PAKIETY STATYSTYCZNE JOANNA SZYDA TOMASZ SUCHOCKI

Transkrypt

1 PAKIETY STATYSTYCZNE JOANNA SZYDA TOMASZ SUCHOCKI

2 WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki - projekt 3. Charakterystyka przedmiotu 4. Kontakt 5. Literatura Copyright 2017 Joanna Szyda

3 KATEDRA GENETYKI

4 KATEDRA GENETYKI 20 pracowników + doktoranci PRACOWNIE Biologicznych Podstaw Hodowli Zwierząt i Cytogenetyki Biologii Molekularnej Komórki Biostatystyki Genetyki Populacji i Cech Ilościowych

5 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI Pracownia biostatystyki: Copyright 2018 Joanna Szyda

6 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI GŁÓWNE KIERUNKI BADAŃ 1. Detekcja genów GWAS 2. Modelowanie fenotypowej zmienności cech obliczanie genomowej wartości hodowlanej 3. Bioinformatyka analiza sekwencji DNA

7 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI MATERIAŁ BADAŃ

8 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT CNV w sekwencjach całych genomów 155 buhajów Różne rasy: Brown Swiss 48 Guernsey 20 Fleckvieh 31 Simmental 16 Norwegian Red 26 Parda de la Montaña 4 Pezzata Rossa Italiana 3 Bruna Italiana 1 Avileña 2 Albera 1 Rubia Gallega 1 Toro de Lidia 1 Pirenaica 1

9 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Zastaw programów (pipeline)

10 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Ilość CNV

11 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Długość CNV

12 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI PROJEKT Pakiet R Ilość CNV specyficznych dla rasy

13 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT krowy Fleckvieh, 979 Braunvieh SNP GeneSeek Genomic Profiler TM HD, SNPs Cecha liczba chorób racic (0-5) Copyright 2016, Joanna Szyda

14 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Pakiety SAS, ASReml y = m + l + b + s + a + p + e y liczba chorób l laktacja b rasa s efekt SNP a efekt addytywnie genetyczny p efekt trwały środowiskowy e błąd

15 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Pakiet R 301 SNP o znaczących efektach Copyright 2016, Joanna Szyda

16 PRACOWNIA BIOSTATYSTYKI - PROJEKT Program VEP Adnotacja funkcjonalna 301 SNP znaczących SNP 2% 1% 31% 57% 9% intergenic down/up stream (5Kbp) intron coding splice

17 CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Metodyka analizy danych 2. Obecność 3. Pytania 4. Egzamin praktyczny - użycie komputera

18 CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 1. Wykład wstępny WSTĘP SAS 2. Wprowadzenie - środowisko Windows, Linux 3. Elementy analizy danych edycja danych 4. Elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa 5. Elementy analizy danych analiza wariancji 6. Elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 7. Elementy wizualizacji danych 8. Tworzenie zaawansowanych programów, manipulowanie dużymi zbiorami danych Copyright 2018, Joanna Szyda

19 CHARAKTERYSTYKA WYKŁADÓW 9. Wprowadzenie 10. Elementy analizy danych edycja danych 11. Elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa, analiza wariancji 12. Elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 13. Elementy wizualizacji danych dystrybucja standardowa 14. Tworzenie prostych programów w pakiecie R 15. Podsumowanie - dyskusja R ZAKOŃCZENIE Copyright 2018, Joanna Szyda

20 CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ 1. Obecność 2. Oceny: 2 kolokwia z wykorzystaniem komputera ocena bez poprawek tematyka wykłady + ćwiczenia praktyczna analiza biologicznych zbiorów danych Copyright 2018, Joanna Szyda

21 CHARAKTERYSTYKA ĆWICZEŃ WSTĘP 1. Ćwiczenia wstępne - podział na grupy robocze, informacje o zbiorach danych Analiza danych w pakiecie SAS 8. Kolokwium PROJEKT Analiza danych w pakiecie R 14. Kolokwium 15. Zaliczenie PROJEKT 2 Copyright 2018, Joanna Szyda

22 KONTAKT adres: Katedra Genetyki, Kożuchowska 7 konsultacje: termin ustalony indywidualnie z prowadzącym

23 KONTAKT Pakiety statystyczne

24 SKN Magda Mielczarek

25 LITERATURA 1. Wykłady 2. CRAWLEY M.J. (2007) The R book. Wiley 3. KLEINMAN K. i HORTON N.J. (2009) SAS and R: DataManagement, Statistical Analysis, and Graphics. CRC Press Copyright 2018, Joanna Szyda

26 LITERATURA - PROGRAMY Copyright 2017 Joanna Szyda

27 LITERATURA PROGRAMY

28 charakterystyka przedmiotu PAKIETY STATYSTYCZNE