Analiza sekwencji kodującej genów MSX1 oraz PAX9 u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych*

Wielkość: px
Rozpocząć pokaz od strony:

Download "Analiza sekwencji kodującej genów MSX1 oraz PAX9 u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych*"

Transkrypt

1 race oryginalne Dent. Med. robl. 202, 49, 2, ISSN X Copyright by Wroclaw Medical University and olish Dental Society Adrianna Mostowska, A, B, D, E, F, Barbara Biedziak 2, A, B, D, A, D, aweł. Jagodziński Analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych* Analysis of the Coding Sequence of the MSX and AX9 Genes in atients with the Congenital Lack of ermanent Teeth Katedra Biochemii i Biologii Molekularnej Uniwersytetu Medycznego w oznaniu 2 raktyka prywatna A koncepcja i projekt badania; B gromadzenie i/lub zestawianie danych; C opracowanie statystyczne; D interpretacja danych; E przygotowanie tekstu; F zebranie piśmiennictwa Streszczenie Wprowadzenie. Wrodzony brak zawiązków zębów stałych jest jedną z najczęstszych nieprawidłowości rozwojowych uzębienia. Etiologia tej wady, w której rolę odgrywają zarówno czynniki genetyczne, jak i środowiskowe, jest złożona i nie została jeszcze w pełni wyjaśniona. Do najważniejszych genów, których mutacje są przyczyną agenezji zębów stałych należą MSX oraz AX9. Geny te kodują czynniki transkrypcyjne pełniące kluczową rolę podczas odontogenezy. Cel pracy. oszukiwanie mutacji w sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych. Materiał i metody. Do badań zakwalifikowano 0 niespokrewnionych pacjentów z oligodoncją, którym brakowało więcej niż 5 zębów stałych (oprócz trzecich zębów trzonowych). oszukiwanie mutacji przeprowadzono za pomocą bezpośredniego sekwencjonowania DNA. Wyniki. Analiza otrzymanych wyników wykazała brak nowych etiologicznych mutacji w genach MSX oraz AX9, które mogą być przyczyną oligodoncji w analizowanej grupie chorych. Wszystkie zidentyfikowane warianty nukleotydowe tych genów były to znane polimorfizmy, które nie wykazują związku z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych. Wnioski. Oligodoncja u badanych chorych nie jest wynikiem mutacji zlokalizowanych w sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9. Czynnikiem etiologicznym tej wady rozwojowej mogą być mutacje rejonów regulatorowych badanych genów, mutacje lub polimorfizmy innych genów kandydackich lub też działanie czynników środowiskowych (Dent. Med. robl. 202, 49, 2, 57 65). Słowa kluczowe: hipodoncja,, MSX, AX9, mutacja. Abstract Background. The congenital lack of permanent teeth is one of the most common developmental dental anomalies. This malformation etiology, in which both genetic and environmental factors play a role, is complex and not yet fully elucidated. The main genes, which mutations can cause the lack of permanent teeth budt are MSX and AX9. They encode transcription factors that play a key role during odontogenesis. Objectives. The aim of the project was to search for mutations in the coding sequence of the MSX and AX9 genes in patients with the congenital lack of permanent teeth. Material and Methods. The study included ten unrelated patients with oligodontia, that is the lack of more than five permanent teeth (excluding third molars). Mutation screening was performed by direct sequencing of DNA. Results. The analysis of the received data has revealed no new etiological mutations in the MSX and AX9 genes, which could be the cause of oligodontia in the examined group of patients. All of the identified nucleotide variants * Badania były finansowane z grantu habilitacyjnego nr NN

2 58 A. Mostowska, B. Biedziak,.. Jagodziński Do badań zakwalifikowano 0 niespokrewnionych chorych z izolowaną oligodoncją, która została rozpoznana podczas badania klinicznego i potwierdzona badaniem radiologicznym. Z każdym pacjentem przeprowadzono także wywiad dotyczący występowania wrodzonych braków zawiązków zębów stałych oraz innych wad rozwojowych u najbliższych członków rodziny. Wszystkie osoby biorące udział w badaniu podpisały formularz świadomej zgoof tested genes were some known polymorphisms, which are not associated with the congenital lack of permanent teeth. Conclusions. Oligodontia in the studied patients is not the result of mutations located in the coding sequence of the MSX and AX9 genes. The etiological factor of this developmental anomaly may be mutations in the regulatory regions of these genes, mutations or polymorphisms in another candidate genes or the influence of the environmental factors (Dent. Med. robl. 202, 49, 2, 57 65). Key words: hypodontia, oligodontia, MSX, AX9, mutation. Wrodzony brak zawiązków zębów stałych (OMIM Online Mendelian Inheritance in Man: #06600) jest jedną z najczęstszych nieprawidłowości rozwojowych uzębienia. Częstość występowania tej wady zależy od populacji i wynosi,6 9,6% [, 2]. Dane te nie dotyczą trzecich zębów trzonowych, których brak stwierdza się u około 20 25% osób [3]. W zależności od liczby brakujących zawiązków zębowych wyróżnia się hipodoncję (brak do 4 zawiązków zębów, oprócz trzecich zębów trzonowych), oligodoncję (brak więcej niż 4 lub 5 zawiązków zębów, oprócz trzecich zębów trzonowych) oraz anodoncję, czyli brak wszystkich zawiązków zębów [4]. Wrodzone braki zawiązków zębów stałych mogą występować jako wada samodzielna (wada izolowana), albo być jednym z objawów złożonych wad rozwojowych [5]. ostać rodzinna agenezji zębowej jest dziedziczona przede wszystkim w sposób autosomalny dominujący, ale są również obserwowane przypadki dziedziczenia recesywnego lub też związanego z chromosomem X [3]. Etiologia wrodzonego braku zawiązków zębów stałych jest bardzo złożona i mimo badań prowadzonych przez wiele ośrodków naukowych na świecie wciąż nie jest w pełni wyjaśniona. Za jedną z głównych przyczyn tej wady, obok zaburzeń rozwojowych ektodermy lub też negatywnego wpływu czynników środowiskowych, takich jak zaburzenia odżywiania i choroby somatyczne matki podczas ciąży, urazy, chemioterapia oraz naświetlanie promieniami X, uważa się czynniki genetyczne [2]. Według najnowszych poglądów do genów, których mutacje powodują zatrzymanie rozwoju zawiązków zębów stałych należą: MSX, AX9, AXIN2 oraz EDA [6 9]. Zidentyfikowano ponadto geny, których warianty polimorficzne mogą wpływać na ryzyko występowania zarówno hipodoncji, jak i oligodoncji. Do genów tych należą: TGFα, IRF6, FGFR, WNT0 oraz gen CHDH, którego polimorfizmy ponad 2-krotnie zmniejszają ryzyko wystąpienia wrodzonego braku zawiązków zębów stałych w polskiej populacji [0 3]. Wykazano także, że interakcje epistatyczne między genami CHDH oraz LD2 kodującymi białka przemiany folianów oraz choliny mogą być czynnikiem etiologicznym tej wady uzębienia [3]. Większość mutacji opisanych jako genetyczna przyczyna agenezji zębów stałych została zidentyfikowana w genach MSX (OMIM *42983) oraz AX9 (OMIM *6746). Mutacje te zlokalizowano przede wszystkim w silnie konserwatywnych ewolucyjnie sekwencjach tych genów, homeobox i paired box, które kodują domeny białkowe biorące udział w oddziaływaniu z DNA oraz z innymi białkami. Analiza wzorów zębowych u chorych z mutacjami w genie MSX wykazała, że są one odpowiedzialne przede wszystkim za wrodzone braki drugich zębów przedtrzonowych i trzecich trzonowych, podczas gdy mutacje genu AX9 prowadzą do agenezji zębów trzonowych [4, 5]. rodukty białkowe genów MSX oraz AX9 pełnią funkcję czynników transkrypcyjnych, które odgrywają kluczową rolę w procesie odontogenezy [6, 7]. U myszy transgenicznych pozbawionych funkcjonalnej formy tych genów, Msx / lub też ax9 /, rozwój wszystkich zębów zostaje zatrzymany w stadium pączka. Zwierzęta te wykazują także liczne nieprawidłowości rozwojowe w morfologii twarzowej części czaszki, w tym rozszczepy podniebienia [8, 9]. Wykazano, że podstawową funkcją białek Msx oraz ax9 podczas rozwoju zawiązków zębów jest utrzymywanie i regulacja ekspresji Bmp4 w zębowej mezenchymie [20, 2]. Ścieżki sygnałowe z udziałem produktu białkowego tego genu prowadzą do wykształcenia węzła szkliwnego (enamel knot), który odgrywa istotną rolę w morfogenezie zębów, zwłaszcza wielokorzeniowych [22]. Celem pracy było poszukiwanie w sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 mutacji, które mogą być przyczyną wrodzonego braku zawiązków zębów stałych u chorych z występującą oligodoncją. Materiał i metody

3 Analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 59 dy i zostały poinformowane o celu prowadzonych analiz. Do badań genetycznych posłużyła krew obwodowa, z której wyizolowano DNA za pomocą techniki wysalania. oszukiwanie mutacji w sekwencji kodującej genów MSX (2 eksony) oraz AX9 (4 eksony) przeprowadzono za pomocą bezpośredniego sekwencjonowania DNA z wykorzystaniem zestawu ABI rismtm BigDyeTM Terminator Cycle Sequencing kit oraz kapilarnego sekwenatora ABI rism 3730 (Applied Biosystems, Foster City, CA). Sekwencje starterów, warunki amplifikacji oraz sekwencjonowania dostępne na życzenie. Otrzymane chromatogramy analizowano z użyciem programu FinchTV v..3.. W celu sprawdzenia czy zidentyfikowane warianty nukleotydowe są znanymi polimorfizmami genów MSX oraz AX9, czy też nowymi mutacjami, które mogą być przyczyną oligodoncji, uzyskane wyniki porównywano z danymi dostępnymi w bazach UCSC Genome Browser ( dbsn ( oraz The Human Gene Mutation Database ( org/). Na wszystkie badania genetyczne uzyskano zgodę Komisji Bioetycznej przy Uniwersytecie Medycznym w oznaniu. Wyniki U chorych biorących udział w badaniu obserwowano braki 7 2 zawiązków zębów stałych (oprócz trzecich zębów trzonowych). Najczęściej brakującymi zębami były górne i dolne drugie zęby przedtrzonowe, górne boczne zęby sieczne oraz dolne przyśrodkowe zęby sieczne (tab. ). U cho- Tabela. Diagramy zębowe chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych Table. Dental diagrams of patients with the congenital lack of permanent teeth acjent liczba brakujących zębów stałych (atient number of missing permanent teeth) Kwadrant (Quadrant ) Kwadrant 2 (Quadrant 2) kwadrant 4 (quadrant 4) kwadrant 3 (quadrant 3) OD (2) * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * AK (20) * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * MK (6) * * * * * * * * * * * * * * * * MŻ (2) * * * * * * * * * * * * ŁT () * * * * * * * * * * * AM (0) * * * * * * * * * * DN (9) * * * * * * * * * AC (8) * * * * * * * * ACH (7) * * * * * * * S (7) * * * * * * * Gwiazdki wskazują braki zębów stałych. Liczba brakujących zębów stałych nie wliczając trzecich zębów trzonowych. Stars represent absent permanent teeth. Number of missing permanent teeth excluding third molars.

4 60 A. Mostowska, B. Biedziak,.. Jagodziński rych nie obserwowano innych zaburzeń rozwojowych twarzoczaszki oraz nieprawidłowości w budowie włosów, skóry i paznokci. Uzębienie mleczne równiez było prawidłowe. W wywiadzie rodzinnym stwierdzono, że u 4 chorych braki zawiązków zębów stałych występowały także u najbliższych członków rodziny. ozostałe przypadki oligodoncji były sporadyczne. Analiza sekwencyjna genów MSX oraz AX9 nie wykazała obecności nowych etiologicznych mutacji, które mogą być przyczyną oligodoncji w analizowanej grupie chorych. Wszystkie zidentyfikowane warianty nukleotydowe tych genów są to znane polimorfizmy opisane w dostępnych bazach danych. W genie MSX zidentyfikowano 8 polimorfizmów, z których 2 są zlokalizowane w sekwencji kodującej eksonu, 5 w sekwencji owej oraz w sekwencji kodującej 3 UTR (tab. 2). W genie AX9 zidentyfikowano 6 wariantów nukleotydowych, 4 zlokalizowane w sekwencjach owych oraz 2 w eksonie 3 (tab. 2). Większość z odkrytych polimorfizmów są to substytucje pojedynczych nukleotydów, które zidentyfikowano u badanych chorych zarówno w postaci heterozygotycznej, jak i homozygotycznej. W genie MSX odkryto także 2 polimorfizmy inercyjno-delecyjne zlokalizowane w ie (c.469+3delginst oraz c.470-5delt). Omówienie Do najważniejszych genów kandydackich dla agenezji zębów stałych, których mutacje opisano jako przyczynę hipodoncji oraz oligodoncji także w polskiej populacji, należą MSX oraz AX9 [23 26]. Celem tego projektu było poszukiwanie etiologicznych mutacji tych genów u 0 chorych z izolowanym brakiem więcej niż 7 zawiązków zębów stałych. Analiza przeprowadzona za pomocą bezpośredniego sekwencjowania DNA nie wykazała obecności zmian nukleotydowych, które można uznać za mutacje odpowiedzialne za powstawanie tej wady rozwojowej u badanych chorych. Analizą objęto sekwencje kodujące genów MSX oraz AX9 wraz z sekwencjami otaczającymi połączenia ekson, a także sekwencje kodujące 3 -regiony nieulegające translacji (3 UTR). Wszystkie wykryte warianty nukleotydowe (łącznie 4) były to znane polimorfizmy genów MSX oraz AX9, które nie wykazują związku z występowaniem wrodzonego braku zawiązków zębów stałych. Tabela 2. Warianty polimorficzne genów MSX oraz AX9 zidentyfikowane u badanych chorych z oligodoncją Table 2. olymorphic variants in the MSX and AX9 genes identified in the examined patients with oligodontia Gen MSX (MSX gene) Gen AX9 (AX9 gene) olimorfizm (olymorphism) rs rs rs rs rs rs rs rs8670 rs rs rs rs rs rs Umiejscowienie (Localisation) Efekt białkowy (rotein effect) acjent (atient) OD AK MK MŻ ŁT AM DN AC ACH S ekson Ala40- Gly ekson Gly6- Gly 3 UTR 2 His239- His CA CA CA c.469+3delginst; 2 c.470 5delT. sekwencja prawidłowa; heterozygota; Homo homozygota. normal sequence; heterozygote; Homo homozygote. Homo TT ekson 3 ekson 3 Ala240- ro GC

5 Analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 6 Jeden ze zidentyfikowanych polimorfizmów genu AX9 (rs490420), który powoduje substytucję alaniny proliną w pozycji 240 kodowanego białka (Ala240ro), jest uznawany przez niektórych badaczy za wariant etiologiczny, który można uznać za przyczynę agenezji zębów [27, 28]. W badanej grupie chorych polimorfizm ten został wykryty w postaci homozygotycznej u chorego z brakiem 2 zawiązków zębów stałych oraz w postaci heterozygotycznej u chorego z brakiem 8 zawiązków zębów stałych (tab. 2). Wcześniejsze badania przeprowadzone w polskiej populacji wykazały jednak, że polimorfizm Ala240ro nie wykazuje związku z wadami rozwojowymi twarzy [29]. Częstość występowania tego wariantu nukleotydowego nie wykazywała różnic istotnych statystycznie, porównując grupę chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych, izolowanymi rozszczepami wargi i podniebienia oraz grupą kontrolną składającą się ze 44 zdrowych osób bez wad rozwojowych twarzoczaszki. Obecnie uważa się, że polimorfizm Ala240ro, który najprawdopodobniej zaburza strukturę i funkcję białka AX9, może być czynnikiem, który zwiększa ryzyko wystąpienia wrodzonego braku trzecich zębów trzonowych [29]. Braki zębów mądrości nie były rozpatrywane u chorych biorących udział w badaniu. Brak etiologicznych mutacji w MSX oraz AX9 u 0 chorych z oligodoncją nie wyklucza tych genów jako głównych genów kandydackich dla wrodzonego braku zawiązków zębów stałych. rzeprowadzone analizy dotyczyły jedynie sekwencji kodującej i krótkich fragmentów sekwencji owych, natomiast warianty nukleotydowe, które mogą być przyczyną agenezji zębów stałych mogą być zlokalizowane także w niekodujących sekwencjach regulatorowych badanych genów. Mendoza-Fandino et al. [30] opisali mutację w regionie regulatorowym 5 genu AX9 (g.-258g>a), która była przyczyną hipodoncji zębów trzonowych dziedziczonej w sposób autosomalny dominujący. Tranzycja ta, zlokalizowana w sekwencji silnie konserwatywnej ewolucyjnie, jest najprawdopodobniej odpowiedzialna za ograniczenie ekspresji genu AX9 [30]. Jak dotąd jest to jedyny przykład mutacji odpowiedzialnej za braki zębowe, która została odkryta w niekodującej sekwencji regulatorowej. Wszystkie pozostałe mutacje opisane w genach MSX oraz AX9 prowadzą do zmian w sekwencji kodowanego białka powodując substytucje aminokwasowe, przesunięcia ramki odczytu oraz przedwczesną terminację translacji (tab. 3). W dwóch rodzinach z występującą oligodoncją opisano także heterozygotyczne delecje całego locus zawierającego gen AX9, prowadzące do niedoboru prawidłowo funkcjonującego produktu białkowego (haploinsufficiency) [3, 32]. Mimo że MSX oraz AX9 są najważniejszymi genami kandydackimi dla agenezji zębów stałych, liczba mutacji zidentyfikowana w tych genach u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych jest względnie niewielka (tab. 3). Liczba opisanych mutacji genu MSX wynosi 2, a w genie AX9 zidentyfikowano dotychczas 27 etiologicznych wariantów nukleotydowych. Większość z tych mutacji została opisana w pojedynczych, głównie wielopokoleniowych, rodzinach z hipodoncją oraz oligodoncją. Wyjątkiem są 4 mutacje genu AX9, które zostały zidentyfikowane u chorych ze sporadyczną postacią tej wady rozwojowej (Gly6Arg, Gly5Ser, Tyr60Stop oraz delacja całego locus obejmującego gen AX9) [23, 32 34]. Jedna z nich (Gly5Ser), zidentyfikowana w polskiej populacji, była pierwszą opisaną de novo mutacją tego genu [23]. Wszystkie mutacje genów MSX oraz AX9 zostały zidentyfikowane w postaci heterozygotycznej, wskazując, że ich rezultat feno typowy jest związany z niedoborem prawidłowo funkcjonujących czynników transkrypcyjnych kodowanych przez te geny. Jedynie mutacja genu MSX (Ala29Thr) opisana w pakistańskiej rodzinie, w której rodzice byli blisko ze sobą spokrewnieni, jest odpowiedzialna za występowanie oligodoncji, występując w postaci homozygotycznej [35]. Brak mutacji w MSX oraz AX9 u chorych z występującą oligodoncją może sugerować obecność etiologicznych wariantów nukleotydowych w innych genach kandydackich dla tej wady rozwojowej. Według danych literaturowych genami, których mutacje mogą być przyczyną wrodzonego braku zawiązków zębów stałych są także AXIN2 oraz EDA (tab. 4). Obecnie liczba mutacji zidentyfikowana w genie EDA, które są odpowiedzialne za izolowaną postać agenezji zębów stałych wynosi 2. Mutacje tego genu kodującego błonowe białko ekstodysplazynę-a są także główną przyczyną anhydrotycznej dysplazji ektodermalnej zaburzenia rozwojowego, które charakteryzuje się nieprawidłowościami w rozwoju przydatków skóry, w szczególności zębów, włosów oraz gruczołów potowych [36]. Dotychczasowe badania prowadzone w polskiej populacji nie wykazały związku genu EDA z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych (nieopublikowane dane własne). Analizy sekwencji kodującej AXIN2 wykazały natomiast, że warianty polimorficzne tego genu są istotnym czynnikiem zwiększającym ryzyko występowania hipodoncji w naszej populacji [37]. Genami, których polimorfizmy wpływają na ryzyko wystąpienia agenezji zębów stałych są także geny: TGFα, IRF6, FGFR, WNT0 oraz CHDH [0 3]. Więk-

6 62 A. Mostowska, B. Biedziak,.. Jagodziński Tabela 3. Mutacje genów MSX oraz AX9 zidentyfikowane u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych na podstawie danych literaturowych Table 3. Mutations in the MSX and AX9 genes identified in patients with the congenital lack of permanent teeth based on literature data Mutacja (Mutation) Gen MSX chr:4p6.2 62dupG 82T>A 34C>A 453G>T 526C>T 559C>T 58C>T 587G>C 644insA 655G>A 662C>A 67T>C Gen AX9 chr:4q3.3 g.-258g>a A>G 6G>A 62T>C 76C>T 83G>C 09insG 28G>A i 29C>A 39C>T 5G>A 52G>C 75C>T 76ins288pz 29insG 230_242del3pz 238A>G 259A>T 27A>G 32insG 340A>T 428A>G 433C>T 480C>G 69_62delATCins24pz 793incC delecja całego locus delecja całego locus Umiejscowienie (Localisation) ekson ekson ekson 5 UTR ekson ekson 4 Efekt białkowy (rotein effect) G22fs Met6Lys Ser04Stop Arg5Ser Arg76Trp Gln87Stop Ala94Val Arg96ro Gln26fs Ala29Thr Ala22Glu Leu224ro MetVal Gly6Arg Leu2ro Arg26Trp Arg28ro Ile37fs Ser43Lys Arg47Trp Gly5Ser Gly5Ala Arg59Stop Ala58fs Gly73fs Arg77_ro8delfs Thr80Ala Ile87he Lys9Glu Ala08fs Lys4Stop Tyr43Cys Gln45Stop Tyr60Stop Ile207fs Ala264fs brak produktu białkowego brak produktu białkowego Fenotyp (henotype) / C / CL hipodoncja hipodoncja hipodoncja c hipodoncja / hipodoncja / c hipodoncja / hipodoncja / hipodoncja/ /opóźnienie mowy c Lit. (Ref.) [46] [47] [48] [49] [5] [25] [6] [35] [52] [26] [30] [53] [33] [54] [55] [56] [57] [33] [57] [23] [58] [54] [7, 34] [59] [54] [60] [6] [62] [34] [24] [63, 64] [3] [32] a Sekwencja kodująca homoeodomenę białka MSX; b sekwencja kodująca paired domain białka AX9; c mutacja de novo. C rozszczep podniebienia; CL rozszczep wargi i podniebienia. a Sequence encoding the homeodomain of the MSX protein; b sequence encoding the paired domain of the AX9 protein; c de novo mutation. C cleft palate; CL cleft lip and palate. szość z nich to także geny kandydackie dla rozszczepów wargi i podniebienia wady rozwojowej twarzoczaszki, której często towarzyszą wrodzone braki zawiązków zębów stałych [38]. Badania przebiegu odontogenezy wykonane na embrionach mysich wykazały, że rozwój zębów, ich liczba, kształt oraz umiejscowienie, są precyzyjnie kontrolowane przez produkty białkowe ponad 300 genów, a każdy z nich jest potencjalnym genem kandydackim dla agenezji zębów stałych [39]. Na szczególną uwagę zasługują geny, których zablokowanie w modelach mysich (knock

7 Analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 63 Tabela 4. Mutacje genów AXIN2 oraz EDA zidentyfikowane u chorych z wrodzonym brakiem zawiązków zębów stałych na podstawie danych literaturowych Table 4. Mutations in the AXIN2 and EDA genes identified in patients with the congenital lack of permanent teeth based on literature data Mutacja (Mutation) Lokalizacja (Localisation) Efekt białkowy (rotein effect) Fenotyp (henotype) Lit. (Ref.) Gen AXIN2 chr:7q insG 966C>T 205C>T 2272G>A ekson 0 Gly666fs Arg656Stop Ala684Val Ala758Thr a /rak jelita grubego [8, 50] [8] Gen EDA chr:xq3. 93C>G 200A>T IVS5 + G>A 776C>A 865C>T 947A>G 993G>C 00G>A 03C>T 072C>G 09T>C 336T>C ekson ekson 5 ekson 6 ekson 7 Arg65Gly Glu67Val zaburzony splicing Ala259Glu Arg289Cys Asp36Gly Gln33His Arg334His Thr338Met Gln358Glu Met364Thr Val365Ala hipodoncja/ hipodoncja/ hipodoncja hipodoncja/ hipodoncja/ hipodoncja hipodoncja/ [9] [65] [65] [66] [66] [67] [68] [66] [67, 69] [70] [7 73] [74] a Mutacja de novo. a de novo mutation. out mice) prowadzi do licznych zaburzeń w rozwoju zawiązków zębów stałych, tj. geny z rodziny DLX [40]. otencjalnymi genami, których mutacje mogą być przyczyną izolowanej postaci wrodzonego braku zawiązków zębów stałych są także geny odpowiedzialne za jej postacie syndromiczne [0, 4]. Dotychczas opisano ponad 60 zespołów chorobowych, w których jednym z objawów fenotypowych jest brak zawiązków zębów stałych. Analizą, która pozwoliłaby na identyfikację nowych genów/loci dla wad rozwojowych uzębienia byłoby także badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS genome wide association study). Metoda ta pozwoliła na identyfikację m.in. 5 nowych genów, które odgrywają kluczową rolę w procesie rozwoju zębów mlecznych. Należą do nich geny: KCNJ2, EDA, MSRB3, IGFB oraz RAD5L [42]. Badania GWAS pozwoliły także na identyfikację nowych loci dla izolowanych rozszczepów wargi i podniebienia [43, 44]. Wykazano m.in. że polimorfizm umiejscowiony w miejscu będącym pustynią genową na chromosomie 8q24. jest wariantem, który znacząco wpływa na ryzyko tej wady rozwojowej w populacjach europejskich, w tym w polskiej populacji [43, 45]. odsumowując, analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 u 0 chorych z występującą oligodoncją nie wykazała obecności mutacji, które mogą być przyczyną tej wady rozwojowej. Wynik ten może świadczyć o obecności innego etiologicznego czynnika, który jest odpowiedzialny za wrodzony brak zawiązków zębów stałych u badanych osób. Czynnikiem tym mogą być mutacje zlokalizowane w rejonach regulatorowych genów MSX oraz AX9, mutacje lub polimorfizmy innych genów kandydackich dla agenezji zębów stałych lub też działanie czynników środowiskowych. Należy wziąć także pod uwagę możliwość oddziaływań międzygenowych oraz interakcji genotyp środowis ko w etiologii oligodoncji. iśmiennictwo [] older B.J., Van t Hof M.A., Van der Linden F.., Kuijpers-Jagtman A.M.: A meta-analysis of the prevalence of dental agenesis of permanent teeth. Community Dent. Oral. Epidemiol. 2004, 32, [2] De Coster.J., Marks L.A., Martens L.C., Huysseune A.: Dental agenesis: genetic and clinical perspectives. J. Oral. athol. Med. 2009, 38, 7. [3] Vastardis H.: The genetics of human tooth agenesis: new discoveries for understanding dental anomalies. Am. J. Orthod. Dentofac. Orthop. 2000, 7,

8 64 A. Mostowska, B. Biedziak,.. Jagodziński [4] Schalk-Van Der Weide Y., Beemer F.A., Faber J.A., Bosman F.: Symptomatology of patients with oligodontia. J. Oral. Rehabil. 994, 2, [5] Bakri H., Rapp R., Hadeed G.: Clinical management of ectodermal dysplasia. J. Clin. ediatr. Dent. 995, 9, [6] Vastardis H., Karimbux N., Guthua S.W., Seidman J.G., Seidman C.E.: A human MSX homeodomain missense mutation causes selective tooth agenesis. Nat. Gen. 996, 3, [7] Stockton D.W., Das., Goldenberg M., D souza R.N., atel.i.: Mutation of AX9 is associated with oligodontia. Nat. Gen. 2000, 24, 8 9. [8] Lammi L., Arte S., Somer M., Jarvinen H., Lahermo., Thesleff I., irinen S., Nieminen.: Mutations in AXIN2 cause familial tooth agenesis and predispose to colorectal cancer. Am. J. Hum. Gen. 2004, 74, [9] Tao R., Jin B., Guo S.Z., Qing W., Feng G.Y., Brooks D.G., Liu L., Xu J., Li T., Yan Y., He L.: A novel missense mutation of the EDA gene in a Mongolian family with congenital hypodontia. J. Hum. Gen. 2006, 5, [0] Vieira A.R., Meira R., Modesto A., Murray J.C.: MSX, AX9, and TGFA contribute to tooth agenesis in humans. J. Dent. Res. 2004, 83, [] Vieira A.R., Modesto A., Meira R., Barbosa A.R., Lidral A.C., Murray J.C.: Interferon regulatory factor 6 (IRF6) and fibroblast growth factor receptor (FGFR) contribute to human tooth agenesis. Am. J. Med. Gen. A. 2007, 43, [2] Kantaputra., Sripathomsawat W.: WNT0A and isolated hypodontia. Am. J. Med. Gen. A. 20, 55A, [3] Mostowska A., Biedziak B., Dunin-Wilczynska I., Komorowska A., Jagodzinski..: olymorphisms in CHDH gene and the risk of tooth agenesis. Birth Defects Res. A. Clin. Mol. Teratol. 20, 9, [4] Matalova E., Fleischmannova J., Sharpe.T., Tucker A.S.: Tooth agenesis: from molecular genetics to molecular dentistry. J. Dent. Res. 2008, 87, [5] Kavitha B., riyadharshini V., Sivapathasundharam B., Saraswathi T.R.: Role of genes in oro-dental diseases. Indian J. Dent. Res. 200, 2, [6] Chen Y., Bei M., Woo I., Satokata I., Maas R.: Msx controls inductive signaling in mammalian tooth morphogenesis. Development 996, 22, [7] eters H., Neubüser A., Balling R.: ax genes and organogenesis: ax9 meets tooth development. Eur. J. Oral Sci. 998, 06, [8] Satokata I., Maas R.: Msx deficient mice exhibit cleft palate and abnormalities of craniofacial and tooth development. Nat. Gen. 994, 6, [9] eters H., Neubüser A., Kratochwil K., Balling R.: ax9-deficient mice lack pharyngeal pouch derivatives and teeth and exhibit craniofacial and limb abnormalities. Genes Dev. 998, 2, [20] Ogawa T., Kapadia H., Feng J.Q., Raghow R., eters H., D souza R.N.: Functional consequences of interactions between ax9 and Msx genes in normal and abnormal tooth development. J. Biol. Chem. 2006, 28, [2] Nakatomi M., Wang X.., Key D., Lund J.J., Turbe-Doan A., Kist R., Aw A., Chen Y., Maas R.L., eters H.: Genetic interactions between ax9 and Msx regulate lip development and several stages of tooth morphogenesis. Dev. Biol. 200, 340, [22] Thesleff I., Keränen S., Jernvall J.: Enamel knots as signaling centers linking tooth morphogenesis and odontoblast differentiation. Adv. Dent. Res. 200, 5, 4 8. [23] Mostowska A., Kobielak A., Biedziak B., Trzeciak W.H.: Novel mutation in the paired box sequence of AX9 gene in a sporadic form of oligodontia. Eur. J. Oral Sci. 2003,, [24] Mostowska A., Biedziak B., Trzeciak W.H.: A novel mutation in AX9 causes familial form of molar oligodontia. Eur. J. Hum. Gen. 2006, 4, [25] Mostowska A., Biedziak B., Trzeciak W.H.: A novel c.58c>t transition localized in a highly conserved homeobox sequence of MSX: is it responsible for oligodontia? J. Appl. Gen. 2006, 47, [26] Mostowska A., Biedziak B., Jagodzinski..: Novel MSX mutation in a family with autosomal-dominant hypodontia of second premolars and third molars. Arch. Oral. Biol. 202, [27] awlowska E., Janik-apis K., oplawski T., Blasiak J., Szczepanska J.: Mutations in the AX9 gene in sporadic oligodontia. Orthod. Craniofac. Res. 200, 3, [28] Wang J., Jian F., Chen J., Wang H., Lin Y., Yang Z., an X., Lai W.: Sequence analysis of AX9, MSX and AXIN2 genes in a Chinese oligodontia family. Arch. Oral Biol. 20, 56, [29] ereira T.V., Salzano F.M., Mostowska A., Trzeciak W.H., Ruiz-Linares A., Chies J.A., Saavedra C., Nagamachi C., Hurtado A.M., Hill K., Castro-de-Guerra D., Silva-Júnior W.A., Bortolini M.C.: Natural selection and molecular evolution in primate AX9 gene, a major determinant of tooth development. roc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 03, [30] Mendoza-Fandino G.A., Gee J.M., Ben-Dor S., Gonzalez-Quevedo C., Lee K., Kobayashi Y., Hartiala J., Myers R.M., Leal S.M., Allayee H., atel.i.: A novel g.-258g>a mutation in a conserved putative regulatory element of AX9 is associated with autosomal dominant molar hypodontia. Clin. Gen. 20, 80, [3] Das., Stockton D.W., Bauer C., Shaffer L.G., D souza R.N., Wright T., atel.i.: Haploinsufficiency of AX9 is associated with autosomal dominant hypodontia. Hum. Gen. 2002, 0, [32] Haldeman-Englert C.R., Biser A., Zackai E.H., Ming J.E.: A 223-kb de novo deletion of AX9 in a patient with oligodontia. J. Craniofac. Surg. 200, 2,

9 Analiza sekwencji kodującej genów MSX oraz AX9 65 [33] Wang Y., Wu H., Wu J., Zhao H., Zhang X., Mues G., D souza R.N., Feng H., Kapadia H.: Identification and functional analysis of two novel AX9 mutations. Cells Tissues Organs 2009, 89, [34] Zhu J., Yang X., Zhang C., Ge L., Zheng S.: A novel nonsense mutation in AX9 is associated with sporadic hypodontia. Mutagenesis 20, doi:0.093/mutage/ger080. [35] Chishti M.S., Muhammad D., Haider M., Ahmad W.: A novel missense mutation in MSX underlies autosomal recessive oligodontia with associated dental anomalies in akistani families. J. Hum. Gen. 2006, 5, [36] Mikkola M.L.: Molecular aspects of hypohidrotic ectodermal dysplasia. Am. J. Med. Gen. A. 2009, 49A, [37] Mostowska A., Biedziak B., Jagodzinski..: Axis inhibition protein 2 (AXIN2) polymorphisms may be a risk factor for selective tooth agenesis. J. Hum. Gen. 2006, 5, [38] Murthy J., Bhaskar L.: Current concepts in genetics of nonsyndromic clefts. Indian J. last. Surg. 2009, 42, [39] Galluccio G., Castellano M., La Monaca C.: Genetic basis of non-syndromic anomalies of human tooth number. Arch. Oral Biol. 202, [40] Qiu M., Bulfone A., Ghattas I., Meneses J.J., Christensen L., Sharpe.T., resley R., edersen R.A., Rubenstein J.L.: Role of the Dlx homeobox genes in proximodistal patterning of the branchial arches: mutations of Dlx-, Dlx-2, and Dlx- and -2 alter morphogenesis of proximal skeletal and soft tissue structures derived from the first and second arches. Dev. Biol. 997, 85, [4] Vieira A.R.: Oral clefts and syndromic forms of tooth agenesis as models for genetics of isolated tooth agenesis. J. Dent. Res. 2003, 82, [42] illas D., Hoggart C.J., Evans D.M., O reilly.f., Sipilä K., Lähdesmäki R., Millwood I.Y., Kaakinen M., Netuveli G., Blane D., Charoen., Sovio U., outa A., Freimer N., Hartikainen A.L., Laitinen J., Vaara S., Glaser B., Crawford., Timpson N.J., Ring S.M., Deng G., Zhang W., Mccarthy M.I., Deloukas., eltonen L., Elliott., Coin L.J., Smith G.D., Jarvelin M.R.: Genome-wide association study reveals multiple loci associated with primary tooth development during infancy. LoS Gen. 200, 6, e [43] Birnbaum S., Ludwig K.U., Reutter H., Herms S., Steffens M., Rubini M., Baluardo C., Ferrian M., Almeida De Assis N., Alblas M.A., Barth S., Freudenberg J., Lauster C., Schmidt G., Scheer M., Braumann B., Bergé S.J., Reich R.H., Schiefke F., Hemprich A., ötzsch S., Steegers-Theunissen R.., ötzsch B., Moebus S., Horsthemke B., Kramer F.J., Wienker T.F., Mossey.A., ropping., Cichon S., Hoffmann., Knapp M., Nöthen M.M., Mangold E.: Key susceptibility locus for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate on chromosome 8q24. Nat. Gen. 2009, 4, [44] Beaty T.H., Murray J.C., Marazita M.L., Munger R.G., Ruczinski I., manski J.B., Liang K.Y., Wu T., Murray T., Fallin M.D., Redett R.A., Raymond G., Schwender H., Jin S.C., Cooper M.E., Dunnwald M., Mansilla M.A., Leslie E., Bullard S., Lidral A.C., Moreno L.M., Menezes R., Vieira A.R., etrin A., Wilcox A.J., Lie R.T., Jabs E.W., Wu-Chou Y.H., Chen.K., Wang H., Ye X., Huang S., Yeow V., Chong S.S., Jee S.H., Shi B., Christensen K., Melbye M., Doheny K.F., ugh E.W., Ling H., Castilla E.E., Czeizel A.E., Ma L., Field L.L., Brody L., angilinan F., Mills J.L., Molloy A.M., Kirke.N., Scott J.M., Arcos-Burgos M., Scott A.F.: A genome-wide association study of cleft lip with and without cleft palate identifies risk variants near MAFB and ABCA4. Nat. Gen. 200, 42, [45] Mostowska A., Hozyasz K.K., Wojcicki., Biedziak B., aradowska., Jagodzinski..: Association between genetic variants of reported candidate genes or regions and risk of cleft lip with or without cleft palate in the olish population. Birth Defects Res. A. Clin. Mol. Teratol. 200, 88, Adres do korespondencji: Adrianna Mostowska Katedra Biochemii i Biologii Molekularnej UM ul. Święcickiego oznań tel.: , amostowska@wp.pl raca wpłynęła do Redakcji: r. o recenzji: r. Zaakceptowano do druku: r. Received: Revised: Accepted:

Molekularne podłoże wrodzonego braku zawiązków zębów stałych na podstawie piśmiennictwa

Molekularne podłoże wrodzonego braku zawiązków zębów stałych na podstawie piśmiennictwa Czas. Stomat., 2006, LIX, 2 Molekularne podłoże wrodzonego braku zawiązków zębów stałych na podstawie piśmiennictwa Molecular approach to congenital agenesis of permanent tooth germs Adrianna Mostowska,

Bardziej szczegółowo

Analiza klasterowa w diagnostyce oligodoncji*

Analiza klasterowa w diagnostyce oligodoncji* Czas. Stomatol., 2007, LX, 10, 641-649 2007 Polish Dental Society http://www.czas.stomat.net Analiza klasterowa w diagnostyce oligodoncji* Diagnosis of oligodontia based upon explorative cluster analysis

Bardziej szczegółowo

Rola białek PAX9 i MSX1 w rozwoju i agenezji zębów *

Rola białek PAX9 i MSX1 w rozwoju i agenezji zębów * Czas. Stomatol., 2010, 63, 5, 310-319 2010 Polish Dental Society http://www.czas.stomat.net Rola białek PAX9 i MSX1 w rozwoju i agenezji zębów * Role of PAX9 and MSX1 proteins in dental development and

Bardziej szczegółowo

Nieprawidłowości uzębienia jako jeden z objawów anhydrotycznej dysplazji ektodermalnej

Nieprawidłowości uzębienia jako jeden z objawów anhydrotycznej dysplazji ektodermalnej Homines Hominibus ISSN 1890-3883 vol. 6 2010 21 30 Sławomir A. Wiśniewski*, Wiesław H. Trzeciak** Nieprawidłowości uzębienia jako jeden z objawów anhydrotycznej dysplazji ektodermalnej Słowa kluczowe:

Bardziej szczegółowo

Wybrane zaburzenia zębowe pacjentów z całkowitym jednostronnym rozszczepem podniebienia pierwotnego i wtórnego

Wybrane zaburzenia zębowe pacjentów z całkowitym jednostronnym rozszczepem podniebienia pierwotnego i wtórnego Wybrane zaburzenia zębowe pacjentów z całkowitym jednostronnym rozszczepem podniebienia pierwotnego i wtórnego Selected dental disorders in patients with complete unilateral cleft of the primary and secondary

Bardziej szczegółowo

Analiza mutacji p.d36n i p.n318s oraz polimorfizmu p.s474x genu lipazy lipoproteinowej u chorych z hipercholesterolemią rodzinną.

Analiza mutacji p.d36n i p.n318s oraz polimorfizmu p.s474x genu lipazy lipoproteinowej u chorych z hipercholesterolemią rodzinną. Analiza mutacji p.d36n i p.n318s oraz polimorfizmu p.s474x genu lipazy lipoproteinowej u chorych z hipercholesterolemią rodzinną. Monika śuk opiekun: prof. dr hab. n. med. Janusz Limon Katedra i Zakład

Bardziej szczegółowo

Skojarzone leczenie ortodontyczno-protetyczne w rozległych brakach zawiązków zębowych opis przypadku

Skojarzone leczenie ortodontyczno-protetyczne w rozległych brakach zawiązków zębowych opis przypadku PROTET. STOMATOL., 2007, LVII, 4, 276-280 Skojarzone leczenie ortodontyczno-protetyczne w rozległych brakach zawiązków zębowych opis przypadku Combined Orthodontic and Prosthetic Treatment in Severe Oligodontia:

Bardziej szczegółowo

Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym

Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym Analiza mutacji genów EGFR, PIKCA i PTEN w nerwiaku zarodkowym mgr Magdalena Brzeskwiniewicz Promotor: Prof. dr hab. n. med. Janusz Limon Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Gdański Uniwersytet Medyczny

Bardziej szczegółowo

Małgorzata Zadurska 1 Martyna Czerkies 2 B D E Anna Wasiewicz 3 B D Monika Walerzak 4 B D Małgorzata Laskowska 5 Adrianna Mostowska 6 B

Małgorzata Zadurska 1 Martyna Czerkies 2 B D E Anna Wasiewicz 3 B D Monika Walerzak 4 B D Małgorzata Laskowska 5 Adrianna Mostowska 6 B Agenezja zębów w świetle piśmiennictwa Tooth agenesis in the literature Małgorzata Zadurska 1 Martyna Czerkies 2 B D E Anna Wasiewicz 3 B D Monika Walerzak 4 B D Małgorzata Laskowska 5 Adrianna Mostowska

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II

PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II PODSTAWY BIOINFORMATYKI 6 BAZA DANYCH NCBI - II BAZA DANYCH NCBI 1. NCBI 2. Dane gromadzone przez NCBI 3. Przegląd baz danych NCBI: Publikacje naukowe Projekty analizy genomów OMIM: fenotypy człowieka

Bardziej szczegółowo

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO

BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO BUDOWA I FUNKCJA GENOMU LUDZKIEGO Magdalena Mayer Katedra i Zakład Genetyki Medycznej UM w Poznaniu 1. Projekt poznania genomu człowieka: Cele programu: - skonstruowanie szczegółowych map fizycznych i

Bardziej szczegółowo

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej

Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Seminarium 1 część 1 Konspekt do zajęć z przedmiotu Genetyka dla kierunku Położnictwo dr Anna Skorczyk-Werner Katedra i Zakład Genetyki Medycznej Genom człowieka Genomem nazywamy całkowitą ilość DNA jaka

Bardziej szczegółowo

Zespołowe leczenie ortodontyczno-chirurgiczno-protetyczne dorosłego pacjenta z hipodoncją opis przypadku

Zespołowe leczenie ortodontyczno-chirurgiczno-protetyczne dorosłego pacjenta z hipodoncją opis przypadku _estetyka Zespołowe leczenie ortodontyczno-chirurgiczno-protetyczne dorosłego pacjenta z hipodoncją opis przypadku Interdisciplinar management of adult patient with hipodontia a case report Autorzy_ Maciej

Bardziej szczegółowo

Czynniki genetyczne sprzyjające rozwojowi otyłości

Czynniki genetyczne sprzyjające rozwojowi otyłości Czynniki genetyczne sprzyjające rozwojowi otyłości OTYŁOŚĆ Choroba charakteryzująca się zwiększeniem masy ciała ponad przyjętą normę Wzrost efektywności terapii Czynniki psychologiczne Czynniki środowiskowe

Bardziej szczegółowo

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA

INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH W CHOROBIE HUNTINGTONA XX Międzynarodowa konferencja Polskie Stowarzyszenie Choroby Huntingtona Warszawa, 17-18- 19 kwietnia 2015 r. Metody badań i leczenie choroby Huntingtona - aktualności INTERPRETACJA WYNIKÓW BADAŃ MOLEKULARNYCH

Bardziej szczegółowo

Is there a relationship between age and side dominance of tubal ectopic pregnancies? A preliminary report

Is there a relationship between age and side dominance of tubal ectopic pregnancies? A preliminary report Is there a relationship between age and side dominance of tubal ectopic pregnancies? A preliminary report Czy istnieje zależność pomiędzy wiekiem i stroną, po której umiejscawia się ciąża ektopowa jajowodowa?

Bardziej szczegółowo

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 2 PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2018/2019 MAGDA MIELCZAREK 1 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI

Bardziej szczegółowo

Agenezja trzecich zębów trzonowych

Agenezja trzecich zębów trzonowych PRACA ORYGINALNA Agenezja trzecich zębów trzonowych Third molar agenesis Agnieszka Machorowska-Pieniążek, Urszula Rojek, Olga Krukowska-Drozd, Barbara Liśniewska-Machorowska STRESZCZENIE 1 Zakład Ortodoncji

Bardziej szczegółowo

Wykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT

Wykład 9: HUMAN GENOME PROJECT HUMAN GENOME PROJECT Wykład 9: Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) odrębność genetyczna, która czyni każdego z nas jednostką unikatową Prof. dr hab. n. med. Małgorzata Milkiewicz Zakład Biologii Medycznej HUMAN GENOME

Bardziej szczegółowo

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE. Podstawy Bioinformatyki wykład 4 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) GENOMY I ICH ADNOTACJE Podstawy Bioinformatyki wykład 4 GENOMY I ICH ADNOTACJE NCBI Ensembl UCSC PODSTAWY BIOINFORMATYKI 2017/2018 MAGDA MIELCZAREK 2 GENOMY I ICH ADNOTACJE

Bardziej szczegółowo

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2

Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 ALEKSANDRA ŚWIERCZ Co to jest transkryptom? A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH 2 Ekspresja genów http://genome.wellcome.ac.uk/doc_wtd020757.html A. Świercz ANALIZA DANYCH WYSOKOPRZEPUSTOWYCH

Bardziej szczegółowo

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie

prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie prof. Joanna Chorostowska-Wynimko Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej Instytut Gruźlicy i Chorób Płuc w Warszawie Sekwencyjność występowania zaburzeń molekularnych w niedrobnokomórkowym raku płuca

Bardziej szczegółowo

Badanie podatności na łysienie androgenowe u mężczyzn

Badanie podatności na łysienie androgenowe u mężczyzn Badanie podatności na łysienie androgenowe u mężczyzn RAPORT GENETYCZNY Wyniki testu dla Pacjent Testowy Pacjent Pacjent Testowy ID pacjenta 0999900004136 Imię i nazwisko pacjenta Pacjent testowy Rok urodzenia

Bardziej szczegółowo

Alergiczny nieżyt nosa genetyczny stan wiedzy

Alergiczny nieżyt nosa genetyczny stan wiedzy Alergiczny nieżyt nosa genetyczny stan wiedzy Dr hab. n. med. Aleksandra Szczepankiewicz mgr inż. Wojciech Langwiński Pracownia Badań Komórkowych i Molekularnych Kliniki Pneumonologii, Alergologii Dziecięcej

Bardziej szczegółowo

Testy DNA umiarkowanie zwiększonego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe

Testy DNA umiarkowanie zwiększonego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe Grzegorz Kurzawski, Janina Suchy, Cezary Cybulski, Joanna Trubicka, Tadeusz Dębniak, Bohdan Górski, Tomasz Huzarski, Anna Janicka, Jolanta Szymańska-Pasternak, Jan Lubiński Testy DNA umiarkowanie zwiększonego

Bardziej szczegółowo

Choroba Niemanna-Picka, typ C

Choroba Niemanna-Picka, typ C Choroba Niemanna-Picka, typ C Choroba Niemanna-Picka typu C jest dziedziczną neurodegeneracyjną chorobą. Jest ona spowodowana mutacjami w genach NPC1 lub NPC2. Brak funkcjonalnego białka kodowanego przez

Bardziej szczegółowo

Podłoże molekularne NF1 i RASopatii. Możliwości diagnostyczne.

Podłoże molekularne NF1 i RASopatii. Możliwości diagnostyczne. Podłoże molekularne NF1 i RASopatii. Możliwości diagnostyczne. MONIKA G O S Z AKŁAD G ENETYKI MEDYCZ NEJ, I N STYTUT MATKI I DZIECKA SYMPOZJUM A LBA - JULIA WARSZAWA, 2-3.12.2017 Czym jest gen? Definicja:

Bardziej szczegółowo

Diagnostyka neurofibromatozy typu I,

Diagnostyka neurofibromatozy typu I, Diagnostyka neurofibromatozy typu I, czyli jak to się robi w XXI wieku dr n. biol. Robert Szymańczak Laboratorium NZOZ GENOMED GENOMED S.A. Neurofibromatoza typu I (choroba von Recklinghausena) częstość

Bardziej szczegółowo

Mgr Agnieszka Kikulska

Mgr Agnieszka Kikulska Mgr Agnieszka Kikulska Dziedzina: nauki biologiczne Dyscyplina: biologia Wszczęcie: 27.06.2014 Temat: Zmiana poziomu ekspresji oraz polimorfizm genów Grainyhead-like (GRHL) u pacjentów z nieczerniakowatym

Bardziej szczegółowo

Testy DNA umiarkowanie zwiększonego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe

Testy DNA umiarkowanie zwiększonego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe Testy DNA umiarkowanie zwiększonego ryzyka zachorowania na nowotwory złośliwe DNA tests for variants conferring low or moderate increase in the risk of cancer 2 Streszczenie U większości nosicieli zmian

Bardziej szczegółowo

Promotor: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik Promotor pomocniczy: dr inż. Agnieszka Chrobak

Promotor: prof. dr hab. Katarzyna Bogunia-Kubik Promotor pomocniczy: dr inż. Agnieszka Chrobak INSTYTUT IMMUNOLOGII I TERAPII DOŚWIADCZALNEJ IM. LUDWIKA HIRSZFELDA WE WROCŁAWIU POLSKA AKADEMIA NAUK mgr Milena Iwaszko Rola polimorfizmu receptorów z rodziny CD94/NKG2 oraz cząsteczki HLA-E w patogenezie

Bardziej szczegółowo

Choroba syropu klonowego

Choroba syropu klonowego Choroba syropu klonowego Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze BCKDHA Maple syrup urine disease AR 40 BCKDHB Maple syrup urine disease AR 64 DBT

Bardziej szczegółowo

Składniki jądrowego genomu człowieka

Składniki jądrowego genomu człowieka Składniki jądrowego genomu człowieka Genom człowieka 3 000 Mpz (3x10 9, 100 cm) Geny i sekwencje związane z genami (900 Mpz, 30% g. jądrowego) DNA pozagenowy (2100 Mpz, 70%) DNA kodujący (90 Mpz ~ ok.

Bardziej szczegółowo

Katarzyna Durda STRESZCZENIE STĘŻENIE KWASU FOLIOWEGO ORAZ ZMIANY W OBRĘBIE GENÓW REGULUJĄCYCH JEGO METABOLIZM JAKO CZYNNIK RYZYKA RAKA W POLSCE

Katarzyna Durda STRESZCZENIE STĘŻENIE KWASU FOLIOWEGO ORAZ ZMIANY W OBRĘBIE GENÓW REGULUJĄCYCH JEGO METABOLIZM JAKO CZYNNIK RYZYKA RAKA W POLSCE Pomorski Uniwersytet Medyczny Katarzyna Durda STRESZCZENIE STĘŻENIE KWASU FOLIOWEGO ORAZ ZMIANY W OBRĘBIE GENÓW REGULUJĄCYCH JEGO METABOLIZM JAKO CZYNNIK RYZYKA RAKA W POLSCE Promotor: dr hab. prof. nadzw.

Bardziej szczegółowo

Test BRCA1. BRCA1 testing

Test BRCA1. BRCA1 testing Test BRCA1 BRCA1 testing 2 Streszczenie Za najczęstszą przyczynę występowania wysokiej, genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do rozwoju raka piersi i/lub jajnika w Polsce uznaje się nosicielstwo trzech

Bardziej szczegółowo

Z Zakładu Stomatologii Wieku Rozwojowego Uniwersytetu Medycznego w Łodzi Kierownik Katedry i Zakładu: prof. dr hab. n. med. M.

Z Zakładu Stomatologii Wieku Rozwojowego Uniwersytetu Medycznego w Łodzi Kierownik Katedry i Zakładu: prof. dr hab. n. med. M. Czas. Stomat., 2005, LVIII, 12 Ocena intensywności próchnicy oraz częstości występowania zaburzeń rozwojowych uzębienia u dzieci i młodzieży z jedno- lub obustronnym rozszczepem wargi, wyrostka zębodołowego

Bardziej szczegółowo

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji

Bioinformatyka. Rodzaje Mutacji Bioinformatyka (wykład monograficzny) wykład 3. E. Banachowicz Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM http://www.amu.edu.pl/~ewas Rodzaje Mutacji zmienność sekwencji (sequence variation) mutacje polimorfizm

Bardziej szczegółowo

Wrodzony przerost nadnerczy

Wrodzony przerost nadnerczy Wrodzony przerost nadnerczy Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze CYP11B1 Wrodzony przerost nadnerczy AD/AR 22 CYP17A1 Wrodzony przerost nadnerczy

Bardziej szczegółowo

Galaktozemia. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia GALE AR 12. GALK1 Niedobór galaktokinazy AR 14. GALT Galaktozemia AR 233

Galaktozemia. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia GALE AR 12. GALK1 Niedobór galaktokinazy AR 14. GALT Galaktozemia AR 233 Galaktozemia Galaktozemia jest genetycznie uwarunkowanym zaburzeniem metabolizmu galaktozy cukru będącego elementem budulcowym laktozy i powszechnie występującym w jedzeniu. W postaci klasycznej pierwsze

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV

Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Ćwiczenie 3. Amplifikacja genu ccr5 Homo sapiens wykrywanie delecji Δ32pz warunkującej oporność na wirusa HIV Cel ćwiczenia Określenie podatności na zakażenie wirusem HIV poprzez detekcję homo lub heterozygotyczności

Bardziej szczegółowo

Rak tarczycy - prognostyka

Rak tarczycy - prognostyka Rak tarczycy - prognostyka Wariant rs966423-tt w genie DIRC3 jest czynnikiem rokowniczo niekorzystnym, związanym ze zwiększonym ryzykiem zgonu w przebiegu raka zróżnicowanego tarczycy (Świerniak et al.

Bardziej szczegółowo

Materiał i metody. Wyniki

Materiał i metody. Wyniki Abstract in Polish Wprowadzenie Selen jest pierwiastkiem śladowym niezbędnym do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Selen jest wbudowywany do białek w postaci selenocysteiny tworząc selenobiałka (selenoproteiny).

Bardziej szczegółowo

Gdański Uniwersytet Medyczny. Polimorfizm genów receptorów estrogenowych (ERα i ERβ) a rozwój zespołu metabolicznego u kobiet po menopauzie

Gdański Uniwersytet Medyczny. Polimorfizm genów receptorów estrogenowych (ERα i ERβ) a rozwój zespołu metabolicznego u kobiet po menopauzie Gdański Uniwersytet Medyczny Mgr Karolina Kuźbicka Polimorfizm genów receptorów estrogenowych (ERα i ERβ) a rozwój zespołu metabolicznego u kobiet po menopauzie Rozprawa doktorska Promotor: dr hab. n.

Bardziej szczegółowo

1. Analiza asocjacyjna. Cechy ciągłe. Cechy binarne. Analiza sprzężeń. Runs of homozygosity. Signatures of selection

1. Analiza asocjacyjna. Cechy ciągłe. Cechy binarne. Analiza sprzężeń. Runs of homozygosity. Signatures of selection BIOINFORMATYKA 1. Wykład wstępny 2. Bazy danych: projektowanie i struktura 3. Równowaga Hardyego-Weinberga, wsp. rekombinacji 4. Analiza asocjacyjna 5. Analiza asocjacyjna 6. Sekwencjonowanie nowej generacji

Bardziej szczegółowo

szczęki, objawy i sposoby Natalia Zając

szczęki, objawy i sposoby Natalia Zając Etiologia wybranych grup rozszczepów szczęki, objawy i sposoby ich zespołowego leczenia. Natalia Zając Promotor: dr n. med., prof. Vaclav Bednar Wstęp Wśród wad rozwojowych występujących u noworodków w

Bardziej szczegółowo

Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej

Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej Badania genetyczne. Prof. dr hab. Maria M. Sąsiadek Katedra i Zakład Genetyki maria.sasiadek@am.wroc.pl Konsultant krajowy ds. genetyki klinicznej Badania genetyczne: jak to się zaczęło Genetyka a medycyna

Bardziej szczegółowo

u Czynniki ryzyka wystąpienia zakrzepicy? - przykłady cech osobniczych i stanów klinicznych - przykłady interwencji diagnostycznych i leczniczych

u Czynniki ryzyka wystąpienia zakrzepicy? - przykłady cech osobniczych i stanów klinicznych - przykłady interwencji diagnostycznych i leczniczych 1 TROMBOFILIA 2 Trombofilia = nadkrzepliwość u Genetycznie uwarunkowana lub nabyta skłonność do występowania zakrzepicy żylnej, rzadko tętniczej, spowodowana nieprawidłowościami hematologicznymi 3 4 5

Bardziej szczegółowo

POLYMORPHIC VARIANTS IN VAX1 GENE RS AND BMP4 GENE RS AND THE RISK OF NON SYNDROMIC OROFACIAL CLEFTS IN THE POLISH POPULATION*

POLYMORPHIC VARIANTS IN VAX1 GENE RS AND BMP4 GENE RS AND THE RISK OF NON SYNDROMIC OROFACIAL CLEFTS IN THE POLISH POPULATION* 16 Developmental Period Medicine, 2014, XVIII, 1 IMiD, Wydawnictwo Aluna O R I G I N A L A R T I C L E S / P R A C E O R YG I N A L N E Alicja Zawiślak1, Krzysztof Woźniak1, Anna Jakubowska2, Jan Lubiński2,

Bardziej szczegółowo

PRACE POGLĄDOWE. Etiologia i występowanie agenezji zębów przegląd piśmiennictwa. Aetiology and Occurrence of Tooth Agenesis Review of the Literature

PRACE POGLĄDOWE. Etiologia i występowanie agenezji zębów przegląd piśmiennictwa. Aetiology and Occurrence of Tooth Agenesis Review of the Literature PRACE POGLĄDOWE Dent. Med. Probl. 2004, 41, 3, 531 535 ISSN 1644 387X BARBARA BIEDZIAK Etiologia i występowanie agenezji zębów przegląd piśmiennictwa Aetiology and Occurrence of Tooth Agenesis Review of

Bardziej szczegółowo

Wstęp do genetyki człowieka Choroby rzadkie nie są takie rzadkie

Wstęp do genetyki człowieka Choroby rzadkie nie są takie rzadkie Wstęp do genetyki człowieka Choroby rzadkie nie są takie rzadkie Janusz Limon Katedra i Zakład Biologii i Genetyki Medycznej Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego 2018 Ludzki genom: 46 chromosomów 22 pary

Bardziej szczegółowo

Zespół Robinowa. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. DVL1 Zespół Robinowa AD 17. ROR2 Zespół Robinow, Brachydaktylia AD/AR 17

Zespół Robinowa. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. DVL1 Zespół Robinowa AD 17. ROR2 Zespół Robinow, Brachydaktylia AD/AR 17 Zespół Robinowa Wyróżnia się dwie formy zespołu Robinowa zależnie od sposobu dziedziczenia choroby. Forma o dziedziczeniu autosomalnym recesywnym przebiega z większymi zaburzeniami niż postać dziedziczona

Bardziej szczegółowo

Kwasica metylomalonowa

Kwasica metylomalonowa Kwasica metylomalonowa Kwasica metylomalonowa to choroba u podstawy której leżą zaburzenia metabolizmu kwasu metylomalonowego i kobalaminy (witamina B12). Choroba ma bardzo różnorodną postać, od form o

Bardziej szczegółowo

Zespół Adamsa-Olivera

Zespół Adamsa-Olivera Zespół Adamsa-Olivera Obraz kliniczny w zespole Adamsa-Olivera jest bardzo różnorodny, a do głównych zaburzeń należą nieprawidłowości w obrębie skóry i układu kostnego. Jedne z najczęściej spotykanych

Bardziej szczegółowo

Acrodermatitis enteropathica

Acrodermatitis enteropathica Acrodermatitis enteropathica Acrodermatitis enteropathica (zespół Brandta) to choroba związana z uszkodzeniem białka odpowiedzialnego za wchłanianie cynku. Objawy choroby ujawniają się w pierwszych miesiącach

Bardziej szczegółowo

Rehabilitacja protetyczna dzieci i młodzieży z zaburzeniami rozwojowymi w

Rehabilitacja protetyczna dzieci i młodzieży z zaburzeniami rozwojowymi w Lek. stom. Elżbieta Wojtyńska Tytuł pracy: Rehabilitacja protetyczna oraz ocena jakości życia pacjentów w wieku rozwojowym i młodych dorosłych z zaburzeniami w obrębie części twarzowej czaszki Promotor:

Bardziej szczegółowo

Profilowanie somatyczne BRCA1, BRCA2

Profilowanie somatyczne BRCA1, BRCA2 Profilowanie somatyczne BRCA1, BRCA2 Nowotwór złośliwy rozwija się w momencie, gdy w DNA komórek nagromadzone zostaną liczne mutacje. Od rodzaju tych mutacji zależy dobór właściwego schematu leczenia,

Bardziej szczegółowo

Sekwencje akinezji płodu

Sekwencje akinezji płodu Sekwencje akinezji płodu Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze CHRNA1 Myasthenic syndrome, congenital AD/AR 19 CHRND Myasthenic syndrome AD/AR

Bardziej szczegółowo

Hemochromatoza. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. HAMP Hemochromatosis AR 5. HFE Hemochromatosis, choroba Alzheimera, postać późna AR/Digenic 7

Hemochromatoza. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. HAMP Hemochromatosis AR 5. HFE Hemochromatosis, choroba Alzheimera, postać późna AR/Digenic 7 Hemochromatoza Hemochromatoza jest związana z nadmiernym wchłanianiem żelaza w jelitach i zwiększonym gromadzeniem tego pierwiastka w tkankach. Choroba jest najczęściej dziedziczona w sposób autosomalny

Bardziej szczegółowo

Zaburzenia metabolizmu kreatyny

Zaburzenia metabolizmu kreatyny Zaburzenia metabolizmu kreatyny Kreatyna jest związkiem, który u człowieka występuje głównie w mięśniach i jest wykorzystywany do magazynowania i uwalniania energii, wykorzystywanej w wielu procesach komórkowych.

Bardziej szczegółowo

Zespół Alporta. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. COL4A3 Zespół Alporta AD/AR 100. COL4A4 Zespół Alporta AD/AR 84. COL4A5 Zespół Alporta XL 583

Zespół Alporta. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. COL4A3 Zespół Alporta AD/AR 100. COL4A4 Zespół Alporta AD/AR 84. COL4A5 Zespół Alporta XL 583 Zespół Alporta Zespół Alporta jest przykładem zespołu wad wrodzonych ze współistniejącym niedosłuchem. Charakteryzuje się występowaniem nefropatii (choroby nerek), powodowanej zaburzeniami powstawania

Bardziej szczegółowo

Przytarczyce, zaburzenia metabolizmu wapnia

Przytarczyce, zaburzenia metabolizmu wapnia Przytarczyce, zaburzenia metabolizmu wapnia Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze BSND Zespół Barttera, Głuchota czuciowo-nerwowa AR 10 CASR Nadczynność

Bardziej szczegółowo

Analiza częstości mutacji w parach ojciec-syn w wybranych

Analiza częstości mutacji w parach ojciec-syn w wybranych ARCH. MED. SĄD. KRYMINOL., 2012, LXII, 147-151 PRACE ORYGINALNE / ORIGINAL PAPERS Joanna Wysocka, Aneta Stasiewicz 1, Krzysztof Rębała, Ewa Kapińska, Lidia Cybulska, Zofia Szczerkowska Analiza częstości

Bardziej szczegółowo

Leczenie protetyczne pacjentki z hipodoncją. Opis przypadku

Leczenie protetyczne pacjentki z hipodoncją. Opis przypadku PROTET. STOMATOL., 2006, LVI, 4, 295-299 Leczenie protetyczne pacjentki z hipodoncją. Opis przypadku Prosthetic treatment of the patient with hipodontia. A case report Jacek Kasperski 1, Przemysław Rosak

Bardziej szczegółowo

Krytyczne czynniki sukcesu w zarządzaniu projektami

Krytyczne czynniki sukcesu w zarządzaniu projektami Seweryn SPAŁEK Krytyczne czynniki sukcesu w zarządzaniu projektami MONOGRAFIA Wydawnictwo Politechniki Śląskiej Gliwice 2004 SPIS TREŚCI WPROWADZENIE 5 1. ZARZĄDZANIE PROJEKTAMI W ORGANIZACJI 13 1.1. Zarządzanie

Bardziej szczegółowo

Hiperaldosteronizm rodzinny

Hiperaldosteronizm rodzinny Hiperaldosteronizm rodzinny Hiperaldosteronizm rodzinny jest chorobą przebiegającą z nadmierną produkcją aldosteronu z nadnerczy. Głowna funkcja aldosteronu w polega na utrzymywaniu odpowiedniego bilansu

Bardziej szczegółowo

Zmiany w morfologii twarzowej części czaszki u pacjentów z oligodoncją

Zmiany w morfologii twarzowej części czaszki u pacjentów z oligodoncją Czas. Stomat., 2005, LVIII, 10 Zmiany w morfologii twarzowej części czaszki u pacjentów z oligodoncją Irregularities and deviations in the morphology of the facial skeleton in patients with oligodontia

Bardziej szczegółowo

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI Joanna Szyda Magdalena Frąszczak Magda Mielczarek WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka

Bardziej szczegółowo

Hemochromatoza. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. HAMP Hemochromatoza, Choroba Alzheimera, postać późna AR 2

Hemochromatoza. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. HAMP Hemochromatoza, Choroba Alzheimera, postać późna AR 2 Hemochromatoza Hemochromatoza jest związana z nadmiernym wchłanianiem żelaza w jelitach i zwiększonym gromadzeniem tego pierwiastka w tkankach. Choroba jest najczęściej dziedziczona w sposób autosomalny

Bardziej szczegółowo

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyńskie Centrum Sportu jednostka budżetowa Rozdział 2. Informacja o trybie i stosowaniu przepisów

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyńskie Centrum Sportu jednostka budżetowa Rozdział 2. Informacja o trybie i stosowaniu przepisów Z n a k s p r a w y G C S D Z P I 2 7 1 01 82 0 1 5 S P E C Y F I K A C J A I S T O T N Y C H W A R U N K Ó W Z A M Ó W I E N I A P r o m o c j a G m i n y M i a s t a G d y n i a p r z e z z e s p óp

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1)

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (1) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu

Bardziej szczegółowo

Wybrane czynniki genetyczne warunkujące podatność na stwardnienie rozsiane i przebieg choroby

Wybrane czynniki genetyczne warunkujące podatność na stwardnienie rozsiane i przebieg choroby Wybrane czynniki genetyczne warunkujące podatność na stwardnienie rozsiane i przebieg choroby Stwardnienie rozsiane (MS, ang. multiple sclerosis) jest przewlekłą chorobą ośrodkowego układu nerwowego, która

Bardziej szczegółowo

Podstawy genetyki człowieka. Cechy wieloczynnikowe

Podstawy genetyki człowieka. Cechy wieloczynnikowe Podstawy genetyki człowieka Cechy wieloczynnikowe Dziedziczenie Mendlowskie - jeden gen = jedna cecha np. allele jednego genu decydują o barwie kwiatów groszku Bardziej złożone - interakcje kilku genów

Bardziej szczegółowo

Zmienność genu UDP-glukuronozylotransferazy 1A1 a hiperbilirubinemia noworodków.

Zmienność genu UDP-glukuronozylotransferazy 1A1 a hiperbilirubinemia noworodków. Zmienność genu UDP-glukuronozylotransferazy 1A1 a hiperbilirubinemia noworodków. Katarzyna Mazur-Kominek Współautorzy Tomasz Romanowski, Krzysztof P. Bielawski, Bogumiła Kiełbratowska, Magdalena Słomińska-

Bardziej szczegółowo

Public gene expression data repositoris

Public gene expression data repositoris Public gene expression data repositoris GEO [Jan 2011]: 520 k samples 21 k experiments Homo, mus, rattus Bos, sus Arabidopsis, oryza, Salmonella, Mycobacterium et al. 17.01.11 14 17.01.11 15 17.01.11 16

Bardziej szczegółowo

Skojarzone leczenie ortodontyczne i implantoprotetyczne jako rehabilitacja hipodoncji i mikrodoncji

Skojarzone leczenie ortodontyczne i implantoprotetyczne jako rehabilitacja hipodoncji i mikrodoncji Skojarzone leczenie ortodontyczne i implantoprotetyczne jako rehabilitacja hipodoncji i mikrodoncji Autorzy _ Jan Pietruski i Małgorzata Pietruska Ryc. 1 Ryc. 2 _Wrodzone wady zębów, dotyczące ich liczby

Bardziej szczegółowo

Zespół hemolityczno-mocznicowy

Zespół hemolityczno-mocznicowy Zespół hemolityczno-mocznicowy Badanie obejmuje: analizę sekwencji genów ADAMTS13; C3; CD46; CFB; CFH; CFI; THBD; CFHR1; CFHR2; CFHR3; CFHR4; CFHR5 metodą NGS analizę poziomu przeciwciał przeciw czynnikowi

Bardziej szczegółowo

Zespół Kabuki. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CHD7 Izolowany niedobór gonadoliberyny, Zespół CHARGE AD 253

Zespół Kabuki. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CHD7 Izolowany niedobór gonadoliberyny, Zespół CHARGE AD 253 Zespół Kabuki Zespół Kabuki jest wrodzonym zespołem charakteryzującym się upośledzeniem umysłowym i specyficznymi rysami twarzy. Chorzy mają wysokie, łukowate brwi, długą szparę powiekową, wywiniętą część

Bardziej szczegółowo

Zespół krótkiego QT. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CACNA1C Zespół Brugadów, Zespół Timothy AD 15

Zespół krótkiego QT. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CACNA1C Zespół Brugadów, Zespół Timothy AD 15 Zespół krótkiego QT Zespół krótkiego QT jest związany z genami kodującymi kanały jonowe (potasowe) i ich nieprawidłową funkcją. Z tego powodu dochodzi do skrócenia przerwy między poszczególnymi uderzeniami

Bardziej szczegółowo

Stwardnienie guzowate

Stwardnienie guzowate Stwardnienie guzowate Stwardnienie guzowate jest zespołem nerwowo-skórnym, w przebiegu którego na skórze, nerkach, sercu, kościach, płucach i mózgowiu powstają hamartoma - guzy o charakterze nienowotworowym,

Bardziej szczegółowo

Zespół Kallmanna, hipogonadyzm

Zespół Kallmanna, hipogonadyzm Zespół Kallmanna, hipogonadyzm W zespole Kallmana współwystępuje wrodzony hipogonadyzm hipogonadotropowy i zaburzenia węchu. powodowany jest niedoborami wydzielanego przez podwzgórze hormonu - gonadoliberyny

Bardziej szczegółowo

Projekty Marie Curie Actions w praktyce: EGALITE (IAPP) i ArSInformatiCa (IOF)

Projekty Marie Curie Actions w praktyce: EGALITE (IAPP) i ArSInformatiCa (IOF) Gliwice, Poland, 28th February 2014 Projekty Marie Curie Actions w praktyce: EGALITE (IAPP) i ArSInformatiCa (IOF) Krzysztof A. Cyran The project has received Community research funding under the 7th Framework

Bardziej szczegółowo

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2)

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 3 BIOLOGICZNE BAZY DANYCH (2) BIOINFORMATYKA HISTORIA 1. 1982 utworzenie bazy danych GenBank (NIH) dane ogólnodostępne sekwencje nukleotydów 2. Wprowadzenie sekwencji z projektu

Bardziej szczegółowo

Warsztaty Ocena wiarygodności badania z randomizacją

Warsztaty Ocena wiarygodności badania z randomizacją Warsztaty Ocena wiarygodności badania z randomizacją Ocena wiarygodności badania z randomizacją Każda grupa Wspólnie omawia odpowiedź na zadane pytanie Wybiera przedstawiciela, który w imieniu grupy przedstawia

Bardziej szczegółowo

Przewlekła choroba ziarniniakowa

Przewlekła choroba ziarniniakowa Przewlekła choroba ziarniniakowa Przewlekła choroba ziarniniakowa związana jest z defektami aktywności granulocytów obojętnochłonnych. Choroba typowo objawia się nawracającymi, ciężkimi infekcjami bakteryjnymi

Bardziej szczegółowo

2 7k 0 5k 2 0 1 5 S 1 0 0 P a s t w a c z ł o n k o w s k i e - Z a m ó w i e n i e p u b l i c z n e n a u s ł u g- i O g ł o s z e n i e o z a m ó w i e n i u - P r o c e d u r a o t w a r t a P o l

Bardziej szczegółowo

Zespół Marfana, zespół Bealsa

Zespół Marfana, zespół Bealsa Zespół Marfana, zespół Bealsa Zespoły Marfana i Bealsa są chorobami uwarunkowanymi mutacjami w genach FBN1 i FBN2 odpowiednio, geny te mają istotny wpływ na tworzenie tkanki łącznej o poprawnej budowie.

Bardziej szczegółowo

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI

ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI ANALIZA DANYCH POCHODZĄCYCH Z SEKWENCJONOWANIA NASTĘPNEJ GENERACJI JOANNA SZYDA MAGDALENA FRĄSZCZAK MAGDA MIELCZAREK WSTĘP 1. Katedra Genetyki 2. Pracownia biostatystyki 3. Projekty NGS 4. Charakterystyka

Bardziej szczegółowo

Choroba Leśniowskiego i Crohna

Choroba Leśniowskiego i Crohna Choroba Leśniowskiego i Crohna Choroba Leśniowskiego i Crohna należy do nieswoistych chorób zapalnych jelita, może dotyczyć każdego odcinka przewodu pokarmowego. Rokrocznie zapada na nią 1 na 10 000 osób;

Bardziej szczegółowo

Badanie predyspozycji do łysienia androgenowego u kobiet (AGA)

Badanie predyspozycji do łysienia androgenowego u kobiet (AGA) Badanie predyspozycji do łysienia androgenowego u kobiet (AGA) RAPORT GENETYCZNY Wyniki testu dla Pacjent Testowy Pacjent Pacjent Testowy ID pacjenta 0999900004112 Imię i nazwisko pacjenta Pacjent Testowy

Bardziej szczegółowo

Niedobór glikokortykosteroidów

Niedobór glikokortykosteroidów Niedobór glikokortykosteroidów Glikokortykosteroidy (GKS) stanowią niezwykle istotną grupę hormonów, które regulują wiele istotnych procesów w naszym organizmie, takich jak rozwój, metabolizm czy przebieg

Bardziej szczegółowo

Zespół Seckela. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. ATR Teleangiektazje skórne i rodzinnie występujący rak (gardła), Zespół Seckela AD/AR 8

Zespół Seckela. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. ATR Teleangiektazje skórne i rodzinnie występujący rak (gardła), Zespół Seckela AD/AR 8 Zespół Seckela Zespół Seckela to dziedziczny zespół wad wrodzonych cechujący się zahamowanie wzrostu, upośledzeniem umysłowym oraz charakterystycznym wyglądem twarzy. U pacjentów występuje małogłowie,

Bardziej szczegółowo

Analysis of infectious complications inf children with acute lymphoblastic leukemia treated in Voivodship Children's Hospital in Olsztyn

Analysis of infectious complications inf children with acute lymphoblastic leukemia treated in Voivodship Children's Hospital in Olsztyn Analiza powikłań infekcyjnych u dzieci z ostrą białaczką limfoblastyczną leczonych w Wojewódzkim Specjalistycznym Szpitalu Dziecięcym w Olsztynie Analysis of infectious complications inf children with

Bardziej szczegółowo

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY)

Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Ćwiczenie 2. Identyfikacja płci z wykorzystaniem genu amelogeniny (AMGXY) Cel ćwiczenia Amplifikacja fragmentu genu amelogeniny, znajdującego się na chromosomach X i Y, jako celu molekularnego przydatnego

Bardziej szczegółowo

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyński Ośrodek Sportu i Rekreacji jednostka budżetowa Rozdział 2.

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyński Ośrodek Sportu i Rekreacji jednostka budżetowa Rozdział 2. Z n a k s p r a w y G O S I R D Z P I 2 7 1 03 3 2 0 1 4 S P E C Y F I K A C J A I S T O T N Y C H W A R U N K Ó W Z A M Ó W I E N I A f U d o s t p n i e n i e t e l e b i m ó w i n a g ł o n i e n i

Bardziej szczegółowo

Niedobory czynników krzepnięcia

Niedobory czynników krzepnięcia Niedobory czynników krzepnięcia Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia Znane warianty chorobotwórcze F10 Niedobór czynnika X AR 4 F11 Niedobór czynnika XI AD/AR 73 F12 Obrzęk

Bardziej szczegółowo

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyńskie Centrum Sportu jednostka budżetowa Rozdział 2. Informacja o trybie i stosowaniu przepisów

Rozdział 1. Nazwa i adres Zamawiającego Gdyńskie Centrum Sportu jednostka budżetowa Rozdział 2. Informacja o trybie i stosowaniu przepisów Z n a k s p r a w y G C S D Z P I 2 7 1 07 2 0 1 5 S P E C Y F I K A C J A I S T O T N Y C H W A R U N K Ó W Z A M Ó W I E N I A f U s ł u g i s p r z» t a n i a o b i e k t Gó w d y s k i e g o C e n

Bardziej szczegółowo

Ocena skuteczności preparatów miejscowo znieczulających skórę w redukcji bólu w trakcie pobierania krwi u dzieci badanie z randomizacją

Ocena skuteczności preparatów miejscowo znieczulających skórę w redukcji bólu w trakcie pobierania krwi u dzieci badanie z randomizacją 234 Ocena skuteczności preparatów miejscowo znieczulających skórę w redukcji bólu w trakcie pobierania krwi u dzieci badanie z randomizacją The effectiveness of local anesthetics in the reduction of needle

Bardziej szczegółowo

Charakterystyka kliniczna chorych na raka jelita grubego

Charakterystyka kliniczna chorych na raka jelita grubego Lek. Łukasz Głogowski Charakterystyka kliniczna chorych na raka jelita grubego Rozprawa na stopień doktora nauk medycznych Opiekun naukowy: Dr hab. n. med. Ewa Nowakowska-Zajdel Zakład Profilaktyki Chorób

Bardziej szczegółowo

Porażenie okresowe. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CACNA1S Porażenie okresowe hipokaliemiczne, Hipertermia złośliwa AD 14

Porażenie okresowe. Gen Choroba/objawy Sposób dziedziczenia. CACNA1S Porażenie okresowe hipokaliemiczne, Hipertermia złośliwa AD 14 Porażenie okresowe Porażenie okresowe to złożona grupa chorób, w których okresowo występują porażenia lub znaczące osłabienie mięśni. Objawy te są powodowane nieprawidłowym transportem jonów potasu, odpowiedzialnych

Bardziej szczegółowo