SYLABUS. rok akademicki 2017/2018

Transkrypt

1 SYLABUS rok akademicki 2017/2018 Nazwa przedmiotu/modułu Mikrobiologia Nazwa jednostki/-ek w której/ -ych jest Zakład Mikrobiologii przedmiot realizowany jednostki mikrob@umb.edu.pl Wydział Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim Nazwa kierunku studiów Lekarski Poziom kształcenia jednolite magisterskie Forma studiów stacjonarne niestacjonarne Język przedmiotu polski angielski Rodzaj przedmiotu obowiązkowy fakultatywny Rok studiów/semestr I II III IV V VI Przedmioty wprowadzające wraz z wymaganiami wstępnymi Liczba godzin zajęć dydaktycznych z podziałem na formy prowadzenia zajęć Założenia i cele przedmiotu Metody dydaktyczne Imię i nazwisko osoby prowadzącej przedmiot Imię i nazwisko osoby odpowiedzialnej za dydaktykę Wiadomości z biologii z zakresu szkoły średniej 70, w tym : 20 wykłady, 50 ćwiczenia Treści kształcenia : Klasyfikacja drobnoustrojów. Ogólna charakterystyka bakterii, wirusów i grzybów. Formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój- gospodarz. Flora fizjologiczna. Etiopatogeneza i epidemiologia. Diagnostyka mikrobiologiczna. Terapia empiryczna i celowana. Dezynfekcja, sterylizacja i postępowanie aseptyczne zakażenia szpitalne Efekty kształcenia umiejętności i kompetencje : opisu właściwości biologicznych i klasyfikacji drobnoustrojów, rozpoznawania czynników etiologicznych i mechanizmów patogenezy zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje, doboru badań diagnostycznych w zależności od rodzaju schorzenia i zasad diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej, pobierania, przechowywania i przesyłania materiału do badań, interpretacji wyników badań mikrobiologicznych i serologicznych, prognozowania racjonalnej antybiotykoterapii, przeprowadzania dezynfekcji i sterylizacji w oparciu o znajomość podstaw epidemiologii chorób zakaźnych szczególnie w sytuacji zakażeń wewnątrzszpitalnych. Przekazywanie wiedzy w formie wykładów, zajęć praktycznych (ćwiczeń) Pracownicy naukowo-dydaktyczni i dydaktyczni zatrudnieni w Zakładzie Mikrobiologii: Dr hab. Katarzyna Leszczyńska, Dr n. med. Tamara Daniluk, Dr n. med. Krzysztof Fiedoruk, mgr Małgorzata Ściepuk Dr h. n. med. Katarzyna Leszczyńska

2 Symbol i numer efektu kształcenia zgodnie ze standardam i kształcenia oraz inne przedmioto we efekty kształcenia C.W11 CW12 C.W13 Opis kierunkowych efektów kształcenia wiedza Zna genetyczne mechanizmy nabywania lekooporności przez drobnoustroje i komórki nowotworowe Klasyfikuje drobnoustroje z uwzględnieniem chorobotwórczych i obecnych we florze fizjologicznej Zna epidemiologię zarażeń wirusami, bakteriami oraz zakażeń grzybami i pasożytami z uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania Forma zajęć Zna wpływ abiotycznych i biotycznych (wirusy, bakterie) czynników środowiska na organizm i C.W14 populację oraz drogi ich wnikania do organizmu człowieka, potrafi opisać konsekwencje narażenia organizmu człowieka na różne czynniki chemiczne i biologiczne oraz zasady profilaktyki Zna inwazyjne dla człowieka formy lub stadia C.W15 rozwojowe wybranych pasożytniczych grzybów, pierwotniaków, helmintów i stawonogów, z uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania C.W16 Omawia zasadę funkcjonowania układu pasożytżywiciel oraz zna podstawowe objawy chorobowe wywoływane przez pasożyty C.W17 Zna objawy zakażeń jatrogennych, drogi ich rozprzestrzeniania się oraz patogeny wywołujące zmiany w poszczególnych narządach C.W18 Zna i rozumie podstawy diagnostyki mikrobiologicznej i parazytologicznej C.W19 Zna podstawy dezynfekcji, sterylizacji i postepowania aseptycznego C.W39 Rozumie problem lekooporności, w tym lekooporności wielolekowej C.W10 Określa korzyści i zagrożenia wynikające z obecności w ekosystemie organizmów modyfikowanych genetycznie (GMO) umiejętności C.U6 Ocenia zagrożenia środowiskowe oraz posługuje się podstawowymi metodami pozwalającymi na wykrycie obecności czynników szkodliwych (biologicznych) w biosferze ćwiczenia Rozpoznaje najczęściej spotykane pasożyty człowieka C.U7 na podstawie ich budowy, cykli życiowych oraz ćwiczenia objawów chorobowych C.U9 Potrafi przygotować preparat i rozpoznać patogeny pod mikroskopem ćwiczenia C.U10 Interpretuje wyniki badań mikrobiologicznych ćwiczenia C.U15 Projektuje schemat racjonalnej chemioterapii zakażeń empirycznej i celowanej ćwiczenia Metody weryfikacji osiągnięcia zamierzonych efektów kształcenia Metody podsumowujące: Zaliczenie końcowe praktyczne i pisemne Metody formujące - zaliczenie pisemne i praktyczne Kolokwia- zaliczenie pisemne (testowe) Metody podsumowujące: Zaliczenie praktyczne na ocenę Metody formujące - obserwacja pracy studenta - ocena przygotowania do zajęć K2 kompetencje społeczne potrafi nawiązać i utrzymać głęboki i pełen szacunku kontakt z chorym Ocenianie ciągłe przez nauczyciela

3 K3 K4 K1 kieruje się dobrem chorego, stawiając je na pierwszym miejscu posiada świadomość własnych ograniczeń i umiejętność stałego dokształcania się Przestrzega tajemnicy lekarskiej i prawa pacjenta Punkty ECTS 6,5 Obciążenie pracą studenta Forma aktywności Liczba godzin na zrealizowanie aktywności Zajęcia wymagające udziału prowadzącego: 1. Realizacja przedmiotu: wykłady (wg planu studiów) Realizacja przedmiotu: ćwiczenia (wg planu studiów) Realizacja przedmiotu: seminaria (wg planu studiów) 4. Realizacja przedmiotu: fakultety 5. Udział w konsultacjach godziny razem: 70 Samodzielna praca studenta: 1. Samodzielne przygotowanie się do zajęć teoretycznych i praktycznych (wykonanie projektu, dokumentacji, opisu przypadku itp.) 2. Samodzielne przygotowanie się do zaliczeń/kolokwiów 3. Samodzielne przygotowanie się do egzaminu/zaliczenia końcowego godziny razem: Efekty kształcenia (symbol i numer) C.W12, C.W14, C.W16, C.W16, C.W17, C.W18, C.W11, C.W13, C.W14, C.W12, C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17 C.W11, C.W14, C.W39 C.W12, C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17 Treści programowe przedmiotu: tematyka Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Klasyfikacja i charakterystyka komórkowych (bakterie, grzyby, protisty) i bezkomórkowych (wirusy, wiroidy, priony) drobnoustrojów. Mikroorganizmy prokariotyczne i eukariotyczne. Klasyfikacja bakterii ważnych w medycynie. Budowa i funkcje podstawowych składników i struktur komórek bakteryjnych. Metabolizm i genetyka bakterii chorobotwórczych. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram+. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii Gram-. Klasyfikacja i charakterystyka bakterii beztlenowych i atypowych. Drożdżaki i grzyby pleśniowe : budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia. Mykotoksyny. Chemioterapeutyki przeciwgrzybicze. Przegląd wirusów DNA i RNA chorobotwórczych dla człowieka : charakterystyka, immunopatogeneza, epidemiologia, profilaktyka i terapia przeciwwirusowa. Interferony. HIV i AIDS. Wirusy onkogenne. Terapia przeciwdrobnoustrojowa. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych, przeciwgrzybiczych i przeciwwirusowych. Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich lekooporności. Etiopatogeneza i epidemiologia chorób infekcyjnych (bakteryjne, wirusowe, grzybicze), w tym immunopatogeneza zakażeń oraz czynniki wirulencji związane z inwazją i zapaleniem i/lub działaniem

4 toksycznym (toksyny : egzotoksyny i endotoksyny : LPS, LOS). C.W12, C.W18 C.U9 C.W12, C.W13, C.W15, C.W18, C.U7, C.U9 C.W12, C.W18,, C.W12, C.W18,, C.W12, C.W14, C.W18 C.W12, C.W14, C.W18 C.W12, C.W14, C.W15, C.W18 Organizacja zajęć. Zasady BiHP w laboratorium mikrobiologicznym. Zasady mikroskopowania. Mikroskopy różne. Ocena morfologii komórek bakteryjnych w preparatach barwionych. Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Zasady klasyfikacji i krótka charakterystyka drobnoustrojów. Drobnoustroje prokariotyczne (bakterie): podstawowe i dodatkowe struktury komórki bakteryjnej i ich funkcje. Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Techniki sporządzania preparatów 2. Techniki barwienia bakterii 2.1. Barwienie metodą Grama i morfologia komórek w mikroskopie świetlnym 3. Barwienia specjalne: metoda Neissera, Dornera, Manevala,Ziehl Neelsena i inne. Część teoretyczna: Budowa i biologia komórki bakteryjnej Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań 1. Zasady hodowli bakterii 1.1. Podłoża do hodowli 1.2. Techniki posiewów 1.3. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach KOLOKWIUM 1 : Mikrobiologia ogólna Część teoretyczna: Wzrost i rozmnażanie bakterii oraz metabolizm bakteryjny. Bakterie mikroaerofilne i beztlenowe: charakterystyka i klasyfikacja oraz chorobotwórczość. Część praktyczna: Morfologia i fizjologia bakterii: metody badań 4. Zasady hodowli bakterii 4.1. Podłoża do hodowli 4.2. Techniki posiewów 5. Zasady identyfikacji bakterii tlenowych 5.1. Właściwości fizjologiczne (biochemiczne) 6. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach płynnych i półpłynnych 7. Procedury w hodowli i identyfikacji bakterii beztlenowych i mikroaerofilnych Część teoretyczna i praktyczna Charakterystyka bakterii Gram dodatnich (m.in. Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus i Corynebacterium, Bacillus, Listeria) - hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Część teoretyczna i praktyczna: Charakterystyka bakterii Gram-ujemnych( m.in. Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Neisseria, Haemophilus) - hodowla i identyfikacja drobnoustrojów (testy biochemiczne) Część teoretyczna: Drożdżaki i grzyby pleśniowe: budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i epidemiologia. Przegląd grzybic i ich czynników etiologicznych. Mykotoksyny i mykotoksykozy. Część praktyczna: Zasady diagnostyki grzybic 1. Morfologia i fizjologia drożdżaków z rodzajów : Candida, Cryptococcus, Saccharomyces i innych

5 C.W18, C.W39, C.U10, C.U15 C.W11, C.W18, C.W39, C.U10, C.U15 C.W13, C.W14, C.W19, C.U6, C.U Barwione i niebarwione komórki i/lub hodowle 1.2. Podłoża i zasady hodowli 1.3. Morfologia kolonii i/lub hodowli 1.4. Identyfikacja w oparciu o właściwości fenotypowe 2. Morfologia i fizjologia grzybów pleśniowych z rodzajów: Aspergillus,Penicillium i innych KOLOKWIUM 2 : Charakterystyka i klasyfikacja drobnoustrojów Część teoretyczna : Kontrola (nadzór, regulacja) wzrostu drobnoustrojów: chemioterapia i chemioprofilaktyka. Terapia empiryczna i celowana. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych. Część praktyczna: Zasady chemioterapii racjonalnej (empirycznej i celowanej) i jej skuteczność terapeutyczna. 1. Metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki (jakościowe, półilościowe, ilościowe) i interpretacja wyników 1.1. Metoda dyfuzyjno-krążkowa 1.2. Metoda Etest (AB Biodisk, Solna, Szwecja) 1.3. Metody rozcieńczeniowe w podłożu stałym, płynnym i/lub półpłynnym Określenie MIC (μg/ml; mg/l) (Minimum Inhibitory Concentration) Określenie MBC (μg/ml; mg/l) Określenie MIC 50 i MIC 90 oraz innych wartości 1.4. Automaty i półautomaty do oceny lekowrażliwości 1.5. Metody skriningowe oceny wrażliwości wykorzystanie stężeń krytycznych (tzw. break-points) Część teoretyczna : Chemioterapia i chemioprofilaktyka. Mechanizmy działania, spektrum i skuteczność oraz bakteryjne mechanizmy oporności na antybiotyki. Charakterystyka i chorobotwórczość ziarniaków Gramdodatnich. Część praktyczna: Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich lekooporności 1. Metody badania oporności na antybiotyki wśród wybranych gatunków lub grup bakterii oraz interpretacja wyników i praktyczne znaczenie kliniczne 1.1. Oporność na metycylinę wśród gronkowców : MRSA; (methicillin-resistant Staphylococcus aureus), MRCNS lub MRCoagNS 1.2. Oporność na penicylinę wśród paciorkowców (Streptococcus pneumoniae PRSP; PISP; NSSP) 1.3. Oporność na ampicylinę wśród Haemophilus spp., Neisseria spp., Moraxella catarrhalis, wybranych pałeczek jelitowych i innych (np. Enterococcus spp.) 2. β-laktamazy i metody badań 2.1. β-laktamazy i szczepy alarmowe : ESBL, AmpC IB(+), inne 3. Oporność na wankomycynę wśród gronkowców (VISA, VRSA, inne) i enterokoków (VRE) i metody badań 4. Oporność typu MLS B (macrolide- lincomycin streptogramin B) i inne typy oporności (m.in. indukowana) na makrolidy / linkosamidy wśród bakterii Gram-dodatnich oraz metody wykrywania 5. Oporność wysokiego poziomu na aminoglikozydy wśród enterokoków (HLAR) Część teoretyczna i praktyczna: Kontrola (nadzór) wzrostu drobnoustrojów: 1. Aseptyka i antyseptyka 1.1. Zasady postępowania aseptycznego 1.2. Antyseptyki

6 C.W18, C.U7, C.U9, C.U10 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U15 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U15 C.W13, C.W14, C.W15, C.W16, C.W17, C.W18, C.W39, C.U Higieniczna i chirurgiczna dezynfekcja rąk oraz ich kontrola 2. Dezynfekcja 2.1. Metody fizyczne i chemiczne 2.2. Stopnie, skuteczność i zastosowanie 2.3. Kontrola dezynfekcji 3. Dekontaminacja wyposażenia i otoczenia 4. Mikrobiologiczna kontrola powierzchni 5. Mikrobiologiczna kontrola powietrza 6. Zasady badania jałowości leków i materiałów medycznych 7. Sterylizacja (wyjaławianie) 7.1. Metody, skuteczność i ich zastosowanie w medycynie 7.2. Kontrola procesów sterylizacji KOLOKWIUM 3 - Chemioterapia przeciwbakteryjna, przeciwgrzybicza i przeciwwirusowa oraz sterylizacja, dezynfekcja, antyseptyka Część praktyczna i teoretyczna : 1. Organizacja i zasady badań mikrobiologicznych, konstruowania i przekazywania wyników. Zasady pobierania i transportu próbek materiałów od chorych i ze środowiska. Zasady współpracy lekarza i mikrobiologa. 2. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych, grzybiczych i wirusowych (metody hodowlane, serologiczne i molekularne) Część teoretyczna i praktyczna: 1. Charakterystyka i chorobotwórczość pałeczek Gramujemnych: Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Campylobacter, Helicobacter pylori 2. Uropatogeny i patogeneza zakażeń oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (wykrywanie przeciwciał i/lub antygenów) i zasady chemioterapii w zakażeniach dróg moczowych. Choroby przenoszone drogą płciową. 3. Etiopatogeneza i epidemiologia zakażeń / zatruć pokarmowych oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (m.in. wykrywanie antygenów i/lub przeciwciał), m.in. :Escherichia coli, Salmonella, Shigella,Yersinia, Campylobacter spp., Helicobacter pylori, Clostridium difficile, Listeria monocytogenes, inne. Charakterystyka czynników etiologicznych w ropnych i aseptycznych zapaleniach opon mózgowo-rdzeniowych. Charakterystyka i klasyfikacja czynników etiologicznych w typowych i atypowych zapaleniach płuc (wirusy, bakterie, grzyby). Czynniki, patogeneza i epidemiologa zakażeń szpitalnych i pozaszpitalnych dróg oddechowych. Część praktyczna: 1. Mikrobiologiczna diagnostyka zapaleń opon mózgowordzeniowych: hodowla i identyfikacja czynników. 2. Mikrobiologiczna diagnostyka zakażeń dróg oddechowych połączona z hodowlą i identyfikacją czynników etiologicznych ( typowych ) 3. Procedury (podłoża i techniki specjalne) w hodowli/wykrywaniu bakterii atypowych: mykoplazmy, chlamydie, riketsje, Legionella spp., inne 4. Immunodiagnostyka w atypowych zapaleniach płuc : zakażenia z udziałem wirusów, Mycoplasma, Chlamydia, Chlamydophila, Legionella, Rickettsia, Coxiella, innych Część teoretyczna: Zakażenia krwi, ropne oraz zakażenia szpitalne Część praktyczna: Główne czynniki etiologiczne w

7 zakażeniach krwi i w zakażeniach szpitalnych. - Metody molekularne w diagnostyce zakażeń i w dochodzeniach epidemiologicznych. Egzamin praktyczny Literatura podstawowa: (1-2 pozycje) Podręczniki obowiązujące: 1. Mikrobiologia lekarska : Heczko P. B., Wróblewska M, Pietrzyk A. Wydanie polskie 1, Wydawnictwo Lekarskie PZWL Warszawa, Mikrobiologia: Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A. Wydanie polskie, Elsevier Urban & Partner, Wrocław, Literatura uzupełniająca: (1-2 pozycje) Podręczniki dodatkowe: 1. Antybiotykoterapia praktyczna Danuta Dzierżanowska α-medica press, Mikrobiologia lekarska Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M. Wydanie polskie, Wydawnictwo Lekarskie PZWL Warszawa, 2006 Kryteria oceny osiągniętych efektów kształcenia oraz forma i warunki uzyskania zaliczenia przedmiotu: Student uzyskuje zaliczenie pojedynczego ćwiczenia przez asystenta po sprawdzeniu bieżących wiadomości i wykonaniu samodzielnie części praktycznej i/lub odczytaniu wyników i wyciągnięciu wniosków zarejestrowanych opisowo w zeszycie do ćwiczeń. Student ma obowiązek uczestnictwa w wykładach, zaliczenia wszystkich zajęć praktycznych (ćwiczeń) oraz zaliczenia trzech kolokwiów (forma pisemna/testowa) przewidzianych w programie nauczania : Na ostatnich zajęciach praktycznych (ćwiczeniach) odbywa się egzamin praktyczny - mogą być zwolnienia pod warunkiem uczęszczania regularnie na wykłady i ćwiczenia oraz zaliczenia kolokwiów w pierwszym terminie (bez poprawek). Egzamin końcowy pisemny (opisowy) zdają wszyscy studenci dopuszczeni do sesji egzaminacyjnej. Zwolnienia z egzaminu nie są przewidziane.... (data i podpis osoby sporządzającej sylabus).... (data i podpis kierownika jednostki prowadzącej zajęcia oraz koordynatora przedmiotu)