Zmienność ewolucyjna. Ewolucja molekularna

Transkrypt

1 Zmienność ewolucyjna Ewolucja molekularna

2 Mechanizmy ewolucji Generujące zmienność mutacje rearanżacje genomu horyzontalny transfer genów! Działające na warianty wytworzone przez zmienność dobór naturalny dryf genetyczny

3 Pierwsza synteza Darwinizm + genetyka klasyczna + genetyka populacji Syntetyczna teoria ewolucji Mutacje jako podstawa zmienności ewolucyjnej W populacjach naturalnych występują rozmaite allele wielu genów, nowe powstają w wyniku mutacji Ewolucja jako zmiany częstości alleli w populacji

4 Druga synteza Darwinizm + genetyka molekularna ewolucja molekularna Molekularne mechanizmy ewolucji Jak zachodzą zmiany sekwencji DNA (i białek), jak ewoluują genomy Jak działa dobór naturalny na poziomie sekwencji Genetyczna kontrola rozwoju w ewolucji ( evo-devo ) Ewolucja molekularna jako narzędzie do poznawania funkcji genów i genomów

5 Podobieństwo i homologia Homologia: podobieństwo wynikające ze wspólnego pochodzenia ewolucyjnego cecha odziedziczona od wspólnego przodka vs. homoplazja podobieństwo powstałe niezależnie, nie odziedziczone po wspólnym przodku! Homologia jest właściwością dyskretną, nie stopniuje się cechy mogą być mniej lub bardziej podobne, ale albo są homologiczne, albo nie

6 Konwergencja Działanie doboru prowadzi do niezależnego wykształcenia podobnych przystosowań ptaki i nietoperze ryby, ichtiozaury i walenie kaktusy i wilczomlecze itp.

7 Podobieństwo i homologia sekwencji Przy dostatecznie dużym podobieństwie można założyć, że sekwencje DNA i białek są homologiczne Podobne struktury przestrzenne i/lub funkcje mogą być determinowane przez różne sekwencje Liczba możliwych sekwencji aminokwasowych o nietrywialnej długości jest gigantyczna dla 300 aminokwasów , czyli ~2x liczba atomów we Wszechświecie: ~ 1x10 80

8 Podobieństwo i homologia sekwencji Na poziomie sekwencji praktycznie nie stwierdza się konwergencji, homoplazje są przypadkowe i dotyczą pojedynczych pozycji, a nie całych sekwencji Dlatego sekwencje są doskonałym narzędziem do badania filogenezy

9 Zmiany genetyczne w ewolucji Mutacje tworzą nowe allele genów Inwersje zmieniają układ genów na chromosomach Duplikacje dotyczą fragmentów DNA, w tym całych genów lub całych chromosomów i całych genomów główne źródło innowacji ewolucyjnej Transfer horyzontalny w tym zdarzenia symbiotyczne

10 Mutacje Podstawienia (substytucje) Niewielkie delecje i insercje niewielkie tzn. wpływające na sekwencję 1-2 genów

11 Problem obliczania odległości ACGGTGC! C T! GCGGTGA

12 Mutacje i dobór naturalny Efekty działania mutacji obserwujemy pośrednio różnice sekwencji między populacjami (gatunkami) polimorfizm sekwencji w obrębie populacji Na allele wytworzone przez mutacje może działać dobór Za zmiany częstości powstających alleli może odpowiadać dryf genetyczny Obserwujemy mutacje utrwalone całkowicie lub częściowo (polimorfizmy) w puli genowej

13 Podstawowe pytanie ewolucji molekularnej Jaka jest rola dryfu i doboru w wyjaśnieniu obserwowanego zróżnicowania sekwencji? wewnątrzpopulacyjnego (polimorfizmy) międzygatunkowego! Pytanie dotyczy zróżnicowania ilościowego! Nikt nie podaje w wątpliwość tego, że adaptacje w ewolucji powstają dzięki działaniu doboru!

14 Dobor czy dryf? Selekcjonizm większość utrwalonych mutacji została wyselekcjonowana przed dobór większość polimorfizmów jest utrzymywana przez dobór dobór równoważący, naddominacja, dobór zależny od częstości! Neutralizm (Kimura, 1968) większość utrwalonych mutacji została utrwalona przez dryf za większość polimorfizmów odpowiada dryf mutacje utrwalane przez dobór są rzadkie, nie mają wpływu na ilościową analizę zmienności molekularnej

15 Współczynnik selekcji s o ile zmienia się dostosowanie osobnika o danym genotypie s<0 mutacje niekorzystne s>0 mutacje korzystne

16 niekorzystne (szkodliwe) Mutacje i dobór s < 0 eliminowane przez dobór (oczyszczający/negatywny) neutralne s 0 (a konkretniej, s 1/4N) im mniej liczna populacja, tym dryf ważniejszy dla mutacji o niewielkim współcznniku selekcji utrwalane przez dryf korzystne s > 0 utrwalane przez dobór (z udziałem dryfu dla niewielkich s)

17 Selekcjonizm i neutralizm Selekcjonizm: większość mutacji jest niekorzystna większość utrwalonych mutacji jest korzystna mutacje neutralne są rzadkie (nie częstsze od korzystnych)! Neutralizm większość mutacji jest niekorzystna lub neutralna większość utrwalonych mutacji jest neutralna mutacje korzystne są rzadkie (znacznie rzadsze od neutralnych)

18 Selekcjonizm i neutralizm selekcjonizm neutralizm pan-neutralizm Neutralizm nie oznacza pan-neutralizmu, czyli negowania znaczenia selekcyjnego mutacji!

19 Teoria neutralna - nieporozumienia Wszystkie mutacje są neutralne? Nieprawda większość jest szkodliwa (i eliminowana), neutralne to większość obserwowanych Dobór nie ma znaczenia w ewolucji? Ma, mutacje korzystne są szybko utrwalane i tylko one dają nowe adaptacje, ale są rzadkie w porównaniu z neutralnymi Do specjacji w niektórych przypadkach wystarczy dryf (i bariera, np. geograficzna)

20 Podsumowanie Dryf może utrwalać nowe allele Przy niewielkim współczynniku selekcji (wpływie mutacji na dostosowanie) dryf może przeważać nad doborem im mniej liczna populacja, tym bardziej

21 Tempo zmian sekwencji jest kształtowane przez dobór naturalny Tzw. sekwencje zachowawcze (konserwowane) zmieniają się powoli, zmiany eliminowane przez dobór oczyszczający sekwencje o kluczowej i niezmiennej funkcji! Sekwencje o mniej znaczącej lub zmieniającej się w toku ewolucji funkcji zmieniają się szybciej

22 Zegar molekularny Jeżeli teoria neutralna jest prawdziwa to tempo zmian zależy jedynie od działania doboru negatywnego Tempo zmian będzie różne dla różnych sekwencji, ale takie samo w różnych gałęziach drzewa dla danej sekwencji Porównując takie sekwencje możemy wnioskować o tym, ile czasu upłynęło od rozejścia się linii ewolucyjnych (TMRCA Time from Most Recent Common Ancestor) kalibracja zegara dane kopalne

23 Czy istnieje zegar molekularny? Nie istnieje globalny zegar prawdziwy we wszystkich gałęziach drzewa dla danej sekwencji Można znaleźć zegary lokalne tempo zmian jest równomierne dla danej sekwencji w określonej grupie organizmów

24 Status neutralizmu Wyjaśnia wiele zjawisk obserwowanych w ewolucji molekularnej wysoki polimorfizm sekwencji DNA i białek zegar molekularny ale jest wiele odstępstw, nie istnieje globalny zegar prawdziwy dla wszystkich gałęzi drzewa życia wolniejsza ewolucja sekwencji o kluczowym znaczeniu to też można wyjaśnić modelem, w którym większość mutacji jest albo niekorzystna, albo korzystna, ale niekorzystnych jest więcej! Jest bardzo przydatny jako hipoteza zerowa do badania doboru naturalnego na poziomie sekwencji!

25 Innowacje ewolucyjne w genomie

26 Skąd biorą się nowe funkcje (geny) Mutacje mogą zmienić funkcję genu, ale zwykle z utratą funkcji dotychczasowej Prawdopodobieństwo powstania nowego genu de novo (np. z sekwencji niekodującej) jest małe Rozwiązanie - duplikacje Susumu Ohno ( )

27 Duplikacje T.A. Brown. Genomy III, PWN 2009

28 Liczba genów wzrastała w historii życia

29 Ewolucja globin

30 Paralogi i ortologi Paralogi geny homologiczne w tym samym genomie, powstałe w wyniku duplikacji genu - np. α-globina i β-globina człowieka Ortologi geny homologiczne powstałe w wyniku specjacji, pochodzące od genu u wspólnego przodka np. α-globina człowieka i α-globina myszy

31 Ewolucja genów opsyn

32 Ewolucja widzenia barw

33 Geny HOX regulatory rozwoju

34 Duplikacje całych genomów Zmianie może ulec liczba chromosomów Podwojeniu może ulec cały genom Hipoteza 2R (hipoteza Ohno) podwojenie genomu na początku ewolucji kręgowców 2 rundy podwojenia np. geny Hox

35 Białka składają się z domen Tasowanie domen kombinatoryka w białkach. T.A. Brown. Genomy III, PWN 2009

36 Wspólne motywy w różnych genach Możemy stawiać hipotezy dotyczące funkcji nieznanych białek na podstawie motywów znajdowanych w sekwencji.!! Podstawa większości współczesnych badań biochemicznych!!

37 Ewolucyjne klocki Złożone sieci współzależności złożoność budowana przez oddziaływania i kombinacje, a nie liczbę elementów składowych Nowe elementy przez duplikację istniejących

38 Ewolucyjna zmienność genomów U Eukaryota skład genomu zmienia się powoli większość genów człowieka (>95%) ma odpowiedniki w genomie myszy, żaby itp. za różnice odpowiadają subtelne zmiany regulacji i współdziałania genów U Prokaryota (bakterie, archeony) duże róznice w zestawie genów nawet u blisko spokrewnionych organizmów

39 Horyzontalny transfer genów Bacteria Eukarya Archaea P S Z G R Chl Mt

40 Ewolucyjna zmienność Prokaryota Przy podobnej liczbie genów ogromna różnorodność zestawu genów Duże różnice między szczepami np. E. coli O157:H7 vs. E. coli K12 - ~1300 genów w O nie w K i ~500 w K nie w O(!) Częsty poziomy transfer genów (do kilkunastu procent genomu), nawet między odległymi gatunkami Problem definicji gatunku

41 Genom i pangenom

42 Transfer genów oporności

43 Nanorurki pomiędzy gatunkami Dubey & Ben-Yehuda (2011) Intercellular nanotubes mediate bacterial communication. Cell 144(4):

44 Co to jest Escherichia coli? Dla 61 zsekwencjonowanych szczepów:! W sumie 4157 do 5315 genów w genomie szczepu Genom rdzeniowy 933 geny Reszta geny pomocnicze wybrane spośród ~ genów Cały pangenom: ~ genów! Zhaxybayeva & Doolittle (2011) Curr Biology 21(7): R242-R246

45 Adaptacje dzięki HGT - przykład Bacteroides plebeius bakteria w przewodzie pokarmowym człowieka Niektóre szczepy zdolne do rozkładania polisacharydów pochodzących z krasnorostów B. plebeius uzyskał geny umożliwiające rozkład tych polisacharydów w HGT od bakterii morskich głównie szczepy izolowane od mieszkańców Japonii, brak w szczepach od mieszkańców USA Zhaxybayeva & Doolittle (2011) Curr Biology 21(7): R242-R246