SYLABUS. rok akademicki 2015/2016

Transkrypt

1 SYLABUS rok akademicki 2015/2016 Nazwa przedmiotu/modułu Mikrobiologia z parazytologią Nazwa jednostki/-ek w której/ -ych jest Zakład Mikrobiologii i Zakład Biologii Ogólnej przedmiot realizowany jednostki mikrob@umb.edu.pl Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim Nazwa kierunku studiów Lekarski Poziom kształcenia Studia pierwszego stopnia, jednolite magisterskie. Forma studiów stacjonarne niestacjonarne Język przedmiotu polski angielski Rodzaj przedmiotu obowiązkowy fakultatywny Rok studiów/semestr Przedmioty wprowadzające wraz z wymaganiami wstępnymi I II III IV V VI Liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć Założenia i cele przedmiotu Metody dydaktyczne 100 godzin : Parazytologia 30 godz. i Mikrobiologia 70 godzin Treści kształcenia : Klasyfikacja drobnoustrojów. Ogólna charakterystyka bakterii, wirusów i grzybów. Formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój- gospodarz. Flora fizjologiczna. Etiopatogeneza i epidemiologia. Diagnostyka mikrobiologiczna. Terapia empiryczna i celowana. Dezynfekcja, sterylizacja i postępowanie aseptyczne zakażenia szpitalne Efekty kształcenia umiejętności i kompetencje : opisu właściwości biologicznych i klasyfikacji drobnoustrojów, rozpoznawania czynników etiologicznych i mechanizmów patogenezy zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje, doboru badań diagnostycznych w zależności od rodzaju schorzenia i zasad diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej, pobierania, przechowywania i przesyłania materiału do badań, interpretacji wyników badań mikrobiologicznych i serologicznych, prognozowania racjonalnej antybiotykoterapii, przeprowadzania dezynfekcji i sterylizacji w oparciu o znajomość podstaw epidemiologii chorób zakaźnych szczególnie w sytuacji zakażeń wewnątrzszpitalnych. Przekazywanie wiedzy w formie wykładów, zajęć praktycznych (ćwiczeń)

2 SYLABUS rok akademicki 2014/2015 Nazwa przedmiotu/modułu Mikrobiologia z parazytologią Nazwa jednostki/-ek w której/ -ych jest Zakład Mikrobiologii przedmiot realizowany jednostki mikrob@umb.edu.pl Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim Nazwa kierunku studiów Lekarski Poziom kształcenia Studia pierwszego stopnia, jednolite magisterskie. Forma studiów stacjonarne niestacjonarne Język przedmiotu polski angielski Rodzaj przedmiotu obowiązkowy fakultatywny Rok studiów/semestr Przedmioty wprowadzające wraz z wymaganiami wstępnymi I II III IV V VI Liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć Założenia i cele przedmiotu Metody dydaktyczne Imię i nazwisko osoby prowadzącej przedmiot 70, w tym : 20 wykłady, 50 ćwiczenia Treści kształcenia : Klasyfikacja drobnoustrojów. Ogólna charakterystyka bakterii, wirusów i grzybów. Formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój- gospodarz. Flora fizjologiczna. Etiopatogeneza i epidemiologia. Diagnostyka mikrobiologiczna. Terapia empiryczna i celowana. Dezynfekcja, sterylizacja i postępowanie aseptyczne zakażenia szpitalne Efekty kształcenia umiejętności i kompetencje : opisu właściwości biologicznych i klasyfikacji drobnoustrojów, rozpoznawania czynników etiologicznych i mechanizmów patogenezy zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje, doboru badań diagnostycznych w zależności od rodzaju schorzenia i zasad diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej, pobierania, przechowywania i przesyłania materiału do badań, interpretacji wyników badań mikrobiologicznych i serologicznych, prognozowania racjonalnej antybiotykoterapii, przeprowadzania dezynfekcji i sterylizacji w oparciu o znajomość podstaw epidemiologii chorób zakaźnych szczególnie w sytuacji zakażeń wewnątrzszpitalnych. Przekazywanie wiedzy w formie wykładów, zajęć praktycznych (ćwiczeń) Pracownicy naukowo-dydaktyczni i dydaktyczni zatrudnieni w Zakładzie Mikrobiologii: Dr hab. Katarzyna Leszczyńska, Dr n. med. Tamara Daniluk, Dr n. med. Krzysztof Fiedoruk, mgr Małgorzata Ściepuk

3 Imię i nazwisko osoby odpowiedzialnej za dydaktykę Dr h. n. med. Katarzyna leszczyńska Symbol i numer efektu kształcenia zgodnie ze standardam i kształcenia oraz inne przedmioto we efekty kształcenia C.W11 CW12 C.W13 Opis kierunkowych efektów kształcenia wiedza Zna genetyczne mechanizmy nabywania lekooporności przez drobnoustroje i komórki nowotworowe Klasyfikuje drobnoustroje z uwzględnieniem chorobotwórczych i obecnych we florze fizjologicznej Zna epidemiologię zarażeń wirusami, bakteriami oraz zakażeń grzybami i pasożytami z uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania Forma zajęć Metody weryfikacji osiągnięcia zamierzonych efektów kształcenia - zaliczenie pisemne i praktyczne Kolokwia- zaliczenie pisemne (testowe) Zaliczenie końcowe praktyczne i pisemne C.W14 C.W15 C.W16 C.W17 C.W18 C.W19 Zna wpływ abiotycznych i biotycznych (wirusy, bakterie) czynników środowiska na organizm i populację oraz drogi ich wnikania do organizmu człowieka, potrafi opisać konsekwencje narażenia organizmu człowieka na różne czynniki chemiczne i biologiczne oraz zasady profilaktyki Zna inwazyjne dla człowieka formy lub stadia rozwojowe wybranych pasożytniczych grzybów, pierwotniaków, helmintów i stawonogów, z uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania Omawia zasadę funkcjonowania układu pasożytżywiciel oraz zna podstawowe objawy chorobowe wywoływane przez pasożyty Zna objawy zakażeń jatrogennych, drogi ich rozprzestrzeniania się oraz patogeny wywołujące zmiany w poszczególnych narządach Zna i rozumie podstawy diagnostyki mikrobiologicznej i parazytologicznej Zna podstawy dezynfekcji, sterylizacji i postepowania aseptycznego C.W39 Rozumie problem lekooporności, w tym lekooporności wielolekowej umiejętności C.U6 Ocenia zagrożenia środowiskowe oraz posługuje się podstawowymi metodami pozwalającymi na wykrycie obecności czynników szkodliwych (biologicznych) w biosferze ćwiczenia Rozpoznaje najczęściej spotykane pasożyty człowieka C.U7 na podstawie ich budowy, cykli życiowych oraz ćwiczenia objawów chorobowych C.U9 Potrafi przygotować preparat i rozpoznać patogeny pod mikroskopem ćwiczenia C.U10 Interpretuje wyniki badań mikrobiologicznych ćwiczenia C.U15 Projektuje schemat racjonalnej chemioterapii zakażeń empirycznej i celowanej ćwiczenia Zaliczenie praktyczne na ocenę

4 kompetencje społeczne K1 K2 K3 K4 Rozpoznaje własne ograniczenia diagnostyczne i lecznicze, potrzeby edukacyjne, planuje aktywność edukacyjną Umie pracować w zespole profesjonalistów, w środowisku wielokulturowym i wielonarodowościowym Wdraża zasady koleżeństwa zawodowego i współpracy z przedstawicielami innych zawodów w zakresie ochrony zdrowia Przestrzega tajemnicy lekarskiej i prawa pacjenta Ocenianie ciągłe przez nauczyciela Punkty ECTS Należy podać liczbę punktów ECTS przypisaną przedmiotowi. Obciążenie pracą studenta Forma aktywności Liczba godzin na zrealizowanie aktywności Zajęcia wymagające udziału prowadzącego: 1. Realizacja przedmiotu: wykłady (wg planu studiów) Realizacja przedmiotu: ćwiczenia (wg planu studiów) Realizacja przedmiotu: seminaria (wg planu studiów) 4. Realizacja przedmiotu: fakultety 5. Udział w konsultacjach godziny razem: 70 Samodzielna praca studenta: 1 punkt ECTS oznacza godzin pracy studenta w różnych formach, takich jak np.: 1. Samodzielne przygotowanie się do zajęć teoretycznych i praktycznych (wykonanie projektu, dokumentacji, opisu przypadku itp.) 2. Samodzielne przygotowanie się do zaliczeń/kolokwiów 3. Samodzielne przygotowanie się do egzaminu/zaliczenia końcowego godziny razem: Treści programowe przedmiotu: proszę wpisać hasłowo tematykę poszczególnych zajęć, pamiętając, aby przekładała się ona na zamierzone efekty kształcenia Efekty kształcenia tematyka (symbol i numer) C.W12, C.W14, C.W16, Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Klasyfikacja i charakterystyka komórkowych (bakterie, grzyby, protisty) i bezkomórkowych (wirusy, wiroidy, priony) drobnoustrojów. Mikroorganizmy prokariotyczne i eukariotyczne. C.W16, C.W17, C.W18, C.W11, C.W13, C.W14, C.W12, C.W13, C.W14, C.W16, C.W17 C.W12, C.W13, C.W14, C.W16, C.W17 C.W12, C.W13, C.W14, C.W16, C.W17 Klasyfikacja bakterii ważnych w medycynie. Budowa i funkcje podstawowych składników i struktur komórek bakteryjnych. Metabolizm i genetyka bakterii chorobotwórczych. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram+. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram-. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii beztlenowych i atypowych. C.W12, C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17 Drożdżaki i grzyby pleśniowe : budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia. Mykotoksyny. Chemioterapeutyki przeciwgrzybicze. C.W12, C.W13, C.W14, C.W16, C.W17 Przegląd wirusów DNA i RNA chorobotwórczych dla człowieka : charakterystyka, immunopatogeneza, epidemiologia, profilaktyka i terapia przeciwwirusowa. Interferony. HIV i AIDS. Wirusy onkogenne.

5 C.W11, C.W14, C.W39 Terapia przeciwdrobnoustrojowa. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych, przeciwgrzybiczych i przeciwwirusowych. Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich lekooporności. C.W12, C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17 C.W12, C.W18 C.U9 Etiopatogeneza i epidemiologia chorób infekcyjnych (bakteryjne, wirusowe, grzybicze), w tym immunopatogeneza zakażeń oraz czynniki wirulencji związane z inwazją i zapaleniem i/lub działaniem toksycznym (toksyny : egzotoksyny i endotoksyny : LPS, LOS). Organizacja zajęć. Zasady BiHP w laboratorium mikrobiologicznym. Zasady mikroskopowania. Mikroskopy różne. Ocena morfologii komórek bakteryjnych w preparatach barwionych. C.W12, C.W13, C.W15, C.W18, C.U7, C.U9 C.W12, C.W18,, C.W12, C.W18,, C.W12, C.W14, C.W18 C.W12, C.W14, C.W18 C.W12, C.W14, C.W15, C.W18 Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Zasady klasyfikacji i krótka charakterystyka drobnoustrojów. Drobnoustroje prokariotyczne (bakterie): podstawowe i dodatkowe struktury komórki bakteryjnej i ich funkcje. Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Techniki sporządzania preparatów 2. Techniki barwienia bakterii 2.1. Barwienie metodą Grama i morfologia komórek w mikroskopie świetlnym 3. Barwienia specjalne: metoda Neissera, Dornera, Manevala,Ziehl Neelsena i inne. Część teoretyczna: Budowa i biologia komórki bakteryjnej Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Zasady hodowli bakterii 1.1. Podłoża do hodowli 1.2. Techniki posiewów 1.3. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach KOLOKWIUM 1 : Mikrobiologia ogólna Część teoretyczna: Wzrost i rozmnażanie bakterii oraz metabolizm bakteryjny. Bakterie mikroaerofilne i beztlenowe: charakterystyka i klasyfikacja oraz chorobotwórczość. Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii: metody badań 4. Zasady hodowli bakterii 4.1. Podłoża do hodowli 4.2. Techniki posiewów 5. Zasady identyfikacji bakterii tlenowych 5.1. Właściwości fizjologiczne (biochemiczne) 6. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach płynnych i półpłynnych 7. Procedury w hodowli i identyfikacji bakterii beztlenowych i mikroaerofilnych Część teoretyczna i praktyczna Charakterystyka bakterii Gram dodatnich (m.in. Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus i Corynebacterium, Bacillus, Listeria) - hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Część teoretyczna i praktyczna: Charakterystyka bakterii Gram-ujemnych( m.in. Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Neisseria, Haemophilus) - hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Część teoretyczna: Drożdżaki i grzyby pleśniowe: budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia. Przegląd grzybic i ich czynników etiologicznych. Mykotoksyny i mykotoksykozy. Część praktyczna: Zasady diagnostyki grzybic 1. Morfologia i fizjologia drożdżaków z rodzajów : Candida, Cryptococcus, Saccharomyces i innych 1.1. Barwione i niebarwione komórki i/lub hodowle

6 C.W18, C.W39, C.U10, C.U Podłoża i zasady hodowli 1.3. Morfologia kolonii i/lub hodowli 1.4. Identyfikacja w oparciu o właściwości fenotypowe 2. Morfologia i fizjologia grzybów pleśniowych z rodzajów: Aspergillus,Penicillium i innych KOLOKWIUM 2 : Charakterystyka i klasyfikacja drobnoustrojów Część teoretyczna : Kontrola (nadzór, regulacja) wzrostu drobnoustrojów: chemioterapia i chemioprofilaktyka. Terapia empiryczna i celowana. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych. Część praktyczna: Zasady chemioterapii racjonalnej (empirycznej i celowanej) i jej skuteczność terapeutyczna. 1. Metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki (jakościowe, półilościowe, ilościowe) i interpretacja wyników 1.1. Metoda dyfuzyjno-krążkowa 1.2. Metoda Etest (AB Biodisk, Solna, Szwecja) 1.3. Metody rozcieńczeniowe w podłożu stałym, płynnym i/lub półpłynnym Określenie MIC (μg/ml; mg/l) (Minimum Inhibitory Concentration) Określenie MBC (μg/ml; mg/l) Określenie MIC 50 i MIC 90 oraz innych wartości 1.4. Automaty i półautomaty do oceny lekowrażliwości 1.5. Metody skriningowe oceny wrażliwości wykorzystanie stężeń krytycznych (tzw. break-points) C.W11, C.W18, C.W39, C.U10, C.U15 Część teoretyczna : Chemioterapia i chemioprofilaktyka. Mechanizmy działania, spektrum i skuteczność oraz bakteryjne mechanizmy oporności na antybiotyki. Charakterystyka i chorobotwórczość ziarniaków Gram-dodatnich. Część praktyczna: Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich lekooporności 1. Metody badania oporności na antybiotyki wśród wybranych gatunków lub grup bakterii oraz interpretacja wyników i praktyczne znaczenie kliniczne 1.1. Oporność na metycylinę wśród gronkowców : MRSA; (methicillin-resistant Staphylococcus aureus), MRCNS lub MRCoagNS 1.2. Oporność na penicylinę wśród paciorkowców (Streptococcus pneumoniae PRSP; PISP; NSSP) 1.3. Oporność na ampicylinę wśród Haemophilus spp., Neisseria spp., Moraxella catarrhalis, wybranych pałeczek jelitowych i innych (np. Enterococcus spp.) 2. β-laktamazy i metody badań 2.1. β-laktamazy i szczepy alarmowe : ESBL, AmpC IB(+), inne 3. Oporność na wankomycynę wśród gronkowców (VISA, VRSA, inne) i enterokoków (VRE) i metody badań 4. Oporność typu MLS B (macrolide- lincomycin streptogramin B) i inne typy oporności (m.in. indukowana) na makrolidy / linkosamidy wśród bakterii Gram-dodatnich oraz metody wykrywania 5. Oporność wysokiego poziomu na aminoglikozydy wśród enterokoków (HLAR)

7 C.W13, C.W14, C.W19, C.U6, C.U10 Część teoretyczna i praktyczna: Kontrola (nadzór) wzrostu drobnoustrojów: 1. Aseptyka i antyseptyka 1.1. Zasady postępowania aseptycznego 1.2. Antyseptyki 1.3. Higieniczna i chirurgiczna dezynfekcja rąk oraz ich kontrola 2. Dezynfekcja 2.1. Metody fizyczne i chemiczne 2.2. Stopnie, skuteczność i zastosowanie 2.3. Kontrola dezynfekcji 3. Dekontaminacja wyposażenia i otoczenia 4. Mikrobiologiczna kontrola powierzchni 5. Mikrobiologiczna kontrola powietrza 6. Zasady badania jałowości leków i materiałów medycznych 7. Sterylizacja (wyjaławianie) 7.1. Metody, skuteczność i ich zastosowanie w medycynie 7.2. Kontrola procesów sterylizacji C.W18, C.U7, C.U9, C.U10 C.W18, C.U7, C.U9, C.U10 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U15 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U15 KOLOKWIUM 3 - Chemioterapia przeciwbakteryjna, przeciwgrzybicza i przeciwwirusowa oraz sterylizacja, dezynfekcja, antyseptyka Część praktyczna i teoretyczna : 1. Organizacja i zasady badań mikrobiologicznych, konstruowania i przekazywania wyników. Zasady pobierania i transportu próbek materiałów od chorych i ze środowiska. Zasady współpracy lekarza i mikrobiologa. 2. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych, grzybiczych i wirusowych (metody hodowlane, serologiczne i molekularne) KOLOKWIUM 3 - Chemioterapia przeciwbakteryjna, przeciwgrzybicza i przeciwwirusowa oraz sterylizacja, dezynfekcja, antyseptyka Część praktyczna i teoretyczna : 3. Organizacja i zasady badań mikrobiologicznych, konstruowania i przekazywania wyników. Zasady pobierania i transportu próbek materiałów od chorych i ze środowiska. Zasady współpracy lekarza i mikrobiologa. 4. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych, grzybiczych i wirusowych (metody hodowlane, serologiczne i molekularne) Część teoretyczna i praktyczna: 1. Charakterystyka i chorobotwórczość pałeczek Gram-ujemnych: Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Campylobacter, Helicobacter pylori 2. Uropatogeny i patogeneza zakażeń oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (wykrywanie przeciwciał i/lub antygenów) i zasady chemioterapii w zakażeniach dróg moczowych. Choroby przenoszone drogą płciową. 3. Etiopatogeneza i epidemiologia zakażeń / zatruć pokarmowych oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (m.in. wykrywanie antygenów i/lub przeciwciał), m.in. :Escherichia coli, Salmonella, Shigella,Yersinia, Campylobacter spp., Helicobacter pylori, Clostridium difficile, Listeria monocytogenes, inne. Charakterystyka czynników etiologicznych w ropnych i aseptycznych zapaleniach opon mózgowo-rdzeniowych. Charakterystyka i klasyfikacja czynników etiologicznych w typowych i atypowych zapaleniach płuc (wirusy, bakterie, grzyby). Czynniki, patogeneza i epidemiologa zakażeń szpitalnych i pozaszpitalnych dróg oddechowych. Część praktyczna:

8 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U15 1. Mikrobiologiczna diagnostyka zapaleń opon mózgowordzeniowych: hodowla i identyfikacja czynników. 2. Mikrobiologiczna diagnostyka zakażeń dróg oddechowych połączona z hodowlą i identyfikacją czynników etiologicznych ( typowych ) 3. Procedury (podłoża i techniki specjalne) w hodowli/wykrywaniu bakterii atypowych: mykoplazmy, chlamydie, riketsje, Legionella spp., inne 4. Immunodiagnostyka w atypowych zapaleniach płuc : zakażenia z udziałem wirusów, Mycoplasma, Chlamydia, Chlamydophila, Legionella, Rickettsia, Coxiella, innych Część teoretyczna: Zakażenia krwi, ropne oraz zakażenia szpitalne Część praktyczna: Główne czynniki etiologiczne w zakażeniach krwi i w zakażeniach szpitalnych. - Metody molekularne w diagnostyce zakażeń i w dochodzeniach epidemiologicznych. Egzamin praktyczny Literatura podstawowa: (1-2 pozycje) Podręczniki obowiązujące: 1. Mikrobiologia: Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A. Wydanie polskie, Elsevier Urban & Partner, Wrocław, Mikrobiologia lekarska Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M. Wydanie polskie, Wydawnictwo Lekarskie PZWL Warszawa, 2006 Literatura uzupełniająca: (1-2 pozycje) Podręczniki dodatkowe: 1. Antybiotykoterapia praktyczna Danuta Dzierżanowska α-medica press, Mikrobiologia lekarska. Podręcznik dla studentów medycyny. Autorzy: Zaremba M.L., Borowski J. Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, wyd. II 1997r., wyd. III 2001r.; Dodruk 2004 ; od 2008 roku Kryteria oceny osiągniętych efektów kształcenia oraz forma i warunki uzyskania zaliczenia przedmiotu: Student uzyskuje zaliczenie pojedynczego ćwiczenia przez asystenta po sprawdzeniu bieżących wiadomości i wykonaniu samodzielnie części praktycznej i/lub odczytaniu wyników i wyciągnięciu wniosków zarejestrowanych opisowo w zeszycie do ćwiczeń. Student ma obowiązek uczestnictwa w wykładach, zaliczenia wszystkich zajęć praktycznych (ćwiczeń) oraz zaliczenia trzech kolokwiów (forma pisemna/testowa) przewidzianych w programie nauczania : Na ostatnich zajęciach praktycznych (ćwiczeniach) odbywa się egzamin praktyczny - mogą być zwolnienia pod warunkiem uczęszczania regularnie na wykłady i ćwiczenia oraz zaliczenia kolokwiów w pierwszym terminie (bez poprawek). Egzamin końcowy pisemny (opisowy) zdają wszyscy studenci dopuszczeni do sesji egzaminacyjnej. Zwolnienia z egzaminu nie są przewidziane r.... (data i podpis osoby sporządzającej sylabus) r..... (data i podpis kierownika jednostki prowadzącej zajęcia oraz koordynatora przedmiotu)