Bioinformatyka. Krzysztof Pawłowski. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013
|
|
- Patryk Zych
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013 Krzysztof Pawłowski
2 Wykład 8.X.2012 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie genomów
3 definicja bioinformatyki / biologii obliczeniowej Rozwiązywanie problemów biologicznych metodami obliczeniowymi Solving biological problems by computational means Some synonyms: In silico biology Computational biology / Biocomputing Theoretical biology Substantial overlaps: Computational chemistry / cheminformatics Systems biology Structural biology Theoretical biophysics
4 Zakres zainteresowań bioinformatyki Objects: small molecules, structural motifs and domains, proteins, transcripts, genes, organelles, cells, tissues, organs, organisms Objects attributes: sequences, 3-D structures, expression data, clinical data, publications,.
5 oficjalne definicje NIH Bioinformatics: approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire, store, organize, archive, analyze, or visualize such data. Computational Biology: The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological, behavioral, and social systems.
6 Bioinformatics (wikipedia) Bioinformatics and computational biology involve the use or development of techniques, including applied mathematics, informatics, statistics, computer science, artificial intelligence, chemistry, and biochemistry to solve biological problems, usually on the molecular level.
7 Bioinformatics (wikipedia, contd.) The primary goal of bioinformatics is to increase our understanding of biological processes. What sets it apart from other approaches, however, is its focus on developing and applying computationally intensive techniques (e.g., data mining, and machine learning algorithms) to achieve this goal. Major research efforts in the field include sequence alignment, gene finding, genome assembly, protein structure alignment, protein structure prediction, prediction of gene expression and protein-protein interactions, and the modeling of evolution.
8 Bioinformatyka (wikipedia) Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów z nauk biologicznych. Z bioinformatyką powiązane są: genomika, proteomika, metabolomika i transkryptomika.
9 bioinformatyka nowa dyscyplina? Publikacje bioinformatyczne (PubMed) ale pod innymi nazwami rozwijała się przynajmniej od lat 60.
10 Dygresja. Syn na zawsze w głowie matki Wojciech Moskal, sciencemag.org , aktualizacja: :35 Kobiety, które są w ciąży z chłopcami, zatrzymują część ich materiału genetycznego. Synowskie DNA rozsiewa się nawet do matczynych mózgów - dowiedli naukowcy z USA Powiedzenie, że syn jest oczkiem w głowie matki, nabiera więc całkiem nowego znaczenia. W końcu oko to narząd zmysłu, jest więc integralną częścią układu nerwowego. A uczeni z Ośrodka Badań nad Rakiem im. Freda Hutchinsona w Seattle pracujący pod wodzą dr J. Lee Nelson znaleźli obcy materiał genetyczny w najważniejszej części tego układu - korze mózgowej. Co więcej, to specyficzne "zanieczyszczenie", opisane w ostatnim wydaniu magazynu "PloS ONE", prawdopodobnie chroni matkę przed niektórymi chorobami.
11 Bioinformatyka w Google bioinformatics bioinformatyka bioinformatika bioinformatik bioinformatica bioinformatique biology biologia
12 BIOINFORMATYKA - dziedzina interdyscyplinarna bioinformatyka biologia (molekularna) = + dane biologiczne informatyka narzędzia,metody i obliczenia komputerowe fizyka i chemia
13 BIOINFORMATYKA - cele Organizowanie i zarządzanie informacjami o makrocząsteczkach i innych danych biologicznych w formie skomputeryzowanych (cyfrowych) zapisów - baz danych Analiza tych danych za pomocą metod obliczeniowych, rozwój metod i algorytmów
14 BIOINFORMATYKA - poziomy analiz DNA mrna białka interakcje i metabolizm
15 BIOINFORMATYKA - poziomy analiz poziom badań przedmiot badań dziedzina badań tematy badań genom wszystkie sekwencje DNA zawarte w organizmie, geny, sekwencje regulatorowe genomika poszukiwanie sekwencji kodujących, rozpoznawanie eksonów i intronów, organizacja genomów, porównanie sekwencji transkryptom wszystkie sekwencje RNA zawarte w organizmie transkryptomika analiza ekspresji genów proteom wszystkie białka zawarte w organizmie proteomika porównanie sekwencji, identyfikacja zachowanych regionów, przewidywannie struktury, oddziaływania metabolom wszystkie procesy metaboliczne zachodzące w organizmie, metabolity metabolomika określanie sieci i szlaków metabolicznych, symulacje
16 Program wykładów Genomy Sekwencje biologiczne Biologiczne bazy danych Struktury makrocząsteczek biologicznych Elementy biologii systemowej Elementy epigenetyki dygresje w stronę biologii, fizyki, chemii
17 zaliczenie Ćwiczenia: lista obecności & kolokwium (a) Wykład: kolokwium (b) Ocena: średnia z ocen z kolokwiów a i b, jeśli obie oceny > 2
18 1977 Sekwencjonowanie DNA Sanger i współpr. metoda terminacji łańcucha, dideoksy 1987 Prober i współpr. znakowanie fluorescencyjne i zautomatyzowanie metody
19 Etapy sekwencjonowania genomów Oczyszczanie chromosomów Pofragmentowanie metodą sonikacji na odcinki o długości 100 kpz (kbp) lub większe Klonowanie fragmentów w wektorach (YAC, BAC) Tworzenie mapy chromosomu Wybór zachodzących pojedynczych klonów do sekwencjonowania
20 Obróbka bka sekwencji HTGS Faza 0 Faza 1 Faza 2 Faza 3 contigs
21 Sekwencjonowanie genomów Sanger i współpr. - fag X 174 (5,4 tys. pz) Anderson i współpr. - mtdna człowieka (17 tys. pz) Fleischmann i współpr. - Haemophilus influenzae (1.8 mln pz) Fraser i współpr. - Mycoplasma genitalium (0.6 mln pz) 1997 Blattner i współpr. Escherichia coli (4.6 mln pz) Kunst i współpr. Bacillus subtilis (4.2 mln pz)
22 Sekwencjonowanie genomów Goffeau i współpr. Saccharomyces cerevisiae (13 mln pz) 1998 The C. elegans Sequencing Consortium Caenorhabditis elegans (100 mln pz)
23 Sekwencjonowanie genomu człowieka Celera Genomics od 1998 Human Genome Project od 1990 VI 2000 OIgłoszenie zakończenie prac nad wstępną wersją genomu ludzkiego; zsekwencjonowano: 99 % 85 % Konferencja prasowa w Białym Domu w towarzystwie premiera Wielkiej Brytanii i prezydenta USA. Zespoły HPG oraz Celery postanowiły ze sobą współpracować w końcowej fazie badań po okresie zażartej konkurencji. Craig Venter Francis Collins
24 Celera Genomics Human Genome Project II 2001 niezależna publikacja wyników w: Venter i współpracownicy THE GENOME INTERNATIONAL SEQUENCING CONSORTIUM
25
26 Kompletnie zsekwencjonowane genomy Eucaryota: Drosophila melanogaster OWADY (2) Saccharomyces cerevisiae Schizosaccharomyces pombe Candida glabratha Encephalitozoon cuniculi GB-M1. Caenorhabditis elegans GRZYBY (17) Entamoeba histolytica Plasmodium falciparum Trypanosoma cruzi. NICIENIE (1) KRĘGOWCE (3) PIERWOTNIAKI (8) Homo sapiens Mus musculus Arabidopsis thaliana Oryza sativa ROŚLINY (5)
27 Prywatne genomy medycyna zindywidualizowana? James Watson (2008) Craig Venter (2007)
Bioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011. Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011 Krzysztof Pawłowski Wykład 5.X.2010 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008. Wykład 1, 4.X.2007 Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008 Wykład 1, 4.X.2007 Krzysztof Pawłowski Wykład 4.X.2007 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Sekwencjonowanie DNA
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008. Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008 Krzysztof Pawłowski Wykład 4.X.2007 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie genomów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje
Bardziej szczegółowoJest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka
Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoOd jakiego pułapu startujemy? matematyka
dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Od jakiego pułapu startujemy? Zakładamy, że te pojęcia są w małym palcu: DNA, RNA struktura, funkcje, rodzaje Genom Białka struktury, funkcje, rodzaje,
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoCHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1
CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA PROWADZĄCY: Dr Magda Mielczarek (biolog) Katedra Genetyki, pokój nr 21
Bardziej szczegółowoHistoria Bioinformatyki
Historia Bioinformatyki 1859 Darwin i Wallace opublikowali O powstaniu gatunku 1865 Mendel eksperymentując z grochem, wykazuje, że cechy dziedziczą się w odrębnych jednostkach 1869 Meischer wyizolował
Bardziej szczegółowoPodstawy inżynierii genetycznej
Metody bioinformatyki Podstawy inżynierii genetycznej prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest inżynieria genetyczna Zbiór technik rekombinowania i klonowania DNA Wydzielanie i charakteryzowanie pojedyńczych
Bardziej szczegółowoPodstawy bioinformatyki dla biotechnologów. plan. Od jakiego pułapu startujemy? Wykład 2. Definicja bioinformatyki
dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Wykład 2 plan Sprawy organizacyjne Definicje bioinformatyki Miejsce i dziedziny bioinformatyki Projekty bioinformatyczne Wykład 2 / 2 Od jakiego pułapu
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład I.2009
Bioinformatyka wykład 13 20.I.2009 biologia systemów biologiczne dane wielowymiarowe Krzysztof Pawłowski Krzysztof_Pawlowski@sggw.pl 2009-01-22 1 Plan wykładu Biologia systemów Bazy danych ekspresji genów
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 2 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 4 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2 GENOMY I ICH ADNOTACJE
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW 1. Sekwencjonowanie genomów 2. Automatyzacja sekwencjonowania 3. 1 000 (human) Genomes project 4. 1 000 Bull Genomes project
Bardziej szczegółowoGenetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2017/18/19/20
Genetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2017/18/19/20 002 SEMESTR 1 Biofizyka Biophysics 2 E 30 20 10 Chemia ogólna i analityczna General and analytical chemistry 6 E 90 30 60 Matematyka Mathematics
Bardziej szczegółowoGenetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2018/19/20/21
Genetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2018/19/20/21 003 Uchwała RW Nr 141/2018 z dnia 28 czerwca 2018 r. NAZWA PRZEDMIOTU pkt ECTS E/Z suma godz wykł. konw. sem. ćw. lab. ćw. ter. SEMESTR
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoField of study: Computer Science Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies. Auditorium classes.
Faculty of: Computer Science, Electronics and Telecommunications Field of study: Computer Science Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies Annual: 2014/2015 Lecture language:
Bardziej szczegółowoKontakt.
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Katedra Inżynierii Biomedycznej WPPT http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/ D1 pok. 115 Konsultacje : czwartek 17.05-18.55
Bardziej szczegółowoGenetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2018/19/20/21
Genetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2018/19/20/21 003 SEMESTR 1 Uchwała RW Nr 141/2018 z dnia 28 czerwca 2018 r. Biofizyka Biophysics 2 E 30 20 10 25-GBE-S1-E1-Biofiz Chemia ogólna i analityczna
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) http://bioinformaticsonline.com/file/view/4482/bioinformatics-definitions-and-applications
Bardziej szczegółowoPublic gene expression data repositoris
Public gene expression data repositoris GEO [Jan 2011]: 520 k samples 21 k experiments Homo, mus, rattus Bos, sus Arabidopsis, oryza, Salmonella, Mycobacterium et al. 17.01.11 14 17.01.11 15 17.01.11 16
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Przyłuski
Bioinformatyka Michał Przyłuski Plan prezentacji Wstęp biologiczny Biologia molekularna genetyka Bioinformatyka Przykłady zastosowań: sekwencjonowanie mikromacierze filogenetyka Czemu wstęp biologiczny?
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. Gromadzenie informacji:
BIOINFORMATYKA Gromadzenie informacji: Literatura naukowa, Sekwencje DNA, RNA, białek, charakterystyczne motywy, Inne cząsteczki biologiczne, Struktury, Interakcje białek, Profile ekspresji, Szlaki biochemiczne,
Bardziej szczegółowoInformatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa
Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Lech Poloński Mariusz Gąsior Informatyka medyczna Dział informatyki zajmujący się jej zastosowaniem w ochronie zdrowia (medycynie) Stymulacja rozwoju informatyki
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do bioinformatyki
Metody bioinformatyki Wprowadzenie do bioinformatyki prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest bioinformatyka Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych
Bardziej szczegółowo10. 11. Histologia. 12. Bioetyka 13. 14. 15. 1,5 45 16. 0,5 4 17. 0,5 2 18. 0,5 3 19. Matematyka ze statystyką Mathematics and Statistics
PLAN STUDIÓW - I rok - Biotechnologia specjalność biotechnologia medyczna (studia I stopnia) STUDY PLAN I year - Biotechnology program, specialty in Medical Biotechnology (first cycle) Matematyka ze statystyką
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE. Pracownia Informatyczna 2
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE Pracownia Informatyczna 2 WYBRANE BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION NCBI Utworzone
Bardziej szczegółowoKARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)
(pieczęć wydziału) KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu: Eksploracja danych w bioinformatyce 2. Kod przedmiotu: EksDaBio 3. Karta przedmiotu ważna od roku akademickiego: 2017/2018 4. Forma kształcenia:
Bardziej szczegółowoGenetyka i biologia eksperymentalna studia I stopnia 2017/18/19
003 Uchwała RW Nr 136/2018 z dnia 24 maja 2018 r. zmiana w ofercie przedmiotów do wyboru dla II roku 2018/19 (zmiana Uchwały RW Nr 130/2017 z dnia 25 maja 2017 r.) Genetyka i biologia eksperymentalna studia
Bardziej szczegółowoPolitechnika Wrocławska. BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Katedra Inżynierii Biomedycznej Konsultacje D1 pok. 115 Poniedziałek 10.00-12.00 Poniedziałek 15.00-17.00 Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Materiały: http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/
Bardziej szczegółowoRok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie
Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna
Bardziej szczegółowoDNA. Wykorzystanie baz danych w biotechnologii. Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin
Wykorzystanie baz danych w biotechnologii Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin DNA Każdy żywy organizm składa się z komórek, a każda komórka ma jądro. Wikipedia (http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/00/
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoPodstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem
Bardziej szczegółowoMapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej
Mapowanie fizyczne genomów -konstrukcja map wyskalowanych w jednostkach fizycznych -najdokładniejszą mapą fizyczną genomu, o największej rozdzielczości jest sekwencja nukleotydowa -mapowanie fizyczne genomu
Bardziej szczegółowoHARMONOGRAM GODZINOWY ORAZ PUNKTACJA ECTS CZTEROLETNICH STUDIÓW DOKTORANCKICH
P O L I T E C H N I K A Ś L Ą S K A WYDZIAŁ AUTOMATYKI, ELEKTRONIKI I INFORMATYKI DZIEKAN UL. AKADEMICKA 16 44-100 GLIWICE T: +48 32 237 13 10 T: +48 32 237 24 13 F: +48 32 237 24 13 Dziekan_aei@polsl.pl
Bardziej szczegółowoWARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS
WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS KOLOKWIA; 15% KOLOKWIA-MIN; 21% WEJŚCIÓWKI; 6% WEJŚCIÓWKI-MIN; 5% EGZAMIN; 27% EGZAMIN-MIN; 26% WARUNKI ZALICZENIA PRZEDMIOTU- 5 ECTS kolokwium I 12% poprawa kolokwium
Bardziej szczegółowoZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI
ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Podstawy Bioinformatyki lab 1 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 1 BIOINFORMATYKA Dr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 ul. Kożuchowska
Bardziej szczegółowoBiotechnologia w Polsce w 2013 r.
GŁÓWNY URZĄD STATYSTYCZNY Urząd Statystyczny w Szczecinie Warszawa, listopad 2014 r. Informacja sygnalna WYNIKI BADAŃ GUS Wprowadzenie Biotechnologia w Polsce w 2013 r. Biotechnologia jest to interdyscyplinarna
Bardziej szczegółowoCo to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2
ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ
ETYCZNE ASPEKTY INŻYNIERII GENETYCZNEJ Paweł Bortkiewicz UAM bortpa@amu.edu.pl INŻYNIERIA GENETYCZNA (REKOMBINACJA DNA IN VITRO) zespół technik pozwalających na zamierzone, kontrolowane, przewidziane przez
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW STACJONARNYCH Rekrutacja w roku akademickim 2019/2020 Uniwersytet Zielonogórski Załącznik nr 1a
PLAN TUDIÓW TACJONARNYCH Rekrutacja w roku akademickim 2019/2020 Uniwersytet Zielonogórski Załącznik nr 1a Nazwa kierunku studiów:fizyka czas trwania: 4 semestry WYDZIAŁ FIZYKI i ATRONOMII do uchwały nr
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoDNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro
DNA- kwas deoksyrybonukleinowy: DNA superhelikalny eukariota DNA kolisty bakterie plazmidy mitochondria DNA liniowy wirusy otrzymywany in vitro RNA- kwasy rybonukleinowe: RNA matrycowy (mrna) transkrybowany
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoCRAIG VENTER genetyk i pionier inżynierii genetycznej
CRAIG VENTER genetyk i pionier inżynierii genetycznej Tomasz Wania SSE (2) I nr indeksu 183248 CRAIG VENTER If you want to know where molecular biology is going to be focused in the next few years... it
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ 1. Gen to odcinek DNA odpowiedzialny
Bardziej szczegółowoBazy i modele danych
Bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae 1998
Bardziej szczegółowoOPIS PRZEDMIOTÓW REALIZOWANYCH W KATEDRZE MIKROBIOLOGII ŚRODOWISKOWEJ
OPIS PRZEDMIOTÓW REALIZOWANYCH W KATEDRZE MIKROBIOLOGII ŚRODOWISKOWEJ STUDIA STACJONARNE PIERWSZEGO STOPNIA - INŻYNIERSKIE Mikrobiologia Rola mikrobiologii. Świat mikroorganizmów: wirusy, bakterie, archebakterie,
Bardziej szczegółowoBiologiczne bazy i modele danych
Biologiczne bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae
Bardziej szczegółowoDatabase resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk
Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych
Bardziej szczegółowoGENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE
GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE Bioinformatyka, wykład 3 (21.X.2008) krzysztof_pawlowski@sggw.waw.pl tydzień temu Gen??? Biologiczne bazy danych historia Biologiczne bazy danych najważniejsze
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoCzytanie DNA. Jak zrozumieć miliard słów? DNA Encyklopedia Życia Warszawa 2010
Czytanie DNA. Jak zrozumieć miliard słów? DNA Encyklopedia Życia Warszawa 2010 Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin DNA Każdy żywy organizm składa się z komórek, a
Bardziej szczegółowoSYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki
SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek) Nazwa jednostki realizującej
Bardziej szczegółowoEkspresja informacji genetycznej
Ekspresja informacji genetycznej Informacja o budowie i funkcjonowaniu organizmu jest zakodowana w sekwencji nukleotydów cząsteczek DNA i podzielona na dużą liczbę genów. Gen jest odcinkiem DNA kodującym
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie
Bardziej szczegółowoInżynieria genetyczna PEF Copyright by Polskie Towarzystwo Tomasza z Akwinu
INŻYNIERIA GENETYCZNA (rekombinacja DNA in vitro) zespół technik pozwalających na zamierzone, kontrolowane, przewidziane przez eksperymentatora modyfikacje genetyczne genomów, a także na analizę genów
Bardziej szczegółowoPodstawy genetyki II. Metody badawcze i strategie genetyki i genomiki. Organizmy modelowe.
Podstawy genetyki II Metody badawcze i strategie genetyki i genomiki. Organizmy modelowe. Czym jest inżynieria genetyczna? Ang. recombinant DNA manipulacje DNA in vitro izolacja i amplifikacja DNA i cdna
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoGranty Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych (ERC)
Kraków, 17 stycznia 2018 r. Granty Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych (ERC) Bogna Hryniszyn Krajowy Punkt Kontaktowy Programów Badawczych UE Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN www.kpk.gov.pl
Bardziej szczegółowoMetody analizy białek - opis przedmiotu
Metody analizy białek - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Metody analizy białek Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-MAB-L-S14_pNadGenPEBES Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych Biologia /
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM
Bioinformatyka Wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Bazy danych Wykład 3, 2008 1 Niesekwencyjne BazyDanych bibliograficzne kliniczne ścieżek metabolicznych
Bardziej szczegółowo1. KEGG 2. GO. 3. Klastry
ANALIZA DANYCH 1. Wykład wstępny 2. Charakterystyka danych 3. Analiza wstępna genomiczna charakterystyka cech 4. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna 5. Prezentacje grup roboczych analiza wstępna
Bardziej szczegółowoARABIDOPSIS THALIANA ORGANIZM MODELOWY W BIOLOGII MOLEKULARNEJ ROŚLIN DLACZEGO ARABIDOPSIS?
1995, 44 (3-4): 483-488 PL ISSN 0023-4249 Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika KOSMOS A n d r z e j J e r z m a n o w s k i Instytut Biologii Eksperymentalnej Roślin Uniwersytetu Warszawskiego
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 2-letnie studia II stopnia (magisterskie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Wieloskalowe metody molekularnego
Bardziej szczegółowoGENOMIKA PROTEOMIKA METABOLOMIKA
GENOMIKA PROTEOMIKA METABOLOMIKA TRANSKRYPTOMIKA Metody sztucznej rekombinacji DNA nie tylko umożliwiły powstanie nowych niezwykle użytecznych narzędzi do badania podstawowych mechanizmów funkcjonowania
Bardziej szczegółowoMetody inżynierii genetycznej SYLABUS A. Informacje ogólne
Metody inżynierii genetycznej A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Rodzaj Rok studiów /semestr
Bardziej szczegółowoWSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19
WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19 Witold Dyrka 14 marca 2019 1 Wprowadzenie 1.1 Definicje bioinformatyki Według polskiej Wikipedii [1], Bioinformatyka interdyscyplinarna dziedzina
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr
Bardziej szczegółowoBudowa kwasów nukleinowych
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 2. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa kwasów nukleinowych Kwasy nukleinowe (DA i RA) zbudowane są z nukleotydów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 ANALIZA DANYCH NGS
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 ANALIZA DANYCH NGS SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW NEXT GENERATION METODA NOWEJ GENERACJI Sekwencjonowanie bardzo krótkich fragmentów 50-700 bp DNA unieruchomione na płytce Szybkie
Bardziej szczegółowoTechniki biologii molekularnej Kod przedmiotu
Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoAuditorium classes. Lectures
Faculty of: Mechanical and Robotics Field of study: Mechatronic with English as instruction language Study level: First-cycle studies Form and type of study: Full-time studies Annual: 2016/2017 Lecture
Bardziej szczegółowoAcademic year: 2012/2013 Code: EIB-2-303-BN-s ECTS credits: 4. Electrical Engineering, Automatics, Computer Science and Engineering in Biomedicine
Module name: Genetyka molekularna Academic year: 2012/2013 Code: EIB-2-303-BN-s ECTS credits: 4 Faculty of: Electrical Engineering, Automatics, Computer Science and Engineering in Biomedicine Field of
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW. Rodzaj zajęć. e-nauczanie,
Załącznik nr 3 do Uchwały Rady Wydziału Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ z dnia 19 czerwca 2018 r. w sprawie programu i planu studiów na kierunku BIOTECHNOLOGIA MOLEKULARNA na poziomie studiów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I PROJEKTY POZNANIA INNYCH GENOMÓW 1 400 2009 2010 1 200 2011 2012 1 000 800 600 400 200 986 1153 1285 914 954 717 759 757 251 254 889 0 23 ukończone
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowo"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."
"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu." Dr Kaja Milanowska Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii UAM VitaInSilica sp. z o.o. Warszawa, 9 lutego 2015 Dane biomedyczne 1)
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowoEwolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz
Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,
Bardziej szczegółowoWspółczesna problematyka klasyfikacji Informatyki
Współczesna problematyka klasyfikacji Informatyki Nazwa pojawiła się na przełomie lat 50-60-tych i przyjęła się na dobre w Europie Jedna z definicji (z Wikipedii): Informatyka dziedzina nauki i techniki
Bardziej szczegółowoRośliny transgeniczne
Rośliny transgeniczne 1 Na poniższym rysunku przedstawiono sposób uzyskiwania nowych odmian roślin metodą tradycyjną i metodą nowoczesnej biotechnologii. Po analizie rysunku wykonaj polecenie. Tradycyjna
Bardziej szczegółowoBiologia studia I stopnia 2017/18/19/20
Biologia studia I stopnia 2017/18/19/20 002 SEMESTR 1 Biologia człowieka Human biology 3 E 50 20 30 Chemia dla biologów Chemistry for biologists 4 Z 60 30 30 Ekologia Ecology 4 E 60 30 30 Fizyka z elementami
Bardziej szczegółowoFaculty of Biology Institute of Anthropology
Faculty of Biology Institute of Anthropology Izabela Makałowska, prof. dr hab. Poznań, 18.05.2017 Zakład Genomiki Zintegrowanej Instytut Antropologii Wydział Biologii Uniwersytet im A. Mickiewicza w Poznaniu
Bardziej szczegółowoInstytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii
Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii dr hab. Piotr Ziółkowski Przegląd prac dyplomowych w Zakładach Instytutu Biologii Molekularnej i Biotechnologii www.ibmib.amu.edu.pl Instytut Biologii Molekularnej
Bardziej szczegółowo