowe (W.M. Krajewska) Immunoidentyfikacja w obecności PAP i AP (W.M. Krajewska i Z.M. Kiliańska) Immunoidentyfikacja glikoprotein (A. Lipińska) Kompleksowa jakościowa i ilościowa analiza jedno- i dwuwymiarowych elektroferogramów (M. Bryś) 224 Piśmiennictwo 228 Część III Analiza podstawowych składników ustrojowych Białka 232 Wprowadzenie (R. Wierzbicki) Właściwości białek i aminokwasów (R. Wierzbicki) Amfoteryczność białek Białka jako koloidy Rozpuszczalność i wysalanie białek Denaturacja białek Odczyny barwne na aminokwasy i białka (R. Wierzbicki) Oznaczanie zawartości aminokwasów i białek (A. Lipińska, R. Wierzbicki) Oznaczanie N-końcowego aminokwasu (A. Lipińska, R. Wierzbicki) Oznaczanie C-końcowego aminokwasu (A. Lipińska) 257 Piśmiennictwo

7 7. Cukry i proteoglikany Jednocukry (monosacharydy) (A. Zgirski) Właściwości fizyczne jednocukrów Właściwości chemiczne jednocukrów Oznaczanie ilościowe jednocukrów Dwucukry (A. Zgirski) Wielocukry Homoglikany (A. Zgirski) Glikozaminoglikuronoglikany (kwaśne mukopolisacharydy) (M.T. Schmidt) Identyfikacja cukrów (H. Łukasiak) Proteoglikany struktura chemiczna i właściwości (M.T. Schmidt) 295 Piśmiennictwo Lipidy i Iipoproteiny Lipidy (R. Wierzbicki) Podstawowe właściwości fizykochemiczne lipidów Oznaczanie zawartości lipidów w materiale biologicznym Wyodrębnianie i analiza lipidów złożonych Lipoproteiny i enzymy związane z przemianami lipoprotein (Z.M. Kiliańska) Materiał i metody oznaczania składników lipidowo-białkowych surowicy krwi 324 Piśmiennictwo Nukleoproteiny i oznaczanie zawartości kwasów nukleinowych 332 Wprowadzenie Nukleoproteiny (L. Kłyszejko-Stefanowicz, A. Lipińska) Niektóre właściwości nukleoprotein Białka związane z RNA Białka związane z DNA Izolowanie RNP Izolowanie DNP i jego komponentów Ogólna analiza preparatów RNP i DNP Metody oznaczania zawartości kwasów nukleinowych (Z. Walter) Metoda Schmidta i Thannhausera Metoda Schneidera Metoda Ogura i Rosen Spektrofotometryczna metoda oznaczania kwasów nukleinowych według Tsaneva i Markova 351 Piśmiennictwo Kwasy nukleinowe 360 Wprowadzenie (Z. Walter) Otrzymywanie preparatów kwasów nukleinowych i ogólne zasady ich izolowania (J. Błasiak) Standardowe metody izolowania DNA Izolowanie wysokocząsteczkowego i niskkocząsteczkowego DNA Izolowanie RNA Jednoczesne izolowanie RNA i DNA Badanie właściwości kwasów nukleinowych Niektóre właściwości fizyczne i chemiczne kwasów nukleinowych (J.K. Bartkowiak, R. Wierzbicki)

8 Spektrofotometria kwasów nukleinowych (J.K. Bartkowiak, R. Wierzbicki) Denaturacja DNA (I. Kulamowicz, R. Oliński) Badanie stopnia spolimeryzowania DNA metodą wiskozymetryczną (R. Oliński, I. Kulamowicz) Badanie niejednorodności preparatów DNA (R. Oliński, I. Kulamowicz) Oscylopolarograficzne i pulsopolarograficzne badanie preparatów DNA (Z. Walter) Analiza składu nukleotydowego (R. Wierzbicki) Oznaczanie składu nukleozydowego techniką HPLC (K. Białkowski, R. Oliński) Analiza ilościowa i strukturalna kwasów nukleinowych Analiza ilościowa kwasów nukleinowych (J. Błasiak) Zastosowanie enzymów restrykcyjnych w analizie DNA (J. Błasiak) Elektroforetyczna analiza kwasów nukleinowych w żelu agarozowym i poliakrylamidowym (J. Błasiak) Analiza kwasów nukleinowych przez hybrydyzację (J.K. Bartkowiak) Analiza kwasów nukleinowych techniką PCR (J.K. Bartkowiak) 463 Piśmiennictwo Enzymy Ogólne właściwości enzymów (A. Zgirski) Izolowanie i oznaczanie enzymów (A. Zgirski) Izolowanie enzymów Oznaczanie aktywności enzymów Rola oznaczania enzymów w diagnostyce klinicznej Kinetyka reakcji enzymatycznych (A. Zgirski) Stała i rząd reakcji Stała Michaelisa Czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznych Wykreślanie danych kinetyki enzymatycznej i wyznaczanie typów inhibicji Badania jakościowe niektórych enzymów (A. Zgirski) Oksydoreduktazy (klasa 1) Hydrołazy (klasa 3) Metody oznaczania niektórych enzymów Dehydrogenaza mleczanowa (LDH) (A. Zgirski) Ceruloplazmina (Cp) (A. Zgirski) Peroksydazy roślinne (H. Urbanek) Rybonukleazy (RNazy) (Z. Walter) Aminotransferazy: asparaginianowa (AST) i alaninowa (ALT) (A. Zgirski) Acetylocholinoesteraza (AChE) i cholinoesteraza (ChE) (A. Zgirski) Hydrołazy monoestrów fosforanowych (fosfatazy zasadowe i kwasowe (A. Zgirski) Proteinazy chromatynowe (A. Lipińska) Amylazy (H. Urbanek, A. Zgirski) Amoniako-liazy (H. Urbanek) Cytochrom c (E. Łoza) Chlorofil (H. Urbanek) 571 Piśmiennictwo 573

9 Część IV Analiza płynów ustrojowych Krew Właściwości ogólne krwi (A. Zgirski, M. Hilewicz-Grabska) Skład krwi Ciśnienie osmotyczne i hemoliza krwi Pobieranie i odbiałczanie krwi Wykrywanie niektórych składników surowicy Białka krwi (A. Zgirski, M. Hilewicz-Grabska) Hemoglobina białko erytrocytów Białka surowicy krwi Glikoproteiny (B. Wachowicz) Niebiałkowe składniki organiczne (A. Zgirski, M. Hilewicz-Grabska) Mocznik Kwas moczowy Kreatyna i kreatynina Bilirubina Glukoza Składniki nieorganiczne krwi (A. Zgirski, M. Hilewicz-Grabska) Wiadomości ogólne Wapń Żelazo Miedź Chlorki Fosfor Krzepnięcie krwi (77 Krajewski, P. Nowak) Hemostaza ogólna Fibrynogen, struktura, właściwości fizykochemiczne i biologiczne Mechanizm krzepnięcia krwi Fibryno(geno)liza Metody izolowania fibryny(ogenu) oraz badanie ich właściwości fizykochemicznych i biologicznych Ogólne badanie krzepnięcia krwi Oznaczanie niektórych czynników układu krzepnięcia i fibrynolizy Płytki krwi, ich aktywacja i udział w hemostazie Charakterystyka płytek krwi (B. Olas) Aktywacja płytek krwi (B. Wachowicz) Udział płytek krwi w hemostazie (B. Wachowicz) 683 Piśmiennictwo Mocz (A. Zgirski) Powstawanie moczu Skład chemiczny moczu Badanie właściwości fizycznych moczu Badanie chemiczne moczu prawidłowego Badanie chemiczne moczu patologicznego Białko Cukier Związki ketonowe Krew Barwniki żółciowe 711 Piśmiennictwo

10 14. Soki trawienne (A. Zgirski) Trawienie i wchłanianie Ślina Skład śliny Badanie śliny Sok żołądkowy Skład soku żołądkowego Badanie soku żołądkowego Sok trzustkowy Skład soku trzustkowego Badanie soku trzustkowego Sok jelitowy Skład soku jelitowego Badanie soku jelitowego Żółć Skład i znaczenie żółci Badanie żółci 732 Piśmiennictwo 732 Część V Izolowanie i analiza niektórych struktur komórkowych Frakcjonowanie morfologiczne komórki Zarys ultrastruktury i frakcjonowanie komórki (L. Klyszejko-Stefanowicz) Przykładowe izolowanie podstruktur komórkowych z nukleoplastu i cytoplastu Otrzymywanie jąderek (A. Lipińska) Otrzymywanie błon aparatu Golgiego (M. Hilewicz-Grabska) 742 Piśmiennictwo Jądro komórkowe Izolowanie jąder komórkowych (Z.M. żci/iańska) Hydrolaza glukozo-6-fosforanowa (EC ) enzym znacznikowy siateczki śródplazmatycznej (A. Lipińska) Chromatyna (A. Lipińska) Frakcjonowanie jąder komórkowych Enzymatyczne frakcjonowanie jąder komórkowych (W. M. Krajewska) Frakcjonowanie jąder komórkowych z wydzieleniem matriks jądrowej (Z. M. Kiliańska) 759 Piśmiennictwo Mitochondria (Z.M. Kiliańska) /765 Piśmiennictwo Różnicowanie komórkowe na przykładzie czerwonych krwinek ptaków i ssaków (W. M. Krajewska) 768 Piśmiennictwo Dodatek (R. Wierzbicki, A. Zgirski) /775 Skorowidz 795