BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS

Transkrypt

1 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr Wymagania wstępne (tzw. sekwencyjny system zajęć i egzaminów) Liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć Założenia i cele Metody dydaktyczne oraz ogólna forma zaliczenia Uniwersytet w Białymstoku, Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Biologii biologia studia pierwszego stopnia ogólnoakademicki stacjonarne Obowiązkowy, moduł specjalnościowy biologia eksperymentalna i molekularna III rok / VI semestr Znajomość zagadnień z zakresu genetyki i umiejętność obsługi komputera oraz korzystania z programów komputerowych i źródeł internetowych. wykład - 15 godz. laboratoria - 30 godz. Po ukończeniu student ma wymienić i opisać biologiczne bazy danych dostępne w sieci. Student powinien posiadać ogólną znajomość oprogramowania bioinformatycznego oraz zdolność samodzielnego wyszukiwania danych w bazach bioinformatycznych, analizowania ich oraz interpretacji uzyskanych wyników. Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, laboratoria: ćwiczenia z wykorzystaniem programów komputerowych i danych internetowych. Formy zaliczenia : zaliczenie na ocenę laboratoriów i wykładu Efekty kształcenia i 1.Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami przyrodniczymi. 2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady. 3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych. 4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe. 5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu problemów. 6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych literaturowych i krytycyzm w wyrażaniu opinii. Odniesienie do kierunkowych efektów kształcenia K_W02 K_W12 K_U06, K_U07, K_U15 K_U08 K_K02, K_U16 K_K03 Punkty ECTS 4 Bilans nakładu pracy studenta ii Wskaźniki ilościowe Ogólny nakład pracy studenta: 100 godz. w tym: udział w wykładach: 15 godz.; udział w zajęciach pozawykładowych: 30 godz.; przygotowanie się do zajęć, zaliczeń, egzaminów: 49,4 godz.; udział w konsultacjach, zaliczeniach, egzaminie: 5,6 godz. Nakład pracy studenta związany z zajęciami iii : Liczba godzin Punkty ECTS wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela 50,6 2,0 o charakterze praktycznym 85,0 3,4 Data opracowania: Koordynator :

2 SYLABUS B. Informacje szczegółowe Elementy składowe sylabusu Nazwa Kod Nazwa kierunku Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Język Rok studiów/ semestr Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz forma prowadzenia zajęć Prowadzący Treści merytoryczne Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich weryfikacji Forma i warunki zaliczenia Wykaz literatury podstawowej i uzupełniającej Biologiczne Bazy Danych Biologia, studia pierwszego stopnia Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii trzeci rok, szósty semestr (letni) 15 godz., wykład 1. Bioinformatyka i biologiczne bazy danych. Pierwsze bazy danych. Różnorodność baz danych. 2. Źródła danych biologicznych i rodzaje danych biologicznych. 3. Biologiczne bazy danych oraz struktura ich rekordów. Podział baz danych: niesekwencyjne, sekwencyjne, metabazy. 4. Przegląd internetowych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. Bazy sekwencji DNA (GenBank, EMBL, DDBJ), bazy sekwencji białkowych (UniProt, ExPASy, Swiss-Prot), bazy strukturalne (Protein Data Bank), bazy bibliograficzne (PubMed, PubMed Central, BookShelf) i inne bazy wtórne i specjalistyczne. 5. Przeszukiwanie i pobieranie informacji z biologicznych baz danych. Narzędzia służące do przeglądania i pobierania danych. 6. Wykorzystanie danych zgromadzonych w bazach w badaniach biologicznych (analiza struktury DNA, RNA, analiza sekwencji białek, analiza filogenetyczna) - etapy, modele, programy dostępne w Internecie. Efekty kształcenia: 1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami przyrodniczymi. 2. Student potrafi wskazać podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady. 3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych. 4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe. 5. Pracuje samodzielnie w rozwiązywaniu problemów. 6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych literaturowych i krytycyzm w wyrażaniu opinii. Sposoby weryfikacji: 1. Pisemne zaliczenie na ocenę (test zamknięty, pytania otwarte opisowe) 1. Obecność na zajęciach (dopuszcza się możliwość opuszczenia dwóch wykładów). 2. Pozytywna ocena zaliczenia laboratoriów. 3. Pozytywna ocena zaliczenia wykładu. Literatura podstawowa: 1. Baxevanis A.D. (red.), Ouellette B.F.F. (red.), Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa. 2. Higgs P.W., Attwood T.K Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN, Warszawa.

3 Literatura uzupełniająca: 1. Xiong J Podstawy bioinformatyki. Wyd. UW, Warszawa podpis osoby składającej sylabus i zakładanych efektów kształcenia w zakresie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych, z uwzględnieniem form zajęć. Uwzględnia się tylko efekty możliwe do sprawdzenia (mierzalne / weryfikowalne). ii Przykładowe rodzaje aktywności: udział w wykładach, ćwiczeniach, przygotowanie do zajęć, udział w konsultacjach, realizacja zadań projektowych, pisanie eseju, przygotowanie do egzaminu. Liczba godzin nakładu pracy studenta powinna być zgodna z przypisanymi do tego punktami ECTS wg przelicznika : 1 ECTS h. iii Zajęcia wymagające bezpośredniego udziału nauczyciela są to tzw. godziny kontaktowe (również te nieujęte w rozkładzie zajęć, np. konsultacje lub zaliczenia/egzaminy). Suma punktów ECTS obu nakładów może być większa od ogólnej liczby punktów ECTS przypisanej temu przedmiotowi.

4 SYLABUS C. Informacje szczegółowe Elementy składowe sylabusu Nazwa Kod Nazwa kierunku Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Język Rok studiów/ semestr Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz forma prowadzenia zajęć Prowadzący Treści merytoryczne Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich weryfikacji Forma i warunki zaliczenia Biologiczne Bazy Danych Biologia, studia pierwszego stopnia Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii trzeci rok, szósty semestr (letni) 30 godz., laboratorium 1. Podział biologicznych baz danych. Niesekwencyjne bazy danych: Zasady działania oraz porównanie wyników uzyskanych z baz danych Ebsco, Google Scholar, PubMed, Scopus oraz Web of Knowledge. Wyszukiwanie rekordów według określonych kryteriów (nazwisko i imię, hasło, data publikacji, itp.) oraz przygotowanie zestawień opisujących te rekordy. 2. Zastosowanie innych biologicznych baz danych o zasięgu światowym i krajowym. biologii i historii wybranych gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem poznanych baz danych. 3. Sekwencyjne bazy danych: a) Entrez (NBCI, USA), analiza wybranych rekordów określonych gatunków roślin i zwierząt z zastosowaniem wybranych podkatalogów: Genome, Nucleotide, UniGene i Taxonomy oraz narzędzi udostępnionych w tych podkatalogach. b) Integracja baz danych NIH (GenBank), EBI (EMBL) i NIG (DDBJ). 1. Student wskazuje powiązania wiedzy biologicznej z innymi dyscyplinami przyrodniczymi. 2. Student wskazuje podstawowe narzędzia informatyczne niezbędne do opisu procesów przyrodniczych i podaje ich przykłady. 3. Student posługuje się podstawową literaturą fachową w języku ojczystym oraz posiłkuje się prostą terminologią specjalistyczną w języku obcym, korzystając z dostępnych baz danych. 4. Student samodzielnie dociera do źródeł wiedzy fachowej w celu jej pogłębiania, aktualizowania i syntetyzowania oraz prezentuje treści naukowe. 5. Pracuje samodzielnie i zespołowo w rozwiązywaniu problemów. 6. Student wykazuje kreatywność w poszukiwaniach i doborze danych literaturowych i krytycyzm w wyrażaniu opinii. Sposoby weryfikacji: 1. Przygotowanie sprawozdania z wybranego zagadnienia i jego zaliczenie. 1. Obecność na zajęciach (dopuszczalna nieobecność na jednym ćwiczeniu). 2. Pozytywna ocena ze sprawozdania.

5 Wykaz literatury podstawowej i uzupełniającej Literatura podstawowa: 1. Falagas, M.E., Pitsouni, E.I., Malietzis, G.A., Pappas, G Comparison of PubMed, Scopus, Web of Science, and Google Scholar: strengths and weaknesses. FASEB J 22: podpis osoby składającej sylabus