Przeglądarki genomowe



Podobne dokumenty
BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4

Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing. Wykład 6 Część 1 NGS - wstęp Dr Wioleta Drobik-Czwarno

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE

Bazy danych i R/Bioconductor

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH GENOMY I ICH ADNOTACJE. Pracownia Informatyczna 2

Podstawy bioinformatyki sekwencjonowanie nowej generacji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing

Bioinformatyka. Michał Bereta

Bioinformatyka. Michał Bereta

"Zapisane w genach, czyli Python a tajemnice naszego genomu."

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

Sekwencjonowanie Nowej Generacji ang. Next Generation Sequencing

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Magdalena Malczyk

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 ANALIZA DANYCH NGS

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)

Historia Bioinformatyki

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)

Bazy danych i R/Bioconductor

Bioinformatyczne bazy danych

ADNOTACJE WARIANTÓW GENETYCZNYCH

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

Bioinformatyczne bazy danych

Podstawy bioinformatyki - biologiczne bazy danych

Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji - przyrównanie do genomu referencyjnego. - część I -

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 2 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW

Bioinformatyczne bazy danych

Ćwiczenie 5/6. Informacja genetyczna i geny u różnych grup organizmów. Porównywanie sekwencji nukleotydowych w bazie NCBI z wykorzystaniem BLAST.

GENOMIKA. MAPOWANIE GENOMÓW MAPY GENOMICZNE

CHARAKTERYSTYKA PRZEDMIOTU Pracownia Informatyczna 1 PRACOWNIA INFORMATYCZNA 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1

Instrukcja instalacji oprogramowania dla środowiska Linux

Sekwencjonowanie, przewidywanie genów

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 3 SEKWENCJONOWANIE GENOMÓW I

Analizy wielkoskalowe w badaniach chromatyny

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 12 MIKROMACIERZE

Dotacje na innowacje. Inwestujemy w waszą przyszłość.

Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

serwisy W*S ERDAS APOLLO 2009

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka

Co już można, a co będzie można zrobić w e-podręczniku technologicznie?

Sposoby tworzenia projektu zawierającego aplet w środowisku NetBeans. Metody zabezpieczenia komputera użytkownika przed działaniem apletu.

Tworzenie witryn internetowych PHP/Java. (mgr inż. Marek Downar)

Załącznik 1 instrukcje instalacji

Glimmer umożliwia znalezienie regionów kodujących

Przydatność technologii Sekwencjonowania Nowej Generacji (NGS) w kolekcjach Banków Genów Joanna Noceń Kinga Smolińska Marta Puchta Kierownik tematu:

Bioinformatyka. Bazy danych. Wykład 3. E. Banachowicz. Wykład monograficzny Bioinformatyka. Wykład 3, Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Ćwiczenia nr 5. Wykorzystanie baz danych i narzędzi analitycznych dostępnych online

Instalacja SAS 9.4 Foundation i SAS Enterprise Guide

Połączenia. Instalowanie drukarki lokalnie (Windows) Co to jest drukowanie lokalne?

Automatyczne generowanie testów z modeli. Bogdan Bereza Automatyczne generowanie testów z modeli

Instalacja i konfiguracja IIS-a na potrzeby dostępu WEB do aplikacji Wonderware InTouch Machine Edition

Kontakt.

Problemy techniczne SQL Server

Instrukcja instalacji oprogramowania dla środowiska Linux

Instalacja SAS 9.3 Foundation i SAS Enterprise Guide

Instrukcja użytkownika Platforma transakcyjna mforex Trader dla systemu Linux

Instrukcja instalacji

Problemy techniczne SQL Server

Aplikacje WWW - laboratorium

Aktualizacja środowiska JAVA a SAS

Instrukcja instalacji oprogramowania dla środowiska Linux

Część I Rozpoczęcie pracy z usługami Reporting Services

- dodaj obiekt tekstowy: /** Maciej */ Stage { title : "First JavaFX App" scene: Scene { width: 300 height: 300 content: [ ] } }

Jarosław Kuchta Administrowanie Systemami Komputerowymi. Internetowe Usługi Informacyjne

Bioinformatyczna analiza danych. Wykład 1 Dr Wioleta Drobik-Czwarno Katedra Genetyki i Ogólnej Hodowli Zwierząt

Programowanie w C. dr inż. Stanisław Wszelak

Interaktywne uwzględnienie potrzeb Klienta w procesie projektowania i ofertowania

Mirror Tool.

Logika rozmyta typu 2

Różnorodność osobników gatunku

BASH - WPROWADZENIE Bioinformatyka 4

Załącznik 1 instrukcje instalacji

Tworzenie dokumentacji

Ekspresja genów. A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI

Bioinformatyczne bazy danych - część 2. -przeszukiwanie baz danych -pobieranie danych

1. KEGG 2. GO. 3. Klastry

Instrukcja instalacji oprogramowania dla środowiska Windows

Bazy danych i biologia

Toad for SQL Server. Nowa funkcjonalność w wersji 6.6

Plan. Wprowadzenie. Co to jest APEX? Wprowadzenie. Administracja obszarem roboczym

Instalacja SAS Forecast Studio for Desktop 12.1

Tworzenie własnych Smart Mobile Apps dzięki MobileHMI. ICONICS Worldwide Customer Summit

Microsoft SharePoint 2016 : krok po kroku / Olga Londer, Penelope Coventry. Warszawa, Spis treści

Jest to dziedzina biologiczna wywodząca się z biotechnologii. Bioinformatyka

Pliki z Banku File Transfer Light

Instalowanie TSplus v.12

Windows Server Active Directory

Dokumentacja instalacyjna i konfiguracyjna Aplikacja ADR. Wersja dokumentu 1.0. Strona 1/9

Instrukcja instalacji oprogramowania dla środowiska MacOS

PAKIETY STATYSTYCZNE

Automatyzacja Testowania w WEB 2.0

Automatyczna instalacja oprogramowania.

Bioinformatyka. Wykład 2 (12.X.2010) I r. studiów magisterskich, biologia (SGGW) Krzysztof Pawłowski

Microsoft Visual SourceSafe uproszczona instrukcja użytkowania

Samouczek: Konstruujemy drzewo

Transkrypt:

Przeglądarki genomowe

Popularne typy danych w nowoczesnych naukach biologicznych obejmują: sekwencje genomu sekwencje transkryptomu sekwencje proteomu epigenom adnotacje: geny, eksony, introny, izoformy, niekodujące RNA, elementy transpozonowe, miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych zależności i interakcje, mapy i ścieżki metaboliczne Dane z indywidualnych eksperymentów (najczęściej tzw. surowe dane): dane z wysokoprzepustowego sekwencjonowania dane SNP dane CNV dane indel dane z mapowania i przyrównania sekwencji

Aby je przeanalizowad potrzebujemy nie tylko odpowiednich narzędzi do obróbki danych, ale też (a może przede wszystkim) wizualizacji w odpowiednim kontekście. Do tego celu służą przeglądarki genomowe.

Dostępne opcje: publiczne przeglądarki genomowe dla popularnych organizmów i danych nałożenie własnych danych na dane w publicznej przeglądarce zainstalowanie lokalnej przeglądarki genomowej do wizualizacji własnych danych powiązanie własnej bazy danych z odpowiednio skonfigurowaną przeglądarką

Przegląd darmowych przeglądarek genomowych umożliwiających wizualizację i adnotację sekwencji, danych NGS (czasem też mikromacierzy), wyników analiz sekwencji

Integrative Genomics Viewer (IGV) Integrated Genome Browser (IGB) JBrowse* GBrowse* NCBI Genome Workbench EagleView Apollo/WebApollo* Artemis Tablet Savant Genome Browser

Integrated Genome Browser (IGB) adres: http://bioviz.org/igb/index.html dostawca: Pierwotnie rozwijana przez Affymetrix (od 2003 roku). Obecnie UNC Charlotte (The University of North Carolina at Charlotte) dostęp: otwarty typ: niezależna aplikacja wspierane systemy operacyjne: Windows, Mac, Unix kod źródłowy: dostępny eksport danych do innych programów: tak eksport obrazków: tak personalizacja widoku: tak zoom: semantic zoom manual: wiki

Integrated Genome Browser (IGB) polecane zastosowania: wizualizacja danych RNA-Seq i ChipSeq (e.g. pliki wyjściowe programów TopHat, Bowtie) w kontekście genomowym; wizualizacja wyników z tiling array, analiza alternatywnego splicingu, SNP przyjmowane dane z: lokalnych plików, serwerów IGBQuickLoad, IGBQuickLoad DAS, the UCSC DAS, Ensembl DAS, adresów URL genom: wbudowany lub z własnych plików przyjmowane formaty plików: BAM, SAM (dane NGS), wiggle, bar, gr, sgr, (dane tiling array), GenBank, fasta https://wiki.transvar.org/display/igbman/file+formats wymiana / udostępnianie własnych danych: poprzez IGBQuickLoad w trybie prywatnym lub ogólnodostępnym inne cechy: przenośne grafy ułatwiają porównywanie różnych ścieżek danych oznaczanie granic zaznaczonych elementów w poprzek ścieżek - ułatwiają porównywanie różnych ścieżek danych zwężanie intronów (Sliced View) obsługa zapytao HTTP możliwośd obsługi w trybie komend, dająca możliwośd pisania prostych skryptów

Nicol JW, Helt GA, Blanchard SG Jr, Raja A, Loraine AE. The Integrated Genome Browser: free software for distribution and exploration of genome-scale datasets. Bioinformatics. 2009 Oct 15;25(20):2730-1. Epub 2009 Aug 4. PubMed PMID: 19654113; PubMed Central PMCID: PMC2759552. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmc2759552

Integrative Genome Browser (IGV) Utworzona i dostarczana przez Broad Institute Darmowa Kompletna przeglądarka Może byd zainstalowana jako niezależna aplikacja Bardzo wszechstronna i dynamiczna Utworzona w Java Rozpoznaje wiele formatów plików Łatwa w obsłudze Daje możliwośd automatyzacji i powiązania z innymi programami

Generic Genome Browser (GBrowse) adres: http://www.gbrowse.org/ dostawca: Copyright (c) 2002 Cold Spring Harbor Laboratory and University of California, Berkeley; Copyright (c) 2010 Ontario Institute for Cancer Research; element projektu Generic Model Organism Systems Database (GMOD dostęp: otwarty typ: połączenie bazy danych i przeglądarki wspierane systemy operacyjne: Linux (ostatnia wersja 2012) kod źródłowy: dostępny eksport danych do innych programów: tak eksport obrazków: tak personalizacja widoku: tak instalacja: skomplikowana, wymaga bibliotek Perl manual: wiki

Generic Genome Browser (GBrowse) inne cechy: zoom nieciągły, kilka skali jednocześnie, opcje scroll, zoom, center katalog dostępnych oznakowao (glyphs) możliwośd personalizacji wyszukiwanie wg ID, słów kluczowych, koordynatach genomowych możliwośd dodania własnych adnotacji ustawienia zachowane między sesjami zrzuty sekwencji DNA możliwośd powiązania z różnymi bazami danych, Chado, MySQL możliwośd dodania różnorodnych wtyczek (e.g. run BLAST, eksport, import różnych formatów, edycja obiektów, znajdowanie starterów, miejsc restrykcyjnych etc. możliwośd współdzielenia plików Wykorzystywana w Wormbase, Flybase, TAIR

JBrowse adres: http://jbrowse.org/ dostawca: University of California, Berkeley, od 2008 roku, element projektu Generic Model Organism Systems Database (GMOD dostęp: otwarty typ: połączenie bazy danych i przeglądarki wspierane systemy operacyjne: Linux (ostatnia wersja 2012) kod źródłowy: dostępny eksport danych do innych programów: tak eksport obrazków: tak personalizacja widoku: tak instalacja: dośd skomplikowana, przeglądarka oparta na Java i HTML5 manual: wiki Wykorzystywana w Tomato re-sequencing project, Genomes unzipped

Apollo i WebApollo Wersja typu desktop nie wspierana od 2013 roku. Obecnie rozwijana WebApollo, wersja oparta o przeglądarki internetowe. Powiązana z innymi elementami projektu GMOD: JBrowse, MAKER adres: http://gmod.org/wiki/webapollo demo: http://genomearchitect.org/webapollodemo

EagleView Adres: http://www.niehs.nih.gov/research/resources/software/biostatistics/eagleview/ Rozwijany przez: National Institute of Enviromental Health Sciences Stworzony w C++ Wspiera Windows, Linux, Mac Niezależna aplikacja Weichun Huang and Gabor T Marth, EagleView: a genome assembly viewer for nextgeneration sequencing technologies, Genome Res.,June 11, 2008, 10.1101/gr.076067.108

NCBI Genome Workbench Adres: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/ dostawca: National Center for Biotechnology Information Typ: Niezależna aplikacja Zastosowania: Szczególnie dostosowana do pozyskiwania i obsługi sekwencji zdeponowanych w NCBI Wspiera różne formaty plików Systemy operacyjne: Windows, Linux, Mac (wersja 2015) inne cechy: napisane w C++

Tablet adres: http://ics.hutton.ac.uk/tablet/ dostawca: James Hutton institute wspierane systemy operacyjne: Mac, Windows, Linux (koniec 2014 r.) Tablet features: High-performance visualization and data navigation. Display of reads in both packed and stacked formats. File format support for ACE, AFG, MAQ, SOAP2, SAM, BAM, FASTA, FASTQ, and GFF3. Import GFF3 features and quickly find/highlight/display them. Search and locate reads by name or subsequence across entire data sets. Paired end visualization support (for SAM/BAM). Entire-contig overviews, showing data layout or coverage information. Simple install routine via auto-updating graphical installers. Support for Windows, Apple Mac OS X and Linux, in 32 and 64-bit. Milne I, Stephen G, Bayer M, Cock PJA, Pritchard L, Cardle L, Shaw PD and Marshall D. 2013. Using Tablet for visual exploration of second-generation sequencing data. Briefings in Bioinformatics 14(2), 193-202.

Savant Genome Browser adres: http://genomesavant.com/p/savant/index dostawca: University of Toronto dostęp: otwarty typ: niezależna aplikacja wspierane systemy operacyjne: Mac, Windows, Linux (koniec 2013 r.)

Artemis: Genome Browser and Annotation Tool Artemis is a free genome browser and annotation tool that allows visualisation of sequence features, next generation data and the results of analyses within the context of the sequence, and also its six-frame translation. Artemis is written in Java, and is available for UNIX, Macintosh and Windows systems. It can read EMBL and GENBANK database entries or sequence in FASTA, indexed FASTA or raw format. Other sequence features can be in EMBL, GENBANK or GFF format. Links ACT - a DNA sequence comparison viewer DNAPlotter - makes circular and linear interactive plots BamView - interactive display of read alignments in BAM data files adres: https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ dostawca: Wellcome Trust Sanger Institute