PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II
BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka OMIA: fenotypy zwierząt Sekwencje DNA Geny Funkcje genów Polimorfizm pojedynczych nukleotydów Białka zawartość metody wyszukiwania Copyright 2013, Joanna Szyda
OMIM
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery OMIM: Fenotypy człowieka
OMIM - ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN MAN http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim OMIM 1. Informacje o fenotypach ludzkich 2. Baza założona w latach 1960-tych 3. Od 1985 online 4. Zawartość stan kwiecień 2014: Wpisy do bazy danych: 21 696 22 296 Fenotypy o znanym podłożu genetycznym: 3 735 4 085 Fenotypy o nieznanym podłożu genetycznym: 1765 1708
OMIM - ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN MAN WYSZUKIWANIE PROSTE WYSZUKIWANIE SPECYFICZNE
OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man OMIM Gene Map
OMIA
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery OMIA: Fenotypy zwierząt
OMIA - ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN ANIMALS http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omia OMIA 1. Informacje o fenotypach zwierząt 2. Z wyłączeniem myszy Copyright 2013, Joanna Szyda
OMIA - ONLINE MENDELIAN INHERITANCE IN ANIMALS WYSZUKIWANIE SPECYFICZNE SŁOWA KLUCZOWE I OPERATORY LOGICZNE "Equus caballus"[organism] AND "coat colour" [Phenotype] Copyright 2013, Joanna Szyda
dbgap
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery dbgap: genotypy + fenotypy
dbgap http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gap dbgap 1. Dane ogólnodostępne Ogólne informacje o próbach danych Fenotypy Wyniki analizy asocjacyjnej, studiów klinicznych 2. Dane o ograniczonym dostępie Wartości fenotypów poszczególnych osobników Struktura spokrewnienia osobników Dodatkowe wyniki Copyright 2013, Joanna Szyda
dbgap- zbiory danych 3 064 zbiorów danych Dostępne informacje Liczebność próby danych Struktura danych
dbgap- choroby Fenotypy
GENOMES
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery Genome: zsekwencjonowane genomy
Genome- SEKWENCJE DNA http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genome Genome 1. Sekwencje nukleotydów: Chromosomy Organelle Plazmidy 2. 5 170 gatunków: Archea 72 Bakterie 1 076 Eukaryonty 1 830 Wirusy 2 115 Wiroidy 39 Plazmidy 38
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery Genes: geny
Gene INFORMACJE O GENACH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene Gene 1. 13 854 914 15 164 556 genów 2. Pierwszy wpis 30.07.2003 Tuatara 3. Najnowszy wpis 09.04.2014 Arcobacter butzleri Gen: pabun1_01
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery SNP: polimorfizm pojedynczych nukleotydów
SNP- POLIMORFIZM POJEDYNCZYCH NUKLEOTYDÓW http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snp SNP 1. Polimorfizm pojedynczych nukleotydów 2. 16 gatunków Homo sapiens: 20 569 318 SNP Mus musculus: 14 344 983 SNP Bos taurus: 2 223 033 SNP Pan troglodytes: 1 508 745 SNP
BAZY DANYCH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery Protein: sekwencje aminokwasów
Protein- INFORMACJE O BIAŁKACH http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=protein Protein 1. Sekwencje aminokwasów 2. Translacja DNA z genowych baz danych 3. Integracja informacji z różnych baz danych (poza NCBI) UniProt Protein Data Bank
BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka OMIA: fenotypy zwierząt Sekwencje DNA Geny Funkcje genów Polimorfizm pojedynczych nukleotydów Białka zawartość metody wyszukiwania
http://www.ncbi.nlm.nih.gov /sites/entrez?db=books
BAZY DANYCH - inne http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/ HAPMAP http://www.1000genomes.org/ 1 000 GENOMES http://www.ensembl.org/index.html ENSEMBL