Bioinformatyka 2 (BT172) Struktura i organizacja kursu

Podobne dokumenty
Spis treści. Przedmowa... XI. Wprowadzenie i biologiczne bazy danych. 1 Wprowadzenie Wprowadzenie do biologicznych baz danych...

KARTA PRZEDMIOTU. (pieczęć wydziału)

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI

Wstęp do Biologii Obliczeniowej

BIOLOGICZNE BAZY DANYCH SYLABUS

Bioinformatyka 2 (BT172) Progresywne metody wyznaczania MSA: T-coffee

PODSTAWY BIOINFORMATYKI

Wykład Bioinformatyka. Wykład 9. E. Banachowicz. Zakład Biofizyki Molekularnej IF UAM

Księgarnia PWN: A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette Bioinformatyka

Projektowanie oprogramowania

Księgarnia PWN: Paul G. Higgs, Teresa K. Attwood - Bioinformatyka i ewolucja molekularna

Projektowanie oprogramowania

PODSTAWY BIOINFORMATYKI WYKŁAD 4 DOPASOWANIE SEKWENCJI

Projektowanie oprogramowania

Regulamin zajęć z przedmiotu BIPOL 1 Rok akademicki 2019/20 semestr zimowy

SYLABUS DOTYCZY CYKLU KSZTAŁCENIA

Grupa treści kształcenia, w ramach której przedmiot jest realizowany Przedmiot kierunkowy

Informatyczne podstawy projektowania Kod przedmiotu

Urządzanie terenów zieleni - opis przedmiotu

REGULAMIN ZAJĘĆ Z PRZEDMIOTU: Mikrobiologia II rok Farmacja rok akademicki 2018/2019 I. POSTANOWIENIA OGÓLNE

Projekt przejściowy 2015/2016 BARTOSZ JABŁOŃSKI, TOMASZ JANICZEK

Projekt przejściowy 2016/2017 BARTOSZ JABŁOŃSKI

Metody analizy białek - opis przedmiotu

Logistyka międzynarodowa - opis przedmiotu

OPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) dla przedmiotu Seminarium magisterskie na kierunku Prawo

Podstawy projektowania architektonicznego II

Multimedialne Systemy Interaktywne

Realizowane kierunkowe i przedmiotowe efekty kształcenia (symbole zaplanowanych efektów kształcenia zgodne z umieszczonymi w sylabusie)

Przyrównanie sekwencji. Magda Mielczarek Katedra Genetyki Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu

Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego. Karta przedmiotu. obowiązuje studentów, którzy rozpoczęli studia w roku akademickim 2012/2013

W TECHNIKUM W ZAWODZIE: TECHNIK INFORMATYK SYMBOL CYFROWY ZAWODU: KLASA TRZECIA (3A/2, 3B/1, 3C/1)

Zasady oceniania przedmiotowego z języków obcych

KARTA PRZEDMIOTU. Programowanie aplikacji internetowych

BIOFIZYKA MEDYCZNA. Informacje wstępne

OPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) I.

I. ZASADY ZALICZENIA PRZEDMIOTU FIZJOLOGIA :

PLAN STUDIÓW. efekty kształcenia K6_U12 K6_W12 A Z O PG_ PODSTAWY BIOLOGII K6_W06 A Z K6_W01 K6_U01

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Bioinformatyka Laboratorium, 30h. Michał Bereta

Po zakończeniu modułu i potwierdzeniu osiągnięcia EK student /ka:

Projektowanie infrastruktury logistycznej Kod przedmiotu

Organizacja zajęć projektowych i seminaryjnych

Kierunek i poziom studiów: Biologia, poziom pierwszy

PRYWATNA WYŻSZA SZKOŁA BUSINESSU, ADMINISTRACJI I TECHNIK KOMPUTEROWYCH S Y L A B U S

3. Podstawy genetyki S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Nazwa modułu. Kod F3/A. Podstawy genetyki. modułu

Zestawienie wyników ankiet Oceny Zajęć Dydaktycznych za rok akademicki 2016/17.

Multimedialne Systemy Interaktywne

REGULAMIN ZAJĘĆ Z PRZEDMIOTU: Diagnostyka parazytologiczna III rok Analityka Medyczna rok akademicki 2018/2019 I. POSTANOWIENIA OGÓLNE

PAŃSTWOWA WYŻSZA SZKOŁA ZAWODOWA W KONINIE. WYDZIAŁ Kultury Fizycznej i Ochrony Zdrowia

OPISU MODUŁU KSZTAŁCENIA (SYLABUS) dla przedmiotu Prawo żywnościowe na kierunku ADMINISTRACJA

Zarządzanie transportem miejskim Kod przedmiotu

Realizowane kierunkowe i przedmiotowe efekty kształcenia (symbole zaplanowanych efektów kształcenia zgodne z umieszczonymi w sylabusie)

2. Wymagania wstępne w zakresie wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych (jeśli obowiązują)

Bioinformatyka. Michał Bereta

Regulamin przedmiotów: Modelowanie symulacyjne

S YLABUS MODUŁU (PRZEDMIOTU) I nformacje ogólne. Biochemia kliniczna

SZKOLENIE BIBLIOTECZNE

REGULAMIN ZAJĘĆ Z PRZEDMIOTU: Elementy bakteriologii, mikologii i parazytologii I rok Kosmetologia Niestacjonarna rok akademicki 2018/2019

Przedmiotowy System Oceniania z języka polskiego w klasach I-III gimnazjum

KARTA MODUŁU KSZTAŁCENIA

Medialne mechanizmy reklamy Kod przedmiotu

INFORMATYKA. PLAN STUDIÓW NIESTACJONARNYCH 1-go STOPNIA STUDIA ROZPOCZYNAJĄCE SIĘ W ROKU AKADEMICKIM 2016/17. zajęć w grupach A K L S P

2. Wymagania wstępne w zakresie wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych (jeśli obowiązują):

Cennik OpenOffice Software Sp. z o. o.

Język angielski. Analityka medyczna Jednolite magisterskie. Język angielski. Zimowy i letni. Podstawowy. Mgr Jolanta Budzyńska Mgr Magdalena Dycha

Podstawy ubezpieczeń społecznych i zdrowotnych

PRZYRÓWNANIE SEKWENCJI

KARTA MODUŁU KSZTAŁCENIA

Bezpieczeństwo Systemów Komputerowych

Wymagania na poszczególne oceny w klasach 3 gimnazjum

Karta (sylabus) przedmiotu

Statystyczna analiza Danych

Plan studiów na kierunku studiów wyższych: BIOCHEMIA studia pierwszego stopnia, profil ogólnoakademicki

Rachunkowość - opis przedmiotu

Elektroniczne materiały dydaktyczne do przedmiotu Wstęp do Sieci Neuronowych

4.1. Wprowadzenie Podstawowe definicje Algorytm określania wartości parametrów w regresji logistycznej...74

Analityka medyczna Jednolite magisterskie. Język angielski. Zimowy i letni. Podstawowy. Mgr Jolanta Budzyńska. Nie. Mgr Jolanta Budzyńska

OPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) r.

Modelowanie motywów łańcuchami Markowa wyższego rzędu

SYLABUS rok akademicki 2018/19 Wydział Ekonomiczny Uniwersytet Gdański

Uniwersytet w Białymstoku Wydział Ekonomiczno-Informatyczny w Wilnie SYLLABUS na rok akademicki 2012/2013

OPIS PRZEDMIOTU Technologia informacyjna 1400-IN11TI-SP. Wydział Administracji i Nauk Społecznych Instytut/Katedra

Hurtownie danych - opis przedmiotu

OPIS MODUŁU KSZTAŁCENIA (SYLABUS)

Analiza instrumentalna

Instalacje budowlane - opis przedmiotu

WYTYCZNE DOTYCZĄCE KWALIFIKACJI NA SZKOLENIE

HARMONOGRAM ZAJĘĆ Z NUTRIGENOMIKI 2018/2019

ZAJĘCIA ORGANIZACYJNE WSTĘP DO BIOINFORMATYKI

Utrzymanie obiektów współczesnych/zabytkowych w1/w2. Kod przedmiotu. Informacje ogólne WI-BUDP-Utrzobiektwsp/zab.w1/w2-S16.

OPIS MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU (SYLABUS) dla przedmiotu Wstęp do wiedzy o państwie i prawie na kierunku Zarządzanie i prawo w biznesie

CHEMIA ANALITYCZNA. Chemia analityczna am_s_s0-1. podstawowy. dr hab. Joanna Giebułtowicz NIE. dr hab. Joanna Giebułtowicz

Realizowane kierunkowe i przedmiotowe efekty kształcenia. Data realizacji wykładu [numer wykładu] [1] LW 6.10 pt. i weryfikacji efektów kształcenia

Założenia ogólne przedmiotowego systemu oceniania Przedmiotowy system oceniania ma na celu:

INFORMATYKA PLAN STUDIÓW NIESTACJONARNYCH (W UKŁADZIE ROCZNYM) STUDIA ROZPOCZYNAJĄCE SIĘ W ROKU AKADEMICKIM

Wewnątrzszkolne Zasady Oceniania (WSO) w Zespole Szkół nr 1 w Suwałkach Szkole Policealnej nr 1 w Suwałkach

Wydział Zdrowia Publicznego Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach

Język angielski. Analityka medyczna Jednolite magisterskie. Język angielski. Zimowy i letni. Podstawowy. Mgr Jolanta Budzyńska.

BIOINFORMATYKA BIOLOGICZNE BAZY DANYCH

Mikroekonomia B.0. Mikołaj Czajkowski

Transkrypt:

Bioinformatyka 2 (BT172) Wykład 1 Struktura i organizacja kursu dr Krzysztof Murzyn adiunkt w Zakładzie Biofizyki WBtUJ pok. B028, tel. 664-6379 10.X.2005 PODSTAWOWE INFORMACJE 9 godz. wykładów (45 min, poniedziałek 16:00, sala D104) 30 godz. ćwiczeń (10 ćwiczeń po 3 45 min, sala D111), terminy: poniedziałek 10:00-12:15, 12:30-14:45, 17:00-18:15. Ćwiczenia rozpoczynają się 24 października (poniedziałek). Praca na zajęciach odbywa się w grupach dwu-osobowych. 6 godz. seminariów (2 135 min., sala D111, terminy: {9,16}.I.2006), obowiązuje podział na grupy ćwiczeniowe.

zaliczenie Skala ocen (max. 100 pkt) bdb > 90 pkt +db 85 90 pkt db 75 85 pkt +dst 70 75 pkt dst 60 70 pkt ndst < 60 pkt egzamin pisemny test wyboru, zadania; 30 pkt ćwiczenia w każdym ćwiczeniu: wykonanie 1 pkt sprawozdanie 4 pkt, najsłabsza ocena z dziesięciu sprawozdań jest odrzucana; 45 pkt prezentacja seminaryjna na wybrane zagadnienie z dziedziny bioinformatyki; 25 pkt ogłoszenia o kursie (zmiana terminu zajęć, oceny z ćwiczeń etc.) a także instrukcje do ćwiczeń, wykłady, materiały pomocnicze (publikacje, dokumentacja oprogramowania używanego w trakcie ćwiczeń etc.) będą udostępniane na stronach http://bioinfo.mol.uj.edu.pl KSIAŻKI Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis, DW Mount, ***, obszerne omówienie podstawowych zagadnień bioinformatyki (cena od 80 do 150 USD) Bioinformatics - A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, AD Baxevanis & BFF Outellette, *, dobrze napisana książka, której niestety bliżej do beletrystyki niż podręcznika; wydanie polskojęzyczne w przygotowaniu (cena ok. 90 USD lub ok. 65 zł) Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids, R Durbin, S Eddy, A Krogh, G Mitchison, **, bardzo dobra książka niestety omówienie tylko wąskich zagadnień: metody dopasowania sekwencji (B1), macierze podstawień (B1), HMM (B2). Algorytmy heurystyczne (BLAST, FASTA) omówione bardzo pobieżnie (cena: 40 USD).

WYKŁADY 10.X Struktura i organizacja kursu 17.X Uliniowienia wielosekwencyjne podstawowe definicje i zastosowania edycja uliniowień wielosekwencyjnych metody wyznaczania uliniowień wielosekwencyjnych ocena jakości uliniowienia 24.X Progresywne metody wyznaczania uliniowień wielosekwencyjnych ClustalW, T-coffee, Muscle bazy uliniowień referencyjnych 7.XI Probabilistyczne modele sekwencje białek i kwasów nukleinowych łańcuchy Markowa ukryte modele Markowa HMMER i baza PFAM 14.XI Domenowa architektura białek motywy sekwencyjne i sygnatury białkowe (PROSITE, PRINTS) domeny (CDD, SMART, ProDom) 21.XI Analiza kontroli metabolicznej 28.XI Molekularna analiza filogenetyczna I. WYKŁADY CD. podstawowe definicje i zastosowania modele podstawień nukleotydowych pakiet PHYLIP 5.XII Molekularna analiza filogenetyczna II. metody wyznaczania drzew filogenetycznych metody randomizacyjne 12.XII Metody nauczania maszynowego w zastosowaniach bioinformatycznych metody (klasyfikacja danych, ocena jakości klasyfikatora, heurystyka (NN, SVM, knn), wizualizacja danych wielowymiarowych (PCA, SOM)) zastosowania (wybrane aspekty numerycznej analizy danych z mikromacierzy, klasteryzacja hierarchiczna, klasyfikacja profili ekspresji genów)

ĆWICZENIA I SEMINARIA 24.X Globalne uliniowienia wielosekwencyjne 7.XI {14,21}.XI 28.XI Edycja uliniowień wielosekwencyjnych Ukryte modele Markowa Analiza kontroli metabolicznej 5.XII Motywy sekwencyjne i sygnatury białkowe 12.XII 19.XII Analiza tempa ewolucji molekularnej Rekonstrukcja drzew filogenetycznych w pakiecie PHYLIP 9.I Seminarium I 16.I Seminarium II 23.I Mikromacierze 30.I Przewidywanie struktury przestrzennej białek SPRAWOZDANIA Z ĆWICZEŃ FORMAT Sprawozdania z ćwiczeń należy dostarczać w terminie do 7 dni od wykonania danego ćwiczenia. Sprawozdanie z ćwiczeń powinno być dostarczone w postaci pojedynczego pliku w formacie PDF (Adobe Portable Document Format). Ogólnodostępny pakiet biurowy OpenOffice umożliwia bezpośrednie tworzenie dokumentów PDF. Aby tworzyć takie dokumenty w oparciu o komercyjny MicrosoftOffice można użyć programu pdf995 (http://www.pdf995.com). Wielkość pliku z deponowanym sprawozdaniem nie może przekroczyć 2 MB. W uzasadnionych przypadkach sprawozdanie może zawierać powiązania hipertekstowe do plików/dokumentów nie zawartych w deponowanym archiwum plikowym, a znajdujących się na serwerze bioinfo w udostępnionym poprzez sieć internet katalogu (np. http://bioinfo.mol.uj.edu.pl/students/ binf2_a0/data/editmsa/jalview.eps).

SPRAWOZDANIA Z ĆWICZEŃ ZAWARTOŚĆ Podstawowe dane dotyczące sprawozdania zebrane w tabeli na początku dokumentu. Anastazja Wierutna Ferdynand Nielepszy Edycja uliniowień wielosekwencyjnych binf2_a4 7.11.2005 12.11.2005 1. Opis celu ćwiczenia (lub puste miejsce jeśli tekiego celu nie udało się ustalić ;-)) 2. Odpowiedzi na pytania postawione w instrukcji do ćwiczeń, rozwiązania zadań i interpretację uzyskanych wyników należy podawać w stabelaryzowanej formie, powołując się na punkt instrukcji, którego dana odpowiedź dotyczy, np. 2 / 8... tak (por. rysunek 3, źródło: LabEditMSA/clustalx-2_8.msf) 3 / 4... gdzie lokalizacja pytania/zadania w instrukcji podawana jest w formacie numer etapu / podpunkt w pierwszej kolumnie tabeli. 3. Jeśli instrukcja do ćwiczeń zawierała zadania dodatkowe i obowiązkowa część ćwiczenia została w całości wykonana, w tej części sprawozdania może znaleźć się opis rozwiązania zadań dodatkowych w formie jak powyżej. DEPONOWANIE SPRAWOZDAŃ I PREZENTACJI proces deponowania zachodzi na drodze elektronicznej każda grupa ćwiczeniowa otrzymuje kartę haseł jednorazowych, na której każdemu ćwiczeniu/prezentacji przyporządkowany jest określony kod każdy kod można użyć tylko jeden raz, co oznacza, że dla danego ćwiczenia nie można wysyłać kolejnych wersji sprawozdania/prezentacji czas zdeponowania sprawozdania zachowywany jest na serwerze ćwiczeniowym; sprawozdania należy oddawać do 7 dni od zakończenia ćwiczeń, opóźnienia (max. 2 tygodnie) wpłyną na obniżenie oceny prezentacje należy deponować do 20.I.2006

KARTA KODÓW identyfikator grupy ćwiczeniowej hasło (bioinfo.mol.uj.edu.pl) : binf2_a4 : BDCV16K7 identyfikator ćwiczenia : kod ćwiczenia test : 86672 numer 1 : 37621 numer 2 : 38663 numer 3 : 46333 numer 4 : 43399 numer 5 : 11607 numer 6 : 90674 numer 7 : 63893 numer 8 : 91173 numer 9 : 95249 numer 10 : 95240 prezentacja 1: 68032 prezentacja 2: 32086 prezentacja 3: 20368 SEMINARIA szczegółowe kryteria oceny prezentacji oraz lista zagadnień do wyboru (wraz z odnośnikami literaturowymi) zostaną podane w terminie do 16.XI.2005. czas prezentacji: 20min, forma: Adobe PDF (pdflatex/pdfscreen), OpenOffice Impress, MicrosoftOffice PowerPoint) podstawą ocenienia prezentacji seminaryjnej, jest jej przygotowanie, wygłoszenie oraz zdeponowanie na serwerze bioinfo w terminie do 20.I.2006.