Slajd 1 Proteiny Slajd 2 Peptydy i białka są polimerami aminokwasów połączonych wiązaniem amidowym (peptydowym) wiązanie amidowe Kwas α-aminokarboksylowy aminokwas
Slajd 3 Aminokwasy z alifatycznym łańcuchem bocznym - - H glicyna CH 3 alanina CH CH 3 - - CH CH 3 - CH CH 3 CH 3 CH 3 CH 3 walina leucyna izoleucyna Slajd 4 Aminokwasy z dodatkową grupą hydroksylową - - CH H H seryna Aminokwasy z grupą tiolową - CH 3 treonina - SH cysteina S CH 3 metionina
Slajd 5 Aminokwasy z dodatkową grupą karboksylową - - C Aminokwasy z grupą amidową - kwas asparginowy C - kwas glutaminowy - - C NH 2 aspargina C NH 2 glutamina Slajd 6 Aminokwasy z dodatkowymi grupami aminowymi - - NH NH 3 + C NH 2 + lizyna NH 2 arginina
Slajd 7 Aminokwasy z pierścieniem fenolowy - - H fenyloalanina tyrozyna Slajd 8 Aminokwasy zawierające pierścień heterocykliczny C - - - +H 2 N N NH HN prolina histydyna tryptofan
Slajd 9 Konfiguracja aminokwasów aldehyd D-glicerynowy aldehyd L-glicerynowy D-aminokwas L-aminokwas Slajd 10 Własności kwasowo-zasadowe aminokwasów jon obojnaczy Aminokwasy nigdy nie występują jako zwiąski obojetne elektrycznie
Slajd 11 W przypadku niektórych aminokwasów możliwe jest przyłączanie protonu do łańcucha bocznego histydyna Slajd 12 Punkt izoelektryczny (pi) aminokwasu to taka wartość ph, przy której roztwór aminokwasu wykazuje najniższe przewodnictwo elektryczne alanina
Slajd 13 Mieszanina aminokwasów może być rozdzielona w oparciu o różnice wartości ich pi za pomocą elektroforezy katoda anoda arginina pi=10,76 alanina pi=6,02 asparginian pi=2,98 Do wykrywania poszczególnych aminokwasów używa się ninhydryny Slajd 14 mechanizm reakcji aminokwasu z ninhydryną ninhydryna aminokwas fioletowy produkt
Slajd 15 Mieszaninę aminokwasów można rozdzielić również w oparciu o różnicę ich polarności najmniej polarny aminokwas Chromatografia start najbardziej polarny aminokwas Slajd 16 Chromatografia jonowymienna może być użyta do preparatywnego rozdziału aminokwasów Ujemnie naładowana żywica selektywnie łączy się z dodatnio naładowanymi aminokwasami
Slajd 17 Chromatografia jonowymienna Kationy silnie oddziaływują z kationitem Aniony silnie oddziaływują z anionitem Analizator aminokwasów działa w oparciu o zautomatyzowane procesy chromatografii jonowymiennej Slajd 18 Rozdzialanie mieszaniny racemicznej aminokwasów świńska nerkowa aminoacylaza D-aminokwas + L-aminokwas N-acetylo-D-aminokwas + N-acetylo-L-aminokwas L-aminokwas N-acetylo-D-aminokwas
Slajd 19 Tworzenie peptydu N-trminalny aminokwas wiązanie peptydowe tripeptyd C-trminalny aminokwas Slajd 20 Wiązanie peptydowe węgiel α węgiel α konfiguracja trans
Slajd 21 Powstawanie mostków disulfidowych cysteina mechanizm utleniania tioli do disulfidów Slajd 22 Mostki disulfidowe w proteinach uczestniczą w tworzeniu ich kszatłu utlenianie redukcja polipeptyd mostki disulfidowe sieciują fragmenty polipeptydu
Slajd 23 wewnątrzłańcuchowy mostek łańcuch A międzyłańcuchowy mostek łańcuch B insulina Slajd 24 Ponieważ aminokwasy posiadają dwie grupy funkcyjne pojawia się problem w przypadku otrzymania określonego peptydu glicyna alanina
Slajd 25 Strategia tworzenia określonego wiązania peptydowego glicyna alanina chroniony aktywny wiązanie peptydowe towrzy się pomiedzy tymi dwiema grupami Slajd 26 Przykład syntezy di-tert-butylodiwęglan glicyna N-chroniona glicyna
Slajd 27 przekazanie protonu N-chroniony aminokwas dicykloheksylodiimid DCC chroniony aktywowany Slajd 28 aminokwas tetraedryczny produkt pośredni wiązanie peptydowe dicykloheksylomocznik
Slajd 29 Kolejne aminokwasy mogą być dodawane do C-końca poprzez powtarzanie tych dwóch etapów N-chroniony dipeptyd N-chroniony tripeptyd Slajd 30 Kiedy właściwa liczba aminokwasów zostanie przyłączona usuwa się grupę ochronną N-chroniony tripeptyd tripeptyd
Slajd 31 Ulepszona strategia syntezy peptydów Synteza tripeptydu na żywicy Merrifilda żywica N-chroniony aminokwas Slajd 32 N-chroniony aminokwas N-chroniony i C-aktywowany aminokwas
Slajd 33 Slajd 34 N-chroniony aminokwas N-chroniony i C-aktywowany aminokwas
Slajd 35 Slajd 36 Pierwszym krokiem podczas określania sekwencji aminokwasów jest rozszczepienie mostków disulfidowych 2-merkaptoetanol kwas jodooctowy
Slajd 37 Następnym etapem jest określenie liczby i typu aminokwasów w peptydzie lub białku protein białko 6 N HCl 100 C 24 h aminokwasy acids Slajd 38 N-końcowy aminokwas w białku lub peptydzie może być określony również w oparciu o degradację Edmana odczynnik Edmana PITC
Slajd 39 tioazolinowa pochodna peptyd bez N-końcowego aminokwasu PTH-aminokwas kreślony PTH-aminokwas można zidentyfikować stosując chromatografię Slajd 40 C-Końcowy aminokwas można zidentyfikować używając karboksypeptydazy miejsce cięcia przez karboksypeptydazę
Slajd 41 Cyanogen bromide causes the hydrolysis of the amide bond on the C-side of a methionine residue Slajd 42 Drugorzędowa struktura białek kreśla ułożenie łańcucha protein Wpływ na to mają trzy czynniki: płaski kształt każdego wiązania peptydowego możliwie największa liczba grup peptydowych zaangażowanych w tworzenie wiązania wodorowego najkorzystniejsze ułożenie w przestrzeni sąsiadujących podstawników
Slajd 43 α-helisa jest stabilizowana przez wiązania wodorowe Slajd 44 Dwa typy β-pofałdowanej kartki N-końcowy N-końcowy N-końcowy C-końcowy C-końcowy równoległy C-końcowy C-końcowy antyrównoległy N-końcowy
Slajd 45 Większość białek globularnych na strukturę zwiniętą Slajd 46 Struktura trzeciorzędowa białek okmreśla przestrzenne pofałdowanie łańcuchów peptydowych często wynikające z istnienia mostków disulfidowych helisa pofałdowana kartka
Slajd 47 Struktura trzeciorzędowa jest determinowana przez strukturę pierwszorzędową Jest ona stabilizowana przez wiązania kowalencyjne, wodorowe, oddziaływania elektrostatyczne i hydrofobowe Mostki disulfidowe to jedyne wiązania kowalencyjne jakie powstają w wyniku fałdowania białek Białka zawierające więcej niż jednen łańcuch peptydowy nazywane są oligomerami