Bioinformatyczne bazy danych

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Bioinformatyczne bazy danych"

Transkrypt

1 Bioinformatyczne bazy danych

2 Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka jest nauką integrującą różne dziedziny wiedzy Gruca (2010)

3 Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka obejmuje technologie wykorzystujące komputery do przechowywania, pozyskiwania i rozpowszechniania danych dotyczących takich makrocząsteczek biologicznych jak DNA, RNA czy białka oraz do manipulowania tymi danymi. Luscombe i in. (2001) Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą: - rozwój metod obliczeniowych służących do badania struktury, funkcji i ewolucji genów, białek i całych genomów, - rozwój metod wykorzystywanych do zarządzania i analizy informacji biologicznej gromadzonej w toku badań genomicznych oraz badań prowadzonych z zastosowaniem wysokoprzepustowych technik eksperymentalnych. Higgs, Attwood (2005)

4 Trochę historii 1950 metoda sekwencjonowania białek metodą degradacji Edmana 1965 Zuckerkandl i Pauling Evolutionary divergence and convergence in proteins ; Molecules as documents of evolutionary history 1965 Margaret Dayhoff Atlas of Protein Sequence and Structure 1970 pierwsze użycie terminu bioinformatyka jako badanie procesów informacyjnych w systemach biologicznych 1970 opracowanie pierwszego algorytmu komputerowego do porównywania sekwencji białkowych (Needleman, Wunsch) 1971 PDB (Protein Data Base) baza krystalograficzna 1977 sekwencjonowanie DNA (Sanger, Maxam, Gilbert) 1977 sekwencja genomu bakteriofaga ΦX pierwszy pakiet programów komputerowych do analizy sekwencji DNA (Staden R. Sequence data handling by computer Nucleic Acids Res. 4, )

5 1979 Los Alamos Sequence Database 1981 EMBL Data Library (European Molecular Biology Laboratory) pierwsze centralne depozytorium sekwencji nukleotydowych 1982 GenBank druga publiczna baza danych sekwencji nukleotydowych 1984 DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 1984 PIR (Protein Information Resource) pierwsza publiczna baza danych sekwencji białkowych 1985 FASTP program do porównywania sekwencji białkowych 1988 FASTA program do porównywania sekwencji nukleotydowych 1988 Utworzenie NCBI (National Center for Biotechnology Information) 1990 udostępnienie narzędzia BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

6 Przełom XX i XXI wieku początek ery sekwencjonowania pełnych genomów 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae 1998 genom nicienia Caenorhabditis elegans 1999 genom muszki owocowej 2001 genom człowieka 2005 genom szympansa Program 1000 genomów (ilość wygenerowanych danych przekroczyła 4TB) Program genomów. Program genomów bakterii patogennych. Rozwój metagenomiki, która zajmuje się uzyskiwaniem i analizą sekwencji genomowych całych populacji a nie pojedynczych osobników. Mikrobiom przewodu pokarmowego człowieka prawie 568 miliardów par zasad.

7 Biologiczne Bazy Danych Baza danych to komputerowe archiwum wykorzystywane do przechowywania i organizowania danych w taki sposób, żeby zawarte w nich informacje można było w prosty sposób pobierać, wykorzystując różne kryteria wyszukiwania (Xiong, 2006). Trzy kategorie biologicznych baz danych: Pierwszorzędowe (pierwotne) Surowe dane biologiczne, archiwa sekwencji lub dane strukturalne wprowadzane do baz przez naukowców (GenBank, PDB) Drugorzędowe (wtórne) Informacje przetworzone komputerowo, lub poprawione ręcznie na podstawie oryginalnych informacji z pierwszorzędowych baz danych (SWISS-PROT, PIR, Ref-Seq) Specjalistyczne (Ribosomal Database Project, HIV Database, OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man)

8 Ile jest biologicznych baz danych? 2016 lista 1685 publicznych baz danych

9 Najnowsze bazy danych przykład specjalistycznych baz danych

10 Najnowsze bazy danych przykład specjalistycznych baz danych c.d.

11 Sekwencyjne Bazy Danych Bazy Sekwencji Białkowych 67,940,995 rekordów 22,761,818,136 aminokwasów TrEMBL Swiss-Prot

12

13 Sekwencyjne Bazy Danych Bazy Sekwencji Nukleotydowych GenBank

14 Dwa kluczowe źródła bioinformatyczne NCBi i EBI Metabazy: bazy danych kojarzące ze sobą rekordy z wielu typów baz

15 Uzyskiwanie danych z wielu baz poprzez system Entrez (Global Cross-database NCBI search)

16 Podstawowe informacje o ostatniej wersji GenBank Genetic Sequence Data Bank August NCBI-GenBank Flat File Release Distribution Release Notes 196,120,831 loci, 217,971,437,647 bases, from 196,120,831 reported sequences Uncompressed, the Release flat files require roughly 790 GB (sequence files only) Pierwsza upubliczniona wersja GenBank (Release 3; December 1982) zawierała 606 sekwencji o łącznej długości 680,338 zasad

17 Release 100, 15 April sequences, bases

18 GENBANK AND WGS STATISTICS GenBank WGS

19 GENBANK AND WGS STATISTICS GenBank WGS

20 Pułapki związane z korzystaniem z pierwotnych baz danych - nie można traktować danych sekwencyjnych jako absolutnie niezmiennych i ostatecznych - każda sekwencja w bazach jest wynikiem eksperymentu, czyli mniej lub bardziej dokładnego procesu sekwencjonowania (np. zanieczyszczone sekwencje pełnych genomów eukariotycznych sekwencjami pochodzenia bakteryjnego) - problem błędnych adnotacji (przypisywanie genom funkcji) - Na podstawie przeprowadzonych analiz porównawczych dla 37 modelowych rodzin różnych białek enzymatycznych, które zostały dokładnie scharakteryzowane metodami eksperymentalnymi, pokazano, że automatyczna adnotacja funkcjonalna dla sekwencji aminokwasowych tych enzymów, z wykorzystaniem wybranych baz danych, może być błędna nawet na poziomie kilkudziesięciu procent dla sekwencji białkowych w obrębie danej rodziny. - problem wysokiej redundancji (nadmiarowości) danych

21 Pułapki związane z korzystaniem z pierwotnych baz danych. Rozwiązanie problemów: RefSeq: drugorzędowa (wtórna) baza danych sekwencji -nieredundantna baza danych, w której połączono sekwencje identyczne z tych samych organizmów oraz fragmenty tej samej sekwencji w jeden rekord -sekwencje białkowe stworzone z jednej sekwencji DNA są ze sobą wyraźnie połączone jako powiązane rekordy -warianty sekwencji pochodzące z tego samego organizmu, charakteryzujące się bardzo niewielkimi różnicami, które mogą wynikać z błędów w sekwencjonowaniu traktuje się jako wyraźnie powiązane rekordy Xiong (2006)

22 Pułapki związane z korzystaniem z pierwotnych baz danych. Rozwiązanie problemów z błędną adnotacją: Gene Ontology (GO) Ontologia Genów -standaryzacja opisów funkcjonalnych białek -GO wykorzystuje sformalizowane słownictwo do opisu funkcji molekularnej, procesów biologicznych i komponentów komórkowych -w każdym zestawie informacji używa się niepowtarzalnego zbioru słownictwa Oksydaza cytochromu c Proces biologiczny transport elektronów Komponent komórkowy Funkcja molekularna wewnętrzna błona mitochondrium aktywność oksydoreduktazy działającej na grupę hemową donorów z tlenem jako akceptorem

23 RefSeq The NCBI Handbook (2012)

24 Analiza przykładowych rekordów bazy GenBank U49845 AF L00727 NM_ NC_

25 Podział sekwencji zgodnie z ich typem lub pochodzeniem Gruca (2010)

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki II BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH 1 Czym jest bioinformatyka? 2 Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie

Bardziej szczegółowo

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych Czym jest bioinformatyka? Bioinformatyka Bioinformatyka jest interdyscyplinarną dziedziną nauki obejmującą wykorzystanie metod obliczeniowych do badania

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI PODSTAWY BIOINFORMATYKI Prowadzący: JOANNA SZYDA ADRIAN DROśDś WSTĘP 1. Katedra Genetyki badania bioinformatyczne 2. Tematyka przedmiotu 3. Charakterystyka wykładów 4. Charakterystyka ćwiczeń 5. Informacje

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Bioinformatyka Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Bazy danych biologicznych Bazy danych sekwencji nukleotydowych Pierwotne bazy danych (ang. primary database) Wykorzystywane do zbierania

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Bioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka Wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Bazy danych Wykład 3, 2008 1 Niesekwencyjne BazyDanych bibliograficzne kliniczne ścieżek metabolicznych

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

Historia Bioinformatyki

Historia Bioinformatyki Historia Bioinformatyki 1859 Darwin i Wallace opublikowali O powstaniu gatunku 1865 Mendel eksperymentując z grochem, wykazuje, że cechy dziedziczą się w odrębnych jednostkach 1869 Meischer wyizolował

Bardziej szczegółowo

Bazy i modele danych

Bazy i modele danych Bazy i modele danych Przełom XX i XXI wieku to okres dynamicznego rozwoju programów sekwencjonowania genomów: 1995 genom Haemophilus influenzae 1997 genom E. coli 1997 genom drożdży S. cerevisiae 1998

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski

Bioinformatyka. Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski Bioinformatyka Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski tydzień temu Co to jest bioinformatyka Sekwencjonowanie genomów historia Metagenomika Wykład 2 spis treści

Bardziej szczegółowo

Kontakt.

Kontakt. BIOINFORMATYKA i BIOLOGIA OBLICZENIOWA Kontakt Małgorzata.Kotulska@pwr.edu.pl Katedra Inżynierii Biomedycznej WPPT http://www.kotulska-lab.pwr.wroc.pl/forstudents/ D1 pok. 115 Konsultacje : czwartek 17.05-18.55

Bardziej szczegółowo

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych... Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe

Bardziej szczegółowo

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej

Podstawy biologiczne - komórki. Podstawy biologiczne - cząsteczki. Model komórki eukariotycznej. Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 1: Podstawy bioinformatyki Wydział Informatyki PB Podstawy biologiczne - komórki Wszystkie organizmy zbudowane są z komórek komórka jest skomplikowanym systemem

Bardziej szczegółowo

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS Elementy składowe sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod Język Rodzaj Rok studiów /semestr

Bardziej szczegółowo

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii

Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii Możliwości współczesnej inżynierii genetycznej w obszarze biotechnologii 1. Technologia rekombinowanego DNA jest podstawą uzyskiwania genetycznie zmodyfikowanych organizmów 2. Medycyna i ochrona zdrowia

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyczne bazy danych - część 2. -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych

Bioinformatyczne bazy danych - część 2. -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych Bioinformatyczne bazy danych - część 2 -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych Numery dostępowe baz danych (accession number) to ciąg liter i cyfr służących jako etykieta identyfikująca sekwencję

Bardziej szczegółowo

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka Wstęp do obsługi biologicznych baz danych i analizy porównawczej białek i genów Katedra Fizjologii i Biotechnologii Roślin Pok. 113 CB jan.jastrzebski@uwm.edu.pl bioinformatyka@gmail.com www.ebiology.net

Bardziej szczegółowo

Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk

Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk Database resources of the National Center for Biotechnology Information Magdalena Malczyk NCBI NCBI = National Center for Biotechnology Information Założone w 1998 r. Cel: rozwijanie systemów informatycznych

Bardziej szczegółowo

10/9/2013. Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa. BIOINFORMATYKA Co to jest i po co? Czym będziemy zajmować się na kursie: Tematyka wykładu

10/9/2013. Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa. BIOINFORMATYKA Co to jest i po co? Czym będziemy zajmować się na kursie: Tematyka wykładu Bioinformatyka i Biologia Obliczeniowa Małgorzata.Kotulska@pwr.wroc.pl Instytut InŜynierii Biomedycznej i Pomiarowej D1 pok. 115 Konsultacje: czwartek: godz. 9-11 wtorek 9-11 (preferowane info emailowe

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu...

Bioinformatyka. z sylabusu... Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2010/2011 1 Orientacyjny plan wykładów 1. Przegląd baz danych, formaty danych

Bardziej szczegółowo

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji

Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online

Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online Techniki molekularne ćw. 5 1 z 13 Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online I. Zasoby NCBI Strona: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ stanowi punkt startowy dla eksploracji

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem

Bardziej szczegółowo

Rozdział 1 Wprowadzenie do baz danych. (c) Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej 1

Rozdział 1 Wprowadzenie do baz danych. (c) Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej 1 Rozdział 1 Wprowadzenie do baz danych 1 Model danych 2 Funkcje systemu zarządzania bazą danych Wymagania spójność bazy danych po awarii trwałość danych wielodostęp poufność danych wydajność rozproszenie

Bardziej szczegółowo

Nowoczesne systemy ekspresji genów

Nowoczesne systemy ekspresji genów Nowoczesne systemy ekspresji genów Ekspresja genów w organizmach żywych GEN - pojęcia podstawowe promotor sekwencja kodująca RNA terminator gen Gen - odcinek DNA zawierający zakodowaną informację wystarczającą

Bardziej szczegółowo

Od jakiego pułapu startujemy? matematyka

Od jakiego pułapu startujemy? matematyka dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Od jakiego pułapu startujemy? Zakładamy, że te pojęcia są w małym palcu: DNA, RNA struktura, funkcje, rodzaje Genom Białka struktury, funkcje, rodzaje,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm

Bardziej szczegółowo

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1

Generator testów 1.3.1 Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 / 0 Strona: 1 Przedmiot: Bioinformatyka Nazwa testu: Bioinformatyka_zdalne wer. 1.0.13 Nr testu 0 Klasa: WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Model Markowa substytucji aminokwasów w mutagenezie białek zakłada...

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do bioinformatyki

Wprowadzenie do bioinformatyki Metody bioinformatyki Wprowadzenie do bioinformatyki prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest bioinformatyka Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych

Bardziej szczegółowo

Podstawy bioinformatyki dla biotechnologów. plan. Od jakiego pułapu startujemy? Wykład 2. Definicja bioinformatyki

Podstawy bioinformatyki dla biotechnologów. plan. Od jakiego pułapu startujemy? Wykład 2. Definicja bioinformatyki dla biotechnologów Wykład 2 Definicja bioinformatyki Wykład 2 plan Sprawy organizacyjne Definicje bioinformatyki Miejsce i dziedziny bioinformatyki Projekty bioinformatyczne Wykład 2 / 2 Od jakiego pułapu

Bardziej szczegółowo

Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1

Generator testów Bioinformatyka wer / 0 Strona: 1 Przedmiot: Nazwa przedmiotu Nazwa testu: Bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 0 Klasa: V zaoczne WNB UZ Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Analiza porównawcza białek zwykle zaczyna się na badaniach

Bardziej szczegółowo

ISBN 978-83-89244-90-1

ISBN 978-83-89244-90-1 ISBN 978-83-89244-90-1 9 788389 244901 Notka biograficzna Aleksandra Gruca jest inżynierem, bioinformatykiem. Od początku swojej pracy naukowej koncentruje się na zagadnieniach związanych z zastosowaniem

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH

PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH PODSTAWY BIOINFORMATYKI ORGANIZACJA ZAJĘĆ BIOINFORMATYKA PRZETWARZANIE I ANALIZA DANYCH Magda Mielczarek Podstawy Bioinformatyki 1 Organizacja zajęć mgr Magda Mielczarek Katedra Genetyki, pokój nr 14 magda.mielczarek@up.wroc.pl

Bardziej szczegółowo

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania

Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Metody dopasowywania sekwencji. Homologia a podobieństwo sekwencji. Rodzaje dopasowania Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 2: Metody dopasowywania sekwencji Wydział Informatyki PB Dopasowywanie sekwencji (ang. sequence alignment) Dopasowywanie (przyrównywanie) sekwencji polega

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Wykład 10 2008-04-30. Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM Bioinformatyka Wykład 9 E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas 1 Konsekwencje zestawieo wielu sekwencji - rodziny białkowe, domeny, motywy i wzorce 2 Bioinformatyka,

Bardziej szczegółowo

Sekwencjonowanie, przewidywanie genów

Sekwencjonowanie, przewidywanie genów Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Sekwencjonowanie, przewidywanie genów 1. Technologie sekwencjonowania Genomem nazywamy sekwencję

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów

Bardziej szczegółowo

Politechnika Śląska. Wydział, Automatyki, Elektroniki i Informatyki

Politechnika Śląska. Wydział, Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechnika Śląska Wydział, Automatyki, Elektroniki i Informatyki Wybrane bazy danych adnotacji funkcjonalnych charakterystyka, opis, analiza jako struktury i powiązań. Analiza jakości oraz popularności

Bardziej szczegółowo

Wprowadzenie do biologii molekularnej.

Wprowadzenie do biologii molekularnej. Wprowadzenie do biologii molekularnej. Materiały dydaktyczne współfinansowane ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego. Biologia molekularna zajmuje się badaniem biologicznych

Bardziej szczegółowo

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz

Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka. Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Ewolucja molekularna człowieka okiem bioinformatyka Justyna Wojtczak Jarosław Jeleniewicz Informatyka w biologii - bioinformatyka Jest to szeroka dziedzina zajmująca się tworzeniem zaawansowanych baz danych,

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Krzysztof Pawłowski. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013

Bioinformatyka. Krzysztof Pawłowski. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013 Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2012 / 2013 Krzysztof Pawłowski Wykład 8.X.2012 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Zastosowanie bioinformatyki: sekwencjonowanie

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Michał Przyłuski

Bioinformatyka. Michał Przyłuski Bioinformatyka Michał Przyłuski Plan prezentacji Wstęp biologiczny Biologia molekularna genetyka Bioinformatyka Przykłady zastosowań: sekwencjonowanie mikromacierze filogenetyka Czemu wstęp biologiczny?

Bardziej szczegółowo

Samouczek: Konstruujemy drzewo

Samouczek: Konstruujemy drzewo ROZDZIAŁ 2 Samouczek: Konstruujemy drzewo Po co nam drzewa filogenetyczne? Drzewa filogenetyczne często pojawiają się dzisiaj w pracach z dziedziny biologii molekularnej, które nie mają związku z filogenetyką

Bardziej szczegółowo

Zadania bioinformatyki

Zadania bioinformatyki BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 1 Zadania bioinformatyki dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Bioinformatyka w praktyce IIMK UJ Bioinformatyka, wykład 1

Bardziej szczegółowo

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012

Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia

Bardziej szczegółowo

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału) (pieczęć wydziału) KARTA PRZEDMIOTU 1. Nazwa przedmiotu: Eksploracja danych w bioinformatyce 2. Kod przedmiotu: EksDaBio 3. Karta przedmiotu ważna od roku akademickiego: 2017/2018 4. Forma kształcenia:

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

Bazy danych i R/Bioconductor

Bazy danych i R/Bioconductor Bazy danych i R/Bioconductor Praca z pakietem biomart Zagadnienia RStudio Oprogramowanie BioMart Pakiet biomart wprowadzenie funkcje biomart przykładowe zastosowania RStudio RStudio http://www.rstudio.com/

Bardziej szczegółowo

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność

Wyszukiwanie podobnych sekwencji w bazach danych. Wyszukiwanie w sekwencji nukleotydów czy aminokwasów? Czułość i selektywność Wersja 1.05 Wprowadzenie do Informatyki Biomedycznej Wykład 3: Wyszukiwanie w bazach sekwencji Przewidywanie genów Wydział Informatyki PB Marek Krętowski pokój 206 e-mail: m.kretowski@pb.edu.pl http://aragorn.pb.bialystok.pl/~mkret

Bardziej szczegółowo

"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."

Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu. "Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu." Dr Kaja Milanowska Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii UAM VitaInSilica sp. z o.o. Warszawa, 9 lutego 2015 Dane biomedyczne 1)

Bardziej szczegółowo

Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego. - część I -

Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego. - część I - pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego - część I - Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Plan wykładów --------------------------------------------------------

Bardziej szczegółowo

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących Narzędzia ułatwiające identyfikację właściwych genów GLIMMER TaxPlot Narzędzia ułatwiające amplifikację tych genów techniki PCR Primer3, Primer3plus PrimerBLAST Reverse Complement Narzędzia ułatwiające

Bardziej szczegółowo

Drożdże piekarskie jako organizm modelowy w genetyce

Drożdże piekarskie jako organizm modelowy w genetyce Drożdże piekarskie jako organizm modelowy w genetyce W dobie nowoczesnych, szybko rozwijających się metod sekwencjonowania DNA, naukowcy bez problemu potrafią zidentyfikować kolejność par nukleotydowych

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.

Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka wykład 3.I.2008

Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur

Bardziej szczegółowo

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych???

Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Analizy DNA in silico - czyli czego można szukać i co można znaleźć w sekwencjach nukleotydowych??? Alfabet kwasów nukleinowych jest stosunkowo ubogi!!! Dla sekwencji DNA (RNA) stosuje się zasadniczo*

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2015. wykład 2 BAZY DANYCH. dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net.

BIOINFORMATYKA. edycja 2015. wykład 2 BAZY DANYCH. dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net. BIOINFORMATYKA edycja 2015 wykład 2 BAZY DANYCH dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net slajd 1 Tło: mioglobina Myoglobin was the first protein visualized in three

Bardziej szczegółowo

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),

Bardziej szczegółowo

Przewidywanie struktur białek

Przewidywanie struktur białek Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. Gromadzenie informacji:

BIOINFORMATYKA. Gromadzenie informacji: BIOINFORMATYKA Gromadzenie informacji: Literatura naukowa, Sekwencje DNA, RNA, białek, charakterystyczne motywy, Inne cząsteczki biologiczne, Struktury, Interakcje białek, Profile ekspresji, Szlaki biochemiczne,

Bardziej szczegółowo

Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa

Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Informatyka w medycynie Punkt widzenia kardiologa Lech Poloński Mariusz Gąsior Informatyka medyczna Dział informatyki zajmujący się jej zastosowaniem w ochronie zdrowia (medycynie) Stymulacja rozwoju informatyki

Bardziej szczegółowo

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany

Dr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany 1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy

Bardziej szczegółowo

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki

wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Genetyka ogólna wykład dla studentów II roku biotechnologii Andrzej Wierzbicki Uniwersytet Warszawski Wydział Biologii andw@ibb.waw.pl http://arete.ibb.waw.pl/private/genetyka/ Budowa rybosomu Translacja

Bardziej szczegółowo

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI JOANNA SZYDA MAGDALENA FRĄSZCZAK MAGDA MIELCZAREK WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka

Bardziej szczegółowo

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów

Zawartość. Wstęp 1. Historia wirusologii. 2. Klasyfikacja wirusów Zawartość 139585 Wstęp 1. Historia wirusologii 2. Klasyfikacja wirusów 3. Struktura cząstek wirusowych 3.1. Metody określania struktury cząstek wirusowych 3.2. Budowa cząstek wirusowych o strukturze helikalnej

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu

Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu Bioinformatyka 2 (BT172) Wykład 1 Struktura i organizacja kursu dr Krzysztof Murzyn adiunkt w Zakładzie Biofizyki WBtUJ pok. B028, tel. 664-6379 10.X.2005 PODSTAWOWE INFORMACJE 9 godz. wykładów (45 min,

Bardziej szczegółowo

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki

SYLABUS. Wydział Biologiczno-Rolniczy. Katedra Biochemii i Biologii Komórki SYLABUS 1.1. PODSTAWOWE INFORMACJE O PRZEDMIOCIE/MODULE Nazwa przedmiotu/ modułu Biologia molekularna z elementami inżynierii genetycznej Kod przedmiotu/ modułu* Wydział (nazwa jednostki prowadzącej kierunek)

Bardziej szczegółowo

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych

Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Specjalność (studia II stopnia) Oczyszczanie i analiza produktów biotechnologicznych Studia magisterskie przedmioty specjalizacyjne Bioinformatyka w analizie genomu Diagnostyka molekularna Elementy biosyntezy

Bardziej szczegółowo

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna Przedmowa...................................................... 1 1. Rewolucja informatyczna w naukach biomedycznych...........................

Bardziej szczegółowo

EKSPLORACJA DANYCH GENETYCZNYCH BAZY GENBANK Z WYKORZYSTANIEM USŁUG SIECIOWYCH

EKSPLORACJA DANYCH GENETYCZNYCH BAZY GENBANK Z WYKORZYSTANIEM USŁUG SIECIOWYCH STUDIA INFORMATICA 2011 Volume 32 Number 3B (99) Artur SIĄŻNIK, Bożena MAŁYSIAK-MROZEK, Dariusz MROZEK Politechnika Śląska, Instytut Informatyki EKSPLORACJA DANYCH GENETYCZNYCH BAZY GENBANK Z WYKORZYSTANIEM

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP PODSTAWY BIOINFORMATYKI 11 BAZA DANYCH HAPMAP WSTĘP 1. SNP 2. haplotyp 3. równowaga sprzężeń 4. zawartość bazy HapMap 5. przykłady zastosowań Copyright 2013, Joanna Szyda HAPMAP BAZA DANYCH HAPMAP - haplotypy

Bardziej szczegółowo

RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych

RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych Joanna Wiśniewska Promotor: dr inż. P. Łukasiak Spis treści 1. Zakres pracy magisterskiej 2. Struktura białka 3. Struktura kwasów nukleionowych

Bardziej szczegółowo

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk

Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Formaty danych - GenBank

Bioinformatyka. Formaty danych - GenBank Bioinformatyka Wykład 4. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Formaty danych - GenBank Poco wprowadza się dane do komputerów? 1. żeby je pobrać 2. żeby coś odkryć

Bardziej szczegółowo

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański

BIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury

Bardziej szczegółowo

PODSTAWOWE POJĘCIA BAZ DANYCH

PODSTAWOWE POJĘCIA BAZ DANYCH Baza danych (data base) - uporządkowany zbiór danych o określonej strukturze, przechowywany na nośniku informacji w komputerze. System bazy danych można zdefiniować jako bazę danych wraz z oprogramowaniem

Bardziej szczegółowo

Entrez, wyszukiwarka dla nauk przyrodniczych: globalna kwerenda

Entrez, wyszukiwarka dla nauk przyrodniczych: globalna kwerenda Pomoc Entrez Entrez skupia literaturę naukową, bazy danych DNA i sekwencji białkowych, informacje o strukturach 3D oraz domenach białek, zbiory danych o badaniach na temat populacji, informacje o ekspresji,

Bardziej szczegółowo

Sesja sponsorowana przez Polską Sieć Biologii Molekularnej SESJA 1 ORGANIZACJA MATERIAŁU GENETYCZNEGO WYKŁADY

Sesja sponsorowana przez Polską Sieć Biologii Molekularnej SESJA 1 ORGANIZACJA MATERIAŁU GENETYCZNEGO WYKŁADY Sesja sponsorowana przez Polską Sieć Biologii Molekularnej SESJA 1 ORGANIZACJA MATERIAŁU GENETYCZNEGO WYKŁADY 12 SESJA 1 WYKŁADY W01-01 ORGANIZACJA GENOMU BAKTERIOFAGA P1, IMPLIKACJE DLA PROCESU PROPAGACJI

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I PODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I PROJEKTY POZNANIA INNYCH GENOMÓW 1 400 2009 2010 1 200 2011 2012 1 000 800 600 400 200 986 1153 1285 914 954 717 759 757 251 254 889 0 23 ukończone

Bardziej szczegółowo

Program sesji sprawozdawczej Warszawa, 27-29.10.2010 Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk. 27.10.2010 środa.

Program sesji sprawozdawczej Warszawa, 27-29.10.2010 Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk. 27.10.2010 środa. 27.10.2010 środa 09:00 otwarcie sesji sprawozdawczej Prowadzenie obrad: Prof. Wojciech Bal 09:10 10:30 Wielkoskalowe projekty naukowo-badawcze 1 10:30 10:50 przerwa na kawę 10:50 11:05 Laboratorium Medycyny

Bardziej szczegółowo

9. Metody dydaktyczne 10. Podstawowe informacje i zaliczone kursy z genetyki i biologii molekularnej oraz dobra znajom angielskiego.

9. Metody dydaktyczne 10. Podstawowe informacje i zaliczone kursy z genetyki i biologii molekularnej oraz dobra znajom angielskiego. Lp. Opis sylabusu 1. Nazwa przedmiotu Bioinformatyka i genomika 3. Kod przedmiotu BioGenom1 5. - - 6. Typ przedmiotu 7. Rok studiów, semestr Studia II stopnia, semestr I 8. 9. Metody dydaktyczne 10. Podstawowe

Bardziej szczegółowo

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński

MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,

Bardziej szczegółowo

Architektura dużych projekty bioinformatycznch

Architektura dużych projekty bioinformatycznch Architektura dużych projekty bioinformatycznch Treści kształcenia: Konwersja formatów w bioinformatyce. Metadane, ontologie, schematy baz danych. Chado vs. BioSQL oraz przegląd narzędzi w ramach projektu

Bardziej szczegółowo

Co można odczytać z sekwencji nukleotydowej? Bioinformatyka na przykładzie ryb akwariowych. Piotr Łapa 1

Co można odczytać z sekwencji nukleotydowej? Bioinformatyka na przykładzie ryb akwariowych. Piotr Łapa 1 Co można odczytać z sekwencji nukleotydowej? Bioinformatyka na przykładzie ryb akwariowych Piotr Łapa 1 1 Towarzystwo Naukowe Branży Zoologicznej Animalian Wiek XX był okresem dynamicznego postępu techniki

Bardziej szczegółowo

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II

października 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II 10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona

Bardziej szczegółowo

Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści

Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, Spis treści Chemia bionieorganiczna / Rosette M. Roat-Malone ; red. nauk. Barbara Becker. Warszawa, 2010 Spis treści Przedmowa IX 1. WYBRANE ZAGADNIENIA CHEMII NIEORGANICZNEJ 1 1.1. Wprowadzenie 1 1.2. Niezbędne pierwiastki

Bardziej szczegółowo

DNA. Wykorzystanie baz danych w biotechnologii. Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin

DNA. Wykorzystanie baz danych w biotechnologii. Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin Wykorzystanie baz danych w biotechnologii Dr hab. Marcin Filipecki Katedra Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roślin DNA Każdy żywy organizm składa się z komórek, a każda komórka ma jądro. Wikipedia (http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/00/

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w mikrobiologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w mikrobiologii A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Rodzaj Rok studiów

Bardziej szczegółowo

Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne

Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne Techniki molekularne w biologii SYLABUS A. Informacje ogólne Elementy sylabusu Nazwa jednostki prowadzącej kierunek Nazwa kierunku studiów Poziom kształcenia Profil studiów Forma studiów Kod przedmiotu

Bardziej szczegółowo

Przyrównywanie sekwencji

Przyrównywanie sekwencji Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Przyrównywanie sekwencji 1. Porównywanie sekwencji wprowadzenie Sekwencje porównujemy po to, aby

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW PROJEKTY POZNANIA INNYCH GENOMÓW 300 250 Seria 1 251 254 200 150 100 50 0 23 ukończone w trakcie scalania w trakcie realizacji SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. z sylabusu...

Bioinformatyka. z sylabusu... Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2008 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii informacji do

Bardziej szczegółowo

Geny i działania na nich

Geny i działania na nich Metody bioinformatyki Geny i działania na nich prof. dr hab. Jan Mulawka Trzy królestwa w biologii Prokaryota organizmy, których komórki nie zawierają jądra, np. bakterie Eukaryota - organizmy, których

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008. Krzysztof Pawłowski

Bioinformatyka. wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008. Krzysztof Pawłowski Bioinformatyka wykłady dla I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) 2007/2008 Krzysztof Pawłowski Wykład 4.X.2007 Co to jest bioinformatyka? Program wykładów Sekwencjonowanie DNA Sekwencjonowanie genomów

Bardziej szczegółowo

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das

na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyczne bazy danych poziomy opisu funkcjonowania organizmów

Bioinformatyczne bazy danych poziomy opisu funkcjonowania organizmów Rozdział 12 Bioinformatyczne bazy danych poziomy opisu funkcjonowania organizmów Streszczenie. Bioinformatyczne bazy danych to zbiory, w których zawarte są dane o charakterze biologicznym dotyczące różnych

Bardziej szczegółowo