4.1 Hierarchiczna budowa białek
|
|
- Ewa Jóźwiak
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek Struktura pierwszorzędowa Struktura drugorzędowa Struktura trzeciorzędowa Rodzaje oddziaływań stabilizujących strukturę Struktura czwartorzędowa ierarchiczna budowa białek Struktura pierwszorzędowa Łańcuch polipeptydowy Strukturę jaką posiada natywne białko opisuje się w sposób hierarchiczny Struktura I-rzędowa: kolejność, sekwencja aminokwasów w łańcuchu (skład i kolejność kolejność decydują strukturze i funkcji) Podstawowa (pierwotna) informacja o białku zawarta jest w jego sekwencji, czyli kolejności aminokwasów w łańcuchu. Skład i kolejność aminokwasów odpowiadają za późniejszą funkcje i strukturę przestrzenną. To znaczy, że łańcuch polipeptydowy o określonej sekwencji w naturalnych warunkach utworzy zawsze taką samą cząsteczkę. Ten poziom opisu budowy nazywany jest strukturą I-rzędową białka, liniową lub jednowymiarową. Aminowasy połaczone są wiązaniem peptydowym w ustalonej kolejności. Sekwencję aminokwasową odczytuje sie zawsze od tzw. N-końca (wolna grupa aminowa) w kierunku-konca (wolna grupa karbosylowa (Rysunek) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 51
2 Rysunek. Łańcuch polipeptydowy i jego zapis w kodzie 3 i 1-literowym Wiązanie peptydowe Aminokwasy łączą się w łańcuchy polipeptydowe. wiązanie peptydowe N α N α + 3 N α N - Rysunek Powstawanie wiązania peptydowego między dwoma cząsteczkami glicyny. - α - Łańcuch aminokwasów: 2-10 oligopeptyd, polipeptyd, powyżej 100 reszt aminokwasowych białko. W nazwie oligopeptydów umieszcza się czasem przedrostek określający liczbę merów (di-, tri, tetra-, itd.), lub cyfrę arabską (2-, 3-, 4-, itd.) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 52
3 1.0 Å 1.23 Å a) b) R N α N α N R 3 α N α R 2 R 4 - N- koniec - koniec Rysunek. a) 4-Alanina lub tetra-alanina, czyli łańcuch peptydowy złożony z czterech alanin., b) tetrapeptyd o sekwencji R 1 R 2 R 3 R 4, R i oznacza dowolną resztę aminokwasową. kąty walencyjne i długości wiązań R 2 N o o o o N o o R o Struktura drugorzędowa Struktura II- rzędowa białka dotyczy ułożenia w przestrzeni poszczególnych sąsiadujących ze sobą w sekwencji aminokwasów, zdefiniowana za pomocą trzech katów torsyjnych: φ,ψ i ω. Naturalnie skręcony lub rozciągnięty łańcuch białkowy tworzy regularne formy: helisy i β-struktury (struktury Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 53
4 pofałdowanej kartki, β-arkusze), zwroty, oraz nieregularne pętle. Struktura stabilizowana jest głównie przez wiązania wodorowe. ztery atomy biorące udział w wiązaniu peptydowym (- α --N- α -) leżą zawsze w jednej płaszczyźnie. Kąt torsyjny ω (kąt obrotu) wokół tego wiązania wynosi ~180 o, utrzymując konformację TRANS. Pozostałe kąty φ (-N- α --N-) i ψ (--N- α --) mogą przyjmować różne wartości z określonych przedziałów (patrz Tabelka, i wykres Ramachandrana) Kąty torsyjne Kąt torsyjny jest to kąt obrotu wokół wiązania 2-3 w łańcuchu utworzonym przez cztery połączone ze sobą atomy W widoku wzdłuż wiązania 2-3, wiązanie 1-2 obraca się względem wiązania 3-4 (Rysunek). Zgodnie z przyjętą konwencją (Klyne&Prelog, 1960) [Klyne, W. and Prelog, V Description of steric relationships across single bonds. Experientia 16: ] A B D A B D Rysunek. Definicja kąta torsyjnego brót wokół wiązania opisany może zostać również za pomocą wartości kąta dwuściennego (dihedral angle). Analogicznie jak w przypadku kąta torsyjnego kąt dwuścienny definiuje się w oparciu u cztery atomy. Trzy pierwsze (-A-B--) wyznaczają jedną płaszczyznę, druga płaszczyzna wyznaczona jest przez atomy (-B--D-). Wiązanie między atomem B i pokrywa się z linią przecięcia płaszczyzn, a kąt dwuścienny to kąt między tymi płaszczyznami. Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 54
5 R 2 ω=180 o N 3 + N R 1 Rysunek. Kąt torsyjny ω=180 o, konformacja TRANS. Przestrzenne ułożenie łańcucha może zostać opisane za pomocą kątów torsyjnych φ i ψ. Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 55
6 Elementy struktury II-rzędowej helisy: prawoskrętna α helisa 3 10 helisa π helisa helisa φ ψ ω reszt aminkwasowych na skręt przesunięcie na resztę (Å) wiązania wodorowe α helisa ,6 1,5 i helisa ,0 2,0 i+3 π helisa ,4 1,2 i+5 α - helisa helisa π - helisa (22-reszty aminokwasowe) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 56
7 beta-harmonijki, (β-kartki, struktury pofałdowanej kartki β-harmonijki): równoległe antyrównoległe mieszane harmonijka φ ψ ω reszt na skręt równoległa ,2 antyrównoległa ,4 przesunięcie na resztę β-struktura równoległa (fragment: 1o94.pdb) β-struktura antyrównoległa (fragment profiliny: 1QA.pdb) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 57
8 Wykres Ramachandrana Wykres Ramachandrana dla białka Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 58
9 β - harmonijka równoległa β - harmonijka antyrównoległa α -helisa helisa π -helisa φ Łamacze i wzmacniacze Struktura Wazmacniacze Łamacze α -helisa MLEA PGYTS β - harmonijka równoległa VIFMLY PGDEANSK β - harmonijka antyrównoległa QTRW kłębek i zwrot GPDNSY, naładowane ψ dla β harmonijki Wiązania wodorowe dla α - helisy Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 59
10 Wiązania wodorowe dla zwrotu (skrętu, β-turn) Struktura trzeciorzędowa Przestrzenne ułożenie elementów struktury II-rzędowej pojedynczego łańcucha Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 60
11 Rysunek. Struktura III-rzedowa białka EF (E.coli) na podstawie współrzędnych z 1ETU.pdb, żółte strzałki betastuktury, czerwone spirale alfa-helisy, zielone atomy należą do dwufosforamu guanozyny Klasyfikacja struktur białkowych (do uzupełnienia) AT - AT Protein Structure lassification SP - The Structural lassification of Proteins Domeny, motywy, rodziny, superrodziny domeny - odrębne strukturalnie fragmenty białek Domeny, motywy, rodziny, superrodziny motywy strukturalne - struktury naddrugorzędowe: motyw all-α Domeny, motywy, rodziny, superrodziny motywy strukturalne - struktury naddrugorzędowe: motyw all-β Rodzina - homologi Rodziny Rodzaje oddziaływań stabilizujących strukturę oddziaływania wodorowe oddziaływania hydrofobowe oddziaływania van der Waalsa Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 61
12 mostki dwu-siarczkowe mostki solne Wiązanie wodorowe Wiązania wodorowe oddz. elektrostatyczne między dwoma względnie elektroujemnymi atomami energia: 4-13 kj/mol (energia wiązań kowalencyjnych: 418 kj/mol) Wiązanie wodorowe Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 62
13 ddziaływania hydrofobowe ddziaływania hydrofobowe -spontaniczne zwijanie białek Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 63
14 ddziaływania van der Waalsa ładunek - dipol dipol - dipol dyspersja (indukowane dipole) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 64
15 Mostek dwu-siarczkowy YS6 YS11 2 -S-S- 2 Rysunek. Fragment łańcucha A (5-13) insuliny świńskiej (sus scorfa, PDB ID:1ZNI) łańcuch A S S łańcuch B GIVEQTSISLYQLENYN łańcuch B S S FVNQLGSLVEALYLVGERGFFYTP K Rysunek. Sekwencja i struktura insuliny świńskiej S S łańcuch A Białka rozpuszczalne w wodzie, zawsze tworzą upakowane, globularne struktury z hydrofobowym, niepolarnym rdzeniem i hydrofilową powierzchnią. Struktura stabilizowana jest wieloma oddziaływaniami: wiązaniami wodorowymi, mostakami dwusiarczkowymi, mostkami solnymi, oddziaływaniami hydrofobowymi itd. Białka proste składają się wyłącznie z aminokwasów, białka złożone posiadają niebiałkowa grupę prostetyczna (pomocniczą), niezbędną do pełnego funkcjonowania białka. (Atomy grup protetycznych np. hem, lub inne np. cząsteczki wody nie należące do białka, ale związane z jego strukturą, definiowane są w plikach PDB jako heteroatomy) Wiedza o strukturze przestrzennej białek i kwasów nukleinowych począwszy od budowy na poziome II-rzędowym rozwinęła się znacząco wraz z narodzinami krystalografii rentgenowskiej (rozwiązanie struktury mioglobiny przez Maxa Perutza i Johna owdery Kendrewa w 1958, Nobel) i spektroskopii Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 65
16 NMR. Dopiero wówczas możliwe było zweryfikowanie hipotez dotyczących pofałdowania białek i kwasów nukleinowych. bie metody dostarczają informacji o strukturze cząsteczek na poziome atomowym, to znaczy w postaci współrzędnych atomów w przestrzeni 3D. Pliki z zapisem struktury w takiej postaci w formacie PDB przechowywane są w ProteinDataBank [...] bie techniki rozwiązywania struktur mają zarówno wady jaki i zalety, które znajdują swoje odzwierciedlenie w jakości deponowanych danych. Technika spektroskopii NMR ograniczona jest na razie do białek nie większych niż 40kDa. Ponadto obserwacje nie dotyczą pojedynczej cząsteczki, ale zbioru cząsteczek w roztworze, zatem otrzymany wynik jest pewnego rodzaju średnią struktur jakie może przyjmować cząsteczka. Tak więc na podstawie analizy widma NMR otrzymuje się rodzinę nieznacznie różniących się od siebie konformacji przyjmowanych przez białko. (Rys) Różnice między modelami wynikają z braku precyzji danych eksperymentalnych oraz z wewnętrznej dynamiki białka. Rys. Rodzina 10 struktur heksameru insuliny otrzymana dzięki spektroskopii NMR (1ai0.PDB). Problemy krystalografii rentgenowskiej dotyczą głównie pozyskiwania wysokiej jakości kryształów. Nie wszystkie białka udaje się skrystalizować i też nie wszystkie kryształy nadają się do badań. Analiza wyników pochodzących z dyfrakcji na niedoskonałych kryształach jest utrudniona. Jakość rozwiązania struktury (rozdzielczość) określa się w Angstremach (Å). Najlepsza rozdzielczość struktur większości białek wynosi na ogół 2 Å. Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 66
17 Nie jest to jednak gwarancja, że wszystkie atomu zostały poprawnie zlokalizowane. zęsto zdarza się, ze gorzej zlokalizowane atomy, aminokwasy, lub całe fragmenty białka nie są umieszczone w pliku PDB Struktura czwartorzędowa Przestrzenne ułożenie dwóch lub więcej łańcuchów polipeptydowych tworzących natywną cząsteczkę białka Struktura IV rzędowa opisuje przestrzenne ułożenie podjednostek białkowych. Każda podjednostka jest odrębnym łańcuchem białkowy wchodzący w skład funkcjonalnego białka. Białka mogą mieć strukturę monomeryczną (jednodomenową), ale często spotyka się białka złożone z wielu podjednostek. W najprostszym przypadku jest homodimer złożony z dwóch identycznych łańcuchów. emoglobina transportująca tlen w organizmie jest tertramerem o budowie α 2 β 2 (Rys.) Rys. Dimer αβ i tetramer α 2 β 2 hemoglobiny na przykładzie 1G0B.pdb Jeszcze ciekawszym przykładem struktury IV-rzędowej jest ferrytyna odpowiedzialna za magazynowanie tlenu, która jest 24-merem (Rys.) Rys. Ferrytyna - 24mer (1BG7.pdb) Skrypt Bioinformatyka DRAFT Strona 67
Budowa aminokwasów i białek
Biofizyka Ćwiczenia 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa aminokwasów i białek E.Banachowicz 1 Ogólna budowa aminokwasów α w neutralnym p α N 2 COO N
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka.
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2006 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu...
Bioinformatyka Wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2008 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii informacji do
Bardziej szczegółowoMateriały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoOgólna budowa aminokwasów
H w neutralnym ph H NH 3 + C COO - NH 2 C COOH R R grupa aminowa - NH 2 grupa karboksylowa - COOH Gly, G Ala, A Ogólna budowa aminokwasów Reguła CORN H R NH 3 + C L lewoskrętny (COO-R-N) COO - 1 20 aminokwasów
Bardziej szczegółowoprotos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.)
Białka 1 protos (gr.) pierwszy protein/proteins (ang.) cząsteczki życia materiał budulcowy materii ożywionej oraz wirusów wielkocząsteczkowe biopolimery o masie od kilku tysięcy do kilku milionów jednostek
Bardziej szczegółowoStruktura i funkcja białek (I mgr)
Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure
Bardziej szczegółowo2. Produkty żywnościowe zawierające białka Mięso, nabiał (mleko, twarogi, sery), jaja, fasola, bób (rośliny strączkowe)
BIAŁKA 1. Funkcja białek w organizmie Budulcowa mięśnie (miozyna), krew (hemoglobina, fibrynogen), włosy (keratyna), skóra, chrząstki, ścięgna (kolagen), białka współtworzą wszystkie organelle komórkowe
Bardziej szczegółowoInformacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Bardziej szczegółowoDo zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli:
plik PDB Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli: abcdefghijklmnopqrstuvwxyzabcdefghijklmnopqrstuvwxyz 1234567890 ` - = [ ] \ ; ',. / ~! @ # $ % ^ & * ( ) _
Bardziej szczegółowoAminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne
Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8
Bioinformatyka wykład 8 2.XII.2008 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2009-01-08 1 Lecture outline, Dec. 6th protein structures why? protein structures geometry and physics
Bardziej szczegółowoBiałka - liniowe kopolimery. złożone z aminokwasów. Liczba rodzajów białek - nieznana
Białka - liniowe kopolimery złożone z aminokwasów Liczba rodzajów białek - nieznana Cechy wspólne białek 1. wielk1cząsteczk1wy charakter niedializują, r1ztw1ry k1l1idalne 2. wywierają ciśnienie 1sm1tyczne
Bardziej szczegółowoSlajd 1. Slajd 2. Proteiny. Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas
Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem
Bardziej szczegółowoGenerator testów bioinformatyka wer / Strona: 1
Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę
Bardziej szczegółowoBudowa aminokwasów i białek
Bioinformatyka Wykład 2. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Budowa aminokwasów i białek Bioinformatyka 2, 2011 1 Ogólna budowa aminokwasów H w neutralnym ph
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Pierwiastki chemiczne w komórkach: - makroelementy (pierwiastki biogenne) H, O, C, N, S, P Ca, Mg, K, Na, Cl >1% suchej masy - mikroelementy Fe, Cu, Mn, Mo, B, Zn, Co, J, F
Bardziej szczegółowoWłaściwości fizykochemiczne białek
Białka Definicja Wielkocząsteczkowe związki zbudowane wyłącznie lub w dużej mierze z aminokwasów, a które stanowią największą część występujących w żywej komórce związków organicznych. Białka Podziały
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecnośd Literatura, materiały i ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoWYKŁAD 4: MOLEKULARNE MECHANIZMY BIOSYNTEZY BIAŁEK. Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej.
Pierwsza litera Trzecia litera 2018-10-26 WYKŁAD 4: MOLEKULARNE MECHANIZMY BIOSYNTEZY BIAŁEK Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej Druga litera 1 Enancjomery para nienakładalnych
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoSubstancje o Znaczeniu Biologicznym
Substancje o Znaczeniu Biologicznym Tłuszcze Jadalne są to tłuszcze, które może spożywać człowiek. Stanowią ważny, wysokoenergetyczny składnik diety. Z chemicznego punktu widzenia głównym składnikiem tłuszczów
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl Zasady zaliczenia przedmiotu Kolokwia (3 4 ) Ocena aktywności i przygotowania Obecność Literatura, materiały Bioinformatyka i ewolucja
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę
Bardziej szczegółowoElementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1
Elementy bioinformatyki. Aminokwasy, białka, receptory Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Tematy istoria odkrywania białek Budowa białek Budowa aminokwasów Właściwości aminokwasów
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1
Przedmiot: Biochemia Nazwa testu: Biochemia wer. 1.0.5 Nr testu 14883078 Klasa: zaoczni_2007 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) G, P oraz S B) L,
Bardziej szczegółowoTranslacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Bardziej szczegółowoBiologia medyczna II, materiały dla studentów kierunku lekarskiego
Przepływ informacji genetycznej Informacja genetyczna jest przekazywana następnym pokoleniom w wyniku procesu replikacji. Jest to przekaz pionowy. Replikacja DNA Gen Transkrypcja w jądrze Gamety Translacja
Bardziej szczegółowoBiomolekuły (3) Bogdan Walkowiak. Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka. piątek, 7 listopada 2014 Biofizyka
Wykład 3 Biomolekuły (3) Bogdan Walkowiak Zakład Biofizyki Instytut Inżynierii Materiałowej Politechnika Łódzka 1 Monomery i Polimery (1) Biomolekuły dzielimy na 4 klasy: białka kwasy nukleinowe wielocukry
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoCzęść A wprowadzenie do programu Mercury
Część A wprowadzenie do programu Mercury Mercury program graficzny do wizualizacji i analizy geometrii cząsteczek i kryształów. Zbiory wejściowe do tego programu o rozszerzeniu res, cif (mol lub pdb) zawierają
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2
Bardziej szczegółowoBioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład II Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoBudowa i funkcje białek
Budowa i funkcje białek Białka Wszystkie organizmy zawierają białko Każdy organizm wytwarza własne białka Podstawowe składniki białek - aminokwasy Roślinne mogą wytwarzać aminokwasy ze związków nieorganicznych
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów -
Przegląd budowy i funkcji białek - od enzymów do prionów - Zakład Biologii Molekularnej Instytut Biochemii, Wydział Biologii UW Takao Ishikawa Kontakt Imię i nazwisko: Takao Ishikawa Mail: takao@biol.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoWykład z Chemii Ogólnej
Wykład z Chemii Ogólnej Część 2 Budowa materii: od atomów do układów molekularnych 2.3. WIĄZANIA CHEMICZNE i ODDZIAŁYWANIA Katedra i Zakład Chemii Fizycznej Collegium Medicum w Bydgoszczy Uniwersytet Mikołaja
Bardziej szczegółowoModel wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2
Model wiązania kowalencyjnego cząsteczka H 2 + Współrzędne elektronu i protonów Orbitale wiążący i antywiążący otrzymane jako kombinacje orbitali atomowych Orbital wiążący duża gęstość ładunku między jądrami
Bardziej szczegółowoĆwiczenie 5 Aminokwasy i białka
Ćwiczenie 5 Aminokwasy i białka (podstawowe właściwości i wybrane charakterystyczne reakcje) 1 Białka Białka to podstawowe,wielocząsteczkowe składniki wszystkich organizmów żywych, zbudowane z aminokwasów
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoSKŁAD CHEMICZNY ŻYWYCH ORGANIZMÓW
SKŁAD CHEMICZNY ŻYWYCH ORGANIZMÓW Makroelementy MAKROELEMENTY Organiczne C - budulec organizmu; długie łańcuchy, stanowiące szkielet związków organicznych C C C O - w postaci cząsteczkowej wydzielany
Bardziej szczegółowoProjektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Bardziej szczegółowoKrystalografia. Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji
Krystalografia Analiza wyników rentgenowskiej analizy strukturalnej i sposób ich prezentacji Opis geometrii Symetria: kryształu: grupa przestrzenna cząsteczki: grupa punktowa Parametry geometryczne współrzędne
Bardziej szczegółowo- parametry geometryczne badanego związku: współrzędne i typy atomów, ich masy, ładunki, prędkości początkowe itp. (w NAMD plik.
Avogadro Tworzenie i manipulacja modelami związków chemicznych. W symulacjach dynamiki molekularnej kluczowych elementem jest przygotowanie układu do symulacji tzn. stworzyć pliki wejściowe zawierające
Bardziej szczegółowoKwasy nukleinowe i białka
Metody bioinformatyki Kwasy nukleinowe i białka prof. dr hab. Jan Mulawka Kwasy nukleinowe DNA Kwas dezoksyrybonukleinowy jest to należący do kwasów nukleinowych wielkocząsteczkowy organiczny związek chemiczny,
Bardziej szczegółowoWyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego. Marta Szachniuk Politechnika Poznańska
Wyznaczanie struktury długich łańcuchów RNA za pomocą Jądrowego Rezonansu Magnetycznego Marta Szachniuk Politechnika Poznańska Plan prezentacji 1. Wprowadzenie do problematyki badań: cel i zasadność projektu.
Bardziej szczegółowoKrystalografia. Typowe struktury pierwiastków i związków chemicznych
Krystalografia Typowe struktury pierwiastków i związków chemicznych Wiązania w kryształach jonowe silne, bezkierunkowe kowalencyjne silne, kierunkowe metaliczne słabe lub silne, bezkierunkowe van der Waalsa
Bardziej szczegółowoStructure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012
Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia
Bardziej szczegółowoModelowanie homologiczne
Modelowanie homologiczne Struktura trzeciorzędowa ułatwia planowanie eksperymentów oraz interpretację otrzymanych wyników Struktura trzeciorzędowa Hemoglobiny - na 226 białek z tej rodziny zawsze grupa
Bardziej szczegółowoPodstawy projektowania leków wykład 12
Podstawy projektowania leków wykład 12 Łukasz Berlicki Projektowanie wspomagane komputerowo Ligand-based design QSAR i 3D-QSAR Structure-based design projektowanie oparte na strukturze celu molekularnego
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10
Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia
Bardziej szczegółowoElementy teorii powierzchni metali
prof. dr hab. Adam Kiejna Elementy teorii powierzchni metali Wykład 4 v.16 Wiązanie metaliczne Wiązanie metaliczne Zajmujemy się tylko metalami dlatego w zasadzie interesuje nas tylko wiązanie metaliczne.
Bardziej szczegółowoThe influence of N-methylation on conformational properties of peptides with Aib residue. Roksana Wałęsa, Aneta Buczek, Małgorzata Broda
The influence of N-methylation on conformational properties of peptides with ib residue. Roksana Wałęsa, neta Buczek, Małgorzata Broda Konformacje peptydów w W W w 2 Budowa białek 3 Modyfikacje peptydów
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoDr. habil. Anna Salek International Bio-Consulting 1 Germany
1 2 3 Drożdże są najprostszymi Eukariontami 4 Eucaryota Procaryota 5 6 Informacja genetyczna dla każdej komórki drożdży jest identyczna A zatem każda komórka koduje w DNA wszystkie swoje substancje 7 Przy
Bardziej szczegółowoBUDOWA KRYSTALICZNA CIAŁ STAŁYCH. Stopień uporządkowania struktury wewnętrznej ciał stałych decyduje o ich podziale
BUDOWA KRYSTALICZNA CIAŁ STAŁYCH Stopień uporządkowania struktury wewnętrznej ciał stałych decyduje o ich podziale na: kryształy ciała o okresowym regularnym uporządkowaniu atomów, cząsteczek w całej swojej
Bardziej szczegółowoprof. dr hab. Krzysztof Lewiński Kraków, Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego
prof. dr hab. Krzysztof Lewiński Kraków, 8.08.2014 Wydział Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego Recenzja rozprawy doktorskiej mgr. Przemysława Porębskiego "Improvement of model building and refinement of
Bardziej szczegółowoWydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 18.01.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Klimentowskiej pt. Krystalochemia wybranych
Bardziej szczegółowoWykorzystanie bazy Cambridge Structural Database w poszukiwaniu substancji hamujących aktywność enzymatyczną
ISTRUKCJA DO ĆWICZEŃ LABORATORYJYCH Wykorzystanie bazy Cambridge Structural Database w poszukiwaniu substancji hamujących aktywność enzymatyczną CZĘŚĆ I Zapoznanie się ze strukturą i funkcjami bazy. Demonstracja
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowoScenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne)
Joanna Wieczorek Scenariusz lekcji przyrody/biologii (2 jednostki lekcyjne) Strona 1 Temat: Budowa i funkcje kwasów nukleinowych Cel ogólny lekcji: Poznanie budowy i funkcji: DNA i RNA Cele szczegółowe:
Bardziej szczegółowoTemat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca. Uczeń:
Chemia - klasa I (część 2) Wymagania edukacyjne Temat Ocena dopuszczająca Ocena dostateczna Ocena dobra Ocena bardzo dobra Ocena celująca Dział 1. Chemia nieorganiczna Lekcja organizacyjna. Zapoznanie
Bardziej szczegółowoNotatki maturalne z biologii cz. 1
Maciej Dombrowski Notatki maturalne z biologii cz. 1 darmowa wersja próbna Projekt okładki: Maciej Dombrowski Copyright by Maciej Dombrowski, wszelkie prawa zastrzeżone ISBN: 978-83-7859-721-6 Przedmowa
Bardziej szczegółowoChemiczne składniki komórek
Chemiczne składniki komórek Komórki wykorzystują prawa fizyki i chemii, aby przeżyć Zbudowane z takich samych pierwiastków i związków jak materia nieożywiona Chemia komórki dominują: H 2 O związki organiczne
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI CHEMII LUB BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU SPOSÓB NA IDEALNĄ PIANĘ
SCENARIUSZ LEKCJI CHEMII LUB BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU SPOSÓB NA IDEALNĄ PIANĘ SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III.
Bardziej szczegółowoSpektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie
Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego - wprowadzenie Streszczenie Spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego jest jedną z technik spektroskopii absorpcyjnej mającej zastosowanie w chemii,
Bardziej szczegółowoWiązania jonowe występują w układach złożonych z atomów skrajnie różniących się elektroujemnością.
105 Elektronowa teoria wiązania chemicznego Cząsteczki powstają w wyniku połączenia się dwóch lub więcej atomów. Już w początkowym okresie rozwoju chemii podejmowano wysiłki zmierzające do wyjaśnienia
Bardziej szczegółowospektropolarymetrami;
Ćwiczenie 12 Badanie własności uzyskanych białek: pomiary dichroizmu kołowego Niejednakowa absorpcja prawego i lewego, kołowo spolaryzowanego promieniowania nazywa się dichroizmem kołowym (ang. circular
Bardziej szczegółowoStany skupienia materii
Stany skupienia materii Ciała stałe - ustalony kształt i objętość - uporządkowanie dalekiego zasięgu - oddziaływania harmoniczne Ciecze -słabo ściśliwe - uporządkowanie bliskiego zasięgu -tworzą powierzchnię
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoWstęp. Krystalografia geometryczna
Wstęp Przedmiot badań krystalografii. Wprowadzenie do opisu struktury kryształów. Definicja sieci Bravais go i bazy atomowej, komórki prymitywnej i elementarnej. Podstawowe typy komórek elementarnych.
Bardziej szczegółowoZagadnienia omawiane na wykładzie:
Zagadnienia omawiane na wykładzie: 1. Podsumowanie metody modelowania molekularnego 2. Analiza wyników symulacji dynamiki molekularneji weryfikacja modelu 3. Optymalizacja struktury na przykładziebiałka
Bardziej szczegółowoInformacje dotyczące pracy kontrolnej
Informacje dotyczące pracy kontrolnej Słuchacze, którzy z przyczyn usprawiedliwionych nie przystąpili do pracy kontrolnej lub otrzymali z niej ocenę negatywną zobowiązani są do dnia 06 grudnia 2015 r.
Bardziej szczegółowoWarszawa, 25 sierpnia 2016
ul. S. Banacha 2c, 02-097 Warszawa TEL.: + 48 22 55 43 600, FAX: +48 22 55 43 606, E-MAIL: sekretariat@cent.uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Warszawa, 25 sierpnia 2016 Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW e-mail:
Bardziej szczegółowoSPECJALNE TECHNIKI ROZDZIELANIA W BIOTECHNOLOGII. Laboratorium nr1 CHROMATOGRAFIA ODDZIAŁYWAŃ HYDROFOBOWYCH
SPECJALNE TECHNIKI ROZDZIELANIA W BIOTECHNOLOGII Laboratorium nr1 CHROMATOGRAFIA ODDZIAŁYWAŃ HYDROFOBOWYCH Opracowała: dr inż. Renata Muca I. WPROWADZENIE TEORETYCZNE Chromatografia oddziaływań hydrofobowych
Bardziej szczegółowoWIĄZANIA. Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE
WIĄZANIA Co sprawia, że ciała stałe istnieją i są stabilne? PRZYCIĄGANIE ODPYCHANIE 1 Przyciąganie Wynika z elektrostatycznego oddziaływania między elektronami a dodatnimi jądrami atomowymi. Może to być
Bardziej szczegółowoRMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych
RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych Joanna Wiśniewska Promotor: dr inż. P. Łukasiak Spis treści 1. Zakres pracy magisterskiej 2. Struktura białka 3. Struktura kwasów nukleionowych
Bardziej szczegółowoPodział ciał stałych ze względu na strukturę atomowo-cząsteczkową
Podział ciał stałych ze względu na strukturę atomowo-cząsteczkową Kryształy Atomy w krysztale ułożone są w pewien powtarzający się regularny wzór zwany siecią krystaliczną. Struktura kryształu NaCl Polikryształy
Bardziej szczegółowoWebmobis platforma informatyczna do analizy białek
Politechnika Poznańska, Instytut Informatyki Webmobis platforma informatyczna do analizy białek Grzegorz Gębura Rafał Masztalerz Robert Nowak Marek Wronowski Praca inżynierska wykonana pod kierunkiem dr
Bardziej szczegółowoODDZIAŁYWANIE KSENOBIOTYKÓW Z DNA
Wydział Chemiczny olitechniki Gdańskiej Katedra Technologii Leków i Biochemii Biochemia DDZIAŁYWAIE KSEBITYKÓW Z DA Struktura DA DA, kwas deoksyrybonukleinowy, może być docelowym miejscem działania ksenobiotyku
Bardziej szczegółowoSESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY
SESJA 5 STRUKTURA, MODYFIKACJE I FUNKCJE BIAŁEK WYKŁADY 90 SESJA 5 WYKŁADY W05-01 ROZPOZNANIE LIGANDÓW BIAŁKOWYCH PRZEZ RECEPTORY INTEGRYNOWE Czesław Cierniewski Zaklad Biofizyki Akademii Medycznej, Łódź
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1
Dokowanie molekularne Andrzej Bąk Instytut Chemii UŚ chemoinformatyka wykład 1 Zarys Oddziaływanie ligand-receptor Modelowanie struktury receptora Reprezentacja makromolekuł Opis energii oddziaływań ligand-receptor
Bardziej szczegółowoProteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych
Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich lub prawie wszystkich białek komórkowych Zalety w porównaniu z analizą trankryptomu: analiza transkryptomu komórki identyfikacja mrna nie musi jeszcze oznaczać
Bardziej szczegółowona podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das
na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa
Bardziej szczegółowoMolecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples
Molecular dynamics investigation of the structure-function relationships in proteins with examples from Hsp70 molecular chaperones, αa-crystallin, and sericin Badanie metodą dynamiki molekularnej zależności
Bardziej szczegółowoScenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum. Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne
Scenariusz lekcji chemii w klasie III gimnazjum Temat lekcji: Białka skład pierwiastkowy, budowa, właściwości i reakcje charakterystyczne Czas trwania lekcji: 2x 45 minut Cele lekcji: 1. Ogólny zapoznanie
Bardziej szczegółowoWykład 9 Wprowadzenie do krystalochemii
Wykład 9 Wprowadzenie do krystalochemii 1. Krystalografia a krystalochemia. 2. Prawa krystalochemii 3. Sieć krystaliczna i pozycje atomów 4. Bliskie i dalekie uporządkowanie. 5. Kryształ a cząsteczka.
Bardziej szczegółowoZasady obsadzania poziomów
Zasady obsadzania poziomów Model atomu Bohra Model kwantowy atomu Fala stojąca Liczby kwantowe -główna liczba kwantowa (n = 1,2,3...) kwantuje energię elektronu (numer orbity) -poboczna liczba kwantowa
Bardziej szczegółowoWymagania programowe: Gimnazjum chemia kl. II
Wymagania programowe: Gimnazjum chemia kl. II Dział: Wewnętrzna budowa materii Ocena dopuszczająca [1] posługuje się symbolami odróżnia wzór sumaryczny od wzoru strukturalnego zapisuje wzory sumaryczne
Bardziej szczegółowoProgram zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014
Program zajęć z biochemii dla studentów kierunku weterynaria I roku studiów na Wydziale Lekarskim UJ CM w roku akademickim 2013/2014 S E M E S T R II Tydzień 1 24.02-28.02 2 03.03-07.03 3 10.03-14.03 Wykłady
Bardziej szczegółowo