Bazy i modele danych
|
|
- Aneta Witek
- 6 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Bazy i modele danych
2 Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae 1998 genom nicienia Caenorhabditis elegans 1999 genom Muszki owocowej 2000 genom rzodkiewnika A. thaliana 2001 genom człowieka 2005 genom szympansa 2007 pierwszy indywidualny genom człowieka i wiele innych..
3 Nadeszła era METAGENOMIKI, która zajmuje się uzyskiwaniem i analizą sekwencji genomowych całych populacji a nie pojedynczych organizmów
4 Bioinformatyka (ang. bioinformatics, biocomputing) Termin "bioinformatyka" po raz pierwszy pojawił się w 1989 roku Bioinformatyka jest nauką interdyscyplinarną, która integruje: biologię molekularną, informatykę, matematykę, genetykę, genomikę oraz biochemię Bioinformatyka rozwiązuje problemy nagromadzone w wyniku intensywnego rozwoju nauk przyrodniczych przy użyciu metodologii nauk informatycznych: używa metod komputerowych w celu uzyskania odpowiedzi na pytania biologiczne Oxford English Dictionary definiuje bioinformatykę jako: " Naukę zbierania i analizowania złożonych biologicznych danych takich jak kod genetyczny".
5 Bioinformatyka Podstawowym zadaniem bioinformatyki jest rozpoznawanie in silico reguł kierujących zarządzaniem informacją genetyczną przez komórkę dzięki wzorom obserwowanym w ogromie danych sekwencyjnych przetwarzanie surowych danych o sekwencjach, tworzenie baz danych i zarządzanie bazami danych poszukiwanie, analiza i interpretacja informacji z biologicznych baz danych (analiza sekwencji DNA i białek) tworzenie nowych algorytmów i metod statystycznych do analizy danych biologicznych: struktury, funkcji, ewolucji genów, białek i całych genomów symulacje komputerowe w biochemii i biologii molekularnej inne techniki informatyczne związane z naukami biologicznymi
6 Po co tworzyć biologiczne bazy danych? Napływ danych wymusił rozwój metod analizy gromadzonych danych w celu ich klasyfikacji, a tym samym katalogowanie rodzin białek i charakteryzowanie związków funkcyjnych między nimi obecne kluczowe zjawisko w procesie opisywania nowo poznanych genomów analizy porównawcze Przedstawianie danych sekwencyjnych w szerszym biomedycznym kontekście który z kolei prowadzi do integracji danych z zakresu biologii molekularnej z innymi dziedzinami (bazami): biologią komórki, metabolomiką, medycyną itd.
7 Kiedy powstały pierwsze biologiczne bazy danych? Historycznie bazy danych nukleotydowe są młodsze niż bazy danych sekwencji białkowych 1965 Dayhoff i wsp. Opublikowali Atlas of Protein Sequences and Structures, w którym zawarli wszystkie znane wtedy sekwencje białkowe (pojemność 1 dyskietki) 1980 roku ukazała się baza danych EMBL, potem pojawił się GenBank (1982) a następnie DDBJ.
8
9 Ile jest baz danych (2012): 1380 publicznych baz danych tj. dostępnych on line
10 Ile jest baz danych (2013): 1512 w samym tylko 2012 przybyło 132 nowych dostępnych on line
11 Ile jest baz danych (2014): 1552
12 Ile jest baz danych (2015): nowych związanych z biologią molekularną
13 Ile jest baz danych (2016): 54 nowych związanych z biologią molekularną
14 Bazy danych stają się wysoce specjalistyczne: odziaływania typu białko-białko niekodujące RNA, microrna oraz ich docelowe miejsca działania w komórkach, geny związane z chorobami
15 Podział baz danych przyrodniczych i biomedycznych
16
17
18 Niesekwencyjne bazy danych Bibliograficzne bazy danych
19 Kliniczne bazy danych
20 Metabazy: kojarzą ze sobą rekordy z wielu typów baz The National Center for Biotechnology Information (NCBI)
21 Czym jest GenBank? GenBank jest powszechnie dostępną, internetową sekwencyjną bazą danych, zawierającą sekwencje nukloetydowe, zarządzaną przez National Center for Biotechnology Information (NCBI) w USA. Jest częścią przedsięwzięcia jakim jest międzynarodowa współpraca w tworzeniu bazy danych zawierającej sekwencje nukleotydowe (International Nucleotide Sequence Database Collaboration - INSDC). W ramach tej współpracy trzy instytucje: DNA DataBank of Japan (DDBJ), European Molecular Biology Laboratory (EMBL) oraz GenBank codziennie wymieniają i uzupełniają własne zasoby zgromadzonych sekwencji nukleotydowych poszczególnych genów
22 Dane wymieniane codziennie pomiędzy trzema współpracującymi bazami sekwencji nukleotydowch : GenBank, DNA Database of Japan (DDBJ), European Molecular Biology Laboratory Database (EMBL) NIH Wprowadzanie Aktualizacja CIB NCBI Entrez GenBank EMBL DDBJ EBI Aktualizacja Wprowadzanie NIG getentry Wprowadzanie Aktualizacja SRS EMBL
23 GenBank jest tzw. pierwotną bazą danych Sekwencyjne bazy danych-podział 1. Pierwotne Bazy Danych - Primary Databases (bezpośrednie wyniki eksperymentów, z nielicznymi interpretacjami dane pozornie nieuporządkowane - dość powierzchowne Bezpośrednie wprowadzanie pojedynczych rekordów - Oryginalne wprowadzenia - submissions (BankIt, Sequin) Surowe dane sekwencyjne pochodzące z Centrów Genomowych Obsługa bazy organizuje, ale nie dodaje dodatkowych informacji 2. Pochodne (wtórne) bazy danych - Derivative Databases (uporządkowane zbiory danych) integracja danych z wielu pierwotnych baz nadaje im dodatkowe ważne informacje Nadzorowane przez ludzi Składanie, dodawanie i korekta danych z baz pierwotnych Np.: SWISS-PROT, PIR, NCBI RefSeq, mrna, bazy danych rodzin białkowych Pochodne komputerowe Np.: UniGene Łączone Np.: NCBI Genome Assembly
24 Struktura rekordów w bazach danych Jest ściśle określona dla poszczególnych baz danych Musi być w formacie czytelnym dla człowieka i komputera Zawiera absolutnie unikalny element, które precyzyjnie określa dany rekord kod (numer) dostępu Rekordy w bazach danych są tworzone w oparciu o obowiązujący w danej bazie model danych
25 Model danych NCBI: Rekord bazy GenBank jest rekordem opartym na DNA Pozostałe dane tego modelu tj. translacja regionu kodującego w DNA (o ile występuje) sekwencja białka, cytowania bibliograficzne, struktury trójwymiarowe białka, powiązania taksonomiczne oraz ewentualne powiązania do map genomów stanowią element dodatkowy, który jak najpełniej stara się opisać sekwencję DNA Korzyści takiego modelu danych: Możliwość integracji programów do przeszukiwania baz danych i samych baz danych Możliwość wygodnego śledzenia informacji od sekwencji DNA, jej lokalizacji na mapie chromosomowej do kodowanego białka, jego trójwymiarowego obrazu oraz opublikowanej na dany temat literatur Powiązania plików (białko, cytowanie, struktura) z sekwencją DNA wzbogaca model danych i ułatwia potencjalne nowe odkrycia Łatwość rozszerzania modelu o kolejne powiązania w miarę ich powstawania bez konieczności nieustannej konwersji formatów
26 Rekord GenBank
27 Rekord GenBanku Podstawową jednostką informacji bazy danych GenBank jest GBFF (GenBank Flat File) GBBF składa się z 3 podstawowych części: LOCUS AF bp mrna INV 02-MAR-2000 DEFINITION Limulus polyphemus myosin III mrna, complete cds. ACCESSION AF VERSION AF GI: KEYWORDS. SOURCE Atlantic horseshoe crab. ORGANISM Limulus polyphemus Eukaryota; Metazoa; Arthropoda; Chelicerata; Merostomata; Xiphosura; Limulidae; Limulus. REFERENCE 1 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE A myosin III from Limulus eyes is a clock-regulated phosphoprotein JOURNAL J. Neurosci. (1998) In press REFERENCE 2 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (29-APR-1998) Whitney Laboratory, University of Florida, 9505 Ocean Shore Blvd., St. Augustine, FL 32086, USA REFERENCE 3 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (02-MAR-2000) Whitney Laboratory, University of Florida, 9505 Ocean Shore Blvd., St. Augustine, FL 32086, USA REMARK Sequence update by submitter COMMENT On Mar 2, 2000 this sequence version replaced gi: Nagłówek
28 Rekord GenBanku, cd. FEATURES Location/Qualifiers source /organism="limulus polyphemus" /db_xref="taxon:6850" /tissue_type="lateral eye" CDS /note="n-terminal protein kinase domain; C-terminal myosin heavy chain head; substrate for PKA" /codon_start=1 /product="myosin III" /protein_id="aac " /db_xref="gi: " /translation="meykcisehlpfetlpdpgdrfevqelvgtgtyatvysaidkqa NKKVALKIIGHIAENLLDIETEYRIYKAVNGIQFFPEFRGAFFKRGERESDNEVWLGI EFLEEGTAADLLATHRRFGIHLKEDLIALIIKEVVRAVQYLHENSIIHRDIRAANIMF SKEGYVKLIDFGLSASVKNTNGKAQSSVGSPYWMAPEVISCDCLQEPYNYTCDVWSIG ITAIELADTVPSLSDIHALRAMFRINRNPPPSVKRETRWSETLKDFISECLVKNPEYR PCIQEIPQHPFLAQVEGKEDQLRSELVDILKKNPGEKLRNKPYNVTFKNGHLKTISGQ BASE COUNT 1201 a 689 c 782 g 1136 t ORIGIN 1 tcgacatctg tggtcgcttt ttttagtaat aaaaaattgt attatgacgt cctatctgtt 2. Tabela cech 3. Sekwencja // 3781 aagatacagt aactagggaa aaaaaaaa GBFF jest formą w jakiej wymieniane są dane pomiędzy GenBank, EMBL, DDBJ
29 Struktura rekordu w GenBanku 1. Nagłówek: część rekordu charakterystyczna dla bazy danych Pierwszy wiersz nagłówka we wszystkich GBFF to wiersz LOCUS Nazwa Locus (dawniej oznaczała faktyczną nazwę locus którego dotyczył np. HUMBG) GB Division (dawniej miało znaczenie taksonomiczne) LOCUS AF bp mrna INV 02-MAR-2000 Długość sekwencji Typ cząsteczki mrna (= cdna) rrna snrna DNA Data wprowadzenia lub modyfikacji
30 Nagłówek c.d. DEFINITION Limulus polyphemus myosin III mrna, complete cds. wiersz definicji - tytuł podsumowuje informację biologiczną rekordu ACCESSION AF Accession Number (kod dostępu) Zapisywany jako 1+5 albo 2+6 VERSION AF GI: Wersja Accession, Historia aktualizacji Numer gi (kolejny numer rekordu w bazie danych) (znika z rekordów od )
31 Nagłówek c.d. Słowa Kluczowe Nazwa zwyczajowa Nazwa gatunkowa KEYWORDS. SOURCE Atlantic horseshoe crab. ORGANISM Limulus polyphemus Eukaryota; Metazoa; Arthropoda; Chelicerata; Merostomata; Xiphosura; Limulidae; Limulus. Powiązania taxonomiczne według GenBanku
32 Nagłówek c.d. Odnośniki literaturowe REFERENCE 1 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE A myosin III from Limulus eyes is a clock-regulated phosphoprotein JOURNAL J. Neurosci. (1998) In press REFERENCE 2 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (29-APR-1998) Whitney Laboratory, University of Florida, 9505 Ocean Shore Blvd., St. Augustine, FL 32086, USA REFERENCE 3 (bases 1 to 3808) AUTHORS Battelle,B.-A., Andrews,A.W., Calman,B.G., Sellers,J.R., Greenberg,R.M. and Smith,W.C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (02-MAR-2000) Whitney Laboratory, University of Florida, 9505 Ocean Shore Blvd., St. Augustine, FL 32086, USA REMARK Sequence update by submitter COMMENT On Mar 2, 2000 this sequence version replaced gi:
33 2. Tabela Cech środkowy segment GBFF Cecha: źródło biologiczne -pochodzenie materiału genetycznego, Cecha: sekwencja kodująca białko (jeśli DNA koduje białko) FEATURES Location/Qualifiers source /organism="limulus polyphemus" /db_xref="taxon:6850" /tissue_type="lateral eye" CDS /note="n-terminal protein kinase domain; C-terminal myosin heavy chain head; substrate for PKA" /codon_start=1 /product="myosin III" /protein_id="aac " /db_xref="gi: " /translation="meykcisehlpfetlpdpgdrfevqelvgtgtyatvysaidk NKKVALKIIGHIAENLLDIETEYRIYKAVNGIQFFPEFRGAFFKRGERESDNEVWL " Jeśli DNA koduje białko pojawiają się dodatkowe informacje tzw. kwalifikatory -rodzaj kodu genetycznego -faza (ramka )odczytu kodonów odnośniki krzyżowe do bazy danych sekwencji białkowych
34 3. Sekwencja Statystyka składu sekwencji nt Początek podawania sekwencji BASE COUNT 1201 a 689 c 782 g 1136 t ORIGIN 1 tcgacatctg tggtcgcttt ttttagtaat aaaaaattgt attatgacgt cctatctgtt <opuszczona sekwencja> 3721 accaatgtta taatatgaaa tgaaataaag cagtcatggt agcagtggct gtttgaaata 3781 aagatacagt aactagggaa aaaaaaaa // Znak: koniec rekordu
35
36 Format EMBL Numer dostępu OPIS
37 Odnośniki literaturowe Tabela cech: Nazwa organizmu, taksonomia, ramka odczytu itp. Odsyłacze (odnośniki krzyżowe) do rekordów innych baz powiązanych z tą sekwencją
38
39 Format Fasta maksymalnie uproszczona wersja rekordu Numer w bazie Identyfikator bazy danych: gb oznacza Opis rekordu i nazwa genu GenBank Kod dostępu >gi gb DQ Rhizobium leguminosarum bv. trifolii strain TA1 lipid A oxidase (lpxq) gene, complete cds AAAAGCCATATGCCGTCGAGGGCAAGGTCAGCTGCGGCACCAAATAGCGCCGCAGCCGAAATTTACTCTT ACCAGTGGAACGATACGCCGACGTTGACGGCATTCGTGAAGATGTTGGTCTTCAGGTCCACGCCGCTATC GATCGGAACGTCGATGCGCGAATAGGTGCCCTTGTATTCGACGAAGGTCGACCAGCGCTCGGTCACCTTG AAGTCGACGCCGGCCTGGGCCTGCAGCGTCACGCCGCCGAATTCATAAGCCCAGGTCTTGCCCTCAGGGC GAATCACTTCGACATGCGGAATGTTCACGCCGATGCCGGCGCCGAGATAGGGCGTCCAGCGGCGGGTCGG ATCCTGGAAGCGATAGAGACCGTTCACCGTGATGAGGTTCAGGCCGTCGGTGAATTCGAAATGCGACCAG CCGGTCTTGGCCAGCGTATCGTCGTCGGCATAGACCTTGTCATGGGTATAATCGAGCGAGATACCCCAGT TCGGTTTGTTGAAGTTCTCGAGCCACCAGGTGACGCGGCCGCCGTAATAAGGCGGGCTGCCGAAGGACTT GCCTTCCCAGCCGGCGGTGAAATGCGTGCCGTCGGAGAGATCGACGCCGCTGTGTGGTGCGGTCTGATAG CCGCCGTAGACGGAGAATTGCAGATCTTCCGCCGAGGCGGAAGCTGCCGAACAGATGGTGAAAAACGCGA TGCCCGCAAGCAGTGAAGCGGAGGAACGCAGCGCATATGTCATTGAATAGCCCCGATATTGCAAATGTGT CGACTCTTAGGCAGGTTTGCCAGCTTTTGGCCGCAAAGTCTAAGCAAAACAAAAGGCGCGTCAAATGCGC
Biologiczne bazy i modele danych
Biologiczne bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Bereta
Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) http://bioinformaticsonline.com/file/view/4482/bioinformatics-definitions-and-applications
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych
Bioinformatyczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010) Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski tydzień temu Co to jest bioinformatyka Sekwencjonowanie genomów historia Metagenomika Wykład 2 spis treści
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie
Bardziej szczegółowoPodstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych
Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania
Bardziej szczegółowoBioinformatyczne bazy danych - część 2. -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych
Bioinformatyczne bazy danych - część 2 -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych Numery dostępowe baz danych (accession number) to ciąg liter i cyfr służących jako etykieta identyfikująca sekwencję
Bardziej szczegółowoJest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka
Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM
Bioinformatyka Wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Bazy danych Wykład 3, 2008 1 Niesekwencyjne BazyDanych bibliograficzne kliniczne ścieżek metabolicznych
Bardziej szczegółowoNowoczesne systemy ekspresji genów
Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje
Bardziej szczegółowoKontakt.
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Katedra Inżynierii Biomedycznej WPPT http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/ D1 pok. 115 Konsultacje : czwartek 17.05-18.55
Bardziej szczegółowoISBN 978-83-89244-90-1
ISBN 978-83-89244-90-1 9 788389 244901 Notka biograficzna Aleksandra Gruca jest inżynierem, bioinformatykiem. Od początku swojej pracy naukowej koncentruje się na zagadnieniach związanych z zastosowaniem
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoOd jakiego pułapu startujemy? matematyka
dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Od jakiego pułapu startujemy? Zakładamy, że te pojęcia są w małym palcu: DNA, RNA struktura, funkcje, rodzaje Genom Białka struktury, funkcje, rodzaje,
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE. Pracownia Informatyczna 2
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE Pracownia Informatyczna 2 WYBRANE BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC NATIONAL CENTER FOR BIOTECHNOLOGY INFORMATION NCBI Utworzone
Bardziej szczegółowo10/9/2013. Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa. BIOINFORMATYKA Co to jest i po co? Czym będziemy zajmować się na kursie: Tematyka wykładu
Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa Małgorzata.Kotulska@pwr.wroc.pl Instytut InŜynierii Biomedycznej i Pomiarowej D1 pok. 115 Konsultacje: czwartek: godz. 9-11 wtorek 9-11 (preferowane info emailowe
Bardziej szczegółowoPodstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej
Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 2 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2015. wykład 2 BAZY DANYCH. dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net.
BIOINFORMATYKA edycja 2015 wykład 2 BAZY DANYCH dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net slajd 1 Tło: mioglobina Myoglobin was the first protein visualized in three
Bardziej szczegółowoMożliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii
Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Transgeneza - genetycznie zmodyfikowane oraganizmy 2. Medycyna i ochrona zdrowia 3. Genomika poznawanie genomów Przełom XX i
Bardziej szczegółowoBIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 4 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2 GENOMY I ICH ADNOTACJE
Bardziej szczegółowoĆwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online
Techniki molekularne ćw. 5 1 z 13 Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online I. Zasoby NCBI Strona: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ stanowi punkt startowy dla eksploracji
Bardziej szczegółowoPodstawy bioinformatyki dla biotechnologów. plan. Od jakiego pułapu startujemy? Wykład 2. Definicja bioinformatyki
dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Wykład 2 plan Sprawy organizacyjne Definicje bioinformatyki Miejsce i dziedziny bioinformatyki Projekty bioinformatyczne Wykład 2 / 2 Od jakiego pułapu
Bardziej szczegółowoPolitechnika Wrocławska. BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA
BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Katedra Inżynierii Biomedycznej Konsultacje D1 pok. 115 Poniedziałek 10.00-12.00 Poniedziałek 15.00-17.00 Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Materiały: http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Rodzaje Mutacji
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu...
Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2010/2011 1 Orientacyjny plan wykładów 1. Przegląd baz danych, formaty danych
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5/6. Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST.
Ćwiczenie 5/6 Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST. Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Informacja genetyczna u
Bardziej szczegółowoHistoria Bioinformatyki
Historia Bioinformatyki 1859 Darwin i Wallace opublikowali O powstaniu gatunku 1865 Mendel eksperymentując z grochem, wykazuje, że cechy dziedziczą się w odrębnych jednostkach 1869 Meischer wyizolował
Bardziej szczegółowoDatabase resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk
Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych
Bardziej szczegółowoBazy danych i biologia
Bazy danych i biologia Biologiczne Aplikacje Baz Danych Politechnika Poznańska dr inż. Anna Leśniewska alesniewska@cs.put.poznan.pl Biological databases play a central role in bioinformatics. They offer
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do bioinformatyki
Metody bioinformatyki Wprowadzenie do bioinformatyki prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest bioinformatyka Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych
Bardziej szczegółowoInformatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa
Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Lech Poloński Mariusz Gąsior Informatyka medyczna Dział informatyki zajmujący się jej zastosowaniem w ochronie zdrowia (medycynie) Stymulacja rozwoju informatyki
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowoRozdział 1 Wprowadzenie do baz danych. (c) Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej 1
Rozdział 1 Wprowadzenie do baz danych 1 Model danych 2 Funkcje systemu zarządzania bazą danych Wymagania spójność bazy danych po awarii trwałość danych wielodostęp poufność danych wydajność rozproszenie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 12. Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania. Prof. dr hab. Roman Zieliński
Ćwiczenie 12 Diagnostyka molekularna. Poszukiwanie SNPs Odczytywanie danych z sekwencjonowania Prof. dr hab. Roman Zieliński 1. Diagnostyka molekularna 1.1. Pytania i zagadnienia 1.1.1. Jak definiujemy
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011. Krzysztof Pawłowski
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2010/2011 Krzysztof Pawłowski Wykład 5.X.2010 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie
Bardziej szczegółowoWSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19
WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Konspekt wykładu - wiosna 2018/19 Witold Dyrka 14 marca 2019 1 Wprowadzenie 1.1 Definicje bioinformatyki Według polskiej Wikipedii [1], Bioinformatyka interdyscyplinarna dziedzina
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI
ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI Podstawy Bioinformatyki lab 1 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 1 BIOINFORMATYKA Dr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 ul. Kożuchowska
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka
Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Michał Przyłuski
Bioinformatyka Michał Przyłuski Plan prezentacji Wstęp biologiczny Biologia molekularna genetyka Bioinformatyka Przykłady zastosowań: sekwencjonowanie mikromacierze filogenetyka Czemu wstęp biologiczny?
Bardziej szczegółowoZaoczne Liceum Ogólnokształcące Pegaz
WYMAGANIA EGZAMINACYJNE ROK SZKOLNY 2015/2016 Semestr jesienny TYP SZKOŁY: liceum ogólnokształcące PRZEDMIOT: biologia SEMESTR: II LICZBA GODZIN W SEMESTRZE: 15 PROGRAM NAUCZANIA: Program nauczania biologii
Bardziej szczegółowoCZĘŚĆ III OPISPRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA (OPZ)
INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ im. Ludwika Hirszfelda Polska Akademia Nauk ul. Rudolfa Weigla 12, 53-114 Wrocław tel. / fax. (4871) 37-09-997, http://www.iitd.pan.wroc.pl NIP: 896-000-56-96;
Bardziej szczegółowoGeny i działania na nich
Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których
Bardziej szczegółowoGenerator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1
Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach
Bardziej szczegółowoEwolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz
Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowo"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."
"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu." Dr Kaja Milanowska Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii UAM VitaInSilica sp. z o.o. Warszawa, 9 lutego 2015 Dane biomedyczne 1)
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały i ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoRok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3. Kierunek: Inżynieria Biomedyczna Specjalność: Bionanotechnologie
Nazwa modułu: Genetyka molekularna Rok akademicki: 2014/2015 Kod: EIB-2-206-BN-s Punkty ECTS: 3 Wydział: Elektrotechniki, Automatyki, Informatyki i Inżynierii Biomedycznej Kierunek: Inżynieria Biomedyczna
Bardziej szczegółowoprzedmiotu Nazwa Wydział Nauk Medycznych i Nauk o Zdrowiu Kierunek jednolite studia magisterskie Profil kształcenia (studiów)
Kod przedmiotu UTH/WZ/O/Lek./B/ST7/I-II/3 Język wykładowy Nazwa przedmiotu Biologia medyczna Medical Biology polski Wersja przedmiotu druga Rok akademicki 2019/2020 Wydział Wydział Nauk Medycznych i Nauk
Bardziej szczegółowoBudowa kwasów nukleinowych
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 2. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa kwasów nukleinowych Kwasy nukleinowe (DA i RA) zbudowane są z nukleotydów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka
Bardziej szczegółowoKARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)
(pieczęć wydziału) KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu: Eksploracja danych w bioinformatyce 2. Kod przedmiotu: EksDaBio 3. Karta przedmiotu ważna od roku akademickiego: 2017/2018 4. Forma kształcenia:
Bardziej szczegółowoBUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO
BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Krzysztof Pawłowski. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013
Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013 Krzysztof Pawłowski Wykład 8.X.2012 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie
Bardziej szczegółowoZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka. 2-letnie studia II stopnia (magisterskie)
ZASTOSOWANIA FIZYKI W BIOLOGII I MEDYCYNIE Specjalność: Projektowanie molekularne i bioinformatyka 2-letnie studia II stopnia (magisterskie) 1. OGÓLNA CHARAKTERYSTYKA STUDIÓW Wieloskalowe metody molekularnego
Bardziej szczegółowoScenariusz lekcji biologii z wykorzystaniem metody CILIL Lekcja dla klasy IV technikum o rozszerzonym zakresie kształcenia
Scenariusz lekcji biologii z wykorzystaniem metody CILIL Lekcja dla klasy IV technikum o rozszerzonym zakresie kształcenia Temat lekcji: Budowa i funkcje DNA Cele lekcji: poznawcze w zakresie wiadomości
Bardziej szczegółowoBIOTECHNOLOGIA MEDYCZNA
BIOTECHNOLOGIA MEDYCZNA K WBT BT2 101 Genomika funkcjonalna 30 4 WBT BT350 In vivo veritas praktikum pracy ze zwierzętami laboratoryjnymi 60 4 Mechanisms of cell trafficking from leucocyte homing to WBT
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoAnalizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???
Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*
Bardziej szczegółowoTechniki biologii molekularnej Kod przedmiotu
Techniki biologii molekularnej - opis przedmiotu Informacje ogólne Nazwa przedmiotu Techniki biologii molekularnej Kod przedmiotu 13.9-WB-BMD-TBM-W-S14_pNadGenI2Q8V Wydział Kierunek Wydział Nauk Biologicznych
Bardziej szczegółowoPLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: GENETYKA SĄDOWA W ROKU 2019/2020. Nazwa modułu ECTS Semestr I Semestr II Liczba godzin z. teoretyczne
Załącznik nr 6 do uchwały nr 79/2018-2019 Senatu Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie z dnia 24 maja 2019 r. Symbol modułu PLAN STUDIÓW PODYPLOMOWYCH: GENETYKA SĄDOWA W ROKU 2019/2020 Nazwa modułu ECTS
Bardziej szczegółowoCHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1
CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA PROWADZĄCY: Dr Magda Mielczarek (biolog) Katedra Genetyki, pokój nr 21
Bardziej szczegółowoUchwała nr 85/2017 z dnia 30 maja 2017 r. Senatu Uniwersytetu Medycznego w Łodzi
Uchwała nr 85/2017 z dnia 30 maja 2017 r. Senatu Uniwersytetu Medycznego w Łodzi w sprawie potwierdzenia utworzenia na Wydziale Nauk Biomedycznych i Kształcenia Podyplomowego Uniwersytetu Medycznego w
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1
Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...
Bardziej szczegółowoPROGRAM RETROKONWERSJI ZDALNEJ
ul. Mołdawska 18, 61-614 Poznań tel. / fax. (-61) 656-44-10 adres do korespondencji: os. Stefana Batorego 13/27 60-969 POZNAÑ 60, skr. 40 PROGRAM RETROKONWERSJI ZDALNEJ dla systemów SOWA opracował zespół
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Formaty danych - GenBank
Bioinformatyka Wykład 4. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Formaty danych - GenBank Poco wprowadza się dane do komputerów? 1. żeby je pobrać 2. żeby coś odkryć
Bardziej szczegółowoWPROWADZENIE DO BAZ DANYCH
WPROWADZENIE DO BAZ DANYCH Pojęcie danych i baz danych Dane to wszystkie informacje jakie przechowujemy, aby w każdej chwili mieć do nich dostęp. Baza danych (data base) to uporządkowany zbiór danych z
Bardziej szczegółowoPrzybliżone algorytmy analizy ekspresji genów.
Przybliżone algorytmy analizy ekspresji genów. Opracowanie i implementacja algorytmu analizy danych uzyskanych z eksperymentu biologicznego. 20.06.04 Seminarium - SKISR 1 Wstęp. Dane wejściowe dla programu
Bardziej szczegółowoBAZY DANYCH. Co to jest baza danych. Przykłady baz danych. Z czego składa się baza danych. Rodzaje baz danych
BAZY DANYCH Co to jest baza danych Przykłady baz danych Z czego składa się baza danych Rodzaje baz danych CO TO JEST BAZA DANYCH Komputerowe bazy danych już od wielu lat ułatwiają człowiekowi pracę. Są
Bardziej szczegółowoUCHWAŁA Nr 31/2014 Senatu Uniwersytetu Wrocławskiego z dnia 26 marca 2014 r.
UCHWAŁA Nr 31/2014 Senatu Uniwersytetu Wrocławskiego z dnia 26 marca 2014 r. w sprawie utworzenia kierunku genetyka i biologia eksperymentalna - studia pierwszego stopnia oraz zmieniająca uchwałę w sprawie
Bardziej szczegółowoPLAN REALIZACJI MATERIAŁU NAUCZANIA Z INFORMATYKI II. Uczeń umie: Świadomie stosować się do zasad regulaminów (P).
PLAN REALIZACJI MATERIAŁU NAUCZANIA Z INFORMATYKI II DZIAŁ I: KOMPUTER W ŻYCIU CZŁOWIEKA. 1. Lekcja organizacyjna. Zapoznanie uczniów z wymaganiami edukacyjnymi i PSP. 2. Przykłady zastosowań komputerów
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH
PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH Magda Mielczarek Podstawy Bioinformatyki 1 Organizacja zajęć mgr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 magda.mielczarek@up.wroc.pl
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoWyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność
Wersja 1.05 Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 3: Wyszukiwanie w bazach sekwencji Przewidywanie genów Wydział Informatyki PB Marek Krętowski pokój 206 e-mail: m.kretowski@pb.edu.pl http://aragorn.pb.bialystok.pl/~mkret
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU Czy priony zawsze są szkodliwe? SPIS TREŚCI: Wprowadzenie. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. Karty pracy. 1.
Bardziej szczegółowoKażdy system GIS składa się z: - danych - sprzętu komputerowego - oprogramowania - twórców i użytkowników
System Informacji Geograficznej (GIS: ang. Geographic Information System) system informacyjny służący do wprowadzania, gromadzenia, przetwarzania oraz wizualizacji danych geograficznych. Najbardziej oczywistą
Bardziej szczegółowoRozkład materiału z biologii dla klasy III AD. 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17
Rozkład materiału z biologii dla klasy III AD zakres rozszerzony LO 7 godz / tyg rok szkolny 2016/17 Biologia na czasie 2 zakres rozszerzony nr dopuszczenia 564/2/2012 Biologia na czasie 3 zakres rozszerzony
Bardziej szczegółowoWykorzystanie standardów serii ISO 19100 oraz OGC dla potrzeb budowy infrastruktury danych przestrzennych
Wykorzystanie standardów serii ISO 19100 oraz OGC dla potrzeb budowy infrastruktury danych przestrzennych dr inż. Adam Iwaniak Infrastruktura Danych Przestrzennych w Polsce i Europie Seminarium, AR Wrocław
Bardziej szczegółowoWymagania edukacyjne
Rok szkolny 2018/2019 Wymagania edukacyjne Przedmiot Klasa Nauczyciel uczący Poziom biologia 1t Edyta Nowak podstawowy Ocena dopuszczająca Ocenę dopuszczającą otrzymuje uczeń, który: przyswoił treści konieczne,
Bardziej szczegółowoWIEDZA. wskazuje lokalizacje przebiegu procesów komórkowych
Załącznik nr 7 do zarządzenia nr 12 Rektora UJ z 15 lutego 2012 r. Opis zakładanych efektów kształcenia na studiach podyplomowych Nazwa studiów: Medycyna Molekularna w Praktyce Klinicznej Typ studiów:
Bardziej szczegółowowykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki
Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Wykład 5 Droga od genu do
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji.
Bioinformatyka Ocena wiarygodności dopasowania sekwencji www.michalbereta.pl Załóżmy, że mamy dwie sekwencje, które chcemy dopasować i dodatkowo ocenić wiarygodność tego dopasowania. Interesujące nas pytanie
Bardziej szczegółowoAnaliza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego. - część I -
pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego - część I - Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Plan wykładów --------------------------------------------------------
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowo