Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek
|
|
- Anna Maciejewska
- 8 lat temu
- Przeglądów:
Transkrypt
1 Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania dla każdego z podanych przypadków? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę o rozdzielczości 3.2 Å czy 1.8Å? Forma z ligandem czy bez? Białko w kompleksie z DNA czy bez DNA? 2. Jakie błędy popełniono w modelach przedstawionych na rysunkach? Które (2) z nich są najpoważniejsze? (na czerwono przedstawiono model, na niebiesko szablon) (najczęstsze błędy podczas modelowania to: wybór złego szablonu, złe przyrównanie, błędny wybór pętli, źle wybrany rotamer, drobne różnice wynikające z przebiegu modelowania)
2 3. Otwórz plik T0276.html (wynik metaservera dostępnego na i odpowiedz na pytania: Z jakich domen zbudowane jest białko? Podaj ich granice Jaka jest struktura drugorzędowa tego białka? Czy posiada ono regiony nieuporządkowane? Jeśli tak, to podaj ich zasięg Czy metody do identyfikacji zwoju są zgodne w identyfikacji najlepszego szablonu do modelowania tego białka? Który szablon wybierze do modelowania tego białka? Dlaczego? 4. Odpowiedz na pytania dotyczące wybranego przez Ciebie szablonu: Jaki jest procent identyczności między jego sekwencją a sekwencją celu? Jakie będzie to modelowanie: homologiczne, porównawcze, de Novo? Jaka jest rozdzielczość tej struktury? Jaką techniką rozwiązano tą strukturę? Jaki jest zwój tego białka wg bazy scop? Jaki to typ enzymu wg klasyfikacji EC? ( Co oznacza id tego enzymu? 5. Jak bez użycia metod do oceny jakości modeli sprawdzić czy model jest prawidłowy? 6. Prawda czy fałsz? Podczas przygotowywania przyrównania sekwencji celu i szablonu nie należy wstawiać przerw do struktur drugorzędowych Jeśli białko jest zbudowane z kilku domen, to do modelowania najlepiej użyć szablon również zbudowany z kilku domen, a jeśli taki nie istnieje, to modelowanie należy przeprowadzać dla każdej domeny oddzielnie Pętle w modelu powinny układać się do środka białka Jakość modelu homologicznego silnie zależy od podobieństwa sekwencji celu i szablonu Jeśli potencjalny szablon do modelowania wykazuje bardzo niskie podobieństwo sekwencyjne do celu, to nie nadaje się do budowy modelu Aminokwasy hydrofilowe powinny znajdować się w środku białka, zagrzebane w strukturze
3 Wybór szablonu jest kluczowym etapem podczas modelowania białek tj. w oparciu o błędny szablon nigdy nie powstanie dobry model Meta serwer to narzędzie, które wysyła zapytanie do różnych metod i gromadzi ich wyniki w postaci rankingu Najbardziej konserwowane w toku ewolucji struktur są elementy drugorzędowe i miejsca katalityczne Modele wysokiej jakości (porównywalne ze strukturami NMR) można zbudować gdy podobieństwo sekwencji celu i szablonu jest bardzo wysokie (>50%) Model homologiczny nigdy nie będzie bliższy strukturze natywnej niż szablon użyty do modelowania Można zbudować całkowicie błędny model wykazujący idealną stereochemię (długości wiązań, wartości kątów) Znanych jest wiele przykładów białek homologicznych, które zachowały uderzające podobieństwo strukturalne mimo całkowitej utraty podobieństwa sekwencji (porównaj struktury i sekwencje RNazy4 i RNazyA pobierz te struktury i postępuj jak w punkcie 10.) 7. Przyporządkuj narzędzie, do wykonywanej czynności: Modelowanie de Novo Rosetta Program ustala odległości i kąty pomiędzy atomami szablonu i następnie przenosi je jako więzy przestrzenne na odpowiadające im atomy homologicznych aminokwasów celu. Model budowany jest tak, aby zminimalizować naruszenie wszystkich więzów. W końcowym etapie budowy modelu przeprowadzana jest minimalizacja energii w polu siłowym CHARMM22 aby zapewnić poprawną stereochemię i korzystne oddziaływania pomiędzy grupami funkcyjnymi. Program dobrze sprawdza się w modelowaniu odległych homologów oraz gdy konieczne jest równoczesne zastosowanie wielu szablonów strukturalnych. Przeglądarka do struktur psipred, sam, sable, jnet W oparciu o przyrównanie sekwencyjne program ustala regiony konserwowane, w których konformacja łańcucha głównego nie zmieni się lub zmieni niewiele i po prostu kopiuje ich koordynaty. Taki niepełny model używany jest jako rusztowanie do wymodelowania insercji i delecji poprzez wstawienie z bazy danych takich fragmentów struktury, których końce mają podobną odległość, co końce rusztowania i których sekwencja najbardziej przypomina sekwencję modelowanego odcinka. Program nadaje się do modelowania białek o wysokim podobieństwie sekwencji, zwłaszcza w oparciu o jeden szablon i gdy liczba insercji i delecji w sekwencji celu jest niewielka. Metody threadingowe tmpred Metody identyfikujące odsetek reszt aminokwasowych znajdujących się na powierzchni dostępnej dla rozpuszczalnika. Dany aminokwas może przyjmować jeden z dwóch stanów: B- zagrzebany
4 oraz - na powierzchni. Program do modelowania homologicznego 3dpssm, fugue, genthreader Narzędzie do wizualizacji struktur, umożliwia także wygenerowanie projektu służącego jako dane wejściowe dla programu do modelowania (zawiera strukturę szablonu oraz przyrównanie sekwencji celu i szablonu). Program do modelowania homologicznego w oparciu o więzy przestrzenne Modeller Program do modelowania białek bez korzystania z szablonu, budujący modele z krótkich fragmentów znanych struktur tworzących bibliotekę możliwych konformacji. Identyfikacja helis transbłonowych ffas, sam, pdbblast Metody do weryfikacji modeli teoretycznych. Oceniają takie cechy jak geometria, stereochemia czy kompatybilność charakteru fizykochemicznego danego aminokwasu z kontekstem strukturalnym, w jakim został on umieszczony. Identyfikacja domen InterPro, CDD Metody zbierające wyniki z innych metod; oceniające wygenerowane przez nie wyniki i tworzące własny ranking z dostępnych danych! Przewidywanie struktury drugorzędowej Metamqap, Verify3D, Proq Metody rozpoznawania zwoju opierające się jedynie na podobieństwie sekwencyjnym celu i szablonu, nie uwzględniając informacji o strukturze szablonu. Często jako dodatkowe elementy oceny wykorzystuje się metaprofile zawierające przewidywaną strukturę 2D, przewidywaną solwatację itp. Metody do badania solwatacji Deep View Metody rozpoznawania zwoju, które w swojej funkcji oceniającej prawdopodobieństwo, że dana struktura jest szablonem zawierają oszacowanie kompatybilności sekwencji celu z doświadczalnie określoną strukturą. Do oceny kompatybilności korzystają z potencjałów fizykochemicznych aby obliczyć energię oddziaływania aminokwasów celu gdy badana sekwencja jest optymalnie dopasowana do rusztowania jakie stanowi potencjalny szablon. Metody rankingowe pcons Programy przeszukujące bazy danych w celu identyfikacji domen w sekwencji. Przewidywanie nieuporządkowania Sable, jnet, profseq Identyfikacja regionów, które nie tworzą zdefiniowanej struktury i występują jako populacja różniących się od siebie konformacji. Przewidywanie lokalizacji tych regionów może dać cenne wskazówki do przewidywania struktury 3D białka oraz identyfikacji miejsc oddziaływania z innymi cząsteczkami. Ocena modelu disembl, Identyfikacja białek o charakterystycznej budowie tj.
5 disopred, coils, pondr segmenty hydrofobowe są przeplatane naprzemiennie zewnętrznymi elementami hydrofilowymi. Metody do rozpoznawania zwoju (sekwencyjne) Swiss-model Metody do identyfikacji alfa helis, beta wstęg i pętli w zadanej sekwencji. 8. Otwórz plik p1.pdb i odpowiedz na pytania: Czy sekwencja celu i szablonu zostały do siebie przyrównane zgodnie z przewidywaniem meta serwera? Czy w przyrównaniu popełniono jakieś błędy? Jeśli tak, to jak je poprawić? 9. Jakie sytuacje przedstawiono na rysunkach?
6 10. Porównaj modele wygenerowane w oparciu o to samo przyrównanie (p1.pdb) przez Modeler (seq1_openmodeller ) i Swiss-Model (model_swiss.pdb) (W deep view załaduj obie struktury i skorzystaj z opcji Fit Magic Fit; następnie Ctrl+G, Color by Lyer): Czym się różnią? Porównaj model ze strukturą 1WKC. Czy model jest podobny do rzeczywistej struktury białka? Jakie widać różnice? 11. Uzupełnij schemat: Sekwencja celu Rozpoznawanie zwoju metody rozpoznawania zwoju (FR) Modelowanie de novo (np. Rosetta) Wybór szablonu Ocena jakości modelu (np. Verify3D, MetaMQAP) Model Przyrównanie cel-szablon (np. Deep View) Budowa modelu (np. Modeller, Swiss-Model) 12. Modelowanie białek na przykładzie gry foldit! Odpowiedz na pytania. Powodzenia!!! Jakie są etapy modelowania? Dlaczego ważna jest analiza łańcuchów bocznych?
7 W czym może pomóc uwidocznienie wiązań wodorowych podczas budowy modelu? A mostków siarczkowych? Na jakie rzeczy/cechy zwracają uwagę autorzy gry podczas kolejnych etapów modelowania?
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek
Bioinformatyka II Modelowanie struktury białek 1. Który spośród wymienionych szablonów wybierzesz do modelowania? Dlaczego? Struktura krystaliczną czy NMR (to samo białko, ta sama rozdzielczość)? Strukturę
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktury białek: od modelowania opartego o szablony. do rekombinacji fragmentów metodą dr Frankensteina
Przewidywanie struktury białek: od modelowania opartego o szablony do rekombinacji fragmentów metodą dr Frankensteina Iwona A. Cymerman, Joanna M. Sasin, Janusz M. Bujnicki Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii
Bardziej szczegółowoSpis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie... 3. 2 Wprowadzenie do biologicznych baz danych...
Przedmowa... XI Część pierwsza Wprowadzenie i biologiczne bazy danych 1 Wprowadzenie... 3 Czym jest bioinformatyka?... 5 Cele... 5 Zakres zainteresowań... 6 Zastosowania... 7 Ograniczenia... 8 Przyszłe
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 9
Bioinformatyka wykład 9 14.XII.21 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 211-1-17 1 Plan wykładu struktury białek dlaczego? struktury białek geometria i fizyka modyfikacje kowalencyjne
Bardziej szczegółowoModelowanie homologiczne
Modelowanie homologiczne Struktura trzeciorzędowa ułatwia planowanie eksperymentów oraz interpretację otrzymanych wyników Struktura trzeciorzędowa Hemoglobiny - na 226 białek z tej rodziny zawsze grupa
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10
Bioinformatyka wykład 10 21.XII.2010 białkowa bioinformatyka strukturalna, c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2011-01-17 1 Regiony nieuporządkowane disordered regions trudna definicja trudne do przewidzenia
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012
Bioinformatyka wykład 8, 27.XI.2012 białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2013-01-21 1 Plan wykładu regiony nieuporządkowane sposoby przedstawienia struktur białkowych powierzchnia
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowona podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das
na podstawie artykułu: Modeling Complex RNA Tertiary Folds with Rosetta Clarence Yu Cheng, Fang-Chieh Chou, Rhiju Das wykonała: Marta Szynczewska bioinformatyka Uniwersytet Jagielloński Struktura I-rzędowa
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI
PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI DOPASOWANIE SEKWENCJI 1. Dopasowanie sekwencji - definicja 2. Wizualizacja dopasowania sekwencji 3. Miary podobieństwa sekwencji 4. Przykłady programów
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoModelowanie białek ab initio / de novo
Modelowanie białek ab initio / de novo Słowniczek de novo - od początku, na nowo ab initio - od początku Słowniczek de novo - kategoria metod przewidywania struktury, w których nie używa się wzorców homologicznych
Bardziej szczegółowoGenerator testów bioinformatyka wer / Strona: 1
Przedmiot: wyklad monograficzny Nazwa testu: bioinformatyka wer. 1.0.6 Nr testu 10469906 Klasa: 5 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Aminokwas jest to związek organiczny zawierający A) grupę
Bardziej szczegółowoBadanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych
Badanie długości czynników sieciujących metodami symulacji komputerowych Agnieszka Obarska-Kosińska Prof. dr hab. Bogdan Lesyng Promotorzy: Dr hab. Janusz Bujnicki Zakład Biofizyki, Instytut Fizyki Doświadczalnej,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład V Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 3.I.2008
Bioinformatyka wykład 3.I.2008 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-03 1 Plan wykładu analiza i porównywanie struktur białek. doświadczalne metody badania struktur
Bardziej szczegółowo4.1 Hierarchiczna budowa białek
Spis treści 4.1 ierarchiczna budowa białek... 51 4.1.1 Struktura pierwszorzędowa... 51 4.1.2 Struktura drugorzędowa... 53 4.1.3 Struktura trzeciorzędowa... 60 4.1.4 Rodzaje oddziaływań stabilizujących
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 10.I.2008
Bioinformatyka wykład 10.I.2008 Przewidywanie struktur białek krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2008-01-10 1 Plan wykładu pole siłowe - opis energetyczny struktur białka proces zwijania się białek przewidywanie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 12, 18.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 18.01.11 1 Struktura natywna minimum energii swobodnej F = U TS Prawdopodobieństwo stanu ~ exp(-f/k
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowania leków
Komputerowe wspomaganie projektowania leków MECHANIKA MOLEKULARNA I KWANTOWA W MM korzysta się z równań wynikających z praw fizyki klasycznej i stosuje się je do jader atomów z pominięciem elektronów,
Bardziej szczegółowoPrzyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
Przyrównanie sekwencji Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych),
Bardziej szczegółowoBIOINFORMATYKA. edycja 2016 / wykład 11 RNA. dr Jacek Śmietański
BIOINFORMATYKA edycja 2016 / 2017 wykład 11 RNA dr Jacek Śmietański jacek.smietanski@ii.uj.edu.pl http://jaceksmietanski.net Plan wykładu 1. Rola i rodzaje RNA 2. Oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe i struktury
Bardziej szczegółowoPRZYRÓWNANIE SEKWENCJI
http://theta.edu.pl/ Podstawy Bioinformatyki III PRZYRÓWNANIE SEKWENCJI 1 Sequence alignment - przyrównanie sekwencji Poszukiwanie ciągów znaków (zasad nukleotydowych lub reszt aminokwasowych), które posiadają
Bardziej szczegółowoStatystyczna analiza danych
Statystyczna analiza danych ukryte modele Markowa, zastosowania Anna Gambin Instytut Informatyki Uniwersytet Warszawski plan na dziś Ukryte modele Markowa w praktyce modelowania rodzin białek multiuliniowienia
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji (sequence alignment)
Co to jest alignment? Dopasowanie sekwencji (sequence alignment) Alignment jest sposobem dopasowania struktur pierwszorzędowych DNA, RNA lub białek do zidentyfikowanych regionów w celu określenia podobieństwa;
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 8
Bioinformatyka wykład 8 2.XII.2008 białkowa bioinformatyka strukturalna krzysztof_pawlowski@sggw.pl 2009-01-08 1 Lecture outline, Dec. 6th protein structures why? protein structures geometry and physics
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek pojawiła się nowa możliwość śledzenia ewolucji na poziomie molekularnym Ewolucja
Bardziej szczegółowoStruktura i funkcja białek (I mgr)
Struktura i funkcja białek (I mgr) Dr Filip Jeleń fj@protein.pl http://www.protein.pl/ Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko, Lubert Stryer Biochemia Carl Branden, John Tooze Introduction to Protein Structure
Bardziej szczegółowoP R Z E T W A R Z A N I E S Y G N A Ł Ó W B I O M E T R Y C Z N Y C H
W O J S K O W A A K A D E M I A T E C H N I C Z N A W Y D Z I A Ł E L E K T R O N I K I Drukować dwustronnie P R Z E T W A R Z A N I E S Y G N A Ł Ó W B I O M E T R Y C Z N Y C H Grupa... Data wykonania
Bardziej szczegółowoPrzyrównywanie sekwencji
Instytut Informatyki i Matematyki Komputerowej UJ, opracowanie: mgr Ewa Matczyńska, dr Jacek Śmietański Przyrównywanie sekwencji 1. Porównywanie sekwencji wprowadzenie Sekwencje porównujemy po to, aby
Bardziej szczegółowoPorównywanie i dopasowywanie sekwencji
Porównywanie i dopasowywanie sekwencji Związek bioinformatyki z ewolucją Wraz ze wzrostem dostępności sekwencji DNA i białek narodziła się nowa dyscyplina nauki ewolucja molekularna Ewolucja molekularna
Bardziej szczegółowoOddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków
Oddziaływanie leków z celami molekularnymi i projektowanie leków Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania (biomodellab.eu) Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Bardziej szczegółowoŻwirki i Wigury 93, Warszawa TEL.: , FAX: , E- MAIL: Dr hab. Joanna T
Żwirki i Wigury 93, 02-089 Warszawa TEL.: + 48 22 55 40 800, FAX: +48 22 55 40 801, E- MAIL: sekretariat@uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW tel. (22) 5540843 e- mail: joanna@cent.uw.edu.pl
Bardziej szczegółowoWykorzystanie bazy Cambridge Structural Database w poszukiwaniu substancji hamujących aktywność enzymatyczną
ISTRUKCJA DO ĆWICZEŃ LABORATORYJYCH Wykorzystanie bazy Cambridge Structural Database w poszukiwaniu substancji hamujących aktywność enzymatyczną CZĘŚĆ I Zapoznanie się ze strukturą i funkcjami bazy. Demonstracja
Bardziej szczegółowoPrzegląd budowy i funkcji białek
Przegląd budowy i funkcji białek Co piszą o białkach? Wyraz wprowadzony przez Jönsa J. Berzeliusa w 1883 r. w celu podkreślenia znaczenia tej grupy związków. Termin pochodzi od greckiego słowa proteios,
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoDokowanie molekularne. Karol Kamel Uniwersytet Warszawski
molekularne Wstęp Dokowanie metoda modelowania molekularnego, pozwalająca na znalezienie położenia (i konformacji) liganda w miejscu wiążącym receptora. Informacja ta pozwala na ocenę energii swobodnej
Bardziej szczegółowoTATA box. Enhancery. CGCG ekson intron ekson intron ekson CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU TERMINATOR. Elementy regulatorowe
Promotory genu Promotor bliski leży w odległości do 40 pz od miejsca startu transkrypcji, zawiera kasetę TATA. Kaseta TATA to silnie konserwowana sekwencja TATAAAA, występująca w większości promotorów
Bardziej szczegółowoWprowadzenie do bioinformatyki
Metody bioinformatyki Wprowadzenie do bioinformatyki prof. dr hab. Jan Mulawka Czym jest bioinformatyka Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. Program UGENE
Bioinformatyka Program UGENE www.michalbereta.pl UGENE jest darmowym programem do zadań bioinformatycznych. Można go pobrać ze strony http://ugene.net/. 1 1. Wczytanie rekordu z bazy ENA do programu UGENE
Bardziej szczegółowoTranslacja i proteom komórki
Translacja i proteom komórki 1. Kod genetyczny 2. Budowa rybosomów 3. Inicjacja translacji 4. Elongacja translacji 5. Terminacja translacji 6. Potranslacyjne zmiany polipeptydów 7. Translacja a retikulum
Bardziej szczegółowoStructure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the Solid State
Maura Malińska Wydział Chemii, Uniwersytet Warszawski Promotorzy: prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, prof. dr hab. Andrzej Kutner Structure and Charge Density Studies of Pharmaceutical Substances in the
Bardziej szczegółowoWarszawa, 25 sierpnia 2016
ul. S. Banacha 2c, 02-097 Warszawa TEL.: + 48 22 55 43 600, FAX: +48 22 55 43 606, E-MAIL: sekretariat@cent.uw.edu.pl www.cent.uw.edu.pl Warszawa, 25 sierpnia 2016 Dr hab. Joanna Trylska, prof. UW e-mail:
Bardziej szczegółowoRMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych
RMSD - Ocena jakości wybranych molekularnych struktur przestrzennych Joanna Wiśniewska Promotor: dr inż. P. Łukasiak Spis treści 1. Zakres pracy magisterskiej 2. Struktura białka 3. Struktura kwasów nukleionowych
Bardziej szczegółowopaździernika 2013: Elementarz biologii molekularnej. Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II
10 października 2013: Elementarz biologii molekularnej www.bioalgorithms.info Wykład nr 2 BIOINFORMATYKA rok II Komórka: strukturalna i funkcjonalne jednostka organizmu żywego Jądro komórkowe: chroniona
Bardziej szczegółowoMetoda pomiaru site-centric
Metoda pomiaru site-centric 1. Wstęp Celem niniejszego dokumentu jest zaprezentowanie działania systemu pomiaru site-centric, a w szczególności sposobu zliczania przy jego użyciu odsłon i użytkowników.
Bardziej szczegółowoZastosowanie banku asferycznych pseudoatomów w badaniach oddziaływań elektrostatycznych palców cynkowych z DNA
Prof. dr hab. Sławomir Filipek, Wydział Chemii, Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych, Uniwersytet Warszawski, ul. Pasteura 1, 02-093 Warszawa Tel. 22-55-26405, E-mail: sfilipek@chem.uw.edu.pl Warszawa,
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK.
SCENARIUSZ LEKCJI BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU KSZTAŁT BIAŁEK. SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III. Karty pracy. 1. Karta
Bardziej szczegółowoTRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów
Eksparesja genów TRANSKRYPCJA - I etap ekspresji genów Przepisywanie informacji genetycznej z makrocząsteczki DNA na mniejsze i bardziej funkcjonalne cząsteczki pre-mrna Polimeraza RNA ETAP I Inicjacja
Bardziej szczegółowoMateriały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl
Materiały pochodzą z Platformy Edukacyjnej Portalu www.szkolnictwo.pl Wszelkie treści i zasoby edukacyjne publikowane na łamach Portalu www.szkolnictwo.pl mogą byd wykorzystywane przez jego Użytkowników
Bardziej szczegółowoInstrukcja. Elektronicznej Skrzynki Podawczej
Instrukcja Elektronicznej Skrzynki Podawczej Podstawowe funkcje elektronicznej skrzynki podawczej 1. Możliwość składania do urzędu podań w formie elektronicznej (zarówno w postaci przygotowanych przez
Bardziej szczegółowoSIEĆ NEURONOWA DO OCENY KOŃCOWEJ PRZEDSIĘWZIĘCIA (PROJEKTU)
SIEĆ NEURONOWA DO OCENY KOŃCOWEJ PRZEDSIĘWZIĘCIA (PROJEKTU) 1. Opis problemu - ocena końcowa projektu Projekt jako nowe, nietypowe przedsięwzięcie wymaga właściwego zarządzania. Podjęcie się realizacji
Bardziej szczegółowoInstrukcja do Gry Fold it
Instrukcja do Gry Fold it Autor: Artur Wrona Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej WPPT, Politechnika Wrocławska, 2012 1.Najważniejsze funkcje Nazwa narzędzia Widok Opis Shake i Wiggle Shake przemieszczanie
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010)
Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (19, 26.X.2010) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie
Bardziej szczegółowoBioinformatyka. z sylabusu... (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka.
Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 1. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas z sylabusu... Wykład 1, 2006 1 Co to jest Bioinformatyka? Zastosowanie technologii
Bardziej szczegółowoKombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA. Marta Szachniuk
Kombinatoryczna analiza widm 2D-NOESY w spektroskopii Magnetycznego Rezonansu Jądrowego cząsteczek RNA Marta Szachniuk Plan prezentacji Wprowadzenie do tematyki badań Teoretyczny model problemu Złożoność
Bardziej szczegółowoProfil pracy wariant konfiguracji programu obejmujący m.in język, walutę, konto allegro, szablon aukcji, zdefiniowane koszty wysyłki itp.
KQS ALLEGRO PRZYGOTOWYWANIE I WYSTAWIANIE AUKCJI Pojęcia użyte w instrukcji: Profil pracy wariant konfiguracji programu obejmujący m.in język, walutę, konto allegro, szablon aukcji, zdefiniowane koszty
Bardziej szczegółowo7. Formularze master-detail
7. Formularze master-detail 1. Utworzymy teraz jeden z bardziej złożonych formularzy dostępnych z kreatora formularz master-detail. Będzie on swoją strukturą przypominał utworzony wcześniej formularz dotyczący
Bardziej szczegółowoOcena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO
Ocena jakości modeli strukturalnych białek w oparciu o podobieństwo strukturalne i semantyczny opis funkcji w ontologii GO Bogumil Konopka 1, Jean-Christophe Nebel 2, Malgorzata Kotulska 1 * 1 Politechnika
Bardziej szczegółowoAby uruchomić program RasMol, wystarczy dwukrotnie kliknąć lewym klawiszem myszy na ikonie:
I. Wprowadzenie RasMol jest programem stworzonym do wizualizacji białek, kwasów nukleinowych i małych cząstek. Jest to program darmowy, dostępny na stronie: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/getras.htm
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów
Przewidywanie struktury kanału białkowego z wykorzystaniem probabilistycznych gramatyk formalnych oraz modelu ciągłego przepływu jonów Witold Dyrka Instytut Inżynierii Biomedycznej i Pomiarowej, Politechnika
Bardziej szczegółowoPrzybliżone algorytmy analizy ekspresji genów.
Przybliżone algorytmy analizy ekspresji genów. Opracowanie i implementacja algorytmu analizy danych uzyskanych z eksperymentu biologicznego. 20.06.04 Seminarium - SKISR 1 Wstęp. Dane wejściowe dla programu
Bardziej szczegółowoMultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison. Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński
MultiSETTER: web server for multiple RNA structure comparison Sandra Sobierajska Uniwersytet Jagielloński Wprowadzenie Budowa RNA: - struktura pierwszorzędowa sekwencja nukleotydów w łańcuchu: A, U, G,
Bardziej szczegółowoKomputerowe wspomaganie projektowanie leków
Komputerowe wspomaganie projektowanie leków wykład VI Prof. dr hab. Sławomir Filipek Grupa BIOmodelowania Uniwersytet Warszawski, Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych Cent-III www.biomodellab.eu
Bardziej szczegółowoSponsorem wydruku schematu odpowiedzi jest wydawnictwo
Kujawsko-Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Bydgoszczy PLACÓWKA AKREDYTOWANA Sponsorem wydruku schematu odpowiedzi jest wydawnictwo KRYTERIA OCENIANIA POZIOM PODSTAWOWY Katalog poziom podstawowy
Bardziej szczegółowo6. Z pięciowęglowego cukru prostego, zasady azotowej i reszty kwasu fosforowego, jest zbudowany A. nukleotyd. B. aminokwas. C. enzym. D. wielocukier.
ID Testu: F5679R8 Imię i nazwisko ucznia Klasa Data 1. Na indywidualne cechy danego osobnika ma (maja) wpływ A. wyłacznie czynniki środowiskowe. B. czynniki środowiskowe i materiał genetyczny. C. wyłacznie
Bardziej szczegółowoDo zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli:
plik PDB Do zapisu danych w pliku PDB używa się znaków ASCII o graficznej reprezentacji czyli: abcdefghijklmnopqrstuvwxyzabcdefghijklmnopqrstuvwxyz 1234567890 ` - = [ ] \ ; ',. / ~! @ # $ % ^ & * ( ) _
Bardziej szczegółowoInformacje. W sprawach organizacyjnych Slajdy z wykładów
Biochemia Informacje W sprawach organizacyjnych malgorzata.dutkiewicz@wum.edu.pl Slajdy z wykładów www.takao.pl W sprawach merytorycznych Takao Ishikawa (takao@biol.uw.edu.pl) Kiedy? Co? Kto? 24 lutego
Bardziej szczegółowoGenerator testów 1.3.1 Biochemia wer. 1.0.5 / 14883078 Strona: 1
Przedmiot: Biochemia Nazwa testu: Biochemia wer. 1.0.5 Nr testu 14883078 Klasa: zaoczni_2007 IBOS Odpowiedzi zaznaczamy TYLKO w tabeli! 1. Do aminokwasów aromatycznych zalicza się A) G, P oraz S B) L,
Bardziej szczegółowoPODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW
PODSTAWY BIOINFORMATYKI 8 DOPASOWYWANIE SEKWENCJI AMINOKWASÓW DOPASOWYWANIE SEKWENCJI 1. Miary podobieństwa sekwencji aminokwasów 2. Zastosowanie programów: CLUSTAL OMEGA BLAST Copyright 2013, Joanna Szyda
Bardziej szczegółowoBioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d.
Bioinformatyka wykład 11, 11.I.2011 Białkowa bioinformatyka strukturalna c.d. krzysztof_pawlowski@sggw.pl 11.01.11 1 Dopasowanie strukturalne (alignment) odległość: d ij = (x i -x J ) 2 + (y i -y J ) 2
Bardziej szczegółowoSCENARIUSZ LEKCJI CHEMII LUB BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU SPOSÓB NA IDEALNĄ PIANĘ
SCENARIUSZ LEKCJI CHEMII LUB BIOLOGII Z WYKORZYSTANIEM FILMU SPOSÓB NA IDEALNĄ PIANĘ SPIS TREŚCI: I. Wprowadzenie. II. Części lekcji. 1. Część wstępna. 2. Część realizacji. 3. Część podsumowująca. III.
Bardziej szczegółowoPomoc dla systemu WordPress
Pomoc dla systemu WordPress Ten plik pomocy przeznaczony jest dla pluginu stat24 w wersji 0.2. W tym pluginie porzucono wsparcie dla starszych wersji WordPress (niższych niż 1.5) oraz zrezygnowano z opcji
Bardziej szczegółowoPrzewidywanie struktur białek
Łukasz Ołdziejewski Wydział Chemii UW Przewidywanie struktur białek czyli droga do projektowania indywidualnych leków Sprawozdanie studenckie 2007/2008 1 Indywidualność jednostki KaŜdy człowiek jest indywidualnym
Bardziej szczegółowoFTP przesył plików w sieci
FTP przesył plików w sieci 7.5 FTP przesył plików w sieci Podstawowe pojęcia FTP (File Transfer Protocol) jest usługą sieciową pozwalającą na wymianę plików w sieci Internet. Osoby chcące wymienić między
Bardziej szczegółowoModuł Media backup oraz konfiguracja serwera zapasowego
oraz konfiguracja serwera zapasowego Kraków, 2015 Spis treści I. Moduł Media backup... 3 1. Instalacja... 3 2. Widok... 3 3. Generowanie kopii zapasowej... 4 a. Manualnie... 4 b. Automatyczne... 4 4. Przywrócenie
Bardziej szczegółowoModelowanie części w kontekście złożenia
Modelowanie części w kontekście złożenia W rozdziale zostanie przedstawiona idea projektowania części na prostym przykładzie oraz zastosowanie projektowania w kontekście złożenia do wykonania komponentu
Bardziej szczegółowoDopasowanie sekwencji Sequence alignment. Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (16, 23.X.2012)
Dopasowanie sekwencji Sequence alignment Bioinformatyka, wykłady 3 i 4 (16, 23.X.2012) krzysztof_pawlowski@sggw.pl terminologia alignment 33000 dopasowanie sekwencji 119 uliniowienie sekwencji 82 uliniowianie
Bardziej szczegółowoPrzygotowanie plików do druku
Przygotowanie plików do druku Rekomendowanym formatem plików jest PDF oraz CDR. PDF - PrePress - zgodność: Acrobat 4 (PDF 1.3) 1. wszystkie fonty zamienione na krzywe, 2. jeśli w pracy znajdują się mapy
Bardziej szczegółowoMATEMATYKA EGZAMIN STANDARDOWY Wymagania konkursowe 1. Założenia ogólne
Projekt współfinansowany ze środków Unii Europejskiej w ramach Europejskiego Załącznik nr 8 do Regulaminu MATEMATYKA EGZAMIN STANDARDOWY Wymagania konkursowe 1. Założenia ogólne W ramach pracy konkursowej
Bardziej szczegółowoSolidWorks 2017 : projektowanie maszyn i konstrukcji : praktyczne przykłady / Jerzy Domański. Gliwice, cop Spis treści
SolidWorks 2017 : projektowanie maszyn i konstrukcji : praktyczne przykłady / Jerzy Domański. Gliwice, cop. 2017 Spis treści Wprowadzenie 9 Część I. Praca z programem 11 Rozdział 1. Wprowadzenie do programu
Bardziej szczegółowoKsięgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka
Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka Słowo wstępne XIII Przedmowa XV 1. Bioinformatyka i Internet Andreas D. Baxevanis 1 1.1. Podstawy Internetu 2 1.2. Połączenie z Internetem
Bardziej szczegółowoWybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna
Wybrane techniki badania białek -proteomika funkcjonalna Proteomika: umożliwia badanie zestawu wszystkich (lub prawie wszystkich) białek komórkowych Zalety analizy proteomu np. w porównaniu z analizą trankryptomu:
Bardziej szczegółowoJANUSZ M. BUJNICKI. Tom Numer 2 3 ( ) Strony
Tom 54 2005 Numer 2 3 (267 268) Strony 155 162 JANUSZ M. BUJNICKI Pracownia Bioinformatyki i Inżynierii Białka Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej (IIMCB) Trojdena 4, 02-109 Warszawa
Bardziej szczegółowoProgram MC. Obliczyć radialną funkcję korelacji. Zrobić jej wykres. Odczytać z wykresu wartość radialnej funkcji korelacji w punkcie r=
Program MC Napisać program symulujący twarde kule w zespole kanonicznym. Dla N > 100 twardych kul. Gęstość liczbowa 0.1 < N/V < 0.4. Zrobić obliczenia dla 2,3 różnych wartości gęstości. Obliczyć radialną
Bardziej szczegółowoJak obracać trójkąt, by otrzymać bryłę o największej. objętości?
Jak obracać trójkąt, by otrzymać bryłę o największej objętości? Czas trwania zajęć: 40 minut Kontekst w jakim wprowadzono doświadczenie: Trójkąt o bokach długości: cm, 4 cm, 5 cm obrócono o kąt 60 o w
Bardziej szczegółowoUwaga! Poniższy dokument jest dokumentem pomocniczym do wypełniania wniosku. Należy go stosować łącznie z Instrukcją wypełniania wniosku.
Uwaga! Poniższy dokument jest dokumentem pomocniczym do wypełniania wniosku. Należy go stosować łącznie z Instrukcją wypełniania wniosku. Sprawdź, czy wskazana data odpowiada AKTUALNEMU terminowi składania
Bardziej szczegółowoNaszym zadaniem jest rozpatrzenie związków między wierszami macierzy reprezentującej poziomy ekspresji poszczególnych genów.
ANALIZA SKUPIEŃ Metoda k-means I. Cel zadania Zadaniem jest analiza zbioru danych, gdzie zmiennymi są poziomy ekspresji genów. Podczas badań pobrano próbki DNA od 36 różnych pacjentów z chorobą nowotworową.
Bardziej szczegółowoetyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Temat: Białka Aminy Pochodne węglowodorów zawierające grupę NH 2 Wzór ogólny amin: R NH 2 Przykład: CH 3 -CH 2 -NH 2 etyloamina Aminy mają właściwości zasadowe i w roztworach kwaśnych tworzą jon alkinowy
Bardziej szczegółowoARKUSZ PRÓBNEJ MATURY Z OPERONEM MATEMATYKA
Miejsce na identyfikację szkoły ARKUSZ PRÓBNEJ MATURY Z OPERONEM MATEMATYKA POZIOM PODSTAWOWY MARZEC 019 Instrukcja dla zdającego Czas pracy: 170 minut 1. Sprawdź, czy arkusz egzaminacyjny zawiera 16 stron
Bardziej szczegółowoInstrukcja obsługi modułu MPlatform.
Instrukcja obsługi modułu MPlatform. Wymagania Do komunikacji z serwerem MPlatform muszą być spełnione warunki: 1. Program w wersji co najmniej 5.19.0717 2. Moduł obsługi sieciowej (w wersji jednostanowiskowej
Bardziej szczegółowoBioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta
Bioinformatyka Laboratorium, 30h Michał Bereta mbereta@pk.edu.pl www.michalbereta.pl 1 Często dopasować chcemy nie dwie sekwencje ale kilkanaście lub więcej 2 Istnieją dokładne algorytmy, lecz są one niewydajne
Bardziej szczegółowoPraca z systemem POL-on. Zaznaczanie toków do eksportu.
Praca z systemem POL-on. Zaznaczanie toków do eksportu. Niniejszy dokument będzie przedstawiał instrukcję użytkownika części systemu SID związaną z systemem POL-on, a dokładniej przygotowaniem danych do
Bardziej szczegółowoProjektowanie Nowych Chemoterapeutyków
Jan Mazerski Katedra Technologii Leków i Biochemii Wydział Chemiczny Projektowanie Nowych Chemoterapeutyków XV. QSAR 3D QSAR w przestrzeni Rozwój metod ustalania struktury 3D dla białek i ich kompleksów.
Bardziej szczegółowoAminokwasy, peptydy i białka. Związki wielofunkcyjne
Aminokwasy, peptydy i białka Związki wielofunkcyjne Aminokwasy, peptydy i białka Aminokwasy, peptydy i białka: - wiadomości ogólne Aminokwasy: - ogólna charakterystyka - budowa i nazewnictwo - właściwości
Bardziej szczegółowoWydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, Wrocław. Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, r.
Wydział Chemiczny Wybrzeże Wyspiańskiego 27, 50-370 Wrocław Prof. dr hab. Ilona Turowska-Tyrk Wrocław, 18.01.2016 r. Recenzja rozprawy doktorskiej mgr Pauliny Klimentowskiej pt. Krystalochemia wybranych
Bardziej szczegółowoOpis ćwiczeń zrealizowanych podczas szkolenia
Opis ćwiczeń zrealizowanych podczas szkolenia Szkolenie dedykowane dla pracowników JST I. Weryfikacja zapisów dokumentów planistycznych Wykorzystana funkcjonalność oprogramowania QGIS: Wizualizacja zasobów
Bardziej szczegółowoBiałka - liniowe kopolimery. złożone z aminokwasów. Liczba rodzajów białek - nieznana
Białka - liniowe kopolimery złożone z aminokwasów Liczba rodzajów białek - nieznana Cechy wspólne białek 1. wielk1cząsteczk1wy charakter niedializują, r1ztw1ry k1l1idalne 2. wywierają ciśnienie 1sm1tyczne
Bardziej szczegółowoDokonane w latach sześćdziesiątych odkrycie, w
Dokonane w latach sześćdziesiątych odkrycie, w jaki sposób sekwencja DNA przekłada się na sekwencję białek, spowodowało w biologii prawdziwy przełom intelektualny. Rozbudziło nadzieję na zrozumienie zasad
Bardziej szczegółowo