Elektroforeza. Bioanalizator 2100 jedna platforma, wiele możliwości

Transkrypt

1

2 Elektroforeza Bioanalizator 2100 jedna platforma, wiele możliwości Bioanalyzer 2100 firmy Agilent jest pierwszym urządzeniem wykorzystującym technikę mikroprzepływów do analizy ilościowej oraz jakościowej DNA, RNA i białek, będącym doskonałą alternatywą dla brudnej i uciążliwej elektroforezy żelowej. Laboratoriom nie posiadającym aparatów do cytometrii przepływowej, umożliwia przeprowadzenie analizy komórek za pomocą modułu do wykonywania cytometrii, na tym samym urządzeniu. Wszechstronność ta czyni Bioanalyzer 2100 firmy Agilent niezastąpionym narzędziem dla biologów molekularnych i biochemików, a jego zastosowanie pozwala szybko uzyskać powtarzalne, wysokiej jakości dane w formie cyfrowej. Aplikacje na Bioanalizatorze: Proste funkcje cytometrii przepływowej liczenie komórek wyznakowanych fluorescencyjnie (wymagane min komórek). Analizy elektroforetyczne DNA, totalnego RNA, mrna i mikrorna z czułością 0,1ng/ µl, a białek 1pg/µl. Czas analizy 30 minut. Określenie jakości RNA wyznaczanie współczynnika RIN. Wymagany tylko 1 µl próby. TapeStation Elektroforeza żelowa. Nowe rozwiązanie do analizy ilości i jakości DNA, RNA i białek. TapeStation 2200 umożliwia całkowicie automatyczną elektroforezę żelową DNA, RNA i białek. Analiza jednej próbki trwa tylko 1 minutę. Aparat TapeStation 2200 sam nakłada, rozdziela, obrazuje i analizuje próbki. Gotowe zestawy odczynników oraz pełna automatyzacja elektroforezy zapewniają bezpieczeństwo, łatwość obsługi i powtarzalność wyników. Aparat TapeStation 2200 jest kompatybilny z tradycyjnymi 96-cio dołkowymi płytkami oraz pojedynczymi probówkami o objętości 0,2ml. Instrument automatycznie pobierze 1 lub 2µl próby wymagany do analizy. Każda próbka jest pobierana inną końcówką, co zabezpiecza przed fałszywymi wynikami i zanieczyszczeniem. Specjalnie zaprojektowane paski z żelem umożliwiają analizę dowolnej ilości próbek bez utraty niewykorzystanych odczynników.

3 Termocyklery SureCycler 8800 Nowy termocykler SureCycler 8800 umożliwia wykonywanie nawet najbardziej złożonych reakcji PCR. Dzięki modułowej budowie można w zależności od potrzeb zmienić blok grzejny. Proste i intuicyjne oprogramowanie ułatwia ustawienie projektu reakcji PCR. SureCycler zawiera fabrycznie wgrane protokoły wykorzystujące najpopularniejsze enzymy do PCR. Termocykler SureCycler 8800 jest dopasowany do Twoich potrzeb! Parametry techniczne czynią go liderem rynku termocyklerów. Szybka zmiana temperatur aż 6 C/s Możliwość łatwej i szybkiej zmiany bloku na 96 lub 384 próbki. Szeroki zakres objętości reakcji: μL dla bloku 96. dołkowego i 5-25μL dla 384. dołkowego Jednorodność rozkładu temperatury na bloku grzejnym na poziomie ±0.4 przy 95 C Dokładność nastawionej temperatury ±0.2 przy 95 C Szeroki zakres gradientu 30 C bez utraty jednorodności temperatury Wysokiej rozdzielczości ekran dotykowy Intuicyjne i łatwe w użyciu oprogramowanie z inteligentnym kreatorem profili termicznych Możliwość zapamiętania aż programów zdalny dostęp do urządzenia możliwość sterowania w sieci lub telefonem komórkowym 2 lata gwarancji i wsparcie aplikacyjne Real Time PCR Otwarte rozwiązania do Real Time PCR Termocyklery do Real Time PCR serii Mx umożliwiają przeprowadzanie wysokiej jakości reakcji QPCR dla wielu zastosowań. Użytkownik może planować eksperymenty wykorzystujące zarówno barwniki interkalujące, np. SYBR Green, jak i sondy hydrolizujące. Dzięki temu masz pewność, że uzyskane wyniki są wiarygodne. Termocyklery Mx cechuje: wysoka czułość możliwość wykrycia pojedynczych kopii DNA szeroki zasięg dynamiczny wykrywanie 10 rzędów wielkości ilości DNA możliwość zastosowania dowolnych barwników przyjazne dla użytkownika oprogramowanie dostarczające gotowe wyniki. Kompletne rozwiązanie do QPCR obejmuje również odczynniki z serii Brilliant II, które mogą być stosowane na urządzeniach wszystkich producentów. Dodatkowo dla szybkich termocyklerów są dedykowane odczynniki serii Brilliant III. Dobierz odpowiednie dla siebie odczynniki i otrzymaj wysokiej jakości wyniki. STRATAGENE

4 Mikromacierze Otwarte rozwiązanie do analizy mikromacierzy Skaner do mikromacierzy Agilent jest kluczowym elementem całego rozwiązania, zapewniającym wysokiej jakości wyniki. Wyposażony jest on w wysoko rozdzielczy system skanujący SureScan i podajnik na 48 slajdów. Dzięki zastosowaniu 60-merowych sond oligonukleotydowych syntetyzowanych in-situ, mikromacierze Agilent zapewniają nadzwyczajną czułość i powtarzalność wyników, jak również sześciokrotnie wyższy stosunek sygnału do szumu niż macierze innych producentów. Dzięki temu użytkownicy mogą badać nawet cały genom lub transkryptom w pojedynczej analizie. Potrzebujesz jedynie 10 ng RNA. Zaplanuj eksperymenty jedno- lub dwukolorowe w zależności od własnych potrzeb. Mikromacierze Agilent można stosować w wielu badaniach, m.in.: analiza ekspresji genów zbadaj transkrypcję całego genomu dowolnego organizmu acgh (Comparative Genomic Hybridization) wykryj aberracje chromosomowe i określ ilość powtórzonych kopii genów na poziomie całego genomu profilowanie mirna odkryj nowe szlaki regulacji ekspresji genów. Zidentyfikuj zmiany w profilu ekspresji mirna w sposób pewny i jednoznaczny chromatynoimmunoprecypitacja poznaj nowe zależności w regulacji ekspresji genów, replikacji, naprawy DNA zależne od oddziaływań DNA-białko badanie metylacji DNA określ stopień metylacji rozmieszczonych w całym genomie wysp CpG i sekwencji promotorowych i odkryj ich wpływ na ekspresję genów. W pracy z wykorzystaniem mikromacierzy najważniejsza jest analiza uzyskanych wyników. W ofercie Agilent dostępne są specjalne programy komputerowe, które umożliwiają analizę statystyczną wyników i poszukiwanie biologicznego znaczenia. Programy z rodziny GeneSpring mogą być wykorzystane do analizy wyników z urządzeń innych producentów.

5 Sekwencjonowanie następnej Generacji Skoncentruj się na kluczowych obszarach genomu Nowe rozwiązanie SureSelect umożliwia ukierunkowanie Sekwencjonowania Następnej Generacji (NGS) na kluczowe dla badaczy obszary genomu. Jednocześnie obniża ono koszt pojedynczego sekwencjonowania. Protokoły i zestawy SureSelect zostały zoptymalizowane dla każdej z platform oferowanych przez innych producentów, co sprawia, że SureSelect staje się integralną częścią procedury przygotowania próbki. Dostępne są katalogowe zestawy przeznaczone do badań m.in. nad ludzkim egzomem. Za pomocą programu earray możliwe jest zaprojektowanie własnych zestawów przynęt, które wyłapią interesujące badaczy obszary DNA. Rozwiązanie SureSelect może być wykorzystywane w każdej skali eksperymentu: od pojedynczych prób do dużych, wysokoprzepustowych badań, zachowując wysoką wierność wyników. 8 80% +targeted reads at 20X Depth >96% targeted reads with >1X Depth 100 % reads Read depth Cumulative % reads

6 SureFISH Techniki SureFISH Stosowana powszechnie w laboratoriach cytogenetycznych technika FISH (fluorescence in situ hybridization) wykorzystywała do tej pory duże fragmenty DNA. Najczęściej sondy były tworzone jako klony BAC, które następnie znakowano fluorescencyjnie. Powodowało to, że otrzymywana rozdzielczość FISH oscylowała w granicach tysięcy par zasad. Wychodząc naprzeciw temu ograniczeniu Agilent Technologies udostępnia nowe rozwiązanie SureFISH. SureFISH wykorzystuje oligonukleotydowe sondy syntetyzowane In situ, wykorzystując opatentowaną technikę Ink Jet printing, stosowaną do tej pory do produkcji mikromacierzy. Możliwość syntezy dowolnej sekwencji DNA umożliwia hybrydyzację sondy do dowolnego fragmentu chromosomu zarówno w interfazie jak i metafazie przy rozdzielczości na poziomie 30kpz. Sondy mogą mapować unikatowe nierepetetywne sekwencje, co do tej pory było niemożliwe w technice FISH.

7 Oligonukleotydowe sondy SureFISH SureFISH to idealne narzędzie do potwierdzenia wyników z mikromacierzy acgh lub sekwencjonowania. Dla użytkowników korzystających z programu Cytogenomics do analizy mikromacierzy CGH istnieje możliwość natychmiastowego znalezienia sondy SureFISH dla wykrytej aberracji chromosomowej. Zalety SureFISH: Szeroki wybór sond komplementarnych do unikatowych sekwencji genomu Wysoka rozdzielczość ok. 30kpz (większa niż sond BAC) Sondy SureFISH pozwolą spełnić wymagania ACMG Dołączany raport jakości dla każdej sondy zamawianej przez użytkownika Sondy są wyznakowane fluorescencyjnie możliwość wyboru znacznika Krótki czas hybrydyzacji tylko 4 godziny Wysoki poziom sygnału do szumu Nie jest wymagany Cot-1 DNA wyszukaj wg nazwy genu wyszukaj wg regionu wybierz chromosom kliknij na prążek lub przeciągnij ikony lup by zawęzić obszar dostępne sondy szczegółowy widok zaznaczonego obszaru znajdź sondę dla danego genu obrazy po 4h i 14h hybrydyzacji link sekwencji sondy do bazy UCSC

8 Automatyka laboratoryjna Rozwiązania do automatyzacji pracy w laboratorium Agilent Technologies oferuje rozwiązania do automatyzacji pracy laboratoryjnej począwszy od prostych instrumentów a skończywszy na kompletnych systemach wyręczających pracę ludzi. W wyniku połączenia innowacyjnej inżynierii i wysokich standardów jakości Agilent projektuje i dostosowuje urządzenia rewolucjonizujące badania biotechnologiczne, farmaceutyczne i genomiczne. W ofercie dostępne są m.in.: stacje pipetujące wykorzystujące głowice na 96, 384, 1536 tipsów, które mogą obsługiwać objętości od 100nl do 200µl urządzenia do znakowania płytek kodem kreskowym, czytnik kodów kreskowych, wirówki do płytek. Agilent oferuje również kompletne oprogramowanie do obsługi, które umożliwia zintegrowanie wielu urządzeń takich jak np. roboty, stacje pipetujące, czytniki, płuczki i inne. Przyjazny interfejs umożliwia tworzenie własnych protokołów, podłączanie i konfigurowanie urządzeń, wdrażanie protokołów i monitorowanie postępów. Automatyzacja pracy laboratoryjnej pozwala zwiększyć jego przepustowość oraz uzyskać pewne i powtarzalne wyniki.

9 Notatki

10 PERLAN Technologies Polska Sp. z o.o. Ursynów Business Park ul. Puławska Warszawa tel. (+48 22) fax: (+48 22) bio@perlan.com.pl klient@perlan.com.pl BIOLOGIA MOLEKULARNA: Wojciech Duljasz wduljasz@perlan.com.pl tel. (+48 22) Firma Fedian Jan Fedorowicz Polska Północna jfedorowicz@fedian.com.pl tel