PAKIETY STATYSTYCZNE 5. SAS wprowadzenie - środowisko Windows

Transkrypt

1 PAKIETY STATYSTYCZNE 1. Wykład wstępny 2. Statistica wprowadzenie 3. Statistica elementy analizy danych 4. Statistica wykresy 5. SAS wprowadzenie - środowisko Windows 6. SAS wprowadzenie - środowisko Linux 7. SAS elementy analizy danych 8. SAS wykresy 9. SAS tworzenie zaawansowanych programów 10. R wprowadzenie 11. R elementy analizy danych 12. R wykresy 13. R zaawansowane elementy programowania 14. Manipulowanie dużymi zbiorami danych 15. Podsumowanie materiału

2 WSTĘP 1. SAS praca z programem 2. Wprowadzanie i edycja danych Copyright 2011, Joanna Szyda

3 SAS FUNKCJE edycja analiza różnorodne metody statystyczne wizualizacja wykonywanie wykresów bazy danych... PROGRAM KOMERCYJNY roczna licencja ZALETY stale wzbogacany możliwość analizy bardzo dużych zbiorów danych bioinformatyka Copyright 2011, Joanna Szyda

4 SAS STRUKTURA PAKIETU zbiór "procedur" wykonywanie konkretnych analiz / wykresów modyfikacja procedur opcje tworzenie własnych programów SAS dla WINDOWS interfejs graficzny 3 okna SAS dla LINUX interfejs graficzny + linia komend Copyright 2011, Joanna Szyda

5 PRACA Z PROGRAMEM Copyright 2011, Joanna Szyda

6 PRACA Z PROGRAMEM WYKONANIE BRAK BŁĘDÓW PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE LOG BŁĘDY OUTPUT INTERPRETACJA Copyright 2011, Joanna Szyda

7 PRACA Z PROGRAMEM OKNO PROGRAM EDITOR

8 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE TWORZENIE INSTRUKCJI, KTÓRE ZOSTANĄ WYKONANE PRZEZ PAKIET SAS INSTRUKCJE MUSZĄ ZAWIERAĆ: specyfikację pliku zawierającego dane format danych w pliku specyfikację metod statystycznych wpisanie instrukcji bezpośrednio w oknie skopiowanie instrukcji z zewnętrznego pliku

9 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WPISANIE INSTRUKCJI

10 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WPROWADZENIE INSTRUKCJI Z PLIKU

11 OKNO PROGRAM EDITOR INSTRUKCJE WYKONANIE INSTRUKCJI

12 PRACA Z PROGRAMEM OKNO LOG

13 OKNO LOG KOMUNIKATY W OKNIE LOG ZAWARTE SĄ INFORMACJE O PRZEBIEGU DZIAŁANIA PROGRAMU, m. in.: nazwa pliku zawierającego dane liczba analizowanych osobników liczba osobników z brakującymi danymi oraz informacje o ewentualnych błędach komunikaty w oknie LOG należy przeanalizować po wykonaniu instrukcji z okna PROGRAM EDITOR, a przed (!!! ) interpretacją wyników

14 OKNO LOG KOMUNIKATY BRAK BŁĘDU BŁĄD

15 PRACA Z PROGRAMEM OKNO OUTPUT

16 OKNO OUTPUT WYNIKI

17 PRACA Z PROGRAMEM STRUKTURA PROGRAMU

18 STRUKTURA PROGRAMU ZBIÓR DANYCH definicja zbioru danych wczytanie danych do programu OBLICZENIA edycja wybór procedur statystycznych wybór procedur graficznych + wybór opcji

19 ZBIÓR DANYCH family ID individual ID ID of Father {0 ID = of not Mother in pedigree} {0 sex = not in pedigree} Age (at interview) Ethnicity {No{0=No Info alcohol = Info;1=American 0} dependence Age of OnsetMaximum {0 Indian;2=Asian;3=Pacific = No Info : number 1 (# = packs "Pure of Unaffected" per drinks Islander;4=B day in for a 24 1 : 2 ye h F F M M M F M F F M F M M F F M F M M F M M M F M F M N=1 615

20 PROGRAM EDYCJA DANYCH /* JS read data on alcohol dependence */ data ALCOHOL ; infile 'c:/asia/class/pakietystatystycznebioinf/lectures/gaw.txt' delimiter='09'x firstobs=2 ; input FAMID IID FID MID SEX $ AGE_INTERVIEW ETHNICITY ALCDEPEND AGE_ONSET MAXDRINK MAXCIGAR ; * define missing codes ; if FAMID eq 0 then delete ; if IID eq 0 then delete ; if SEX ne 'F' or SEX ne 'M' then SEX=. ; if AGE_INTERVIEW gt AGE_ONSET then delete ; * modify data ; AGE_INTERVIEW=AGE_INTERVIEW*12 ; run ; /* data summary */ proc means data=alcohol ; run ; proc univariate data=alcohol ; run ; proc freq data=alcohol ; tables SEX ; tables ETHNICITY ; run ;

21 PROGRAM EDYCJA DANYCH /* JS read data on alcohol dependence */ komentarz data ALCOHOL ; nazwa zbioru danych infile 'c:/gaw.txt' delimiter='09'x firstobs=2 ; ścieżka do pliku, struktura danych input FAMID IID FID MID SEX $ AGE_INTERVIEW ETHNICITY ALCDEPEND AGE_ONSET MAXDRINK MAXCIGAR ; nazwy zmiennych * define missing codes ; komentarz if FAMID eq 0 then delete ; usuwanie brakujących danych if IID eq 0 then delete ; if SEX ne 'F' or SEX ne 'M' then SEX=. ; kod brakujących danych if AGE_INTERVIEW gt AGE_ONSET then delete ; sprawdzanie poprawności * modify data ; AGE_INTERVIEW=AGE_INTERVIEW*12 ; run ; modyfikacja zmiennych

22 PROGRAM EDYCJA DANYCH PROCEDURY PODSUMOWANIA DANYCH /* data summary */ proc means data=alcohol ; run ; proc univariate data=alcohol ; run ; proc freq data=alcohol ; tables SEX ; tables ETHNICITY ; run ;

23 LITERATURA Copyrigt 2014, Joanna Szyda