PAKIETY STATYSTYCZNE

Transkrypt

1 1. Wykład wstępny PAKIETY STATYSTYCZNE 2. SAS, wprowadzenie - środowisko Windows, Linux 3. SAS, elementy analizy danych edycja danych 4. SAS, elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa 5. SAS, elementy analizy danych analiza wariancji 6. SAS, elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 7. SAS, elementy wizualizacji danych 8. SAS, tworzenie zaawansowanych programów, manipulowanie dużymi zbiorami danych 9. R, wprowadzenie 10. R, elementy analizy danych edycja danych 11. R, elementy analizy danych regresja liniowa, regresja nieliniowa, analiza wariancji 12. R, elementy analizy danych symulacje Monte Carlo 13. R, elementy wizualizacji danych dystrybucja standardowa 14. R, tworzenie prostych programów w pakiecie R 15. Podsumowanie materiału

2 WSTĘP 1. Windows zmienne lokalne i globalne elementy odczytywania danych z plików makro zużycie pamięci i przestrzeni dyskowej 2. Linux uruchamianie z linii komend uruchamianie programu SAS w tle uruchamianie programu SAS przy użyciu komendy nohup Copyright 2017, Joanna Szyda

3 WINDOWS

4 OPCJE I ZMIENNE GLOBALNE * global options ; opcje globalne options obs=max; używaj wszystkich danych options ls=70; szerokość linii w pliku "log" * define mean and standard deviation ; zmienne globalne %let MEANMY1= ; %let STDVMY1= ; %let MEANMY2= ; %let STDVMY2= ; * define input and output files ; %let INFILE1 ='d:/asia/pcow/genotypejerseyc.txt' ; %let OUTFILE1='d:/asia/pcow/influenceMY1.txt' ; data PHENO ; przykłady odwołania do zmiennych infile "&INFILE1" ; MY1=(MY-&MEANMY1)/&STDVMY1 ; FY1=(FY-&MEANFY1)/&STDVFY1 ; Copyrigt 2017, Joanna Szyda

5 ZCZYTYWANIE DANYCH Z PLIKÓW input MY FY NAME $ SURNAME $ PP ; Kasia Kowalska Jan Kruk Ilona Nowak 7.3 input BDAY 9-10 BMONTH BYEAR ; length LONGNAME $24. ; input SHORTNAME $ LONGNAME $ ; Kowalski Nowodworska29 Nowak BraciGierymskich15 Zielinski NaOstatnimGroszu134 Copyrigt 2017, Joanna Szyda

6 ZCZYTYWANIE DANYCH Z PLIKÓW array DAY(5) DAY1-DAY5 ; array MONTH(&NMT) MONYH1-MONTH&NMT ; input DAY1-DAY5 MONTH1-MONTH&NMT ; BULLID $ STATURE TYPE 3. ; BlackBeauty EuroStar FirstClass Copyrigt 2017, Joanna Szyda

7 MAKRO %macro analyse (CM=,INFILE1=); wykonywanie powtarzalnych operacji data QTL ; infile "&INFILE1" ; run ; data _null_ ; set L ; file 'd:/asia/norswine/finenew.outmim' ; POSITION=&CM ; LIK 10.4 ; run ; %mend analyse ; %analyse (CM=0,INFILE1='d:/ASIA/NORSWINE/QPROB/finenew1.0') %analyse (CM=1,INFILE1='d:/ASIA/NORSWINE/QPROB/finenew1.1') %analyse (CM=2,INFILE1='d:/ASIA/NORSWINE/QPROB/finenew1.2') Copyrigt 2017, Joanna Szyda

8 ZUŻYCIE PRZESTRZENI PAMIĘCI data ALCOHOL ; infile 'gaw.txt' delimiter='09'x firstobs=2 ; input FAMID IID FID MID SEX $ AGE_INTERVIEW ETHNICITY ; * define missing codes ; if FAMID eq 0 then delete ; if IID eq 0 then delete ; run ; data ALCOHOL1 ; set ALCOHOL ; if ETHNICITY ne 1 then delete ; run ; proc datasets ; delete ALCOHOL ; run ; Copyrigt 2018, Joanna Szyda

9 ZUŻYCIE PRZESTRZENI DYSKOWEJ data ALCOHOL ; infile 'gaw.txt' delimiter='09'x firstobs=2 ; input FAMID IID FID MID SEX $ AGE_INTERVIEW ETHNICITY ; * define missing codes ; if FAMID eq 0 then delete ; if IID eq 0 then delete ; run ; proc sort data=alcohol tagsort ; by ETHNICITY ; run ; Copyrigt 2018, Joanna Szyda

10 URUCHAMIANIE PROGRAMU W TLE (WINDOWS) Copyrigt 2017, Joanna Szyda

11 URUCHAMIANIE PROGRAMU W TLE (WINDOWS) Copyrigt 2018, Joanna Szyda

12 LINUX

13 ZMIENNE GLOBALNE ZE ŚRODOWISKA LINUX # get variables %let INPFILE=%sysget(INPFILE); %let OUTFILE=%sysget(OUTFILE); data tmp; set all; file "&OUTFILE" ; animid $char14. ; run; Copyrigt 2017, Joanna Szyda

14 URUCHAMIANIE PROGRAMU W TLE (LINUX) > sas mixed.sas & > nohup sas mixed.sas & Copyrigt 2017, Joanna Szyda

15 1. Windows zmienne lokalne i globalne elementy odczytywania danych z plików makro zużycie pamięci i przestrzeni dyskowej 2. Linux uruchamianie z linii komend uruchamianie programu SAS w tle uruchamianie programu SAS przy użyciu komendy nohup